TaqMan荧光定量PCR快速检测锦鲤疱疹病毒方法的建立与应用

本研究采用一步DNA提取法快速提取锦鲤组织样品中的DNA,利用针对锦鲤疱疹病毒(Koi herpesvirus,KHV)TK基因保守区设计的一对特异性引物、一条特异荧光探针,经反应体系优化,应用实时荧光定量PCR检测技术,通过对荧光信号的实时监测实现对KHV的定量检测。整个过程快速、简捷,操作简单,可对KHV进行快速有效的诊断,具有一定的应用价值。     

锦鲤疱疹病毒囊膜蛋白ORF132的克隆及分析

提取感染锦鲤疱疹病毒(KHV)的锦鲤(Cyprinus carpio koi)肾脏组织DNA,通过PCR扩增了KHV ORF132基因。该基因全长513 bp,所编码的蛋白包含170个氨基酸,分子量18.5 ku,等电点8.11,有信号肽以及2个潜在的O糖基化位点。应用DNA Star程序,通过综合分析二级结构柔性区、蛋白的亲水性、表面可能性、抗原性指数,预测KHV ORF132蛋白主要B细胞表位区段位于Leu40～Ala45、Asn53～Pro66、Arg97～Thr118、Ala125～Pro136、Glu140～Arg145、Asn160～Arg170。     

进口锦鲤暴发病病原的nested-PCR鉴定

为了查明锦鲤暴发性疾病的病因，将患病锦鲤的脑，肝，脾和肾等组织悬液接种到CO，CK和EPS等鱼类细胞系中培养，均未发现细胞病变，从病灶中取样进行病原菌的分离和培养，证明锦鲤有副溶血弧菌和嗜水气单胞菌的感染，制备锦鲤疱疹病毒（KHV）的2对引物KHV9/5F和KHV9/5R，KHV1和KHV2，用嵌套式聚合酶链式反应（nested-PCR)在脑和脾脏组织的抽提物中扩增出长度为412bp的特异性的DNA片段，将该片段的nested-PCR拉增产物纯化后，克隆，测序，用NCBI-Blast软件将测序结果，在Genebank中进行搜寻，比较，结果发现与注册号为AF411803的KHV基因序列的一部分片段有99%的同源性，因此初步判断这次锦鲤暴发性疾病是由KHV引起的，副溶血弧菌和嗜水气单胞菌起着继发感染的作用。     

锦鲤疱疹病毒潜伏感染实时荧光定量PCR检测方法的建立

为建立一种特异和敏感的检测锦鲤疱疹病毒(koi herpesvirus,KHV)潜伏感染的方法,以KHV Sph基因为靶序列设计特异性引物,通过条件优化建立Real–Time PCR检测方法,并且对该方法进行特异性和敏感性评估及临床样品应用研究。结果显示:建立的方法与鲤痘疱疹病毒、金鱼造血器官坏死病病毒和鳗鲡疱疹病毒均无交叉反应,特异性强;最低检出率为42拷贝/μL,灵敏度高。用本方法对63份临床样品进行检测,有锦鲤疱疹病毒病(KHVD)病史的18份样品的检测结果全为阳性,阳性率为100%;从有临床症状的鱼中得到的15份样品的检测结果全为阳性,阳性率为100%;30份无任何临床症状鱼中的6份被检测为阳性,阳性率为20%。本试验中建立的水生动物疱疹病毒潜伏感染快速检测方法,可为潜伏感染KHV的临床检测提供一种快速、敏感和特异的检测手段,可为KHVD的分子流行病学调查和预防提供参考。     

传染性喉气管炎病毒河南株TK基因的克隆与序列分析

根据传染性喉气管炎病毒TK基因的核苷酸序列设计并合成一对引物,利用该对引物PCR扩增出鸡传染性喉气管炎病毒河南株ILTV-CGI、LTV-XY及以色列疫苗株TK全长片段,并进行克隆、测序。结果显示3株ILTV的TK基因全长均为1 183 bp,包含一个开放性阅读框(1 092 bp),编码363个氨基酸的多肽;3株ILTV TK基因核苷酸序列完全一致,并与GenBank收录的ILTV美国632强毒株、北京E2株TK基因完全一致,而与山东烟台株、英国Thorne强毒株和英国216株TK基因核苷酸同源性均为99.5%,与其他疱疹病毒TK基因核苷酸同源性在19.1%～27.2%之间。分子进化分析揭示了各毒株间的亲缘关系。     

