核桃细菌性黑斑病菌中脂蛋白预测及其特性研究

[目的]脂蛋白几乎存在于所有细菌中,其通过N端脂质结构锚定在膜中,并参与细胞膜结构构建、维护细胞膜的稳定性、信号转导和转运等过程,同时在维持其生理功能、致病性和耐药性等方面发挥着重要作用.核桃细菌性黑斑病严重危害着我国核桃产业的健康发展,然而,尚未见其脂蛋白信号肽相关研究报道.[方法]本研究基于11个核桃细菌性黑斑病菌的全基因组序列,通过LipoP v1.0在线分析程序预测,从而实现对上述细菌中脂蛋白的预测.[结果]上述细菌中总共有1718个脂蛋白,所含脂蛋白范围为148～164个,所占比例为3.62％～4.02％,脂蛋白长度集中在150～450 aa,其中长度在100～200 aa的脂蛋白数量最多,氨基酸组成以丙氨酸所占比例最高,平均为14.4％～14.8％,而天冬氨酸、组氨酸、甲硫氨酸、色氨酸的含量最低.上述菌株所含脂蛋白氨基酸长度较小,推测与脂蛋白较为灵活地实现其行使功能有关;同时,对上述蛋白特性进一步开展了研究,明确脂蛋白具有1次以上跨膜结构域不多,多数脂蛋白定位在线粒体核胞外,并且在理论等电点、不稳定系数以及总平均亲水性等方面存在着一定的差异,但是总体而言上述菌株中的脂蛋白在理化性质方面具有趋同的特性,此外,少数蛋白不具有信号肽序列,不属于典型分泌蛋白,具有转运肽的脂蛋白数量较少,且预测可靠性不高.进一步对信号肽切割位点特征进行分析,发现在上述1718个脂蛋白中,A(丙氨酸)所占比例最高,在信号肽切割位点-3、-2、-1、1、2处,A(丙氨酸)、A(丙氨酸)、C(天冬氨酸)、A(丙氨酸)、P(脯氨酸)的含量最高,且氨基酸的组成在-3和-1割位点上相对比较保守,属于A-X-C类型,即丙氨酸-任意氨基酸-天冬氨酸.最后,通过遗传关系分析发现细菌性黑斑病菌中脂蛋白序列之间在具有较高同源性以及较近亲缘关系.[结论]核桃细菌性黑斑病菌中脂蛋白在理化性质、亚细胞定位以及转运肽等方面具有趋同性特征,为进一步深入开展核桃细菌性黑斑病菌中脂蛋白的研究提供了重要的理论指导,此外,通过遗传关系分析进一步明确了与细菌性黑斑病菌中脂蛋白之间的关系,为深入探索脂蛋白在细菌性黑斑病菌中的作用奠定了坚实的理论基础.同时,核桃细菌性黑斑病菌分泌系统中SPaseI和SPaseII等不同信号肽类型的外泌蛋白在同源关系上、功能类别上是否保守,是否都具有上述研究结果的(种内、种间的)独特生物学功能还有待进一步深入研究.     

