桑树ISSR-PCR反应体系建立及优化

采用正交试验设计L_(16)(4~5)对桑树ISSR-PCR反应体系中的模板DNA、引物、Mg~(2+)、dNTPs和rTaq酶5个因素及反应程序中变性时间、退火时间、延伸时间和循环数进行优化分析。结果表明,各因素水平变化对反应体系的影响大小依次为DNA模板rTaq酶Mg~(2+)引物dNTPs。最终确立了最佳反应体系,即在10μL反应体系中,含25 ng/μL DNA模板1μL、10×PCR buffer 1μL、20μmol/L引物0.2μL、2.5 mmol/L Mg~(2+) 0.8μL、2.5 mmol/L dNTPs 1μL、5 U/μL rTaq 0.1μL。优化得到的反应程序为94℃预变性5 min;94℃变性40 s,合适的退火温度退火45 s,72℃延伸90 s,40个循环;72℃延伸10 min,16℃保存。通过梯度PCR,确定引物ID37的退火温度为49.5℃。稳定性检测表明该体系能用于桑树ISSR分析。     

濒危植物蒙古扁桃ISSR反应体系优化

为利用简单重复序列区间(inter simple sequence repeat,简称ISSR)技术研究蒙古扁桃资源遗传多样性评价和种质资源鉴定,利用正交试验法进行L_(16)(4~5)正交设计,从Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq聚合酶活性和模板DNA质量5种因素和4个浓度水平来优化蒙古扁桃ISSR-PCR反应体系。结果表明,最佳反应体系如下:在25μL反应体系中加入2.0 U Taq聚合酶,引物浓度0.80μmol/L,Mg~(2+)浓度2.0 mmol/L,dNTPs浓度0.25 mmol/L,模板DNA质量50 ng。对蒙古扁桃ISSR-PCR反应影响程度排序依次为Taq聚合酶活性引物浓度Mg~(2+)浓度dNTPs浓度模板DNA质量。     

褐苞薯蓣ISSR-PCR反应体系的建立与优化

通过单因素考察结合正交试验的方法,基于反应体系中Taq DNA聚合酶量、DNA模板用量、dNTPs浓度、引物浓度、Mg~(2+)浓度等因素对简单重复序列间扩增(ISSR)反应体系进行优化。结果表明,褐苞薯蓣ISSR-PCR的20μL最佳反应体系为Taq DNA聚合酶1. 875 U,DNA模板量52. 5 ng,d NTPs浓度0. 25 mmol/L,引物浓度0. 437 5μmol/L,Mg~(2+)浓度1. 5 mmol/L,10×Taq Buffer 2. 0μL,其余用dd H_2O补齐。     

利用正交试验设计优化桂花的SSR-PCR体系

以潢川金桂DNA为SSR-PCR扩增模板,采用L_(16)(4~5)正交设计对Taq酶用量、Mg~(2+)浓度、模板DNA用量、dNTPs浓度以及引物浓度在4个水平上进行了优化,建立了桂花SSR-PCR反应的最佳体系,即在10μL反应体系中,不同成分的最佳含量为Taq酶0.2 U、Mg~(2+)3.0 mmol/L、模板DNA 40 ng、dNTPs 0.60 mmol/L、引物0.8μmol/L。应用最佳体系对引物Of P50进行退火温度的优化,得到最适退火温度范围为60~62℃。     

花生疮痂病菌ISSR-PCR反应体系的建立和优化

建立和优化了花生疮痂病菌ISSR-PCR反应体系,为研究花生疮痂病菌遗传多样性及遗传结构提供理论基础。采用正交试验和细调性单因素试验对模板DNA用量、最适引物、引物浓度、Mg~(2+)浓度、Taq酶浓度、d NTPs浓度以及退火温度等影响ISSR反应结果的各因素进行了研究。最优体系中各成分浓度分别为Mg~(2+) 2. 0 mmol/L,dNTPs 0. 2 mmol/L,Taq酶1. 5 U,引物0. 88μmol/L,模板DNA 30～40 ng/25μL;筛选出8条适用于花生疮痂病菌遗传多样性分析的ISSR引物。     

