番木瓜棕榈疫霉核糖体DNA-ITS序列分析

采用真菌核糖体转录间隔区通用引物ITS1和ITS4,PCR扩增了2株分离自广州的番木瓜疫霉菌(Phytoph-thorasp.)的核糖体基因ITS序列,并对PCR产物进行了克隆测序.供试菌株C0506071、C0506072分别克隆出814 bp、830 bp的序列,两菌株ITS序列间的相似同源率为99.62%.将供试菌株的ITS序列与GenBank中登陆的20株疫霉菌株的ITS序列进行聚类分析,结果表明,供试菌株与GenBank注册的AF467093、AJ517463聚在同一分枝上,均为棕榈疫霉(Phytophthora palmivora),其他不同的疫霉种聚在不同的分支上,系统学关系较远.这表明分离自广州的2株番木瓜疫霉菌为棕榈疫霉(Phytophthora palmivora).     

云南烟草赤星病菌及近似种rDNA ITS序列分析

 为了进一步研究云南省烟草赤星病病原的系统发育关系,提取28份供试菌株的菌丝基因组DNA,进行rDNA ITS序列及两侧ITS序列扩增。28个供试菌株与GenBank中登录的链格孢属7个种（包括5个小孢子种Alternaria citri,A．alternata,A．longipes,A．mali,A．gaisen和2个大孢子种A．porri,A．solani）14个菌株的序列进行聚类分析：42个菌株明显地分成两支,供试菌株与5个小孢子种聚为一个分支,序列同源性高达99％～100％,没有明显的地域性差异;但另2个大孢子种聚为单独的一支,明显地与供试菌株和其他5个小孢子种区分开。rDNA ITSl 58S ITS2序列在相对保守的基础上又存在一定变异,在一些菌物属的研究中可作为分类鉴定、分子标记、系统发育的重要依据,但通过对世界各地Alternaria菌株序列的分析发现,rDNA ITS1 58S ITS2仅能将大孢子种和小孢子种分开,还不能作为区分不同地域不同来源菌株的标准。     

玫烟色棒束孢的遗传地理差异及对B型烟粉虱的致病性

【目的】研究不同地区玫烟色棒束孢Isaria fumosorosea的遗传地理差异,探讨其对B型烟粉虱Bemisia tabaci的致病性。【方法】从广东、福建和青海地区土壤分离得到16株玫烟色棒束孢菌株用生物信息学的方法分析供试菌株ITS序列的相似性,并构建系统发育树;采用浸渍法测定供试菌株分生孢子对B型烟粉虱2龄若虫的生物活性。【结果】供试菌株与参考菌株(KX057373.1、KX057375.1)ITS序列的相似性高于97.7%;9株广东菌株与6株福建菌株的ITS序列没有地理差异;青海菌株If TS01与参考菌株KX057375.1的ITS序列几乎相同,且与福建菌株If FJ02、If FJ06及广东菌株If GD17的ITS序列高度相似。16株菌株均以孢子剂量10~7 mL~(-1)处理B型烟粉虱2龄若虫,处理后第10天若虫的病死率为47%~86%;其中,菌株If FJ06、If GD02和If TS01处理后的B型烟粉虱2龄若虫病死率达80%以上。【结论】不同地区的玫烟色棒束孢菌株ITS序列没有明显的地理差异,其对烟粉虱的致病力与ITS序列及地理分布没有关系。研究发现3株对烟粉虱致病力较高的菌株,具有进一步研究价值。     

不同茯苓菌株的质量评价及遗传关系鉴定

[目的]评价不同茯苓菌株质量并鉴定其遗传关系,为茯苓菌株资源合理利用及优良菌株选育提供参考.[方法]以11株不同来源的茯苓菌株为研究对象,分别采用平面培养法测定其菌丝生长速率,松树兜栽培法测定其菌核产量,反复转接法测定其遗传稳定性.提取不同茯苓菌株的总DNA,PCR扩增ITS序列,进行ITS序列分析,并构建系统发育进化树.同时检测菌株间的菌丝拮抗性,结合ITS序列分析结果进一步鉴定茯苓菌株遗传关系.[结果]11个供试菌株中,8、9和12号菌株的菌丝生长速率、菌核产量和遗传稳定性均较高,1、7和13号菌株较低.茯苓ITS序列长度为1600bp,其序列分析结果显示,1、2、3、4、7和10号菌株与Wolfporia cocos intemal transcribed spacer 1的同源性高达100%,8、9、11、12和13号菌株与W.cocos strain LP-13的同源性达99%,表明供试茯苓菌株属于两个不同的亚种.系统发育进化树分析结果显示,1、2、3、4、7和10号菌株聚为一类,菌株间的遗传关系非常接近,存在同种异名的可能;8、9、11、12和13号菌株聚为另一类,菌株间的遗传距离较大,存在种内差异.[结论]通过测定菌丝生长速度、菌核产量和遗传稳定性评价茯苓菌株质量切实可行,ITS序列分析可有效将茯苓菌株鉴定到种级分类单元,并明确茯苓菌株间的遗传关系.     

