昭通牛Y-SNPs和Y-STRs遗传多样性和父系起源研究

[目的]从分子水平分析昭通牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]利用PCR产物直接测序和荧光微卫星分型方法对24头昭通牛2个Y-SNPs标记（UTY-19和ZFY-10）和2个Y-STRs标记（INRA189和BM861）进行遗传多态性检测。[结果]发现昭通牛有Y2-90-158和Y3-88-156两种单倍型（Y-SNPs-INRA189-BM861）,频率分别为29.17%和70.83%,表明昭通牛有普通牛和瘤牛两种父系起源。Y染色体单倍型多样度为0.4312±0.0812,说明昭通牛的遗传多样性较高。[结论]昭通牛以瘤牛Y3单倍型组为主,具有南方黄牛特征,与其地理分布和气候及形态特征相一致。     

南丹牛Y-SNPs与Y-STRs遗传多样性研究

[目的]分析南丹牛的Y染色体遗传多样性及父系起源。[方法]用PCR扩增、测序及生物信息学方法进行分析。[结果]通过对25头南丹牛的Y-SNPs和Y-STRs分析,发现南丹牛仅包含瘤牛Y3单倍型组,细分为Y3-88-156和Y3-90-156两种单倍型,单倍型频率分别为92%和8%,南丹牛的Y染色体单倍型多样度为0.1533±0.0915。[结论]南丹牛是瘤牛父系起源,其遗传基础很稳定。     

文山牛Y染色体遗传多样性与父系起源研究

[目的] 探究云南文山牛群体Y染色体遗传结构与血统来源,以期为该黄牛品种的资源保护与利用提供科学依据。[方法] 本研究采用PCR扩增和生物信息学方法,对55头文山牛Y-SNPs（UTY19和ZFY10）和Y-STRs（INRA189和BM861）遗传多样性进行系统研究。[结果] 55头文山牛均属于瘤牛Y3单倍型组,结合Y-SNPs和Y-STRs分型结果,发现文山牛中存在Y3-88-156和Y3-90-156两种Y染色体单倍型,Y染色体单倍型多样度为0.1684±0.0636。[结论] 云南文山牛只有瘤牛父系起源,其遗传血统稳定,纯合度高。     

中国黄牛Y-SNPs遗传多样性与起源研究

为了研究中国黄牛Y染色体SNPs的遗传多样性及父系起源,本研究利用PCR-SSCP与测序方法,选择4个牛Y-SNPs位点DDX3Y-7、UTY-19、ZFY-9和ZFY-10,分析了16个中国地方黄牛品种284头公牛与缅甸黄牛4头公牛Y染色体的遗传多样性.结果表明,在中国16个黄牛品种中,仅发现普通牛Y2和瘤牛Y3单倍型,表明只有Y2和Y3两种父系起源,尚未发现中国黄牛存在普通牛Y1单倍型的分子证据.4头缅甸黄牛均为Y3单倍型.在中国16个黄牛品种中,Y2和Y3单倍型频率分别为57.0％和43.0％,其中Y2单倍型频率在北方黄牛中占优势(98.3％),Y3单倍型频率在南方黄牛中占优势(76.1％),中原黄牛中普通牛Y2的单倍型频率较高,为63.8％0,瘤牛Y3的单倍型频率为36.2％.本研究证明,中国黄牛存在普通牛Y2和瘤牛Y3单倍型两种父系起源,Y2单倍型频率自北向南逐渐减少,Y3单倍型频率自北向南逐渐增加,中原地区为普通牛Y2和瘤牛Y3单倍型的交汇处.     

湘西黄牛Y-SNPs遗传多样性研究

[目的]通过Y-SNP分子标记方法研究湘西黄牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]采用PCR扩增、测序与生物信息学方法,对24头湘西黄牛的2个Y-SNPs(UTY-19和ZFY-10)标记进行多态性分析。[结果]结果表明,湘西黄牛有Y1和Y3两种单倍型组,频率分别为12.5%和87.5%,表明湘西黄牛可能有普通牛和瘤牛2个父系起源。湘西黄牛的Y-SNP遗传多样度为0.2283±0.0978,表明湘西黄牛具有较低的父系遗传多样性,品种纯度较高。[结论]湘西黄牛的父系起源为瘤牛Y3单倍型组,其Y1单倍型组为国外肉牛杂交所致。     

