基于ISSR的日本落叶松2代优树遗传多样性研究

为分析80株日本落叶松2代优树间的遗传多样性,本次试验利用ISSR分子标记的方法对采自辽宁省抚顺市清原县大孤家国营林场的80个样本进行了DNA的提取与检测、ISSR反应体系的优化建立及引物筛选、ISSR扩增及电泳检测。结果发现:筛选出的8个ISSR引物共扩增出281条DNA条带,全部为多态性条带,多态性百分率为100%,平均每条引物扩增的多态性条带数为35.1。ISSR扩增结果的遗传相似性在0.8479~0.9142之间,其中编号为C46和C94的遗传相似系数最低,表明二者亲缘关系最远;编号为C96和C97的遗传相似系数最高,表明二者亲缘关系最近。基于日本落叶松ISSR遗传相似性系数进行聚类,当相似系数为0.856时可将80个日本落叶松样本划分为5个类群。     

锥栗农家品种的遗传多样性及亲缘关系分析

采用ISSR技术对37个锥栗农家品种进行遗传多样性及亲缘关系分析。从65条通用引物中筛选出13条扩增效果较好的引物进行扩增,每条引物的扩增谱带从9(引物828) 16条(引物821)不等,平均每个引物产生12个ISSR片段,共扩增出156条谱带,其中多态性条带129条,占82.69%,平均每个引物扩增的DNA多态性条带为9.9条。结果表明:锥栗农家品种具有丰富的遗传多样性水平;供试农家品种的观测等位基因数1.826 9,有效等位基因数1.509 7,Nei's基因多样度(H_e)为0.292 3,Shannon信息指数为 0.434 4;13条引物可区分37份农家品种及其优株。根据遗传一致度构建反映品种间亲缘关系的UPGMA聚类图,37个锥栗品种可划分为2大类群7个亚类。     

肉桂家系遗传背景的ISSR分析

采用ISSR标记技术研究11个肉桂(Cinnamomum cassia)家系之间的亲缘关系,研究结果表明:用12条ISSR引物对11份肉桂供试材料检测出条带154条,其中多态性条带80条,比例为51.95%;11份肉桂家系供试材料的等位基因平均数Na为1.519 5,有效等位基因Ne为1.360 4,基因多样性指数即平均期望杂合度He为0.204 6,Shannon信息指数I为0.299 9。聚类分析显示,11份供试材料间的遗传距离在0.130 7~0.354 8之间,说明其遗传亲缘关系相对较近,在遗传距离为0.249 5处可较明显将11份供试材料分为6个类群;在遗传距离0.292 0处分为2个类群,种间各自聚类显著,可区分清化桂和西江桂。     

邓恩桉遗传多样性的ISSR分析

探讨邓恩桉亲缘关系及遗传多样性,为其种质资源利用和分子育种提供参考。利用ISSR分子标记技术分析邓恩桉6个种源遗传多样性。筛选出8条特异引物共扩增90条清晰条带,其中76条为多态条带,多态性比率为84.44%,平均等位基因观察值为1.8444,平均有效等位基因为1.4928,基因多样性指数为0.2879,Shannon信息指数为0.4306。6个邓恩桉种源遗传相似系数在0.7271~0.8719之间,平均相似系数为0.7926。UPGMA聚类分析发现,在相似系数为0.80时邓恩桉6个种源可划分为2个类群。邓恩桉种源间遗传多样性差异较小,聚类结果与邓恩桉种源地理分布密切相关。     

利用苹果引物对不同山楂品种的SSR分析

从37对苹果SSR引物中筛选出12对有多态性引物,对采自河北省兴隆县的36份山楂品种进行分析,共扩增条带52条,其中多态性条带44条,每对引物可检测到等位位点数为2~6条,多态率在50%~100%之间。利用DPS软件计算各样品间的遗传距离变化范围为0.0000~0.844 0,表明供试样品之间具有丰富的遗传多样性。通过聚类分析发现,在遗传距离为0.59处,36份山楂品种可以分为两大类群,第一类群包括34个山楂系统品种资源和1个伏山楂系统品种,这一类群的山楂系统品种资源有部分样品没有互相区分开,可能与所选样品全为山楂系统资源,其亲缘关系较近有关,也可能与选择引物较少有关;第二类群只有雾灵红1个样品,说明采自兴隆县的雾灵红品种与其他品种之间的亲缘关系相差较远,可能是一个新种。     

