不同居群朱砂根(Ardisia crenata)的荧光ISSR遗传多样性分析

为了从分子水平揭示福建省不同野生居群朱砂根的遗传多样性水平,本研究采用荧光ISSR分子标记对福建省20个朱砂根野生居群共255个样株的遗传多样性及遗传结构进行了分析。5条ISSR荧光引物共扩增出谱带为186条,其中多态性谱带为96条,多态性平均百分率达到55.77%。居群的多态位点百分比(PPL)在37.65%～80.39%之间,观测等位基因数(Na)在1.376 5～1.803 9之间,Shannon指数在0.200 0～0.367 2范围内,Nei's基因多样度(H)于0.125 6～0.242 5之间、有效等位基因数(Ne)为1.192 3～1.407 9,以上数据表明朱砂根居群遗传多样性较丰富。居群间的遗传变异(Dst)为0.059 2,小于居群内遗传变异(Hs)。居群间的基因流为1.4335(1),具有较高的基因流动。不同居群的遗传一致度于0.6201～0.9782之间,遗传距离于0.024 2～0.559范围内,证明了朱砂根各居群间的亲缘关系接近。对遗传距离与地理距离进行Mantel相关性分析发现无显著相关性。通过对朱砂根各居群样株进行主坐标分析,发现居群间亲缘关系远近和地理分布规律无较明显的相关性,但居群间基因流动较密切,且具备一定程度的遗传分化,并依据Structure遗传结构分析,把居群划分为两大类的结果与主坐标分析相似,且居群间存在较高的遗传渗透。本研究为今后构建朱砂根资源核心种质库,优良性状种源的筛选与储存、引种及驯化及种群保护策略的制定及新资源的开发提供相关的理论依据。     

杏鲍菇遗传多样性的SRAP和ITS分析

研究来自中国不同地区和日本的27株杏鲍菇栽培菌株的遗传多样性,以期为杏鲍菇的鉴定和选育提供分子依据。利用SRAP和ITS标记联合使用的方法,通过聚类分析对供试杏鲍菇菌株进行研究。筛选出9对SRAP引物共扩增出151条条带,其中具有多态性条带130条,平均多态性比例为83.3%,多态性信息含量(PIC)变幅在0.27~0.42,平均为0.36。通过ITS序列对供试菌株进行亲缘关系分析,与SRAP分析的结果一致,均表明地域来源相近的部分菌株聚在一起,亲缘关系较近,而地域相隔较远的部分菌株也聚为一类,其亲缘关系也很近。2种标记均显示供试杏鲍菇栽培菌株的遗传多样性较为丰富,其遗传相似性与地理分布存在一定的联系。SRAP和ITS联合使用能够得到更好的效果,从而为杏鲍菇遗传多样性研究提供更为有力的参考。     

基于nrDNA ITS序列的浙江沿海引种秋茄树群体遗传多样性评估

采用核糖体nrDNA ITS序列分析技术对浙江台州沿海秋茄树的3个驯化地(三门,临海和温岭)和4个种源地(椒江,玉环,温州龙港,福建龙海)共10个居群100个个体的遗传多样性进行分析比较。结果表明：获得ITS序列总长度为342 bp,在物种水平上共检测到3个分离位点数,定义5个单倍型(h),单倍型多样性(Hd)为0.135±0.046,平均核苷酸差异(k)为0.174 75,核苷酸多样性(π)为0.000 51±0.001 9。3个驯化地遗传多样性排序为：三门>临海>温岭,4个种源地的遗传多样性排序为：椒江>玉环>龙海>龙港。就区域尺度而言,引种秋茄树居群总体的遗传多样性和遗传分化水平较低,且随纬度升高而增大,其耐寒性亦相应地增强,这可能是由长期人工引种驯化下的部分居群适应性分化产生的。三门、椒江种源可作为台州沿海地区未来推广应用秋茄树的优良来源。     