锦鲤疱疹病毒TaqMan荧光定量PCR快速检测方法的建立及应用

为建立快速有效的锦鲤疱疹病毒病检疫方法,根据锦鲤疱疹病毒(KHV)聚合酶基因(Sph)的保守序列设计1对引物和相应的TaqMan探针,建立了一种快速检测锦鲤疱疹病毒病荧光PCR方法。用建立的检测方法对细胞培养物进行检测,并与常规PCR对比,结果荧光PCR灵敏度高于普通PCR,能检出的最低拷贝数为1.6×102/μL。应用该方法对样品进行检测,结果表明:所建立的荧光PCR检测方法4 h内可报告检测结果。该方法具有快速、灵敏、特异及重复性好等特点,适用于锦鲤疱疹病毒的快速检疫。     

基于CRISPR/Cas9介导的同源重组技术构建TK、gE和gI基因缺失的伪狂犬病病毒

为构建TK、gE和gI基因缺失的伪狂犬病病毒(pseudorabies virus, PRV),采用CRISPR/Cas9介导的同源重组技术,对从湖北某猪场送检的病料中分离到的PRV HB2017株进行基因编辑,并利用蚀斑纯化等方法获取基因缺失株。随后,采用PCR、基因测序、间接免疫荧光试验、生长曲线测定及安全性和效力试验对基因缺失株的特性进行初步研究。结果显示:PRV HB2017株的TK、gE和gI基因已缺失,缺失毒株PRV HB2017ΔTKΔgE/gI与亲本毒株PRV HB2017株在PK-15细胞中的生长曲线差异不明显且具有较高的病毒滴度;PRV HB2017ΔTKΔgE/gI株传代至30代,TK和gE/gI基因缺失部分序列稳定,不能恢复;PRV HB2017ΔTKΔgE/gI株对仔猪是安全的;将该基因缺失株以10~(6.0) TCID_(50)和10~(7.0) TCID_(50)的病毒剂量接种仔猪,可保护仔猪免受10~(8.0) TCID_(50)病毒剂量强毒的攻击。     

山羊痘病毒TK基因的克隆与序列分析

设计特异性引物并应用PCR方法扩增山羊痘病毒QL、LD、Y、B株TK基因序列片段,将其克隆至pMD 18-T载体,构建重组质粒pMD18-T-TK.再将该重组质粒转化DH5α感受态细胞进行培养,对通过PCR、酶切鉴定为阳性的重组质粒进行序列测定.TK基因核苷酸和氨基酸同源性分析表明,4株测序毒株TK基因与参考毒株的同源性均为96.6%～100%,说明羊痘病毒TK基因具有高度的保守性.     

金鱼鲤疱疹病毒Ⅱ型的分子诊断

针对国内市场上流通的金鱼,开展CyHV-2的流行病学调查,并比较CyHV-2不同分离株的分子特征。结果显示:无明显临床症状的金鱼带毒率较高(13.89%),表明我国已有CyHV-2的分布。分子生物学研究显示,我国金鱼和异育银鲫来源的CyHV-2编码的解旋酶基因部分序列一致,表明异育银鲫来源的CyHV-2和金鱼来源的CyHV-2极可能为同一种病毒。同日本分离株(H.Fukuda)比较,我国金鱼来源的CyHV-2编码的DNA聚合酶基因片段序列同该毒株完全一致,但两者编码的衣壳体间三联蛋白和解旋酶各有1～2个氨基酸的差异,表明我国分布的CyHV-2同H.Fukuda毒株高度相似,但存在一定的差异。     

传染性喉气管炎病毒烟台株TK基因序列测定及TK蛋白功能初步分析

根据传染性喉气管炎病毒(ILTV)美国632株TK基因序列设计并合成1对引物,以ILTV烟台株DNA为模板扩增了TK基因,并对其进行了序列测定。将ILTV烟台株的TK基因和TK蛋白分别与ILTV美国632株,英国T horne株,B e ijing E 2株,BHV-1,EHV-1,EHV-2,FHV-1,HHV-1,HHV-2,HHV-3,HHV-4,HVT,M DV-1,M DV-2,PRV和SHV-2的TK基因和TK蛋白比较后发现,其TK基因的核苷酸和TK蛋白的氨基酸同源性分别为24.6%~99.5%和15.1%~98.9%,表明不同ILTV毒株之间TK基因和TK蛋白相对保守,但与其他α-疱疹病毒的TK基因和TK蛋白同源性则较低。     

