应用微卫星标记分析湘西黄牛与其他黄牛品种的亲缘关系

为了分析湘西黄牛与国内外其他品种的亲缘关系,利用8个微卫星标记对湘西黄牛进行了遗传多样性分析。结果发现湘西黄牛等位基因丰富,在57~72个之间;平均多态信息含量在0.8547~0.9024之间,为高度多态性;平均杂合度在0.8867~0.9248之间;各杂交牛之间都存在一些特有等位基因和缺失等位基因;通过Nei＇s聚类分析,其与引进种公牛的遗传距离较大,与国内4个优良肉牛品种相比,可以单独聚为一类。     

柴达木黄牛与我国其它品种黄牛亲缘关系的探讨

采用聚丙烯酰胶凝胶电泳法对柴达木黄牛和青海东部黄牛HB ,TF ,PTF ,PA和ALP5个基因座进行分析 ,根据其基因频率计算与我国其它品种黄牛的遗传距离 ,并用最短距离法进行聚类分析 ,以评价柴达木黄牛与其它黄牛的亲缘关系。结果表明 ,柴达木黄牛与青海东部黄牛之间存在最亲密的亲缘关系 ,与北方牛系蒙古牛 ,延边牛和安西牛之间具有较近的亲缘关系     

湘西黄牛遗传多样性的初步研究

利用6个微卫星标记对湘西黄牛的遗传多样性进行了初步分析.6对微卫星引物在湘西黄牛中共检测到65个等位基因,平均每对引物上检测到9.3个等位基因;平均有效等位基因7.8759个,等位基因在湘西黄牛群体中的分布很均匀;平均观测杂合度为0.8669,平均期望杂合度为0.8829.6个微卫星座位在湘西黄牛中平均多态信息含量(PIC)为0.8297,均大于0.5,都是高度多态性的.湘西黄牛杂合子的比例较大,基因纯合率都偏低,群体的遗传变异度高,表明湘西黄牛遗传多样性丰富,具有较大的选择潜力,可承受的选择压比较大,这是开展新品种培育工作的有利条件.     

微卫星标记测定湘西黄牛杂交牛的遗传多样性及其与生产性能的相关性研究

通过6对微卫星DNA标记对湘西黄牛及其与安格斯、夏洛来、利木赞和西门塔尔牛的杂交牛进行了遗传多样性分析,以期了解湘西黄牛及其杂交牛的群体遗传结构和育成情况.通过计算多态信息含量(PIC)、平均杂合度(H),评估湘西黄牛遗传变异和各杂交品种间遗传相关.结果表明,6个微卫星座位共检测到52个等位基因,平均等位基因数为8.67个;6个微卫星座位的多态信息含量在0.6858～0.8576间.表现出较为丰富的信息含量;4个杂交品种与湘西黄牛之间的遗传距离为0.1620～0.2554;杂交牛与湘西黄牛间遗传距离与杂种优势率的相关系数为0.9142,平均基因杂合度与杂种优势率的相关系数为0.8517,呈高度正相关.结果表明,有效微卫星标记的利用能有效的测定湘西黄牛杂交牛的遗传多样性,提高其生产性能.     

用微卫星标记分析贵州地方鸡种的遗传多样性及亲缘关系

利用20个微卫星座位对贵州12个地方鸡种和隐性白洛克进行遗传分析,得到各品种的等位基因频率、平均杂合度、多态信息含量及品种间的Nei氏标准遗传距离,并进行了聚类分析。结果表明:13个鸡种在各微卫星座位上的遗传杂合度均有差异,平均遗传杂合度为0.6885(贵州地方鸡种为0.6915);平均多态信息含量为0.6297(贵州地方鸡种为0.6326),说明贵州地方鸡种遗传多样性较隐性白洛克丰富。UPGMA聚类分析结果显示,13个鸡种分为2大类群,隐性白洛克独自构成一个类群,12个贵州地方鸡种为另一个类群,12个贵州地方鸡种进一步可分为4个小类群。研究结果对贵州地方鸡种资源的评估、保存和利用具有一定的指导意义。     

利用微卫星遗传标记估计金华猪个体间的亲缘关系

本研究采用微卫星标记多重扩增结合荧光标记检测技术,对金华猪Ⅰ系保种群中的120头猪的29个微卫星位点的基因型进行了检测,由检测结果可见,金华猪的基因纯合率较高,用SPSS软件对其中的72头金华猪个体间的亲缘关系进行聚类,在距离系数为8．147的水平上将这些猪聚成10大类。个体间的亲缘关系清楚可见,除个别猪外,与系谱资料的记录结果基本相符。根据聚类结果对5头系谱不明的猪进行了亲缘关系分析,结果是97-288与 98-104接近全同胞。23与784、99-542、K89等4头猪间的亲缘关系接近半同胞,302、382这两只猪间及与其他猪间几乎无亲缘关系。     

