猪流感病毒H1N1分离株HA基因的克隆与序列分析

无锡某猪场发生不同程度的猪呼吸系统疾病.对发病猪采集鼻拭子,经双抗处理后,接种鸡胚,收集24 h后死亡的鸡胚尿囊液.对一株具有血凝性的病毒分离株进行RT-PCR鉴别,结果为H1亚型流感病毒.利用RT-PCR扩增尿囊液中的流感病毒HA基因.经pGEM-T easy载体克隆、序列测定和进化树分析,结果表明,在该猪群中分离获得的该株SIV为古典型H1N1.     

6株猪流感病毒分离株HA部分基因的克隆和序列分析

从6株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)中提取RNA，用RT-PCR法扩增了其HA基因的部分cDNA片段，克隆后测定其核苷酸序列，并推导出相应的氨基酸序列。结果表明，扩增的6，株SIV HA部分基因长度均为1005个核苷酸，共编码335个氨基酸，氨基酸序列同源性在98．2％～100％之间。HA部分基因核苷酸序列与已发表的中国香港、中国大陆、美国及欧洲分离的经典H1亚型毒株相近，核苷酸和氨基酸序列同源性均在95％以上，同属H1亚型，系统发育分析表明6个SIV分离株均属于经典H1亚型，与欧洲类禽SIV分离株亲缘关系较远，其HA1、HA2之间切割位点序列均为PSIQSR↓G，从分子水平推论，均属于非高致病力毒株；其HA2氨基端的14个氨基酸残基均为GLFGAIAG—FlEGGW，且高度保守。从分子流行病学角度证实经典H1亚型WIV毒株在广东多个猪场猪群存在。     

猪流感病毒H1N1广东分离株HA基因的克隆与进化分析

采用常规的血清学试验和特异性RT-PCR,从广东不同地区猪场分离鉴定出8株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)。用流感病毒血凝素(HA)基因通用引物扩增了8株病毒的血凝素(HA)基因,经克隆测序,HA基因全长1 757 bp,编码566个氨基酸。8个毒株的HA基因推导氨基酸序列分析表明,均含有8个潜在的N糖基化位点,且糖基化位点相同,其HA1、HA2之间切割位点序列为IPSIQSR↓G,从分子水平推论,此8株H1N1 SIV均属于非高致病性毒株。同源性分析表明,此8株病毒的氨基酸序列与经典SIV之间的同源性在92.3%~94.7%之间;与2009年甲型H1N1流感病毒同源性在80.4%~92.4%之间;与欧洲类禽SIV分离株同源性在80.4%~84.1%之间。进化关系表明,该8株SIV与A-swine-Shanghai-3-2005-H1N1同处一分支,与2009年甲型H1N1流感病毒和经典SIV分离株亲缘关系较近,与欧洲类禽SIV分离株亲缘关系较远。     

猪流感病毒分离株HA基因的克隆与序列分析

从1株H3N2亚型猪流感病毒（SIV）中提取RNA,用RT-PCR方法扩增了其HA基因的全长cDNA片段,克隆后测定其核苷酸序列,并推导了相应的氨基酸序列.结果,扩增的H3N2亚型SIV HA基因长度为1 701个核苷酸,共编码566个氨基酸.核苷酸序列与已发表的中国香港、中国大陆、美国及欧洲分离的H3亚型毒株相近,核苷酸和氨基酸序列相似性均在97%以上,同属H3亚型.其HA1、HA2之间切割位点序列为PSIQSR↓G,从分子水平推论,属于非高致病力毒株.其推导的氨基酸序列中有8个糖基化位点,7个位于HAl基因的第8、22、38、63、126、165、285位点,1个位于HA2基因的154位点.研究数据已提交至GenBank,并申请到一个登录号EF569597.研究结果为我国流感病毒基因库的建立、流感疫情的监测和防制提供了理论依据和技术资料储备.     

猪流感病毒山东分离株H1N1亚型HA基因的克隆与序列分析

采用RT-PCR技术对分离的H1N1亚型猪流感病毒的HA基因进行了扩增,将获得的PCR产物与pMD18-T载体连接,进行序列测定.同源性分析结果表明.分离毒株与其他H1N1亚型猪流感病毒的HA基因核苷酸同源性为70.7%～90.8%,与A/swine/Zhejiang/1/2007的同源性最高,与其他毒株的同源性相对较低.系统进化树分析结果表明.山东分离株的HA基因与欧洲谱系猪流感病毒进化关系最近,证明该分离株可能来源于北美谱系和欧亚谱系猪流感病毒的重组.     

