菜豆黄花叶病毒外壳蛋白(CP)序列分析

以菜豆黄花叶病毒分离物、蚕豆、豌豆为试验材料,进行了菜豆黄花叶病毒外壳蛋白(CP)序列分析。结果显示,目标片段中包含819 bp的外壳蛋白序列,编码273个氨基酸。分离物的外壳蛋白基因核苷酸和推导编码蛋白质的氨基酸序列的同源性分别为98.7%~99.9%和98.9%~100.0%。与65个菜豆黄花叶病毒外壳蛋白进行序列同源性和系统进化树分析的结果表明,菜豆黄花叶病毒青海蚕豌豆分离物与云南蚕豆分离物同源性最高。外壳蛋白的序列特征揭示,NAG为菜豆黄花叶病毒中病毒的蚜传相关基序。     

山东寿光黄瓜上瓜类褪绿黄化病毒的分子鉴定

2016年,本研究在对山东黄瓜病毒病调查时发现当地黄瓜上出现一种叶片表现黄化植株伴有轻微矮缩的病害,为明确其中伴随的病毒种类,我们对田间病样进行了采集,提取总RNA后利用瓜类病毒引物进行RT-PCR检测,结果发现在利用瓜类褪绿黄化病毒(Cucurbit chlorotic yellows virus,CCYV)引物检测样品时,田间采集的25份疑似病样中13份能扩增到400 bp左右的目的条带。为进一步确认,我们又针对CCYV的外壳蛋白基因(CP)设计了特异性引物,对13份阳性样品进行检测,结果均能扩增到目的片段,对获得的CP基因片段进行克隆并测定序列,序列分析结果显示其CP基因序列全长753 bp,编码1个由250个氨基酸组成的分子量28 700的蛋白质。进一步序列分析结果显示其与CCYV已报道分离物有很高的同源性,并聚类到同一个大的分支,其中与日本分离物、希腊分离物及中国其他地区分离物相对近缘,聚类到一支,而与伊朗分离物近缘关系相对较远。这些结果说明山东黄瓜黄化病样上检测到的病毒为瓜类褪绿黄化病毒,这也是该病毒在山东侵染黄瓜的首次报道。     

江苏省大豆上一种新粉虱传病毒的分子鉴定及系统进化分析

2019年在对江苏大豆上病毒病进行调查时，发现徐州和淮安大豆田间出现一种表现叶片黄化、花叶症状的病毒病，为明确其伴随病毒种类，对田间采集的70份疑似病样进行分子检测和鉴定，结果在利用香石竹潜隐病毒属(Carlavirus)通用引物检测时发现，70份疑似病样中有15份样品扩增到800 bp左右的目的片段，序列测定后BLAST分析结果显示，其与一种粉虱传病毒——豇豆轻斑驳病毒CpMMV(cowpea mild mottle virus, CpMMV)的同源性最高，暗示了其可能是CpMMV的一个分离物。针对CpMMV编码的CP基因设计特异性引物，检测结果显示15份阳性样品均扩增到目的片段，对获得的CP基因片段进行克隆测序，发现其序列全长867 bp,编码分子量约为32ku的蛋白；序列聚类分析结果显示，其与已报道的CpMMV分离物有较高的同源性，并聚类到同一个大的分支，其中与安徽、海南等地分离物相对近缘，聚在同一个小分支。这些结果表明江苏大豆存在豇豆轻斑驳病毒的侵染危害，生产上需要密切关注。     

球根鸢尾3种主要病毒多重RT-PCR检测体系的建立

根据GenBank中已发表的鸢尾轻花叶病毒(Iris mild mosaic virus,IMMV)、水仙潜隐病毒(Narcissus latent virus,NLV)和菜豆黄花叶病毒(Bean yellow mosaic virus,BYMV)外壳蛋白(CP)基因序列保守区域分别设计特异性引物,通过优化多重PCR反应条件,建立能同时检测球根鸢尾3种病毒的多重PCR检测体系。该体系能够一次扩增出IMMV、NLV和BYMV的特异片段,其大小分别是770bp、266bp和186bp。测序结果表明,3种病毒序列与相应的参考序列相似性均达98%以上。灵敏度测定结果表明,从相当于或大于10-2 mg的感病植物组织中能够检测到这3种病毒。     

小苍兰3种病毒多重RT-PCR检测体系的建立

根据GenBank中已发表的小苍兰花叶病毒Freesia mosaic virus (FreMV)、黄瓜花叶病毒Cucumubermosaic virus (CMV)和菜豆黄花叶病毒Bean yellow mosaic virus (BYMV)外壳蛋白(CP)基因序列保守区域分别设计特异性引物,通过优化多重PCR反应条件,建立能同时检测小苍兰3种病毒的多重PCR检测体系.该体系能够一次扩增出FreMV,CMV和BYMV的特异片段,其大小分别是340、628和212 bp.测序结果表明,3种病毒序列与相应的参考序列相似性均达97％以上.灵敏度测定结果表明,从≥10-2mg的感病植物组织中能够检测到这3种病毒.     

