青海草原毛虫气味结合蛋白基因与生物信息学分析

青海草原毛虫(Gynaephora qinghaiensis)是危害青藏高原高寒草甸最重要的害虫之一。本研究通过第二代高通量测序技术对青海草原毛虫4龄幼虫、雌雄成虫进行转录组测序并进行基因功能注释,同时筛选获得其气味结合蛋白基因(GqinOBPs)并进行生物信息学分析。结果表明：转录本经过组装之后总计得到63 335条unigenes,在全部unigenes中筛选并鉴定出17个GqinOBPs基因,通过生物信息学分析发现这些气味结合蛋白为热稳定性蛋白,亚细胞定位主要在胞外,二三级结构主要由α螺旋和无规则卷曲组成,多序列比对显示GqinOBPs具有昆虫OBPs的半胱氨酸模式识别序列;系统分析表明,GqinOBPs基因与同是鳞翅目昆虫的桃蛀螟、小线角木蠹蛾和沙棘木蠹蛾亲缘关系较近。该研究首次公开并分析青海草原毛虫转录组数据,同时挖掘出其气味结合蛋白基因,为进一步研究青海草原毛虫的基因功能奠定基础。     

家蚕表皮蛋白基因的生物信息学分析

家蚕的表皮蛋白(cuticular protein)是家蚕重要的结构蛋白,与几丁质一同作为家蚕表皮的重要组成部分。运用生物信息学的方法对家蚕表皮蛋白进行了广泛分析。通过保守的基序检索家蚕基因组,得到163条候选的表皮蛋白序列,包括RR、Tweedle、CPF&CPFL等家族,并且发现具有确定的保守基序的表皮蛋白基因在染色体上都是以串联集群形式分布。氨基酸组成分析表明,这些表皮蛋白富含甘氨酸、丙氨酸、亮氨酸、组氨酸等。运用Sig-nalP server预测这部分蛋白质有85%都具有信号肽。进化分析显示,负选择是家蚕表皮蛋白基因进化的主要驱动力。采用TFSEARCH等在线服务软件分析发现,在70%含有RR基序的家蚕表皮蛋白基因的核心启动子区具有通用的TATAAA序列。     

鹅固醇调节元件结合蛋白1基因的克隆及生物信息学分析

从16周龄朗德鹅肝脏组织提取总RNA,采用反转录-多聚酶链式反应（RT-PCR）方法扩增出1条长约280 bp的cDNA片段。序列分析结果表明,扩增出的cDNA片段与固醇调节元件结合蛋白1（SREBP-1）基因有较高的同源性,并且该片段包含着1个bHLH功能区。同时该片段包含1个明显的亲水区和1个明显的疏水区,二级结构富含α-螺旋,这与其功能相符。     

牛干扰素刺激基因15的生物信息学分析

为了研究牛干扰素刺激基因15编码ISG15蛋白的结构及功能特性,笔者采用生物信息学方法对ISG15基因的开放阅读框进行分析,对ISG15蛋白的氨基酸组成、理化性质、二级结构、三级结构、互作蛋白、亲疏水性、跨膜区、信号肽、亚细胞定位、抗原表位进行分析预测,选取不同动物ISG15蛋白氨基酸序列构建系统进化树。结果表明,该基因全长591bp,开放阅读框全长465 bp,编码154个氨基酸;ISG15蛋白由20中氨基酸构成,分子量为17.31 ku,等电点为6.73,属于酸性蛋白;不稳定系数为50.87,属于不稳定蛋白;二级结构分析显示,ISG15以β-折叠、无规则卷曲为主,均为31.82%;互作蛋白分析显示,ISG15与干扰素、干扰素刺激基因密切相关;ISG15是亲水蛋白,无跨膜结构及信号肽,主要分布于细胞质,细胞核、线粒体、内质网内亦有分布,并预测到7个潜在抗原表位。牛ISG15氨基酸序列与同属偶蹄目的牦牛、瘤牛关系最近,与灵长目类关系最远。     

版纳微型猪近交系ZPBP2基因的克隆及生物信息学分析

为了对版纳微型猪近交系(Banna Minipig Inbred Line, BMI)ZPBP2基因进行克隆及相关生物信息学分析,该研究以BMI睾丸组织为试验材料提取RNA,通过RT-PCR方法扩增获得ZPBP2基因编码区序列,采用在线分析软件进行生物信息学分析。结果表明,ZPBP2基因编码蛋白分子量为17.4798 kD,理论等电点为5.63;在氨基酸组成上,碱性氨基酸(Lys+Arg)有14个,酸性氨基酸(Asp+Glu)有19个。在核苷酸相似度上与普通猪相似度最高,与人相似度较低;构建ZPBP2基因系统进化树的结果表明,与BMI遗传距离最近的是非近交系猪,最远是绵羊。该研究结果可为进一步全面分析和研究BMI ZPBP2基因功能及其应用奠定基础。     

