5个家兔群体FGF5基因的遗传多样性分析

设计5对特异性引物,采用PCR-RFLP法及PCR-SSCP法对5个家兔群体FGF5基因CDS序列进行分析。结果显示:FGF5-1A发现了2个等位基因、3种基因型,在该引物285~287位点存在TCT缺失;FGF5-3B发现了2个等位基因、2种基因型,在该引物58位点处存在T→C突变。所有的群体均处于哈代-温伯格平衡,且在所选的5个家兔群体的FGF5-1A中,A1等位基因均为优势等位基因,獭兔群体表现为中度多态,肉兔群体表现为低度多态,毛兔未检测到多态。皖系长毛兔与其他家兔群体之间分布均差异极显著(P<0.01),九疑山兔与海狸色獭兔之间分布差异显著(P<0.05)。该研究为FGF5基因是否能作为家兔毛质性状选育工作的分子标记提供了一定参考。     

5个家兔群体白细胞介素10基因外显子的遗传多样性分析

本研究旨在分析家兔IL-10基因外显子的多态性,以期为进一步研究家兔IL-10与疾病抗性的相关性提供理论依据。根据GenBank上收录的IL-10基因序列设计5对特异性引物,采用PCR-SSCP方法对海狸色獭兔、白色獭兔、皖系长毛兔、闽西南黑兔、九疑山兔这5个家兔群体IL-10基因的5个外显子序列进行多态性分析。结果表明:在IL-10基因外显子3上检测到4种等位基因,10种基因型,存在3个SNPs位点;在外显子4上检测到2种等位基因,3种基因型,存在1个SNP位点。而外显子1、2、5对于实验群体未发现有遗传多态性。在外显子3中,D等位基因只在闽西南黑兔和九疑山兔中检测到,除海狸色獭兔和闽西南黑兔外其余群体均处于哈代-温伯格平衡,各群体不同基因型分布存在极显著差异(P<0.01)。在外显子4中,A1B1基因型在獭兔群体中没有检测到;除海狸色獭兔外其余各群体均处于哈代-温伯格平衡,海狸色獭兔跟白兔獭兔不同基因型分布差异不显著(P>0.05),而其余群体彼此不同基因型分布存在显著性差异(P<0.05或P<0.01)。结果提示:5个家兔群体在IL-10基因外显子3和4中存在遗传多态性,不同家兔群体在遗传基础上存在着一定的差异。     

FGF5基因在中卫山羊中的SNP多态性分析

为了检测中卫山羊核心育种群中成纤维细胞生长因子5(FGF5)基因的单核苷酸多态性(SNP),试验采用PCR-RFLP方法,对该基因外显子1上384 bp位置处的SNP位点多态性进行检测。结果表明:在测定的179只试验羊中仅出现2种基因型,即AA基因型、AB基因型,基因型频率分别为0.932,0.068。A、B的基因频率分别为0.966,0.034,A等位基因在中卫山羊群体中为优势等位基因。多态信息含量(PIC)为0.063 53,为低度多态位点。卡方检验结果表明,基因处于HardyWeinberg平衡状态。分析发现,此SNP为同义突变,利用在线软件预测,该突变位点不影响mRNA的二级结构,中卫山羊群体中FGF5基因外显子上存在一个低度多态SNP位点。     

4个家兔群体MC1R基因外显子的遗传多样性分析

本研究采用PCR-SSCP技术对4个家兔群体MC1R基因外显子序列进行分析,结果显示:MC1R基因外显子出现2个等位基因(A、B)、3种基因型(AA、AB、BB),103～108位点存在AGACGG插入。所有的群体均处于哈代-温伯格平衡,在所选的4个家兔群体的MC1R基因外显子中,A等位基因在白色獭兔、彩色獭兔和九疑山兔群体中表现为优势等位基因,B等位基因在闽西南黑兔表现为优势等位基因;A等位基因与白色、蛋白色等浅毛色性状相关,B等位基因与黑色、青紫蓝色及海狸色等深毛色性状相关。本研究为判断MC1R基因是否能作为家兔毛色性状选育工作的分子标记提供了一定参考。     

