虾夷扇贝苗种培育水中可培养细菌群落分析

为研究虾夷扇贝Patinopecten yessoensisis苗种培育过程中幼体发育5个时期苗种培育水中(受精卵期水样W1,担轮幼虫期水样W2,D型幼虫期水样W3,壳顶幼虫期水样W4,稚贝期水样W5)可培养细菌的群落组成,采用传统培养方法,从每个水样分离细菌30株,通过16S rRNA基因测序分析鉴定细菌。结果表明:分离的150株细菌可归为2门、3纲、6目、9科、10属、22种;在门水平,W1~W5的优势门均为变形菌门,其次为厚壁菌门;在属水平,假交替单胞菌属为所有水样第一优势属,此外,W1的优势属依次为交替单胞菌属、弧菌属和海杆菌属,W2的优势属依次为弧菌属、交替单胞菌属和Cobetia,W3的优势属依次为弧菌属、交替单胞菌属和芽孢杆菌属,W4的优势属依次为交替单胞菌属、芽孢杆菌属和弧菌属,W5的优势属依次为弧菌属、Pseudophaeobacter、芽孢杆菌属和赤杆菌属。研究表明,扇贝幼体不同发育时期苗种培育水中所含可培养细菌种类比较丰富,细菌群落结构存在差异。     

浮游细菌群落结构及其与网箱养殖鱼病害的关系

为了揭示深水网箱养殖区养殖过程中浮游细菌群落结构及其与网箱养殖鱼类细菌性病害的关系,采用Illumina测序技术对海南后水湾深水网箱养殖水样进行16S rRNA基因高通量测序。结果表明,检测到浮游细菌种群归属于36个门、56个纲、98个目、235个科、807个属,香农-威纳指数范围为2.47～4.5,说明该养殖区水体中浮游细菌具有丰富的多样性。变形菌门是主要优势门类,其次为拟杆菌门、放线菌门、厚壁菌门和蓝细菌门;主要类群为Cobetia属、弧菌属（Vibrio）、假交替单胞菌属（Pseudoalteromonas）、盐单胞菌属（Halomonas）等,不同养殖期优势类群差异较大,其中休养期以Cobetia属、玫瑰变色菌属和嗜冷杆菌属为主;养殖初期以Cobetia属、假交替单胞菌属、Kushneria属和弧菌属为主;养殖中期优势类群为Cobetia属、盐单胞菌属、交替单胞菌属（Alteromonas）、弧菌属和假交替单胞菌属;养殖后期优势类群为GpIIa属和Cobetia属。潜在致病菌弧菌属相对丰度在不同养殖期差异较大,在养殖初期、中期含量较高,而在非养殖期和养殖后期含量较低,与网箱养殖卵形鲳鲹细菌性病害发病规律相吻合,表明由于弧菌引起的鱼类病害为养殖区的主要细菌性病害类型。     

大弹涂鱼肠道细菌学分析

对大弹涂鱼肠道菌群数量和种类组成进行了分析.从其肠道中分离出102株细菌,它们分别属于哈夫尼亚菌属(Hafnia)、发光杆菌属(Photobacterium)、气单胞菌属(Aeromonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)、致病杆菌属(Xenorbabdus)、柠檬酸菌属(Citrobater)、假单胞杆菌属(Pseudomonas)、拉恩氏菌属(Rahnella)、弧菌属(Vibrio)、葡萄球菌属(Staphyolcoccus)和链球菌属(Strooptococus);其中哈夫尼亚菌属、发光杆菌属、气单胞菌属和芽孢杆菌属为优势菌群.     

桉树枝瘿姬小蜂雌成虫体内可培养细菌分离鉴定及多样性分析

[目的]明确桉树枝瘿姬小蜂(Leptocybe invasa Fisher&La Salle)体内可培养细菌多样性,为利用微生物防治该害虫打下基础.[方法]利用传统的细菌分离培养与鉴定方法,结合16S rDNA测序和系统发育分析,对刚羽化的桉树枝瘿姬小蜂雌成虫体内可培养细菌进行多样性分析.[结果]从桉树枝瘿姬小蜂体内分离出11株细菌,经鉴定归类于3个门(厚壁菌门、放线菌门和变形菌门)3个纲(芽孢杆菌纲、放线菌纲和γ-变形菌纲)4个目(芽孢杆菌目、微球菌目、乳酸杆菌目和肠杆菌目)8个科(芽孢杆菌科、微杆菌科、葡萄球菌科、乳酸杆菌科、纤维单胞菌科、微球菌科、肠杆菌科和类芽孢杆菌科)8个属(芽孢杆菌属、微杆菌属、葡萄球菌属、片球菌属、纤维单胞菌属、微球菌属、埃希氏杆菌属和类芽孢杆菌属),其中,厚壁菌门(Firmicutes)6株,为优势类群;芽孢杆菌属(Bacillus)3株,为优势菌属.[结论]桉树枝瘿姬小蜂体内可培养细菌具有丰富的多样性.     

