茶树菇复合群菌株内ITS序列异源特征分析

ITS序列作为常用的分子标记,广泛应用于真菌系统学研究,然而在茶树菇类群分析中缺乏综合分析。结果表明：对茶树菇菌株ITS序列进行测序,从中发现了8个菌株ITS测序图谱存在套峰。各菌株分离的子代同核体群体中存在2种ITS序列类型,推测亲本由不同ITS类型同核体杂交而成。从混杂的ITS扩增产物里进行克隆测序后,发现ITS1和ITS2区域存在模板复制转换的现象。依据ITS和线粒体小亚基mtSSU构建的聚类树显示的拓扑结构不一致,部分来自于同一菌株的ITS序列聚类到不同的群中。因此,茶树菇的ITS序列显示出多样性且组成复杂,从ITS杂合菌株中直接进行克隆分析会产生不正确的序列信息,给菌株鉴定和系统分析造成错误的结果。     

22个毛木耳菌株ITS序列分析

以22个不同来源的毛木耳菌株为材料,采用MEGA4.0软件对ITS序列进行分析,构建系统发育树.试验结果显示22个菌株的ITS序列长度为620 bp左右,GC含在50.6%～51.1%,被聚为5个分支,其中黄耳10号和781系统发育关系较近,共同聚在第一个分支,而琥珀聚在第二分支.ITS序列分析试验结果从系统发育角度反映出了研究菌株的遗传关系,是进行毛木耳菌株遗传分析及科学鉴定的重要工具.     

4个野生灵芝菌株的ITS序列分析

以4个野生灵芝菌株为研究材料,以6个外源菌株为参考菌株,采用MEGA4软件对ITS序列进行NJ法聚类分析,构建系统发育树.结果显示4个灵芝菌株ITS序列与另外6个参考菌株对齐序列长度在357 ～ 369 bp之间,G/C含量变化为43.4％～57.7％;德昌灵芝1#、德昌灵芝4#和通江灵芝亲缘关系最近,遗传距离为0,德昌灵芝3#与它们的遗传距离为0.0029;与4个野生灵芝菌株亲缘关系由近到远分别是韩芝、红芝、灵芝(中国科学院微生物研究所)、黑灵芝、血芝、云芝;结合4个野生菌株的ITS序列分析结果和形态特征,4个菌株被鉴定为灵芝(Ganoderma lucidum)种类的不同株系.     

基于ITS2序列的12种苔藓植物亲缘关系分析

以尖叶薄鳞苔为外类群,利用ClustalX 2.0和MEGA 4.1软件对12种苔藓植物的ITS2序列进行比对和分析,构建分子系统树.结果表明,12种苔藓植物的ITS2序列长度在432-493bp之间,排序后总长度为540 bp,其中变异位点305个,信息位点200个.12种苔藓植物的遗传距离在0.016～0.472之间,平均遗传距离为0.309.利用MP法建立的系统树显示,12种苔藓植物分为3组,其中7个丛藓科物种聚为一组,3个青藓科物种聚为一组,2种灰藓科植物聚为一组,序列分析结果与形态学分类结果一致,表明ITS2可用于苔藓植物的亲缘关系分析.     

葛属11份种质基于核rDNA ITS序列的亲缘关系分析

在对葛属11份种质核r DNA ITS序列克隆测序的基础上,用MEGA 6.0软件对11份种质及其近缘种进行聚类分析。结果表明,葛属11份种质的ITS序列在长度和G+C含量上相差较大,长度变化在669~765 bp之间,最大相差96 bp,G+C含量在52.98%~59.89%,最大相差6.91%;藤县粉葛(Tengxian Pueraria thomsonii)、常德粉葛(Changde Pueraria thomsonii)、武隆苦葛(Wulong Pueraria peduncularis)这3个种的ITS序列特点相近,G+C含量都在53.74%左右,长度小于700 bp,在发育树上聚为1类,种质亲缘关系很近;合川粉葛(Hechuan Pueraria thomsonii)和蒙自粉葛(Mengzi Pueraria thomsonii)ITS序列相似性较高,G+C含量与序列长度都相差不大,在发育树上聚为1类;通道山葛(Tongdao Pueraria montana)聚为1类,与其他物种存在较远的距离;德兴宋氏超级粉葛(Dexing Soong Super Pueraria thomsonii)与常宁野葛(Changning Pueraria lobata)ITS序列和G+C含量一样,在发育树上聚为1类,但与会同山葛(Huitong Shange)、大卫粉葛(Dawei Pueraria thomsonii)处于不同的分支上,亲缘关系相对较远。     

几种槭属植物亲缘关系的ITS序列分析

为了选择适宜挪威槭"皇家红"嫁接的砧木,笔者对槭属植物的8个种(含变种)核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列进行了PCR扩增和序列分析,扩增出约750bp左右的的序列(包含完整的ITS1、5.8S和ITS2序列及部分18S和26S rRNA基因片段.各样品的ITS1长度为221～236bp,ITS2为231～237bp,含有多个特异性信息位点.并利用ITS序列为依据对8种槭属植物系统发育进行分析,从分子水平上阐明了8种槭属植物的亲缘关系,为挪威槭"皇家红"嫁接生产中适宜砧木的选择提供了理论依据.     

