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1.
玉米产量因子QTL整合图谱构建与"一致性"QTL确定 总被引:2,自引:0,他引:2
应用生物信息学手段,收集和整理了411个玉米产量及构成因子QTL相关信息,借助高密度玉米遗传图谱IBM2 2005 Neighbors,采用BioMercator2.1软件构建出含221个QTL的整合图谱。采用统合分析方法,在LOD值大于4.0时于玉米第6染色体上确定1个与穗数、粒重和单位籽粒产量相关的”一致性“QTL,由标记bnlg1732和bnl8.08c界定,间距14.51cM。从MaizeGDB网站下载”一致性“QTL区间内基因和标记的原始序列,通过NCBI网站在线软件BLASTx同源比对分析,初步获得3个产量位置候选基因。利用比较基因电子定位策略,将53个水稻和玉米产量相关基因定位到玉米IBM2 2005 Neighbors图谱上,在”一致性“QTL区间内发现1个控制水稻分蘖数基因,初步确定为产量位置候选基因。本文结果为确定有关玉米产量因子的QTL及其候选基因提供了信息。 相似文献
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本文就芸薹属物种的分类与亲缘关系,芸薹属物种中A、B和C基因组进化及遗传关系,芸薹属各物种之间及其与拟南芥的比较基因组学,以及比较基因组定位在芸薹属作物重要农艺性状分析中的应用方面的研究进展进行了详细阐述,并对芸薹属作物基因信息资源利用和分子育种改良等方面的研究进行了展望。 相似文献
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黑麦属优异基因在小麦改良中的研究与应用 总被引:3,自引:0,他引:3
黑麦属(Secale cereale,2n=14,染色体组R)作为小麦的三级基因源,在小麦遗传改良中发挥了重要的作用。本文综述了黑麦属优异基因在普通小麦遗传改良中的应用及分子特性的最新研究进展;并将报道的黑麦相关基因及数量性状位点(quantitative trait loci,QTL)整合到其物理图谱,发现在1R染色体上分布的优异基因最多,从而在分子水平上解释了1RS/1BL易位系得以广泛应用的原因;并对黑麦属优异基因的进一步利用进行展望。 相似文献
4.
小麦籽粒品质相关性状属于数量性状,由多基因控制。为了探索小麦(Triticum aestivum L.)品质相关性状的遗传基础,以波兰小麦(Triticum polonicum L.)品系XN555×普通小麦品系中13产生的重组自交系(recombinant inbred lines,RILs)群体(包含99个F10株系)为研究材料,采用SSR(simple sequence repeat)分子标记技术构建遗传连锁图谱;根据2012年和2013年的表型数据,采用完备区间作图法(inclusive composite interval mapping,ICIM)定位籽粒硬度、籽粒蛋白质含量、面粉蛋白质含量和湿面筋含量等品质性状QTL。获得了由241个SSR标记位点组成的A、B染色体组的14个连锁群图谱,覆盖基因组1 338.92 cM,标记间的平均遗传距离为5.56 cM。共定位24个品质性状QTL,分布在1A、3A、4A、5A、6A、1B、2B、3B和5B等9条染色体上。其中,籽粒蛋白质含量和面粉蛋白质含量各7个QTL,湿面筋含量和籽粒硬度各5个QTL,4个性状的单个QTL可分别解释表型变异的8.30%~29.69%、6.90%~29.50%、10.10%~18.43%和7.93%~30.49%。两年都在6A染色体的Xbarc104~Xcfa2114标记区间内与Xbarc104相距1.2 cM处检测到湿面筋含量QTL,并于2012年和2013年分别检测出了面粉蛋白质含量和籽粒蛋白质含量的QTL。本研究为利用波兰小麦改良普通小麦以及在小麦品质改良中应用分子标记辅助选择提供依据。 相似文献
5.
