基于SSR分子标记的广西德保县和隆林县野生古茶树聚类分析

[目的]对广西德保县和隆林县野生古茶树及其他省份名优栽培种茶树进行聚类分析,为野生古茶树种质资源保护、良种选育及创新利用提供理论参考.[方法]利用筛选出的15对SSR引物对9份广西德保县和隆林县的野生古茶树种质和15份名优栽培种茶树种质进行聚类分析,并计算遗传相似系数.[结果]筛选出的15对引物从德保04和德保05未扩增出任何条带,但从其余22份茶树样品中共扩增出183条谱带,其中CS1引物扩增出多态性谱带最多,为19条,最少为CS13引物,仅7条,平均每对引物扩增出多态谱带12.26条,多态率为96.17%.22份茶树种质资源可聚为两大类群,其中德保县和隆林县的野生古茶树聚在Ⅰ类群,栽培种茶树聚在Ⅱ类群.根据遗传相似系数,也可获得上述相同的分类结果.茶树品种间的遗传相似系数为0.48~0.84,平均遗传相似系数为0.67,其中,野生古茶树种质资源间的遗传相似系数为0.68~0.84;栽培种茶树间的遗传相似系数为0.62~0.84;野生古茶树与栽培种茶树的遗传相似系数为0.48~0.77.仅德保06与其他野生古茶树(隆林42和德保01)遗传相似系数小于0.70;栽培种茶树与野生古茶树相比,仅黄观音与野生古茶树(德保01和德保G02)遗传相似系数大于0.70.[结论]广西德保县和隆林县的野生古茶树种质起源相近,与我国其他各省份的名优栽培种茶树亲缘关系较远,存在相远近亲和相近远亲共存现象,进一步证实广西德保县野生古茶树为五柱茶系的厚轴茶,推测桂西北山区广泛分布山茶属原始种系.     

香竹箐栽培型古茶树内生真菌对植物病原真菌的拮抗活性

【目的】了解香竹箐栽培古茶树内生真菌对植物病原真菌的拮抗活性。【方法】采用尖端菌丝纯化法分离内生真菌,并结合形态学和分子生物学方法对内生真菌进行鉴定,采用五点对峙培养法筛选对供试病原真菌具有拮抗活性的内生真菌菌株,对具有较强活性的菌株进行分类地位归属。【结果】从香竹箐栽培古茶树枝叶中共分离纯化出308株内生真菌,归属于61个形态型。病原真菌拮抗试验结果显示:有18株内生真菌对4种以上供试菌的抑制率大于50%,分别隶属于2门3纲10目13科14属。有13株对至少1种供试菌的抑制率大于75%,有9株对5种供试菌的抑制率均大于50%。其中,菌株Ct-BC40、Ct-BC72和Ct-LP113对5种供试菌的抑制率达80%以上,属强拮抗菌株。【结论】香竹箐栽培古茶树内生真菌中广泛分布着抑菌活性菌株,占分离菌株总数的96%以上,且抗菌活性、种属分布具有多样性。     

基于EST-SSR的福建地区茶树资源遗传多样性和亲缘关系分析

 【目的】通过对福建地区茶树资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,为今后茶树亲本选择或遗传改良等提供依据。【方法】利用中国农业科学院茶叶研究所茶树分子生物学实验室新开发的23对和他人3对共26对EST-SSR引物对福建省的42份茶树种质资源进行PCR扩增,在所得相似系数的基础上进行UPGMA聚类,并绘制亲缘关系树状聚类图。【结果】26对引物共检测到等位位点86个,每个引物为2～5个,平均3.31个;遗传多态性信息含量（PIC）在0.05～0.75,平均值为0.56。期望杂合度（He）大小在0.02～0.81,平均值为0.60;观测杂合度（Ho）在0.02～0.97,平均值为0.55;群体内的Shannon指数为1.16。按相似系数为0.40可将参试的42份种质资源分为两大类。【结论】研究发现福建地区茶树资源具有相对较高的遗传多样性,并明确了不同资源间的亲缘关系。     

