苋菜主要品种DNA指纹图谱构建与遗传多样性分析

利用基因组DNA的RAPD、ISSR与SRAP等3种分子标记技术,对来自不同地区具有代表性的10个苋菜品种进行DNA指纹图谱构建与遗传多样性分析.8个RAPD引物共产生多态性条带25条,多态率为52.1％;6个ISSR引物共产生28条清晰带,其中多态性条带15条,多态率为53.6％;10个SRAP引物组合共产生144条带,其中多态性谱带83条,多态性比率为57.6％,说明品种间的多态性不高.综合3种标记10个品种,获得各自特异的DNA指纹数据.基于3种标记的聚类分析结果表明,10个材料可以分为4大类,与叶片形状、颜色等性状相符,在一定程度上揭示品种之间园艺学性状的相似性及亲缘关系远近.     

利用CDDP标记的菏泽牡丹品种资源的遗传多样性

【目的】在品种群水平和花色群体水平上分析菏泽牡丹资源的遗传多样性和遗传分化,为该资源的保护和利用提供理论依据与技术支持。【方法】利用CDDP分子标记技术,对白、粉、黑、红、黄、蓝、绿、紫红、紫和复色系等10个花色群体构成的299份菏泽牡丹品种资源的基因组DNA进行扩增分析。【结果】用18条CDDP引物对10个花色群体共299份样品进行扩增,共检测到385条扩增带,其中多态性条带368条,特异条带23条,分别占总条带的95.58%和5.97%。在品种群水平上,Nei’s基因多样性指数、有效等位基因数和Shannon信息指数分别为0.1648、1.2569和0.2695;在花色群体水平上,上述指标依次为0.1451、1.2313和0.2306。综合分析各项指标得出,红色系和紫色系具有较高的遗传多样性,复色系和绿色系牡丹的遗传多样性较低。花色群体间的遗传距离较近,平均为0.0271;遗传一致度较高,平均为0.9735;遗传分化系数为0.1252,表明只有12. 52%的遗传分化存在于群体间;群体间还具有较大基因流值（3.4939）。遗传多样性分析和UPGMA聚类结果在分子水平上验证了牡丹品种资源的花色演化趋势：以粉色系和红色系为中心,渐渐演化出紫红、紫、蓝和白色系,再进化为黄色系和黑色系,绿色系和复色系属于退化的色系。【结论】CDDP技术可有效揭示牡丹种质资源的遗传多样性。在品种群水平上,菏泽牡丹品种资源遗传多样性高于花色群体水平。花色群体间存在一定程度的遗传分化。聚类结果揭示了牡丹花色的演化趋势。     

25个菊花品种遗传多样性的ISSR分析

为了摸清重庆地区的菊花品种的遗传关系,以便分类鉴定与生产运用,用ISSR-PCR技术对25个重庆地区主栽菊花品种的遗传多样性和亲缘关系进行了分析。从100条ISSR引物中筛选出10条引物分别对供试材料基因组DNA进行扩增,共扩增出242条带,其中多态性条带241条,多态性比率高达99.6%,表明供试材料在DNA水平上存在广泛差异。用NTSYS软件统计分析出供试品种的DICE相似系数界于0.331~0.718之间,应用根据UPGMA得出聚类结果,将25个品种分成4个类群,聚类结果与传统的形态学分类有些不同,可以看出ISSR标记技术能较准确地揭示出菊花品种的遗传多样性,它与形态学分类方法结合对菊花品种的分类研究会有很大推动作用。     

金银花SSR指纹图谱的构建及遗传多样性分析

以金银花及其常见变种为材料,利用SSR标记技术构建分子指纹图谱,并用于遗传多样性分析。选择25个SSR位点用于多态性分析,其中3个位点具有较强多态性,并构建基于Excel格式的金银花SSR指纹图谱,包括3对引物在6个供试材料中扩增到的18条多态性条带信息。应用该指纹图谱对金银花及其变种的遗传多样性进行分析,结果表明,金银花与山银花之间遗传距离较远,仅0.28。应用该指纹图谱对87个市售金银花进行分析,能够区分出河北、山东、河南等地的金银花品种。SSR标记技术具有快速、稳定的优点,具备金银花种质资源标准化分析及中药材市场化检测应用的价值。     