基于ITS和trnL-F序列的具有优良性状蕉类资源的遗传结构分析

为了构建广西具有优良性状的蕉类遗传结构,本研究收集了广西7个不同地理来源的5大种类具有优良性状的蕉类资源,利用PCR技术将这些蕉类资源细胞核DNA的ITS序列及叶绿体DNA的trnL-F序列进行扩增和测序,并对测序所获得的序列进行STRUCTURE分类、PCoA排序、AMOVA分析、群体遗传分化(F_ST指数)及基于NJ树和UPGMA树的聚类分析,进一步研究蕉类资源遗传变异分布和遗传变异水平。STRUCTURE结果显示:当K=2时,Delta K出现了最高的峰值,即将个体分为2个类别最合适,大蕉中的多数和野蕉中的少数可归为第一类,所有粉蕉、鸡蕉、香蕉和大多数的野蕉归为第二类。PCoA排序图显示粉蕉虽然个体数量较多,但是遗传多样性较低,而大蕉和野蕉具有较高的多样性。AMOVA分析表明遗传变异主要存在于群体内的个体间,方差占总和的63.088%,品种间的遗传变异大于品种内群体间的遗传变异,方差分别占总和的27.676%和9.236%。遗传分化非常大(F_ST>0.25)且P<0.05的群体绝大多数在不同蕉类型之间。NJ树和UPGMA树同样显示不同蕉类型之间的群体遗传距离较远。以上结果表明野蕉存在的历史最久,积累了大量的遗传变异;在人工杂交育种时,不同蕉之间的交配可能产生更多的具有遗传多样性的后代;具有育种潜力性状的粉蕉分布在遗传关系非常近的一个群体内,今后的资源收集时应该更加注重对某个粉蕉群体的详尽调查以发现更多的可利用性状。研究结果有助于对广西具有优良性状的蕉类资源的蕴藏状况和遗传潜力进行评估,为进一步的育种学应用奠定基础。     

剑麻种质资源DNA条形码遗传多样性分析

剑麻是重要的国防和工业战略物资,准确和快速鉴别剑麻种质对于剑麻品种选育具有重要意义。本研究对82份剑麻种质资源中的rbcL和matK的DNA条形码编码区进行测序,分析了rbcL和matK的NJ聚类图、条形码序列多样性以及碱基替换概率。结果显示,rbcL序列GC含量为42.97%,matK序列GC含量为30.55%;matK DNA条形码差异位点数和位点变异率明显高于rbcL DNA;NJ聚类图显示,rbcL序列可将82个剑麻种质分为6个亚群,而matK序列可将82个剑麻种质分为8个亚群,群内每种剑麻种质与其他种质之间均存在一定的遗传距离;差异位点数、位点变异率、核苷酸多样性、中性检验统计等序列多样性结果表明,matK序列的差异性明显高于rbcL序列;rbcL序列和matK序列的碱基发生了不同程度的转换和颠换,碱基转换主要发生在T与C之间,而C和G碱基之间比较保守,发生的颠换概率最低。综上所述,matK序列在剑麻种质中遗传多样性更高,更适用于剑麻种质鉴别。     

苗药红禾麻表型性状遗传多样性研究

为了分析红禾麻(Laportea bulbifera)表型性状遗传多样性特征,应用主成分分析与聚类分析对栽培红禾麻植株性状、产量、浸出物含量与总黄酮含量等22个表型性状多样性进行评价研究。结果表明:红禾麻个体间叶部遗传多样性指数最高的是叶长宽比(2.3759),最大展幅面积最低(1.9280);茎部一级分枝数遗传多样性指数最高(2.1046),单株主茎数最低(1.8801);药材产量和质量指标中,总黄酮含量的遗传多样性指数最高(2.0464),其次为浸出物含量(2.0287)、总生物量干重最低(1.8075)。主成分分析显示,前四主成分反映了22个性状的茎叶性状、叶片数、产量、浸出物含量和总黄酮含量等重要信息,累计贡献率达66.424%。聚类分析将红禾麻种质分为四大类群,第Ⅱ类群为质量选育的最优材料,第Ⅳ类群产量选育的理想材料。研究表明:红禾麻的表型性状多样性丰富。     

不同温度和浸种时间对朱砂根发芽的影响

通过研究不同温度、不同前处理等基本条件对朱砂根种子萌发的影响,找出朱砂根种子发芽的最佳条件,为朱砂根的规范化栽培提供依据.采用不同温度(20℃、25℃、15℃、室温)和不同前处理(不浸种、漫种2 d、浸种4 d)对朱砂根种子进行发芽试验,测定并计算发芽率和发芽指数.得出结论:浸种4 d在20℃下培养最利于朱砂根萌发,且在一定范围内,温度高适当缩短漫种时间、温度低适当延长浸种时间,均利于种子萌发.     

朱砂根愈伤组织分化根的研究

为了研究朱砂根愈伤组织分化根的能力,寻求高频率再生根的新途径,将不同类型的愈伤组织用于根分化的研究,并制成石蜡切片进行细胞学观察,比较不同类型愈伤组织分化根的能力和不同培养基及光照条件对根分化的影响。分化试验和细胞学观察结果均表明:淡黄色颗粒状和绿色块状愈伤组织较易分化根。以降低无机盐浓度的1/2MS为基本培养基的培养基中根分化率最高,而且不添加任何激素,附加3%蔗糖就可以使淡黄色颗粒状愈伤组织分化丛状根,弱光有利于愈伤组织根的分化。     

