家蚕单性生殖早期胚胎SSH文库的构建及其序列分析

为了探讨家蚕早期胚胎性别决定的分子机制,以非减数分裂孤雌生殖(AMP)和双精雄核发育(BSA)技术获得的家蚕单一性别早期(2~24 h)发育蚕卵为材料,利用抑制消减杂交(SSH)技术构建了正向和反向抑制消减杂交cDNA文库。在正向与反向抑制消减杂交文库中分别随机选择62个和46个克隆测序,分别获得43种和29种cDNA序列,其中25个为新的cDNA序列。生物信息学分析显示,抑制消减杂交文库中与单性生殖有关的高温、低温、辐射等诱导表达基因出现的频次较高。对部分文库序列进行半定量RT-PCR分析表明,这些基因在两种单性生殖早期发育胚胎中存在差异表达。     

抑制消减杂交联合基因芯片技术及其在动物基因差异表达研究中的应用

抑制消减杂交技术(SSH)与基因芯片技术是研究差异表达基因的两种不同的方法,这两种技术如果单独使用都会存在不同程度的不足。近年来,研究人员发现,将SSH和基因芯片技术结合使用,可充分发挥各自的优势,弥补各自的不足,实现差异表达基因的大规模高效筛选,因此,抑制消减杂交联合基因芯片技术成为目前分析差异表达基因新的有效手段。介绍了SSH技术、基因芯片技术以及两者结合的原理与优缺点,同时概述了抑制消减杂交联合基因芯片技术在动物差异表达基因研究中的应用。     

猪蛔虫感染期幼虫抑制消减cDNA文库的构建

为筛选与线虫感染性相关的基因,本研究以猪蛔虫为对象,构建猪蛔虫感染期幼虫差异表达消减cDNA文库,为研究线虫期特异性发育的分子机制奠定基础。分别提取感染期幼虫和其它各期幼虫及成虫的总RNA,纯化mRNA后,采用Clontech公司PCR-selectTM试剂盒进行反转录合成cDNA并进行抑制消减杂交(SSH),构建猪蛔虫感染期幼虫差异表达的消减cDNA文库,并采用Southern斑点杂交进行消减效率的检测。随机从文库中抽取45个克隆进行测序及在线BLAST分析。试验结果表明,感染期幼虫差异表达的消减cDNA文库具有较强的特异性;在得到的41个表达序列标签(ESTs)中,有40个ESTs与已报道的基因有较高的相似性,主要代表猪蛔虫第三期幼虫基因和成虫头部基因,有1个cDNA片段可能代表新基因。猪蛔虫感染期幼虫差异表达消减cDNA文库的成功构建,为进一步研究幼虫发育差异表达基因的功能奠定了基础。     

牦牛外周血单个核细胞抑制消减cDNA文库的构建及部分差异表达分子的克隆分析

为筛选牦牛外周血单核细胞(PBMC)差异性基因,以刀豆素A(ConA)和脂多糖(LPS)联合刺激的PBMC cDNA为实验组,未经诱导刺激的PBMC cDNA为驱动组,利用抑制性消减杂交技术(SSH)构建了丝裂原诱导刺激PBMC的消减文库并对其部分阳性克隆进行了EST序列分析.从消减文库中随机挑取16个阳性克隆,进行PCR鉴定,显示克隆的重组率大于93%,插入片段大小大部分集中在200 bp～1 000 bp之间.随机挑取100个克隆进行测序及同源性分析,初步获得27条差异表达基因片段,其中24个为已知基因,3个为新ESTs序列;随机选择非重复的6个差异表达的序列设计引物,以半定量PCR方法验证其消减效率.结果显示,均从构建的消减文库中扩增到目的片段,其中5个为诱导性差异表达分子,1个为诱导特异性表达分子,说明该文库有较高的质量.本研究应用抑制消减杂交技术构建了牦牛PBMC的差异表达cDNA文库,并高通量克隆鉴定了相关功能基因片段,表明该技术手段有助于快速发现牦牛新功能基因.     