中国黄牛Y-STRs遗传多样性与起源研究

[目的]研究中国黄牛Y染色体STRs的遗传多样性及父系起源。[方法]利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,选择2个牛Y-STRs位点INRA189和BM861,分析16个中国地方黄牛品种284头公牛与4头缅甸黄牛公牛的Y染色体遗传多样性。[结果]在中国16个黄牛品种中,2个Y-STR位点可以区分中国黄牛中的普通牛和瘤牛类型,表明中国黄牛有普通牛和瘤牛两种父系起源。4头缅甸黄牛均为瘤牛类型。在中国16个黄牛品种中,普通牛和瘤牛分布频率分别为57.0%和43.0%,其中普通牛频率在北方黄牛中占优势(98.3%),瘤牛频率在南方黄牛中占优势(76.1%),中原黄牛中普通牛频率较高为63.8%,瘤牛频率为36.2%。[结论]中国黄牛存在普通牛和瘤牛两种父系起源;普通牛频率自北向南逐渐减少,瘤牛频率自北向南逐渐增加,中原地区为普通牛和瘤牛的交汇处。     

皖南牛Y-STRs与Y-SNPs遗传多样性研究

[目的]从分子水平探究皖南牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]利用PCR产物直接测序、荧光微卫星分型方法,选择2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)和2个Y-STRs位点(INRA189和BM861)对35头皖南公牛进行遗传多样性检测。[结果]发现35头皖南公牛包含Y1、Y2和Y3 3种单倍型组,其频率分别为2.86%、8.56%和88.58%。普通牛Y1单倍型组只有1种单倍型(Y1-98-158),普通牛Y2单倍型组有3种单倍型(Y2-102-158、Y2-104-158和Y2-106-158),瘤牛Y3单倍型组只有1种单倍型(Y3-88-156),皖南牛Y染色体单倍型多样度为0.2185±0.0924,表明皖南牛有普通牛与瘤牛2个父系起源,遗传多样性较低。[结论]皖南牛属于南方黄牛类型,以瘤牛的种质特性为主。     

大别山牛Y-SNPs和Y-STRs遗传多样性及父系起源研究

[目的]从分子水平分析大别山牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]利用PCR产物测序及荧光微卫星分型方法。[结果]对49头大别山牛公牛的2个YSNPs标记(UTY-19和ZFY-10)及2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)进行多态性检测,结果表明,2个Y-SNPs标记在大别山牛中均未检测出多态性,2个Y-STRs标记在大别山牛中均表现为单态,即INRA189标记的等位基因大小均为88bp,BM861均为156bp。根据Y-SNPs与Y-STRs标记的结果,发现49头大别山牛全部为Y3-88-156单倍型,频率为1,表明该品种只有Y3瘤牛父系起源,其单倍型多样度为0,显示大别山牛的父系遗传多样性很低。[结论]大别山牛属于南方黄牛类型,其遗传多样性很低,表明其瘤牛种质特性单一、稳定。     

涠洲牛Y-SNPs和Y-STRs遗传多样性及父系起源研究

[目的]为从分子水平上探究涠洲牛的遗传多样性、群体遗传结构及父系起源。[方法]本研究利用PCR测序及生物信息学方法,对28头涠洲公牛的2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)及2个Y-STRs标记(INRA189和BM861)进行多态性检测。[结果]发现28头涠洲牛全部为Y3单倍型组,根据Y-SNPs标记的核苷酸变异及Y-STRs标记的等位基因大小确定单倍型(Y-SNP-INRA189-BM861),结果显示28头涠洲牛有Y3-88-156和Y3-90-156两种单倍型,单倍型频率分别为89.29%和10.71%,说明涠洲牛只有1个瘤牛Y3父系起源。Y染色体单倍型多样度为0.1984±0.0924,表明涠洲牛的父系遗传多样性较低。[结论]涠洲牛属于瘤牛父系起源,遗传基础十分稳定。     