鸭瘟病毒强弱毒株TK基因的克隆及序列比较分析

根据GenBank中已发表的鸭瘟病毒TK基因序列,设计一对引物,对1株鸭瘟病毒强毒和1株鸭瘟病毒疫苗毒进行PCR扩增。将扩增的目的片段分别克隆到pMD18-T载体,经EcoRⅠ和HindⅢ双酶切鉴定,获得阳性重组质粒,然后对阳性重组质粒进行序列测定及分析。结果表明,本实验所扩增的鸭瘟病毒TK基因及侧翼UL24基因大小为1 995 bp,鸭瘟强、弱毒株TK基因及侧翼UL24基因序列完全相同,该病毒TK基因与鸭瘟病毒其它毒株AY911509与AY963569,四川株DQ640611,AV1221株EF173464,sd-01株EF417996同源性分别为99.5%,99.9%,100%,99.9%,100%,而该病毒UL24基因与鸭瘟病毒其它毒株AY911511,DQ227739,EF417996同源性为99.9%,99.8%,99.9%,表明鸭瘟病毒强弱毒株TK基因及侧翼UL24基因高度保守。为构建鸭瘟病毒TK基因缺失的转移载体奠定了基础。     

鸭瘟病毒的分离鉴定及其UL2、TK基因序列分析

2015年,福建省福州地区2个鸭场(M18肉鸭场及蛋鸭场)发生大量鸭死亡,初诊疑似鸭瘟。为明确其病原,分别采集病死鸭肝脏、食道样品进行鸭瘟病毒特异性PCR检测和病毒分离,对获得的2株病毒分离株分别进行鸭已知病原的检测,确定均为鸭瘟病毒。对新分离鉴定的2株鸭瘟病毒株的UL2基因进行序列测定及分析发现,均具有强毒株的分子特征;经TK基因序列测定及分析表明,2株新分离的鸭瘟病毒株与强毒代表株、弱毒疫苗株的TK基因核苷酸同源性均高达98.7%。     

猪伪狂犬病毒TK基因的扩增及序列分析

为了解猪伪狂犬病毒TK基因的分子特征及分子流行病学特点,利用PCR对猪伪狂犬病毒SX株TK基因进行扩增和测序,并将测序结果与国内外经典毒株、疫苗毒株以及近些年的变异毒株进行序列比对分析。结果表明:SX株TK基因序列包含963 bp的编码区,共编码320个氨基酸;与国内流行的变异毒株核苷酸和氨基酸同源性为100%,与国内外其他经典毒株核苷酸同源性在99.4%—99.7%,氨基酸同源性在99.1%—99.7%。与经典毒株相比,变异毒株TK基因编码的蛋白大部分都出现了第215位由苏氨酸(T)突变为缬氨酸(V)和第284位由丙氨酸(A)突变为缬氨酸(V)。氨基酸进化分析也表明,SX株及变异毒株与经典毒株呈现各自独立的遗传进化分支。     

山羊痘病毒疫苗株TK基因的克隆与序列分析

用绵羊睾丸细胞培养山羊痘病毒疫苗株G14-STV44-55,提取其基因组为模板,设计TK基因的特异性引物并进行PCR扩增,获得了2405bp的DNA片段,并将PCR产物克隆至pGEM-TEasy载体。酶切鉴定、PCR鉴定和测序结果表明,成功获得了TK基因,获得的TK基因内存在唯一的ACC65I酶切位点和3′末端早期转录终止信号TTTTTN(T)T。核苷酸和氨基酸同源性分析表明,弱毒疫苗株G14-STV44-55TK基因与基因Bank中发表的13个参考毒株的同源性在96%和95%以上,说明羊痘病毒TK基因具有高度的保守性。     

山羊痘病毒TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立及应用

根据GenBank中山羊痘病毒(AY077835)gp063基因DNA序列,应用Beacon Designer 7.0软件,设计合成1对引物和1条TaqMan探针,同时制备含有靶DNA序列的pEASY-T1重组质粒标准品。通过引物、探针浓度的筛选及反应条件的优化,建立了山羊痘病毒TaqMan法实时荧光定量PCR。该方法组内和组间重复试验变异系数均低于2%,最低浓度检测极限值为1×100copies/μL,上机检测时间少于40 min。运用该方法对不同时期流行于云南局部的山羊痘临床组织病料进行定量检测,生成的标准曲线斜率(Slope)为-3.36,截距(Intercept)为41.08,相关系数(R2)为0.999 989,阳性对照及送检样品抽提DNA中病毒含量依次为:P(TK)2.70×105copies/μL,华坪(HP)毒株1.45×106copies/μL,景谷(JG)毒株5.12×105copies/μL,保山(BS)毒株2.96×105copies/μL,宣威(XW)毒株1.86×105copies/μL,永胜(YS)毒株1.36×103copies/μL。结果表明:所建立方法具有灵敏、特异、安全、快速的特点,适合于山羊痘的早期检测。     