核桃细菌性黑斑病菌中脂蛋白预测及其特性研究

[目的]脂蛋白几乎存在于所有细菌中,其通过N端脂质结构锚定在膜中,并参与细胞膜结构构建、维护细胞膜的稳定性、信号转导和转运等过程,同时在维持其生理功能、致病性和耐药性等方面发挥着重要作用.核桃细菌性黑斑病严重危害着我国核桃产业的健康发展,然而,尚未见其脂蛋白信号肽相关研究报道.[方法]本研究基于11个核桃细菌性黑斑病菌的全基因组序列,通过LipoP v1.0在线分析程序预测,从而实现对上述细菌中脂蛋白的预测.[结果]上述细菌中总共有1718个脂蛋白,所含脂蛋白范围为148～164个,所占比例为3.62％～4.02％,脂蛋白长度集中在150～450 aa,其中长度在100～200 aa的脂蛋白数量最多,氨基酸组成以丙氨酸所占比例最高,平均为14.4％～14.8％,而天冬氨酸、组氨酸、甲硫氨酸、色氨酸的含量最低.上述菌株所含脂蛋白氨基酸长度较小,推测与脂蛋白较为灵活地实现其行使功能有关;同时,对上述蛋白特性进一步开展了研究,明确脂蛋白具有1次以上跨膜结构域不多,多数脂蛋白定位在线粒体核胞外,并且在理论等电点、不稳定系数以及总平均亲水性等方面存在着一定的差异,但是总体而言上述菌株中的脂蛋白在理化性质方面具有趋同的特性,此外,少数蛋白不具有信号肽序列,不属于典型分泌蛋白,具有转运肽的脂蛋白数量较少,且预测可靠性不高.进一步对信号肽切割位点特征进行分析,发现在上述1718个脂蛋白中,A(丙氨酸)所占比例最高,在信号肽切割位点-3、-2、-1、1、2处,A(丙氨酸)、A(丙氨酸)、C(天冬氨酸)、A(丙氨酸)、P(脯氨酸)的含量最高,且氨基酸的组成在-3和-1割位点上相对比较保守,属于A-X-C类型,即丙氨酸-任意氨基酸-天冬氨酸.最后,通过遗传关系分析发现细菌性黑斑病菌中脂蛋白序列之间在具有较高同源性以及较近亲缘关系.[结论]核桃细菌性黑斑病菌中脂蛋白在理化性质、亚细胞定位以及转运肽等方面具有趋同性特征,为进一步深入开展核桃细菌性黑斑病菌中脂蛋白的研究提供了重要的理论指导,此外,通过遗传关系分析进一步明确了与细菌性黑斑病菌中脂蛋白之间的关系,为深入探索脂蛋白在细菌性黑斑病菌中的作用奠定了坚实的理论基础.同时,核桃细菌性黑斑病菌分泌系统中SPaseI和SPaseII等不同信号肽类型的外泌蛋白在同源关系上、功能类别上是否保守,是否都具有上述研究结果的(种内、种间的)独特生物学功能还有待进一步深入研究.     

核桃细菌性黑斑病菌中脂蛋白预测及其特性研究

[目的]脂蛋白几乎存在于所有细菌中,其通过N端脂质结构锚定在膜中,并参与细胞膜结构构建、维护细胞膜的稳定性、信号转导和转运等过程,同时在维持其生理功能、致病性和耐药性等方面发挥着重要作用.核桃细菌性黑斑病严重危害着我国核桃产业的健康发展,然而,尚未见其脂蛋白信号肽相关研究报道.[方法]本研究基于11个核桃细菌性黑斑病菌的全基因组序列,通过LipoP v1.0在线分析程序预测,从而实现对上述细菌中脂蛋白的预测.[结果]上述细菌中总共有1718个脂蛋白,所含脂蛋白范围为148～164个,所占比例为3.62％～4.02％,脂蛋白长度集中在150～450 aa,其中长度在100～200 aa的脂蛋白数量最多,氨基酸组成以丙氨酸所占比例最高,平均为14.4％～14.8％,而天冬氨酸、组氨酸、甲硫氨酸、色氨酸的含量最低.上述菌株所含脂蛋白氨基酸长度较小,推测与脂蛋白较为灵活地实现其行使功能有关;同时,对上述蛋白特性进一步开展了研究,明确脂蛋白具有1次以上跨膜结构域不多,多数脂蛋白定位在线粒体核胞外,并且在理论等电点、不稳定系数以及总平均亲水性等方面存在着一定的差异,但是总体而言上述菌株中的脂蛋白在理化性质方面具有趋同的特性,此外,少数蛋白不具有信号肽序列,不属于典型分泌蛋白,具有转运肽的脂蛋白数量较少,且预测可靠性不高.进一步对信号肽切割位点特征进行分析,发现在上述1718个脂蛋白中,A(丙氨酸)所占比例最高,在信号肽切割位点-3、-2、-1、1、2处,A(丙氨酸)、A(丙氨酸)、C(天冬氨酸)、A(丙氨酸)、P(脯氨酸)的含量最高,且氨基酸的组成在-3和-1割位点上相对比较保守,属于A-X-C类型,即丙氨酸-任意氨基酸-天冬氨酸.最后,通过遗传关系分析发现细菌性黑斑病菌中脂蛋白序列之间在具有较高同源性以及较近亲缘关系.[结论]核桃细菌性黑斑病菌中脂蛋白在理化性质、亚细胞定位以及转运肽等方面具有趋同性特征,为进一步深入开展核桃细菌性黑斑病菌中脂蛋白的研究提供了重要的理论指导,此外,通过遗传关系分析进一步明确了与细菌性黑斑病菌中脂蛋白之间的关系,为深入探索脂蛋白在细菌性黑斑病菌中的作用奠定了坚实的理论基础.同时,核桃细菌性黑斑病菌分泌系统中SPaseI和SPaseII等不同信号肽类型的外泌蛋白在同源关系上、功能类别上是否保守,是否都具有上述研究结果的(种内、种间的)独特生物学功能还有待进一步深入研究.     