柴达木牛和蒙古牛Y染色体基因组遗传多样性与父系起源研究

旨在从基因组水平探究柴达木牛和蒙古牛的父系遗传多样性和起源进化关系。本研究采用全基因组重测序技术对柴达木牛品种5个不同地理群体共计22个个体和蒙古牛23个个体的Y染色体单拷贝基因区进行SNP扫描,使用生物信息学方法分析其父系遗传多样性和系统发育关系。结果表明,22头柴达木牛共定义了4种单倍型,其单倍型多样度为0.610±0.093,核苷酸多样度为0.074±0.015,而23头蒙古牛共确定了10种单倍型,其单倍型多样度为0.925±0.025,核苷酸多样度为0.137±0.013,表明柴达木牛相比蒙古牛其父系遗传多样性较低。构建的系统发育树和单倍型网络图表明,22头柴达木牛明显地分为Y1(18.2%)和Y2(81.8%)两个单倍型组,其中Y2为优势单倍型组,Y2单倍型组又包括Y2a(18.2%)与Y2b(63.6%)两种亚单倍型组,其中Y2b亚单倍型组占优势,表明柴达木牛有Y1与Y2两个父系起源;蒙古牛也拥有Y1(17.4%)和Y2(82.6%)两个父系起源,但Y2单倍型组以Y2a为主要亚单倍型组(47.8%)。上述结果表明,柴达木牛和蒙古牛具有相似的父系遗传组成,但考虑到柴达木牛的父...     

隆林黄牛Y-SNPs遗传多样性与起源研究

[目的]为从分子水平探究隆林黄牛的遗传多样性及父系起源。[方法]利用PCR测序及生物信息方法,对20头隆林黄牛公牛的2个Y-SNPs标记(UTY-19和ZFY-10)进行多态性检测。[结果]结果显示,20头隆林黄牛中有14头为Y3单倍型组(70%),有6头牛为Y2单倍型组(30%),Y染色体单倍型多样度为0.4421±0.0875,表明隆林牛具有丰富的Y染色体遗传多样性。[结论]隆林黄牛具有瘤牛和普通牛2个父系起源,以瘤牛父系起源为主。     

隆林牛与郏县红牛线粒体DNA全基因组遗传多样性比较研究

摘　要：［目的］本研究旨在从基因组水平探究隆林牛和郏县红牛的线粒体DNA（mtDNA）全基因组遗传多样性与母系起源,并对2个黄牛品种的mtDNA全基因组遗传多样性进行比较分析。［方法］采用全基因组重测序及生物信息学方法。［结果］在15头隆林牛和28头郏县红牛mtDNA全基因组序列中,共检测到36种单倍型,其中郏县红牛有26种单倍型,隆林牛仅有8种单倍型,2个黄牛品种共享2种单倍型。郏县红牛和隆林牛的平均单倍型多样度（Hd）分别为1.000和0.943,平均核苷酸多样度（Pi）分别为0.0080和0.0053,表明其遗传多样性丰富。构建的系统发育树表明,隆林牛和郏县红牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］隆林牛以瘤牛起源为主,郏县红牛为普通牛与瘤牛的混合起源,这2个地方黄牛品种具有独特的母系遗传信息,表现出明显的母系遗传差异。     

南宁市肉牛的Y染色体遗传多样性分析

[目的]为了探究广西南宁市肉牛的父系遗传背景与遗传组成。[方法]利用PCR扩增、限制性酶酶切和生物信息学方法,对南宁屠宰场的73头肉牛Y染色体USP9Y基因的遗传多态性进行分析。[结果]发现73头公牛USP9Y基因的PCR产物具有多态性,2头牛显示471 bp带型,71头牛显示552 bp带型。在71个552 bp带型中,有28个可以被SspI酶切成2条带(338 bp和215 bp),表明这28头牛为Y3单倍型组(38.36%),而其余43个不能被SspI酶切,表明这43头牛为Y2单倍型组(58.90%)。仅有2头牛的PCR产物为471 bp,表明这2头牛为Y1单倍型组(2.74%)。屠宰牛群的单倍型多样度为0.5122±0.0309,表明屠宰牛群的Y染色体遗传多样度较高。[结论]南宁市屠宰牛群的来源比较复杂,有普通牛(Y1与Y2单倍型组)和瘤牛(Y3单倍型组)2个父系起源。     

郏县红牛mtDNA D-loop区遗传多样性与母系起源研究

［目的］探究郏县红牛的mtDNA D-loop遗传多样性与母系起源。［方法］采用生物信息学方法。［结果］在46头郏县红牛mtDNA D-loop区全序列共检测到60个变异位点,定义20种mtDNA D-loop单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.8530,平均核苷酸多样度(Pi)为0.0254,表明郏县红牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树表明郏县红牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］郏县红牛具有丰富的母系遗传多样性,有普通牛和瘤牛两个母系起源。