本研究以甘蓝型油菜GH06和中油821为亲本杂交,后代通过"一粒传法"连续自交8代构建重组自交系群体SWU-2为材料,利用本实验室已构建的遗传连锁图谱和复合区间作图法(CIM)对三个不同环境下含油量及含油量环境钝感系数进行QTL分析。结果表明:(1)不同环境中共检测到49个含油量相关QTL分别位于10个不同连锁群上,单个QTL可解释3.31%~12.47%的表型变异,42个含油量环境钝感系数QTL分别位于12个不同连锁群上,单个QTL可解释表型变异的4.05%~14.68%;(2)7个含油量相关的QTL与含油量钝感系数QTL相互重叠,分别位于第1、5、8、10、15和20连锁群上。研究结果表明明甘蓝型油菜含油量相关性状表现为多基因控制的数量性状,基因表达受环境影响较大,本研究为甘蓝型油菜含油量钝感基因的筛选提供了依据,有助于促进甘蓝型油菜高油稳油分子标记辅助育种的发展。 相似文献
6.
为探究酒用高粱籽粒酿造性状的遗传基础,本研究利用超级基因分型技术(Supper-GBS)技术对BTx623×红缨子的205个家系的重组自交系(RIL)群体开展基因分型,构建了包含1 910个单核苷酸多态性标记(SNP),标记平均间距为0.47 cM的连锁图谱。结合两年4个环境的表型数据,利用完备区间作图法(ICIM)对籽粒总淀粉含量、支链淀粉含量、单宁含量、硬度和颜色等5个酿造性状进行了数量性状位点(QTL)定位。结果表明,在高粱的1~9号染色体上检测到9、7、11、5和3个QTL分别与总淀粉含量、支链淀粉含量、单宁含量、籽粒硬度和籽粒颜色相关,一共涉及到35个不同的QTL,其中15个QTL与前人定位结果一致。在多个性状和环境中检测到3个重要遗传区段,分别位于1号染色体(66.30~71.55 Mb)、4号染色体(54.00~62.3 Mb)以及6号染色体(54.59~57.57 Mb),其中包括已知的Tan1和Y1基因,以及6个与淀粉和类黄酮合成途径相关的候选基因,如编码β-淀粉酶、黄烷酮3-羟化酶和bHLH转录因子等。本研究结果为酿造性状相关基因的进一步克隆奠定了基础,也为利用标记... 相似文献
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不同磷、钾处理小麦苗期氮营养性状的QTL分析 总被引:1,自引:0,他引:1
8.
为了加速大豆主茎节数候选基因的的克隆和功能验证,并为大豆主茎节数分子标记辅助育种提供分子基础,本研究通过高通量测序检测与大豆主茎节数相关数量性状区间(QTL),结合双亲重测序信息开发QTL区间InDel分子标记,实现了大豆主茎节数相关主效QTL区间的精细定位。本研究以少主茎节数C025材料为母本,多主茎节数中119为父本杂交衍生的重组自交系(RIL)102个株系为试验材料,取自交系中极端少主茎节数30株和极端多主茎节数30株,构建两个极端混池,利用传统分群分析法(BSA)和全基因组特异性位点扩增片段测序手段(SLAF-Seq)相结合的方法在4号染色体检测到与大豆主茎节数相关的5个QTL。为了进一步缩小QTL区间,依据双亲材料的高通量重测序信息,获取QTL区间的插入缺失位点(InDel)信息,并开发InDel标记。首先利用InDel标记在F2群体进行基因型分析,结果主效位点落在第3个QTL区间。其次在主效区间开发8个共显性InDel标记,结合RIL群体全部株系进行表型鉴定,最终获得9个交换单株,将主效区间分为6种交换类型,结合表型分析最终将大豆主茎节数位点精细定位到InDel标记Chr04-38和Chr04-46之间,其区间只有171.9 kb,包含候选基因6个,实现了大豆主茎节数的精细定位。本研究通过高通量测序与极端混池相结合的方法可以高效快速地检测与大豆主茎节数相关区间,并结合双亲重测序信息开发关联区间InDel分子标记,精细定位大豆主茎节数。本研究开发的Indel标记Chr04-38和Chr04-46与大豆主茎节数紧密连锁,有利于后期大豆主茎节数分子标记辅助育种。 相似文献
9.