静原鸡ELOVL2基因遗传多态性研究

为了探讨静原鸡极长链脂肪酸延伸酶蛋白2(elongation of very-long-chain fatty acids 2,ELOVL2)基因的遗传特性,确定核苷酸的变异位点,本研究采用PCR-SSCP及DNA测序技术对静原鸡ELOVL2基因进行多态性检测。结果显示,静原鸡ELOVL2基因外显子6无多态性,内含子2和6呈中度多态。在ELOVL2基因内含子2扩增片段上共检测到5种基因型:A_2A_2、B_2B_2、C2C2、D2D2和A_2C2,4种等位基因:A_2、B_2、C2和D2,其中A_2为优势等位基因(0.62),A_2A_2基因型为优势基因型(0.54);3个SNPs位点:g.63372228+4918GA的转换、g.63372228+5024TC的转换和g.63372228+4928CA的颠换。在E2e6I6扩增片段上共检测到3种基因型:A_1A_1、B_1B_1和A_1B_1,2种等位基因:A_1和B_1,其中A_1为优势等位基因(0.67),A_1A_1基因型为优势基因型(0.54),等位基因B_1存在g.63388000+748GC的颠换。群体遗传学分析发现,静原鸡ELOVL2基因内含子2、6遗传纯合度均较高,且偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。本研究结果表明,静原鸡ELOVL2基因内含子2和6序列突变较高,且呈中度多态,表现出纯合子优势,外显子6上无突变。     

不同绵羊品种FGF5基因的多态性分析

根据人和小鼠成纤维细胞生长因子5（FGFS）基因的同源序列设计引物对绵羊基因组进行PCR扩增，将扩增片段进行克隆和测序，并与人和小鼠的成纤维细胞生长因子5基因序列进行同源性比较，确定扩增的片段为绵羊的FGF5基因片段。采用PCR-SSCP技术分析了FGF5基因外显子在小尾寒羊、湖羊、藏羊、中国美利奴等4个绵羊品种的多态性。结果表明：FGF5基因在P1和P2引物扩增片段中存在PCR-SSCP多态性。经克隆测序分析，位于外显子1的引物1扩增产物存在G→T突变，该突变位点使编码的氨基酸发生A→S的改变；引物2扩增产物发生了碱基序列C→T的突变，这一突变位点没有引起编码氨基酸的改变，属于同义突变。对不同绵羊品种的基因型和基因频率统计结果表明，引物1扩增产物小尾寒羊、湖羊、藏羊以等位基因A为主，而中国美利奴羊则以等位基因B为主，且各群体均处于Hardy-Weinberg平衡；引物2扩增产物小尾寒羊、湖羊、中国美利奴羊均以等位基因E为主，而藏羊的基因型频率与其它品种有显著差异，中国美利奴羊在引物2位点的基因频率处于Hardy-Weinberg不平衡状态。     

青海高原10种草食家畜血红蛋白的比较电泳

采用醋酸纤维素薄膜电泳法对青海高原10种草食家畜的血红蛋白(Hb)进行了比较研究。结果表明:(1)牛有三种Hb成分(A、B和C),构成HbA,AB,AC,B和BC五种表型;(2)牦牛有Hb F和S两种成分,构成单一的Hb FS型;(3)双峰驼有三种Hb成分(A,B_1和B_2),构成Hb A-B_1和A-B_1B_2两种表型;(4)梅花鹿和马鹿呈单一的Hb A型;(5)白唇鹿有Hb F和S两种成分,构成单一的Hb PS型;(6)马有Hb A_1和A_2两种成分,构成Hb A_1,Hb A_1~+A_2~-,Hb A_1A_2和Hb A_1~-A_2~+四种表型;(7)驴呈单一的Hb A_2型;(8)绵羊有三种Hb成分(A,B和C),构成Hb A,AB,B和AC四种表型;(9)山羊呈单一的Hb A型;(10)牛Hb B和马Hb A_1成分的相对电泳迁移率最大,双峰驼Hb B_2成分的迁移率最小。     

中国美利奴羊MHC-DQB1基因多态性与包虫病的抗性分析

采用PCR-RFLP方法对103只包虫病(细粒棘球蚴病)阴性和101只阳性中国美利奴(新疆军垦型)羊MHC-DQB1 第2外显子遗传多态性进行了检测.结果表明,中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DQB1 基因外显子2在Mrox Ⅰ、Sca Ⅰ、Sacl Ⅰ、Taq Ⅰ、Hae Ⅲ和Mva Ⅰ酶切位点存在丰富的多态性,分别检测出2、2、4、3、3、6种等位基因,3、3、7、4、6、16种基因型.克隆测序分析表明,Hae Ⅲ m、Hae Ⅲ n、Mva Ⅰ y和Mva Ⅰz 是由碱基突变而产生的新等位基因.将包虫病阴性和阳性中国美利奴(新疆军垦型)羊的等位基因频率和基因型频率分别进行比较分析,发现Mva Ⅰ D(P＜0.05)、Sacl Ⅰ b、Taq Ⅰ A、Hae Ⅲ N(P＜0.01)为中国美利奴(新疆军垦型)羊包虫病的抗性基因,Taq Ⅰ B、Mva Ⅰ C、Hae Ⅲ M(P＜0.01)是易感性基因.Mva Ⅰ DZ(P＜0.05)、Taq ⅠAA和Hae Ⅲ NN (P＜0.01)是中国美利奴(新疆军垦型)羊包虫病的抗性基因型,而Mva Ⅰ CZ(P＜0.05)、Taq ⅠAB和Hae Ⅲ MN(P＜0.01)是易感性基因型.     

