乌药ISSR扩增条件的优化

为了确保ISSR分析的可靠性和重复性,有必要进行ISSR-PCR反应体系的优化.以浙江省天台山乌药(Lindera aggregata)自然种群随机个体的基因组DNA为研究对象,通过对反应体系中的Mg2 浓度、dNTP浓度、模板DNA用量、Taq DNA聚合酶用量、BSA浓度、引物用量进行筛选和优化,得出了适用于乌药ISSR分析的扩增条件:10μL PCR反应体积,1×Taq酶配套缓冲液(200 mmol·L-1 Tris·HCl,PH 8.8,100 mmol·L-1 KCl,1%Triton X-100,100 mmol·L-1(NH4)42S04,20 mmol.L-1MgCl2),0.5U Taq DNA聚合酶,10 ng模板DNA,10 pmol引物,0.4mmol.L-1dNTP.利用优化反应体系从100个ISSR引物中筛选出12个重复性好、稳定性高的引物对20个乌药个体的DNA进行扩增,共得到142个位点,其中,102个为多态位点,多态位点百分率为71.83%,Nei指数为0.284 3,Shannon信息指数为0.415 3,乌药的遗传多样性处于较高水平.     

安康市花魔芋matK基因的克隆及分析

以安康市花魔芋(Amorphophallus konjac)为材料提取基因组,对matK基因序列进行扩增,扩增产物经凝胶电泳分析后送生物技术公司测序,并对测序结果进行分析。结果表明,安康市花魔芋matK基因全长1 551 bp,预测编码516个氨基酸;系统进化树结果显示,花魔芋与Amorphophallus maxwellii、田阳魔芋(Amorphophallus corrugatus)和西盟魔芋(Amorphophallus krausei)的亲缘关系最近。     

鸡IGFIR基因遗传多样性分析

采用PCR-RFLP方法,对红色原鸡、杏花鸡、隐性白洛克鸡和丝羽乌骨鸡的IGFIR基因的18个位点的遗传多样性进行研究.结果表明,18个位点的基因频率在这4个群体中的分布差异很大,绝大部分的SNP最小等位基因频率均大于5％;独立x2分析显示,除了位点G17445596A、T17416994G、A17313488G和C17337042G,其他14个位点的基因型分布在不同鸡品种间存在显著或极显著差异(P＜0.05和P＜0.01);红色原鸡、杏花鸡、隐性白洛克鸡和丝羽乌骨鸡4个群体之间的平均多样性差异均不显著.单倍型分析发现,在所研究的区域,红色原鸡、杏花鸡、隐性白洛克鸡、丝羽乌骨鸡等在鸡IGFIR基因内分别划分为5、4、4、3个单倍型块;每个块内2～3个单倍型就可以代表整个块90％以上的遗传信息.此外,还发现鸡IGFIR基因中9个SNP位点可能与复杂经济性状有关,这为以后在经济性状上对该基因的进一步研究提供了参考依据.     

基于matK基因的几种苔藓植物的亲缘关系分析

以钝鳞紫背苔(Plagiochasma appendiculation)为外类群(outgroup),利用ClustalX 2.0和MEGA 4.1软件对8种苔藓植物的matK基因序列进行比对和分析,构建分子系统树。结果表明:8种苔藓植物的matK序列长度为638bp～650bp,排序后总长度为664bp,其中变异位点357个,信息位点180个。遗传距离为0.058～0.557,平均遗传距离为0.287。利用NJ法建立的系统树显示,8种苔藓植物分为3组,其中2种丛藓科的聚为一组,3种青藓科的聚为一组,3种灰藓科的聚为另一组。序列分析结果与形态学结果一致,表明matK基因序列可用于苔藓植物的亲缘关系分析。     