1株H3N2亚型猪流感病毒的分离鉴定

为了解广东猪流感病毒(SIV)的流行变异情况,2010年11月从广东某规模猪场采集流感症状的猪鼻拭子60份,接种10日龄SPF鸡胚,分离到1株猪流感病毒,通过流感分型RT-PCR和HI试验鉴定为H3N2亚型SIV,命名为A/swine/Guangdong/L22/2010(H3N2),进行全基因序列测定及相似性分析发现,该分离株有低致病性流感分子特征,该毒株的8个基因片段连同最近广东猪群流行的流感毒株与2000年前后H3N2人流感病毒有较高的同源性.系统遗传演化显示,该病毒分离株可能是由1999年人源H3N2流感病毒A/Moscow/10/99(H3N2)进化而来.     

猪流感病毒山东分离株H1N1亚型HA基因的克隆与序列分析

采用RT-PCR技术对分离的H1N1亚型猪流感病毒的HA基因进行了扩增,将获得的PCR产物与pMD18-T载体连接,进行序列测定。同源性分析结果表明,分离毒株与其他H1N1亚型猪流感病毒的HA基因核苷酸同源性为70.7%～90.8%,与A/swine/Zhejiang/1/2007的同源性最高,与其他毒株的同源性相对较低。系统进化树分析结果表明,山东分离株的HA基因与欧洲谱系猪流感病毒进化关系最近,证明该分离株可能来源于北美谱系和欧亚谱系猪流感病毒的重组。     

一株H1N1病毒的分离鉴定

研究样本来自黑龙江省绥化市的一个生猪养殖场,分别采集疑似发生猪流感的病猪鼻拭子样本和濒死猪的肺组织样本,处理后接种到10日龄的SPF鸡胚中,分离出一株具有血凝性的病毒。采用血清学、RT-PCR、电镜、生物学特性及理化特性测定等方法对病毒进行鉴定,结果显示分离株的鸡红细胞的凝集价为1:256,只能够中和H1亚型猪流感特异性阳性血清;RT-PCR结果为H1、N1亚型,电镜下的病毒粒子为球形,直径约80 nm,具有囊膜,同时表面有刺突和纤突,对鸡胚的半数感染量(EI D_(50))为10(-5.17)/0.1 mL;该病毒对热、胰蛋白酶、氯仿及乙醚均敏感;从以上病毒特性的研究,可以判定分离得到的病毒为H1N1亚型的猪流感病毒。     

1株欧亚类禽猪流感病毒的分离鉴定及遗传进化分析

【目的】了解广东地区猪流感病毒(Swine influenza virus, SIV)的流行情况并探究其分子生物学特征。【方法】采集广东某猪场疑似猪流感病毒感染猪的鼻拭子和肺脏组织样品进行病毒分离鉴定、遗传进化和关键氨基酸位点分析。【结果】样品经实时荧光定量RT-PCR检测为猪流感病毒核酸阳性;在红细胞凝集试验中,该病毒对鸡红细胞有凝集作用,血凝效价为1∶128;8个基因片段序列结果经BLAST比对和进化树分析显示,HA、NA基因属于欧亚类禽猪流感病毒(H1N1)分支,PA、PB1、PB2、NP和M基因属pdm/09分支,NS基因属于北美三源重组分支,因此,本试验分离株属于G4基因型欧亚类禽猪流感病毒,将其命名为A/swine/Guangdong/CJM2/2022(H1N1)。关键氨基酸位点分析显示,分离株HA蛋白裂解位点序列为PSIQSR/GL,具有典型低致病性流感病毒的分子特征。HA基因在受体结合位点处的190、225、226位氨基酸分别为D、E、Q,表明其既具有结合人型唾液酸受体的潜能又具有结合禽型唾液酸受体的潜能。NA基因关键氨基酸残基均未发生突变,提示分离株对奥司他韦和扎那...     

