中国家驴生长激素基因内含子2的遗传多样性分析

为了从分子水平揭示家驴的遗传多样性,本研究以中国7个家驴品种(临县驴、关中驴、新疆驴、广灵驴、淮北驴、德州驴、晋南驴)174个个体为试验动物,利用PCR-SSCP技术研究生长激素(GH)基因第2内含子的遗传多样性并进行序列分析.结果显示:第2内含子表现多态性,174个个体检测到3个单倍型,单倍型比例为1.7%.单倍型多样度以临县驴、淮北驴较高,分别为0.678和0.542.广灵驴与关中驴的单倍型多样度(Haplotype diversity,H)比较接近,分别为0.409和0.462.其次为德州驴和晋南驴,分别为0.355和0.304,新疆驴最低为0.077.对该片段的纯合型分别测序发现,B单倍型在第735位碱基G→C.A单倍型在869位碱基G→T.上述结果首次证实驴GH基因内含子2存在多态性.     

中国地方黄牛GH基因遗传多态性研究

以鲁西牛、南阳牛为试验动物，利用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术研究了以上2个地方黄牛品种生长激素（GH）基因第3内含子、第4内含子、第5外显子、3’端和5’端位点的遗传多态性。检测结果表明：GH基因第3内含子1547bp处发生碱基C→T的替换；GH基因第4内含子位点多态的产生是由于1947bp处发生碱基T→G的替换；GH基因第5外显子2141bp处碱基C→G的突变，使得亮氨酸变成缬氨酸，造成氨基酸发生变化。GH基因3’端的PCR-RFLP结果表明：由于2639bp处碱基GCC→GGC的突变造成HaeⅢ酶增加1个酶切位点；GH基因5’端位点多态的产生是由303bp处碱基C→T的突变造成。     

东佛里生羊MSTN基因多态性及其与生长性状的关联分析

试验旨在研究肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因多态性及其对东佛里生羊生长性状的影响。从324只东佛里生羊全血中提取DNA,对MSTN基因外显子序列和非翻译区(untranslated region,UTR)序列进行PCR扩增,采用一代测序技术鉴定单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点,分析不同位点的遗传多态性,并将不同基因型与东佛里生羊的生长性状进行关联分析。结果显示,在东佛里生羊MSTN基因外显子中未检测到突变;在3'-UTR区的272 bp处存在G→A单碱基突变,该位点只检测到AG和AA基因型,且AA基因型频率高于AG基因型;在5'-UTR区的176 bp处存在C→A突变,该位点只检测到CC和AC基因型,且CC基因型频率高于AC基因型。遗传多样性参数分析结果表明,东佛里生羊群体MSTN基因3'-UTR-272和5'-UTR-176位点的纯合度分别为0.827和0.887,杂合度分别为0.173和0.113,2个位点的多态性均较低(PIC<0.25),其群体基因型分布均符合哈代-温伯格平衡(P>0.05)。关联分析发现,3'-UTR-272位点AG基因型体斜长显著高于AA基因型(P<0.05),5'-UTR-176位点CC基因型胸围显著高于AC基因型(P<0.05),其余指标均无显著差异(P>0.05)。综上,东佛里生羊MSTN基因3'-UTR和5'-UTR突变位点可作为其目标性状选育的分子标记。     

绵羊PRLR基因内含子9和外显子10多态性与产羔数的关系研究

本研究采用PCR-SSCP技术对绵羊催乳素受体（PRLR）基因内含子9和外显子10部分核苷酸多态性及其与小尾寒羊、中国美利奴（新疆型）绵羊多胎品系、肉用品系、体大品系、萨福克、无角陶赛特、中国美利奴（新疆型）和德国肉用美利奴产羔数间的关系进行了分析。结果发现：①在绵羊PRLR基因内含子9的第259 bp处,存在C→T转换,BB基因型的小尾寒羊平均产羔数分别较AA和AB基因型提高0.81和0.87只（P<0.05）;②在绵羊PRLR基因外显子10的第304 bp处存在一个G→A转换,该突变导致PRLR基因第387位氨基酸残基由Glu突变为Lys,并使中国美利奴（新疆型）多胎品系中AB基因型的平均产羔数较AA和BB基因型增加0.58和0.80只（P<0.05）;③在绵羊PRLR基因外显子10第571、585和606 bp处分别存在G→A、C→G和C→T突变;其中前2处突变分别导致PRLR基因的第476位氨基酸由Ala突变为Thr,第480位氨基酸由Ser突变为Arg。其中第571 bp处突变导致小尾寒羊AB基因型的平均窝产羔数显著高于AA基因型的窝产羔数,增加0.8 只（P<0.05）。以上结果提示,PRLR基因可能是控制小尾寒羊和中国美利奴（新疆型）绵羊多胎品系产羔数的主效基因或与之存在紧密的遗传连锁。     

