101份贵州玉米地方种质的SSR遗传多样性分析

为了分析101份贵州玉米地方种质的遗传多样性及其之间的遗传关系,利用微卫星分子标记(SSR)技术,从220对SSR引物中筛选出23对差异比较明显的SSR引物进行PCR扩增,共检测出252个等位基因变异,变幅为7～21个,平均为11个。每个位点的多态性信息量(PIC值)分布范围为0.753～0.945,平均为0.857。遗传相异系数变幅在0.722～0.905之间,平均值为0.812。以遗传相异系数0.80为界进行聚类分析,可将材料划分为5个大群,其中来自册亨县的大黄早单独划分在第一类群,与其他4个类群的遗传距离较远。利用SSR进行玉米亲缘关系分析,为贵州地方种质资源系统研究和今后玉米育种提供了理论依据。     

萱草属种质遗传多样性分析及初级核心种质库的构建

本试验在系统收集萱草属种质资源的基础上,以155份萱草属种质资源为材料,采用EST-SSR分子标记对其进行遗传多样性和聚类分析,基于分子标记聚类结果采用多次聚类优先取样策略构建萱草属初级核心种质库,并对初级核心种质库进行遗传多样性和聚类分析。结果表明:(1)43对引物对155份萱草属种质共扩增出396条多态片段,平均扩增9.21条,引物多态性信息含量(PIC)平均值为0.6064,不同材料间的遗传相似系数平均为0.8642,依据遗传相似系数及聚类树状图,将155份种质聚类分为"黄花菜"和"萱草"2大类群。(2)通过6次取样建立萱草属初级核心种质库,包含32份种质(4个种、1个变种、27个品种)。初级核心种质库为原始群体的20.65%,保留了291个(68.69%)多态性位点,其中‘黄花菜’类群种质8份,占‘黄花菜’类群资源总数的13.56%;‘萱草’类群种质24份,占‘萱草’类群资源总数的25.00%。(3)43对引物对32份核心种质共扩增出272条多态片段,平均扩增6.3256条,PIC值平均值0.6060,不同种质间的遗传相似系数平均为0.7940;32份材料聚类分为"黄花菜"和"萱草"2大类群。     

贵州21份玉米优质种质资源的SSR标记分析

为建立优质玉米种质资源的指纹图谱,给贵州玉米优良杂交组合的选配提供分子水平上的依据和基础,利用微卫星分子标记（SSR）技术对21份贵州玉米优质种质资源进行了遗传多样性分析。结果显示,共筛选出多态性丰富的20对 SSR 引物,在供试材料中检测出97位基因变异,每对引物检测到等位基因2-11个,平均4.85个。 SSR引物的多态性信息量（PIC）介于0.19-0.78,平均为0.53。UPGMA聚类分析表明,供试材料间遗传距离变幅为0.22-0.63,平均为0.43。     

74份江西黑芝麻地方种质的遗传多样性分析

基于10个表型性状及其筛选获得的28对SSR引物,对74份江西黑芝麻地方种质进行了遗传多样性研究和聚类分析.结果表明:10个表型性状的遗传多样性指数变化范围为1.4071～2.0453,变异系数范围为8.56％～40.64％;非主产区种质的遗传多样性指数和变异系数均高于主产区种质的;聚类分析将74份黑芝麻种质分为4个类群,类群Ⅰ属于矮秆高油型种质资源,类群Ⅱ属于高油高蛋白的优异种质,类群Ⅲ属于每蒴多粒特异种质,类群Ⅳ属于高秆高蛋白的特异种质;28对SSR引物共扩增DNA条带265条,其中多态性条带222条,多态性比率为83.77％;基于SSR的74份黑芝麻地方种质资源间的遗传相似系数在0.3901～0.9238,平均0.7042;非主产区种质的分子遗传多样性较主产区种质更丰富;基于SSR的聚类分析发现,主产区与非主产区种质多数交错聚集,种质间的遗传相似性与地理分布距离无直接的关联.     