菜豆普通花叶病毒辽宁分离物的鉴定与序列分析

2016年8月,于辽宁省盖州市采集到表现为黄化的菜豆样品。利用Potyvirus通用引物Legpoty-F/Legpoty-R对3个代表样品进行RT-PCR扩增,得到预期725 bp的片段。Blast显示它们与菜豆普通花叶病毒(Bean common mosaic virus,BCMV)同源性最高。利用报道的特异引物BCMV-CP-F/BCMV-CP-R扩增到约1.2 kb的片段,包含完整的外壳蛋白(coat protein,cp)。基于cp基因进行同源性分析,发现它们与美国菜豆分离物BCMV-[USA:Iowa:Phaseolus vulgaris:11](KM023744)同源性最高,为97.9%。根据Potyvirus的分类标准,认为它们是BCMV的辽宁分离物。这是辽宁首次报道菜豆感染BCMY。     

文心兰3种主要病毒多重RT-PCR检测体系的建立

根据GenBank中已发表的建兰花叶病毒(Cymbidium mosaic virus,CyMV)、齿兰环斑病毒(Odontoglossum ringspot virus,ORSV)和菜豆黄花叶病毒(Bean yellow mosaic virus,BYMV)外壳蛋白(CP)基因序列保守区域分别设计特异性引物,通过优化多重PCR反应条件,建立能同时检测文心兰3种病毒的多重PCR检测体系。该体系能够一次扩增出CyMV、ORSV和BYMV的特异片段,其大小分别是551、325和212bp。测序结果表明,3种病毒序列与相应的参考序列相似性均达98%以上。灵敏度测定结果表明,从相当于或大于10-2 mg的感病植物组织中能够检测到这3种病毒。     

小西葫芦黄花叶病毒辽宁分离物的鉴定与序列分析

从辽宁省沈阳市和盖州市分别采集表现花叶的南瓜样品,经透射电镜负染色实验,观察到典型的马铃薯Y病毒属(Potyvirus)线状病毒粒子.利用Potyvirus通用引物Legpoty F/LegpotyR分别对3个沈阳样品和3个盖州样品进行RT-PCR扩增,得到预期片段,克隆并测序.Blast显示6个病毒样本与小西葫芦黄花叶病毒(ZYMV)同源性最高,均大于99%.利用已经报道的特异引物ZYMV-F/ZYMV-R,从6个样本中扩增到约1.2 kb的ZYMV片段,片段包含完整的外壳蛋白(CP)基因.基于CP的核苷酸序列同源性分析,发现2个ZYMV辽宁分离物与山西分离物ZYMV-[CN:SX:Chrysanthemum:14](KP742962)同源性最高,达99.1%和99.4%.系统进化树分析表明,2个ZYMV辽宁分离物与山西分离物ZYMV-[CN:SX:Chrysanthemum:14]聚集在一个分支,推测ZYMV辽宁分离物与山西分离物亲缘关系最近.     

海南菜豆上粉虱传双生病毒的分子检测

为了解粉虱传双生病毒在海南的发生情况,从海南儋州采集了3个菜豆病样,症状表现为花叶、皱缩、叶背部叶脉突起,根据粉虱传双生病毒基因组DNA基因间隔区及外壳蛋白基因保守序列设计的简并引物,对这3个样品进行了PCR检测,从其中两个样品中扩增到预期大小为522 bp的DNA片段。PCR产物经克隆后进行序列测定,BLAST分析结果表明,该序列与与印度绿豆黄花叶病毒豇豆分离物(GenBank登录号:AF481865)的同源性最高,为65.9%,说明海南菜豆中存在着粉虱传双生病毒的侵染。     

马铃薯A病毒云南分离物外壳蛋白基因的克隆与序列分析

根据马铃薯病毒A(Potato virusA,PVA)外壳蛋白(CP)基因序列设计合成的一对引物,以带病毒植株总RNA为模板,RT-PCR扩增得到长约800 bp的目的片段。将目的片段克隆至pGEM-T Easy载体并进行了序列测定,测得全长为807 bp的PVA CP基因。测序结果与PVA其他分离物CP基因序列比较,其氨基酸同源性最高可达98.5%。根据GenBank中PVA CP氨基酸序列建立了病毒的系统进化树并对PVA不同分离物CP氨基酸序列差异性进行了分析。     