部分野生与栽培牡丹种质资源亲缘关系的RAPD研究

利用RAPD技术对芍药属牡丹组的 11个野生牡丹类群和 12个栽培牡丹品种间的亲缘关系进行了研究。筛选出的 17个单引物和 1个组合引物共扩增出 191条谱带 ,其中 15 3条表现多态性 (占 80 1% ) ,揭示了牡丹组植物丰富的遗传多样性。对扩增结果进行UPGMA聚类分析表明 :革质花盘亚组的野生类群与栽培品种聚为一类 ,革质花盘亚组各野生种与栽培品种间的亲缘关系都比较近。 5个野生种与受试牡丹品种间的平均遗传距离值为 0 4 8～ 0 5 7,与栽培牡丹间亲缘关系从近到远依次为 :杨山牡丹、四川牡丹、卵叶牡丹、紫斑牡丹和矮牡丹。另外 ,本次RAPD试验扩增出的 2 5个特异标记可用于牡丹组内种间、品种间的分类与鉴定。     

马尾松二代育种亲本遗传多样性分析

以贵州都匀马寨马尾松种子园33个家系优良单株的针叶为材料,利用ISSR分子标记技术对其进行遗传多样性分析,从100个引物中筛选出12个多态性引物进行扩增,建立了最适的PCR反应体系。结果表明:共获得169条清晰可辨的条带,平均每个引物扩增出14.08个条带,其中多态性带139条,多态位点百分率为82.25%;33份材料的平均观测等位基因数为1.822 5,有效等位基因为1.575 5,Nei’s遗传多样性指数为0.325 4,Shannon信息指数为0.475 8;利用UPGMA法将33份材料分为3类,遗传距离介于0.174 1~0.586 6之间,亲缘关系树状图从分子水平显示了33个家系个体间的亲缘关系,为马尾松亲本选配提供了理论指导。     

山东省6个豆梨野生群体的遗传多样性分析

[目的]探究山东省野生豆梨种质资源的遗传多样性及亲缘关系,为其种质资源收集、保存以及育种材料的选择提供理论依据.[方法]采用AFLP分子标记技术对山东省分布的6个群体61个野生豆梨单株的遗传多样性进行了分析.[结果]8对引物组合共扩增出清晰条带1344条,平均每对引物组合扩增出168条带,其中多态性条带有1340条,多...     

金银花ISSR分子标记及遗传多样性分析

以湖南、山东、河南的22个金银花主要栽培品种为材料,利用ISSR分子标记对22个金银花品种进行了遗传多样性分析.结果表明:从100条ISSR引物中筛选出10条能够扩增出清晰、稳定条带的引物;这10条引物对22个金银花品种基因组DNA扩增,共扩增出108条带,其中多态性条带96条,多态性条带比率为88.89%;22个金银花品种间的遗传相似性系数范围在0.41~1.00,平均遗传相似性系数为0.68.利用U PGM A进行系统聚类分析,22个供试金银花品种划分为2大类,第1类为忍冬种群,第2类为灰毡毛忍冬种群,每一大类又分为北方种群与南方种群.而且主成分分析结果支持以上的聚类分析结果.可见,利用ISSR标记可有效地分析金银花种质资源的遗传多样性,为金银花品种鉴别、分类、种质资源的有效利用提供理论依据.     

楸树优良种质资源的AFLP遗传多样性分析

为研究44份楸树种质资源的遗传多样性及亲缘关系,利用AFLP分子标记技术,对采自鲁豫地区的44份楸树优良种质进行了分析。结果表明:筛选出的8对PstI/MseI引物组合从44份楸树种质中共扩增出1087条清晰条带,其中多态性条带(NPB)1043条,多态性比率(PPB)达到95.60%。平均每对引物可扩增出135.88条带和130.38条多态性带。每个位点的平均有效等位基因数(Ne)、Nei’s平均基因多样性(H)、Shannon平均信息指数(Ⅰ)分别为1.3210、0.2003和0.3204,且8对引物组合共产生261条特异性条带,表明楸树资源间具有丰富的遗传多样性。通过计算种质间遗传相似系数和进行UPGMA聚类分析得出,各种质材料间的遗传相似性系数在0.5022~0.7919间,平均为0.6527。以遗传相似性系数0.65为界44份楸树种质可划分为5组,其中第1组包括15个山东种质和2个河南种质;第2组包括18个山东种质和3个河南种质;第3组包括3河南种质;第4组包括1个河南种质;第5组包括2个河南种质。这表明不同地理生态条件造就了各种质材料间丰富的遗传多样性,其遗传多样性以及亲缘关系与其地理分布并不完全一致。综上,AFLP标记技术能较好的揭示楸树种质资源的遗传多样性和亲缘关系,可为楸树优良种质资源的收集、鉴别及利用提供参考依据。     

