Hapseeker：一个分析单倍型的C＋＋程序

开发了一个C＋＋程序——Hapseeker对DNA或RNA序列进行分析。Hapseeker能够鉴定单倍型并统计每种单倍型的频率,快速找出变异住点。具有操作简单、运行速度快、结果准确可靠等优点。     

Hapseeker：一个分析单倍型的C＋＋程序

Hapseeker（Haplotypes Seeker）,即单倍型搜索者,具有辨别单倍型、统计单倍型频率、发现变异位点等功能。Hapseeker能够在Windows、UNIX／Linux操作系统下跨平台运行,具有操作非常简单、运行速度快和需求电脑配置低等特点。在Windows系统下只需要双击Hapseeker．exe．即可运行并自动保存运算结果;而UNIX／Linux系统下,在终端输入命令．／Hapseeker则可运行。Hapseeker被设计用于处理DNA序列或RNA序列,甚至也可对氨基酸序列做类似分析,其输入文件的格式为常用的Fasta格式（序列用Clustal或Mega比对之后另存为Fasta格式即可）。读者通过email：pingchen09@gmail．com联系可以免费获得程序以及详细说明文档,如有需要还可提供源代码。笔者用标准C＋＋语言编写了一个程序——Hapseeker对DNA或RNA序列进行分析。经及复验证,Hapseeker能够鉴定单倍型并统计每种单倍型的频率,快速找出变异位点,具有操作简单、运行速度快,结果准确可靠的优点。     

单倍型在QTL检测中的应用研究

 【目的】探索连锁不平衡分析在定位致病基因、检测QTL（Quantitative Trait Locus）中的应用。【方法】本研究从国际人类基因组单体型图谱计划数据库采集了69个Y染色体上的遗传标记和269个样本，研究了单倍型分析在QTL检测中的优势及应用策略。【结果】在连锁程度较低的情况下，用单标记分析方法，侧翼标记对功能位点的捕捉率为零，而在单倍型分析中两位点组合的捕捉效率达到了33.3％、三位点组合的捕捉效率达到了66.7％、四位点组合的捕捉效率为71.4％。【结论】建立在单倍型分析基础上的相关性分析，明显优于常规的单标记分析。本试验对采用单倍型分析方法检测QTL的研究能起到一定的指导作用。     

羽衣甘蓝自交不亲和系的选育及S_(13b)单倍型的鉴定

该文采用亲和指数法(种子数/自交授粉花朵数)分别在羽衣甘蓝‘赤兔’和‘白波’栽培品种的自交后代中,经过3年的自交选育获得1个自交不亲和系4·1·1和一个自交亲和系3·2·3·由于在芸苔属植物F1代杂交种的生产和自交不亲和分子机制的研究方面S单倍型鉴定是必要的,因此在该文中我们采用了PCR方法利用引物PK1和PK4获得了BoSRKx的基因组序列,此序列的大小为919bp.经过数据库检索比对后发现BoSRKx的序列与BoSRK13b的序列完全一致.通过反转录PCR的方法获得了BoSRKx的cDNA序列,结果发现BoSRKx和BoSRK13b的序列在转录水平上也是完全一致的;另一方面,我们采用SCR保守信号肽编码区和NotⅠ-oligo(dT)设计的引物获得了BoSCRx的cDNA序列,经过数据库的检索比对后发现BoSCRx的序列比BoSCR13的序列只多出3个连续的碱基.根据上述结果我们推断出Sx单倍型就是S13b单倍型;最后,通过遗传分析结合PCR-RFLP方法和DNAblot方法对自交不亲和系进行了S13b纯合体的鉴定.     

河南汉族人群7个Y-STR基因座单倍型分析

分析河南汉族群体7个Y-STR基因座单倍型及其在法医学应用,利用PCR扩增检测7个Y染色体特异性的STR基因座,并用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染显色技术分析单倍型频率分布.结果显示:在河南汉族102名无关男性个体中7个基因座DYS438、DYS446、DYS391、DYS390、DYS458、DYS534、DYS426分别检出5、8、7、4、8、6、7个等位基因,共检出100种单倍型,其中98种为唯一的,单倍型基因多样性为0.999 612。7个Y-STR基因座具有很高的识别能力,对建立Y染色体STR数据库,研究群体遗传学和进行法医学鉴定有重要意义。     

番茄晚疫病菌线粒体DNA单倍型鉴定及其分析

利用F2/R2和F4/R4 2组引物对91个番茄晚疫病菌菌株mtDNA的多态性区段P2和P4进行了PCR扩增.PCR产物经限制性酶切进行mtDNA单倍型分析,结果显示:上述菌株分为Ⅰb和Ⅱb两种mtDNA单倍型类型,分别占5.5%和94.5%.由此表明Ⅱb类型为样本采集区的优势的mtDNA单倍型类型.     