短季棉育种是缓解我国当前粮棉争地矛盾、实现粮棉双丰收的有效途径。研究短季棉早熟及相关性状的遗传,寻找与其相关基因紧密连锁的分子标记对于短季棉育种具有重要意义。以百棉2号×TM-1组合构建的F2为作图群体,利用SSR标记构建遗传连锁图,采用复合区间作图法对短季棉早熟及相关性状在F2群体中进行QTL定位,构建了一张含152个SSR标记、40个连锁群、总长1010.3cM、覆盖棉花基因组的22.6%、标记间平均距离为5.91cM的短季棉分子标记遗传连锁图谱,得到的40个连锁群已定位到相应的21条染色体上,为短季棉分子遗传图谱进一步饱和奠定了良好的基础;检测出22个控制早熟及相关性状的QTL,其中检测到的主效QTL可用于短季棉标记辅助选择育种。 相似文献
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【目的】鉴定影响水稻氮、磷、钾利用相关性状的QTL,为开展水稻养分高效利用分子标记辅助选择育种和肥高效基因的图位克隆提供依据。【方法】以云南强耐冷(2级)粳稻地方品种丽江新团黑谷与十和田杂交、回交获包含105个株系的孕穗期耐冷性近等基因系BC4F8及双亲为材料,在云南白邑(冷水胁迫)、寻甸(自然低温胁迫)和玉溪(正常生长环境)3种生长环境下进行水稻氮、磷、钾养分吸收相关性状的鉴定,并利用构建的含有180个SSR标记,全长为1820.6 c M,标记间平均距离为15.67 c M的遗传图谱,用基于完备区间作图法的QTL Ici Mapping V3.2软件对16个性状进行QTL定位分析。【结果】3种环境下共检测到56个QTL,分布在第1、2、3、4、5、6、7、9和10染色体上,单个性状QTL数为1~10个,单个QTL可解释的各自性状表型贡献率为8.88%~35.30%。其中,氮、磷、钾利用效率QTLs数分别为12个、27个和17个。而q TNA-1a、q TPA-1、q PHI-1、q PHI-6、q PHI-7b和q KHI-6共6个QTL在冷害和正常环境下均能检测到,稳定性较高,其贡献率变幅为10.63%~31.57%。在第1、3、4、5、6、7和10染色体上有13个标记区域存在QTL成族分布,单个QTL位点控制的性状数为2~5个,其中共同控制磷总吸收量、磷素干物质生产效率、磷素收获指数、每100 kg籽粒需钾量和钾素收获指数等性状的位点数最多。【结论】获得56个影响氮、磷、钾利用相关性状的QTL,且发现的13个QTL富集区可作为水稻氮、磷、钾高效利用分子育种的重要候选区域。 相似文献
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玉米叶夹角和叶向值的QTL定位 总被引:4,自引:0,他引:4
叶夹角和叶向值是评价玉米株型的重要指标。本研究以甜玉米自交系组合T14×T4的F2为作图群体,构建了包含192个SSR标记位点的遗传连锁图谱,覆盖玉米基因组1260cM,平均图距6.56cM。通过测定F2、F2:3家系的叶夹角和叶向值,应用复合区间作图法在两个世代中共检测到26个QTL,其中14个与叶夹角相关的QTL,分别位于第2、5、6、7和8染色体上,单个QTL可解释的表型变异为3.3%~26.2%;12个与叶向值相关的QTL,分布于第1、2、3、7和10染色体上,单个QTL可解释的表型变异为3.1%~20.7%。在第2、3、5染色体上分别检测到1、1、2个同时在F2、F2:3家系都稳定表达的QTL,分别落在区间bnlg1329~bnlg1613、umc1148~umc2275和umc1097~umc1692,可作为相关数量性状基因的候选基因。发现1个同时控制叶夹角和叶向值性状的QTL,位于第2染色体上的bnlg1017-umc2129区间,对两性状的表型贡献率分别为10.8%和10.6%。本研究的结果有望为玉米耐密型育种及分子辅助选择育种提供一定的理论依据。 相似文献