猪伪狂犬病毒的分离鉴定及其gE、TK 全基因序列遗传变异分析

将分离到的8种PRV分离株的g E、TK基因与国内外的毒株进行核苷酸及氨基酸的序列同源性分析,结果发现,分离毒株的gE、TK基因与15株国内外已发表的代表毒株核苷酸及氨基酸的序列同源性分别为97.3%~99.9%、98.7%~99.9%;遗传进化分析结果表明,分离毒株与国内近年分离自不同省份的代表毒株亲缘关系较近,与国外分离的代表毒株亲缘关系较远;而对gE、TK基因氨基酸主要变异位点分析表明,gE和TK基因都有一些位点已经发生突变。结果表明猪PRV广东部分地区分离毒株已发生变异,为规模化猪场对猪伪狂犬病的净化以及疫苗的选择提供参考。     

鳜弹状病毒与传染性脾肾坏死病毒双重PCR检测方法的建立

【目的】建立鳜弹状病毒(SCRV)和传染性脾肾坏死病毒(ISKNV)的双重PCR检测方法。【方法】分别针对SCRV N基因和ISKNV MCP基因的保守区域设计特异性引物,通过优化退火温度和引物用量(μL)比,建立SCRV和ISKNV的双重PCR检测方法,并对该方法的敏感性和特异性进行检验。应用建立的双重PCR方法对20份临床样品进行单一和双重PCR检测,比较单一和双重PCR的检测结果。【结果】成功建立了SCRV和ISKNV双重PCR方法,该法特异性较强,对草鱼呼肠孤病毒(GCRV)、锦鲤疱疹病毒(KHV)、神经坏死病毒(NNV)、鲤春病毒血症病毒(SVCV)、新加坡石斑鱼虹彩病毒(SGIV)、罗非鱼湖病毒(TiLV)等鱼类常见病毒无扩增;敏感性较好,对2种病毒DNA的检测下限均为0.01 ng/μL。20份临床样品的双重PCR样品检测结果显示,3份为SCRV阳性,11份为ISKNV阳性,2份为SCRV和ISKNV混合感染,结果与单一PCR检测结果一致。【结论】建立的SCRV和ISKNV双重PCR检测方法特异性较强,敏感性较好,可用于鳜鱼SCRV与ISKNV的快速鉴别诊断和分子流行病学调查。     

2株兔出血症病毒全基因测定与遗传进化分析

对2株兔出血症病毒(RHDV)SCH04、Sch07进行全基因组序列测定,并进行同源性及遗传进化分析。按照病毒核酸组成,将病毒基因分7段进行RT-PCR扩增,将分段扩增产物分别克隆到p MD-19T载体进行测序,用DNAStar进行拼接,得到全基因组序列;参照Gen Bank上登陆的31株RHDV毒株全基因核苷酸序列、VP60基因核苷酸序列以及ORF2编码基因核苷酸序列对2株病毒进行同源性和遗传进化分析。结果显示,SCH04基因组全长7 439 bp,Sch07基因组全长7 438 bp,2株病毒全基因的核苷酸序列同源性为99.8%,与31株参考毒株全基因的核苷酸序列同源性为78.3%~97.0%;2株病毒的VP60基因核苷酸序列同源性为99.7%,ORF2编码基因核苷酸序列同源性为99.2%。进化树显示2株病毒同属于抗原变异株RHDVa(GI.1a)基因群,且亲缘关系最近。VP60基因核苷酸序列与ORF2编码基因核苷酸序列均可以作为RHDV遗传进化分析。     

鳗鲡病毒性疾病病料中鳗鲡疱疹病毒的PCR检测

结合流行病学、临床症状、病理变化等对2006～2012年收集的发病濒死鳗鲡病料进行分类,确定疑似鳗鲡病毒性疾病病料36份,提取病料主要内脏器官(肝、脾、肾)DNA,进行鳗鲡疱疹病毒的PCR检测。从"脱粘败血病"、"红头病"、"烂鳃病"的鳗鲡病料中检测到6份阳性结果,表明这些疾病可能是由鳗鲡疱疹病毒引起的。DNA测序结果显示,扩增的病毒DNA聚合酶基因片段与分离自台湾、日本及欧洲的病毒株完全一致,表明这些病毒可能为同一病毒株。     

猪乙脑病毒河南分离株CSF.ZMD-3的分离鉴定及分子进化分析

采集河南省规模化猪场流产母猪死胎脑脊液作为样本,通过细胞盲传培养分离乙型脑炎病毒流行毒株,对新分离的病毒进行分子生物学鉴定,获得1株分离株并命名为CSF.ZMD-3。DNA序列测定及比对分析该分离株与已报道毒株基因的序列同源性,确定该分离毒株为乙脑病毒。使用MEGA3.1软件对CSF.ZMD-3毒株主要结构蛋白E蛋白的基因序列进行分子进化分析,确定CSF.ZMD-3为基因Ⅲ型乙脑病毒。