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1.
为进一步掌握黔西南州猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)流行变异趋势,对2株高致病性PRRSV(HR-PRRSV)贵州分离株GZLPS、GZSB进行Nsp2与GP5基因克隆和测序,并分析毒株分子变异特征。结果显示,2株分离株Nsp2基因有90个核苷酸不连续缺失,不同位置的36个核苷酸发生突变;GP5基因存在不同位点置换。同源性比对与系统进化树分析显示,2株分离株Nsp2与GP5基因与HP-PRRSV JXA1株及贵州省2011年以前流行毒株的核苷酸同源性在96%以上,氨基酸同源性在95%以上,但在分子变异上存在差异。结果表明黔西南州PRRSV变异方式已呈多样性。  相似文献   

2.
对猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)CH-1a株致弱过程中不同代次病毒(S39、S70、S148、S171)及国内分离株(GD3、JS1、JS5)的结构蛋白基因(ORF2~ORF7)进行了克隆和测序,并与国内外毒株序列进行比较和系统发育进化分析.结果表明,PRRSV CH-1a株各传代毒株和国内分离毒株各个结构蛋白序列均存在不同程度的变异,与GenBank上的登录序列进行了比对,发现GP2~GP5同源性在83.1%~100%,M蛋白同源性在95.4%~100%,N蛋白同源性在87%~100%,其中以GP2、GP3和GP5发生突变几率较大;另外,发现PRRSV CH-1a不同代次病毒GP5的H38突变为Q38(S70),L146突变为Q146(S148),而2006年分离的PRRSV变异毒株由F39突变为I39,而且分离毒株的毒力明显强于经典毒株.进化分析表明,GD3毒株与2006年~2007年分离的毒株以及PRRSV CH-1a株的亲缘关系均较近,处于二者的中间位置.  相似文献   

3.
为了解我国猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的流行及遗传变异情况,2020年对来自7个省的570份疑似PRRSV感染样品进行RT-PCR检测,并对60个PRRSV阳性样品进行ORF5基因测序及分析比较。RT-PCR检测结果显示,2020年送检样品中,PRRSV阳性检出率为23.68%(135/570),其中保育猪病料的阳性检出率最高,为32.24%(108/335)。同源性对比及遗传进化分析结果显示,60个PRRSV均为PRRSV2(美洲株),主要属于谱系1和谱系8,占比分别为51.67%和43.33%。氨基酸分析结果显示,60个PRRSV的GP5蛋白氨基酸以点突变为主,其中10个PRRSV的GP5蛋白氨基酸出现缺失突变,且非中和表位、中和表位、潜在毒力位点及N-糖基化位点均发生不同程度的变异。结果表明,保育猪群为PRRSV高发病群体,谱系1 PRRSV或已成为国内流行优势毒株,且PRRSV不断发生变异,这或许会影响现有疫苗的免疫保护效果。因此,针对PRRS需要综合防控,除选用安全...  相似文献   

4.
本研究拟初步了解中原地区近期猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况。对2011—2012年间从河南及周边省份发病猪场分离的8株PRRSV毒株Nsp2基因变异区进行RT-PCR扩增,同时对主要结构蛋白GP5基因进行克隆测序并与GenBank中登录的中国历年来流行的PRRSV代表毒株的GP5蛋白序列进行遗传进化分析,对主要氨基酸基序进行比对分析。结果表明,2011—2012年在中原地区分离的8株PRRSV分离株均为Nsp2缺失变异株,GP5基因与2006年中国高致病PRRSV代表毒株JXA1同源性较高。  相似文献   

