牦牛IGF2内含子8的遗传多态性及其遗传效应分析

【目的】研究牦牛胰岛素样生长因子2(IGF2)基因内含子8的多态性与生长发育性状的相关性,探索其对开展牦牛分子育种的影响。【方法】以天祝白牦牛、甘南牦牛、大通牦牛、青海高原牦牛和新疆牦牛为供试动物,采集牦牛血样,提取其DNA,采用PCR-SSCP方法检测牦牛IGF2基因内含子8的多态性,并分析其对体质量、体高、胸围和体长的遗传效应。【结果】扩增到牦牛IGF2基因内含子8的部分序列,其长度为438bp,存在AA、AB、BB3种基因型,其中AA型是由BB型330位G→C和358位A→G转换造成的。除新疆牦牛以外,以上3种基因型在其他牦牛群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态。AA和AB基因型个体体质量极显著高于BB基因型个体(P<0.01),AA与BB基因型个体在体高、体长和胸围性状上差异不显著。【结论】IGF2基因有可能作为体质量性状的候选基因用于标记辅助选择,且其有不依赖于骨骼增长而增加体质量的作用机制。     

西藏牦牛MyoD1基因多态性及与生长性状的关联性分析

【目的】本研究旨在对西藏牦牛MyoD1基因多态性与体高、体重、体斜长、胸围和管围等生长性状进行关联性分析,以期获得对牦牛重要经济性状具有显著效应的遗传标记。【方法】本研究利用DNA池直接测序、PCR-RFLP与生物信息学技术,对西藏帕里(PL)、斯布(SB)、申扎(SZ)和类乌齐(LWQ)4个牦牛类群(品种)共148头个体的MyoD1基因内含子2及外显子3部分序列进行遗传多态性分析,统计基因和基因型频率,进行Hardy-Weinberg平衡性检测,计算纯合度、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数等遗传多态指标,分析不同基因型与体高、体重、体斜长、胸围和管围等生长性状的关联性。【结果】①西藏牦牛MyoD1基因外显子3上存在(C1710T)XmaI酶切位点,多态性检测均存在CC、CT和TT 3种基因型,T/C频率分别为:0.308/0.692、0.400/0.600、0.605/0.395和0.527/0.473,处于中度多态。②适合性检验表明,西藏4个牦牛类群MyoD1基因多态位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。③利用最小二乘拟合线性模型,对各标记基因型生长发育指标(体高、体斜长、胸围、管围和体重)进行差异显著性检验,申扎牦牛该位点TT和CT基因型在生长性状上差异显著(P0.05),CT基因型胸围均高于CC和TT基因型。【结论】可以将MyoD1上的C1710T基因座作为牦牛经济性状选育的一个重要遗传标记,用于育种改良。     

牦牛VGLL2基因多态性与体尺性状的关联性分析

【目的】为进一步揭示VGLL2基因多态性与牦牛体尺性状的相关性,通过筛查候选基因SNP位点,为牦牛优良性状选育提供参考。【方法】选取四川麦洼牦牛,西藏类乌齐牦牛、申扎牦牛、帕里牦牛和斯布牦牛5个群体共238头个体,运用DNA池测序法筛选VGLL2基因SNP位点,直接测序法检测牦牛VGLL2基因的SNP位点,分析其与体尺性状的关联性。【结果】牦牛VGLL2基因第二内含子存在3个SNP位点(C4868T、C4872G和G4889A),第二外显子包含1个SNP位点G5000A;4个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。遗传多态性分析显示,C4868T、C4872G和G4889A属于低度多态性,G5000A为中度多态性。4个SNP位点不同基因型与体高、体斜长、胸围、管围和体重等生长性状进行相关性分析结果表明,位点C4868T与体高、体斜长、胸围和体重显著相关;位点C4872G、G4889A和G5000A与体高、体斜长、胸围、管围和体重不相关。【结论】牦牛VGLL2基因的C4868T位点与体高、体斜长、胸围和体重显著相关,可将VGLL2基因作为影响牦牛生长性状的主效基因,为牦牛选育工作提供理论依据。     

牦牛DKK1基因多态性及其与生长性状的相关性

选取麦洼牦牛、类乌齐牦牛、申扎牦牛、帕里牦牛和斯布牦牛5个群体共287头个体,采用直接测序法检测牦牛DKK1基因的SNP位点,分析其与生长性状的相关性。结果表明,牦牛DKK1基因存在2个突变位点,g.983A→G位点和g.1075C→G位点;位点g.983A→G在斯布牦牛中处于Hardy-Weinberg不平衡状态,其余位点处于平衡状态。在遗传多态性研究中,2个SNP位点均为中度多态。2个位点不同基因型与体高、体斜长、胸围、管围和体质量的相关分析结果显示,位点g.983A→G与体高、体斜长、胸围和体质量均具有相关性;位点g.1075C→G与生长性状不相关。     