鳗鲡病原菌16SrRNA基因序列测定及系统进化分析

对从福建省不同鳗鲡养殖场发病鳗鲡肝脏中分离并经感染证实的35株致病菌的16S rRNA基因进行序列测定和系统进化分析。用CTAB法提取各菌株DNA,以细菌16S rDNA通用引物进行PCR扩增,用限制性片段长度多态性分析1、6S rDNA序列分析和系统进化分析对其进行分子鉴定,构建系统进化树。结果表明:35株致病菌分别属于γ-变形菌纲和厚壁菌门2大类群的6个属和1个科,主要种类是气单胞菌属的嗜水气单胞菌、维氏气单胞菌、简氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌等,占63%;其次是芽孢杆菌属细菌;少量为鲁氏耶尔森菌、弗氏柠檬酸杆菌、克雷伯氏菌属、假交替单胞菌属细菌和肠杆菌科细菌。     

岩扇贝原种和繁育后代肠道和内脏团细菌多样性分析

为研究岩扇贝Crassadoma gigantean的生物学特性和消化代谢机能,采用传统培养方法分离培养加拿大原种岩扇贝内脏团(JN)和肠道(JC)及中国育种得到的子一代岩扇贝内脏团(YN)和肠道(YC)4种样品中的细菌,测定分离到的可培养细菌的16S rRNA基因并确定其分类地位;提取上述样品中的总DNA,运用Ion S5~(TM)XL高通量测序平台,对样品中细菌群落多样性进行分析。结果表明:用传统方法获得可培养菌株83株,选取代表菌31株测序并比对,其分别属于嗜冷杆菌属Psychrobacter、动性球菌属Planococcus、弧菌属Vibrio、假单胞菌属Pseudomonas、假交替单胞菌属Pseudoalteromonas、芽孢杆菌属Bacillus、库克菌属Kocuria和副球菌属Paracoccus;高通量测序结果显示,4种样品中有效序列群落结构可分为9个门,分别为变形菌门Proteobacteria、异常球菌-栖热菌门Deinococcus-Thermus、拟杆菌门Bacteroidetes、厚壁菌门Firmicutes、蓝细菌门Cyanobacteria、软壁菌门Tenericutes、放线菌门Actinobacteria、浮霉菌门Planctomycetes和疣微菌门Verrucomicrobia;加拿大原种岩扇贝肠道样品中的优势菌门为变形菌门(占80%),次优势菌门为拟杆菌门(占15%),内脏团样品中的优势菌门为变形菌门(占52%),次优势门为拟杆菌门(占18%);中国育种得到的子一代岩扇贝肠道样品中的优势菌门为变形菌门(占61%),次优势菌门为拟杆菌门(占26%),内脏团样品中的优势菌门为变形菌门(占73%),次优势菌门为拟杆菌门(占17%)。研究表明,岩扇贝的肠道和内脏团微生物具有丰富的多样性,加拿大原种岩扇贝和国内子一代岩扇贝的肠道和内脏团细菌群落结构存在一定差异。     

TCBS培养基筛选的虾池细菌分析

通过TCBS培养基分离筛选对虾养殖水体中的细菌,采用16S rDNA分子生物学方法和Biolog微生物自动分析系统进行鉴定分析。结果显示:以TCBS培养基分离筛选的60株菌中,采用16S rDNA分子生物学方法鉴定,只有SWG-27、SWG-28、SWG-29为弧菌属,占总鉴定细菌的5%,其他细菌大部分为芽孢杆菌属(Bacillus sp.)和大洋芽孢杆菌属(Oceanobacillus sp.),分别占总鉴定细菌的36.7%和43.3%;自60株细菌中随机挑选15株作Biolog微生物自动分析系统鉴定,弧菌属细菌也只占很小比例;60株细菌接种于6种不同品牌的TCBS培养基上均可很好地生长。结果表明,TCBS培养基能够培养养殖水体中的弧菌,但其他细菌也能在其上良好生长,利用TCBS培养基检测养殖水体弧菌数量的结果值得商榷。     