锦香草及其近缘种的亲缘关系ITS序列分析

为厘清锦香草及其近缘种的亲缘关系,为其杂交育种提供数据基础,收集我国锦香草及其近缘种短毛熊巴掌与长柄熊巴掌等样品46份,对供试样品核糖体基因(nrDNA)的内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行分析,并构建系统进化树,对其系统发育关系进行研究.结果表明:供试材料的ITS1...     

基于形态学特征和ITS序列分析秦巴山区天麻萌发菌的亲缘关系

利用拮抗试验,萌发试验和ITS序列分析技术对秦巴山区12个天麻萌发菌菌株进行了亲缘关系分析。结果表明:12个萌发菌菌株分为两大类,其中8103-4、8103-6、8103-7、8103-8这4个菌株与其他菌株拮抗反应明显,并且ITS序列分析显示在同一个分支上,亲缘关系相近;萌-3、萌-7、萌MD-2、萌发菌、石斛-1、石斛-2、萌-云南此8个菌株拮抗反应不明显,ITS序列分析显示在同一个分支上,8103-3、萌发菌与标准菌种Mycena citrinomarginata亲缘关系相近,萌MD-2、石斛小菇-1、萌-3、萌-7、石斛小菇-2、萌-云南与Mycena purpureofusca亲缘关系相近。     

我国几种松干锈菌亲缘关系的ITS序列分析

首次对我国松干锈菌的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列进行了测定,并与得到普遍承认的国外柱锈菌属其它种的ITS进行了比较.运用PAUP和TREECON软件进行系统发育分析并得到了一致的结果:我国Cronartium flaccidum 和C.quercuum的菌株各自分别形成一个分支,而C.ribicola按锈孢子寄主分成了红松和华山松两个分支, 红松上和华山松上的C.ribicola相互间遗传距离很大,分别和其它的种平行,该结果显示了原来被鉴定为C.ribicola的我国特有的华山松疱锈菌,可能是一个不同于C.ribicola的独立的种.     

我国几种松干锈菌亲缘关系的ITS序列分析

首次对我国松干锈菌的核糖体DNA中的内转录间隔区(ITS)序列进行了测定,并与得到普遍承认的国外柱锈菌属其它种的ITS进行了比较.运用PAUP和TREECON软件进行系统发育分析并得到了一致的结果:我国Cronartium flaccidum 和C.quercuum的菌株各自分别形成一个分支,而C.ribicola按锈孢子寄主分成了红松和华山松两个分支, 红松上和华山松上的C.ribicola相互间遗传距离很大,分别和其它的种平行,该结果显示了原来被鉴定为C.ribicola的我国特有的华山松疱锈菌,可能是一个不同于C.ribicola的独立的种.     

基于ITS序列分析探讨大兴安岭地区野生黑木耳菌株的遗传多样性

通过ITS序列对大兴安岭地区采集的14株野生黑木耳菌株和6株对照栽培种黑木耳菌株进行亲缘关系分析,以揭示不同菌株之间的遗传关系。利用软件Clustal X 1.83和MAGA 4.1进行系统发育分析。结果表明:①黑木耳ITS区(ITS1+5.8S+ITS2)信息位点比例达到52.1%,遗传位点丰富,证明ITS序列可以为黑木耳菌株的亲缘关系问题提供较强的证据。②在MP系统树中,黑木耳菌株明显聚为2类,聚类结果表明黑木耳野生菌株间遗传多样性优于栽培菌株。     

袋料香菇菌株ITS及β-tubulin序列分析

以香菇栽培袋分离菌株为研究材料,以香菇931-9为对照菌株,采用ITS及β-tubulin序列分析方法对研究材料进行鉴定。结果表明,香菇栽培袋是2种香菇菌株菌丝的混杂,与对照菌株931-9不是同一个菌株,证实青川县香菇栽培袋分离菌株与对照菌株931-9不是同一菌株。     

