腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性的比较

本试验旨在探究腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群多样性及结构的差异。采集同等饲养条件下的8份腹泻和8份健康哺乳仔猪的粪便样本,利用16S rRNA高通量测序技术对健康仔猪和腹泻仔猪粪便菌群进行比较。结果表明:健康仔猪粪便菌群的多样性高于腹泻仔猪(P<0.05);与健康仔猪粪便菌群组成相比,腹泻仔猪变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度增加(P<0.05),而拟杆菌门(Bacteroidetes)降低(P<0.05);在属的分类水平上,腹泻仔猪粪便中埃希氏-志贺菌属(Escherichia-Shigella)和乳杆菌属(Lactobacillus)的相对丰度高于健康仔猪(P<0.05),而拟杆菌属(Bacteroides)、Lachnoclostridium和瘤胃球菌属(Ruminococcus)低于健康仔猪(P<0.05)。综上表明,腹泻仔猪与健康仔猪粪便菌群的多样性和结构存在显著差异,埃希氏-志贺菌属的相对丰度显著增加可能是仔猪腹泻的重要原因之一。     

巴马香猪不同生长阶段的肠道菌群特征分析

在猪的生长发育过程中,肠道菌群的建立及其均衡结构的维持对猪的健康生长具有重要作用,了解仔猪不同生长阶段肠道菌群的结构和功能可为指导其不同阶段的营养调控和饲养管理提供理论基础.本实验采集巴马香猪0 d(初生)、16 d(哺乳期)和40 d(保育期)3个生长阶段的粪便样品,采用16S rRNA基因高通量测序方法,分析巴马香...     

仔猪断奶期间腹泻冢肠道酶肠道菌群的变化

仔猪在生长过程中 ,必须经过断奶关。断奶对仔猪是一种应激反应 ,这种应激引起猪体各种病理生理反应 ,可导致断奶仔猪腹泻 ,严重时死亡。断奶后腹泻发生的严重程度与多种因素有关 ,包括断奶日龄、断奶体重、饲料、环境、应激等。1　断奶日龄有关仔猪多大日龄断奶最宜 ,国内外进行了大量的试验研究 ,旨在寻找一个既能提高仔猪存活率 ,又能提高其增重和生产性能、健康状况 ;既能减少仔猪腹泻的发生 ,又能缩短母猪的哺乳期、增加年产窝数、提高经济效益的合适的仔猪断奶日龄。在传统的养猪生产中 ,仔猪常在 45～ 6 0日龄断奶。为使哺乳母猪尽早…     

牛轮状病毒和志贺菌阳性犊牛腹泻粪便样本中肠道菌群的分析

犊牛感染不同病原所引发的腹泻可导致肠道菌群结构特征的改变。为研究其肠道菌群的多样性,从内蒙古西部地区选取3个规模化养牛场采集新鲜粪便样本38份,其中腹泻粪样30份,健康粪样8份。采用PCR方法进行腹泻相关病原检测后分为3组,分别为健康组(HC)、牛轮状病毒(bovine rotavirus, BRV)感染腹泻组(DC＿a)和埃希菌属-志贺菌感染腹泻组(DC＿b)。提取总DNA,采用通用引物对细菌16S rDNA基因的高可变V3-V4区进行PCR扩增,采用Illumina NovaSeq平台进行测序,对测序结果进行生物信息学分析。结果发现,α多样性指数表明腹泻犊牛与健康犊牛肠道微生物多样性存在差异且DC＿b组α多样性显著低于其余两组(P<0.05);在门水平上,3组的优势菌门均为厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门,但其相对丰度差异显著,DC＿b组厚壁菌门显著降低(P<0.05),放线菌门显著增加(P<0.05);在属水平上,3组的优势菌属不同且相对丰度也有差异。通过PICRUSt2功能预测分析表明,与HC组相比,DC＿a组在甘露糖降解、半乳糖降解、糖和维生素的生物合...     

江西地区腹泻仔猪肠道致病菌谱的分析及梭杆菌的分离鉴定

为研究与仔猪腹泻相关的肠道菌群的组成,本试验利用细菌16S rDNA高通量测序分析对比腹泻与健康仔猪肠道菌群的组成差异,并建立荧光定量PCR计数方法测定仔猪肠道梭杆菌数,结合变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)图谱技术对腹泻仔猪肠道梭杆菌属进行分析;依据菌群分析结果,对腹泻仔猪肠道梭杆菌进行分离鉴定。相比健康仔猪肠道菌群组成,腹泻组(D组)仔猪肠道梭杆菌属(Fusobacterium)丰度显著高于健康组(H组),而厚壁菌门(Firmicutes)、乳杆菌属(Lactobacillus)相对丰度显著低于H组(P<0.05);在种水平上,D组死亡梭杆菌(Fusobacterium mortiferum)显著高于H组(P<0.05),而食淀粉乳杆菌(Lactobacillus amylovorus)则显著低于H组;荧光定量PCR检测结果也表明腹泻新生仔猪肠道中梭杆菌数量显著高于健康仔猪(P<0.05);仔猪肠道梭杆菌属PCR-DGGE图谱结果显示,具核梭杆菌(Fusobacterium nucleatum)在健康与腹泻仔猪中均有被检测到,但仅在D组中检测到的梭杆菌为uncu...     

