猪DECR1基因SNPs筛选及其多态性分析

以大白猪、长白猪和杜洛克3个猪种共327头为试验材料,对2,4-dienoyl-CoA reductase 1(DECR1)基因第6至第10外显子区域进行SNPs筛选,分析SNP突变位点的遗传多态性;采用比较基因组方法,根据人DECR1基因全长序列设计引物,筛选猪DECR1基因的SNP,经PCR-SSCP技术和测序检测...     

三江黄牛全基因组数据分析

【目的】研究三江黄牛群体遗传多样性,从基因组层面讨论其群体遗传变异情况。【方法】提取50个体基因组总DNA,等浓度等体积混合,构建混合样本DNA池,利用CovarisS2进行随机打断基因组DNA,电泳回收长度500 bp的DNA片段,构建DNA文库。应用Illumina HiSeq 2000测序,最终得到测序数据。利用BWA软件将短序列比对到牛参考基因组(UMD 3.1),来检测三江黄牛基因组突变情况。SAMtools、Picard-tools、GATK、Reseqtools对重测序数据进行分析,Ensemb1、DAVID、dbSNP数据库对SNPs和indels进行注释。【结果】全基因组重测序分析共计得到77.8 Gb序列数据,测序深度为25.32×,覆盖率为99.31%。测序得到778 403 444个reads和77 840 344 400个碱基,比对到参考基因组(UMD 3.1)的reads为673 670 505,碱基为67 341 451 555,匹配率分别为86.55%和86.51%,成对比对上的reads数为635 242 898(81.61%),成对比对上的碱基数为63 512636 924(81.59%);共确定了20 477 130个SNPs位点和1 355 308个indels,其中2 147 988个SNPs(2.4%)和90 180个indels(6.7%)是新发现的。总SNPs中,鉴定出纯合SNPs989 686(4.83%),杂合SNPs19 487 444(95.17%),纯合/杂合SNP比为1:19.7。转换数为14 800 438个,颠换为6 680 058个,转换/颠换(TS/TV)为2.215。剪切位点突变SNP727个,开始密码子变非开始密码子SNP117个,提前终止密码子的SNP 530个,终止密码子变非终止密码子SNP88个。检测到非同义突变数为57 621,同义突变为83 797,非同义/同义比率为0.69。检测到非同义SNPs分布在9 017个基因上,其中发现567个基因与已报道的重要经济性状相符,肉质、抗病、产奶、生长性状、生殖等相关基因的数量分别为471、77、21、10、8个,其中包括功能相重叠的基因;indels数据中,缺失数量为693 180(51.15%),插入数量为662 148(48.85%),纯合indels数量为161 198(11.89%),杂合indels数量1 194 110(88.11%),大部分的变异都位于基因间隔区和内含子区;三江黄牛全基因组杂合度(H)、核苷酸多样性(Pi)及theta W分别为7.6×10~(-3)、0.0 039、0.0 040,说明其遗传多样性较为丰富。三江黄牛群体Tajima'D为-0.06 832,推测可能由于群体内存在不平衡选择所致。【结论】本研究为进一步分析与经济性状相关的遗传学机制和保护三江黄牛品种遗传多样性提供了基因组数据支持。     

基于全基因组重测序挖掘大白- 长白二元母猪产仔数性状候选基因

【目的】产仔数是种用母猪的重要经济指标，挖掘调控母猪产仔数性状相关的候选基因，探索调控二元母猪为代表的商品猪繁殖力遗传机制，为进一步应用分子选育奠定基础。【方法】采用全基因组重测序对极端高产与极端低产的两组大长二元母猪进行比较分析，并利用选择消除分析方法取F_st和θ_π信号交集为高选择区域，进行基因注释和候选基因筛选。【结果】在两组样本中共发现8 040 367个SNP,50.6%的SNP位于基因间区域，45.2%的SNP位于内含子区域，在外显子区域、非编码区3’端、5’端的SNP分别仅占1.0%、1.1%、0.6%，其中位于基因组外显子区域的SNP中，有28 879个为非同义变异，占比35.0%。提取位于外显子区域、内含子区域、非编码区3’端和5’端的SNP位点进行基因注释，共筛选到两组样本间的差异基因有1 136个。对差异基因进行KEGG与GO富集分析，筛选得到可能影响生殖性能和产仔数性状相关的候选基因共10个，包括EPHA4、SMAD7、GLI2、LRP1B、WT1、BAX、BCAT2、IL1B、FAF1，基因功能主要涉及胚胎发育、细胞凋...     