草鱼NK-lysin基因生物信息学分析

试验利用生物信息学方法对草鱼NK-lysin的开放阅读框、理化性质、亲水性/疏水性、蛋白质二级结构、磷酸化位点/N-糖基化位点及跨膜区进行预测分析.结果 表明:草鱼NK-lysin编码121个氨基酸,等电点5.53,不稳定指数44.09,为不稳定蛋白;亲疏水性平均值0.361,属于疏水蛋白;二级结构以无规则卷曲为主,含...     

不同物种LH-β基因的生物信息学分析

为了研究不同物种LH-β基因的遗传多样性,采用生物信息学方法对LH-β基因进行了分析。从NCBI中选择了15个物种共73条LH-β基因编码区序列,并对该基因的遗传多样性、氨基酸序列、信号肽、跨膜结构域、亲水性/疏水性、蛋白质二级和三级结构进行了预测和分析。结果表明:在15个物种的73条基因序列中共检测到687个多态位点,生成55个单倍型;突变位点总数为23到146个;物种间的核苷酸歧异度(Dxy)在0.030到0.275之间,遗传分化(Gst)在0.000到0.183之间,净遗传距离(Da)在0.007到0.264之间。LH-β编码的蛋白呈碱性,N端有信号肽,没有跨膜结构域,肽链表现为亲水性。蛋白质二级结构主要结构元件是α-螺旋、延伸链和不规则卷曲。     

椰子SPL基因家族的生物信息学分析及其表达分析

SQUAMOSA Promoter Binding Protein Like（SPL）基因是植物特有的转录因子,在植物生长发育过程中发挥重要的调节作用。本研究根据已释放的椰子转录组序列信息和水稻SPL基因家族的蛋白序列信息,一共从椰子转录组种鉴定出24个CnSPL基因,分别命名为CnSPL1~CnSPL24。Pfam分析表明椰子24个CnSPL基因同样具有已在拟南芥和水稻中报道的SBP-box保守结构域。通过聚类分析将24个基因分成6个亚族（G1~G6）。RPKM分析表明G5亚族的CnSPL1、CnSPL2、CnSPL3和CnSPL4基因在椰子不同组织中均处于高表达水平,而G3亚族中CnSPL5、CnSPL7、CnSPL11和CnSPL13基因在椰子不同组织中则均处于低表达水平。另外,CnSPL家族基因在胚胎愈伤组织中均有较高表达,说明CnSPL家族很可能参与椰子的胚胎愈伤的形成与分化。     

高羊茅FaRVE8基因的克隆、亚细胞定位及表达分析

生物钟是一个复杂的调控网络,在环境的不断变化中促进植物的生长,REVEILLE8 (RVE8)是生物钟的重要基因。为探讨其分子机理,采用RT-PCR和RACE方法,克隆高羊茅叶片FaRVE8基因,结果显示,FaRVE8全长为1881 bp,有1236 bp的开放阅读框,编码411个氨基酸,同属于MYB样因子。遗传进化树表明其与禾本科植物二穗短柄草、节节麦、大麦的同源蛋白亲缘关系较近。利用荧光定量分析高羊茅叶片中FaRVE8在不同光照处理下的表达特征,结果表明,FaRVE8在不同光照处理下均有表达,且呈现出明显的昼夜节律。亚细胞定位显示FaRVE8定位在细胞核中,可能在细胞核中发挥重要作用。以上研究表明,FaRVE8在调节生物节律中有重要作用,为进一步探讨FaRVE8基因的功能和分子调控机制奠定基础。     

115份高羊茅种质资源农艺性状特征分析

对不同地理来源的115份高羊茅种质资源的株高、穗长、叶枕距、每穗小穗数、主穗分枝数、单株穗数、穗重等7个农艺性状进行了主成分和聚类分析。结果表明:前3个主成分代表了115份高羊茅种质7个农艺性状的82.82%的信息,且对3个主成分作用较大的性状主要有穗长、单株穗数、主穗分枝数。应用系统聚类分析,将115份高羊茅种质分为5个类群,其中,第Ⅱ类群又可分为3个亚类群,其中Ⅰ-Ⅱ亚类群和Ⅳ类群的每穗小穗数和穗重较大,综合表现较好。同时,地理距离和农艺性状间未存在严格的一致性。     