西藏牦牛POU1F1基因的多态性及其与生长性状的相关性分析

本研究利用DNA池和测序技术,结合PCR-RFLP方法,筛查了POU1F1基因第2外显子和第5内含子的SNP位点,分析了西藏申扎(SZ)、类乌奇(LWQ)、斯布(SB)和帕里(PL)4个牦牛类群(品种)共182个个体的POU1F1基因的多态性及其与体重、体高、体长等生长性状指标之间的相关性。结果表明:①POU1F1基因第2外显子高度保守,未发现任何突变,第5内含子中发现2个突变位点,分别为T727C(BglⅡ酶切)位点和T284C(StuⅠ酶切)位点。②申扎(SZ)、类鸟奇(LWQ)、斯布(SB)和帕里(PLl)4个群体中StuⅠ位点为中度多态性,其基因T/C频率分别为:0.61/0.39、0.54/0.46、0.54/0.46和0.62/0.38,BglⅡ位点为低度多态性;Hardy-Weinberg检验表明StuⅠ位点和BglⅡ位点均处于平衡状态(P0.05)。③StuI位点在4个群体中表现CC、CT和TT 3种基因型,BglⅡ位点在4个群体中只表现CT和TT2种基因型。④帕里牦牛StuⅠ位点CC和CI基因型在生长性状上存在显著差异(P0.05),其中CC基因型的体高和体长均高于CT基因型,而其他几个牦牛类群未发现类似现象。BglⅡ位点基因型与生长指标的相关性不显著。西藏牦牛POU1F1基因内含子5内T284C基因座表现的多态性可以作为改良其生长性状的一个遗传标记。     

大通牦牛IGF-I基因多态性及其与生长性能相关性的研究

通过PCR-SSCP技术检测了大通牦牛IGF-I基因的遗传多态性,对具有SSCP多态性的片段进行克隆和测序,找出等位基因的多态位点,将该位点多态性与大通牦牛生长性状进行相关性分析.结果显示:PCR-SSCP检测到大通牦牛具有AA、AB、BB 3种基因型,A(B)等位基因频率分别为0.902 8(0.097 2);对IGF-I基因第1内含子进行序列比对,发现一处单碱基C的缺失/插入,造成了该位点多态性的出现;6月龄和12月龄基因型为AA的大通牦牛的体质量和体斜长最小二乘均值显著高于AB和BB基因型(P<0.05);18月龄基因型为AB的大通牦牛的体高最小二乘均值显著高于BB型(P<0.05),说明大通牦牛品种中基因型为AA的个体生长性状有高于AB和BB基因型的趋势,可以作为大通牦牛品种选育的目标基因型.     

大通牦牛IGF-Ⅰ基因多态性及其与生长性能相关性的研究

通过PCR-SSCP技术检测了大通牦牛IGF-Ⅰ基因的遗传多态性,对具有SSCP多态性的片段进行克隆和测序,找出等位基因的多态位点,将该位点多态性与大通牦牛生长性状进行相关性分析．结果显示：PCR-SSCP检测到大通牦牛具有AA、AB、BB3种基因型,A（B）等位基因频率分别为0．9028（0．0972）;对IGF-Ⅰ基因第1内含子进行序列比对,发现一处单碱基C的缺失／插入,造成了该位点多态性的出现;6月龄和12月龄基因型为AA的大通牦牛的体质量和体斜长最小二乘均值显著高于AB和BB基因型（P＜0.05）;18月龄基因型为AB的大通牦牛的体高最小二乘均值显著高于BB型（P＜0.05）,说明大通牦牛品种中基因型为AA的个体生长性状有高于AB和BB基因型的趋势,可以作为大通牦牛品种选育的目标基因型．     