3种猪孕酮受体基因(pgr)多态性分析

采用混合基因组DNA池PCR扩增和测序技术,对小梅山猪、枫泾猪、大白猪pgr基因的外显子区域进行扫描,共发现1个单核甘酸多态性位点(SNP)。外显子1序列中1 319 bp处发生C→T的碱基突变,即C1319T,未引起氨基酸的变化,属于同义突变;针对突变位点,建立错配PCR–限制性长度多态性(RFLP)方法进行检测,发现3种猪的pgr基因可以分为AA、BB、AB 3个基因型,小梅山和枫泾猪有AA、AB 2种基因型,大白猪中有BB、AB 2种基因型。     

基于全基因组重测序的山羊产羔数性状关键调控基因的筛选

目的 对产羔数不同的山羊进行全基因组重测序分析，挖掘参与调控川中黑山羊产羔数性状关键调控基因，为解析山羊产羔数性状遗传机制及分子遗传改良提供理论依据。方法 选择6只产4—6羔的川中黑山羊为高繁组（high fecundity, HF）和6只产单羔的川中黑山羊为低繁组（low fecundity, LF），采集颈静脉血液样本提取基因组DNA，构建350 bp双末端测序文库，利用Illumina HiSeq PE150平台对12个文库进行全基因组重测序。测序产出的净数据经BWA软件比对至山羊参考基因组ARS1，所获得的高质量SNPs通过两种全基因组扫描分析方法（Fst、Hp）的综合分析确定候选区域，候选区域的注释基因分别利用g:Profiler和KOBAS在线数据库进行GO分析与KEGG通路分析，以筛选调节川中黑山羊产羔数性状候选基因。为了进一步鉴定调节山羊产羔数目的关键遗传标记，根据基因组重测序变异分析，对繁殖候选基因的同义与非同义SNPs进行定位筛选，后续将12个山羊样本的扩增产物进行Sanger测序以验证重测序结果。结果 12只山羊共获得431.50 Gb 净数据，经变异检测与注释发现，HF组山羊共发现7 771 417个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNPs)，LF组山羊检测到8 935 907个SNPs，且LF组各类SNPs 均多于HF组。设置同时达到top 5%最大ZFst值和top 5%最小ZHp值的窗口为候选区域，在低杂合性、高遗传分化的区域共注释130个强选择信号，其中HF组、LF组以及共享窗口的注释基因分别为84、59和13个，经GO富集与KEGG通路分析发现，19个候选基因参与川中黑山羊的繁殖、繁殖过程和胚胎发育等调控，包括11个HF组特异性候选基因（ADCY10、DRD1、HS6ST1、IGFBP7、MSX2、NOG、NPHP4、PAPPA、PRLHR、TDRP和XYLT1），5个LF组特异性候选基因（ANXA5、IGF1、EDNRA、FANCL 和TAC1）和3个HF组与LF组共享窗口基因（AKR1B3、HDAC4和OPRM1）。同时，大多数GO分析，如G蛋白偶联受体活性、激素反应和神经肽信号通路等，都包含这19个候选基因。此外，14个HF候选基因有9个显著富集在代谢途径、神经活性配体-受体相互作用、糖胺聚糖-硫酸乙酰肝素/肝素的生物合成、钙离子信号通路、cAMP信号通路和叶酸生物合成等KEGG通路中（P<0.05）。19个繁殖候选基因中共有2个同义突变（MSX2 G771T，ADCY10 A4662G）与2个非同义突变（PRLHR G529A，DRD1 A281T），且仅定位于HF候选基因中。Sanger测序发现，MSX2、PRLHR和DRD1突变位点均可检测到多态性，与基因组重测序结果一致，其中PRLHR G529A多态性导致第177位丙氨酸突变为苏氨酸，DRD1 A281T多态性导致翻译提前终止。结论 本研究共发现11个HF组特异性候选基因，推测是川中黑山羊多羔性状的关键调控基因，PRLHR外显子G529A与DRD1外显子A281T突变可能是调控山羊多羔性状的关键遗传标记，在改良山羊繁殖性能方面具有较大的应用价值。     