基于SRAP分子标记的小果油茶遗传多样性分析

利用SRAP分子标记,从126对引物组合中筛选出11对引物,对小果油茶全分布区的19个居群514个样品进行遗传多样性分析.结果表明:11对引物组合总共扩增出226条谱带,平均每对引物组合扩增20.55条谱带,其中多态性条带为226,占条带总数的100％.19个居群的遗传距离为0.021 6～0.164 5,显示了较近的亲缘关系.UPGMA聚类结果表明,除了福建6个居群和江西3个以外,其余地理位置相近的居群未能聚在一起.多态性比率(PPB)、Nei's基因多样度(H)及Shannon信息指数(I)变化幅度分别为84.96％ ～ 95.58％,0.321 3～0.388 7及0.473 2 ～0.567 6;从物种层次来看,PPB,H,I分别为100％,0.422 3及0.612 6,揭示小果油茶具有丰富的遗传多样性.AMOVA分子变异分析显示,在小果油茶总的遗传变异中,居群内占86.58％,而居群间仅占13.42％.     

组培苗百合种质资源ISSR分析

本研究应用ISSR分子标记对日本百合、荷兰百合以及湖北野生百合共34份组培苗材料进行了遗传多样性分析。从40条引物中筛选出4条重复性好,条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出多态性条带76条。供试百合材料的观察等位基因数(Na)为2,有效等位基因数(Ne)为1.2623,Nei's(1973)基因多样性指数(H)为0.196 3,Shannon信息指数(I)为0.338 8。湖北野生百合遗传多样性较高,日本百合和荷兰百合相对较低。根据标记分析结果,基于供试样品间遗传距离,采用UPGMA分析方法构建了聚类图,对不同来源百合样品的亲缘关系进行了初步分析。     

湖北三潭风景区野生省沽油遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对湖北三潭风景区野生省沽油群体32个样本进行遗传多样性分析,从18条ISSR引物中筛选出10条引物用于PCR扩增,共扩增出147条DNA条带,其中多态性条带134条,占91.16%,平均每个引物扩增条带的数目为14.7条。利用POPGENE1.32和NTSYS-pc软件分析得出该野生省沽油样本的平均有效等位基因数为1.4319,平均Nei′s基因多样性指数为0.2653,平均Shannon信息指数为0.4118;样本间的遗传相似系数在0.47～0.87之间;UPGMA聚类结果,在遗传相似性系数0.6558处可把供试的32个样本分为3大类,表明该野生省沽油群体的遗传多样性比较丰富。     

14个油茶良种遗传多样性的SRAP分析

对14个油茶良种进行SRAP标记(序列相关扩增多态性)的遗传多样性分析。采用改良CTAB法提取的油茶叶片基因组DNA为模板,利用优化的SRAP-PCR反应体系,从16个正向引物和20个反向引物中筛选出条带特异、多态性好、稳定性高的8对引物组合。利用这些引物组合对14个油茶良种扩增出65条清晰可重复的条带,其中22条是多态性条带,多态性条带百分率为33.85%。通过生物学软件对所得数据进行遗传学分析,计算出遗传相似系数,绘制出分子聚类图,为油茶良种的后续分子鉴定及分子育种提供了科学基础。     

人心果品种资源亲缘关系的AFLP分析

利用荧光AFLP分子标记技术对27个人心果品种(类型)及4个蔓妹人心果品种资源的亲缘关系进行研究.9对引物(Pst Ⅰ-Mse Ⅰ)共扩增得到1131条带(75～500 bp),其中多态性带1096条(96.90%).28个品种(类型)具特征性条带,特征带大小为350～500 bp.品种间多态性比例在22.19%～45.89%之间,遗传相似性系数为0.40～0.87.UPGMA聚类结果将31个品种聚为蔓妹人心果类群(MAM)和2个人心果类群(SAP1和SAP2).在遗传相似性系数0.52处,4个蔓妹人心果品种首先被区分开,单独聚为一类(MAM).人心果类群中,11个美国品种和10个国内地方类型在相似性系数0.66处聚为一大组(C、D组),相互之间表现出较近的亲缘关系.大部分栽培品种聚于D-2亚组,与地方类型有一定的遗传距离,说明栽培种的亲缘关系较为相近.人心果表型标记与分子标记结果间存在一定差异,二者的相关性不高.     