抑制性消减杂交技术在细菌活的非可培养状态研究中的应用

在基因分离与克隆中,构建各种cDNA文库是近些年在发现新基因及研究基因功能常用的基础工具之一。其中,抑制性消减杂交技术是一种高效分离差异表达基因的方法,在分离筛选细菌活的非可培养状态与正常菌株差异基因中,应用这种研究方法是研究细菌VBNC状态株毒力、致病性和耐药性及菌株遗传分化关系的重要途径。本文旨在介绍SSH构建消减cDNA文库在原核生物中的应用及对其在细菌VBNC状态新基因筛选中的应用前景进行综合论述,并对其进一步研究提出了展望。     

抑制性消减杂交技术在对虾基因克隆中的应用

抑制性消减杂交技术是一项筛选、分离未知差异表达基因的试验方法,该技术具有快速、简便、灵敏、特异、高效,所需起始样本量较少等优点。利用该技术构建对虾组织消减cDNA文库,鉴定差异表达相关基因及其表达特性。通过对对虾差异性表达的免疫相关基因、抗病基因及其他性状基因的了解,旨在为进一步研究对虾抗病机理奠定基础,为利用抗病基因进行抗病育种提供一个有效途径,为提高对虾的经济效益提供前景。     

抑制性消减杂交技术及其在动物基因研究中的应用

抑制性消减杂交(SSH)是结合抑制性PCR和消减杂交技术发展起来的一种高效分离差异表达基因的方法,具有特异性高、假阳性率低、操作简便、灵敏度高等特点.在两种状态下基因的表达变化、差异基因的克隆和鉴定对基因表达调控有着重要意义.SSH在动物抗病、抗应激及药物的靶基因等方面的研究中取得了重要的进展.     

高繁殖力黄淮山羊大卵泡颗粒细胞上调表达基因的研究

旨在对山羊卵巢有腔卵泡发育中基因表达特点进行研究。本研究应用抑制消减杂交技术(SSH)对黄淮山羊卵泡期卵巢非闭锁大卵泡(6 mm)和小卵泡(4 mm)颗粒细胞内差异表达基因进行了研究,建立了消减cDNA文库,通过斑点杂交分析,从正向文库中随机挑取96个克隆进行差异表达的筛选,结果发现,其中有8个与已知功能基因高度相似,12个全新的表达序列标签(EST)。结果显示,这些基因可能影响着山羊卵泡的发育成熟和排卵。     

高温胁迫下紫花苜蓿抑制消减文库的构建

为分离和获得紫花苜蓿高温胁迫诱导相关基因片段的EST序列.以秋眠6级的紫花苜蓿品种(ABI 700)为材料,以45℃高温胁迫下的紫花苜蓿幼嫩茎叶cDNA为试验方(tester),以正常生长(22℃)的紫花苜蓿幼嫩茎叶cDNA为驱动方(driver),利用抑制性消减杂交技术(suppression subtractive...     

SSH与cDNA芯片技术的联合及其在植物基因差异表达研究中的应用

抑制消减杂交技术(SSH)与cDNA芯片技术是新近发展起来的研究差异表达基因的两种非常有效的方法。近年来,将SSH和cDNA芯片技术结合使用,为分析组织细胞的已知基因表达差异提供了新的手段,也为克隆和鉴定新基因开辟了新的道路,是目前寻找差异表达基因的适用方法。鉴于此,对SSH和cDNA芯片技术的基本原理、两种方法结合使用的操作流程、克隆差异表达新基因的特点,以及在植物基因差异表达方面的应用进行了概述。     