平菇种质资源的遗传多样性分析

以43个平菇栽培菌株和11个野生菌株为材料,通过子实体颜色差异初步分类,采用拮抗法和ITS序列分析相结合的方法,对供试菌株的遗传多样性进行分析。结果表明,颜色差异较大的菌株,拮抗试验差异显著;通过拮抗法将54个菌株分为32个差异菌株;通过ITS序列分析并构建系统发育树将54个菌株聚为2个大类,2个大类遗传关系相对较远、独立进化,最终将54个菌株鉴定为36个差异菌株;拮抗试验结果与ITS序列分析结果基本一致,但第Ⅵ—Ⅸ组有较大差异。因此,拮抗试验结合ITS序列分析法可作为菌种鉴定的一个手段。     

10株镰刀菌rDNA内转录间隔区(ITS)序列分析

[目的]探索镰刀菌菌株间的系统发育关系。[方法]采用氯化苄法从分离的10株镰刀菌菌株中提取基因组DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用Blast方法将测序结果在GenBank中进行同源搜索,采用邻接法构建其与相关菌株的ITS序列系统发育树。[结果]供试菌株分别位于系统发育树的3个分支上,7株与腐皮镰刀菌为一个分支,序列相似性为98.61%~100%。菌株F94与尖孢镰刀菌为另一个分支,序列相似性为100%。菌株F83和F97与Fusarium incarnatum为另一个分支。各分枝内序列相似性均较高,为97.61%~100%,而不同分枝间菌株序列相似性较低。[结论]ITS序列系统发育分析可为镰刀菌属种的鉴定提供参考依据。     

基于ITS序列分析探讨大兴安岭地区野生黑木耳菌株的遗传多样性

通过ITS序列对大兴安岭地区采集的14株野生黑木耳菌株和6株对照栽培种黑木耳菌株进行亲缘关系分析,以揭示不同菌株之间的遗传关系。利用软件Clustal X 1.83和MAGA 4.1进行系统发育分析。结果表明:①黑木耳ITS区(ITS1+5.8S+ITS2)信息位点比例达到52.1%,遗传位点丰富,证明ITS序列可以为黑木耳菌株的亲缘关系问题提供较强的证据。②在MP系统树中,黑木耳菌株明显聚为2类,聚类结果表明黑木耳野生菌株间遗传多样性优于栽培菌株。     

不同分离方法获得的冬虫夏草无性型菌株的交配型基因MAT1-2-1的初步分析

对采用不同分离方法获得的40个冬虫夏草(Ophiocordyceps sinensis)无性型菌株进行交配型基因MAT1-2-1的PCR特异扩增,并随机取其中7个拼接好的MAT1-2-1的碱基序列,与4个来自GenBank数据在内的共11个样品构建了系统发育树。结果表明,采自青海的7个供试菌株,连同GenBank中来自青海的菌株(FJ654176)共同组成了一大类群,而GenBank中其他地区的菌株则聚成另外的类群;随机分离得到的10个单子囊孢子菌株全部含有MAT1-2-1基因,MAT1-1:MAT1-2未见按4:4进行分离,提示冬虫夏草极有可能是同宗配型。     

不同分离方法获得的冬虫夏草无性型菌株的交配型 基因MAT1-2-1的初步分析

对采用不同分离方法获得的40个冬虫夏草（Ophiocordyceps sinensis）无性型菌株进行交配型基因MAT1-2-1的PCR特异扩增,并随机取其中7个拼接好的MAT1-2-1的碱基序列,与4个来自GenBank 数据在内的共11个样品构建了系统发育树。结果表明,采自青海的7个供试菌株,连同GenBank中来自青海的菌株（FJ654176）共同组成了一大类群,而GenBank中其他地区的菌株则聚成另外的类群;随机分离得到的10个单子囊孢子菌株全部含有MAT1-2-1基因, MAT1-1: MAT1-2未见按4:4进行分离,提示冬虫夏草极有可能是同宗配型。     