北极海洋沉积物可培养细菌多样性及抗植物病原真菌活性菌株筛选

根据菌落形态特征,从中国第4次北极科考采取的海洋沉积物BN05中分离到19株细菌,对其进行分子鉴定与系统发育分析,并利用平板扩散法从中筛选出对植物病原真菌尖刀镰孢菌(Fusarium oxysporum)具有明显抑制作用的活性菌株。分子鉴定与系统发育分析表明,从北极海洋沉积物中分离到的细菌主要为γ-变形杆菌纲(γ-Proteobacteria),分别属于假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、嗜冷杆菌属(Psychrobacter);1株属于放线菌门(Actinobacteria)的节杆菌属(Arthrobacter)。假交替单胞菌属是北极海洋沉积物BN05中可培养细菌中的优势菌群。活性菌株筛选结果表明,5株菌株对尖刀镰孢菌具有明显的抑制作用,其中菌株BN05-S-2和BN05-B-6属于假单胞菌属,菌株BN05-M-2、BN05-M-7和BN05-B-2属于假交替单胞菌属。     

广西北部湾近海产胞外多糖细菌多样性及其抗氧化活性分析

[目的]鉴定广西北部湾近海产胞外多糖(EPS)的海洋细菌种类多样性,并测定其EPS生物学活性,为后续研究EPS活性及其开发利用打下基础.[方法]采用黏液比色法、乙醇沉法和苯酚硫酸法初筛产EPS细菌,通过16S rD-NA序列鉴定细菌种属并进行遗传进化分析,以1,1-二苯基-2-三硝基苯肼(DPPH)测定EPS的抗氧化活性.[结果]从广西北部湾近海海水、沙粒和红树林泥土中共分离出205株产EPS细菌,结合分离株的菌落特征和形态观察结果可将所分离获得的细菌归为28种细菌.对28株代表细菌株进行鉴定,结果显示分属于2个纲(芽孢杆菌纲和γ-变形菌纲)、4个目(芽孢杆菌目、假单胞菌目、弧菌目和肠杆菌目)、4个科(芽孢杆菌科、莫拉菌科、弧菌科和肠杆菌科)、6个属(芽孢杆菌属、葡萄球菌属、弧菌属、发光杆菌属、变形杆菌属和不动杆菌属)、15个种;优势菌属为芽孢杆菌属,占所鉴定菌株的71.43%,其次为葡萄球菌属、弧菌属、发光杆菌属、变形杆菌属和不动杆菌属.EPS活性检测结果显示,不同种属细菌所产EPS均具有一定的DPPH清除作用,但不同菌株间差异明显,清除率为9.43%~71.10%.[结论]从广西北部湾近海地区共分离鉴定出2纲4目4科6属15种产EPS的海洋细菌,以芽孢杆菌属为主,存在种类多样性,且各类细菌分泌产生的EPS均具有一定抗氧化活性.     

仁扇舟蛾幼虫肠道细菌多样性

利用Illumina HiSeq高通量测序技术对仁扇舟蛾(Clostera restitura)5龄幼虫前、中、后肠细菌的16S rDNA V4区序列进行测序,分析不同肠段细菌群落结构组成,比较细菌群落结构的差异性.结果表明:仁扇舟蛾5龄幼虫前、中、后肠细菌共归属于26个门,78个纲,142个目,267个科,392个属.其中,优势菌门为变形菌门(Pro-teobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、放线菌门(Actinobacteria).在属水平上,主要有肠杆菌属(Enterobacter)、盐单胞菌属(Halomonas)、毛螺旋菌属(Lachnospira)、希瓦氏菌属(Shewanella)、拟杆菌属(Bac-teroides)、不动杆菌属(Acinetobacter)、芽孢杆菌属(Bacillus)、节杆菌属(Arthrobacter)、罗斯氏菌属(Roseburia)、颤螺旋菌属(Oscillospira)、假单胞菌属(Pseudomonas).从不同肠段细菌群落α多样性可知,中肠的物种多样性最高,后肠的物种丰富度最高,前肠的物种多样性、丰富度均最低.样本层级聚类及PCoA分析可知,中肠和后肠的群落结构相似性较高.LEfSe差异分析结果显示,中肠的差异细菌种类最多.仁扇舟蛾5龄幼虫前、中、后肠的细菌群落结构物种组成及丰度不同,且多样性存在差异,肠道细菌在提高宿主对环境的适应性上发挥作用.     