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小麦穗部性状是与籽粒产量关系密切的重要农艺性状。本研究以一个由99个株系组成的来源于波兰小麦(Triticum polonicum L.)和普通小麦(Triticum aestivum L.)品系中13杂交后代的F8重组自交系(recombinant inbred lines,RIL)群体为实验材料,利用微卫星(simple sequence repeat,SSR)标记对穗长、穗粒数和有效小穗数进行数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)定位分析。所构建的A染色体组和B染色体组共14个连锁群的遗传连锁图谱由115个SSR标记位点组成,图谱全长822.9cM,标记间的平均遗传距离为7.16cM。采用复合区间作图法在两年的环境中检测到分布在2A、3A、3B、5B和7B染色体上的6个穗长QTL,5个穗粒数QTL和2个有效小穗数QTL,表型变异贡献率分别为9.21%~22.94%,9.18%~19.71%和11.48%~13.01%。两年中都在3A染色体上的Xbarc12~Xbarc310区间内检测到控制穗粒数的主效QTL,说明该QTL较少受环境条件的影响,是一个稳定可靠的穗粒数QTL。该QTL与最近标记的遗传距离为0.01cM,可用于小麦产量性状的分子标记辅助育种。 相似文献
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非洲栽培稻作为重要的水稻种质资源,其基因渗入系可以为普通栽培稻的遗传背景提供新的有利基因,如果能将这些优良基因引入普通栽培稻中,可为水稻分子设计育种提供新的基因资源。本研究以非洲栽培稻基因渗入系YIL60与轮回亲本中9B(Z9B)杂交衍生的包含188个株系的F2和F2:3群体为材料,对粒形性状包括粒长、粒宽、籽粒长宽比、千粒重,剑叶形态性状包括剑叶长、剑叶宽进行数量性状点位(QTL)检测。结果共检测到16个QTL,包括2个粒长QTL、3个粒宽QTL、2个籽粒长宽比QTL、2个千粒重QTL、1个剑叶长QTL、6个剑叶宽QTL,分布于第1、第6、第7、第10和第11号染色体上,贡献率为2.25%~25.64%;有4个多效性QTL区间,有4个QTL qGW7-1、qFLL10、qFLW10、qTGW7在F2和F2:3群体中被重复检测到,其中在第7号染色体RM3859-RM3394区间检测到同时控制粒长、粒宽、籽粒长宽比和千粒重的QTL,贡献率最高达17.10%,是一个来源于非洲栽培稻的新粒形QTL。本研究为进一步开展粒形、剑叶形态性状基因的精细定位、克隆和分子标记辅助育种工作奠定了一定的理论基础。 相似文献
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为挖掘甘蓝型油菜主花序长度和主花序角果数性状显著关联单核苷酸多态性(SNP)位点,并鉴别相关候选基因,本研究以300份甘蓝型油菜自交系为试验材料,对甘蓝油菜主花序长度和主花序角果数性状进行一年两地表型考察,并结合该群体前期开发的201 817个SNP标记,采用一般线性模型(GLM)和混合线性模型(MLM)进行全基因组关联分析(GWAS),此外,对性状显著关联SNP位点两侧100 kb区域内相关候选基因搜寻并进行功能预测。结果表明,300份甘蓝型油菜主花序2性状在两地均表现出表型变异。GLM关联分析发现,两地共检测到22个主花序长度和41个主花序角果数显著关联SNP位点;MLM分析发现,两地共检测到9个主花序长度和31个主花序角果数显著关联SNP位点,MLM结果与部分GLM分析结果一致。相关候选基因功能预测结果表明,有28个候选基因参与油菜花序分生组织和花器官发育、生长素合成与极性运输、信号转导等生物学过程,表明以上候选基因可能参与调控油菜主花序生长及主花序角果形成。本研究为揭示油菜主花序性状的遗传变异,培育耐密植高产油菜品种提供了理论依据和技术参考。 相似文献
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甘蓝型油菜5个重要性状QTL分析* 总被引:1,自引:0,他引:1
利用种皮色泽差异显著的甘蓝型油菜(Brassica napus)黄籽GH06和黑籽P174为亲本以及由它们构建的132个F2:3家系群体,对饼粕蛋白质含量、皮壳率、皮壳含油量、千粒重及种子含油量5个性状进行考察及QTL分析,5个性状均表现为连续分布,有的甚至表现出单向或双向超亲优势,表明5个性状均为多基因控制的数量性状。5个性状共检测到13个QTL,其中千粒重1个QTL,对表型变异贡献率为18.7%;饼粕蛋白质含量5个QTL,解释表型变异在7.8% ~14.4%之间;皮壳率3个QTL,解释表型变异在26.5%~32.8% 之间;皮壳含油量3个QTL及种子含油量1个QTL,解释表型变异在8.3% ~12.1%之间。在第20连锁群上,发现有饼粕蛋白质含量QTL与皮壳含油量和千粒重QTL重叠的区段。 相似文献