5.
自2006年5月开始在我国爆发一种猪高热综合症,主要引起母猪流产、死胎、木乃胎伊等繁殖障碍,以及各种日龄猪的呼吸道疫病。为了进一步了解我国PRRSV的分子遗传进化情况,对2014年36株PRRSV分离毒株以及8株疫苗毒株的GP5进行分析比较。结果表明,2014年所选PRRSV的分离毒株均属于北美洲型第四亚群。同源性对比显示,与欧洲毒株LV的同源性为62.8%~65.5%,与VR2332的同源性85.9%~89.4%,与经典毒株CH1A的同源性91.7%~94.4%,与高致病性蓝耳病TJM-F92、JXA1及HUN4毒株的同源性为95.5%~99.2%。氨基酸分析结果表明,与第一亚群毒株对比,2014年分离株在中和表达位点、毒力位点以及N-糖基化位点均存在一定变异。可见,PRRSV野毒在不断的发生变异。  相似文献   

6.
李彬  王豪男  彭忠  胡睿铭  吴斌 《中国畜牧兽医》2015,42(11):3026-3036
为了解当前猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)流行毒株的遗传变异情况,本研究对2013-2014年间来源于中国华中地区湖北、河南和湖南3省20个猪场65份疑似PRRSV感染的临床样品开展病毒分离工作,通过RT-PCR及间接免疫荧光试验进行鉴定,结果显示成功分离到4株PRRSV。通过测序获得它们的部分Nsp2氨基酸序列,经比对分析,确定分离毒株皆为变异毒株,并且与JXA1、TJ等高致病性毒株有相同的遗传特点,在Nsp2区域有30个氨基酸的不连续缺失。本研究将从临床样品中测序获得的23株PRRSV的GP5氨基酸序列与GenBank公布的有代表性的毒株序列进行遗传进化分析,结果显示所有毒株均为美洲型毒株,其中21株与高致病性变异毒株(JXA1、TJ和HUN4)同源性较高,同时在主要中和位点和N-糖基化位点存在部分氨基酸突变,另外两株与疫苗毒株RespPRRS MLV同源性较高。本试验结果表明,当前高致病性PRRSV依然是优势毒株,其GP5氨基酸突变频繁,不同地区流行毒株存在一定的遗传差异。  相似文献   

7.
多重RT-PCR检测PRRSV和CSFV及PRRSV ORF5基因遗传变异分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和猪瘟病毒(CSFV)的基因组序列设计了2对特异性引物,建立了同时检测PRRSV和CSFV的多重RT-PCR方法.2008年1月至2009年12月期间,采集山东各地71个不同规模猪场及农村散养户212份病料,采用建立的多重RT-PCR技术同时检测PRRSV和CSFV的感染状况.检测结果显示,病料中高致病性PRRSV占57.1%(121/212),CSFV占29.2%(62/212).应用RT-PCR方法扩增山东不同地区16株PRRSV的ORF5基因,并进行了序列分析.结果表明,16株PRRSV的ORF5基因核苷酸同源性为97.0%~100.0%;与参考变异毒株JXA1、传统毒株VR2332核苷酸同源性分别为98.0%~99.5%和86.4%~87.7%.推导的氨基酸序列分析表明,16株毒株GP5蛋白氨基酸不存在缺失,但存在位点突变.12株在非中和表位29位点与准种进化34位点发生了突变,分别由V→A和N→S;1株在非中和表位185位点发生突变,由A→V;这与2007年流行的PRRSV毒株JXA1、HUN等不同.  相似文献   

8.
为了研究华南地区PRRSV的遗传变异情况,本研究对2014年华南地区16份PRRSV阳性样品的ORF5基因进行了RT-PCR扩增、克隆和测序,并将其进行序列比对和遗传进化分析。结果表明:本研究检测的16株PRRSV ORF5基因的核苷酸同源性为82.8%~100%,与JXA1,CH-1a以及VR2332核苷酸同源性分别为84.4%~99.3%,85.9%~95.0%和83.6%~89.2%。遗传进化树分析显示,所获得16株毒株序列中有13株属于以JXA1为代表的变异株亚群,另外3株属于以GM2,QYYZ为代表的新分支亚群。GP5氨基酸位点分析发现新分支亚群存在较为广泛的变异,尤其在信号肽区,诱导表位,中和表位及高变区。  相似文献   