适于草果遗传多样性分析的RAPD引物筛选

以云南省文山州西畴县和德宏州陇川县的12株草果优良无性系为材料,利用RAPD标记技术,选用192个RAPD随机引物,对草果进行PCR扩增,并用UPGMA法对RAPD引物扩增条带进行聚类分析,计算其遗传相似系数,以期筛选出适用于草果遗传多样性分析的RAPD有效引物。实验共筛选出21个条带清晰、多态性丰富并具有可重复性特点的有效引物。21个引物在实验选用的12份样品中共扩增出177条DNA带,其中多态性带数为119条,占扩增总带数的67.2%,每个引物平均扩增出8.4条带。结果表明,12份草果样品聚为A组和B组,其中A组又分为两个亚组,聚类结果与所选用材料的地理来源基本一致,这也说明该研究所筛选得到的21个RAPD引物适用于草果的遗传多样性分析。该研究为应用RAPD标记技术对草果进行遗传多样性分析等研究奠定了基础。     

枇杷属植物遗传多样性的ISSR分析

采用ISSR技术对41份枇杷属植物材料进行分类和遗传多样性研究。从100条引物中筛选出20条引物共产生436条带,其中多态性带392条,占89.9%。平均有效等位基因数为1.3,平均Nei’s基因多样性指数为0.2085,平均Shannon信息指数为0.3323,表明枇杷属植物中具有较丰富的遗传多样性。发现特异性条带33个,但并未发现春季开花或秋冬开花的特异标记,所用ISSR标记分析枇杷属植物的亲缘关系所得聚类结果表明,开花时期不能作为枇杷属植物的分类依据。相似系数0.722可将41份枇杷属植物分为野生类群和栽培类群,而栽培品种却不能按单一性状进行聚类。对枇杷属植物的分类方法进行讨论。     

利用RAPD分析药用石斛的遗传多样性及亲缘关系

通过对9种药用石斛进行遗传多样性和亲缘关系的分析,为更好地开发利用石斛资源奠定基础。采用RAPD技术,应用NTSYS软件对9种石斛的RAPD-PCR结果进行分析。利用从103条随机引物中筛选出的70条随机引物对供试材料DNA进行随机扩增,共得到520条带,其中多态性带有491条,多态性百分率为94.42%。采用UPGMA类平均法对扩增出的谱带进行遗传聚类分析,得出反映各种间亲缘关系的树状图。在遗传距离（D）=0.44处,可将供试材料分为2类,RAPD对基因组的分析结果与传统分类学的结果差异不大。试验结果表明,RAPD技术可有效地应用于药用石斛的遗传多样性及亲缘关系的研究。     

28种杜鹃亲缘关系ISSR分析

为探究杜鹃不同种之间的亲缘关系,从而为杜鹃属植物准确分类提供参考及杂交选育新品种奠定基础。利用ISSR分子标记技术对28个杜鹃品种进行遗传多样性分析。从50条ISSR引物中筛选出12条多样性较为丰富的引物对供试材料进行DNA扩增,共获得132条清晰条带,其中有127个位点具有多样性,多样性比例为96.21%,平均每条引物可以扩增11个片段和10.58个多态性片段。利用NTSYS 2.1软件进行遗传相似系数计算,其值介于0.285 7~0.925 8之间。基于其遗传距离数据进行UPGMA聚类分析,将28个品种分为3个类群,分类与品种形态学如花型、花期等性状相关联且可以反映出品种间的演变。ISSR扩增图谱差异显著,可用于杜鹃属植物的鉴定与区分。     

不同引种黑莓品种的遗传多样性分析

【目的】开发适于黑莓Rubus spp.的EST-SSR引物,用于品种和种质的遗传多样性评价分析。【方法】基于前期获得的黑莓转录组数据,分析得到黑莓EST-SSR分子标记,筛查符合要求的SSR序列,设计合成127对较理想的EST-SSR引物进行扩增和多态性引物筛选,利用多态性好的引物用于18个引种黑莓栽培品种的遗传多样性分析。【结果】在127对引物中有125对可扩增出条带,有特异条带且大小符合预期的引物共有50对,50对引物中有45对具多态性的引物,占引物总数的36%,多数引物扩增的位点数为2~5。使用45对引物检测18个黑莓供试品种基因组DNA的多态性,共检测到191个等位基因变异,平均每个位点有4.24个等位基因,位点多态性信息含量为0.427~0.893,平均值为0.692。多态性最好的引物为Rh121,检测到8个等位基因,其次是Rh114和Rh118,均检测到7个等位基因。18份材料的遗传相似系数为0.49~0.88,表明品种间具有较丰富的遗传差异。利用UPGMA聚类,将18份种质分为3个类群,其中四倍体和多倍体黑莓品种明显归为不同类型,四倍体黑莓分为2类,相似育种产地的品种多聚在一起,推测与其品种遗传种质成分具一定相似性有关。【结论】EST-SSR标记可应用于黑莓品种种质遗传多样性分析,目前引种黑莓种质的遗传基础相对较窄。