运用454焦磷酸测序技术对断奶前后仔猪肠道菌群的分析

本研究旨在运用454焦磷酸测序技术分析断奶前后仔猪肠道菌群的变化。随机选取胎次和出生时间相近的、体重差异不显著的健康"杜×长×大"外三元新生仔猪12头用于试验。整个试验期间由母猪按常规哺乳直到断奶(25日龄),母猪饲粮不含有抗生素,仔猪于12日龄开始饲喂教槽料。于25日龄(断奶前)和32日龄(断奶后)分别随机挑选3头仔猪进行心脏放血屠宰,无菌采集盲肠内容物,运用454焦磷酸测序技术分析断奶前后仔猪盲肠内容物中菌群结构的变化。结果表明:与断奶前仔猪相比,断奶后仔猪腹泻率显著增加(P<0.05);肠道中菌群多样性增加;肠道中拟杆菌门(Bacteroidetes)含量变化不显著(P>0.05),厚壁菌门(Firmicutes)含量显著增加了63.95%(P<0.05),梭杆菌门(Fusobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)含量分别显著减少了100.00%和70.54%(P<0.05)。对厚壁菌门含量进行深入分析发现,在纲的水平,与断奶前仔猪相比,断奶后仔猪肠道中梭菌纲(Clostridia)和芽孢杆菌纲(Bacilli)含量有减少的趋势(P>0.05),而Negativicutes纲、Erysipelotrichia纲和未知厚壁菌纲含量有增加的趋势(P>0.05)。从门到属的水平,断奶前后仔猪肠道菌群相对丰度不同,有些菌是断奶前仔猪肠道特有的,如嗜胆菌属(Bilophila)、具核梭杆菌属(Fusobacterium nucleatum)、黄杆菌属(Flavobacteriaceae)等,有些菌是断奶后仔猪肠道特有的,如费克蓝姆菌属(Facklamia)、八叠球菌属(Sarcina)等。由此可见,断奶后仔猪肠道菌群多样性和菌群结构发生了改变。     

大熊猫肠道菌群年龄演替规律分析

本研究旨在探究不同年龄段大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)肠道菌群多样性、结构及功能的演替规律。于秦岭大熊猫研究中心采集16只不同年龄段大熊猫的新鲜粪便,基于16S rDNA高通量测序技术及层次聚类方法分为5个年龄组进行分析。结果表明,不同年龄段大熊猫共有优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes, 60.44%)和变形菌门(Proteobacteria, 38.69%),且随年龄增长,厚壁菌门的相对丰度逐渐增加,变形菌门的相对丰度逐渐降低;共有优势菌属为埃希菌属-志贺菌属(Escherichia-Shigella,57.35%)和狭义梭菌属1(Clostridium＿sensu＿stricto＿1,15.17%),且性别差异对大熊猫肠道菌群结构影响不大。不同年龄段大熊猫的肠道菌群Alpha多样性存在显著差异(P<0.05),呈现随年龄增长先增加后降低的趋势,在18～22岁达最高;Beta多样性结果表明,组间差异大于组内差异,不同分组对样品差异的解释具有可信度。13～14岁成年大熊猫特有的优势菌属——魏斯菌属(Weissella,9.975%)为肠道益生菌,34...     

枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响北大核心CSCD

本试验旨在研究枸芪多糖对育肥猪肠道菌群多样性及组成的影响。选用180头80日龄的健康育肥猪,随机分为2组,每组6个重复,每个重复15头猪。对照组饲喂基础饲粮,试验组在基础饲粮中添加1‰的枸芪多糖,试验期为3个月。采集育肥猪盲肠内容物,提取样本中细菌基因组DNA,进行16S rDNA基因高通量测序。结果显示:1)试验组肠道菌群的Ace指数、Chao指数和Shannon指数均显著高于对照组(P<0.05)。2)在门水平上2组的两大优势菌均为拟杆菌门(Bacteroidetes)和厚壁菌门(Firmicutes),对照组梭杆菌门(Fusobacteria)及梭杆菌属(Fusobacterium)的相对丰度显著高于试验组(P<0.05),互养菌门(Synergistetes)及互养菌属(Synergistes)的相对丰度显著低于试验组(P<0.05)。3) 2组在属水平上的优势菌均为拟杆菌属(Bacteroides),试验组巨单胞菌属(Megamonas)和螺杆菌属(Helicobacter)的相对丰度显著低于对照组(P<0.05)。由此得出,饲粮中添加枸芪多糖可提高育肥猪肠道菌群的丰富度和多样性,通过促进有益菌厚壁菌门、互养菌门与抑制有害菌变形菌门、梭杆菌属和螺杆菌属的增殖优化肠道菌群平衡,建立更健康的肠道菌群结构。     