74份江西黑芝麻地方种质的遗传多样性分析

基于10个表型性状及其筛选获得的28对SSR引物,对74份江西黑芝麻地方种质进行了遗传多样性研究和聚类分析。结果表明:10个表型性状的遗传多样性指数变化范围为1.4071～2.0453,变异系数范围为8.56%～40.64%;非主产区种质的遗传多样性指数和变异系数均高于主产区种质的;聚类分析将74份黑芝麻种质分为4个类群,类群Ⅰ属于矮秆高油型种质资源,类群Ⅱ属于高油高蛋白的优异种质,类群Ⅲ属于每蒴多粒特异种质,类群Ⅳ属于高秆高蛋白的特异种质;28对SSR引物共扩增DNA条带265条,其中多态性条带222条,多态性比率为83.77%;基于SSR的74份黑芝麻地方种质资源间的遗传相似系数在0.3901～0.9238,平均0.7042;非主产区种质的分子遗传多样性较主产区种质更丰富;基于SSR的聚类分析发现,主产区与非主产区种质多数交错聚集,种质间的遗传相似性与地理分布距离无直接的关联。     

贵州省玉米地方种质资源遗传多样性的RAPD分析

采用RAPD分子标记技术对贵州省22份玉米地方种质资源材料进行遗传多样性分析。结果表明，从90个引物中共筛选出18个能够稳定扩增的多态性引物，共产生123条多态性带，平均每个引物6．83条，聚类分析表明，以相似系数0．670为标准，22份贵州省玉米地方种质可以划分为四大类群。其中以赫498-1为代表的第四大类群中的自交系，与其它3个类群中的自交系间遗传基础较远，可能会形成具有较大潜力的杂种优势模式。用RAPD分子标记揭示的贵州省玉米地方种质具有较为广泛的遗传基础。     

贵州21份玉米优质种质资源的SSR标记分析

为建立优质玉米种质资源的指纹图谱,给贵州玉米优良杂交组合的选配提供分子水平上的依据和基础,利用微卫星分子标记(SSR)技术对21份贵州玉米优质种质资源进行了遗传多样性分析.结果显示,共筛选出多态性丰富的20对SSR引物,在供试材料中检测出97位基因变异,每对引物检测到等位基因2～11个,平均4.85个.SSR引物的多态...     

广西地方玉米种质和加拿大群体的遗传多样性分析

 【目的】分析45份广西地方玉米品种和15份加拿大改良群体的遗传多样性,为更好地利用地方品种拓宽广西玉米种质的遗传基础提供理论依据。【方法】采用混合取样法（每个群体中随机提取4个混合样本,每个样本包括10个单株）和SSR分子标记技术进行研究。【结果】70对SSR引物在60个群体的240份样本中扩增出245条等位基因,每对引物检测出的等位基因数目为2～6条,平均每个位点3.5条。加拿大的15份群体和广西的45份地方品种分别聚为二大类群。加拿大的15份群体又可以分为硬粒型和马齿型两个亚群。在45份广西地方种质中,同样可以分为硬粒型和马齿型两个亚群;糯玉米没有单独聚类,而是分散在硬粒型类群当中。【结论】广西亚热带种质比温带的加拿大种质具有更大的遗传变异,研究这些材料的遗传多样性可更好地扩增广西玉米种质的遗传基础,对玉米育种中发现潜在突破性种质可能会起到一定的作用。     