一株H1N1亚型猪流感病毒的分离鉴定及生物学特性分析

为调查南京地区猪流感流行情况,本研究于2011年2月～5月期间从南京某屠宰场采集健康猪的鼻拭子和肺脏组织样品共690份,常规无菌处理后进行RT-PCR检测,将检测为阳性的样品接种9日龄～11日龄SPF鸡胚分离猪流感病毒(STV).对分离株进行血凝试验、EID50测定、HA及NA基因测序分析和感染小鼠及猪体试验.结果有18份样品RT-PCR显示为SIV阳性,但只有一株可在SPF鸡胚中稳定增殖.该病毒分离株具有凝集0.5％鸡红细胞的活性,EID50为10-6.32/0.1 mL,基因测序显示其HA、NA基因片段均与09年H1N1型流感流行株A/California/04/2009 (H1N1)高度同源,将其命名为A/Swine/Nanjing/50/2011 (H1N1).小鼠人工感染试验表明该分离株可引起小鼠死亡(3/10),猪体人工感染实验显示该分离株还能够引发猪体明显的流感症状及肺部病变.该病毒的分离鉴定及HA、NA基因序列分析为进一步调查SIV的流行规律提供了基础数据.     

辽宁省H1N1亚型猪流感病毒的分离鉴定与遗传演化分析

本研究2012年底从辽宁省某屠宰场猪鼻咽拭子样品中分离到1株流感病毒,经HA—HI试验和RT—PCR鉴定为H1N1亚型猪流感病毒株,命名为A／swine/Liaoning／01／2012（H1N1）,通过对病毒的8个基因片段克隆并测序,并利用分子生物学软件进行遗传演化分析。结果表明,分离株HA基因裂解位点附近的氨基酸序列为IPSIQSRjG,符合低致病力流感病毒的分子特征。全基因组进化树结果表明,分离株的8个基因片段与A／swine／Jiangsu／40／2011（H1N1）株核苷酸同源性最高,分离株处在类禽型H1N1亚型遗传进化分支上;由于类禽型H1N1猪流感病毒具有潜在感染人的潜力,在国外和国内均有感染人的报道,因此,辽宁省首次分离到该型猪流感病毒对全省养猪业和公共卫生安全具有重要意义,值得深入研究。     

猪流感病毒广东株分离鉴定及遗传进化分析

本研究从广东省某猪场采集37份疑似猪流感症状的猪鼻拭子样品,接种于9日龄SPF鸡胚并收集尿囊液,通过血凝试验、血凝抑制试验和RT-PCR鉴定,分离得到一株猪流感病毒,经RT-PCR分别扩增8个基因片段,进行基因测序及序列分析,与GenBank收录的参考毒株比对并构建进化树。结果显示,分离毒株为H1N1亚型猪流感病毒,将其命名为A/swine/Guangdong/2/2018（H1N1）。遗传进化分析显示,分离株8个片段的核酸序列与A/swine/Guangdong/L3/2009（H1N1）对应序列的同源性均达99%以上,与经典型H1N1亚型猪流感病毒处于同一分支。分离毒株HA的裂解位点为PSIQSR↓GL,符合低致病性流感病毒分子特征。HA基因受体位点为190D、225G和226Q,表明本毒株既可以结合SAα-2,6-Gal型人类流感病毒SA受体,也有结合SAα-2,3-Gal型禽类流感病毒SA受体的可能,在28、40、104、304、498、557位氨基酸处有6个潜在糖基化位点;NA蛋白在50、58、63、68、98、146、235位氨基酸处有6个潜在糖基化位点,NA蛋白氨基酸序列活性中心位点为119E、199D、223I、275H、293R、295N,氨基酸分析位点未出现突变,表明本分离株对神经氨酸酶抑制剂类药物的敏感性较高,但在M2蛋白中,31位氨基酸由敏感型的（S）突变为抗药的（N）,提示可能对金刚烷胺类药物产生耐药性。开展猪流感病毒分离鉴定与遗传进化分析将为广东地区的猪流感流行和变异情况提供重要信息。     