猪肛门闭锁候选基因FN1的克隆及其编码区突变

利用猪的SNP芯片筛选锁肛致病候选基因,在猪15号染色体候选区域筛选出纤连蛋白1(fibronectin 1,FN1)基因。分别用锁肛猪和正常猪cDNA池克隆得到FN1基因开放阅读框的7 437bp序列,鉴定3个选择性剪切外显子,并通过直接测序获得21个编码区单核苷酸多态位点(SNPs)。其中第22外显子的148AG和第27外显子的50GC引起氨基酸的改变(1 167IleVal,1 435Glu-Asp),且这2个SNPs在现有锁肛猪和正常猪样品中基因型频率和基因频率均差异显著。研究结果提示FN1基因的突变可能影响肛门直肠的正常发育过程,但还需要进一步的功能验证。     

鸭蛋质量相关遗传变异及功能基因筛选与鉴定

本研究根据金定鸭个体蛋质量情况，选择2种极端表型，分为高蛋质量组(WH)和低蛋质量组(WL)。基于混池全基因组重测序和选择清除分析技术筛选组间差异显著基因组区域内的单核苷酸多态性(SNP)位点及相关功能基因，并通过单个样本重测序对筛选的蛋质量相关SNP进行验证，分析各SNP位点不同基因型之间的蛋质量大小差异。研究发现，在低蛋质量组和高蛋质量组获得的高质量reads数量分别为194 115 424和228 089 084,共定位到SNP差异显著区间178个，共富集到受选择候选基因40个，而且这些区间和基因均位于Z号染色体。鉴定出候选基因ARSB上Z-22908831、Z-22966695突变位点显著影响300 d、450 d蛋质量，RORB上Z-35251072、Z-35256947突变位点显著影响450 d蛋质量，RORB上Z-35278196突变位点显著影响300 d、450 d蛋质量，RASEF上Z-39588570突变位点显著影响450 d蛋质量。本研究结果为通过分子育种技术提高蛋鸭产蛋性能选育提供了依据，加快了选育进程。     

绵羊MC1R和Agouti基因多态性与毛色性状的关联分析

[目的]MC1R和Agouti基因作为动物毛色主要候选基因,在调控黑色素的合成、参与毛色形成过程中起关键作用。研究绵羊MC1R和Agouti基因单核苷酸多态性,旨在探究MC1R和Agouti基因单核苷酸多态性与绵羊毛色的关系。[方法]随机采集特定杂交模式群体中黑色和白色绵羊的颈静脉血样各30份,提取DNA,并用PCR技术扩增MC1R和Agouti基因cDNA序列,测序获得目的片段碱基序列,比对后筛选分析MC1R和Agouti基因编码区SNPs位点,用SHEsis在线软件对单碱基突变位点连锁不平衡和单倍型分析。[结果]结果表明,受试群体中检测到的MC1R基因中有5个碱基突变位点,其中3个同义突变,2个错义突变;Agouti基因中检测到外显子4上有2个碱基突变位点,其中1个同义突变,1个错义突变。关联分析表明,Agouti基因中的2个突变位点及MC1R基因中的2个错义突变与被毛表型不相关(P0.05),MC1R基因中的3个同义突变位点与毛色性状显著相关(P0.05)。连锁不平衡发现,MC1R基因5个突变位点之间的连锁程度较强,单倍型分析表明,该群体中有8种单倍型组合,其中TGTGT和TGCTT与毛色显著相关(P0.05)。[结论]Agouti基因外显子的单核苷酸突变多态性与其被毛不相关,MC1R基因3个同义突变位点和2个单倍型组合与毛色性状相关。     

牦牛DQA2基因单核苷酸多态性及其生物信息学分析

利用基因组DNA混合池扩增产物直接测序的方法对55头牦牛DQA2基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)进行分析,并利用生物信息学软件预测分析了SNP位点对DQA2基因mRNA和蛋白质二级结构的影响。结果显示:牦牛DQA2基因多态性较高,共检测到14个SNP位点,仅有1个SNP位点位于内含子1上,其余13个均位于外显子区域,其中,9个SNP位点为错义突变,导致相应氨基酸发生改变。二级结构预测结果表明:8个SNP位点增大了mRNA二级结构的稳定性,4个位点降低了mRNA二级结构的稳定性。错义突变SNP位点均改变了牦牛DQA2蛋白质二级结构,突变前后二级结构各组分中无规则卷曲所占比例最高,其次为延伸链,β-转角的比例最低。研究结果为探究牦牛主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)基因的致病机制和免疫机制提供了有利条件,也为筛选牦牛抗病分子标记提供了理论基础。     