小豆SSR-PCR反应体系优化及引物筛选

为探索适宜小豆SSR-PCR反应的最佳条件以筛选具有多态性的SSR引物,采用L16(45)正交设计优化影响小豆SSR-PCR反应的5个因素(Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、Taq用量、引物浓度、模板DNA用量),利用优化后的SSR-PCR体系,以10份小豆种质为模板,对80对小豆(50对)和绿豆(30对)的SSR引物进行多态性筛选,得出小豆SSR-PCR的最佳反应体系(20μL):Mg~(2+)浓度2.5 mmol/L,dNTPs浓度1.0 mmol/L,Taq活性1.5 U,引物浓度0.6μmol/L,模板DNA用量30 ng。利用优化后的体系在小豆和绿豆引物中筛选出31对条带清晰、多态性丰富、重复性好的SSR引物,有效扩增率为38.75%。小豆SSR-PCR优化体系的建立及多态性引物的筛选为进一步开展小豆遗传育种研究奠定了基础,为小豆遗传多样性分析和遗传图谱库构建等研究提供了技术参数和理论依据。     

濒危植物蒙古扁桃SRAP反应体系优化

为利用SRAP技术研究蒙古扁桃资源遗传多样性评价和种质资源鉴定,利用正交试验法L_(16)(4~5)正交设计,对影响蒙古扁桃SRAP-PCR反应体系的Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶量、引物浓度4个因素以及模板DNA浓度进行筛选。优化的蒙古扁桃SRAP-PCR最佳反应体系为Mg~(2+)浓度为2.5 mmol/L,dNTPs浓度为0.25 mmol/L,模板DNA浓度为100 ng,Taq酶浓度为2.00 U,引物浓度1.0μmol/L,2.5μL 10×PCR buffer,总体积为25μL。筛选结果表明,对蒙古扁桃SRAP-PCR扩增结果影响最大的是Taq聚合酶浓度,最小的是dNTPs浓度。运用该体系对144个随机SRAP引物组合进行筛选,筛选出12个条带清晰、多态性高的引物组合,为蒙古扁桃种质资源的研究奠定了基础。     

木槿ISSR-PCR反应体系的建立及优化

建立木槿ISSR-PCR反应体系,为木槿种质资源的创新与鉴定提供理论基础。采用正交试验法,对影响PCR结果的Taq酶用量、Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、模板DNA用量及引物浓度5个因素进行分析,采用单因素试验对退火温度进行筛选,并利用最佳体系对24个木槿品种进行扩增验证。结果表明,最优反应体系(25μL)中,含10×buffer(Mg~(2+) free) 2.5μL、Taq酶0.75 U、Mg~(2+) 2.0 mmol/L、dNTPs 0.10 mmol/L、模板DNA 100 ng、引物0.5μmol/L。PCR反应程序为94℃预变性2 min;94℃变性30 s,50℃退火30 s,72℃延伸1 min,34个循环;72℃延伸6 min,4℃保温。建立的体系对24个木槿品种能够扩增出清晰稳定、无拖带、多态性高的条带。     

绿豆SSR-PCR反应体系的建立与优化

为探究影响绿豆SSR-PCR反应的因素,建立绿豆SSR-PCR最佳反应体系,为绿豆遗传多样性分析、品种鉴定等提供参考。采用正交设计与单因素试验联合分析法,从Mg~(2+)、Taq酶、引物、d NTPs及模板DNA 5个因素对绿豆SSR-PCR反应体系进行优化分析。5个因素中,Mg~(2+)对SSR-PCR结果影响最大。SSR-PCR反应最佳体系为20μL体系中含0.8 mmol/L Mg~(2+)、1.25 U Taq酶、1.4μmol/L引物、1.8 mmol/L d NTPs、25 ng模板DNA。该绿豆SSR-PCR反应体系的建立为进一步利用SSR分子标记技术研究绿豆资源奠定了基础。     

柽柳cpSSR-PCR反应体系的建立和优化

[目的]建立并优化柽柳cpSSR-PCR反应体系和反应条件。[方法]对影响PCR反应的5个变量(Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、模板DNA浓度)进行L_(16)(4~5)正交试验设计,并对引物退火温度进行梯度筛选。[结果]最优反应体系:Mg~(2+) 2.0 mmol/L、dNTPs 0.125 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.25 U、引物0.25μmol/L、模板DNA 20 ng,共10μL。反应程序:94℃预变性4 min;94℃30 s,引物退火温度30 s,72℃30 s,30个循环;72℃延伸10 min。[结论]该反应体系成功扩增1个柽柳天然群体的23个个体,为柽柳群体扩散路线的确定奠定基础。     