雷波野生茶树遗传多样性及亲缘关系分析

【目的】了解和利用雷波野生茶树资源,并探究其演化地位。【方法】采用SSR荧光标记引物,结合毛细管电泳检测技术,首次系统分析雷波野生茶树群体的遗传多样性及其与其他5个野生茶树群体的亲缘关系。【结果】15对SSR标记在108份供试材料中共检测到89条等位基因和221种基因型,其中50份雷波茶树材料中共检测到76条等位基因、29条特有等位基因和143种基因型。以群体为单位比较时,雷波野生茶树群体的等位基因数(A)、平均单个标记基因型数、基因多样性(H)和多态性信息含量(PIC)在7个茶树群体中均为最高,分别为76、9.533 3、0.597 6和0.545 5,杂合度处于较低水平(He)为0.451 1。不同野生茶树群体间的遗传距离为0.081 8～0.255 2,雷波野生茶树群体与四川大邑野生茶树群体遗传距离最小,其次是荥经野生茶树群体,与云南凤庆野生茶树群体遗传距离最大。108份材料个体聚类分析表明:大部分来自雷波的材料聚在一起,但也有少量单株分散在四川5个野生茶树群体中;栽培型茶树品种与野生型茶树整体亲缘关系较远。【结论】雷波野生茶树群体具有丰富的遗传多样性,本研究结果为进一步开发利用该资源奠定了基础。     

基于STR分型检测技术的89份茶树种质资源遗传多样性分析

【目的】正确评价茶树种质资源的遗传多样性,为有效保护和利用茶树种质资源奠定基础。【方法】利用10对STR引物,对来自中国华南、江南、江北和西南4大茶区的87份茶树种质,以及来自日本的"薮北种"及来源不详的"箫"茶树品种共计89份茶树种质进行遗传多样性和亲缘关系分析。【结果】10对STR引物共检测到124个等位位点,平均每个引物检测到等位位点12.4个,扩增位点期望杂合度的平均值高于观察杂合度的平均值。等位位点的观察杂合度平均为0.771 1,Shannon指数平均为1.978 0,多态信息含量平均为0.81。聚类结果表明,89份茶树种质资源遗传相似系数为0.77~0.98,平均为0.80,主要分成4个大类。【结论】89份茶树种质资源并未按地域严格分开,通过茶树种质资源所在不同茶区进行聚类分析发现,江北茶区茶资源与其他3大茶区亲缘关系较远。     

基于SSR标记的四川移栽野生大茶树的遗传多样性

为四川大邑移栽野生大茶树种质资源的综合利用与科学保护提供参考,采用GPS定位对四川移栽野生大茶树种质资源进行编号与拍照,并对其相关性状进行调查和叶芽采集,利用9对SSR核心引物对41份野生大茶树种质资源进行全基因组基因分型及遗传多样性和亲缘关系聚类分析。结果表明:9对SSR引物在41份野生大茶树种质资源中共检测到41个等位基因和75种基因型,每对引物检测到3~7个等位基因,平均4.6个,4~18种基因型,平均8.33种。PCR扩增条带的基因多样性指数、扩增位点的多态性信息指数和杂合度分别为0.501 7~0.713 0、0.443 1~0.761 0和0.561 0~0.731 7,平均分别为0.624 9、0.571 6和0.577 2。在遗传距离为0.28处,UPGMA聚类方法将41份移栽野生大茶树种质资源分为4类。Ⅰ类包含CDDY5和CDDY9,Ⅱ类包含CDDY24和CDDY32,Ⅰ类和Ⅱ类均占群体样本总数的4.8%;Ⅲ类包含CDDY40、CDDY37、CDDY38、CDDY35和CDDY8,占群体样本总数的12.1%;Ⅳ类包含CDDY14、CDDY15和CDDY28等32个材料,占群体样本总数的78%。移栽野生大茶树具有丰富的遗传多样性,建议筛选具有当地特色的部分野生大茶树进行驯化栽培,并对其进行合理科学利用与保护。     

云南茶树地方品种与野生茶遗传多样性的ISSR分析

【目的】探讨云南地方品种与野生茶树遗传多样性。【方法】应用ISSR标记对云南51份地方品种与16份野生茶树进行了遗传多样性分析。【结果】结果表明利用23个ISSR引物共扩增出223条带,其中多态性条带218条,多态位点百分比为97.76%。应用Nei-Li相似系数估算67份茶树资源间的遗传相似系数变化在0.659~0.736,平均为0.693,说明茶树资源间的遗传基础较窄。UPGMA法将67份茶树资源分成2个类群,主成分与聚类的分析结果一致,但主成分分析更直观地揭示资源之间的遗传多样性与亲缘关系。【结论】研究结果表明茶树地方品种与野生茶树之间的亲缘关系与地理分布没有明显的关系,可能与品种类型有关,有助于今后拓宽地方品种的遗传基础,为开发野生茶树的遗传潜力提供理论依据。     