黑龙江省马铃薯晚疫病菌交配型、瑞毒霉敏感性及mtDNA单倍型分析

2012~2014年在黑龙江省各马铃薯主产区共分离了151株马铃薯晚疫病菌,并测定了晚疫病菌的交配型、瑞毒霉敏感性和mt DNA单倍型。交配型测定结果显示,分离的151株马铃薯晚疫病菌中,A1交配型为103株(68.2%),自育型为33株(21.9%),A2交配型为15株(9.9%)。这说明黑龙江省马铃薯晚疫病菌的群体结构发生了明显的变化。瑞毒霉测定结果显示,2012~2014年分离的151株菌株中敏感性菌株占3.3%,中抗菌株占6.6%,抗性菌株占90.1%,表明黑龙江省部分马铃薯主产区分离的晚疫病菌已对瑞毒霉产生抗药性。线粒体DNA单倍型的测定结果显示在黑龙江省部分马铃薯主产区共发现了3种线粒体DNA单倍型,分别为Ia,Ib和IIa。其中,IIa mt DNA单倍型的数量最多,发生频率为86.1%。这说明IIa mt DNA单倍型是黑龙江省部分马铃薯主产区的优势种群。     

猪黑素皮质素受体4基因的单倍型检测与分析

黑素皮质素受体4（melanocortin 4receptor,MC4R）是G蛋白耦联受体超家族的一个成员,在人和许多动物的体重、能量稳态和采食量的调控中发挥重要作用。现采用直接克隆测序的方法对23头长白猪、25头大白猪、19头民猪和7头野猪的MC4R基因进行了测序与分型。共检测到SNP位点72个,其中发生频率在2次以上的SNP位点有6个,有3个为错义突变,引起了多肽链氨基酸的替代;6个SNP位点共组成了14种单倍型,其中H1、H3、H5、H6、H7、H9、H11和H14为首次发现的单倍型。     

入侵性食叶害虫椰子织蛾的单倍型多样性分析

【目的】分析危害棕榈科Palmae植物的一种重要入侵食叶害虫椰子织蛾Opisina arenosella单倍型在原产地和入侵地的分布特点,揭示椰子织蛾入侵我国的虫源信息。【方法】利用线粒体COI基因分析16个地理种群共计172个样本,比较椰子织蛾印度种群和入侵地(中国、马来西亚和泰国)种群的遗传关系。【结果】片段长度为625 bp的172条序列共鉴定出12个单倍型,包含15个变异位点,构成2个明显的单倍型分支,其中一个分支由11个单倍型(IN1～IN11)组成,均来自印度种群,单倍型IN1是6个印度种群的共享单倍型,IN2～IN11为独享单倍型;另一个分支为单倍型HAP,由来自中国、马来西亚和泰国的种群共享;HAP与11个来自印度的单倍型IN1～IN11均存在4个变异位点。【结论】入侵地区的椰子织蛾种群来自同一基因型或者具有相同的入侵源;椰子织蛾种群入侵后受环境选择压力,在新栖息地产生新的突变或杂交。     

塔里木马鹿单倍型特性及其与产茸性状的关系

为了解塔里木马鹿单倍型特性及其与产茸性状的关系,以马鹿Y染色体上的ZFY基因为候选基因,以塔里木马鹿为试验群体,采用PCR直接测序法,利用Y染色体ZFY基因片段对塔里木马鹿的单倍型进行分析,共定义了4个单倍型,单倍型Z1、Z2为优势单倍型,利用SAS9.3软件分析单倍型与产茸性状之间的相关性。结果表明:ZFY基因对产茸性状有一定的影响(P0.2),其中单倍型2和单倍型3的影响尤为显著。     

C++ Builder 编程中实现卡片打印自动换行

解决利用C Buider编程时，在图书馆编目的卡片打印过程中，遇到的自动换行容易产生乱码的问题，从而帮助网络管理人员更加全面掌握数据库技术。     

Visual C++在人事管理系统设计中的应用

VisualC++提供了相当齐备的类库、友好的编程界面和多种多样的数据库访问技术,其中ODBC所提供的应用程序接口(API),使得编写数据库应用程序变得简单容易。本文以人事管理系统的开发过程为例,简述了ODBC数据库编程的步骤、设计思路和要点,并给出了关键程序代码。     

C++流运算符的缺陷分析

C++语言引入了一个抽象概念流来实现数据的输入输出,提供了功能强大的插入(<<)和提取(>>)运算符。与C语言文件的输入输出相比,流运算具有很多优点。但流运算符也有其先天缺陷,本文首先给出了一个缺陷的表现,然后对此缺陷形成的原因进行了详细的分析。     

C++程序在农业可持续定量评价研究中的应用

用C++程序对农业可持续综合评价法进行编程,并将邯郸市农业系统有关数据输入进行评价,评价的结果与邯郸市客观情况基本相符。     

C++语言异常处理机制

对C＋＋语言的异常处理机制进行了比较详细的分析和研究,包括语法特征、动态性质、实现中的问题以及它们可能造成的影响等。     

基于WEB的C语言程序设计网络教学平台的实现

介绍一个基于Internet的C语言程序设计多媒体教学平台．包括采用流媒体技术实现在线授课并提供在线讨论区,以满足学生讨论及解答之需。精心设汁的C语言慨念的动态演示和在线测试帮助学生学习C语言程序设汁知识;网上提交作业实现了整个教学电子化和网络化,营造学习C语言的网络环境,从而实现互动循环的网上教学方式。     

基于C++的动物识别系统设计与实现

产生式系统是人工智能中的一个基本的知识表示和推理,动物识别系统是产生式系统的代表。介绍了如何应用C++语言实现一个开放的动物识别系统。用户可以自己添加规则和事实,进行推理识别新的动物,掏建一个多层次的开放系统。     

几种SAR影像斑点噪声滤波器的快速实现算法

本文提出了用C 语言在计算机软件工程中几种经典滤波快速实现的算法,在程序设计中充分考虑了滤波程序运行涉及的窗口数据迭代重复性问题,折中了海量遥感图像数据读写交互与计算机缓存有限性的问题。与遥感处理商用软件——-ERDAS同名滤波器处理同幅图像的速率对比得出,经过改进后的滤波程序明显快于ERDAS同名滤波器的处理。