利用抑制消减杂交技术筛选鹅就巢行为相关基因

旨在利用抑制消减杂交技术构建鹅就巢与产蛋cDNA基因文库,筛选就巢母鹅上调与下调表达的基因.以就巢期和产蛋期鹅卵巢组织互为检测子和驱动子,进行正反双向消减杂交,获得鹅卵巢差异表达基因文库.从双向文库随机挑选单菌落进行PCR验证,结果表明文库质量良好.选取654个阳性克隆进行测序分析,获得641条表达序列标签(ESTs).对ESTs进行去除载体序列、质量检测、聚类及拼接,经BLASTn比对,有166条ESTs找到与之匹配的同源序列,其中92个是功能基因.比较就巢与产蛋SSH文库,发现就巢SSH库中参与细胞凋亡、信号转导及细胞结构的基因出现频率较高;产蛋特异性基因文库中参与物质能量代谢、细胞防御的基因较多;尚有许多差异片段属于未知功能蛋白或理论推定蛋白.结果提示,催乳素受体、抗苗勒管激素以及雌激素受体基因在就巢期上调表达可能与鹅就巢行为的启动与维持有关.该结果为进一步研究鹅就巢行为分子调控机制奠定基础.     

牛多杀性巴氏杆菌诱导家蝇幼虫抑制性消减文库的构建

采用牛多杀性巴氏杆菌针刺法诱导3日龄家蝇幼虫,提取诱导后的家蝇幼虫总RNA并分离纯化得到高质量的mRNA.运用抑制性消减杂交(Suppression subtractive hybridization,SSH)技术构建家蝇幼虫差异表达的cD-NA消减文库,并利用反向Northern杂交技术筛选差异表达基因.结果表明,随机挑取的阳性克隆片段大小均在200～750 bp,通过反向Northern杂交共筛选出183个差异表达基因,经BLAST比对分析后鉴定出大量与家蝇免疫防御功能相关的基因和一部分无同源性基因.     

猪胸膜肺炎放线杆菌血清7型抑制消减杂交文库的构建和分析

为了研究猪传染性胸膜肺炎放线杆菌（APP）不同血清型之间的差异表达基因,采用抑制消减杂交（SSH）法,以APP血清7型DNA作为测试方（Tester）、APP血清1型DNA作为驱动方（Driver）,进行2轮杂交和2轮选择PCR扩增,将PCR扩增产物连接pMD18-T载体,筛选阳性克隆后进行测序和序列比对.结果显示,15个阳性克隆中的13个为已知序列,其同源性为88%～100%,2个为未知序列,其结构和功能还需进一步研究.首次构建了APP7的抑制消减杂交文库,为APP感染和致病机制的研究奠定了基础.     

大梅与大白猪背最长肌正反消减文库的构建

杂种与亲本间的基因差异表达与杂种优势有关.为从基因差异表达的角度来研究杂种优势的机理,构建了大梅与大白猪背最长肌正反消减文库,以G3PDH为指标检测的2个文库的消减效率均达到了25倍;并从相应文库中分别挑选了550,535个有效阳性克隆,PCR检测插入片段主要分布在200～1 000 bp之间.亲本与子代肌肉组织间消减cDNA文库的构建为进一步分离、鉴定与杂种优势相关的基因,研究杂种优势的分子机理奠定了基础.     

猪肺炎支原体诱导家蝇幼虫抑制性消减文库的构建

采用抑制性消减杂交技术(suppression subtractive hybridization,SSH)构建猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumonia,Mhp)诱导家蝇幼虫后产生差异表达基因的消减cDNA文库,并利用反向Northern杂交技术获得差异基因.结果表明,随机挑取的阳性克隆的大小均为200～750 bp,通过斑点杂交技术共筛选出186个差异基因片段,对其克隆、测序及同源性分析后鉴定出20种编码蛋白的基因片段和21个无同源序列.家蝇幼虫经猪肺炎支原体诱导后产生与抗病原体相关的基因及大量的未知基因.     