火炬松生长和松脂性状相关候选基因的单核苷酸多样性分析

[目的]对火炬松Pinus taeda生长和松脂产量相关功能基因单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)位点进行筛选与分析,为分子标记辅助育种提供技术基础.[方法]利用生物信息学对火炬松cDNA文库进行整理、比对、剪接、注释,挑选出与生长素、赤霉素、细胞分裂素及蒎烯合成相关的非重复序列基因(Unigene)作为候选基因片段,利用MEGA5.0和DnaSP4.0软件对火炬松36个单株的8个候选基因片段进行序列比对和分析.[结果]所测序列总长为5 177 bp,检测到184个SNP位点,平均36.9 bp的基因序列中出现1个SNP位点,其中123个为非同义突变、61个为同义突变SNP位点.核苷酸多态性πa和θw分别为0.020和0.016.对8个候选基因片段内SNP位点进行的连锁不平衡分析显示,随着核苷酸序列长度的延伸,SNP位点的连锁不平衡在基因内部迅速衰退(R2≤0.2).[结论]在火炬松中,基于候选基因内SNP位点间的连锁不平衡作图是可行的.     

不同鸡种BF2基因序列比较分析

利用目标区域捕获测序技术对BF2(Major histocompatibility complex class I antigen BF2)基因进行序列测定,找出不同鸡种BF2基因序列上的差异。以NCBI网站上Gallus_gallus-5.0的BF2基因序列为参照标准。利用MEGA6.06软件对25个鸡种的基因序列进行比对分析,统计SNPs位点和Indel位点,并构建系统进化树进行分析。结果表明:在BF2第2、3外显子上分别存在22和31个有义突变,占BF2基因全部有义突变的78%,表明BF2基因的第2、3外显子起重要作用且拥有丰富的多态性。第5、6、7外显子属于保守区域。25个鸡种大致可被分为3大类:鹿苑鸡、如皋黄鸡、溧阳鸡和太湖鸡等聚为一类;罗斯鸡和隐性白羽肉鸡等聚为一类;雪山鸡和广西黄鸡等聚为一类。表明中国地方鸡品种间的同源性较小,BF2基因在不同鸡种上具有丰富的遗传多样性,在第2外显子上C/T突变和第3外显子上A/C突变可作为BF2基因有关抗病的候选SNPs位点。     

不同鸡品种NFKB1基因SNPs筛选与进化分析

以27个鸡品种为试验材料,通过目标捕获测序技术检测NFKB1基因SNPs位点多态性,分析鸡NFKB1基因的遗传效应;通过最大简约法进行系统进化树构建,探讨NFKB1基因的多态性与不同鸡品种的关系。结果表明:27个鸡品种的NFKB1基因上共存在233个突变位点,其中外显子存在6个突变位点,显示出丰富的基因多态性;外显子14上的SNPs位点特异性存在于隐性白羽鸡和AA鸡,并引起了相应的氨基酸变化,该位点可作为这一基因的特异性候选位点。同时,NFKB1基因在外来鸡品种与地方鸡品种、蛋用型与肉用型鸡品种间存在差异,为进一步研究不同鸡品种间的差异提供参考资料。     

林麝FSHβ、LHβ基因多态位点与产香性能关联分析

【目的】为加快高产香林麝群体的选育,本文通过分析FSHβ和LHβ基因多态性位点与产香性能的关联性,以期从遗传水平上寻找林麝产香性能标记位点。【方法】研究利用新一代测序技术,采用DNA混池测序方法对100个林麝血液样本进行SNP扫描,重点关注2个候选基因的基因区或上下游2 kb区域;运用质谱分析,对74只林麝的20个候选SNP位点进行定位分析;再结合生产实际,利用产香数据与这些SNP位点进行关联分析。【结果】位于FSHβ的2个SNP和LHβ的1个SNP位点与林麝泌香性能高度相关(P0.05);这3个SNP均位于基因的非编码区,提示这些突变位点可能与顺式调控作用有关。【结论】3个突变位点的发现可作为分子标记运用于林麝的人工选育,并为高产香林麝群体培育选种提供辅助依据。     

