禽源冠状病毒监测简报

冠状病毒(Coronaviruses)在分类地位上属于套式病毒目(Nidovirales)冠状病毒科(Coronaviridae)正冠状病毒亚科(Orthocoronavirinae),包括α、β、γ和δ等4个属,可感染包括人类在内的多种动物。其中,α冠状病毒属主要感染人和猪、犬、猫、蝙蝠等,β冠状病毒属主要感染人和牛、马、猪、鼠、蝙蝠等哺乳动物,γ冠状病毒属主要感染鸡、火鸡、鸭、鹅等禽类,δ冠状病毒属主要感染野禽和猪。引起此次新型冠状病毒肺炎疫情的病毒(2019-nCoV)属于冠状病毒科β冠状病毒属。可感染禽类的冠状病毒主要来自γ冠状病毒属和δ冠状病毒属。鸡传染性支气管炎病毒(IBV)等家禽中分离到的冠状病毒均为γ冠状病毒属。家禽冠状病毒感染危害较大的是IBV。此外,鸭冠状病毒、鹅冠状病毒和鸽冠状病毒等在家禽中也有检出。一些野禽可感染δ属冠状病毒(如鹅口疮冠状病毒HKU12等)。2013年以来,中国动物卫生与流行病学中心对全国17省份共计5 249份家禽样品进行了禽源冠状病毒检测,共检测到IBV 446株,新型鸭冠状病毒和新型鸽冠状病毒等新型禽冠状病毒共277株,IBV、新型鸭冠状病毒、新型鸽冠状病毒的检出率分别为8.50%、2.04%、3.24%。对2019-nCoV与禽源冠状病毒的亲缘关系进行分析发现,2019-nCoV与已知的禽源冠状病毒核苷酸同源性较低;基于冠状病毒1ab基因保守区域的进化分析表明,2019-nCoV与禽源冠状病毒亲缘关系较远。基于上述分析,初步排除2019-nCoV来源于已知家禽冠状病毒的可能性。     

新型冠状病毒研究进展

自2019年12月新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)暴发以来,世界各国相继出现了大量新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染病例。SARS-CoV-2对全球公共卫生安全造成了巨大威胁。疫情发生以来,相关科研人员从SARS-CoV-2的病原学特点、流行病学特征、病原学检测、治疗与愈后症状等方面进行了研究。本文对上述几个方面的研究成果进行了汇总。研究发现:SARS-CoV-2以其遗传多样性和重组频繁的特点不断产生变异体,以更大的传播力感染人群;目前已知的2种传染途径为跨物种传播和人际传播,其中飞沫传播和接触传播是人际传播的主要传播途径;感染人群遍布各个年龄段,其中患有慢性疾病的老年人更容易发展成危重病人;临床检测时联合核酸和抗原抗体检测,将有助于提高SARS-CoV-2感染的检出率并排除其他冠状病毒感染的可能性;目前尚未有治疗COVID-19的特效药物,临床上广泛使用广谱抗病毒药物或中药来治疗各种症状;全球各国正在加紧研发SARS-CoV-2疫苗,部分疫苗已进入临床试验阶段。本文有助于全面了解SARS-CoV-2的研究状况,也为其后续研究及防治提供了参考。     