中国美利奴羊MHC-DRB1基因PCR-RFLP多态性分析

应用巢式PCR-RFLP方法,对211只中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DRB1外显子2的遗传多态性进行检测,并对基因型频率和等位基因频率进行了统计,结果表明,中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DRB1基因外显子2在SacⅠ、Hin1Ⅰ和HaeⅢ的酶切位点存在多态性,这些酶切位点分别受2、2和6个等位基因控制,由于MHC-DRB1为多碱基突变的基因位点,综合3种限制性内切酶的酶切结果,在中国美利奴(新疆军垦型)羊中共发现24种等位基因;χ2适合性检验结果表明,中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DRB1外显子2在SacⅠ和Hin1Ⅰ酶切位点均达到Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05),但在HaeⅢ酶切位点未达到Hardy-Weinberg平衡(P＜0.01).     

欧拉型藏羊GH基因部分序列PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP方法,检测126只欧拉型藏羊GH基因第1、2内含子、第1～4外显子序列的遗传多态性,结果表明:仅第4外显子出现多态性,存在2个等位基因3种基因型(AA、AB和BB),BB基因型频率最高,B等位基因频率明显高于A等位基因频率,其余位点未检测到多态.群体遗传学分析结果表明:该群体在这一位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05),多态信息含量(PIC)为0.231 3,为低度多态(PIC＜0.25).测序结果显示:与藏绵羊GH基因序列(EFU77162)相比,B等位基因在1 286bp处发生T→C的突变,该突变为同义突变.     

延黄牛ARID5B基因多态性及其与体尺和肉质性状的相关性研究

试验旨在研究延黄牛富含AT相互作用功能域5B(AT-rich interactive domain 5B,ARID5B)基因多态性及其与体尺和肉质性状的相关性。选取18月龄的99头延黄牛母牛为研究对象,利用PCR测序查找ARID5B基因13个外显子的SNP位点,通过HRM分型的方法分析SNP位点的多态性,使用SPSS 19.0软件分析该基因多态性与延黄牛体尺和肉质性状的关联性。结果表明,延黄牛ARID5B基因外显子10 Chr28:18186635 bp处存在A/G突变,有3种基因型:AA、AG和GG,其中AA基因型为优势等位基因型,A为优势等位基因;经卡方适合性检验,该SNP位点在延黄牛群体中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),但A/G突变位点的杂合度相对较低,在延黄牛群体中的变异较小,属于中度多态(0.25PIC0.5)。关联分析结果表明,ARID5B基因外显子10 GG基因型与延黄牛体尺性状中的体高、胸围和腹围以及肉质性状中的肌内脂肪含量存在显著差异(P0.05)。本试验揭示了ARID5B基因与牛肉用性状的相关性,为探讨其作为有效遗传标记的可行性提供了参考,为延黄牛分子育种提供试验依据。     

绵羊GLP2R基因多态性及其与肉质性状的相关分析

为探索胰高血糖素样肽-2受体(glucagon-like peptide-2 receptor,GLP2R)基因多态性与绵羊肉质性状的相关性,试验选用68只南非肉用美利奴羊×东北细毛羊和102只杜泊羊×小尾寒羊的杂交后代为研究对象,采用Sanger测序方法寻找GLP2R基因外显子11序列的突变位点,根据测序结果分析该突变位点的基因型频率和基因频率及卡方适合性检验、纯合度(Ho)、杂合度(He)和多态信息含量(PIC)。结果显示,绵羊GLR2R基因外显子11处存在C/T突变,存在3种基因型:CC、TC和TT,2种等位基因:C和T,其中在南非肉用美利奴羊×东北细毛羊群体中,TC基因型为优势基因型,在杜泊羊×小尾寒羊群体中,CC基因型为优势基因型;2个群体中C均为优势等位基因。卡方适合性检验结果显示,2个群体的C/T位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05);C/T突变位点在群体内变异较小且处于中度多态(0.25PIC0.5),有一定遗传学意义。不同基因型肉质性状差异结果显示,南非肉用美利奴羊×东北细毛羊TC基因型剪切力显著高于CC和TT基因型,TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型(P0.05);杜泊羊×小尾寒羊CC基因型剪切力显著高于TC和TT基因型,TT基因型失水率显著高于CC和TC基因型(P0.05)。本研究在GLP2R基因外显子处发现C/T突变,可能是影响肉质性状的潜在位点,是否能够作为遗传标记还需要进一步探索。     