MyoG和A—FABP基因多态性与鹅肉品质性状的相关性研究

为了检测MyoG基因和A-FABP基因单核苷酸多态性（SNP）与鹅肉品质性状的相关性,以太湖鹅为研究对象,测定肌内脂肪含量和相关组织学指标特性,利用PCR—SSCP和测序技术研究MyoG基因外显子1和A—FABP基因内含子2SNPs,并进行相关分析。研究结果表明：（1）MyoG基因外显子1扩增序列大小为420bp,共有1个突变,突变位点在64bp处,为C—T突变,不同基因型之间肌纤维密度、直径差异显著（P〈0．05）;（2）A—FABP基因扩增序列大小为482bp,共发现3个突变位点,在第187bp处发生C—T突变,在第235bp处发生C—A突变,在第372bp处发生A—C突变;（3）A—FABP基因内含子2扩增产物经SSCP分析后发现两种基因型,不同基因型之间脂肪含量有一定差异。比对发现其与家鸭同源性达91％,与家鸡的同源性为85％。本研究结果为进一步分析MyoG和A—FABP基因的遗传变异及其与肉质性状的相关性以及将该分子标记应用于育种计划奠定一定的理论基础。     

甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因外显子遗传变异的研究

为分析肉牛MSTN基因的遗传多态性及变异特征,采用PCR-SSCP方法检测了60头甘肃武威西门塔尔牛MSTN基因的多态性,对群体内各等位基因进行了克隆测序。结果显示：武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子存在A、B两个等位基因以及AA、AB两种基因型,基因型频率分别为0.9167、0.0833;第2外显子存在A、B两个等位基因以及AA、BB、AB三种基因型,基因型频率分别为0.5、0.25、0.25。序列分析表明,武威西门塔尔牛MSTN第1外显子在269 bp发生了A→G的突变,第2外显子在41 bp发生了C→T的突变,二者均属于同义突变。统计结果表明,武威西门塔尔牛MSTN基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态,外显子3没有发生突变。     

甘肃金昌西门塔尔牛MSTN基因外显子多态性研究

[目的]为分析金昌地区西门塔尔牛 MSTN 基因三个外显子的遗传多态性及变异特征。[方法]采用 PCR-SSCP 方法检测了61头西门塔尔牛 MSTN 基因三个外显子的多态性。[结果]显示：金昌西门塔尔牛 MSTN 基因的第1外显子存在 A、B 两个等位基因以及AA、AB 两种基因型,其基因型频率分别为0.7705和0.2295;第2外显子存在 A、B 两个等位基因以及 AA、AB、BB 三种基因型,其基因型频率分别为0.0328、0.3443和0.6229;第3外显子只有 AA 一种基因型。序列分析表明,金昌地区的西门塔尔牛 MSTN 基因第1外显子在269bp 发生了 A→G 的突变和第2外显子在41bp 发生了 C→T 的突变,但都未导致氨基酸发生改变,属于同义突变;外显子3并未检测到突变。[结论]统计结果表明,金昌地区的西门塔尔牛 MSTN 基因第1外显子呈低度多态,第2外显子呈中度多态。     

20个山羊品种FSHβ基因部分序列测定及与其它8个物种的序列比较分析

利用牛、绵羊等动物FSHβ亚基基因序列设计引物，采用PCR法扩增并测定出20个山羊品种（16个本地品种和4个引进品种）FSHβ亚基基因部分序列（GenBank登录号：AY838283和AY853276）。在测定出的FSHβ亚基基因731bp序列中，包括第1外显子全序列（1～61bp），第1内含子全序列（62～702bp）以及第2外显子部分序列（703-731bp），序列的A＋T含量（66．07％）高于G＋C（33．93％），编码7个氨基酸。在所有测定的序列中共检出3个突变位点，分别是78（-／A）、132（G／A）和343（G／A），这些突变都位于内含子1序列中，它们与产羔率之间的联系需进一步研究。利用山羊以及GenBank中其他8个物种的FSHβ基因内含子1序列进行系统发育分析，部分结果与传统生物分类不一致，可能是由于大部分物种的序列长度不足700bp以及物种之间的关系超过了属阶元的限制。     