闽南黄牛的微卫星多态性研究

：用8个微卫星标记对闽南黄牛的等位基因频率、多态信息含量、杂合度和有效等位基因数等指标进行统计分析,并在此基础上对其进行聚类分析和分类研究。结果：8个微卫星标记在所检测的闽南黄牛群体中都表现出较丰富的多态性,在4个群体8个微卫星座位共有58个等位基因,每个微卫星标记平均检测到7．2个等位基因（3～11）;8个微卫星标记的平均多态信息含量（PIC）为0．6471,各群体的平均多态信息含量（PIC）差并不显著;全部群体平均杂合度为0．2930;各群体平均有效等位基因数为3．37。此表明闽南黄牛在微卫星位点上具有丰富的遗传多样性;根据奈氏标准遗传距离进行UPGMA聚类分析,结果表明4个群体间的遗传变异不大。     

微卫星标记与动物遗传育种

微卫星技术是20世纪80年代末期发展起来的一种能有效区别不同物种，不同群体及不同基因型个体的分子标记。微卫星标记广泛分布于各真核生物基因组中，且随机分布，本文就微卫星标记的结构特点及其在动物遗传育种中的应用作一综述。     

微卫星标记对4个贵州地方牛品种遗传多样性研究

选用联合国粮农组织(FAO)和国际动物遗传学会(ISAG)推荐的23对微卫星引物,采用荧光标记-多重PCR技术,检测了4个贵州地方黄牛品种的遗传多样性。结果显示,关岭牛和思南牛之间遗传距离最小,黎平牛和思南牛之间遗传距离最大;贵州4个地方黄牛品种两两间基因型一致的概率在关岭牛和思南牛之间的概率最大(2.892×10-23),在黎平牛和思南牛之间的概率最小(1.001×10~(-24));贵州地方黄牛品种71.3%的遗传分化发生在品种间,28.7%的遗传变异发生在品种内。贵州地方黄牛品种遗传多样性程度较高,开展品种选育的选择潜力较大。     

按运铁蛋白多态性分析青海黄牛与其它黄牛的遗传关系

按血清运铁蛋白等位基因频率分析了柴达木黄牛和青海东部黄牛与我国其它地方品种黄牛间的遗传关系，如果发现，黄牛与蒙古牛、延中、复 州牛、蒙山牛和安西牛等北方品种黄牛的遗传距离最短（0．00305－0．06131），且与这些品种牛聚成一个树系。由此将青海黄牛归属于诺－蒙古利亚系统的第一大类无峰牛内。     

利用微卫星标记分析长毛兔遗传多态性及其与产毛量相关性

利用微卫星标记技术，分析了皖系长毛兔的遗传多样性和4个微卫星座位与1岁时产毛量之间的关系。结果表明：皖系长毛兔4个微卫星座位上平均检测到4．5（3～6）个等位基因，平均杂合度为0．680（0．630-0．721），平均多态信息含量为0．642（0．559—0．705）；Sol33微卫星座位与1岁时产毛量呈显著相关（P〈0．05），其中基因型为AD和BD的个体1岁时产毛量与其他3种基因型个体间均存在显著差异（P〈0．05）；其他3个微卫星座位（Sat4、Sat13、Sol44）与1岁时产毛量相关不显著（P〉0．05）。     

8个牛品种的大理石花纹评分相关基因变异的微卫星DNA池分析

本研究以8个牛品种为研究对象,利用与大理石花纹评分基因相关的7个微卫星位点结合DNA池分析技术,探讨微卫星DNA多态性与8个牛品种大理石花纹评分间的关系,并根据性状同质性原理预测品种组合,以加快生产出高端"雪花"牛肉。结果表明:日本和牛与荷斯坦牛、安格斯牛、渤海黑牛的相似性系数均超过0.8,而日本和牛与其他牛品种的的相似性系数均小于0.8。利用MEGA4软件采用邻接法进行聚类,利木赞牛与西门塔尔牛先聚合在一起,再与草原红牛聚合;渤海黑牛与鲁西黄牛2个地方良种聚合在一起,以上5个品种聚为第1大类。荷斯坦牛与日本和牛聚合,再与安格斯牛聚在一起,它们聚为第2大类。根据本研究结果和国外肉牛杂交生产实践,从牛肉大理石花纹性状的同质性出发,建议利用日本和牛、荷斯坦牛为亲本,杂交生产高档"雪花"牛肉,以解决我国的肉牛牛源短缺问题。     