不同来源辣椒疫霉菌的系统发育分析

运用PCR直接测序法,对9个辣椒疫霉菌株和1个外类群大豆疫霉菌株的nrDNA的ITS区(包括ITS1、5.8SrDNA和ITS2)进行序列测定。结果表明,不同来源的辣椒疫霉菌的ITS序列总长度为750~753bp。采用PAUP软件进行系统发育分析表明:来自辣椒寄主和土壤的辣椒疫霉菌各自聚为一组,与其地理来源没有明显的相关性。     

利用Brn1基因分析嘴突脐孢种（Exserohilum rostratum）内变异研究

对形态变异特征较大的嘴突脐孢种Brn1基因核苷酸序列系统发育进行了分析。从系统发育树中可以看出,供试菌株与突脐孢属的其它菌种聚类在同一个分支上,与弯孢属和离蠕孢属的菌种明显区分开,形成了一个独立演化群。利用DNADIST程序计算遗传距离矩阵分析所有供试嘴突脐孢种菌株间的最小遗传距离值和最大遗传距离值分别为0.0078和0.0197,供试嘴突脐孢种菌株间的遗传距离值变化较大,但该种菌株间距离值小于系统树中种内最大遗传距离值0.0242。这一结果表明嘴突脐孢种内不同菌株间的变异属于种内变异。Brn1基因核苷酸序列分析可以用于嘴突脐孢种鉴定。     

贮藏苹果中展青霉素产生菌的分离及其ITS序列分析鉴定

【目的】分离贮藏苹果中的展青霉素产生菌,并对其ITS序列进行分析鉴定。【方法】从贮藏库中苹果上分离展青霉素产生菌,采用真菌ITS区特异性引物对其ITS区进行PCR扩增测序,将分离菌ITS区序列与GenBank中的核酸数据库进行比对分析,确定展青霉素产生菌的生物学分类,并对其亲缘关系进行系统发育分析。【结果】共分离得到10株展青霉素产生菌,其中1号和8号菌株属曲霉属,其他8株属青霉属。在系统发育关系上,1号和8号菌为一个类群,其他8株菌属于一个类群。【结论】贮藏苹果中分离得到的10株展青霉素产生菌为青霉属或曲霉属菌株,它们之间存在着不同程度的亲缘关系。     

辽宁地区葡萄霜霉病菌ITS序列测定与遗传多样性分析

为明确辽宁地区葡萄霜霉病菌的遗传变异规律,对采自辽宁省不同地区的21株葡萄霜霉病菌提取DNA,采用特异性引物进行rDNA-ITS序列扩增与测定,并利用Clustalx1.83及MEGA4.0软件进行聚类分析,分析其遗传多样性。试验结果表明:21株葡萄霜霉病菌的ITS序列长度为1306~1781bp,GC含量为34.16%~36.09%;菌株遗传距离为0~0.069;以遗传距离0.01划分为2个类群,以遗传距离0.005划分为3个亚群。采自沈阳的SYK菌株和采自朝阳的CYE菌株遗传距离为0;采自大连的2个菌株分别属于类群Ⅰ的2个亚群,遗传距离为0.016。采自沈阳的6株菌株分别属于2个类群,聚类较分散;采自朝阳的6个菌株分别属于2个类群,聚类较分散;采自辽阳的2个菌株分别属于2个类群,亲缘关系较远。所测得的21个菌株ITS序列存在一定差异,辽宁省不同地区的葡萄霜霉病菌遗传差异与地域性未见明显的相关性,区域性特征不明显。     

10株白僵菌菌株ITS序列测定和系统发育分析

通过对10株白僵菌菌株进行培养和提取基因组DNA,并利用真菌ITS序列通用引物ITS4和ITS5进行PCR扩增,均得到了1条长约500 bp DNA产物。分别对该产物进行序列测定和分析表明,这10株白僵菌菌株的ITS序列长为490~494 bp;利用ITS序列构建系统发育树表明,菌株YD-1、YD-2、JN-1、QC-1、SY-1、YC-1、YC-2、GA-1和FJ-2均为球孢白僵菌（Beauveria bassania）,而菌株FJ-1很可能为白僵菌属的一个新成员。     