芋种质叶绿体基因trnH-psbA序列特征及遗传多样性分析

为探讨浙江省不同地源芋种质的分化与遗传多样性,对30份来自不同县市的地方芋种的trnH-psbA序列进行克隆、拼接,并对序列进行多态性分析和不同地源遗传距离计算以及聚类分析。结果表明:30份芋种质trnH-psbA序列的长度为730~739 bp,保守位点有717个,多态性位点13个,均为自裔位点,插入/缺失位点有3个;共有3种类型序列,可分为2种单倍型,单倍型多样性为0.457 06,不同地源遗传距离变化小,为0~0.018 1,平均遗传距离为0.005 2;聚类分析可将所有芋资源分为2个类群,不同的芋资源存在一定的地理隔离,且与芋的类型相关。本研究对不同地源芋质进行trnH-psbA序列分析,进一步明确了地方小种存在丰富的遗传多样性,为芋种质分子标记开发与保护利用提供理论依据。     

15种蔷薇属matK基因的密码子偏好性分析

基于15种蔷薇属叶绿体全基因组图谱,筛选其matK基因并对其密码子偏好性进行分析。结果表明：(1)GC₁、GC₂、GC₃的平均值分别为39.09、31.75、27.98,密码子第1位的GC含量最高,第3位的GC含量最低,具有显著差异性;有效密码子数与第3位密码子的GC含量显著相关;(2)GC₃与GC₁₂的相关性不显著,且密码子的偏好性受自然选择的影响;(3)matK基因的有效密码子数低于预期值,位于标准曲线的下方,说明matK基因密码子的偏好性受到了选择的影响;(4)共计29个密码子的同义密码子相对使用度(RSCU)大于1,其中,有27个密码子均以A/U结尾,仅有2个密码子以G结尾,说明matK基因的密码子偏好以A或者U结尾。RSCU较高的3个密码子为UGA(3.00)、UCU(2.08)、ACU(1.98)。     

14个物种RPSA基因编码区生物信息学分析

采用生物信息学方法比较分析了大熊猫、牛、家犬、马、原鸡、人、猕猴、小家鼠、兔、绵羊、黑猩猩、毛猩猩、褐家鼠和野猪RPSA基因编码区(CDS)的遗传多样性,并对该基因编码的氨基酸序列、蛋白质二级结构和结构功能域进行预测和分析。结果表明,在来自14个物种的84条基因序列中检测到338个多态位点,共发现42种单倍型,物种间及物种内RPSA基因编码区存在较丰富的遗传多样性。RPSA基因编码蛋白质等电点均低于6,呈酸性;蛋白质二级结构的主要结构元件是α-螺旋和无规则卷曲,有一个保守结构域。     

辣椒种质资源遗传多样性分析及核心种质构建研究进展

辣椒种质资源是改良辣椒品种的物质条件,构建核心种质能够以最小数量最大限度保存种质资源遗传多样性,为挖掘辣椒优异基因奠定材料基础,对提高杂交种亲本的选配效率进而缩短育种进程具有重要意义。本文从辣椒种质资源收集、评价和遗传多样性分析等方面展开概述,总结了辣椒核心种质构建的研究进展,并提出辣椒核心种质构建存在的问题及展望,为辣椒种质资源的深入研究与高效利用提供理论依据及技术参考。     

不同物种ATGL基因部分序列的生物信息学分析

[目的]深入了解ATGL基因的遗传多样性以及不同物种ATGL基因间的分子系统进化关系。[方法]应用比较基因组学和生物信息学方法分析了8个物种ATGL基因的遗传多样性和分子系统进化。[结果]32条基因序列共检测到77个多态位点,发现12种单倍型。各物种间核苷酸歧异度和净遗传距离分别在0.005 48~0.197 37和0.004 39~0.197 37。分子系统进化树结果显示,人、猕猴、黑猩猩之间以及挪威鼠和家鼠之间的亲缘关系较近,而狗、牛与家鼠间的亲缘关系较远。人、家鼠和猪的非同义替换位点数明显高于同义替换位点数。各同源ATGL基因的有效密码子数和密码子偏爱指数分别在27.618~38.016和0.643~0.807。[结论]该结果为进一步研究AT-GL基因的生物学功能和确定动物脂肪沉积及肉质性状的候选分子标记提供了基础资料。     