9.
《中国兽医学报》2017,(10):1817-1824
为了监测猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)流行毒株的基因变异情况,对四川省2014-2015年蓝耳病发病猪场分离到的6株PRRSV毒株ORF5基因进行了克隆测序及序列分析。同源性分析表明,6株PRRSV分离株ORF5基因核苷酸(氨基酸)与VR2332株的同源性为88.9%~89.4%(86.5%~88.7%),与CH-1a株同源性为93.7%~94.7%(90%~92%),与JXA1株同源性为97.2%~98.5%(95%~97%),与美国新出现的变异株NADC30同源性为85.9%~86.7%(85.5%~87.5%),与欧洲型代表株Lelystad virus同源性为62.7%~63.7%(56.5%~57.5%)。遗传进化树分析表明,6株PRRSV与JXA1、HuN4等高致病毒株亲缘关系近,并位于同一分支。氨基酸序列分析表明,6株PRRSV ORF5基因编码氨基酸在PRRSV毒力相关位点aa13、aa151和区分野毒与疫苗毒的位点aa137均与JXA1、HUN4等强毒株相同,表明6个分离株均为较强的野毒株。在中和表位(aa37~aa45)和非中和表位(aa27~aa30,aa180~aa197)等区域与国内外参考毒株VR2332、CH-1a、JXA1、HUN4、NADC30、HENAN-XINX、JL580等相比,也出现了不同程度的变异。抗原性分析结果表明,6株PRRSV ORF5基因编码产物的抗原表位主要位于aa30~aa39,aa50~aa60,aa128~aa132,aa136~aa141,aa146~aa155,aa161~aa183,aa191~aa200,与JXA1具有相似的抗原性特征,而与VR2332差异较大,主要表现在aa30~aa39相较于VR2332株抗原区域明显变窄。而在6个分离株中,SN9的抗原表位明显低于其他任何毒株。本研究结果表明,四川省PRRSV流行毒株仍然为JXA1变异株,但在当前高频度活疫苗免疫下,其基因的变异和抗原表位的改变在加剧,需加强对PRRSV基因变异的监控。  相似文献   

10.
为研究四川地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行及进化趋势,本研究以GP5蛋白为研究对象,对2018年间收集的378份四川省不同区市县PRRSV疑似病料进行了实时荧光定量PCR检测,并对部分毒株ORF5基因的核苷酸序列和推导的氨基酸序列进行进化分析和N-糖基化位点预测。通过疑似病料实时荧光定量PCR检测,共检出阳性样品69份,阳性率为18.25%。对其中23株PRRSV的ORF5基因序列分析结果显示,ORF5基因之间核苷酸同源性为81.6%~100%,推导的氨基酸同源性为81.4%~100%,均属于美洲型毒株。其中,1株属于以经典毒株VR2332为代表的亚型Ⅰ,17株属于以高致病毒株JXA1为代表的亚型Ⅱ,5株属于重组毒株NADC30为代表的亚型Ⅲ,说明2018年间四川省PRRSV流行毒株存在基因多样性,HP-PRRSV依然是主要流行毒株,但仍存在不断进化的经典毒株,同时,类似NADC30和QYYZ的重组毒株也开始出现。通过氨基酸突变位点和N-糖基化位点分析发现,23株PRRSV在GP5两个重要抗原表位相关区域和毒力相关位点均发生了一定程度的突变,推测这些突变可能影响了病毒逃避机体免疫和病毒毒力,提示在PRRSV防控中,应该加强遗传进化分析,根据不同类型的毒株选择有针对性的疫苗和防控策略。  相似文献   