南江黄羊LHβ基因序列测定及分析

参照GenBank中发表的奶牛、绵羊和猪LHβ基因序列设计引物，以35只南江黄羊为研究对象，利用PCR技术扩增并测定了山羊LHβ基因部分序列（GenBank登录号：AY853264），并利用GenBank中不同物种LHβ基因的部分编码区序列进行了系统发育分析。结果表明：在测定出的929bp序列中，包含LHβ基因5’侧翼区（136bp）、2个内含子全序列（分别为297bp和235bp）、第1和第2外显子全序列（分别为26bp和168bp）以及第3外显子部分序列（67bp）。除第1外显子前11bp为5’非翻译区外，其余外显子序列共编码83个氨基酸，前20个氨基酸为信号肽序列。山羊LHβ基因序列富含GC。在测定的35个个体中共检测到8个单碱基突变位点，位于外显子中的2个突变位点均为同义突变，其余6个突变位点位于5’侧翼区和内含子。系统发育分析结果与物种实际的演化顺序不完全相符，可能是由物种间LHβ基因GC含量的较大差异引起。本研究首次报道了山羊LHβ基因序列，为进一步探明山羊繁殖性能的遗传机理奠定了基础。     

会理黑山羊肌肉生长抑制素基因编码序列的克隆与多样性分析

为探究会理黑山羊遗传分化状况,试验参考普通山羊肌肉生长抑制素（MSTN）基因设计引物,采用PCR方法扩增、克隆会理黑山羊MSTN基因编码区,并与其他物种相应基因编码区核苷酸序列进行比对分析。结果表明,会理黑山羊MSTN基因完整编码序列长度为1128 bp,由外显子1（372 bp）、外显子2（375 bp）和外显子3（381 bp）组成;会理黑山羊与建昌黑山羊、黔北麻羊同源性最高,均达97.4%,聚为一簇,亲缘关系最近,与牛、恒河猴、狗等物种的同源性最低,亲缘关系远;会理黑山羊MSTN基因编码区共编码375个氨基酸,会理黑山羊MSTN基因编码的各种氨基酸含量相差较大,其中以亮氨酸含量最丰富,达8.80%。本研究为会理黑山羊的遗传资源保护、开发与利用提供了分子遗传学研究基础。     

中国四个地方驴品种mtDNA D-Loop部分序列分析与系统进化研究

对中国4个家驴品种95个个体的mtDNAD—loop部分序列进行测序。用clustalX软件进行同源序列比对。Dnasp4-10软件用于遗传多样性分析，计算单倍型多样度、核苷酸多样度、平均核苷酸差异。MEGA3．1软件采用邻接法构建系统进化树并进行系统发生分析。以欧洲驴线粒体基因组为对照（Genbank登录号为X97337），中国家驴4个品种95个个体385bp序列共检测到核苷酸多态位点33个，其中31个位点为转换，1个位点为颠换，1个位点有插入现象。95个序列由31个单倍型组成，单倍型比例为32．6％。德州驴单倍型比例最高为100％，凉州驴单倍型比例最低为42．42％。31个单倍型与引用Genbank已登录的13条序列构建系统发育树，发现31个单倍型聚为两支，说明中国家驴可能有两个母系起源。以欧洲野驴线粒体D—loop为对照（登录号为AF403063、AF403063、AF403065），揭示本研究涉及的中国家驴品种与非洲野驴的进化亲缘关系较亚洲野驴近，并且从分子水平证明中国家驴可能起源于非洲野驴中的索马里野驴分支。     

中国家驴mtDNA D-loop 遗传多样性与起源研究

对我国12个家驴品种126个个体（包括引用26个个体）的mtDNA D-loop区399 bp进行分析,共检测到36种单倍型37个多态位点,其单倍型多样度为0.466 7-0.977 8,核苷酸多样度为0.001 2-0.028 5,表明我国家驴的遗传多态性丰富。与3条努比亚野驴、3条索马里野驴和6条亚洲野驴的序列构建NJ系统发育树,首次证明我国家驴的母系起源为非洲野驴中的索马里驴和努比亚驴,亚洲野驴不是中国家驴的祖先。本文还讨论了我国家驴可能的迁徙路线。     