应用ISSR对25个小菊品种进行遗传多样性分析及指纹图谱构建

【目的】揭示选育出的菊花新品种遗传多样性并建立ISSR指纹图谱,为品种知识产权保护提供依据。【方法】选用21个ISSR引物,对新选育的25个小菊品种的基因组DNA进行随机引物PCR扩增。【结果】共获得122条扩增带,其中多态性谱带114条,占扩增谱带数的93.4%;品种间相似系数变幅在0.282～0.757;平均有效等位基因数为1.6390,平均Nei’s基因多样性指数为0.3620,平均Shannon信息指数为0.5323;在21个引物中,引物ISSR35扩增的谱带可把25个品种完全区分开。【结论】ISSR标记技术能较好地从分子水平揭示出菊花品种的遗传多样性,并能有效应用于菊花品种指纹图谱的构建。     

甜樱桃栽培种指纹图谱构建及遗传多样性分析

为了对甜樱桃品种进行分子鉴别及分析不同品种间的亲缘关系,以叶片直接进行PCR扩增,采用EST-SSR分子标记技术构建生产上常用的40个甜樱桃栽培品种的数字指纹图谱和模式指纹图谱数据库(Cluster Project)并进行遗传多样性分析。采用24对甜樱桃核心引物对所有品种基因组进行扩增,共检测到129个等位位点,包括118个多态性位点,多态性比率为91.2%。每对引物扩增出的等位位点数3~10个,每对引物平均扩增5.38个基因型,扩增条带大小介于100~500bp,多态信息含量(PIC)为0.654,基因流(Nm)为1.402,平均杂合率为0.495。8对引物,即PA17、PA32、PA51、PA54、PA73、PA99、PA101和PA202可作为指纹图谱构建的首选引物,利用其中的PA17、PA51、PA99、PA101和PA202以引物组合方式构建指纹图谱可区分40个品种;聚类分析表明在遗传距离0.71处40个品种被分为5类,聚类结果与品种的特性及成熟期具有较高的一致性。     

陕西省水稻种质资源的遗传多样性分析和指纹图谱构建

对陕西省40份大田推广品种及其亲本和100份省水稻区域试验材料进行遗传多样性分析。结果表明,从陕西省40份大田推广品种及其亲本共检测到160个等位基因,平均每个标记检测到6个等位基因,每个SSR位点的遗传多态性信息含量为0.29～0.97,平均为0.64。聚类分析表明,40份大田推广品种及其亲本的遗传相似系数为0.55～0.97。100份陕西省水稻区域试验材料中,72个晚熟水稻材料的遗传相似系数为0.43～0.91,平均为0.67。28个中早熟水稻材料的遗传相似系数为0.56～0.87。     

胡麻DNA指纹图谱的构建与遗传多样性分析

以61份来源不同的胡麻材料为试材,利用20对多态性较好的SSR引物构建胡麻DNA指纹图谱,并对其遗传多样性进行分析。结果表明:20对SSR引物共得到88个等位基因位点,其中多态性等位基因位点有87个,多态性比率为98.86%,PIC(多态信息含量)值在0.120—0.870,平均PIC值为0.508。UPGMA聚类分析结果显示:61份胡麻材料的遗传相似系数在0.250—0.780,在遗传相似系数0.771 5处可将61份胡麻材料分为3类。构建的61份胡麻材料DNA指纹图谱可为今后胡麻品种鉴定与选育提供参考。     

樟子松优树群体遗传多样性评价及指纹图谱构建

【目的】分析从内蒙古红花尔基、河北丰宁、河北围场以及辽宁章古台地区收集的樟子松（Pinus sylvestris var. mongolica）优树资源遗传多样性及其遗传结构差异,构建樟子松优良单株的指纹图谱,为优树资源保存和利用提供依据。【方法】利用简单重复序列（simple sequence repeats,SSR）分子标记技术,根据所得结果进行遗传多样性分析,通过非加权组平均法（UPGMA）进行基于亲缘关系的聚类分析,构建99个樟子松优树指纹图谱。【结果】12对SSR引物共扩增35个等位基因,每个位点平均扩增出5.25个等位基因和3.112个有效等位基因,不同位点的PIC值在0.202～0.932之间,平均PIC值为0.558;聚类分析表明,99个樟子松优良单株中相同来源的个体并没有聚为一类,各单株的聚类与现有栽培区不存在明显的规律,樟子松优树资源遗传组成复杂;指纹图谱的构建结果表明,引物lw＿isotig17679、lw＿isotig21953、lw＿isotig27940、lw＿isotig02842、lw＿isotig00080、lw＿isotig05123、lw＿isot...     