云南特有茶树种质资源遗传多样性的RAPD研究

运用RAPD技术对云南主产茶区具有代表性的野生型古茶树、过渡型古茶树、栽培型品种、野生种、地方品种及其近缘植物———金花茶等48份材料进行遗传多样性分析,从核基因组DNA的角度深入探讨了云南特有茶树种质资源的分类及其亲缘关系。用已筛选出的12个引物对48份供试材料进行RAPD扩增反应后,共检测到112条扩增片段,所有片段均为多态,其多态性程度高达100%.材料间的遗传距离为0 116～0 527,平均为0 202.对48份供试材料间的亲缘关系进行UPGMA聚类分析,研究结果表明:当以欧氏距离为6 0来划分时,可分为5个组,其中3个复合组,2个独立组,基本上与传统分类水平相吻合。     

广东仁化白毛茶优异株系遗传多样性的EST-SSR分析

以13份白毛茶茶树资源为供试材料,应用32对EST-SSR引物进行遗传多样性研究。结果表明,供试茶树品种均表现出多态性,共检测到71个等位位点,平均每对引物可检测到2.3个。等位位点的观测杂合度平均值为0.30,期望杂合度平均值为0.34,引物扩增位点的多态性信息量平均为0.39,基因多样性指数为0.43。从UPGMA聚类图中可以看出,13份白毛茶单株系可分为3个类群,大叶青、大叶黄独自聚为第Ⅰ类群;丹霞4号、特白、丹霞7号、丹霞2号、丹霞11号、丹霞13号和丹霞14号聚为第Ⅱ大类群,丹霞1号、丹霞5号、丹霞6号和丹霞8号聚为第Ⅲ类群。     

基于EST-SSR的64个茶树品种遗传多样性与群体结构分析

为实现茶树亲本材料的系统分类,利用20对SSR对64个来自福建、浙江、广东的茶树品种进行遗传多样性与群体结构分析。结果表明:20对SSR引物共扩增147个多态位点,每对引物为3~15个,平均7.35个;引物多态性信息含量(PIC)在0.267-0.851,平均值为0.588。期望杂合度大小0.247~0.838,平均为0.559;观测杂合度在0.308~0.870,平均值为0.636;群体Shannon指数为1.271。群体结构分析表明,当K值等于4时,ΔK取得最大值,64份材料可以划分为4个亚群。其中60份(93.8%)供试材料的Q值大于或等于0.5,分属于4个亚群。4份材料(6.2%)划分为混合亚群。     

福建永泰茶树种质资源遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

【目的】分析永泰县茶树种质资源的遗传多样性及群体结构,探明不同茶树资源群体的亲缘关系,为当地茶树种质资源的收集和优异种质利用提供依据。【方法】利用EST-SNP分子标记技术对77份永泰及其周边地区茶树种质资源进行亲缘关系和遗传多样性分析。【结果】筛选出48个适用于鉴定永泰茶树种质的SNP位点。这些SNP位点的多态性信息指数平均值为0.407,观测杂合度平均值为0.303,期望杂合度平均值为0.271,固定指数平均值为-0.092,次等位基因频率平均值为0.268。通过主坐标分析、聚类分析和Structure群体结构分析,发现永泰茶树种质的同一群体内部的交流多于不同群体之间的交流,且梧桐的茶树种质与洑口、丹云等地的种质差异较大,两者间的遗传距离较远,但又与尤溪和大田的茶树亲缘关系较近。此外,应用筛选出的48个高质量SNP位点构建了54份永泰茶树种质的DNA指纹图谱,可用于相关茶树种质的精确鉴定。【结论】永泰县茶树种质资源多样性丰富;永泰县茶树种质资源按照地理位置可划分为梧桐镇产区和其他地区两个类群;梧桐茶树资源与大田和尤溪的茶树资源亲缘关系较为密切,而洑口、丹云等地的茶树资源与永泰县北部...     