无角牦牛FTO基因多态性与生长性状的关联性分析

【目的】探究无角牦牛脂肪和肥胖相关基因(FTO)多态性与生长性状之间的关联性,以期找到与无角牦牛生长相关的分子标记。【方法】参考GenBank中野牦牛的FTO基因序列,针对其第4内含子和第8内含子设计引物,采用PCR-SSCP和DNA测序技术对354头无角牦牛的FTO基因进行多态性分析,并运用SPSS 20.0软件分析各基因与体质量、体高、体斜长和胸围等生长性状的相关性。【结果】在无角牦牛FTO基因的第4内含子区域检测出A164506C突变位点,有2个等位基因A和C,有3种基因型(AA、AC和CC),优势等位基因和基因型分别是A和AA,其频率分别为0.694 9和0.485 9;在第8内含子区域检测出G309000A突变位点,共有2个等位基因A和G,有3种基因型(GG、GA和AA),优势等位基因和基因型分别是G和GG,其频率分别为0.926 3和0.858 4。A164506C突变位点为中度多态位点,纯合度较低,处于Hardy-Weinberg平衡状态;G309000A突变位点为低度多态位点,纯合度较高,处于Hardy-Weinberg不平衡状态。A164506C位点与无角牦牛的体高和体斜长具有显著或极显著相关性,AC基因型个体优于AA基因型个体。G309000A位点与无角牦牛的胸围和体斜长具有显著或极显著相关性,GA基因型个体优于GG基因型个体。【结论】FTO基因第4内含子区域A164506C突变和第8内含子区域G309000A突变均与无角牦牛生长性状具有相关性。     

RERG基因多态性与黔北麻羊生长性状的相关性研究

以黔北麻羊为研究对象,利用PCR-SSCP和直接测序技术,对RERG基因的第3、4外显示和部分第5外显子进行多态性检测,结果在第3外显子处发现了1个SNP(C264A),进一步将该SNP位点与生长性状进行关联分析,结果表明,AB型个体的体重、体高、体长、胸围、胸深、胸宽、管围均大于AA型和BB型个体。AA型和BB型个体的体重、体高、胸围与AB型个体差异极显著,AA型个体与BB型个体的体长差异显著,AA型个体与AB型个体的体长差异极显著。研究显示,RERG基因对黔北麻羊的生长有一定影响。     

牦牛CAPN1基因intron 1多态性及其与胴体和肉质性状的关联性

采用PCR SSCP技术检测甘南牦牛、天祝白牦牛及大通牦牛钙蛋白酶1（CAPN1）基因单核苷酸多态性（SNPs）,并分析SNPs对甘南牦牛部分胴体及肉质性状的影响。结果表明,3类群牦牛在CAPN1基因第1内含子区检测到g.100+606G>T突变,形成了AA、BB和AB 3种基因型,检测区域表现为中度多态; CAPN1基因第1内含子突变影响不同年龄段甘南牦牛肌肉嫩度、失水率和眼肌面积,AA基因型个体嫩度剪切力值较低而眼肌面积较高,其中3岁和5岁牦牛AA型个体嫩度剪切力显著低于BB或AB型（P<005）,4岁和5岁牦牛AA型个体眼肌面积显著高于BB或AB型（P<005）;另外6岁牦牛AA型个体失水率显著高于BB和AB型（P<005）。CAPN1基因g.100+606G>T突变可用为甘南牦牛此类性状潜在的遗传标记之一。     

京海黄鸡骨桥蛋白基因第七外显子多态性及其与生长繁殖和屠宰性状的关系

研究骨调素基因对京海黄鸡生长、繁殖及屠宰性状的效应。结果表明:该基因有2个位点出现多态,SSCP分析后出现3个基因型。3个基因型对初生重、12周龄重、16周龄重和成年体重影响达到显著水平(P<0.05)。AA型个体初生重、12周龄体重和16周龄体重最低,显著低于BB型和AB型的个体(P<0.05)。AA型个体的4周龄、8周龄体重最低,但与BB型和AB型个体差异不显著(P>0.05)。对成年体重而言,BB型与AB型个体之间差异达显著水平(P<0.05),但与AA型个体差异均不显著(P>0.05)。3个基因型与繁殖性状的相关分析表明,基因型对开产日龄、300日龄产蛋数、300日龄蛋重和66周龄产蛋数均无显著效应(P>0.05)。基因型与屠宰性状的相关分析表明,基因型与性别间的交互作用不显著(P>0.05)。AA型个体的胸肌重和腿肌重均低于BB型和AB型个体。值得注意的是AA型个体的腹脂重均低于BB和AB型个体,但其腹脂率均高于BB型和AB型个体(P>0.05)。推测OPN可能是影响鸡体重的候选基因,该基因可以作为遗传标记对鸡体重进行分子标记辅助选择。     