猪不同发育阶段肠道微生物菌群特征分析

为研究不同生长发育阶段猪肠道微生物菌群结构与特征的差异,本研究将50头28日龄体重8 kg左右的杜×长×大断奶仔猪随机分为5栏,分别在第60、90、120、150、180日龄饲喂前,从每栏随机挑选5头猪,每头采取100 g左右的新鲜粪样,采用16S rRNA高通量测序技术对微生物多样性进行研究。结果显示:通过菌群分类学分析发现,不同时期猪肠道微生物分布于22个门、42个纲、74个目、119个科、321个属和579个种,厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroides)、螺旋体门(Spirochaetae)为主要优势菌门,不同时期的特异菌群显著差异;对丰度值前30的肠道菌群与血液免疫抗体浓度进行相关性关联分析发现,IL-2浓度与12个菌群存在显著相关性,IL-6浓度与14个菌群存在显著相关性,IgG浓度与12个菌群存在显著相关性,IgM浓度与11个菌群存在显著相关性,IgA浓度与26个菌群存在显著相关性。综上表明,猪肠道微生物菌群结构与组成在不同生长发育阶段均存在显著差异,对猪免疫性能具有重要作用。     

驴乳对小鼠肠道菌群的影响

驴乳作为一种天然的食品资源,近年来已逐渐成为研究开发热点。采用驴乳复原乳干预抗生素致肠道紊乱小鼠模型,并用平板计数法和16S扩增子测序技术,探索驴乳对小鼠肠道菌群的影响。结果表明,驴乳可显著提升小鼠肠道菌群的丰度及益生功能菌比例,表现出了较好的益生与保健功能。     

肠道菌群的分析

可以通过测定猪肠道中乳酸茵和大肠杆菌的比率而评定猪的健康状态。     

饲粮中添加花生秧对伊拉兔肠道菌群的影响

本试验旨在研究饲粮中添加花生秧对伊拉兔肠道菌群的影响。选取(35±2)日龄、健康状况良好、体重相近的120只生长期伊拉兔(公母各占1/2),随机分为6组,每组4个重复,每个重复5只伊拉兔。6组试验兔分别用花生秧添加量为0(对照组)、10.0%、12.5%、15.0%、17.5%和20.0%的颗粒饲料进行饲喂。预试期7d,正试期42d。饲喂试验结束后,应用高通量测序技术对试验兔盲肠微生物的16SrDNAV3~V4区进行生物信息学分析。结果显示:在门水平上,与对照组相比,15.0%、17.5%和20.0%添加组盲肠内容物中Candidatus Saccharibacteria的比例显著减少(P<0.05),17.5%、20.0%添加组盲肠内容物中放线菌门(Actinobacteria)的比例显著减少(P<0.05)。在属水平上,与对照组相比,17.5%、20.0%添加组盲肠内容物中Ⅳ型梭菌属(Clostridium Ⅳ)的比例显著增加(P<0.05)。由此可见,饲粮中添加花生秧后可影响伊拉兔盲肠微生物群落的平衡,改变一些具有重要代谢功能的细菌的比例。     

断奶仔猪应激性腹泻肠道菌群的测定与药敏试验

断奶后对仔猪是一个极为关键的时期,它可以极大地影响仔猪到商品猪整个生长过程的生产性能和经济效益。但断奶在任何日龄都会造成对仔猪的应激,断奶越早,应激反应越大。应激的表现主要是腹泻和生长受阻。近年来,我们对大庆地区几个猪场的调查表明,断奶仔猪的腹泻发生率高达65.8%,不仅使猪的死亡和药费增加,而且还严重影响腹泻病愈猪的生长。为防治仔猪的断奶应激性腹泻,作者对大庆地区断奶腹泻仔猪肠道菌群进行了测定和药敏试验,结果报告如下:1材料与方法1.1肠道菌群的测定取腹泻仔猪和同窝健康仔猪直肠内容物测定双歧杆菌、大肠杆菌。在37…     