家蚕第二白卵近等基因系差异表达基因的研究

为探索家蚕第二白卵性状相关的功能基因,建立了家蚕正常型黑卵品种菁松A的第二白卵近等基因系,利用抑制消减杂交技术构建了黑卵品系与白卵品系的抑制消减杂交文库,对文库中的高频次检出序列H46利用cDNA末端快速扩增技术明确了其3′末端序列,经半定量RT-PCR和实时定量RT-PCR证明H46序列代表的基因在黑卵和白卵系统中表达水平相差达1833倍,为正常型黑卵上调表达基因。     

鸡脾脏组织抑制消减cDNA文库构建及其差异表达基因的分析

为分离与鸡抗病性密切相关的差异表达基因,并进行功能分析,利用抑制性消减杂交技术,以大骨鸡和海兰褐商品代蛋鸡20周龄时的脾脏组织为试验材料构建消减cDNA文库。文库的插入片段集中在600 bp左右,挑取760个克隆进行PCR筛选获得663个阳性克隆,经过点杂交筛选后选择了531个阳性克隆,从中随机挑取100个阳性克隆进行测序。经过同源性比对归并后得到37个差异表达基因或ESTs序列,其中,32个是已知基因,包括一般抗病性或免疫性能、特异抗病相关基因、细胞信号分子、膜蛋白质、转录因子等差异表达基因;5个为功能尚未确定的基因。并对4个可能影响鸡抗病性能的差异表达基因进行了RT-PCR半定量检测鉴定。该试验结果为进一步研究这些差异表达基因在抗病过程中的重要功能及其调控作用机理奠定了基础。     

鹅产蛋相关基因筛选获得成功

日前许多学者针对鹅产蛋性能普遍较低的现状,利用抑制性消减杂交技术分别构建了产蛋前期和产蛋期鹅垂体、卵巢、肝脏等组织消减cDNA文库,采用反向斑点杂交技术对文库进行了差异表达基因的筛选和鉴定,经测序获得了多个可在产蛋期鹅垂体、卵巢、肝脏组织中高效表达的基因或     

紫茎泽兰处理鸡柔嫩艾美耳球虫后差异基因筛选和分析

为获得紫茎泽兰处理鸡柔嫩艾美耳球虫后差异基因,将0.5%紫茎泽兰提取液作用于鸡柔嫩艾美耳球虫卵囊孢子化过程,采用抑制消减杂交技术（SSH）筛选处理后卵囊的差异表达基因,通过GO和COG功能预测分析,并采用实时荧光定量PCR验证差异表达的基因。结果显示,采用SSH成功构建了紫茎泽兰处理前后鸡柔嫩艾美耳球虫卵囊的cDNA消减文库,获得86条ESTs序列,经拼接和聚类后得到31条独立基因（Unigenes）,其中有23个基因有功能注释,8个基因没有功能注释,另外有4个基因没有同源性匹配。为进一步验证文库的特异性,从中随机选取3个差异表达基因,运用实时荧光定量PCR技术验证表面抗原13、3-羟酰辅酶A脱氢酶和细胞色素P450基因在紫茎泽兰处理前后的表达差异,结果显示,3个基因在经紫茎泽兰处理的鸡球虫孢子化卵囊中的表达量明显低于未处理组,说明紫茎泽兰对柔嫩艾美耳球虫卵囊具有一定的活性抑制作用。本试验获取了紫茎泽兰作用柔嫩艾美耳球虫卵囊的主要调控基因,为将紫茎泽兰研发成环境杀虫剂奠定了良好的理论基础,也可为球虫致弱疫苗或基因缺失疫苗的靶标筛选研究提供参考。     

猪杂种一代与亲本肌肉组织间正反向消减cDNA文库的构建

应用抑制消减杂交技术成功构建了杂种一代梅大猪、亲代大白猪的背最长肌正反向消减cDNA文库。以β-actin为指标检测2个文库的消减效率分别为2^15和2^10倍。从相应的质粒文库中分别获取了700个和623个有效阳性克隆，PCR检测插入片段主要分布在150～600bp之间。亲本与子代肌肉组织间消减cDNA文库的构建为进一步分离、鉴定与杂种优势相关的基因奠定了基础。