基于ITS和ISSR的羊肚菌种质资源遗传多样性分析

【目的】目前羊肚菌栽培菌种品性退化,羊肚菌种质资源的筛选评价对于选育优质新品质具有重要意义。【方法】本研究采用核糖体DNA转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)序列分析技术,对收集到的18个羊肚菌菌株进行菌株鉴定和系统发育分析,同时应用ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记手段,进行遗传多样性以及亲缘关系分析。【结果】10个菌株为梯棱羊肚菌(Morchella importuna),2个为六妹羊肚菌(Morchella sextelata),4个为高羊肚菌(Morchella elata),2个野生羊肚菌为粗柄羊肚菌(Morchella crassipes)。ISSR聚类分析显示出供试菌株的总体相似性为0.52,相似系数为0.54时聚为两大类群。【结论】18株菌株间具有明显的遗传多样性。     

陕西及宁夏盐渍土中拮抗放线菌资源研究

以分离自盐渍土中的放线菌作为供试菌株,以养殖业中常见的9种动物病原菌作为靶标菌进行拮抗放线菌研究,并对4株优良拮抗菌株进行初步鉴定。结果表明,供试的1 172株放线菌主要以链霉菌属为主,占到88.82%,有拮抗活性的菌株551株,占到47.01%;供试放线菌对不同靶标菌的抑菌作用差异较大,对金黄色球菌和无乳链球菌拮抗效果较好;菌株01F10为白孢类群,与Streptomyces qinglanensis亲缘关系最近,序列相似度为99.11%;菌株02H13和14H03为粉红孢类群,与Streptomyces gobitricini序列相似度达到100%;菌株07F10为灰褐类群,与Streptomyces sparsus亲缘关系最近,序列相似度为99.69%。     

真姬菇栽培菌株的ITS和SSR分析

采用ITS和SSR分子标记技术,对27个真姬菇菌株进行遗传分析.通过内转录间隔区(ITS)区域测定和比较分析,结果显示:供试菌株ITS序列长度为594 bp,与GenBank上登录的真姬菇菌株ITS序列相似度为99%以上,在种的水平上证明供试菌株为真姬菇.利用简单重复序列(SSR)标记技术和转移扩增技术,根据香菇、糙皮侧耳、灰盖鬼伞基因组序列设计引物,对真姬菇供试菌株基因组DNA进行扩增.从54对引物中筛选出23对能够扩增出稳定带型且菌株之间带型差异明显的SSR引物.利用23对引物对全部供试菌株进行扩增,共扩增133条条带,其中多态性条带为108条,多态性比率达到81.2%.UPGMA聚类分析结果表明:大部分常规栽培菌株和工厂化栽培菌株聚在不同组,说明两者之间的遗传背景存在明显差异.根据获得菌株的特有SSR标记分析表明:利用7对引物可以将工厂化栽培菌株区分开,其中2个工厂化栽培菌株各自具有1条特异条带,其他工厂化栽培菌株均可通过引物组合法区分开.     

两株灰黄霉素产生菌的18S rDNA和ITS序列测定与分析

灰黄霉素产生菌原始菌株4541和突变株D-756在形态与生理生化上具有很大差异。为了解两菌株的遗传背景差异,明确其系统发生关系,该研究分别克隆并测定了突变株D-756与出发菌株4541的ITS和18S rDNA基因序列,进行同源性分析并分别构建系统发育树。由ITS序列构建的进化树显示,突变株D-756及野生株4541与Genebank中的另外3株灰黄青霉、1株荨麻青霉菌株聚为一簇;由18S rDNA序列构建的进化树中突变株D-756、出发菌株4541与Genebank中的3株灰黄青霉菌株也聚为一支。研究结果表明,在分子水平上出发菌株4541及其突变株D-756属于灰黄青霉种。     

利用ITS核酸序列分析鉴定海洋青霉菌

[目的]利用ITS核酸序列对6株根据形态学特征初步鉴定为青霉菌的海洋真菌进行鉴定。[方法]采用分子生物学技术,对6株样品的ITS序列进行克隆,并利用ClustalX1．83软件对结果进行系统发育分析。[结果]通过PCR克隆获得了6株样品的ITS序列,将结果与GenBank中已登陆的其他序列进行系统发育分析,确定了6株菌株均属于青霉菌属。[结论]该6株菌株均属于青霉菌属。     

22个毛木耳菌株ITS序列分析

以22个不同来源的毛木耳菌株为材料,采用MEGA4.0软件对ITS序列进行分析,构建系统发育树.试验结果显示22个菌株的ITS序列长度为620 bp左右,GC含在50.6%～51.1%,被聚为5个分支,其中黄耳10号和781系统发育关系较近,共同聚在第一个分支,而琥珀聚在第二分支.ITS序列分析试验结果从系统发育角度反映出了研究菌株的遗传关系,是进行毛木耳菌株遗传分析及科学鉴定的重要工具.