湘产道地药材乌药的形态组织学鉴别

对湖南盛产的道地药材乌药「Ｌｉｎｄｅｒａ ｓｔｒｙｃｈｎｉｆｏｌｉａ（Ｓｉｅｂ，ｅｔ Ｚｒｃｃ。）Ｖｉｌｌ．」进行了形态组织不方面的生药研究。     

微波辅助萃取乌药中的黄酮类化合物研究

应用微波辅助萃取法,通过单因素试验对乌药(Lindera aggregata)中黄酮类化合物提取工艺进行研究.与传统提取法相比,微波法不仅节省时间而且提取效率高,是一种快速、高效、节能的新型提取工艺.用微波法从乌药中提取黄酮的最佳工艺条件为:甲醇提取液、辐射时间5 min、料液比1 : 40.以此工艺对同一居群乌药不同营养器官中的黄酮类化合物用微波萃取法提取并测定,以芦丁为标准品作定量分析,结果表明:同一居群乌药各营养器官均含有黄酮类化合物,其中,乌药叶中黄酮类化合物的含量最高,其次是枝,再次是须根、茎、主根、块根.     

黄牛FSHR基因的生物信息学分析

利用生物基因组学数据库,对黄牛FSHR基因进行生物信息学分析,以预测FSHR基因编码产物的理化性质、结构与功能,同时构建FSHR同源系统进化树.结果表明:FSHR基因编码产物为疏水性跨膜蛋白,具有明显的信号肽,其切割位点位于17～18位的氨基酸之间,二级结构主要以α-螺旋与无规则卷曲为主,并主要在质膜中发挥生物学作用,跨膜区域分为跨膜域、胞外域和胞内域3个部分.序列分析表明,FSHR编码产物可能具有离子通道、运载体、受体、信号转导和阳离子通道等功能,在离子跨膜与信号传递过程中发挥重要作用,并对黄牛的激素调节有影响.FSHR基因编码产物系统进化树表明,黄牛FSHR与水牛、成都麻羊、绵羊等物种FSHR遗传距离较近,具有高度同源性.     

6份狼尾草属菌草的ITS和叶绿体matK序列分析

对来自福建农林大学、闽清、闽侯和南平等地的6份狼尾草属菌草的ITS片段和叶绿体matK基因序列进行测定,并用Clustal X 2.0和MEGA 4.1软件对其进行比对分析,构建系统发育树.结果表明,6份菌草的ITS序列长度均为585 bp,其中变异位点0-3个,信息位点2个,遗传距离为0-0.089,平均遗传距离为0.022;mat K序列长度为880-881 bp,其中变异位点(信息位点)1个,遗传距离为0-0.016,平均遗传距离为0.010.ITS系统树结果显示6份共菌草聚成四类,其中杂交狼尾草和象草(MQ)聚类在第I类的同一分支,巨菌草和象草聚在第Ⅱ类的不同分支,表明其亲缘关系比较近;mat K序列系统树结果除了象草(MQ)外其余5份菌草均聚在了同一分支上,表明叶绿体mat K序列无法将供试的6份菌草区分开.     

天台乌药的组织培养与快速繁殖

以药用植物天台乌药当年生嫩茎为外植体,新芽萌动后取材,研究不同培养基对其组织培养和植株再生的影响。结果表明,最适的不定芽增殖培养基为MS+6-BA 2.0～3.5 mg.L-1+NAA 0.2 mg.L-1+Na2S2O31.25%(蔗糖3%),最佳的生根培养基为1/4 MS+IBA 1.0 mg.L-1(不加肌醇,蔗糖2%)。     

西瓜PME基因生物信息学分析及克隆

研究从拟南芥(Arabidopsis thaliana)4个果胶甲酯酶基因和2个来自东北农业大学西甜瓜分子育种课题组西瓜转录组数据分析的果胶甲酯酶基因入手,通过BLAST比对方法在葫芦科数据库中鉴定甜瓜(Cucumis melo L.)、西瓜(Citrullus lanatus)果胶甲酯酶同源基因,预测分析其生物信息学...     

