姬松茸ISSR特异扩增体系的研究

为了建立稳定的姬松茸(Agaricus blazei Murill)简单序列重复区间(Inter-Simple Sequence Repeats,ISSR)分子标记技术体系,笔者通过单因子试验分别研究了模板DNA、Mg2 浓度、dNTP、引物浓度和Taq酶用量对姬松茸ISSR-PCR扩增的影响,确定了姬松茸ISSR分析的最佳PCR条件为:25μL反应体系中,模板DNA20ng,引物0.75μmol/L,dNTP200μmol/L,Mg2 2.0mmol/L,Taq DNA polymerase 1.5U。并应用该优化体系筛选到6个适合姬松茸ISSR-PCR扩增的引物,为利用ISSR标记技术研究姬松茸的种质资源提供了参考。     

利用正交试验建立橄榄的ISSR-PCR反应体系

采用正交试验设计,对影响橄榄ISSR-PCR的5个主要因素(Mg2+浓度、dNTP、Taq DNA聚合酶、模板DNA浓度和引物浓度)在4个水平上进行优化筛选,建立了适合橄榄ISSR-PCR反应的最佳体系。即20μl体系中含有Mg2+3.0 mmol/L、dNTP 0.225 mmol/L、Taq DNA聚合酶1 U、模板DNA80 ng和引物0.25μmol/L,利用该体系对多个橄榄品种进行ISSR分析取得良好结果。     

蜡梅ISSR反应体系的优化

通过不同浓度Mg2 、dNTP、模板DNA、引物的组合试验、及不同浓度引物、Taq DNA聚合酶的单因素试验,筛选蜡梅最佳ISSR反应体系为:每20μL中含1×PCR buffer、2.5 mmol·L-1 MgCl2、0.2 mmol·L-1 dNTP、0.3μmol·L-1引物、30ng模板DNA、1U TaqDNA聚合酶;同时通过梯度PCR试验确定了不同引物的适宜退火温度.     

平欧杂种榛ISSR反应体系的优化与验证

以5-’(AG)8(AGC)C-3’为引物对育种代号为82-6的平欧杂种榛品系的ISSR反应体系中各个主要影响因子进行优化筛选。结果表明:在20μL ISSR反应体系中各组分的最适浓度分别是,DNA模板为2.5 ng/μL,Mg2+浓度为1.875 mmol/L,1×buffer(不含MgCl2),引物的浓度为0.3μmol/L,Taq DNA聚合酶1 U,dNTP浓度为200μmol/L。并利用该优化体系对平欧杂种榛的15个品种(系)进行了ISSR扩增,证实该体系稳定可靠。     

茶花品种ISSR指纹图谱反应体系建立与优化

以30个茶花品种为试材,采用5因素4水平正交实验以及单因素优化试验方法,研究Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度和模板DNA浓度对ISSR-PCR指纹图谱条带清晰度的影响,以进行茶花品种ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选。结果表明:茶花品种ISSR-PCR最适扩增条件为25μL反应体系中,Mg2+3.0mmol/L、dNTPs 0.2mmol/L、引物0.3mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5U、模板DNA 80ng以及52.1℃退火温度;试验从100个ISSR引物中筛选出12个适用引物;并对12个ISSR引物的多态性和稳定性进行了检验。     

正交设计优化莲藕ISSR-PCR反应体系研究

利用正交实验设计的方法,对莲藕ISSR-PCR反应的四因素(TaqDNA聚合酶浓度、dNTP浓度、引物浓度、Mg2+浓度)三水平进行优化分析,并在此基础上对模板DNA浓度、PCR反应过程中的退火温度进行梯度检测。结果表明:20μL的ISSR-PCR反应体系中各因素的最佳浓度为:10×PCRbuffer 2.0μL、dNTP150μmol/L、引物1.2μmol/L、Mg2+2.0 mmol/L和TaqDNA聚合酶4 U,最佳模板DNA浓度为40～60 ng,引物U826的最佳退火温度为48.7℃。     

古樟ISSR扩增条件的优化

采用改良CTAB法提取古樟叶片基因组DNA.利用单因素试验设计,对反应体系中退火温度、模板DNA含量、Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量、去离子甲酰胺等7种因素不同梯度对扩增结果的影响进行了比较分析.结果表明:古樟ISSR-PCR最佳反应体系为,在20 μL PCR反应体积中,含50 ng DNA模板,2.5 mmol/L MgCl2,0.20 mmol/LdNTPS,1 U Taq DNA聚合酶,0.5μmol/L引物浓度,2％去离子甲酰胺.该反应体系的建立为今后利用ISSR分子技术对古樟的遗传多样性分析提供了技术支撑.     