山东省部分地区水貂养殖场户貂源冠状病毒和新型冠状病毒认知调查及病原检测

国外水貂感染新型冠状病毒(SARS-CoV-2)遭扑杀事件引起了国内水貂养殖业关注。为了解SARS?CoV-2对山东省水貂养殖场户的影响,通过问卷调查方法了解水貂养殖场户对貂源冠状病毒和SARS-CoV-2的认知情况,同时采集样本应用双重荧光定量PCR方法进行核酸检测,确定水貂中两种病毒的感染状况。结果显示:47.83%的养殖场户对国外水貂感染SARS-CoV-2被扑杀事件有所了解,36.23%的养殖场户认为该事件会对水貂养殖业带来影响,其中10.14%的养殖场户对水貂进行过SARS-CoV-2核酸检测;84.06%的养殖场户认为貂源冠状病毒不会感染人,57.49%认为国外水貂感染SARS-CoV-2的主要途径是通过养殖场其他动物(如犬猫等)感染,仅0.97%认为貂源冠状病毒与SARS-CoV-2存在一定关系,更多的(52.17%)是不清楚;310份样品的双重荧光定量PCR检测结果均为阴性。结果表明,山东省水貂养殖场户普遍意识到貂源冠状病毒与SARS?CoV-2相关性很小,其对水貂养殖业影响不大。但部分养殖场户对这两种病毒及其对水貂养殖业的潜在威胁尚缺乏足够认知,因此需要加强对养殖场户的认知宣传和病毒监测。     

动物冠状病毒的研究进展

冠状病毒(Coronavirus)在自然界中普遍存在,其宿主广泛,可感染哺乳动物和鸟类,是一种严重危害人类健康和畜牧业发展的病原微生物。本文主要介绍了已知动物冠状病毒的分类、基因组结构、常见的几种动物冠状病毒及其诊断与防治技术,并对动物冠状病毒与最新发现的新型冠状病毒SARS-CoV-2进行了比较,旨在更好的了解和认识冠状病毒及其危害,为防控冠状病毒引起的相关感染提供借鉴。     

新型冠状病毒2019-nCoV与动物冠状病毒进化关系分析

新型冠状病毒(2019-nCoV)感染肺炎疫情自2019年12月在湖北省武汉市发生以来,已在我国和世界多个国家传播,引发全球关注。为阐明2019-nCoV与已知动物冠状病毒的关系,从冠状病毒的宿主分布、遗传进化分析、宿主受体分析等角度,对2019-nCoV的可能来源进行了综合分析。结果显示:2019-nCoV与从云南省中菊头蝠中检测到的冠状病毒分离株RaTG13基因组同源性最高,为96.2%,两者遗传进化关系也较为接近;从我国广东省和广西壮族自治区查获的走私穿山甲中检测到的冠状病毒则与2019-nCoV遗传关系相对稍远,与2019-nCoV基因组同源性分别为90.4%和85.5%;2019-nCoV与已知家畜、家禽,以及犬猫等宠物中检测到的冠状病毒基因组同源性≤54.2%,遗传进化关系较远。结合监测结果,基本排除2019-nCoV来源于已知家畜、家禽以及犬猫等宠物冠状病毒的可能性。     

猪源冠状病毒监测简报

目前,已知感染猪群的冠状病毒有6种,分别是猪流行性腹泻病毒(PEDV)、猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)、猪呼吸道冠状病毒(PRCV)、猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)、猪血凝性脑脊髓炎病毒(PHEV)和猪δ冠状病毒(PDCoV)。在冠状病毒科α、β、γ、δ等4个属中,PEDV、TGEV、PRCV、SADS-CoV均为α冠状病毒,PHEV为β冠状病毒,PDCoV为δ冠状病毒。PRCV在临床上引发仔猪呼吸道症状,PHEV感染会造成仔猪呕吐和神经症状,其他4种病毒均可引起猪群腹泻。中国动物卫生与流行病学中心对2011年以来收集自全国16个省份的2 915份临床腹泻猪群样品(肠道、粪便等)进行了PEDV、TGEV检测,检出PEDV阳性1 223份、TGEV阳性109份,PEDV、TGEV检出率分别为41.96%、3.74%;对2014年以来收集自14个省份的12 430份临床健康猪组织样品(淋巴结、扁桃体等)进行了PEDV检测,检出阳性325份,检出率为2.61%。针对引发新型冠状病毒肺炎的病原2019新型冠状病毒(2019-nCoV),对2018—2019年收集自15个省份的2 658份生猪组织样品开展了追溯性检测,结果均为阴性。对2019-nCoV与猪源冠状病毒的亲缘关系进行了分析。基于全基因组的遗传进化分析表明:2019-nCoV与同为β冠状病毒属的PHEV核苷酸同源性仅为54%,与α、δ属猪源冠状病毒亲缘关系更远。基于以上数据与分析,可初步排除2019-nCoV来源于已知猪源冠状病毒的可能性。     