八眉猪SLA-DQA基因外显子2多态性分析

本研究以八眉猪为研究对象,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法研究了SLA-DQA基因外显子2功能区的分子遗传特征。结果显示,八眉猪SLA-DQA基因外显子2共有7种等位基因(A、B、C、D、E、F、G)和7种基因型(分别是AA、AB、AC、AE、AF、BB、DG),其中A等位基因和AA基因型占优势,DG基因型为劣势基因型。对不同等位基因进行克隆测序,结果共发现15个氨基酸发生了改变,19个抗原结合位点上共有5个氨基酸发生改变。x2检验结果表明,该基因偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.01)。遗传多态性分析结果表明,八眉猪SLA-DQA基因外显子2,属于中度多态(0.25PIC0.5)。研究结果表明,八眉猪SLA-DQA基因第2外显子属于多态基因。     

秦川牛IRS-1基因多态性与体尺和肉质性状的相关性

旨在研究秦川牛IRS-1基因外显子的多态性,及其与秦川牛体尺和肉质性状的相关性。选取384头同等饲养条件下的18～24月龄健康秦川牛母牛为研究对象,采用PCR-SSCP技术结合DNA测序技术检测IRS-1基因外显子上存在的SNPs位点,并将其与秦川牛体尺和肉质性状进行关联分析。经DNA测序发现,在IRS-1基因外显子的2 346(B1位点)和2 394bp处(B2位点)分别发生了G→A和C→G突变,经分析发现,分别为氨基酸序列第782处Glu和798处Leu的同义突变。通过SSCP带型分析分别出现CC、CD和AA、AB 2种基因型,均未检测出第3种纯合基因型;卡方检验显示,B1位点在所检测牛群中处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),而B2位点则处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态(P<0.01);且B1处CC基因型为优势基因型,C为优势等位基因,处于低度多态状态;B2处基因型AA为优势基因型,A为优势等位基因,处于低度多态状态;关联分析表明,B1位点不同基因型个体间在体斜长、腰角宽、胸围和眼肌面积方面差异显著(P<0.05),B2位点在腰角宽、胸深和背膘厚方面差异显著(P<0.05)。将2个突变位点合并基因型进行单倍型分析发现,双杂合基因型个体(ABCD)除背膘厚和肌间脂肪含量外其他所分析的各性状均显著高于其他基因型组合,且多标记位点的组合效应值高于单标记位点。结果提示,IRS-1基因对秦川牛体尺及部分肉质性状有显著的影响,可以作为秦川肉牛新品系培育早期选择的候选基因,其中组合ABCD可能是影响秦川牛体尺和胴体性状的最佳基因型组合。     

余姚市特种獭兔黑素皮质素受体11(MC1R)基因与毛色表型的研究

目的:研究MC1R基因多态性与獭兔毛色的关系。方法:本试验根据NCBI数据库家兔MC1R基因的编码序列设计引物,利用PCR技术,对余姚兔场的16个獭兔MC1R基因外显子进行克隆测序,得到外显子基因编码序列,并测序;运用Clustal X2、Bioedit等软件对序列进行比对,对MC1R基因进行多态性分析和比较。结论:海狸色、黑色獭兔在MC1R基因扩增片段2上存在A→G碱基突变,这个位点具有成为獭兔毛色性状分子遗传标记的可能性。     

海南3个地方猪种SLA-DQB基因外显子2的PCR-RFLP多态性分析

采用PCR-RFLP法对海南五指山猪、临高猪及屯昌猪的SLA-DQB基因外显子2的PCR产物进行多态性分析。结果表明:五指山猪和临高猪SLA-DQB基因外显子2经限制酶RsaⅠ酶切后出现7种基因型,均由4个复等位基因A、B、C、D控制。屯昌猪中仅出现4种基因型,由3个复等位基因A、C、D控制。经HaeⅢ酶切结果出现8种基因型,这8种基因型在五指山猪群体中均存在,由E、F、G、H4个复等位基因控制;临高猪、屯昌猪经HaeⅢ酶切分别出现6种和5种基因型,均由3个复等位基因E、F、G控制。χ2适合性检验结果表明,五指山猪的RsaⅠ和HaeⅢ酶切位点突变未达到Hardy-Weinberg平衡。临高猪SLA-DQB基因外显子2RsaⅠ酶切位点不符合Hardy-Weinberg平衡状态,而HaeⅢ酶切位点处于Hardy-Weinberg平衡状态,屯昌猪SLA-DQB基因外显子2的2个酶切位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