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【目的】玉米叶片持绿性与籽粒产量、品质性状密切相关,本研究利用单片段代换系群体,对高氮和低氮条件下的玉米穗位叶持绿性状进行了QTL定位,旨在为持绿相关基因的精细定位以及克隆相关主效QTL奠定基础。【方法】以氮效率差异显著的两个亲本许178和综3构建的172个玉米单片段代换系为研究材料,采用完全随机区组设计,在高氮(N 240 kg/hm^2)和低氮(N 75 kg/hm^2)条件下,进行了两年大田试验。以吐丝后第10天穗位叶的SPAD值作为玉米持绿性的表型值,根据代换系与亲本许178表型值的T-test结果,利用该群体的SSR遗传图谱,在P <0.01条件下定位持绿性状的QTL。【结果】在基因组范围内,两个氮水平下共定位53个穗位叶持绿QTL (贡献率为–2.45%~–22.65%)。上述QTL在玉米的10条染色体上均有分布,其中以第1染色体上检测到的数量最多(14个),第7染色体上检测到的数量最少(1个)。高氮条件下检测的QTL为29个,6个在两年试验条件下被重复检测,分别为qhnSG1d、qhnSG2a、qhnSG3a、qhnSG4a、qhnSG8b和qhnSG10c,其中qhnSG8b和qhnSG10c为高氮特异QTL,两年内QTL的贡献率分别为–4.47%、–9.17%、–9.46%和–5.05%;低氮条件下检测的QTL为16个,2个QTL在两年大田环境被重复检测,分别为qlnSG1f和qlnSG2b。其中qlnSG1f为低氮特异QTL,两年内QTL贡献率分别为–9.70%和–10.85%。【结论】通过对玉米穗位叶持绿性状分析,将高氮特异持绿染色体片段定位到umc1077~umc2350区段内,低氮特异染色体片段定位到umc1013~umc2047区段内。 相似文献
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供氮和不供氮条件下玉米穗部性状的QTL定位 总被引:3,自引:0,他引:3
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盐胁迫下水稻部分生化性状的QTL定位 总被引:2,自引:1,他引:1
应用247个株系组成的珍汕97B/密阳46重组自交系群体及其相应的含250个分子标记的高密度分子遗传图谱,对0.7%NaCl盐处理后的水稻苗期相关生化性状进行QTL定位。在第1染色体的RM237-RM246区间检测到1个控制蛋白质含量的QTL,贡献率为13.14%;在第12染色体的RG81-S13126和RM309-RG543区间分别检测到1个控制脯氨酸含量和抗坏血酸含量的QTL,贡献率为9.09%和7.97%。并将所定位区间与已报道的水稻盐胁迫反应基因/QTL的位置进行了比较。 相似文献
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黄瓜单性结实候选基因预测与表达分析 总被引:1,自引:0,他引:1
为发掘黄瓜单性结实基因并通过表达分析预测相关基因的功能,以黄瓜单性结实性状QTL定位结果为基础,对主效QTL区段内的基因进行生物信息学分析,发现118个基因与细胞周期、细胞生长以及激素信号传导等生物学过程有关。结合黄瓜单性结实转录组研究结果,共筛选出10个在黄瓜单性结实过程中转录水平有剧烈变化的基因。利用q RT-PCR技术分析这些基因在授粉、未授粉及单性结实的黄瓜果实发育过程中的转录变化,结果表明,Cs CRT1、Cs LON、Cs TRAPPC4、Cs RABEPK和Cs POT基因在单性结实坐果过程中特异性的上调表达,Cs5NG4基因在单性结实和授粉结实过程中呈相反表达趋势,因此推测这6个基因为黄瓜单性结实候选基因。本研究为进一步利用候选基因资源改良现有黄瓜栽培品种的单性结实性奠定了基础。 相似文献