广西原产和引种荔枝种质资源的遗传多样性 分析及核心种质构建

[目的]利用SSR分子标记对广西荔枝种质资源进行遗传多样性分析并构建核心种质,为广西荔枝种质资源的保存、遗传改良及创新利用提供理论依据.[方法]以广西原产和引种的88份荔枝种质资源为研究对象,利用40对SSR引物对其进行遗传多样性和聚类分析,在此基础上按原始群体50.00%、25.00%和12.50%的取样比例,采用逐步聚类法优先选择性状优良材料的原则构建广西荔枝核心种质.[结果]40对SSR引物从88份荔枝种质资源中共扩增出282条清晰的条带,每对引物扩增条带数2~13条,平均7.05条,其中,多态性条带182条,每对引物扩增的多态性条带数1~13条,平均4.55条,每对引物扩增条带的多态性比率为14.29%~100.00%,平均64.54%.88份荔枝种质资源的遗传相似系数为0.83~0.96,说明其遗传多样性较低;在遗传相似系数0.86处,88份荔枝种质资源可分为七大类群,第Ⅰ~Ⅶ类群分别包含3、12、6、6、1、2和58份种质,其中第Ⅰ类群均为龙荔种质资源,第Ⅱ类群主要为早熟种质,第Ⅳ类群主要为早熟实生种质,表明荔枝种质间的亲缘关系与熟期存在一定的相关性.88份荔枝种质资源在40个SSR位点的平均观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon指数(I)和期望杂合度(He)分别为3.2750、2.1137、0.8092和0.5107.核心种质-1、核心种质-2和核心种质-3的种质资源数量分别为44、22和11份,其中,核心种质-2的Ne、I和He 3个遗传多样性参数均最高,分别为2.1774、0.8452和0.5271;仅核心种质-3的Na与原始群体存在极显著差异(P<0.01),3组核心种质的其余遗传多样性参数与原始群体无显著差异(P>0.05),表明核心种质-1和核心种质-2均能充分代表原始群体的遗传多样性,根据核心种质构建的原则,最终选择核心种质-2作为广西荔枝核心种质.[结论]SSR分子标记是一种适用于荔枝资源遗传多样性分析和核心种质构建的理想分子标记.广西荔枝种质资源遗传背景相对较窄,遗传多样性较低,今后应加强荔枝种质资源的引进与利用.     

冬性白菜型油菜的遗传多样性分析

利用15对SSR引物,对51份冬性白菜型油菜种质资源进行了遗传多样性分析.共检测到96条多态性条带,多态性比率为100%;平均每对引物检测到6.4个等位变异,PIC变幅为0.5834~0.8740,平均为0.7794.51份种质资源间遗传相似系数0.500~0.969.聚类分析表明,在相似系数0.63处,51份种质资源被分为2个类群,第一类包含33个品种(系),第二类包含18个品种(系).每个类群又可以分为多个不同的亚簇.来源于甘肃省内的材料间表现出较大的遗传差异,说明甘肃省冬性白菜型油菜具有非常丰富的遗传多样性,这种来源于特殊地域的种质能够为白菜型油菜的育种提供优良基因资源.     

柿属植物种质资源遗传多样性的SSR分析

【目的】用SSR标记分析柿属植物种质资源的遗传多样性,为其有效利用提供依据。【方法】以7个柿种或变种的48份材料为研究对象,利用30对SSR标记对其进行遗传多样性分析。采用NTSYS-pc2.10e分析软件对SSR数据进行聚类分析。【结果】共检测到83个等位基因,每对SSR引物检测到3～6个等位基因变异,平均为4.9个。供试柿品种间的遗传相似系数介于0.397～1.000,平均为0.698,范围较大,说明柿资源种类较多、来源较广泛、遗传多样性较丰富。48份柿材料在相似系数为0.66水平上分为4大类,第Ⅰ类包括浙江柿和5个美洲柿及1个柿品种;第Ⅱ类只有2个资源,即油柿和野柿;第Ⅲ类为柿种下的大部分柿品种(27个);第Ⅳ类包括2个有核君迁子、3个无核君迁子、2个野柿、3个金枣柿及2个柿种下的品种;不同种类的柿种质资源基本分别聚在一起。同一种类下的不同类型也能区分开来。【结论】SSR标记是研究柿种质资源遗传多样性的有效手段。     

基于TP-M13-SSR分子标记技术的133份薄皮甜瓜种质资源遗传多样性分析

【目的】分析我国不同省（区）的薄皮甜瓜种质资源遗传多样性,为今后薄皮甜瓜的种质资源收集及遗传改良和高效利用提供理论依据。【方法】以来自我国不同省（区）的133份薄皮甜瓜种质为材料,从98对SSR引物中筛选得到12对多态性较高的引物,利用TP-M13-SSR分子标记技术对133份薄皮甜瓜种质材料进行遗传多样性分析,并根据Nei’s遗传距离（D）进行聚类分析,以Structure软件的混合模型聚类法分析其群体遗传结构。【结果】利用12对引物从133份薄皮甜瓜种质材料中共扩增出的等位基因数（Na）为54个,平均每对引物4.5个,有效等位基因数（Ne）为1.120～2.234,平均为1.533;观测杂合度（Ho）为0.023～0.466,平均为0.217;期望杂合度（He）为0.107～0.552,平均为0.319,香农信息指数（I）范围为0.267～1.237,平均为0.642;各位点的多态性信息含量（PIC）为0.104～0.531,平均为0.295,大多数位点表现为中度多态性。聚类分析结果显示,133份薄皮甜瓜种质材料被分为两大类群,第Ⅰ类群为4份厚薄皮甜瓜材料,第Ⅱ类群为129份薄皮甜...     