珍稀濒危植物银缕梅ISSR-PCR反应体系建立及优化

[目的]建立和优化银缕梅ISSR-PCR反应体系。[方法]采用正交试验和单因子试验对影响PCR扩增体系中的Mg~(2+)浓度、dNTPs、模板DNA及引物浓度、Taq酶用量5个因子进行分析研究。[结果]银缕梅ISSR-PCR 25μL反应体系中5个因子最优水平:DNA模板(20 ng/μL)2.50μL,引物(10μmol/L)1.00μL,Taq酶(5 U/μL)0.10μL,Mg~(2+)(25 mmol/L)3.00μL,d NTPs(2.5 mmol/L)1.50μL。[结论]银缕梅ISSR-PCR反应最优体系的建立为进一步利用ISSR对其进行分子标记辅助育种、分子指纹图谱构建和遗传多样性分析等后续研究奠定了基础。     

玉叶金花SSR-PCR体系的优化

[目的]优化玉叶金花SSR-PCR扩增反应体系。[方法]以红纸扇为材料,采用正交设计和单因素试验方法,从Mg~(2+)、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物、模板DNA浓度以及退火温度4个方面对玉叶金花SSR-PCR体系进行优化,并采用4对SSR引物和4种玉叶金花植物样品进行验证。[结果]玉叶金花20μL的SSR-PCR反应最优体系为Mg~(2+)浓度1.50 mmol/L、d NTPs浓度0.150 mmol/L、引物浓度0.45μmol/L、TaqDNA聚合酶2.00 U、模板DNA 15 ng、退火温度53.4℃。[结论]该反应体系的扩增条带清晰、稳定、重复性好,可用于玉叶金花的SSR分子标记开发、物种分子鉴定、遗传多样性分析和谱系关系构建等相关研究。     

龙爪槐SRAP-PCR反应体系的建立与优化

以龙爪槐(Sophora japonica f.pendula Hort.)叶片为材料,采用L_(16)(4~5)正交设计试验,对SRAP-PCR反应体系中的Mg~(2+)、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物和模板DNA用量5个因素进行优化,并确立适用于龙爪槐SRAP-PCR反应的最佳体系。结果表明,龙爪槐SRAP-PCR反应的最佳体系为反应总体积12.5μL,Taq酶0.10 U、Mg~(2+)3.0 nmol/L、dNTPs 2.5 nmol/L、正反向引物均为1.2 nmol/L、DNA 100ng,其余体积用ddH_2O补足。各因素水平变化对反应体系的影响影响大小依次为引物、模板DNA、Mg~(2+)、dNTPs、Taq酶。用35个龙爪槐样品对优化体系进行验证,均得到条带清晰、多态性丰富的图谱,证实了该体系的稳定性。     

绿绒蒿SSR-PCR反应体系的建立与优化

为建立适合绿绒蒿属(Meconopsis Vig.)的SSR反应体系,以多刺绿绒蒿(M.horridula)为试材,应用L_(25)(5~6)进行正交试验,对影响SSR-PCR的主要因素进行优化。结果发现,Mg~(2+)对PCR反应效果影响最大,而dNTPs的影响最小。5个因素水平的变化对绿绒蒿属SSR-PCR反应体系的影响从大到小依次为Mg~(2+)Taq酶含量引物浓度DNA模板量dNTPs浓度。适宜绿绒蒿属的SSR反应体系:总体积25μL,Mg~(2+)浓度2 mmol/L,dNTPs浓度0.2 mmol/L,引物浓度0.5μmol/L,DNA模板量60 ng,Taq聚合酶量1.6 U,其余用ddH_2O补充。扩增程序为94℃1.5 min;94℃20 s,最适退火温度20 s,72℃1 min,共35个循环;72℃5 min;4℃保存。利用优化后的反应体系对同属另外8种绿绒蒿(M.wallichi、M.racemosa、M.lingholm、M.prattii、M.rudis、M.napaulensis Pinky、M.paniculata、M.superba)进行PCR扩增,均获得优良的扩增产物。因此,该试验建立的反应体系适用于绿绒蒿属植物的SSR-PCR反应。     

椰子SSR-PCR反应体系的优化

为进一步开发利用椰子种质资源和开展分子标记辅助幼苗早期筛选及遗传育种工作,采用L_9(3~4)正交试验设计,探索了椰子SSR-PCR的最佳反应体系。通过对模板DNA、Mg~(2+)、dNTPs、Taq酶、引物、退火温度的筛选优化,建立了椰子SSR-PCR最佳反应体系(10μL)为:模板DNA 60 ng、Mg~(2+)2.5 mmol/L、dNTP 250μmol/L、Taq酶0.5μmol、引物0.5μmol/L、退火温度58℃,在该体系条件下,PCR扩增条带最为清晰,该反应体系的优化,为今后应用SSR标记技术为椰子群体结构分析、种质资源丰富度、基因定位和遗传育种等研究奠定工作基础。     