促黄体素(LH)β亚基基因的单核苷酸多态性及其与猪繁殖性状的相关性

采用PCR-SSCP结合测序的方法,在民猪、长白猪及其杂种母猪3个群体中检测了LHβ亚基基因第2、第3外显子的多态性,并对该基因的多态性与繁殖性能的关系进行了研究。结果表明,LHβ亚基基因的第2外显子存在一个SNP位点(1757,T→C),但该位点的突变是同义突变,没有导致编码氨基酸的改变,在第3外显子上未发现SNPs位点。对第2外显子的SNP位点(1757,T→C)与繁殖性状的相关分析结果表明,不同基因型的民猪母猪的产仔数和初生窝重有显著差异(P<0.01),初生活仔窝重也有明显差别(P<0.05)。     

不同鸡种BF2基因序列比较分析

利用目标区域捕获测序技术对BF2(Major histocompatibility complex class I antigen BF2)基因进行序列测定,找出不同鸡种BF2基因序列上的差异,为鸡抗病育种研究提供基础材料。用NCBI网站上Gallus_gallus-5.0的BF2基因序列为参照标准。利用MEGA6.06软件对25个鸡种的基因序列进行比对分析,统计SNPs位点和Indel位点,并构建系统进化树进行分析。结果发现在第2、3外显子上分别存在22和31个有义突变,共占据了BF2基因有义突变的78%,表明BF2基因的第2、3外显子起重要作用且拥有丰富的多态性。第5、6、7外显子属于保守区域。25个鸡种大致可被分为3大类,鹿苑鸡、如皋黄鸡、溧阳鸡和太湖鸡等聚为一类;罗斯鸡和隐性白羽肉鸡等聚为一类;雪山鸡和广西黄鸡等聚为一类,表明中国地方鸡品种间的同源性较小,BF2基在不同鸡种上具有丰富的遗传多样性,在第2外显子上C/T突变和第3外显子上A/C突变可作为BF2基因有关抗病的候选SNPs位点。     

c-GMP诱导对盐胁迫下番茄的转录组分析

以市场常见的番茄为材料,采用Illumina高通量测序技术对NaCl胁迫、c-GMP诱导以及两者组合处理下番茄幼苗进行转录组测序。结果表明:共获得83.35 Gb的原始数据,Q30碱基百分比在90.91%及以上,分别将各样品的原始读数与指定的参考基因组进行序列比对,比对效率从88.03%到92.74%不等。同时将得到的31 734条序列注释到不同的数据库(GO、KEGG、KOG、NR、Pfam、Swiss-Prot和egg NOG),通过GO数据库,将其划分到细胞组分、分子功能以及生物学过程三大注释类别下的51个亚功能组中,通过COG数据库与KEGG数据库将其分别注释到25个类别与128个代谢通路。在NaCl胁迫、c-GMP诱导以及两者组合处理下共发现SNP位点127 944个,其中仅有22.6%的SNP位点位于非编码区。差异基因结果显示,c-GMP能诱导盐胁迫下更多基因的表达。该转录组测序数据可靠,结果覆盖面广,为番茄c-GMP诱导盐胁迫下基因挖掘与功能研究提供了理论依据。     

黄瓜杂交种品种鉴定SNP标记的初步分析研究

将11个华北型黄瓜杂交种F1代进行基于Illumina HiSeq X10平台的全基因组重测序,测序深度10X。样本基因组DNA采用单株混合提取和混池二代测序。对测序原始数据经过数据质控获得有效读长基础上进行了二次筛选。最终在684 891个SNP变异信息中筛选出381个变异位点,其中的180个为位于核染色体组上的变异(166个SNPs,14个InDels变异)。使用Minimal marker对SNP位点进行三位点组合选择,挑选出可区分参试品种的25个非重复SNP位点,35种三位点组合,涉及基因组1～6号染色体。最后选择10个在5’和3’侧翼序列50bp内无过滤过变异的候选位点,用于PCR扩增验证。得到7个高质量SNP,包括:Chr1_14433374,Chr3_24329128,Chr3_32823086,Chr3_33307511,Chr5_1548305,Chr5_6143567和Chr5_26188907。采用KASP基因分型技术验证,这7个位点的分型结果与二代测序结果吻合。     