地方晒烟种质资源遗传多样性分析与评价

【目的】为更好地收集、鉴定和保存地方晒烟品种,高效率地利用地方晒烟种质资源进行烟草品种选育。【方法】以67份地方晒烟品种的DNA为模板,利用筛选获得的25对SSR引物进行PCR扩增,采用二进制记录SSR分析结果,利用NTSY 2.1进行聚类分析,利用POPGENE 32.0进行遗传多样性分析。【结果】(1) 25对SSR引物共检测到83个多态性位点,品种间的遗传相似系数变异范围为0.60～0.84。(2)遗传相似系数为0.62时,可以将67份晒烟品种分成3个类群,第Ⅰ类包括49份晒烟品种,第Ⅱ类包括13份晒烟品种,第Ⅲ类包括5份晒烟品种。(3)在晒烟资源中观测等位基因数的平均值、有效等位基因数的平均值、观测杂合度的平均值、期望杂合度的平均值分别为3.44个、2.762个、0.168、0.597。平均Nei’s基因多样性指数(H)为0.593,平均Shannon’s指数(I)为1.013。其中期望杂合度的平均值大于0.5。【结论】67份晒烟种质资源之间的遗传多样性较高,晒烟品种间的亲缘关系和品种的地理来源之间无明显相关性。     

安徽省新收集野生大豆种质资源的SSR分析

该研究以24份2006年安徽省新收集的野生大豆种质资源为试验材料,利用60对SSR引物进行遗传多样性分析。结果表明,54对SSR引物扩增出237条多态性带,SSR的遗传多样性指数分布范围,Simpson指数为0.4063-0.8835,平均值0.7203;Shannon-weaver指数为0.6191-2.1662,平均值1.4574。聚类分析将安徽省野生大豆资源分为两大类群,包括江淮丘陵野生大豆类群以及淮北、沿江、皖西和皖南混合类群。     

SSR标记用于贵州省喀斯特山区玉米自交系的遗传多样性分析

利用SSR标记对19个喀斯特山区常用玉米自交系进行遗传多样性分析,在此基础上又进行了杂种优势类划分。从90对引物中共筛选出46个能够稳定扩增的多态性引物,这46对引物共扩增出190条具有遗传多态性的条带,平均每个位点监测到的等位基因数为4.13个,变化范围为2～8个。每个位点的多态性信息量（PIC）变化于0.291～0.861之间,平均为0.623。供试材料的遗传距离变化范围为0.093～0.521,平均为0.342。UPGMA聚类分析结果表明,可将19个喀斯特山区常用玉米自交系划分为3个类群,分类结果与系谱来源基本一致。研究表明SSR标记可以进行玉米自交系遗传多样性分析。喀斯特山区地方玉米种质与温带玉米种质的遗传基础存在异质性,是温带玉米育种不可多得的异源种质。     

云南水稻种质资源的遗传多样性及群体结构分析

利用SSR分子标记对覆盖云南16个州(市)的908份水稻种质资源进行遗传多样性及群体结构分析。结果表明,22对SSR标记共检测到193个等位基因,每对标记的等位基因数为4～18,平均8.78;主要等位基因的频率为0.204 8～0.794 1,平均0.380 3;基因多样性指数为0.347 7～0.887 6,平均0.730 7;多态信息含量为0.320 2～0.877 7,平均0.698 6。以地理来源进行分类并分析其遗传多样性,结果表明,云南水稻种质资源在不同州(市)间的遗传差异较大,其中普洱市水稻种质资源的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性及Shannon’s指数最高,而迪庆州和楚雄州相对较低,说明普洱市水稻种质资源的遗传多样性最丰富,而迪庆州和楚雄州相对较低;遗传距离和遗传一致度分析表明,普洱市与西双版纳州水稻种质资源的遗传距离最小、遗传一致度较高,亲缘关系最近,而昆明市与楚雄州水稻种质资源的遗传距离最大、遗传一致度较低,亲缘关系最远。遗传分化分析显示,908份水稻种质资源的遗传变异主要来源于种质内个体间,且种质间的基因流为2.838 8,该值大于1,说明云南水稻种质资源间存在频繁的基因交流现象;NJ聚类分析、PCA主成分分析及Sturcture群体遗传结构分析均将供试材料分为2大类群,其中NJ聚类分析和PCA分析又在2大类群的基础上分为4个亚群,908份云南水稻种质资源并没有按照地理来源进行聚类,交错分布于各个类群中。表明云南水稻种质资源具有极其丰富的遗传多样性,且不同州(市)水稻种质资源的遗传差异较大,将为今后水稻新品种选育提供宝贵的资源材料。     