犬冠状病毒研究进展

2020年2月,我国香港报道了新冠肺炎（COVID-19）患者家养的宠物犬感染了新型冠状病毒（SARS-CoV-2）,这引起了人们对犬冠状病毒的关注。为有助于人们全面了解犬冠状病毒,做好犬冠状病毒病防治,本文从病原学与流行病学、临床症状以及诊断和防治措施等方面进行了综述。犬冠状病毒在犬群中广泛存在,主要包括α冠状病毒属的犬肠炎冠状病毒和β冠状病毒属的犬呼吸道冠状病毒。犬冠状病毒致病性不强,引起的临床症状通常较轻,但对幼犬或与犬细小病毒、犬瘟热病毒等发生混合感染时,会引起较严重症状,且易发生突变,产生新的变异毒株,具有致病性增强的风险。目前,犬冠状病毒检测方法主要包括病原学检测、血清学检测以及RT-PCR、qRT-PCR、纳米PCR等分子生物学检测。犬冠状病毒感染的防治主要通过疫苗免疫以及科学饲养管理、卫生消毒和对症治疗等综合措施。虽然犬可感染SARS-CoV-2,但尚不清楚感染犬是否可将病毒再传染给其他动物或人类。因此,应加强犬冠状病毒的病原生态学研究和监测预警。     

猪冠状病毒与SARS-CoV-2的S基因及其蛋白结构差异分析

自2019年12月以来,由SARS-CoV-2感染造成的COVID-19对全球人类的健康构成了巨大威胁.为研究SARS-CoV-2与猪冠状病毒之间的相关性,本实验采用生物信息学分析方法对SARS-CoV-2和常见猪冠状病毒的纤突(S)蛋白氨基酸序列进行遗传进化分析、对S蛋白S1亚基的受体结合域空间结构进行相似性分析,并...     

冠状病毒受体的研究进展

近年来多种感染人或家畜的冠状病毒病轮番出现,给人类社会的经济和公共卫生安全带来很大危害。特别是在2019年底出现并在全球迅速蔓延的SARS-CoV-2,由此引发的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在2019年12月至2020年3月之间在全球范围内造成超过7万人死亡。冠状病毒感染宿主的第一步是识别宿主细胞膜受体分子并与之结合,随后启动入侵使病毒基因组进入宿主细胞内部。因此冠状病毒细胞受体的阐明对于了解病毒的宿主与组织嗜性具有重要意义,同时也有助于了解病毒的致病与传播机制以及新型抗病毒药物研发。本文介绍了近年来主要的冠状病毒受体的最新研究进展,包括血管紧张素2(the angiotensin converting enzyme 2,ACE2)、氨基肽酶N(aminopeptidase N,APN)、二肽酰肽酶4(dipeptyl peptidase 4,DPP4)、唾液酸(sialic acid,SA)和癌胚抗原相关细胞黏附分子1(carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1,CEACAM1)等。     

猪的冠状病毒感染与防控对策

<正>冠状病毒(Coronavirus)又名日冕病毒,是一类病毒颗粒为球形、有囊膜的单股正链RNA病毒。基因组大小为27~32 kb,是已知RNA病毒基因组最大的病毒。目前已知冠状病毒可感染多种哺乳动物(包括人类)和鸟类,引发20多种疾病,对人类健康和动物安全构成严重的危害。冠状病毒可引发猪只发生多种疫病,特别是对仔猪危害较大,可造成养猪业的重大损失。本文就猪的冠状病毒感染与防控对