11.
为了解广西地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的变异情况及分子遗传特征,采用RT-PCR分段扩增2010年PRRSV广西地方分离株GX1001株和GX1002株基因片段,经克隆、测序、拼接,获得2个分离株的全基因序列。结果显示,不包括Poly(A)尾,GX1001株、GX1002株基因组全长分别为15329和15318 bp。同源性分析结果表明,2个分离株间全基因组核苷酸序列同源性为99.3%,与国内外北美洲型代表毒株间的全基因组核苷酸序列同源性为84.9%~99.5%,与欧洲型代表毒株间的同源性为61.5%~61.9%。序列分析结果表明,2个分离株的NSP2编码区均存在第481和533-561位,共30个氨基酸的不连续缺失,具有PRRSV高致病性变异毒株(HP-PRRSV)的遗传特征,但分别在不同区域出现新的突变、缺失及插入等变异现象。遗传进化分析结果表明,所有美洲型毒株可分为4个亚群,GX1001株和GX1002株均属于以高致病性JXA1株为代表的第4亚群。上述结果表明,本研究获得的PRRSV广西地方分离株GX1001株和GX1002株均属于HP-PRRSV,但其基因组在不同区域发生了新的遗传变异现象。  相似文献   

12.
采用RT-PCR方法对2009—2011年山西省疑似猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)阳性病料进行克隆和测序,获得5个ORF5基因片段,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行了同源性分析。序列分析结果表明,5个ORF5基因序列之间核苷酸同源性为97.7%~98.5%,与欧洲型代表株LV、美洲型代表株VR-2332、2006—2007年国内分离的PRRSV变异株(JXA1、HuN、HUN4、HUB1)、2006年以前中国分离毒株(CH-1a、HB-1(sh)、HB-2(sh))和2个疫苗株(Resp PRRS MLV、MLV RespPRRS/Repro)核苷酸同源性分别为63.5%~64.0%、88.7%~89.2%、97.7%~99.3%、88.1%~96.7%和88.6%~89.1%;氨基酸同源性分别为56.1%~56.6%、87.8%~88.8%、96.6%~98.5%、85.9%~93.2%、86.8%~87.9%。结果表明山西地区的PRRSV流行毒株均属于美洲型,且毒株同源性很高,亲缘关系紧密。  相似文献   

13.
为研究云南省高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)变异特征,采用RT-PCR对云南省2007年-2008年采集的56份猪组织样品中PRRSV Nsp2、ORF5基因进行检测,获得阳性样品12份,选择6份代表性样品将其PCR产物纯化后,克隆至pMD18-T载体后测序,并与已知代表毒株进行序列比对及系统发育分析。分离株Nsp2基因核苷酸及氨基酸序列同源性分别为94.9%~97.2%和91.4%~95.7%,其中1份样品(07YNMG)在486位~489位氨基酸发生了缺失。在系统进化树上可将其划分为4个亚组群,分离株分别与广东、贵州、浙江、山东等地分离毒株遗传关系密切。ORF5基因核苷酸与氨基酸序列同源性分别为97.8%~99.5%和97.0%~99.5%。氨基酸序列未发现缺失,仅个别位点发生点突变。系统进化树分析表明,分离株与浙江、贵州、广东、云南株亲缘关系较近,而与国内疫苗株以及PRRSV经典代表毒株CH-1a距离较远。  相似文献   

14.
为了解2013年—2014年广西桂林市猪蓝耳病(PRRS)的流行情况,以及主要基因的变异情况,本研究应用RT-PCR的方法检测疑似猪蓝耳病病毒(PRRSV)样品35份,阳性为8份,阳性率22.9%。选择其中3个阳性的样品进行GP5和部分nsp2基因测序并分析其结果。GP5基因分析结果表明3株PRRSV的GP5基因与NCBI基因库中参考序列对应核苷酸的同源性为63.5%~99.8%,氨基酸同源性为57.1%~99.5%。通过GP5的遗传进化分析发现所获得的PRRSV为北美型,且与HP-PRRSV同属于一个小分支上;部分nsp2基因结果表明,与PRRSV原型毒株VR2332的核苷酸同源性在78%~78.8%之间,氨基酸同源性在69.1%~70.3%之间,与高致病性毒株PRRSV JXA1核苷酸同源性在96.3%~99.1%,氨基酸同源性在93.2%~97.6%。氨基酸的比对结果表明,本研究所获得的3株PRRSV部分nsp2基因均存在与HP-PRRSV一致的1+29个氨基酸的缺失,表明3株PRRSV毒株均为HP-PRRSV。  相似文献   