猪流感病毒H9N2亚型济南株HA、NA基因的克隆与序列分析

根据GenBank中流感病毒H9N2亚型HA基因与NA基因序列,分别设计扩增HA基因与NA基因的特异性引物,用RT-PCR方法扩增猪流感病毒H9N2济南株(SW/SD/JT/07)HA基因和NA基因,分别将RT-PCR扩增产物克隆入pMD18-T载体,进行测序分析。结果表明,SW/SD/JT/07 HA基因长度为1701bp,编码566个氨基酸,HA0切割位点序列为R-S-S-R-G,属非高致病性毒株;HA蛋白有8个糖基化位点,与参考毒株糖基化位点数一致;HA蛋白有5个受体结合位点,其中在190位氨基酸与其余参考毒株存在差异。SW/SD/JT/07 NA基因长度为1413bp,编码470个氨基酸,NA蛋白基质结合部与参考毒株一致,高度保守;NA蛋白有5个抗原位点,在325位为D其余参考毒株均为N,SW/SD/JT/07与DC/HB/W1/04,CK/GS/2/99在398位为E,其余参考毒株为D或N;SW/SD/JT/07 NA蛋白与CK/SH/F/98,DC/HB/W1/04,CK/GS/2/99,SW/GD/WXL/04,SW/SD/W4/03,SW/YN/Simao2/07一样在茎区63,64,65位发生氨基酸缺失。SW/SD/JT/07 HA基因与参考毒株的同源性82.5%～98.6%,NA基因与参考毒株的同源性82.2%～99.1%。SW/SD/JT/07 HA基因与NA基因系统发生树分析表明,SW/SD/JT/07与AIV H9N2亚型亲缘关系密切。     

H1N1亚型猪流感病毒中国分离株血凝素基因分子演化的研究

对2001年中国华南及东北地区的15株H1N1亚型猪流感病毒(SIV)分离株的血凝素(HA)基因进行了序列测定和分析,并绘制了进化树.研究结果表明,15株H1N1 SIV和HA基因核苷酸全长为1 778bp,共编码566个氨基酸;而且,15株H1N1亚型SIV的HAI蛋白在10、11、23、87、287位都存在高度保守的糖基化位点,此外,在276位多了一个"-NTT-"糖基化位点,与参考毒株SW/IW/93/01一致,这可能是近期H1N1亚型SIV的一个分子特征.本研究进一步发现,15株H1N1亚型SIV的HA基因切割位点氨基酸组成为IPSIQSR↓G,具有非高致病力毒株分子特征;而其受体结合位点在HA蛋白上第226位是Q,第228位是G,可能具有感染禽的潜力.经同源性比较,15株H1N1亚型SIV的HA基因与古典型H1N1猪谱系中的WIS/4754/94的同源性相对最高,核苷酸和氨基酸序列同源性分别达到95.7%～96.1%和96.5%～97.2%.由同源性比较结果和进化树分析可见,15株H1N1亚型SIV的HA基因皆属于古典型H1N1猪谱系.     

一株H1N1亚型猪流感病毒的分离鉴定及小鼠致病性的研究

为了初步了解从江苏某屠宰场分离鉴定出的一株猪源H1N1亚型猪流感病毒(SIV)A/Swine/Jiangsu/1070/2019(H1N1)的致病性,对该分离株纯化后进行全基因序列分析,测定其生物学特性,并以10⁶ EID₅₀病毒感染BALB/c小鼠。序列分析结果显示,该病毒HA基因的裂解位点为³³⁹PSIQSR↓G³⁴⁷,符合低致病性SIV的分子特征,与A/Swine/Jiangsu/J006/2018(H1N1)同源性最高达到98.94%,NA基因与A/Swine/Shandong/LY142/2017(H1N1)同源性最高达到98.79%,内部基因PB2、PB1、PA、M、NP和NS分别与2018年出现的不同猪源H1N1亚型具有高同源性,因此该病毒是一株在猪体内重组的病毒;病毒在鸡胚上的半数感染量(EID₅₀)为10^-8.5/0.1 mL,在MDCK细胞上的半数感染量(TCID₅₀)为10^-5.22/0.1...     

一株H1N1亚型猪流感病毒的分离鉴定与进化分析

为探究猪流感病毒（SIV）的流行情况,本实验室2020年11月从广州市某养殖场采集病猪鼻拭子30份,将鼻拭子接种9日龄SPF鸡胚,增殖后分离到1株具有凝血特性的病毒,经特异性PCR鉴定为流感病毒,通过进一步测序发现该病毒为H1N1亚型,命名为A/swine/Neimeng/03/2020 （H1N1）。通过NCBI进行各基因片段的同源性比对,发现该病毒的基因与2000年左右的人H1N1亚型病毒同源性较高。通过构建系统遗传进化树发现,确认病毒株是由人流感病毒A/Dunedin/2/2000 （H1N1）演化而来。通过HA基因推导发现该病毒HA1蛋白与2009年墨西哥流感的流行毒株以及经典的H1N1毒株具有较大的抗原性差异,该病毒呈现较低的致病性,与其HA裂解位点基序（PSIQSRGLF）表现一致,呈低致病性特征。     