杜鹃花ISSR-PCR反应体系的建立和优化

以杜鹃花为试验材料,采用正交实验方法,研究模板DNA浓度、ISSR引物浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶浓度、Mg2+浓度等5个因素对ISSR-PCR反应体系的影响,以建立适合杜鹃花的ISSR-PCR最佳扩增体系。结果表明:杜鹃花ISSR反应体系的最佳条件为模板DNA用量为60ng/20μL,ISSR引物浓度0.60μmol/L,dNTPs浓度0.50μmol/L,Taq DNA聚合酶浓度30U/mL,Mg2+浓度为0.6mmol/L。采用该反应体系可以从10份杜鹃花(R.simsii)基因组内扩增出稳定性高、重复性好ISSR-PCR产物。该研究为杜鹃花的遗传多样性分析、ISSR指纹图谱构建、亲缘关系鉴定等研究奠定了基础。     

光核桃ISSR扩增体系的优化

为确保光核桃ISSR反应条件的稳定性,以改良的CTAB法提取光核桃基因组DNA,对模板DNA浓度、MgCl2浓度、dNTPs浓度、Taq酶用量、引物浓度等因素进行了优化,确立了光核桃ISSR反应体系。结果表明:最佳反应体系为模板浓度40ng/μL、引物浓度0.4μmol/L、Mg2+的浓度2.5mmol/L、酶浓度0.5U、dNTPs浓度0.5mmol/L,为光核桃这一优质的种质资源的遗传多样性研究奠定了理论基础。     

花椰菜最适ISSR反应体系的建立及优化

以花椰菜9901A×9908杂交种为材料,用高盐低pH值法提取的基因组DNA为模板,对ISSR-PCR反应体系中的镁离子浓度、dNTP浓度、Taq DNA聚合酶量、引物用量以及最适退火温度等影响因子进行了优化和筛选,建立了适合花椰菜的ISSR反应体系:20 μL PCR反应体系,含10×PCR反应缓冲液2 μL,2.0 mmol/L MgCl2,4×dNTP混合物0.2 mmol/L,引物0.5 μmol/L,Taq酶1.5 U,基因组DNA约30 ng,最适退火温度为52.8℃.     

正交设计优化大白菜ISSR-PCR反应体系

以大白菜为试材,采用新型植物基因组DNA提取试剂盒提取大白菜基因组DNA,采用正交实验设计方法,对dNTPs、Mg2+、Taq DNA聚合酶、引物、及模板DNA五因素四水平进行优化,筛选并建立了适合大白菜的ISSR-PCR反应体系。结果表明:25μL的反应体系中含有1.5mmol/L Mg2+、200μmol/L dNTP、0.5UTaq DNA聚合酶、0.7μmol/L引物、30ng模板DNA。在此基础上探讨了最佳循环次数,应用该优化反应体系,用3个不同循环数对资源DNA进行ISSR-PCR扩增,结果显示优化的反应体系适宜的循环次数是30。     

应用正交设计优化江南牡丹RAPD-PCR反应体系

以牡丹品种"云芳"基因组DNA为模板,采用正交实验设计L25(55)对影响牡丹RAPD-PCR反应的5因素(模板DNA、引物、Mg2+、dNTPs、Taq酶)在5个水平上进行优化试验。结果表明:最佳的RAPD-PCR的反应体系为:20μL体系中含有25 ng的模板DNA,0.2μmol/L的引物,Mg2+1.0 mmol/L,1×buffer反应缓冲液,DNTPs各为0.2 mmol/L,1.0 U的TaqDNA聚合酶。     

枣树RAPD分析条件的优化研究

试验通过系统的比较研究,建立了枣树RAPD分析的优化反应条件,即25μL反应体系中含有100mmol/LKCl、8mmol/L(NH4)2SO4、10mmol/LTris—HCl(pH9.0)、Np—40、2.0mmol/LMgCl2、160μmol/LdNTP、15ng引物、30ng模板DNA和1.5UTaqDNA聚合酶。适宜的扩增程序为94℃4min,1个循环;94℃30s、36℃40s、72℃1min,50个循环;72℃8min,1个循环。与不同试验室间获得的RAPD分析最佳反应条件进行比较表明,枣树RAPD分析的最佳反应条件在不同实验室间有很强的一致性,只需对dNTP、引物和TaqDNA聚合酶的用量进行小幅度调整。     