15.
采用RT-PCR方法对2009—2011年山西省分离的5株猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的ORF5和Nsp2(2503~3269nt)基因进行克隆和测序,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行了同源性分析。序列分析结果显示,5株分离株Nsp2基因与国内分离的PRRSV变异株(JXA1、HuN、HUN4、HUB1)的序列同源性最高,为96.8%~98.2%,且缺失位置一致,均存在2个位点30个氨基酸缺失;ORF5基因大小为603bp,编码200个氨基酸,第13、151位均为具有强毒特性的精氨酸(R),137位为丝氨酸(S),表明这5株均为野毒株,与国内分离的PRRSV变异株(JXA1、HuN、HUN4、HUB1)毒株的序列同源性最高,为96.5%~98.0%。结果表明,山西省内目前流行的PRRSV为Nsp2缺失30个氨基酸的变异毒株。  相似文献   

16.
为了解陕西省猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)流行毒株的遗传和变异情况,对9份疑似感染PRRSV的病料用RT-PCR方法分别扩增ORF3和ORF5基因,并进行测序和序列分析。测序结果表明,ORF3基因在254-490和646-737位置之间发生不连续碱基突变;与GenBank已发表的国外毒株ORF3基因组比较,同源性为89.2%~94.8%,与国内发表的ORF3基因比较,同源性为88.8%~99.0%,其中与2009年陕西分离株(HQ843181.1)同源性为94.9%~98.7%,与2010年陕西株(KJ855518.1)同源性为94.9%~98.6%。ORF5基因突变主要在508-600碱基位置之间,与GenBank上已发表的国外毒株ORF5基因组比较,同源性为90.1%~92.1%,与国内发表的ORF5基因比较,同源性为89.6%~99.2%,其中与2009年陕西分离株(HQ843181.1)同源性为95.2%~98.4%,与2010年陕西株(KJ855518.1)同源性为95.2%~98.7%。ORF3和ORF5基因进化树中Wn-2、Ak-3和Tc-4毒株在同一个进化支上,之间亲缘关系近,Xy-1和Hz-5毒株分别在不同的进化分支上,与其他毒株遗传距离较远。陕西省PRRSV流行毒株的ORF5和ORF3基因组与国内PRRSV分离株相比较均有一定变异,且亲缘进化不完全相同。  相似文献   

17.
本研究采用RT-PCR方法从临床病料中扩增得到了5株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)山东流行株新结构蛋白ORF5a基因序列,并与国内外其他22株PRRSV ORF5a基因序列进行了比较和分析。结果表明,5株PRRSV山东株ORF5a基因CDS为141 bp,编码46个氨基酸,序列同源性为93.6%~100%(nt)和89.4%~100%(aa);5株山东株与其他Ⅱ型PRRSV同源性为83.0%-99.3%(nt)和72.3%~100%(aa)。在ORF5a蛋白上高度保守的R/Q基序区,LX13(3)株有3个氨基酸的变异,CY13株有1个氨基酸的变异。与2006年以前的毒株相比,我国2006年以后分离的毒株第8、12、28位和42位的氨基酸发生了变异。进化树分析表明,5株PRRSV山东株与高致病性PRRSV代表株JXA1株在同一个亚群。  相似文献   