中国9个家驴品种mtDNA D-loop部分序列分析与系统进化研究

本研究利用Dnasp4.10软件对中国9个家驴品种162个个体的mtDNA D-loop区385bp进行遗传多样性分析,共检测到32种单倍型35个核苷酸多态位点,其单倍型多样度为0.8137～0.9722,核苷酸多样度为0.0182～0.0270,表明我国家驴的遗传多态性丰富;利用MEGA3.1软件采用邻接法与3个努比亚野驴、3个索马里野驴和6个亚洲野驴的序列构建NJ系统发育树,并进行系统进化分析。结果表明:我国家驴的母系起源是非洲野驴中的努比亚野驴和索马里野驴,亚洲野驴不是中国家驴的母系祖先。     

六个家驴品种mtDNA D—Loop部分序列的遗传多样性分析

对中国的6个家驴品种(关中驴、德州驴、庆阳驴、泌阳驴、广灵驴、晋南驴)利用PCR-SSCP技术分析了其mtDNA D-Loop部分序列的遗传多样性。87个个体共检测到19个单倍型,单倍型比例为21.8%。单倍型多样度以关中驴、晋南驴较高,分别为0.834和0.904;其次为泌阳驴和广灵驴,分别为0.629、0.529;德州驴和庆阳驴较低,分别为0.467、0.599。文章从分子水平上揭示了家驴的遗传多样性,为我国家驴品种资源的评价和利用提供了一些依据。     

玉树马和德保矮马SLC36A1基因多态性研究

 控制马香槟毛色的CH（Champagne gene）基因家族包含4个候选基因（SLC36A1、SLC36A2、SLC36A3、SPARC）,研究发现SLC36A1基因外显子2的突变是造成马香槟毛色的关键位点。为揭示中国马SLC36A1基因遗传多态性,本研究以玉树马和德保矮马共74个样本为研究对象,以马DNA池为模板扩增SLC36A1基因的10个外显子及部分内含子序列并进行测序分析。共发现马SLC36A1基因5个SNPs,分别位于内含子3（g.26699953 A>G, g.26699851 G>C, g.26699850 G>C）,外显子4（g.26699562 G>A）及外显子6（g.26697018 C>T）。利用PCR RFLP方法对74个家马样本进行基因分型,发现外显子6的SNP有基因型CC、CT;外显子4的SNP有基因型GG、GA;内含子3的g.26699850 G>C突变有基因型GG、GC;内含子3的另外2个SNPs（g.26699953 A>G, g.26699851 G>C）通过测序,发现有AA、AG、GG与GG、GC、CC基因型。所有5个马SNPs均为野生型占主要优势。由此界定了马SLC36A1基因有9种单倍型（H1 H9）,其中H5是最主要的单倍型。德保矮马遗传多样度为0.4190,比玉树马（0.2228）高,表明德保矮马香槟毛色遗传多态性比玉树马更丰富。玉树马与德保矮马的平均单倍型多样度为0.3160,表明其香槟毛色遗传多态性相对较低。     

Leptin Receptor Gene Polymorphisms in Some Turkish Donkey Populations

Leptin receptor is a fundamental regulator in physiological functions of the regulation of food intake, energy homeostasis, immune function, and reproduction as well as on ovarian follicular cells on the placenta and lactating mammary glands. The aim of this study was to investigate the LEPR gene polymorphism in 60 donkeys reared in Thrace region of Turkey. A 585 bp long partial intron 6, exon 7, intron 7, and exon 8 regions of LEPR gene were amplified, and polymerase chain reaction products analyzed via DNA sequencing. A novel single-nucleotide polymorphism (SNP) was identified as g.713668A>G in the seventh exon region of LEPR gene. This novel SNP was first identified, and the partial DNA sequence of LEPR gene in donkeys was reported for the first time in this study, and these sequences were deposited to NCBI Genbank database with the accession number: MK807114-MK807115. The A>G transition revealed a silent mutation (CAA-CAG) in glutamine amino acid. This nucleotide mutation could cause the changes of secondary structure of protein and expression level of LEPR hormone. For this reason, additional studies are needed to reveal new SNPs and in the LEPR gene that may affect economic traits and structure of protein in donkey breeds.     