橄榄种质资源遗传多样性分析及指纹图谱构建

利用ISSR分子标记技术,对101份橄榄种质资源进行遗传多样性分析,并绘制指纹图谱。从96条ISSR引物中筛选出10条引物,对广东省农业科学院果树研究所橄榄资源圃和潮州市果树所资源圃内101份资源进行分子标记,使用UPGMA聚类分析橄榄种质资源遗传多样性,从10对引物中挑选扩增条带清晰、多态性好的核心引物进行遗传多样性分析,并构建橄榄DNA指纹图谱。分析结果显示,10条ISSR引物对101份橄榄样品进行扩增,共得到136条条带,其中多态性条带135条,多态率为99.26%,平均每条引物扩增得到条带13.60条,平均每条引物扩增得到多态性条带13.50条,表明供试材料间遗传多样性较高。通过UPGMA聚类分析可知,101份橄榄种质资源样品间的遗传相似性系数为0.58～0.97,表明品种间亲缘关系较近。在遗传相似性系数为0.68时,可将101份橄榄种质资源分为5组,第1组包含种质48份,第2组包含种质45份,第3组包含种质5份,第4组包含种质2份,编号C74的大纳甜橄榄单独为第5组,说明该品种与其他样品相比发生了明显的遗传变异。利用筛选得来的6条核心引物组合成功构建了橄榄DNA指纹图谱,为供...     

28份余甘子品种遗传多样性的ISSR分析及指纹图谱构建

【目的】利用ISSR分子标记技术对28份余甘子种质资源进行遗传多样性分析,并构建其指纹图谱。【方法】从96条ISSR引物中筛选得到9条核心引物,用作广东省农业科学院收集的华南地区28份余甘子品种分子标记,利用UPGMA聚类分析余甘子种质资源遗传多样性,以核心引物UBC809和UBC886组合构建余甘子DNA指纹图谱。【结果】9条ISSR核心引物对28份余甘子样品扩增共得到686条条带,其中多态性条带667条,多态率为97.23%。通过聚类分析将28份余甘子样品聚为4类,其中大果油甘和甜油甘5号遗传分化较大,各单独聚为一类,珍珠油甘、甜油甘2号和甜油甘4号聚为一类,其余23个品种聚为一类。利用核心引物UBC809和UBC886组合,成功构建了余甘子DNA指纹图谱,供试28份余甘子品种(系)每个都有一套唯一的指纹图谱编码。【结论】成功构建了28份余甘子种质的指纹图谱,可用于余甘子种质资源的分类与鉴定,同时可用于余甘子杂交新品种选育。     

基于表型聚类和CDDP标记的牡丹花瓣色斑遗传多样性分析

【目的】采用色斑表型性状分析和保守DNA序列多态性（conserved DNA-derived polymorphism,CDDP）分子标记技术相结合的方法,揭示牡丹花瓣基部色斑的遗传起源。【方法】利用19个色斑表型性状和CDDP分子标记对191份牡丹材料的花瓣色斑进行遗传多样性分析,利用Origin软件进行表型性状变异分析和系统聚类,采用PopGene 2.4软件计算分子标记多样性指数和多态性位点率等,利用NTSYS软件非加权组平均法（UPGMA）绘制聚类树状图,并进行一致检测和Mantel检测。【结果】牡丹色斑表型变异分析结果表明：牡丹花瓣色斑性状发生了强变异,尤其是色斑颜色变异系数较大。表型性状聚类结果显示,紫斑牡丹与其他种或品种牡丹交集较多,且与西北牡丹品种关系最为密切。利用17条CDDP引物扩增191份牡丹材料的花瓣DNA,共扩增出401条条带,多态性位点率达到96.91%。在色斑群体水平上,有效等位基因数为1.375 9,Nei’s基因多样性指数为0.212 2,Shannon-Wiener信息指数为0.332 4,说明牡丹花瓣色斑在分子水平上具有丰富的遗传多样性。聚类结果显示,紫斑牡丹和卵叶牡丹、四川牡丹聚在一起,三者亲缘关系较近,紫斑牡丹对现有牡丹栽培品种的色斑性状产生了较大影响,可能是牡丹品种色斑的主要来源。将表型性状聚类和CDDP分子标记聚类的遗传矩阵进行Mantel检验,得出相关系数为0.55,表明两种聚类结果有相似之处,均能很好地体现牡丹花瓣色斑的遗传来源。【结论】紫斑牡丹是牡丹品种色斑的主要来源,卵叶牡丹和四川牡丹也对牡丹品种色斑的形成有影响。     