瓦氏雅罗鱼群体基于 COⅠ序列的遗传多样性分析

利用mtDNA COⅠ基因片段（有效长度635 bp）对来自达里湖（DL）、岗更湖（GG）、呼伦湖（HL）、黑龙江（ HLJ）、松花江（ SHJ）和乌苏里江（ WSL）6个地理群体共72个样品进行了遗传多样性和遗传结构分析。从碱基组成来看,6个地理群体在COⅠ区段上的A＋T含量（52．37％）明显高于G＋C含量（47．67％）,符合脊椎动物的碱基组成特点;从各项遗传参数来看,达里湖流域2个群体（ DL和GG）的遗传多样性低于黑龙江流域4个群体（ HL、HLJ、SHJ、WSL）;6个群体共检测到20个单倍型,并共享1个单倍型,达里湖流域群体共享1个单倍型,黑龙江流域群体共享1个单倍型。虽然达里湖流域和黑龙江流域各群体间遗传分化明显（ P＜0．05）,遗传结构存在差异,但AMOVA检验不支持这种遗传差异;另外,群体间频繁的基因交流进一步证实,6个地理群体亲缘关系近,有共同的起源,尚未达到分化为不同的种或亚种的水平。     

桃遗传多样性的SRAP和SSR标记分析

采用相关序列扩增多态性(SRAP)和简单序列重复多态性(SSR)分子标记,对47份桃(Prunus persica)品种的遗传多样性进行了分析.选用带型清晰的19对SRAP引物和5对SSR引物对47份桃品种的基因组DNA进行扩增,共检测到82个多态性位点.平均每对引物组合产生3.4个多态性位点.应用NTSYS-PC (Version 2.1) 软件采用平均距离法(UPGMA)进行聚类分析.结果表明,47份桃品种的相关系数为0.501～0.842,从总体来看,所选取的47个桃品种相关系数相对较低,遗传多样性比较丰富.对聚类结果分析显示,大部分具有亲缘关系的品种及形态学、生物学特征相近的品种聚在一类,说明聚类分析结果与系谱及生物学特征具有一定的相符性.该研究结果对桃种质资源的鉴定,杂交亲本的选择具有一定的参考价值.     

辣椒遗传多样性的SSR分析

采用109对SSR特异引物对89份辣椒材料进行分析,其中87对引物扩增出条带,52对引物具有多样性,扩增带分子量在150～2 000 bp之间,231条谱带中175条谱带具有多态性,多态率占75.76%,平均每个引物可扩增出2.66条带,说明辣椒材料的遗传多样性相对较小.89份材料经过NTSYS2.1.0软件分析后,计算出材料间遗传距离,并做出SSR分子标记聚类图.结果显示,89份材料在遗传相似系数0.60处分为两类,可以将栽培种和野生种区分开来,在遗传相似系数0.80处可以分为四类,总体上看,将果实类型相似的种质基本都聚在一起,说明用SSR标记进行辣椒遗传多样性的分析是可行的.     

基于分子和表型性状的大豆骨干品种遗传多样性分析

绥农14是集优质、高产、抗病、广适应性于一身的大豆优良品种,对绥农14系谱亲本进行分子和表型的遗传基础解析,为有目的地选择杂交亲本拓宽遗传基础提供理论指导.利用包含有生长性状、产量性状、品质性状、抗逆性状、固氮性状在内的50个表型性状和550个微卫星位点对绥农14系谱亲本进行分析.550个SSR位点共检测出等位变异1 494个,平均每个SSR位点的等位变异为2.716 4,平均PIC值为0.445 0,其中30个多态性高的位点可作为评价大豆种质资源遗传多样性的重要位点;连锁群CI的多态性位点比例最高为0.961 5,连锁群A2的保守片断最多为11个,构建绥农14系谱亲本的指纹图谱最少需2个位点.50个表型性状共检测到等位变异255个,每个位点的平均等位变异为5.1个,平均PIC值为0.683 2,主成分分析结果表明,6个主成分的累积贡献率在80.1％以上,分析每个主成分的组成发现,产量性状、生长性状,品质性状、抗逆性状、固氮性状在分析大豆种质资源遗传多样性时均具有重要的作用,进行每一类性状的主成分分析,选出重要性状作为大豆综合性状考察的主要指标.基于SSR的UPGMA聚类结果与基于农艺数据的UPGMA聚类结果的相关系数仅为0.393 0,2种聚类方法都只能在一定程度上揭示品种间的亲缘关系,因此,在进行种质资源遗传多样性研究时应将分子数据分析与表型性状解析相结合.     

三峡库区青蒿遗传多样性AFLP和RAPD比较分析

本研究对36份三峡库区不同来源的青蒿种质资源的遗传多样性进行AFLP和RAPD分析,并对两种检测结果进行比较.AFLP分析结果表明青蒿种质资源的遗传距离在0.000 0～0.196 7 cM之间,平均为0.091 1 cM;RAPD分析结果表明青蒿种质资源的遗传距离在0.000 0～0.325 4 cM之间,平均为0.1614 cM.青蒿种质资源遗传相似系数按类平均法,AFLP和RAPD均可分为4类.其中,36份青蒿种质资源中的20份(55.6%)AFLP的分类结果与RAPD的分类有较好的一致性.     