侵染菜豆的三叶草黄脉病毒的鉴定

菜豆(Phaseolus vulgaris)是人们喜爱的一种豆科蔬菜。菜豆病毒病发生相当普遍,是影响产量的重要因素。已报道的侵染菜豆的病毒种类很多,其中以菜豆普通花叶病毒(BCMV)、黄瓜花叶病毒(CMV)和菜豆黄花叶病毒(BYMV)最为普遍。1987年7月我们从泰安郊区菜豆上分离到一个分离物T-20,并对它进行了研究鉴定,结果如下。1.材料与方法     

番茄褪绿病毒郑州分离物外壳蛋白基因的克隆与序列分析

近年来郑州番茄产区发现疑似番茄褪绿病毒(To CV)侵染引起的叶脉间褪绿症状,为了确定病原种类,采集典型症状的叶片,提取RNA,根据已知的To CV基因组序列设计特异性引物To CVCPF/To CVCPR,采用RT-PCR方法对样品进行检测,扩增得到约750 bp大小的目的条带,对获得的特异性片段回收、克隆、测序后进行序列同源性及系统进化分析。结果显示,郑州病样的病毒分离物外壳蛋白基因由774 bp组成,其核苷酸和氨基酸序列与To CV其他分离物同源性均在96%以上;进化分析表明,郑州分离物与河北、天津分离物亲缘关系最近。造成郑州番茄产区褪绿症状的病原为To CV。     

黑皮果蔗花叶病病原鉴定

在南宁市郊采集到l份表现褪绿条纹、花叶的黑皮果蔗样品(NN-Ba2),经差速离心和PEG二次沉淀法提取病毒粗汁液,在电镜下观察到略弯曲的线状病毒粒子;DAC-ELISA检测显示NN-Ba2与甘蔗花叶病毒多克隆抗体和单克隆抗体呈阳性反应;根据SCMV和SrMV CP基因分别设计合成特异引物,利用RT-PCR对NN-Ba2进行分子鉴定,扩增出大小约900 bp的预期片段,健康对照未扩增到任何片段;NN-Ba2扩增片段经克隆后测序得到719个有效核苷酸,测序结果在DDBJ上用BLAST进行同源性分析,结果显示该序列与已报道的SCMV广东、云南、广西等地分离物对应的核苷酸序列同源性为97.36%~97.77%,根据马铃薯Y病毒科(Potyviridae)病毒种和株系的划分标准,NN-Ba2鉴定为SCMV.田间采集的另外10份表现花叶症状的果蔗样品经ELISA和RT-PCR检测,证明也感染了SCMV.     

侵染蚕豆的芜菁花叶病毒(TuMV)和大豆花叶病毒(SMV)的鉴定

南京地区蚕豆上的病毒病种类很多,除了去年已经鉴定的有蚕豆萎蔫病毒(BBWV)和菜豆黄花叶病毒(BYMV)(已载本刊1984年第3期)之外,对另外两种病毒又作了进一步的鉴定,其一是芜菁花叶病毒(TuMV),其二是大豆花叶病毒(SMV),它们都能侵染蚕豆而引起发病。现将测定结果简报如下:     

河南大蒜韭葱黄条病毒的分子鉴定及其系统进化分析

2019年本研究对河南大蒜病害进行调查时发现当地大蒜病毒病发生比较普遍,为明确病原种类,我们对田间样品进行采集(累计采集疑似病样38份)并利用葱蒜类病毒引物对其进行了RT-PCR检测。结果发现,在用韭葱黄条病毒(Leek yellow stripe virus,LYSV)引物检测时,有33份样品中检测到1条大小为304 bp的目的条带,为了进一步确定检测到的病毒为LYSV,本研究对其外壳蛋白基因(CP)序列进行了克隆,结果发现其序列全长864 bp,编码1个由289个氨基酸组成的相对分子质量约32 300的蛋白质。CP基因序列构建的系统进化树结果分析显示,其与LYSV其他分离物共同聚类到1个大分支,表明该病毒属于LYSV的1个分离物;同时序列分析结果也显示LYSV分为2支,本研究检测到的LYSV河南分离物与中国其他分离物共同聚类到1个分支,其中与中国厦门等地分离物同源性最高,而与之前检测到的河南分离物同源性相对较低。这些结果表明本研究在河南大蒜中检测到的病毒是韭葱黄条病毒,虽然之前在河南也有该病毒侵染大蒜的报道,但本研究检测到的分离物与之前报道的分离物之间差异比较大,暗示河南大蒜上可能出现了新的LYSV类型或株系,生产上应当重视。     