早熟马铃薯 ISSR-PCR反应体系优化及引物筛选

为得出马铃薯ISSR-PCR最佳的反应体系,采用正交试验设计,对rTaq DNA聚合酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs和引物进行5因素4水平筛选.结果表明,马铃薯ISSR-PCR的最佳反应体系为:总体积25 μL的反应体系中含有rTaq DNA聚合酶0.5 U、Mg2+浓度为2.5 mmol/L、模板DNA用量为75 ng、dNTPs浓度为200 μmol/L、引物浓度为0.8 μmol/L.这些因素对PCR反应的影响大小顺序为Mg2+浓度＞rTaq DNA聚合酶用量＞dNTPs浓度=引物浓度＞模板DNA用量.应用该最佳反应体系对39条ISSR引物进行筛选,得出15条条带清晰、条带数多、重复性好的引物.并通过退火温度梯度试验得出筛选引物的最佳退火温度.     

玉米自交系SSR技术反应体系的优化

以玉米自交系为材料,研究了PCR反应体系的Mg(2+)浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶浓度、模板DNA浓度及退火温度对玉米自交系SSR扩增结果的影响,确定适合玉米自交系SSR分子标记研究的优化体系.最终确定总反应体系为20μmol/L,Mg(2+)浓度3.0mmol/L、dNTPs 0.1mmol/L、引物0.45μmol/L、Taq DNA聚合酶0.4U、模板DNA 50ng.PCR扩增条件:94℃预变性5 min;94℃ 45s,56℃ 45s,72℃ 1 min,35个循环;最后72℃5 min.     

国槐SSR-PCR反应体系的建立与优化

利用单因素试验结合L₁₆（4⁵）正交试验设计对国槐SSR-PCR反应体系中的5个主要影响因素(Mg²⁺、引物、dNTPs、ExTaq酶、模板DNA用量)进行优化,确定最佳反应体系为（10μL）:25 mmol/L Mg²⁺1.0μL,2.5 mmol/L dNTPs 0.2μL,10μmol/L上下游引物共0.5μL,5 U/μL ExTaq酶0.05μL,30 ng/μL模板DNA 1.0μL,10×PCR Buffer 1.0μL,ddH₂O 6.25μL。随机挑选4对SSR引物和8个国槐种质对试验确定的最佳反应体系进行验证,均能获得清晰、稳定的条带。该优化反应体系的建立为利用SSR标记对国槐种质资源进行深入研究和利用奠定了基础。     

蛇莓RAPD与ISSR-PCR反应体系优化

采用单因素试验结合正交试验,对PCR反应体系中的5种主要反应因子Mg2+、dNTPs、TaqDNA聚合酶、引物、模板DNA浓度进行优化筛选,确立了适合蛇莓基因组DNA的RAPD和ISSR反应体系,RAPD反应体系(20μL):Mg2+1.5 mmol/L、dNTPs 250μmol/L、Taq酶1 U、引物0.2μmol/L、DNA模板60 ng;ISSR反应体系(20μL):Mg2+2.0 mmol/L、dNTPs 250μmol/L、Taq酶0.5 U、引物1μmol/L、DNA模板60 ng。利用确立的体系对24份蛇莓种质进行扩增,结果条带清晰明亮,多态性好。     

籽用西瓜SCoT-PCR反应体系优化及引物筛选

采用L_(25)(5~6)正交试验设计,对影响目标起始密码子多态性-聚合酶链式反应(SCoT-PCR)的5个因素(Taq酶用量、Mg~(2+)浓度、模板DNA用量、dNTPs浓度和引物浓度)进行优化试验,建立了籽用西瓜SCoT-PCR反应体系:Mg~(2+)2.5mmol·L~(-1)、dNTPs 0.15mmol·L~(-1)、Taq酶1.5U、引物0.5μmol·L~(-1)、模板DNA 20ng,总体积20μL。比较各因素对扩增反应的结果,其中以Mg~(2+)浓度的影响最大,Taq酶用量的影响最小。应用22个籽用西瓜品种验证该体系稳定可靠,并从41个SCoT引物中筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的22个引物,并逐一筛选出最适退火温度。该反应体系的建立为今后利用SCoT标记技术对籽用西瓜种质遗传多样性评价、指纹图谱构建、种质鉴定、分子标记辅助选择育种等研究提供了新的技术手段。