部分菊花品种遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术研究了26个菊花品种的遗传多样性,7个引物组合共扩增出385条带,其中多态性条带285条,多态性占74.03%,平均每个引物组合扩出多态性条带40.7条,每一个引物组合都可将26个品种完全分开。利用AFLP数据,进行聚类分析,将26个菊花品种聚为5类。结果表明:AFLP技术在菊花品种分类中的应用是可行的。     

12份水稻恢复系的遗传多样性分析及指纹图谱构建

[目的]了解12份水稻恢复系之间的遗传亲缘关系,以期为水稻恢复系选育和杂交组合选配提供分子依据。[方法]利用40对SSR引物对8份‘明恢’系列恢复系和4份种植广泛的恢复系进行遗传多样性研究。构建该12份恢复系的指纹图谱,并以标记数据为基础计算遗传距离和生成聚类图。[结果](1)40对SSR引物共检测出75个等位位点,平均每对引物产生1.875个;以其中多态性良好的11对标记对12份恢复系进行指纹图谱构建,确定了每份材料的唯一分子身份信息。(2)12份恢复系之间的遗传相似系数变异范围在0.62～0.93之间。在遗传相似系数0.74处可以将12份材料分为6个类群,在0.79处可以将第Ⅰ类群的6份材料分为3个亚类。[结论]12份供试恢复系可以分成6个亚群,明确了相互之间的亲缘关系,从分子层面为恢复系选育和亲本组配提供了较好的遗传信息。     

应用ISSR-PCR对10个菊花品种进行遗传多样性分析

中国的菊花(Chrysanthemum morifolium Ramat.)品种数量众多,形态变异丰富,适应性强,分布广泛,遗传背景非常复杂,这为菊花品种的资源调查、分类鉴定、遗传多样性分析等带来了困难。试验采用分子标记技术,对福白菊(C.morifolium cv.Fubaiju)、杭白菊(C.morifolium cv.Hangbaiju)等10个菊花品种进行了分类鉴定及亲缘关系研究,结果显示,在简单序列重复区间扩增-聚合酶链式反应(Inter-simple sequence repeat-Polymerase chain reaction,ISSR-PCR)分子标记反应体系及引物的筛选方面,选择了条带数量多和清晰度高的菊花反应体系,应用野生福白菊对39条ISSR引物进行了筛选,淘汰了扩增效果差、带型不易辨认的引物,最终确定12条引物用于菊花品种的鉴定。ISSR-PCR聚类分析结果表明,12条ISSR引物扩增出了185条清晰的、重复性好的ISSR条带,其中多态性条带有176条,多态性比率高达95.1%。应用NTSYS 2.10e软件进行UPGMA法聚类分析,在相似系数0.55处可将10个菊花品种大致分为3类,结果福白菊与其他杭菊品种在遗传上有较大的差异。     