荆江麻鸭PRL基因内含子1的SNPs检测及其与体尺性状的关联研究

[目的]研究荆江麻鸭PRL基因内含子1序列多态性及其对体尺性状的影响。[方法]以96只荆江麻鸭为材料,采用PCR-RFLP方法对PRL基因内含子1序列多态性进行检测,并分析基因多态性与其体尺性状间的关系。[结果]荆江麻鸭PRL基因内含子1具有序列多态性,DraⅠ酶切产生AB和BB 2种基因型,其中BB基因型为优势基因型（91.67%）;卡方检验结果表明,群体该位点处于遗传平衡状态（P〉0.05）;最小二乘分析结果表明,AB基因型个体骨盆宽极显著大于BB基因型个体（P〈0.01）,BB基因型个体胸围显著高于AB基因型个体（P〈0.05）。[结论]初步推断,PRL基因可作为影响荆江麻鸭部分体尺性状的候选基因（标记）,选择不同的等位基因可改善不同的体尺性状。     

荆江麻鸭PRL基因内含子1的SNPs检测及其与体尺性状的关联研究（摘要）

[目的]研究荆江麻鸭PRL基因内含子1序列多态性及其对体尺性状的影响。[方法]以96只荆江麻鸭为材料,采用PCR-RFLP方法对PRL基因内含子1序列多态性进行检测,并分析基因多态性与其体尺性状间的关系。[结果]荆江麻鸭PRL基因内含子1具有序列多态性,DraⅠ酶切产生AB和BB2种基因型,其中BB基因型为优势基因型（91.67%）;卡方检验结果表明,群体该位点处于遗传平衡状态（P〉0.05）;最小二乘分析结果表明,AB基因型个体骨盆宽极显著大于BB基因型个体（P〈0.01）,BB基因型个体胸围显著高于AB基因型个体（P〈0.05）。[结论]初步推断,PRL基因可作为影响荆江麻鸭部分体尺性状的候选基因（标记）,选择不同的等位基因可改善不同的体尺性状。     

鹅GH基因内含子3多态性及其与体重和屠宰性能相关分析

根据鸭GH基因序列设计引物扩增籽鹅、皖西白鹅和狮头鹅3个地方鹅品种GH基因内含子3片段,并运用PCR-SSCP技术进行单核苷酸多态性分析.结果表明: 鹅GH基因内含子3存在多态性,得到AA、AB和BB 3种基因型.3个品种中等位基因B占绝对优势,且主要以BB型存在.品种内基因型分布差异不显著,3个品种均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);而品种间,籽鹅与皖西白鹅基因型分布差异显著.基因型与4～10周龄体重、屠体重、半净膛重等19个性状呈显著相关.这19个性状的BB型个体均显著或极显著高于AA型个体,除胸肌率外,BB型个体各性状均值最高,AB型次之,AA型最小.故初步推断BB基因型可作为地方鹅品种高生产性能的分子标记.     

京海黄鸡苹果酸脱氢酶基因多态性遗传效应的研究

以京海黄鸡为试验素材,采用PCR-RFLP方法研究苹果酸脱氢酶(malate dehydrogenase,MDH)基因单核苷酸多态性(SNPs)对京海黄鸡生长、屠宰及繁殖性状的遗传效应.结果表明,MDH基因的3种基因型对京海黄鸡母鸡的初生重,4、8、12、16周龄体重,和成年体重无显著影响(P＞0.05).母鸡的AA基因型个体和BB型个体的腹脂重差异显著(P＜0.05);BB型个体的腿肌重显著低于AA型和AB型的个体(P＜0.05).公鸡的AB型和BB型个体的腹脂重显著高于AA型个体(P<0.05);AA型和AB型个体的胸肌重显著高于BB型个体(P<0.05).母鸡BB型个体的300日龄产蛋数和66周龄产蛋数极显著低于AA型和AB型个体(P＜0.01).说明MDH基因可能是影响鸡屠宰性状和繁殖性状的主效基因或与之存在紧密遗传连锁的一个标记.     

苏禽黄鸡IGF1R基因第16外显子多态性及其与生长性状的关联研究

本研究以IGF1R基因作为影响苏禽黄鸡生长性状的候选基因,基因第16外显子单核苷酸多态性采用DNA测序和PCR-SSCP技术进行分析,并与鸡的生产性能进行关联分析。结果表明,共发现2个SNPs位点(C143082G和A143135G),在初生重方面,CC基因型个体的体重显著高于AA、AB、AC、BB和BC基因型个体的体重(P<0.05)。推测IGF1R基因可能是影响鸡体重的主(效)基因或与影响体重主(效)基因紧密连锁。     