浙江省玉米地方种质的SSR聚类分析

以代表我国温带玉米主要杂种优势群的4个标准测验种为对照,利用40对玉米SSR核心引物,对浙江省90份玉米地方种质资源开展聚类分析。结果表明,SSR分子标记共检测221个等位基因变异,等位基因变异为3~11个,平均为5.5个,多态性信息量(PIC)为0.37~0.89,平均为0.69,充分展现浙江省玉米地方种质资源较为丰富的遗传变异。SSR标记分析表明,保安山玉米等16份玉米地方种质与黄早四划分为塘四平头类群;常山九十日等21份玉米地方种质与掖478划分为Reid类群;杭县一百二十日等19份玉米地方种质与丹340划分为旅大红骨类群;白岩旱地品种等20份玉米地方种质与Mo17划分为Lancaster类群。SSR分子标记分析结果为浙江省玉米地方种质的改良创新和育种利用提供参考。     

利用SSR标记研究爆裂玉米自交系的遗传变异及其与普通玉米的遗传关系

 利用113对多态性SSR引物研究了来源于8个基础材料的26个爆裂玉米自交系的遗传多样性及其与分属6个杂种优势类群的20个普通玉米骨干自交系的种质关系。在26个爆裂玉米自交系间共检测出301条带，平均每个位点的等位基因数为2.66个，多态性信息量为0.068～0.217，平均遗传距离为0.357。利用SSR数据进行聚类分析，将46个供试自交系分为爆裂和普通玉米自交系两大类；26个爆裂玉米自交系分为8个类群，高杂种优势组合的双亲自交系均属于不同类群，而在同一类群自交系间尚未组配出具有高杂种优势的组合；普通玉米自交系的分类结果与以往研究和育种实践相一致，表明SSR标记技术可以用于爆裂玉米自交系间的遗传多样性研究。不同类群爆裂玉米自交系与各类群普通玉米自交系的平均遗传距离为0.549～0.672，应根据两类自交系间的遗传关系对爆裂玉米自交系实施有针对性的分群改良。     

新疆长绒棉种质资源遗传多样性SSR分析

[目的]利用SSR分子标记对新疆长绒棉种质资源材料进行基因组检测及遗传多样性分析.[方法]从39对SSR核心引物中筛选多态性好而且稳定的34对,对19个长绒棉材料基因组进行检测,用NTSYS-pc 2.11e软件遗传多样性分析.[结果]34对引物共扩增出108个多态性条带,平均每个引物为3.17个.共检测出160个等位基因,变异的多态信息含量(PIC)在0.1～0.89.材料间的遗传相似系数在0.635 ～0.933,平均相似度为0.784.遗传相似系数阀值在0.69时,可把19个材料分为5个类群.大部分新疆自育品种和部分中亚及埃及资源材料聚类在第2类群中.[结论]材料聚类与资源来源相吻合,材料遗传相似度较高,遗传差异不大,遗传基础狭窄.     

非洲甘蓝种质资源遗传多样性的研究与分析

利用16对SSR引物对17份非洲结球甘蓝(Brassica oleracea L.var.capitata L)种质资源材料和8个中国结球甘蓝品种进行了遗传多样性研究。结果显示,有10对SSR引物在25个资源材料间表现为多态性。共检测到32个等位基因位点,每对引物的等位基因位点变幅为1~4,平均为3.2,等位基因数为25,平均为2.5。UPGMA聚类分析结果显示,在相似系数为0.534的水平上可将25份结球甘蓝资源材料聚为4大类群。揭示了引进非洲结球甘蓝资源的遗传多样性。