壳聚糖对断奶仔猪肠道菌群的影响

日粮中添加不同水平壳聚糖对断奶仔猪肠道总需氧菌、乳酸菌和大肠杆菌数的影响.试验选择180头(杜×大×长)三元杂交断奶仔猪,随机分为5个日粮处理组,每处理6个重复,每重复6头猪,试验期28 d.基础日粮中分别添加0、100、500、1000和2000 mg/kg壳聚糖.各日龄阶段壳聚糖添加组盲肠和结肠内的总需氧菌均低于对照组;乳酸菌数均高于对照组,但从回归分析结果看,与壳聚糖添加量都没有明显的剂量依赖关系.各日龄阶段壳聚糖日粮组盲肠和结肠内大肠杆菌数均低于对照组.盲肠内大肠杆菌数在14d时各组间差异趋于显著,在28 d时随壳聚糖添加剂量的增加呈显著的二次曲线降低变化.结果表明:添加壳聚糖能够有效抑制结肠内大肠杆菌数,从而在一定程度上改善断奶仔猪的肠道微生态环境.     

微生物发酵饲料对仔猪肠道菌群的影响

本试验旨在探究微生物发酵饲料替代部分基础饲料对仔猪肠道菌群的影响。本试验选择160头21日龄的断奶仔猪(体重约为7.0 kg),按照单因素试验设计原则,将它们随机分成4组,每组4个重复,每个重复10头(公、母各半)。对照组仔猪饲喂基础饲料,试验组仔猪分别饲喂含有5%、10%和15%微生物发酵饲料,等量替换基础饲料,试验周期为4周。试验结束后,采集各组仔猪粪便,用于检测肠道菌群。结果表明,5%、10%和15%微生物发酵饲料组的仔猪的肠道中大肠杆菌数量显著低于对照组仔猪的(P <0.05),10%和15%微生物发酵饲料组仔猪肠道中的乳酸菌和双歧杆菌数量显著高于对照组仔猪的(P <0.05)。研究表明,在仔猪养殖生产中使用适量的微生物发酵饲料替代基础饲料,可以降低仔猪肠道中的大肠杆菌数量,增加乳酸菌和双歧杆菌的数量,通过调节肠道菌群结构改善肠道健康。     

民猪肠道菌群特征分析

试验旨在解析不同月龄民猪的肠道菌群特征及粗纤维对民猪肠道微生物的影响。选择5头体重为(100±7.24)kg的10月龄成年母猪(成年组)和(50±4.31)kg的6月龄青年母猪(青年组),青年组又分为正常饲喂组(5头)和添加粗纤维组(4头),采集同一时间、新鲜的粪便样品,提取总DNA,利用带标签的通用引物扩增16S rRNA V4区,使用Illumina Hiseq 2000测序平台测序,通过计算Ace和Shannon多样性指数以及与已知数据库的比对,分析菌群多样性及结构特征。结果表明:3个处理组在菌群多样性方面无显著差异(P0.05);3组均以拟杆菌门、厚壁菌门和螺旋菌门所占的比例最高,总计可达91%~92%,粗纤维的添加明显改变了青年组肠道微生物的组成,大幅提升了拟杆菌门所占的比例,降低了厚壁菌门和螺旋菌门所占的比例,使其菌群分布比例更接近成年个体;同时,粗纤维的添加也促进了肠道微生物内纤维杆菌属的增加。     

仔猪断奶应激对肠道微生物菌群影响的研究

为了研究仔猪断奶应激对肠道微生物菌群的影响,试验选择同1日龄来自同一窝的杜-长-大仔猪和莱芜猪仔猪各10头作为研究对象,均于28日龄断奶,每个品种为1个处理组,根据断奶时间分为5个阶段,断奶前1周(21 d)、断奶当天(28 d)、断奶后1 d(29 d)、断奶后1周(35 d)及断奶后2周(42 d),每个处理组每个阶段随机选取2头仔猪屠宰取样,测定空肠肠道微生物变化情况。试验结果表明,在各个阶段莱芜猪的微生物丰度都比杜-长-大要高,断奶后1 d两品种仔猪的肠道微生物丰度最高,分别是24和18,香农-维纳指数也最高,分别是2.94和2.78。荧光定量PCR检测双歧杆菌、乳酸杆菌和大肠杆菌相对含量,在断奶后1周莱芜猪的双歧杆菌是杜-长-大仔猪的6.4倍(P<0.01),莱芜猪比杜-长-大的大肠杆菌在各个时期都相对较低,杜-长-大断奶后1周空肠大肠杆菌比莱芜猪高87%(P<0.05)。结论:莱芜猪比杜-长-大仔猪空肠肠道微生物更加丰富,有益微生物菌群含量多,仔猪断奶后肠道微生物能够很快的建立起新的平衡。