1株虾夷扇贝苗种培育用益生菌的筛选及其对幼体存活和生长的影响

为筛选出虾夷扇贝Patinopecten yessoensis苗种培育用潜在益生菌,采用培养方法从虾夷扇贝幼体及养殖水环境中共分离出300株细菌,经过产淀粉酶、纤维素酶和蛋白酶能力测定,及以灿烂弧菌为指示菌株的拮抗活性测定,从中筛选出既能产酶又拮抗灿烂弧菌Vibrio splendidus的W115菌株。溶血试验结果显示,W115菌株不产生溶血素,不具有潜在的致病性;以终浓度为1×106cells/m L的W115菌株浸浴感染受精后48 h的扇贝幼体49 d,结果显示,该菌株对扇贝幼体是安全的;16S rRNA基因序列同源性分析表明,W115菌株与埃氏假交替单胞菌Pseudoalteromonas espejiana相似性为100%;将该菌株以终浓度1×104cells/m L和1×106cells/m L添加在虾夷扇贝苗种培育水体中,以不加潜在益生菌为对照组,每组设3个平行,养殖扇贝幼体至出库(共49 d),在第11天(壳顶幼体期)、26天(匍匐幼体期)、49天(稚贝期)时测定并计算幼体存活率和特定生长率(SGR),结果显示,1×104cells/m L组3个时期幼体的存活率和第26天匍匐幼体及第49天稚贝的SGRs均显著高于对照组(P0.05),而1×106cells/m L组3个时期幼体的存活率和SGRs与对照组均无显著性差异(P0.05)。研究表明,埃氏假交替单胞菌W115菌株可促进虾夷扇贝幼体的存活和生长。     

海湾扇贝幼体期流行性弧菌病的研究

从辽宁兴城育苗场和辽宁省海洋水产研究所育苗室患面盘解体的海湾扇贝Argopecten irradians Lamarck幼体中分离出6株菌,经感染试验表明,其中3株菌B01、Y01和Y02为病原菌。根据菌体形态及生理、生化测试,B01鉴定为需钠弧菌Vibrio natriegen,Y01和Y02具有相同的形态、生理、生化特征,鉴定为弧菌属Vibrio。需钠弧菌对庆大霉素、痢特灵、菌必治、诺氟沙星、氯霉素、环丙沙星、多粘菌素B敏感;Y01和Y02菌对诺氟沙星、菌必治、氯霉素、复方新诺明、环丙沙星、磺胺异嗯唑敏感。对海湾扇贝育苗水体中细菌总数和弧菌数量的监测结果表明,幼体发生病变之前的水体中,细菌和弧菌的密度高于正常育苗水体的。文中还对病原菌的传播途径等问题进行了讨论。     

斜带石斑鱼幼鱼消化道与养殖水体中可培养菌群的研究

利用海水琼脂、TCBS和MRS培养基对斜带石斑鱼Epinephelus coioides幼鱼消化道和养殖水体中的细菌进行分离纯化,采用生理生化鉴定结合16SrRNA基因测序进行细菌鉴定,探讨了幼鱼消化道中的菌群与养殖水体中菌群的关系。结果表明：幼鱼消化道中可培养细菌总数（9．0×106cfu／g）高于养殖水体中可培养细菌总数（5．4×105cfu／mL）,幼鱼消化道中细菌种类也明显多于养殖水体;在幼鱼消化道和养殖水体中均检测到副溶血弧菌、哈维氏弧菌、短小芽孢杆菌、克劳氏芽孢杆菌、鲍氏不动杆菌、嗜冷杆菌和洋葱伯克霍尔德菌等7种细菌。细菌系统进化分析结果表明,这些细菌隶属于β-变形杆菌纲、γ-变形杆菌纲和芽孢杆菌纲。幼鱼消化道和养殖水体的优势菌中均有芽孢杆菌和嗜冷杆菌,提示芽孢杆菌和嗜冷杆菌能通过养殖水体很好地进入消化道。3种乳酸菌（乳酸乳球菌、干酪乳杆菌和屎肠球菌）仅见于幼鱼消化道,且仅占消化道菌群数量的0．70％。弧菌在消化道和养殖水体中所占比例均很小,分别仅占细菌总数的1．07％和0．10％。     