玫瑰SRAP遗传多样性分析与品种指纹图谱构建

 【目的】从分子水平分析玫瑰的遗传多样性和亲缘关系,并建立起玫瑰品种的指纹图谱,为杂交育种、品种分类和品种鉴定提供理论依据。【方法】采用相关序列扩增多态性（SRAP）技术对玫瑰46个品种和4份野生种质进行了遗传多样性分析和品种指纹图谱的构建。【结果】15对引物共扩增出264个位点,其中227个为多态性位点,多态性比率为85.98%,说明玫瑰的遗传多样性较为丰富。50份材料的遗传相似系数（GS）为0.6012~0.9852,平均值为0.7835;平均Nei’s遗传多样性指数(H)为0.2665,平均Shannon信息指数（I）为0.4033;4份野生玫瑰种质的H=0.1225,I=0.1787,显著低于栽培品种的H=0.2684,I=0.4059,说明玫瑰品种的遗传多样性更为丰富。【结论】根据聚类结果,玫瑰品种类型的划分应首先考虑亲本来源,再按株型、花型划分。利用三对核心引物,构建了玫瑰品种的标准指纹图谱,为品种鉴定提供了依据。     

浙江省46个粳稻新品种SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析

采用农业部推荐的12对水稻SSR引物(NY/T 1433—2007),对2008年以来由浙江省主要育种单位育成的46个常规粳稻品种构建DNA指纹图谱,并分析其亲缘关系。结果显示,12对SSR引物共检测出84个等位基因,平均多态性频率(FP)值为0.192。46个品种的相似系数在0.735~1.000之间,平均相似系数为0.879,表明近年来浙江省粳稻品种亲缘较近,遗传背景较狭窄。该研究结果可为浙江省水稻新品种选育、鉴别和保护提供参考。     

35份甘蔗种质的遗传多样性分析及 DNA指纹图谱构建

[目的]利用SRAP分子标记分析35份甘蔗种质的遗传多样性,并构建其DNA指纹图谱,为甘蔗种质资源的分子鉴定提供技术支持.[方法]以凉蔗系列(26份)为主的35个甘蔗品种(系)为供试材料,利用SRAP分子标记的8条正向引物和14条反向引物随机组成112对引物组合,从中筛选出核心引物对35份甘蔗材料进行遗传多样性分析,并利用POPGENE 1.32计算各材料间的Nei's遗传相似系数,使用Ntsyspc 2.1 UPGMA方法进行聚类分析,并构建DNA指纹图谱.[结果]从112对引物组合中筛选出4对核心引物组合(Me3/Em8、Me4/Em8、Me5/Em8和Me6/Em2),利用其从35份甘蔗材料中共扩增出102条条带,平均每对引物的扩增条带数、多态性条带数和多态性比率分别为25.5条、21条和81.20%,各引物组合扩增的条带数为21~30条,多态性比率为61.90%~96.55%.根据Nei's遗传相似系数,在遗传相似系数为0.751时,可将35份甘蔗材料分为五大类,26个凉蔗系列品种(系)(除凉蔗07-54外)均归在I类和II类,说明凉蔗系列的亲缘关系较近;桂糖73-167和农垦2号分别被单独归为一类,说明这两个品种(系)间及与其他品种(系)间的亲缘关系较远;I类中除凉蔗系列之外,还包括粤糖91-976和ROC16,说明这两个品种(系)有可能是I类中凉蔗系列的杂交亲本或存在血缘关系;II类中除凉蔗系列外,还包括B8、ROC22、ROC24和ROC10,说明这4个品种(系)的亲缘关系较近,ROC系列可能存在II类中凉蔗系列的亲本.利用这4对核心引物组合构建的DNA指纹图谱均可将35份甘蔗材料鉴别开.[结论]35份甘蔗材料的遗传多样性丰富,构建的DNA指纹图谱可用于甘蔗品种(系)鉴定.     

江西省2009年水稻区试品种的DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析

构建DNA指纹图谱对新品种登记注册、种子质量鉴定、品种权益保护、遗传资源评价等具有重要的意义。本研究利用12对水稻SSR引物,构建江西省2009年度区域试验品种的DNA指纹图谱。通过聚类分析发现本研究中的水稻品种种质资源遗传多样性相对狭窄。     

木奶果种质资源的遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

【目的】对来自广西、云南、海南和广东的63份木奶果种质资源进行遗传多样性分析,并构建对应的DNA指纹图谱,为木奶果种质资源的分类鉴定、保护和利用提供理论参考。【方法】选取3份地理位置相差较远的种质,从75条SCoT引物中筛选出条带清晰、重复性好和多态性丰富的引物,对63份供试种质进行多态性扩增,利用Popgene 1....