基于ITS和trnl-trnF序列的新疆扁桃种质资源亲缘关系研究

为探究新疆扁桃种质的亲缘关系,以新疆‘纸皮’与‘阿曼尼沙’等24个扁桃种质为材料,对其叶片及果实的植物学性状进行对比分析。提取总DNA后分别对ITS与trnl-trnF序列进行PCR扩增、纯化及测序,将所测序列进行拼接及同源性比对。利用MEGA5软件构建基于ITS和trnl-trnF序列的不同扁桃种质间的系统发育树。通过植物学性状对比发现,‘矮丰’的叶形指数最高为4.12,‘叶尔羌’的出仁率为72.9%,在供试24个扁桃种质中最高。经相关生物信息学软件分析表明,ITS序列长度为608~610bp,包括42个变异位点和9个简约信息位点,G+C含量为61.16%~61.90%。trnl-trnF序列长度为915~933bp,其变异位点和简约信息位点丰富,分别为457个和332个,分别占总长的48.8%和35.7%,G+C含量较低,为32.46%~32.94%。基于ITS和trnl-trnF序列的系统发育树表明,ITS序列间的遗传距离为0.000~0.008,trnl-trnF序列间的遗传距离为0.000~0.400,‘双薄’与‘双软’具有相同的遗传背景。     

不同产区碎米荠nrDNA ITS序列分析及亲缘关系鉴定

堇叶碎米荠、壶瓶碎米荠与恩施碎米荠存在命名混乱的现象,从植株外部形态来看难以区分。为研究其亲缘关系,分别从4个有代表性的地点采集不同的居群,进行核糖体基因(nr DNA)的内转录间隔区(ITS)序列比较分析,并构建其系统发育树。结果表明,所有4份材料ITS序列全长均为709 bp,其中来自宜昌长阳和五峰的材料碱基序列完全一致,与来自恩施和壶瓶的序列相比,分别有两个碱基位点不同,4个群体的碎米荠(Cardamine hirsuta L.)可以聚为一支,居群之间的遗传距离很近,为0~0.003,这种差异未超过一个种范围内的变异,初步证明4个不同产地的碎米荠为同一个种,归为堇叶碎米荠。     

10个茶树菇菌株的种植比较试验

采用高产栽培管理方法对10个茶树菇菌株进行了品种比较试验,旨在从中选择出在南方地区现蕾早、转潮较快、产量和生物学效率较高的品种。试验结果表明：菌株MC01的现蕾天数适中;转潮较快,转潮天数为11～13d;袋单产可达0．553kg,生物学效率为92％,是具有较好栽培种植前景的菌株。     

12个金针菇菌株亲缘关系研究

采用平板对峙培养法和PAGE技术研究了12个金针菇菌株间的亲缘关系。平板对峙培养法研究结果表明:12个菌株间存在不同程度的拮抗现象,无拮抗或拮抗效果不明显的菌株组合为:1号和6号、2号和4号、7号和10号、3号和5号。基于12个菌株的酯酶同工酶图谱的聚类分析结果表明,12个菌株在遗传距离为D=0.39处明显地聚成5组。其中,Ⅰ组为1号和6号,呈现Ec、Ed、Ei、Ek、El特征带;Ⅱ组为2号和4号,呈现Ec、Ed、Ef～Ei、El特征带;Ⅲ组为7号、8号、9号和10号,呈现Ed、Eh、Ei和El特征带;Ⅳ组为3号、5号和11号,呈现Ea、Ed～Ei、El特征带;Ⅴ组为12号,呈现Ed、Ee、Ei和El特征带。拮抗关系法和酯酶同工酶图谱聚类分析结果基本一致。此外,12个金针菇菌株的酯酶同工酶图谱中,谱带d、i、l为12个菌株所共有,说明这3条谱带为金针菇的标志性谱带,其相对迁移率分别为0.479、0.744、0.905。     

不同种源辽东冷杉rDNA ITS序列及其亲缘关系

对6个种源辽东冷杉的r DNA ITS序列进行了扩增、纯化和测序,比较分析了各种源r DNA ITS序列的长度、碱基变异位点、(G+C)含量和遗传距离,构建了系统发生树。结果表明:辽东冷杉6个种源的r DNA ITS序列总长度均为1 355 bp,其中ITS1、ITS2和5.8S r DNA序列长度分别为1 162、71和162 bp,种源间无长度差异;r DNA ITS序列中只有8个碱基变异位点,均位于ITS1序列上,碱基变异类型为碱基转换或颠换;ITS1和ITS2序列中的(G+C)含量分别为60.24%~60.59%和58.60%,种源间(G+C)含量差异极小;种源间遗传距离平均值仅为0.002 3,其中清原种源和宽甸种源的遗传距离最小(0),其他种源间的遗传距离在0.000 7~0.003 7。上述结果均表明辽东冷杉种源间亲缘关系较近,遗传变异程度较低。系统发生树将地理距离相近的种源聚在一起,表明辽东冷杉6个种源遗传距离与地理距离有明显的相关性。     