中国高羊茅种质资源遗传多样性的RAPD分析

高羊茅是广泛应用的冷季型草坪草,但有关我国高羊茅种质资源遗传多样性的研究十分匮乏。本研究利用RAPD分子标记技术,对采自我国云南、贵州、青海、湖北等地的26份逸生高羊茅种质资源进行了遗传多样性分析。试验筛选出引物20条,共扩增出179个条带,其中177个为多态性带,平均每个引物扩增出多态性带8.85条,多态性条带比率(PPB)为98.88%。材料间遗传相似系数为0.419~0.966,说明我国逸生高羊茅种质资源具有丰富的遗传多样性。根据聚类分析结果,可将26份中国本土高羊茅材料分为三大类,其中来自云南省的高羊茅基本聚在同一类,来自其余省份的高羊茅种质资源的聚类结果与其地域分布没有明显联系。     

苇状羊茅种子需求和生产概况

从苇状羊茅Festuca arundinacea的生物学特性、种子需求现状、种子生产技术现状、研究进展等方面进行了简述,以便为苇状羊茅牧草种子生产技术进一步研究和利用提供参考.     

高羊茅的分子标记应用进展

高羊茅是一种重要的冷季型草坪草和牧草。近年来分子标记技术广泛应用在高羊茅的遗传图谱的构建、比较基因组作图、亲缘关系和系统分类研究、遗传多样性的检测、品种指纹图谱的绘制及非整倍体和Festuca×Loli-um属间杂种鉴定等方面。本研究对分子标记在高羊茅研究中的应用进展和前景进行了综述。     

苇状羊茅种子生产技术研究进展

苇状羊茅是一种抗逆性较强的牧草,具有广泛的适应性和较高的经济价值及饲用价值,已在我国南方亚热带地区广泛应用.从苇状羊茅的生物学特性、苇状羊茅牧草种子需求现状、苇状羊茅牧草种子生产技术现状、研究进展等方面进行综述,以期为苇状羊茅牧草种子生产技术的进一步研究和利用提供参考.     

猪伪狂犬病病毒gD基因的生物信息学分析

自测12条PRV不同毒株的gD全序列连同GeneBank中登录的9条gD基因全序列共21条基因序列,使用生物软件对它们的基因序列的同源性、突变区域的定位、遗传进化关系、酶切位点的差异、密码子偏爱性,氨基酸序列的同源性、蛋白质亲水性、抗原表位分析、三级结构预测等生物信息学的内容进行预测和分析.结果表明:PRV-gD基因的开放阅读框的核苷酸长度在1 197～1 215 nt之间,氨基酸长度在399～405个之间,核酸同源性在97.3%～100%之间,氨基酸的同源性在89.8%～98.8%之间,在核酸820～837位有个高变重复区,不同毒株基因均对GC极为偏爱.在遗传进化关系上将我国PRV流行分为四川、华北、东南3个区域.毒株间基因内酶切位点、蛋白质亲水性、抗原表位和蛋白质高级结构预测等内容的分析结果十分相似,说明PRV-gD基因具有很高的保守性.     

9个高羊茅品种苗期耐盐性研究

采用盆栽法,观测高羊茅9个品种（系）在不同的盐分浓度梯度（0%、0.4%、0.6%、0.8%）胁迫下的存活率、株高、生物量3个形态指标和游离脯氨酸含量、质膜透性2个生理指标,对9个高羊茅品种的苗期耐盐性进行了综合评价。结果表明：存活苗数、相对株高、生物量随盐浓度的升高而降低;脯氨酸含量、质膜相对透性随盐浓度的升高而升高;综合评价9个高羊茅品种,幼苗的耐盐能力强弱顺序为：92-93〉92-81〉92-107〉92-114〉89-92〉92-72〉92-87〉92-105〉92-106。     

豫西地区高羊茅草坪昆虫种类调查及群落分析

通过对河南省豫西地区主要城市高羊茅Festca arundinacea草坪昆虫群落的调查,经鉴定有11目32科74种,其中害虫种类53种,天敌20种,其他昆虫1种。在害虫中,不同季节优势种不一样,春季的优势种是螨类,夏季的优势种是蚜虫和甜菜夜蛾Laphyma exigua,秋季的优势种是黑跳盲蝽Halticus minutus和蝗虫,均是综合治理的主要对象。