10个云南地方猪种微卫星遗传多样性分析

为阐明保山猪、迪庆藏猪、高贡黎山猪、丽江猪、明光小耳猪、滇南小耳猪、撒坝猪、大河猪、昭通猪、大河乌猪10个云南省优良地方猪种的群体遗传多样性和遗传结构,本试验参考ArkDB数据库中家猪14条染色体上的15对微卫星引物,对549个云南地方猪个体的耳组织样品进行了检测分析,计算各微卫星座位等位基因数（Na）、有效等位基因数（Ne）、Shannon's信息指数（I）、表观杂合度（Ho）、期望杂合度（He）、F-统计量（Fis、Fit、Fst）、基因流（Nm）、群体遗传距离等相关参数及多态信息含量（PIC）,采用NTsys 2.10软件构建聚类树,并采用STRUCTRUE 2.3.3软件评估群体遗传结构。结果显示：15个微卫星座位共检测到293个等位基因,各座位等位基因数在5~38个之间,平均等位基因数为19个,平均有效等位基因数8.3682个;10个云南地方猪群体的Shannon多样性、表观杂合度、期望杂合度和多态信息含量分别在1.4374~2.0317、0.6389~0.7756、0.7021~0.8281和0.6647~0.7993之间。各座位单个群体内近交系数（Fis）、总群体近交系数（Fit）、群体间遗传分化系数（Fst）的变化范围分别为-0.0678~0.4594、0.0618~0.5567和0.0713~0.1801;群体间Fst平均值为0.1101,处于中度遗传分化状态,有11.01%的遗传变异来自于群体间,大部分遗传变异来自于群体内;每个座位基因流程度较高,变化范围在1.6392~3.2551之间,平均值为2.0214。基于Nei氏遗传距离构建UPGMA系统发生树显示,高黎贡山猪与迪庆藏猪聚为一支,并与丽江猪、保山猪和明光小耳猪聚为一大支,其结果得到了STRUCTURE分析的验证。综上所述,10个云南地方猪种遗传多样性丰富,群体内有近交现象,群体间处于中度遗传分化,存在着一定的基因交流。     

4个肉牛品种微卫星多态性分析

本研究探讨了引进牛种（西门塔尔牛、利木赞牛）和山东地方黄牛（鲁西黄牛、利鲁牛）在20个微卫星位点上的多态性。试验从不同地区的种公牛站采集鲁西黄牛、利鲁牛、利木赞牛和西门塔尔牛的血液或精液样本,分别为56、27、31和30个,共计144个样本,血液样本采用Lab-Aid基因组DNA分离试剂盒提取基因组DNA,精液样本采用高盐法提取基因组DNA。利用20个微卫星标记,采用荧光标记毛细管电泳方法,对4个肉牛品种的DNA多态性进行分析,主要研究了每个群体的遗传变异指标（等位基因数、多态信息含量和杂合度）及群体间的遗传关系（F-统计量和基因流）。结果表明,肉牛基因组DNA条带整齐,无拖尾现象,质量较好,可用于本试验。20个微卫星座位中共检测到211个等位基因,平均等位基因数为10.6个。群体的平均观测杂合度在0.6147~0.7176之间,平均期望杂合度在0.6735~0.7862之间。在所有群体中各位点的多态信息含量在0.4853~0.8714之间,平均为0.7284,但在各个群体内的差异较大。近交系数及基因流分析结果表明,4个肉牛品种近交系数较低,群体间平均近交系数为0.085,每个微卫星位点的基因流均>1。总体来看,所选用的20个微卫星座位多态信息含量高,可作为有效遗传标记用于肉牛品种间遗传多样性分析。     

利用微卫星标记对4个肉牛品种进行遗传多样性分析

本研究利用10个微卫星标记分析了鲁西黄牛、布莱凯特肉牛、渤海黑牛和日本和牛4个品种185个个体的品种内遗传变异情况及各品种间的亲缘关系,共检测到58个等位基因,每个位点平均观察等位基因数为5.8个,从4(BM1818)到8个(ETH225和TGLA53)不等;有效等位基因数为2.5417～3.5849个;观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量变异范围分别为0.2270～0.5459、0.6082～0.7230和0.5482～0.6791,均属高度多态性位点。群体间遗传分化明显,有34.49%的遗传分化来自群体间的变异。以Nei氏遗传距离(D_A)构建UPGMA系统进化树,聚类结果表明,渤海黑牛与鲁西黄牛首先聚为一类,布莱凯特肉牛和日本和牛聚为一类。布莱凯特肉牛的3个微卫星座位10个克隆的PCR扩增片段测序获得的序列已提交GenBank,登录号分别为：GQ368896、GQ368897、GQ368898、GQ368899、GQ368900、GQ368901、GQ368902、GQ368903、GQ368904、GQ368905。10对微卫星座位可作为有效的遗传标记用于4个肉牛品种的遗传多样性和系统发生关系分析。     

运用微卫星标记对中国地方绵羊品种的遗传多样性分析

利用30对微卫星引物,以中国西部7个地方绵羊（Ovi saries）品种为研究对象,通过计算基因频率、平均杂合度（H）、多态信息含量（PIC）及有效等位基因数目（Ne）,并根据共祖遗传距离矩阵进行UPGMA聚类分析,评估其品种内和品种间的遗传变异。结果表明：在30个座位中,共检测到239个等位基因,平均每个座位等位基因数为8个;品种平均有效等位基因数为2.9～3.4个,座位平均有效等位基因数为1.9～5.3个;座位平均杂合度为0.320～0.818,品种平均杂合度在0.656～0.719之间,座位平均PIC为0.388～0.786,品种平均PIC在0.590～0.666之间。聚类分析表明各绵羊品种聚类结果与其来源、育成史和地理分布基本一致,其中有争议之处仍待进一步探讨。