18.
采用RT-PCR方法对2009-2011年山西省分离的5株猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的ORF5和Nsp2(2 5033 269nt)基因进行克隆和测序,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行了同源性分析。序列分析结果显示,5株分离株Nsp2基因与国内分离的PRRSV变异株(JXA1、HuN、HUN4、HUB1)的序列同源性最高,为96.8%3 269nt)基因进行克隆和测序,并对其基因序列和推导的氨基酸序列与国内外毒株进行了同源性分析。序列分析结果显示,5株分离株Nsp2基因与国内分离的PRRSV变异株(JXA1、HuN、HUN4、HUB1)的序列同源性最高,为96.8%98.2%,且缺失位置一致,均存在2个位点30个氨基酸缺失;ORF5基因大小为603bp,编码200个氨基酸,第13、151位均为具有强毒特性的精氨酸(R),137位为丝氨酸(S),表明这5株均为野毒株,与国内分离的PRRSV变异株(JXA1、HuN、HUN4、HUB1)毒株的序列同源性最高,为96.5%98.2%,且缺失位置一致,均存在2个位点30个氨基酸缺失;ORF5基因大小为603bp,编码200个氨基酸,第13、151位均为具有强毒特性的精氨酸(R),137位为丝氨酸(S),表明这5株均为野毒株,与国内分离的PRRSV变异株(JXA1、HuN、HUN4、HUB1)毒株的序列同源性最高,为96.5%98.0%。结果表明,山西省内目前流行的PRRSV为Nsp2缺失30个氨基酸的变异毒株。  相似文献   

19.
为了解广东省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株ORF5基因遗传变异情况,采用RT-PCR对2018年采自广东部分地区疑似患有PRRS的猪肺组织样品进行PRRSV ORF5基因扩增以及克隆测序,并进行生物信息学分析。结果表明,成功扩增出18株PRRSV流行毒株的ORF5基因片段。ORF5基因序列分析表明,18株PRRSV流行毒株ORF5基因核苷酸同源性为83.7%~99.8%,PRRSV流行毒株与参考毒株的同源性为62.1%~99.8%。基于ORF5基因的遗传进化树分析表明,18株PRRSV流行株均为美洲型毒株。其中,10株与以JXA1为代表的高致病性毒株亲缘较近,2株与新型高致病性毒株FZ16A相似;1株与以NT1为代表的疫苗返强毒株亲缘较近,1株与以R98为代表的疫苗毒株亲缘性较近,4株与广东新报道的GM2和QYYZ毒株亲缘性较近。DNA推导氨基酸序列分析表明,18株流行株的氨基酸序列与国内已报道的代表株相比发生不同程度的变异,GP5抗原表位上存在着差异。研究结果揭示了广东地区PRRSV有新型强毒株、重组毒株以及疫苗返强毒株的流行,提示养殖者谨慎、合理使用疫苗,防止疫苗毒株返强和毒株重组,为该地区防控PRRS提供参考。  相似文献   

20.
对2008年-2009年我国五省区发病猪场235份、屠宰场的218份样品进行了高致病性猪蓝耳病病毒(HP-PRRSV)RT-PCR检测,挑选具有代表性的HP-PRRSV阳性样品进行HP-PRRSV ORF5基因扩增、测序及分析.结果表明,这五个省区发病场蓝耳病的检出率平均74.6%.屠宰场的检出率平均44%,混合感染主要以二重感染为主,且发病场较屠宰场严重.对获得的13株HP-PRRSV ORF5进行测序分析,发现序列长度均为603 bp,未见缺失或插入,仅在9 aa~29 aa存在点突变;序列比较发现,与普通株标准序列VR-2332株核苷酸同源性达85.9%~87.2%;与高致病性毒株的同源性JXA1-06核苷酸同源性达96.0%~99.0%.而其推导氨基酸序列与普通型、高致病性毒株的同源性分别为87.1%~88.1%和97.5%~98.0%.从遗传进化以及变异情况看,获得的PRRSV ORF5序列均为与JXA1类似的高致病性PRRSV序列,与JXA1和HB-1同属美洲型中的一个亚群.  相似文献   

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