云南特有茶树种质资源遗传多样性的BAPD研究

运用RAPD技术对云南主产茶区具有代表性的野生型古茶树、过渡型古茶树、栽培型品种、野生种、地方品种及其近缘植物——金花茶等48份材料进行遗传多样性分析，从核基因组DNA的角度深入探讨了云南特有茶树种质资源的分类及其亲缘关系。用已筛选出的12个引物对48份供试材料进行RAPD扩增反应后，共检测到112条扩增片段，所有片段均为多态，其多态性程度高达100％．材料间的遗传距离为0．116～0．527，平均为0．202．对48份供试材料间的亲缘关系进行UPGMA聚类分析，研究结果表明：当以欧氏距离为6．0来划分时，可分为5个组，其中3个复合组，2个独立组，基本上与传统分类水平相吻合。     

贵州茶树地方品种的EST-SSR遗传多样性分析

利用29个EST-SSR标记对贵州有代表性的25份地方茶树群体种和3份育成品种遗传多样性、亲缘关系和遗传分化进行了分析。结果表明,29对引物共检测到等位位点104个,平均等位基因3.58个,平均有效等位基因为2.85个,平均观测杂合度为0.56,平均期望杂合度为0.66,平均多态性信息含量为0.58,黔南地区茶树资源遗传多样性的上述5个参数均大于黔北地区。F-统计量分析表明两个地区种群内近交系数、种群间近交系数、种群遗传分化和基因流分别为0.04,0.12,0.08,3.01。群体遗传结构显示,28份资源间的相似系数范围为0.39～0.89,可划分为4个类群,分别由4,5,8,11份资源组成。表明贵州地方茶树品种资源具有丰富的遗传多样性,资源间的遗传差异较大;聚类结果较客观地反映了群体结构和地域性差异等信息;黔南地区茶树资源遗传多样性程度高于黔北地区,两地区遗传分化较高,基因交流频率较低。     

67份枇杷属种质资源遗传多样性的SSR分析

利用从枇杷上开发的SSR引物对67份枇杷属种质资源进行了遗传多样性分析.从59对引物中筛选出17对 多态性较高且稳定的引物,17对引物共扩增出53条谱带,每对引物扩增2至6条谱带,平均扩增3.12条.供试材 料相似系数介于0.53~1.00之间,平均多态信息含量(PIC)为0.436,平均观察等位基因数为3.118,平均有效等 位基因数为2.166,平均Nei’s基因多样性为0.507,平均Shannon信息指数为0.821,平均观测杂合度为0.637,平 均期望杂合度为0.511,表明供试材料具较丰富的遗传多样性.聚类分析表明,可将67份材料分为4类,野生品种 和栽培品种在聚类结果中没有被区分开,但是绝大多数是被区分开的.栽培枇杷也没有因果肉颜色而分别聚类.此 外,对野生枇杷和栽培枇杷中部分材料的分类作了探讨.     

凤庆县锦秀村古茶山

正凤庆是全国范围内古茶资源比较丰富的县份之一。全县有百年以上的栽培古茶园1626.66 hm~2(24 400亩),野生茶树群落2106.66 hm~2(31 600亩),凤庆县共计有古茶树资源3733.33 hm~2(56 000亩)。其中,现存古茶树遗产存量最大、类型最丰富、最具代表性的地区是小湾镇锦秀村香竹箐"锦秀茶祖"及周边古茶树群落——锦秀村古茶山。锦秀村古茶山集中连片面积约20 hm~2(300亩),存在古茶树14 000多株,其中,胸径1 m以     

24份古荔枝种质资源ISSR遗传多样性分析

[目的]了解广西古荔枝种质资源的遗传多样性及其亲缘关系,为其种质资源利用和品种选育等提供参考.[方法]采用ISSR分子标记技术对24份古荔枝种质资源的遗传多性及亲缘关系进行分析.[结果]从100条ISSR引物中筛选出13条带形清晰、重复性好的引物,共扩增出96条条带,其中有43条为多态性条带,多态性比例为44.79%,平均每条引物扩增的条带数为7.4条.供试古荔枝种质资源间的遗传相似系数范围为0.43~1.00,平均相对遗传相似系数为0.61.UPGMA法聚类分析结果表明,在遗传相似系为0.66处供试的24份古荔枝种质资源被分为三大类群.类群Ⅰ均来自广西灵山县,类群Ⅱ来自广西桂平市、北流市、玉林市、灵山县和大新县,类群Ⅲ来自广西北流市和灵山县.[结论]24个广西古荔枝品种资源间的遗传基础宽,可作为今后荔枝杂交选育的优良种质资源.     