炭疽属植物病原真菌分泌蛋白的预测及比较分析

植物病原真菌分泌蛋白在其致病过程中起着重要的作用。通过NCBI数据库下载前人已报道的24种炭疽属植物病原真菌全基因组序列,利用SignalP v5.0、ProtComp v9.0、TMHMM v2.0等在线分析程序对这些炭疽菌蛋白质的跨膜结构、信号肽、糖基磷脂酰肌醇(GPI)锚定位点、亚细胞定位等进行预测分析,根据分泌蛋白的典型特征筛选获取24种炭疽菌的分泌蛋白。结果显示：在约34万条蛋白序列中,分泌蛋白所占比例为2.14%～3.76%,其氨基酸残基数量多集中于100～300个,并且氨基酸组成相似度较高,其中以丙氨酸残基在分泌蛋白中的含量最高,所占比例达9.72%～10.54%;同时,24种炭疽菌分泌蛋白的信号肽在-3和-1位切割位点处相对比较保守,属于A-X-A类型,其氨基酸残基数量多集中于17～22个。可见,炭疽属不同种之间分泌蛋白的比例、氨基酸组成、信号肽特征等存在差别,但差异并不大。     

芽孢杆菌抑制多种经济作物病原真菌及稳定性研究

78株对水稻稻瘟病具有拮抗作用的芽孢杆菌中,有32株分别对所参试的经济植物病原真菌具有明显的抑菌效果,占参试菌株的41 03%,同时显示,随着抑菌谱的增加,拮抗菌株数量随之下降,在78株芽孢杆菌中,仅有一株99-13菌株对7种经济作物病原真菌(柑桔黑腐病菌、柑桔炭疽病菌、番茄早疫病菌、玉米大斑病菌、油菜菌核病菌、甘薯黑斑病菌和芦荟黑斑病菌)具有显著的抑菌效果,占参试菌株的1 28%。芽孢杆菌之间对不同病原真菌的抑菌效果存在较大差异。99-13发酵液和代谢产物对上述植物病原真菌具有广谱抑菌效果(抑菌效果在56%～82%),其代谢产物具有耐高温和耐酸碱等特点,有待进一步研究和开发利用。     

紫花苜蓿乙酰CoA硫解酶的生物信息学分析与同源建模

[目的]对紫花苜蓿中的乙酰CoA硫解酶进行生物信息学分析与同源建模。[方法]应用生物信息学软件预测紫花苜蓿乙酰CoA硫解酶的理化性质、亲/疏水性、卷曲螺旋结构、糖基化位点、活性位点、亚细胞定位、二级结构、结构域及三维高级结构。[结果]该蛋白质是一个极疏水性蛋白,含403个氨基酸,理论等电点为6.95;包含1个明显卷曲螺旋结构、5个糖基化位点、1个硫解酶结构域;二级结构中α-helix(Hh)占39.95%、Extended strand(Ee)占16.38%、Random coil(Cc)占43.67%;Ramachandram结构检测表明预测蛋白质残基的二面角有90%以上位于黄色区域,符合立体化学能量规则。[结论]为该蛋白功能的探索提供了一定的理论参考。     