牛PEG11基因生物信息学分析

采用生物信息学方法对牛PEG11基因进行分析,为进一步揭示该基因生物学功能和其分子调控机理奠定基础。选取6种哺乳动物PEG11基因的CDS序列作为研究对象,进化分析表明:包括牛、羊、小鼠、熊猫、猪和人在内的6种哺乳动物间的遗传距离小于0.109,且牛与猪遗传距离最小,为0.036,与基因进化树分析结果一致。CpG岛在线软件预测显示,在牛中该基因上游5kb内没有CpG岛。启动子在线软件预测和转录因子分析相结合显示,启动子可能位于该基因5′端上游2 181～2 131bp处,此区域包括大量潜在转录因子结合位点,并在2 173bp处存在一个TATA框。蛋白质在线软件分析表明,PEG11基因编码一种螺旋形跨膜蛋白质,有α-螺旋、β-转角和自由卷曲3种二级结构。     

鸡DLK1基因的生物信息学分析

DLK1基因是哺乳动物的一个印记基因,DLK1蛋白促进哺乳动物肌肉的生长发育,但抑制脂肪的生长发育。禽类不存在基因组印记现象,目前禽类DLK1基因的功能和调控机制还不清楚。本研究针对鸡等13种动物的DLK1蛋白进行了多序列比较分析、分子进化分析及糖基化分析,同时还比较了人、鼠及鸡的DLK1基因结构、基因同线性、启动子结...     

乌药的离体培养和植株再生研究

[目的]为乌药的规模化人工育苗提供理论依据。[方法]以乌药植物当年生健壮枝条为外植体,研究不同激素种类及浓度对其不定芽的诱导及生根的影响,筛选出最佳培养基。[结果]适宜于乌药组织培养的最佳外植体取材时间为6~7月,以当年生带芽茎段的嫩枝为最适宜;2.5 mg/L 6-BA是乌药不定芽增殖时最有效的浓度;诱导乌药外植体不定芽增殖的最佳培养基为MS+6-BA 2.5mg/L+NAA 0.2 mg/L;乌药苗在增殖过程中的继代周期以40~50 d为宜;最佳壮苗培养基为MS+6-BA 1.0 mg/L+NAA 0.2 mg/L;最佳生根培养基为MS+NAA 0.5 mg/L,生根率98%~100%。[结论]采用合适的外植体以及激素种类与浓度为最佳配比的培养基可使传统的中药材乌药植物成功地诱导不定芽的分化、生根与再生。     

大豆TST基因的生物信息学及表达模式分析

TST为典型膜结合蛋白,具有高度保守序列,广泛存在于植物组织和细胞中。文章根据NCBI网站、Phytozomes数据库和MEGA软件分析大豆基因组中TST同源基因生物信息,发现大豆相关数据库中有8个大豆TST相关基因拷贝,其中5个TST基因与拟南芥和甜菜亲缘关系较近;通过实时荧光定量PCR分析大豆TST基因时空表达模式,确定GmTST2.1基因发挥拷贝作用;克隆GmTST2.1基因并分析其生物信息发现,GmTST2.1蛋白质由734个氨基酸组成,PI为5.1不稳定疏水性蛋白质,二级结构主要由α-螺旋、无规则卷曲和片层结构组成,有典型N端跨膜结构域-中间胞质区-C端跨膜区结构域特征。研究分析GmTST基因生物信息学和表达模式,为进一步验证GmTST基因生物学功能提供借鉴和理论基础。