24份古荔枝种质资源ISSR遗传多样性分析（英文）

【目的】了解广西古荔枝种质资源的遗传多样性及其亲缘关系,为其种质资源利用和品种选育等提供参考。【方法】采用ISSR分子标记技术对24份古荔枝种质资源的遗传多性及亲缘关系进行分析。【结果】从100条ISSR引物中筛选出13条带形清晰、重复性好的引物,共扩增出96条条带,其中有43条为多态性条带,多态性比例为44.79%,平均每条引物扩增的条带数为7.4条。供试古荔枝种质资源间的遗传相似系数范围为0.43~1.00,平均相对遗传相似系数为0.61。UPGMA法聚类分析结果表明,在遗传相似系为0.66处供试的24份古荔枝种质资源被分为三大类群。类群Ⅰ均来自广西灵山县,类群Ⅱ来自广西桂平市、北流市、玉林市、灵山县和大新县,类群Ⅲ来自广西北流市和灵山县。【结论】24个广西古荔枝品种资源间的遗传基础宽,可作为今后荔枝杂交选育的优良种质资源。     

荷花遗传多样性的ISSR标记分析

【目的】探讨荷花(Nelumbo nucifera Gaertn.)资源的遗传多样性和亲缘关系,为荷花资源的保护利用、品种鉴定及育种效率提高提供参考。【方法】利用ISSR分子标记技术,对6份野生半野生荷花品系和27份荷花栽培品种进行遗传多态性分析,从40条引物中筛选扩增效果较好的5条引物用于试验。采用POPGEN32软件计算供试材料的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样度(He)和Shannon多态性信息指数(I),利用UPGMA方法进行聚类分析。【结果】用筛选出的5条引物(UBC807、UBC811、UBC836、UBC840、UBC880)分别对33份荷花材料基因组DNA进行扩增,共扩增出54条清晰条带,其中多态性条带25条,多态性条带比例为46.3%。应用引物UBC811、UBC840和UBC880的15个特异性位点绘制了33份荷花的DNA指纹图谱,这些位点组合后可以将33份荷花材料逐一区分开。33份荷花资源的Ne为1.276 6,He为0.192 0,I为0.323 7,且野生半野生品系的各项参数值均低于栽培品种。利用UPGMA法将供试荷花资源分为4个类群,6个野生半野生荷花品系均在第Ⅰ类群,3个中、美杂种莲种系和13个中国莲种系的品种聚在第Ⅱ类群,藕莲和花莲分属于第Ⅰ类群和第Ⅱ类群,第Ⅲ和第Ⅳ类群分别仅包括1个和2个品种。【结论】供试33份荷花资源的遗传多样性水平较低。聚类结果显示,荷花资源间的亲缘关系与地理分布距离相关,中、美杂种莲种系品种与中国莲种系品种的亲缘关系较近。加强对全国各地荷花资源的调查与保护,是荷花遗传多样性保护的重要工作。     

基于EST-SSR的福建地区茶树资源遗传多样性和亲缘关系

[目的]通过对福建地区茶树资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,为今后茶树亲本选择或遗传改良等提供依据.[方法]利用中国农业科学院茶叶研究所茶树分子生物学实验室新开发的23对和他人3对共26对EST-SSR引物对福建省的42份茶树种质资源进行PCR扩增,在所得相似系数的基础上进行UPGMA聚类,并绘制亲缘关系树状聚类图.[结果]26对引物共检测到等位位点86个,每个引物为2～5个,平均3.31个;遗传多态性信息含量(PIC)在0.05～0.75,平均值为0.56.期望杂合度(He)大小在0.02～0.81,平均值为0.60;观测杂合度(He)在0.02～0.97,平均值为0.55;群体内的Shannon指数为1.16.按相似系数为0.40可将参试的42份种质资源分为两大类.[结论]研究发现福建地区茶树资源具有相对较高的遗传多样性,并明确了不同资源间的亲缘关系.     

番茄属(Lycopersicon)基因组DNA遗传多样性RAPD分析

文章对番茄属 9个种 4 3份材料进行了 RAPD分析 ,用 2 6条随机引物 (10碱基 )共检测到 199个位点 ,其中多态位点 14 6个 ,占总扩增位点的 73.36 %。 Shannon表型多样性指数、基因杂合度、遗传丰度和遗传离散度的研究结果表明 ,遗传多样性均有野生类群大于普通番茄类群的趋势 ,说明野生类群中存在着更丰富的遗传变异类型。