部分茶竿竹亚属竹种亲缘关系的ITS序列分析

为了探讨怀集县铁厘茶竿竹和白水茶竿竹与其他茶竿竹亚属竹种之间在分子水平上的差异以及它们的分类地位,对包括铁厘茶竿竹和白水茶竿竹在内的9个茶竿竹亚属竹种的核糖体基因（nrDNA）的内转录间隔区（ITS）序列进行分析,并构建系统进化树。结果表明,所有供试材料ITS全长在559～648 bp,(G+C)含量变化范围为46.02%～57.65%,其中铁厘茶竿竹和白水茶竿竹ITS全长分别为559 bp和614 bp,(G+C)含量分别为55.64%和57.65%。ITS序列构建的系统进化树显示：正种茶竿竹及其变种聚为一个大支,其中铁厘茶竿竹和白水茶竿竹聚在一起。以上结果佐证了铁厘茶竿竹和白水茶竿竹是正种茶竿竹的2个变种。     

基于matK基因和ITS序列的江苏地方豆类植物的亲缘关系研究

[目的]为探究江苏地方豆类植物之间的亲缘关系,从分子水平上对14种豆科植物进行了深入分析,旨在为后续豆类植物的种质创新和遗传改良提供理论依据。[方法]对14种豆类植物的mat K基因和ITS序列的扩增片段进行PCR产物直接测序,并结合Gen Bank数据库中的大豆(Glycine max)、菜豆(Phaseolus vulgaris)、红小豆(Vigna angularis)和绿豆(Vigna radiata)4种豆类植物基因组序列,利用Clustal W、MEGA 6.0、Bio Edit软件对这18种材料的mat K基因和ITS序列分别进行比对和分析,并以百脉根(Lotus corniculatus)为外类群,分别构建系统进化树并计算分化时间。[结果]18种豆类植物的mat K基因序列长度为750 bp,其中变异位点数为85,信息位点数为82,遗传距离的范围为0~0.099。ITS序列长度为795 bp,其中变异位点数为260,信息位点数为242,遗传距离的范围为0~0.292。以百脉根为外类群,用mat K基因序列和ITS序列分别构建的进化树显示,18种豆类植物可分为3组,即红小豆和绿豆分为一组,菜豆和大豆分别聚为一组。分化时间结果表明,大豆与菜豆的分化时间为19.02百万年前,菜豆与红小豆的分化时间为13.50百万年前,绿豆与红小豆的分化时间为2.94百万年前。[结论]序列分析和系统进化树的结果与形态学的特征基本一致,表明mat K基因和ITS序列可用于豆类植物属间亲缘关系分析。     

基于酯酶同工酶和ITS序列对陕南栽培灵芝亲缘关系的研究

为了明确陕南地区主栽灵芝的生产种名和亲缘关系,为建立栽培灵芝种质资源数据库提供技术支持,以陕南灵芝主要栽培种为试材,通过分析菌丝体生物学特征,结合拮抗试验、酯酶同工酶和ITS(Internal transcribed spacer)序列研究了陕南地区10种主栽灵芝(紫灵芝、平盖灵芝、泰芝2、灵芝1、松杉灵芝、灵芝2、灵芝、大灵芝、赤芝、鹿角灵芝)的生产种名和亲缘关系。结果表明:灵芝1菌丝生长速度最快,达到(10.56±0.042)mm/d,泰芝2生长速度最慢,仅为(4.35±0.016)mm/d;紫灵芝、泰芝2之间无明显拮抗反应,菌种赤芝分别与菌种紫灵芝、平盖灵芝、泰芝2、灵芝1、松杉灵芝、鹿角灵芝之间的拮抗反应极强,两者之间亲缘关系远;基于酯酶同工酶聚类图与ITS序列分析构建的进化树结果基本一致。平盖灵芝与Ganoderma sessile(MG773847)聚为一个分支,亲缘关系较近;紫灵芝、泰芝2、鹿角灵芝聚为一个分支;灵芝1与Ganoderma sinese(DQ424990)聚为一个分支;松杉灵芝、灵芝与Ganoderma tsugae(DQ425004)聚为一个分支;灵芝2与Ganoderma sichuanense(KC662402)聚为一个分支;赤芝与Ganoderma resinaceum(KX371964)聚为一个分支。