基于SSR标记的平果金花茶的遗传多样性和遗传结构分析

平果金花茶(Camellia pingguoensis D.Fang)为濒危植物,分布于广西平果县和田东县。我们在其分布区采集了7个野生代表种群,共216个个体进行实验,目的是利用微卫星分子标记方法对平果金花茶的遗传多样性和遗传结构进行探究,并基于研究结果对平果金花茶提出保护策略建议。研究结果表明,8对微卫星引物共检测到104个等位基因,平均每对引物检测到13个。平果金花茶的平均等位基因(Na)、有效等位基因(Ne)、期望杂合度(He)和观测杂合度(Ho)分别为5.4、2.995、0.512和0.557。AMOVA结果显示74.69%的变异存在种群内,种群间的遗传分化值(Fst)在0.1331~0.3666之间。STRUCTURE结果显示K=7为最佳分组,即每个种群各自成组。平果金花茶具有中等程度的遗传多样性和高水平的遗传分化。因此,在制定保护策略时,应尽可能对多个种群进行保护。     

基于叶绿体片段序列的苹果属植物遗传多样性

从叶绿体基因水平上研究中国原产苹果属植物的遗传多样性以及不同种在不同区域范围的单倍型的系统进化关系,为其起源演化、保护和利用提供依据。基于叶绿体基因间区trnH-psbA、trnS-trnG spacer+intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF,对来源于12个省区的722份苹果属植物种质进行序列分析,4个区域合并之后片段长度为4 120 bp,共有579个多态性变异位点和100个单倍型,核苷酸多样性(Pi)和单倍型多样性(Hd)分别为0.009 52和0.879,两者最高的区域为trnH-psbA(Hd=0.808,Pi=0.034 09)。Tajima′s D检验中,4个cpDNA区域合并后的Tajima′s D值为-1.503 16,在P>0.10检测水平上不显著,遵循中性模型。AMOVA分析表明,遗传变异主要存在于种群间和种内居群内。单倍型分布及网络结构分析结果表明,邻接网络中心位置的缺失单倍型闭合成环,苹果属不同种具有不同的演化路线,各个种间以及同种种质在不同地域起源演化过程中具有错综复杂的关系,相对古老的单倍型H₆和H     

SSR和AFLP分析玉米遗传多样性的研究

利用SSR，AFLP两种分子标记方法研究了23个玉米种质材料的遗传多样性，并对这两种分子标记系统进行了比较。利用筛选出的40对SSR引物，检测到了202个等位基因。用12对AFLP引物组，检测到了444条有多态性的带。SSR和AFLP分子标记均有很高的多态性，SSR位点的平均多态性信息量（PIC）值达0．60，而AFLP多态性带比例是72％。两种分子标记结果将玉米种质划分为5组，与系谱分析基本一致，两种分子标记划分的结果也相近。研究认为SSR，AFLP两种分子标记系统均适合于玉米种质的遗传多样性研究。     

基于表型和SSR标记的金平草果遗传多样性分析

草果是常见中药材和调味料,主产于云南。以主产地云南省红河州金平县的草果为研究对象,利用表型和SSR标记分析草果遗传多样性。结果表明：13个数量性状的变异系数为7.64%~50.00%,Shannon-Weaver多样性指数为1.74~2.16,其中挂果率的变异系数最大,鲜果长的多样性水平最高;提取的前4个主成分可解释81.615%的变异,第1主成分可解释37.369%的表型变异,与产量密切相关的干果重、鲜果重、干果皮重和单果种子数等指标荷载量较高。5对SSR标记在44份草果样本中共扩增出23个条带,平均每对引物可检测到4.6个多态性位点,多态位点百分率为100%,Shannon’s信息指数和平均多态信息含量分别为1.266和0.672;聚类分析可将44个样本分为2大类,第1类包含34个样本,第2类由10个样本构成。本研究表明金平草果具有丰富的表型变异和较高的分子遗传多样性。     

罗布麻遗传多样性的AFLP分析

利用AFLP分子标记技术,对产于内蒙古通辽、包头与巴彦淖尔的罗布麻遗传多样性进行分析.用筛选出的4对适宜引物组合共扩增出5 359个AFLP位点,其中多态性位点4 889个,多态性位点比率高达91.22%;产于通辽地区的罗布麻遗传变异较大,与包头和巴彦淖尔两地的罗布麻亲缘关系较远,而包头与巴彦淖尔两地间的罗布麻亲缘关系相对较近.聚类结果与材料的来源地有一定相关性,较好地反映了不同地区间的遗传背景及亲缘关系.