猪POU1F1基因启动子区多态分析及其与生长性状的关联

 【目的】获得猪POU1F1基因启动子区的多态信息,揭示其在不同品种中的分布特点,阐明其与生长性状的关联性。【方法】采用PCR克隆、DNA测序和PCR-RFLP技术进行POU1F1基因启动子区多态分析,利用一般线形模型分析其与生长性状的关联性。【结果】在POU1F1基因1.5 kb的启动子区域内发现5个多态位点;其中,5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因频率在引入品种猪中最高,在培育品种中中等,在中国地方品种最低。一般线形模型分析表明,该多态位点与猪的生长性状存在显著相关。多重比较分析发现,AA基因型个体的体高、体长、胸围和体重显著高于AB和BB基因型个体（P＜0.05）,而AB和BB基因型个体的体高、胸围和体重差异不显著（P＞0.05）,但AB基因型个体的体长显著高于BB基因型个体（P＜0.05）。【结论】5 bp短片段插入或缺失突变的A等位基因是生长性状的优势等位基因,是生长性状可能的分子标记。     

陕北白绒山羊DGAT1基因外显子14多态性及其与部分生长和胴体性状的关系

【目的】探讨陕北白绒山羊DGAT1基因的SNPs及其与部分生长、胴体性状的相关性,为陕北白绒山羊分子标记辅助选择提供理论依据。【方法】测定234只陕北白绒山羊的部分生长、胴体指标,利用PCR-SSCP技术分析其DGAT1基因外显子14的多态性及与生长和胴体性状的关系。【结果】该座位存在一个突变位点(G→A),此SNPs导致甘氨酸(G)突变为谷氨酸(E);该群体的该位点有1对等位基因A和B以及3种基因型AA、AB和BB,A基因为优势等位基因,AA型为优势基因型,群体处于Hardy-Weinberg非平衡状态;AA型与BB型之间、AB型与BB型之间均在断奶重、周岁重、胸围和管围4个性状上差异极显著(P<0.01),但AA型与AB型之间在此4个性状上差异不显著(P>0.05);3种基因型间在其他性状上差异均不显著(P>0.05);在初生重、周岁重和胸围上均表现为BB型>AA型>AB型,在断奶重、体高和管围上均表现为BB型>AB型>AA型。【结论】该基因的此突变位点与绒山羊育种指标具有一定的相关性,通过提高BB型的频率可望改善绒山羊的生长发育及胴体性状;DGAT1基因可作为陕北白绒山羊生长及胴体性状的候选基因,也可作为绒山羊肉用性能的分子标记。     

影响牛生长发育性状的GH基因遗传效应分析

 【目的】研究牛GH基因的遗传多态以及各多态位点对肉牛生长发育性状的影响，以期找到可用于标记辅助选择的分子标记，为下一步分子育种提供依据。【方法】利用PCR-SSCP和PCR-RFLP方法分析了牛GH基因第3内含子、第4内含子、第5外显子、3′非翻译区和5′侧翼区的位点遗传多态，并分析了5个多态位点不同基因型对肉牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数的基因型效应，以及GH基因的第5外显子、3′非翻译区位点的不同基因型组合基因型效应。【结果】GH基因的第5外显子、3′非翻译区的基因型效应在肉牛体重、体高、体斜长、胸围和肉用指数性状上存在显著差异（P＜0.05），且这2个位点等位基因B为优势等位基因；第5外显子和3′非翻译区的组合基因型ABBB（即组合5）的基因型效应（极）显著(P＜0.05或P＜0.01)高于其它6个组合，且多标记位点的组合效应值极显著高于单标记位点效应。【结论】GH基因第5外显子位点突变等位基因B为体重、体高、体斜长、胸围的优势等位基因。     

黄牛BMPR-IB基因外显子8的多态性及其与体尺性状的关系

采用PCR-SSCP技术,对秦川牛(QC)、鲁西牛(LX)、南阳牛(NY)、郏县红牛(JXR)4个品种共计459个个体BMPR-IB基因第8外显子进行SNPs多态性检测,并分析基因型与部分体尺性状的相关性。在QC、LX和NY中分别检测到AA、AB和BB 3种SSCP多态型,且QC、LX和NY 3个品种中A和B等位基因的频率分别为0.4949/0.5051、0.4663/0.5337和0.4118/0.5882。测序结果显示,A等位基因与GenBank公布的序列(NC_007304.3)相比在43 933位发生T→C突变。最小二乘法分析表明,3个品种中BB基因型个体的体高显著高于AA和AB基因型个体(P0.05);在LX和NY中,BB型个体的腰高显著高于AA和AB型个体(P0.05);体长方面,LX中BB型个体大于AA和AB型个体(P0.05),NY中BB型个体大于AB型个体(P0.05),但与AA型个体差异不显著(P0.05);3种基因型对黄牛其他体尺性状没有显著影响(P0.05)。结果表明,BMPR-IB基因对黄牛体尺性状有一定影响,可以作为黄牛标记辅助选择的候选基因。