基因重排H1N2亚型猪流感病毒的分离鉴定和生物学特性的研究

本研究对2005年～2006年广西和海南省疑似猪流感(SD)病猪的组织病料进行了病毒分离,并对分离毒株进行了亚型鉴定和生物学特性的研究.结果显示:分离的3株流感病毒均为H1N2亚型猪流感病毒(SIV).能凝集多种动物的红细胞,但凝集谱与以往报道略有不同;为热不稳定型病毒;在电镜下可观察到典型流感病毒粒子.动物试验显示:小白鼠、大白鼠和家兔对分离毒株不敏感,而豚鼠较敏感.能较好地复制出流感症状和病理变化;本体试验动物仅有轻微的临床症状,但能检测到抗体升高的变化,并能从鼻腔和上呼吸道检测和分离到SIV.核苷酸同源性分析显示:分离毒株Sw/GX/17/05、Sw/GX/13/06和Sw/HN/1/05的血凝素(HA)基因分别与基因重排H1N2 亚型SIV A/Swine/lndiana 9K035/99、A/SW/MN/23124-T/01和A/swine/Zhejiang/1/04的核苷酸同源性最高,分别达97.4%、97.0%和95.7%;神经氨酸酶(NA)基因均与基因重排H1N2 亚型流感病毒A/Trurkey/MO/24093/99 的核苷酸同源性最高,达97.2%～98.0%.核苷酸同源性分析进一步证实了分离毒株为基因重排H1N2亚型SIV.     

猪流感病毒HA基因的原核表达及其ELISA检测方法的建立

根据H1N1亚型猪流感病毒血凝素基因序列设计并合成特异性引物,从本室保存的H1N1亚型猪流感病毒中扩增信号肽和跨膜区缺失的血凝素基因,并将其克隆到原核表达载体pET-28a中,在大肠埃希菌中诱导表达.对表达蛋白进行SDS-PAGE和Western blot的结果表明,HA基因在大肠埃希菌中获得表达,产物具有免疫学活性,表达蛋白分子质量约为55 ku.表达产物经过纯化作为包被抗原建立了检测H1亚型猪流感抗体的间接ELISA方法.该方法具有较高的特异性和敏感性,重复性良好.应用该方法对2006年2 584份临床猪血清进行检测,结果显示多个地区检测猪流感抗体出现阳性,平均为20.5%.在6月、7月和12月分别出现抗体水平高峰,分别高达25.4%、25.0%和35.5%.     

H5N1亚型禽流感病毒新疆株HA基因的克隆及序列分析

参照已发表的H5N1亚型禽流感的HA基因序列,设计了1对引物,对禽流感病毒新疆株A/Duck/XJ/3(H5N1)、A/Duck/XJ/4(H5N1)、A/CH/XJ/5(H5N1)、A/Goose/XJ/10(H5N1)和A/Duck/XJ/11(H5N1)进行RT-PCR扩增和克隆,获得了5个毒株的HA全长核苷酸序列,分别为1 779 bp、1 774 bp、1 776 bp、1 758 bp和1 740 bp序列分析表明,在HA切割位点处均有多个连续的碱性氨基酸(-R-E-R-R-R-K-K-R-)插入,具有高致病性禽流感病毒的特征.同源性分析表明,新疆分离株之间的核甘酸同源性在96.9%～98.8%;与来自青海湖斑头雁、广西天鹅、香港白鹭和台湾鸽等不同野禽毒株同源性为95.7%～100%;与来自香港、越南、浙江的人源禽流感毒株的同源性为95.2%～98.2%.     

表达H5N1亚型猪流感病毒HA基因重组腺病毒的构建及其免疫原性

RT-PCR扩增猪流感病毒A/Swine/Fujian/1/2001(H5N1)株的HA基因,构建重组腺病毒穿梭质粒pDC315-H5HA-EGFP.采用Ad-Max同源重组系统和共转染技术,构建了表达H5N1亚型猪流感病毒HA基因的复制缺陷型重组腺病毒(rAd-H5HA-EGFP).经目的基因PCR检测及序列测定,结果表明:HA基因已经正确地插入到腺病毒的基因组中;通过RT-PCR检测与Western blot分析,结果表明:HA基因能够进行正确转录,并且所表达的蛋白具有相应的生物学活性.子代重组腺病毒rAd-H5HA-EGFP经增殖、纯化后感染性滴度可达2.26×1010 TCID50 mL-1.rAd-H5HA-EGFP免疫BALB/c小鼠能够诱导特异性的HI抗体产生,有效阻止病毒在体内的复制.