苹果SSR反应体系的建立

为摸索适宜苹果的SSR反应体系,以金冠苹果为试验材料,研究了苹果SSR技术中PCR反应体系的主要成分对SSR扩增结果的影响。对SSR反应体系中的Mg2+浓度、引物浓度、dNTP浓度、TaqDNA聚合酶浓度、模板浓度以及退火温度进行了探索,确立了适合苹果的SSR反应体系为:在20μL反应体系中,Mg2+、引物和dNTP的最适浓度分别为2.5mmol/L、0.8μmol/L、0.10mmol/L;反应体系中TaqDNA聚合酶宜加入1U,模板DNA应加入15-30ng;引物的最佳退火温度为48.5-52.0℃。并利用该反应体系对10个苹果代表品种进行SSR反应,用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,不同品种间DNA谱带多态性丰富,证实该体系稳定可靠。     

辣椒SRAP分子标记的优化及在航椒4号种子纯度检测中的应用

为了对SRAP分子标记在辣椒中的应用进行优化,试验采用正交设计L16（45）,在4个水平上对影响辣椒SRAP反应体系的Taq酶浓度、Mg2＋含量、模板DNA用量、dNTP浓度及引物用量等5个因素进行了优化,并用单因素完全随机试验筛选各反应因素的最佳水平,建立了辣椒SRAP分子标记的最佳体系。结果表明,在10μL反应体系中,Taq酶最适浓度为1.5U、Mg2＋最适浓度为1.5 mmol/L、模板DNA最适用量为100ng、dNTP最适用量为0.3 mmol/L、引物最适浓度为0.1μmol/L。利用20个辣椒材料来验证此反应体系,6%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果显示,扩增产物在350～750 bp之间多态性高,且反应体系的稳定性和重复性好。通过优化的SRAP分子标记对F1代辣椒种子航椒4号进行纯度检测,检测结果为98%,与其田间检测结果100%十分接近。表明了SRAP分子标记技术是鉴定辣椒一代杂种纯度的有效方法,具有准确、可靠、快速的特点,在辣椒杂交种子纯度室内快速检测中有很大的应用前景。     

山楂ISSR分析体系的建立和优化

为在DNA分子水平上对山楂种质资源进行分析奠定基础,对退火温度、循环次数、DNA模板质量、Mg2+浓度、Taq DNA聚合酶的种类和浓度等影响ISSR反应的因素进行研究,建立并优化了山楂的ISSR分析体系。优化的山楂ISSR分析体系为:采用改进的CTAB法或QIAGEN试剂盒法提取总DNA;PCR反应体积为20μL,内含1×PCR反应缓冲液(Promega公司),3.0mmol/L MgCl2,0.2mmol/L dNTP,0.3μmol/L引物,0.5U Taq DNA聚合酶(天根公司),50ng总DNA;扩增程序为94℃ 3min;94℃ 30s,退火温度1min,72℃ 2min,38个循环,72℃ 7min。筛选出了10个适宜山楂遗传分析的ISSR引物。     

油橄榄SSR-PCR反应体系优化及引物筛选

设计正交试验,以油橄榄叶片DNA（CTAB法提取）为模板,对影响油橄榄SSR—PCR反应的主要影响因素进行优化,建立适合油橄榄的PcR反应和DNA多态性检测体系。试验结果表明油橄榄最佳SSR-PCR反应体系为：20μl体系中含有DNA模板20ng、dNTP0．15mmol／L、引物0．15μmmol／L、Taq酶1．0U。同时对100对引物进行扩增试验,筛选出多态性好、条带清晰的引物24对,用于油橄榄遗传多样性分析。     

杏ISSR反应体系的优化和指纹图谱的构建

以杏品种清密沙为试材,用引物UBC825〔序列为(AC)8T〕研究了PCR反应体系的主要成分及退火温度对杏ISSR扩增结果的影响。结果表明:Primer、Mg2+、Taq酶浓度对扩增效果有明显影响,而模板DNA和dNTPs含量对扩增结果影响不大。优化的反应体系为:20μL的反应体系中含10ng模板DNA、0.1mmol/LdNTP、0.25μmol/LPrimer、2.5mmol/LMg2+,0.5UTaqPolymerase。适宜退火温度为50-52.1℃。用引物UBC825和UBC868〔序列为(GAA)5〕在优化的反应条件下建立了5个种12份杏材料的ISSR指纹图谱。     

茄子ISSR-PCR反应体系优化及验证

以茄子为试验材料,采用改良CTAB法提取茄子嫩叶总DNA,结合单因素设计和正交设计L9(34)的优点,探讨Mg2+、dNTP、引物及TaqDNA聚合酶等因素对茄子ISSR-PCR反应体系的影响,利用16份广西茄子主要栽培品种对最优处理组合进行验证。结果表明,在25μL反应体系中,含2.5μL10×buffer、2.0～3.0mmol·L-1Mg2+、0.32～0.36mmol·L-1dNTP、0.4μmol·L-1引物、50ng模板DNA、0.6UTaqDNA聚合酶等成分,可以获得比较稳定、清晰和丰富的条带。