Single-nucleotide polymorphism identification in the caprine myostatin gene

Polymerase chain reaction (PCR) products of MSTN gene amplified from 35 goats representing 17 Chinese indigenous goat breeds and five imported goat breeds were sequenced to identify the single‐nucleotide polymorphisms (SNPs) of a 379‐bp fragment including part of intron 2 and exon 3 of MSTN gene. A total of eight SNPs (A1980G, G1981C, A1982G, G1984T, A2121G, T2124C, G2174A and A2246G) were identified among the sequenced goats. The SNPs found are all located in intron 2 except for A2246G, which was a synonymous mutation in exon 3. Four haplotypes were sorted from these eight SNPs, of which, haplotype I (AGAGATGA) and haplotype II (GCGTGTAA) are the two main haplotypes with the frequency of 77.8% and 14.8% respectively. The SNPs found at positions 1980, 1981, 1982, 1984 and 2121 might be linked to inheritance completely.     

Study of the Genetic Origin of the Mexican Creole Donkey (Equus asinus) by Means of the Analysis of the D-Loop Region of Mitochondrial DNA

The aim of this work was to analyse the genetic origin of the Mexican Creole donkey, as well as its genetic diversity, by comparison with Spanish and African donkey populations by means of the D-loop region of mitochondrial DNA. To this end, the genomic DNA of 68 Mexican Creole donkeys from eight geographical regions in six States of the Republic of México and from a Sicilian donkey was obtained. By the polymerase chain-reaction technique (PCR) a fragment of 541 bp was amplified, corresponding to the most informative region of the mitochondrial DNA, the D-loop. The fragments were subsequently sequenced. The analysed sequences revealed 10 new Mexican haplotypes that were different from those of the Spanish and African breeds with which they were compared, showing high levels of genetic diversity. Analysis of the phylogenetic relationships in the different Creole varieties showed a tendency of origin towards Spanish breeds, mainly the Andaluza, Zamorano-Leonesa and Majorera from the Canary Islands; these in turn showed an African origin, seven Mexican haplotypes and three haplotypes similar to those analysed by Aranguren and colleagues (2004) of Spanish and African breeds being obtained. This work allows us to reach the preliminary conclusion that the origin of Mexican Creole donkey populations in the different states of the Republic of México is clearly of Iberian origin, the Spanish donkey breed Andaluza being the main one contributing to the populations of the Mexican Creole donkeys, followed by the Spanish breeds Zamorano-Leonesa and Majorera from the Canary Islands, and that the populations possess high levels of genetic diversity.     

Study of the genetic origin of the Mexican creole donkey (Equus asinus) by means of the analysis of the D-loop region of mitochondrial DNA

The aim of this work was to analyse the genetic origin of the Mexican Creole donkey, as well as its genetic diversity, by comparison with Spanish and African donkey populations by means of the D-loop region of mitochondrial DNA. To this end, the genomic DNA of 68 Mexican Creole donkeys from eight geographical regions in six States of the Republic of Mexico and from a Sicilian donkey was obtained. By the polymerase chain-reaction technique (PCR) a fragment of 541 bp was amplified, corresponding to the most informative region of the mitochondrial DNA, the D-loop. The fragments were subsequently sequenced. The analysed sequences revealed 10 new Mexican haplotypes that were different from those of the Spanish and African breeds with which they were compared, showing high levels of genetic diversity. Analysis of the phylogenetic relationships in the different Creole varieties showed a tendency of origin towards Spanish breeds, mainly the Andaluza, Zamorano-Leonesa and Majorera from the Canary Islands; these in turn showed an African origin, seven Mexican haplotypes and three haplotypes similar to those analysed by Aranguren and colleagues (2004) of Spanish and African breeds being obtained. This work allows us to reach the preliminary conclusion that the origin of Mexican Creole donkey populations in the different states of the Republic of Mexico is clearly of Iberian origin, the Spanish donkey breed Andaluza being the main one contributing to the populations of the Mexican Creole donkeys, followed by the Spanish breeds Zamorano-Leonesa and Majorera from the Canary Islands, and that the populations possess high levels of genetic diversity.