团头鲂MHCⅡ α基因的SNP位点开发、鉴定及与抗病性状关联分析

用嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)感染团头鲂(Megalobrama amblycephala)区分抗病和易感组,通过PCR扩增及测序在MHCⅡα基因上筛选单核苷酸多态位点(single nucleotide polymorphisms,SNP),利用高分辨率熔解曲线法和限制性内切酶酶切法对SNP进行分型,分析其多态性及与抗病性状之间的关系。在MHCⅡa基因上共筛选出35个候选SNP位点,占MHCⅡa基因总碱基的1.45%,包含30个转换位点、5个颠换位点。其中外显子部分有16个,内含子部分7个,5′非编码区有1个,3′非编码区有11个。有13个SNP位点位于编码区,占总氨基酸位点的5.56%,位于839bp的T/A颠换和1 663bp的A/G转换是无义突变,其余11个SNP位点为有义突变。α1结构域的SNP位点分别占总碱基和总氨基酸位点的4.88%和10.98%,明显高于α2结构域的1.08%和3.22%。MHCⅡα基因的21个抗原结合位点(peptide binding region,PBR)中,有4个位点变异,变异率为19.05%;而non-PBR的变异率仅为8.20%(5/61)。用SPSS软件对分型成功的5个SNP位点在易感和抗病组各100尾中的基因型频率和等位基因频率进行了统计。通过卡方检验分析发现位于1 395bp(T/A)位点的基因型频率和等位基因频率在易感和抗病组中差异极显著,位于221bp(G/T)和1 859bp(G/T)位点的基因型频率和等位基因频率在易感组和抗病组中差异显著。本研究结果表明团头鲂MHCⅡα基因的多态性和抗细菌性败血症性状显著关联。     

基于选择清除分析鉴定影响枣果实大小的基因

目的通过全基因组水平上比较大果型和小果型两种类型枣品种间遗传多样性水平,检测基因组的选择清除区域,以期鉴定影响枣果实大小的潜在相关基因,为解析枣果实大小差异形成的分子机制奠定基础。方法本研究通过利用12个大果类型枣品种和25个小果类型枣品种群体的简化基因组测序,获得SNP标记后进行主成分和遗传多样性分析,解析枣品种的群体遗传关系;同时,基于遗传分化系数（Fst）和核苷酸多态性（π）进行选择信号检测,进一步对受选择区域所包含的基因进行基因功能及通路的生物信息学分析,并对其中与细胞周期调节以及激素相关的基因在‘桐柏大枣’和酸枣果实中的相对表达量进行了比较分析。结果共获得130 077个高质量的SNPs,大果群体的遗传多样性（π:0.32）低于小果群体（π:0.33）,大果和小果群体分别检测到83和149个受选择基因。通过基因的功能注释和富集分析,我们确定了6个参与细胞周期或激素合成调控途径的候选基因（LOC107404981、LOC107406728、LOC107424132、LOC107426306、LOC107418232、LOC107432595）。qRT-PCR检测发现,LOC107424132、LOC107426306、LOC107418232、LOC107432595表达量在花后75天增加,候选基因LOC107404981、LOC107406728的表达量在花后45天和75天显著增加。进一步分析发现这些候选基因在枣品种和酸枣之间存在差异表达。结论结果表明LOC107404981、LOC107406728基因可能与枣果实大小的分子调控有关,为进一步揭示该基因的调控机制奠定了基础。      

基于EST序列的玫瑰EST-SNP位点发掘与分析

[目的]发掘出一批玫瑰SNP候选位点,为进一步开发玫瑰EST-SNP标记及研究玫瑰遗传背景、相关性状的分子标记等打下基础.[方法]从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的dbEST数据库下载27125条玫瑰EST序列,经生物信息学方法分析,发掘玫瑰EST-SNP位点,并对其所在核苷酸序列进行功能注释分析.[结果]对27125条EST进行拼接,共得到3544条重叠群(Contigs),其中有243个Contigs含有SNP候选位点.从中筛选出224个候选EST-SNP位点,其碱基突变类型中转换和颠换的数量分别占SNP候选位点总数的59.8%和27.2%.通过序列比对分析,发现有22个SNP位点来源于蔷薇科植物(与玫瑰同科),其中来源于野草莓的基因最多(8个),另有15个SNP位点所在的EST序列与某些软体动物门物种的基因具有较高同源性.[结论]NCBI中的玫瑰EST数据库数据庞大,足够发掘出大量的SNP标记,使得以EST-SNP对蔷薇科玫瑰等植物进行品种鉴定、分类、遗传多样性分析具有可行性.