美利奴羊与细毛羊杂交F1代LPL基因外显子3 A384T位点多态性与肉质性状的关联分析

为了研究南非肉用美利奴羊与东北细毛羊杂交F1代脂蛋白脂酶(LPL)基因的基因型与肉质性状的关联性,试验采用直接测序及PCR-RFLP技术对LPL基因外显子3进行多态性检测。结果表明:LPL基因外显子3上存在T304C和A384T 2个单核苷酸多态性(SNPs)位点,其中A384T位点存在TT、TA、AA 3种基因型,为低度多态,已达到Hardy-Weinberg平衡状态。A384T位点基因型与肉质性状相关性分析结果表明,TT基因型个体的滴水损失极显著高于TA基因型和AA基因型个体(P0.01),TT基因型个体的p H1值显著高于TA基因型个体(P0.05),TT基因型个体的肉豆蔻酸含量显著低于TA基因型和AA基因型个体(P0.05),TT基因型个体的棕榈酸含量显著低于TA基因型个体(P0.05),TT基因型个体的甘氨酸含量显著高于TA基因型个体(P0.05),TT基因型个体的精氨酸含量显著高于TA基因型和AA基因型个体(P0.05)。推测A384T位点有望作为杂交F1代肉羊肉质性状的分子遗传标记位点。     

蛋鸭极低密度脂蛋白受体基因多态性与蛋品质相关性分析

极低密度脂蛋白受体基因(VLDLR)在卵生动物蛋黄物质形成过程起关键作用。研究以国绍Ⅰ号母鸭为研究对象,采用一代测序法对VLDLR基因外显子12至外显子13区域进行SNPs筛选,并分析各多态位点间的连锁不平衡状态及不同基因型与蛋品质的相关性。结果显示:共发现4个多态位点,其中S1(A7120G)位于12号外显子,未引起氨基酸序列改变;S2(A7261G)位于12号内含子;S3(C7325T)和S4(A7337G)位于13号外显子中,分别导致Thr突变为Met,Asn突变为Asp。位点S1、S2和S4为强连锁不平衡位点,存在3种单倍型和3种双倍型,单一位点基因型和双倍型与蛋黄比例、蛋重、蛋黄重、蛋壳重和蛋黄颜色的相关性分析结果均为不显著相关,在国绍Ⅰ号VLDLR基因外显子12-外显子13区域内未发现与蛋黄比例等蛋品质相关的分子标记SNPs位点。     

利用微卫星标记分析五个家兔群体的遗传多样性

利用15个微卫星座位,分析了新西兰白兔、德系安哥拉兔、美系獭兔、齐卡G系肉兔、福建黄兔5个家兔群体的遗传多样性。结果表明：15个微卫星位点的平均等位基因数和平均有效等位基因数分别为7．400±1．639个和5．694±1．470个;5个家兔群体的平均基因杂合度和平均多态信息含量分别为0．7367和0．6994;新西兰白的平均基因杂合度和平均多态信息含量最高,福建黄兔最低。5个家兔群体的平均总近交系数（F_is）为-0．03,群体内平均近交系数（F_is）为-0．151,群体平均分化系数（F_is）为0．105（P〈0．001）。采用UPGMA法进行聚类分析,5个家兔群体聚为三类：新西兰白兔和德系安哥拉兔聚为一类;齐卡兔G系和美系獭兔聚为一类,福建黄兔独自为一类。     

卵泡刺激素β基因编码区SNPs与糯谷猪繁殖性能的关联性分析

本试验采用RCR-SSCP及测序的方法检测了58头糯谷猪母猪卵泡刺激素(follicle-stimulating hormone,FSH) β基因编码区3个外显子的多态性,并分析了不同基因型与繁殖性能的关联性,结果发现,在外显子1和外显子3中未发现多态位点,外显子2中发现了2个新的多态位点,共检测出3个等位基因,5个基因型,未检测到BB基因型。其中A等位基因在6699位点发生了C→T突变,B等位基因在6708位点发生了T→C突变,C等位基因与公布序列一致,A、B、C等位基因频率分别为0.288、0.119、0.593。2个突变均为同义突变,各基因型间的繁殖性能差异不显著。