江苏黄瓜绿斑驳花叶病毒的鉴定

为确定从江苏省洪泽县大棚西瓜、仪征市露地瓠瓜、东台市露地南瓜上采集到3个表现为褪绿、斑驳花叶症状的病样是否为黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)侵染,采用电子镜观察、RT-PCR和序列测定方法对其进行鉴定。电子显微镜下可见300 nm×18 nm大小的直杆状病毒粒子。根据已报道的CGMMV外壳蛋白质(cp)基因序列合成特异性引物,对所提取病样的总RNA进行RT-PCR扩增,3个分离物的RNA模板中均可扩增到大小为500 bp左右的DNA片段,测序结果表明3个分离物的片段均含有486个核苷酸,包含完整的cp基因,编码161个氨基酸。3个分离物与已报道的7个CGMMV分离物核苷酸及其所推导的氨基酸序列同源性分别为91.8%～99.8%和98.1%～100.0%,与同属的其他3个病毒(Kyuri绿斑驳花叶病毒、黄瓜果实斑驳花叶病毒和小西葫芦绿斑驳花叶病毒)cp基因核苷酸及其所推导的氨基酸序列同源性分别为40.7%～54.7%和44.4%～60.2%,表明所采集的3个病样由CGMMV侵染引起。     

北京、宁夏甜椒上分离的黄瓜花叶病毒CP基因序列分析及亚组鉴定

从宁夏和北京地区甜椒上分离到3个黄瓜花叶病毒分离物(宁夏分离物为CMV-NX1,NX2;北京分离物为CMV-BJ)并保存在普通烟上。从叶片中提取该病毒RNA,经RT-PCR扩增到780bp的全长CP基因的cDNA,PCR产物纯化并测序。2个宁夏分离物(NX1,NX2)核甘酸序列同源性为100%,它们为同一株系。与已报道的部分CMV株系的CP基因序列相比较,表明3个分离物与CMV亚组I同源关系比亚组II更密切,因而3个分离物都属于黄瓜花叶病毒亚组I,通过DAS-ELISA进一步验证它们都属于亚组I。     

龙山卷丹百合黄瓜花叶病毒的检测

以龙山卷丹百合的病叶为试材,采用DAS-ELISAS检测法对样品进行百合黄瓜花叶病毒的检测,检出率为75%;提取总RNA为模板,通过RT-PCR扩增其外壳蛋白基因大小为514 bp,和预期条带大小一致。经Blast比对发现,该基因片段与Genbank上发表的CMV CP基因序列同源性达96.7%。     

番茄黄化曲叶病毒辽宁葫芦岛分离物的检测和序列分析

采用已报道的菜豆金色花叶病毒属的通用引物PA/PB,从辽宁葫芦岛地区的3份番茄样品中扩增到Begomoviruses的保守区域,获得3个长度约500 bp的克隆序列,同源性为99.58%.DNA-A全基因组序列分析结果显示,3份样品DNA-A全长均为2 781 bp(分别命名为LNhud1、LNhud2和LNhud3分离物),具有典型双生病毒结构,与番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)山东分离物(TYLCV-[CN:SD:SDWF-L7:12],KC999850)的核苷酸同源性最高(99.6%).根据双生病毒分类标准,认为LNhud1、LNhud2和LNhud3是TYLCV的辽宁分离物.系统关系树表明,这3个分离物属于TYLCV-Isreal株系.     

江苏玉米矮花叶病病原鉴定

可以感染玉米引起花叶症状的病毒有玉米矮花叶病毒(MDMV)、甘蔗花叶病毒(SCMV)、约翰逊草花叶病毒(JGMV)和高粱花叶病毒(SrMV)等4种,目前国内主要认为是SCMV.为明确江苏发生的玉米矮花叶病的病原,2011年从姜堰田间采集自然发生的呈现玉米矮花叶病典型症状的玉米病叶,初提纯物电镜观察可见750 nm×13 nm线状病毒粒子.根据已经发布的SCMV设计特异性引物,通过RT-PCR扩增获得预期的CP、HC-Pro、NIb和Vpg基因片段,而用MDMV、JGMV和SrMV特异性引物未扩增到预期目的片段.序列测定和同源性分析表明,扩增到的基因片段序列与SCMV对应基因片段序列的同源性在90％以上,与SCMV亚组中另外3个株系MDMV、SrMV和JGMV相应基因片段序列的同源性在80％以下.由此判断姜堰玉米矮花叶病的病原为SCMV.