基于高通量测序分析海带表面细菌群落结构

为研究大连登沙河湾和正明寺海带养殖区海带Saccharina japonica表面及其周围海域海水的细菌群落结构,分别于2015年1月、2月和4月,采用Illumina Miseq PE300高通量测序平台对样本基因组DNA的16S r RNA基因V3~V4区PCR扩增片段进行测序分析。结果表明:从两个海区健康海带和海水中获得优化序列分别为130 158条和124 658条,海带序列可归为8个门和99个属,海水序列可归为14个门和135个属;在门水平,海带首要优势门为厚壁菌门(69%),其次为变形菌门、蓝细菌门、放线菌门和拟杆菌门(1%),海水首要优势门为变形菌门(46%),其次为厚壁菌门、拟杆菌门、蓝细菌门和放线菌门(1%);在属水平,海带主要优势属为乳球菌属(40%)和芽孢杆菌属(10%),其次为Solibacillus、假单胞菌属和节杆菌属(3%),海水首要优势属为弧菌属(21.58%)和乳球菌属(28.29%),其次为科尔韦尔氏菌属、弓形杆菌属和亚硫酸杆菌属(2%)。研究表明,两个海区海带细菌群落组成相似,海带和海水细菌群落组成则明显不同。     

烟草黑胫病菌拮抗细菌的筛选与鉴定

从烟草根际土壤分离到107个细菌分离物,通过室内平板对峙培养筛选,筛选到13株对烟草黑胫病菌有拮抗作用的菌株,其中,LZ-7菌株的室内平板抑菌效果最好,抑菌圈直径达27.82 mm。经盆栽试验,LZ-7、A3控病作用较好,防治效果分别达59.12%和55.84%。通过16 S rDNA序列测定与分析,LZ-7与Bacillus pumilus的同源性为99%,初步鉴定证明该菌株属于短小芽孢杆菌。     

河蟹工厂化育苗期间水及蟹体中异养细菌的研究

研究了中华绒螯蟹（Erocheir sinensis),工厂化育苗期间沉淀池水,培育池水和蟹苗体内的异养菌暨弧菌（Vibrio)数量的变化与优势菌株属的组成,以及细菌数量的变化与消毒剂,COD,总氨氮,pH值等环境因子的关系,结果表明,育苗水中细菌繁殖速度快,细菌属的组成较简单,弧菌属为优势属,其出现频次占45％,异养细菌的数量与COD和总氨氮含量呈正相关,与pH值呈负相关。     

人工养殖对虾肠道内可培养细菌数量及组成分析

为深入了解人工养殖条件下养殖对虾肠道内菌群结构和携带病毒情况,应用常规细菌分离、培养与纯化,细菌16S rD NA序列分析的方法分析了我国山东、江苏、韩国不同养殖场的凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)和中国明对虾(Fenneorpenaeus chinensis)肠道内可培养细菌的总数、优势菌组成和数量,并用巢式聚合酶链式反应(Nested polymerase chain reaction,Nested PCR)方法检测对虾携带病毒情况。结果显示各批次凡纳滨对虾和中国明对虾样品肠道内的可培养细菌总数在105~109cfu/g之间,并对分离出的优势菌进行属(种)鉴定,结果表明这些优势菌分别属于乳球菌属(Lactococcus sp.)、弧菌属(Vibrio sp.)、芽孢杆菌属(Bacillus sp.)、发光杆菌属(Photobacterium sp.)、希瓦氏菌属(Shewanella sp.)、节杆菌属(Arthrobacter sp.)、微小杆菌属(Microbacterium sp.)。凡纳滨对虾和中国明对虾均有样品检测为WSSV阳性,6批次WSSV阳性对虾样品中均检测到弧菌属细菌,占可培养细菌比例为33%~93.58%。2批次WSSV阳性对虾样品中检测到希瓦氏菌属细菌,占可培养细菌比例为21.67%~34.21%。4批次WSSV阳性对虾样品中检测到发光杆菌属细菌,占可培养细菌比例为21.03%~66.83%。     

尖峰岭热带雨林土壤中可培养芽胞杆菌多样性分析

采用热处理法从海南省尖峰岭热带雨林土壤中分离出164株芽胞杆菌,运用16S rDNA PCR-RFLP与序列分析技术对所得菌株进行遗传多样性分析。根据16S rDNA PCR-RFLP酶切图谱的UPGMA聚类分析,在相似性为100%的水平上,分离到的164株芽胞杆菌分属于23个酶切类型,显示出丰富的遗传多样性。16S rDNA序列分析结果表明,这些菌株主要分布于Bacillus(52%)、Paenibacillus(36%)、Lysinibacillus(4%)、Brevibacillus(4%)和Psychrobacillus(4%)5个属,其中优势属为Bacillus;有6株芽胞杆菌的16S rDNA序列与数据库中相应模式菌株的最大相似性为98.3%~99.0%,可能为潜在的芽胞杆菌新种资源。