芽孢杆菌抑制多种经济作物病原真菌及稳定性研究*

 78株对水稻稻瘟病具有拮抗作用的芽孢杆菌中,有32株分别对所参试的经济植物病原真菌具有明显的抑菌效果,占参试菌株的41.03%,同时显示,随着抑菌谱的增加,拮抗菌株数量随之下降,在78株芽孢杆菌中,仅有一株99－13菌株对7种经济作物病原真菌（柑桔黑腐病菌、柑桔炭疽病菌、番茄早疫病菌、玉米大斑病菌、油菜菌核病菌、甘薯黑斑病菌和芦荟黑斑病菌）具有显著的抑菌效果,占参试菌株的1.28％。芽孢杆菌之间对不同病原真菌的抑菌效果存在较大差异。99-13发酵液和代谢产物对上述植物病原真菌具有广谱抑菌效果（抑菌效果在56%～82%）,其代谢产物具有耐高温和耐酸碱等特点,有待进一步研究和开发利用。     

桉树焦枯病菌CpSit1基因的鉴定与表达

利用Blast及TCDB数据库对桉树焦枯病菌(Calonectria pseudoreteaudii)的Cpsit1基因进行鉴定;再利用SMART数据库和Prot Param、TMHMM、PHD、Pro Comp 9.0在线分析工具对Cpsit1基因编码蛋白的理化性质、跨膜螺旋、蛋白质二级结构和亚细胞定位进行预测分析;最后采用qRT-PCR方法对CpSit1基因在焦枯病菌侵染桉树过程中的表达情况进行分析.结果表明:CpSit1基因长度为1 780 bp,其编码的蛋白序列共有592个氨基酸残基组成,并将其鉴定为铁载体-铁:H+同向转运蛋白.其保守结构域为MFS_1;共含有14个跨膜螺旋;在二级结构中α螺旋占45.10%,延伸链占26.01%,无规则卷曲占28.89%.通过qRT-PCR相对定量的方法分析焦枯病菌侵染桉树24、48和72 h后CpSit1基因的表达情况,结果显示,CpSit1基因在这3个时段均发生上调表达,但24 h的表达量明显大于48和72 h.说明桉树焦枯病菌CpSit1基因在病原菌侵染寄主的过程中通过调控铁载体-铁化合物的转运来完成铁元素的摄入,协助其在寄主中的定植.     

防治核桃黑斑病药剂筛选及田间药效试验

核桃细菌性黑斑病是一种危害核桃的重要病害。为明确不同杀菌剂对核桃细菌性黑斑病菌的抑制作用以及田间防效。通过室内抑菌试验及田间喷雾防治试验,研究了中生菌素等14种杀菌剂对核桃细菌性黑斑病的抑制作用。结果表明,中生菌素等7种供试杀菌剂对核桃细菌性黑斑病原菌成团泛菌具有一定的抑制作用,其EC₅₀在40.27～252.41 mg·L^-1,其中中生菌素的抑制作用最强,EC₅₀为40.27 mg·L^-1,噻霉酮、硫酸链霉素和春雷霉素的抑制作用相当,EC₅₀分别为50.62、53.25、54.88 mg·L^-1,氟啶胺的EC₅₀为176.96 mg·L^-1。中生菌素、噻霉酮、氟啶胺和春雷霉素4种药剂田间药效试验结果表明,4种药剂对核桃黑斑病均有良好的防治效果,田间防效依次顺序为:中生菌素>噻霉酮>氟啶胺>春雷霉素。中生菌素对核桃果实黑斑病防效为81.35%,对核桃叶部黑斑病防效为82.65%。春雷霉素对核桃果实黑斑病防效为71.58%,对核桃叶部黑斑病防效为74.87%。中生菌素、噻霉酮、氟啶胺和春雷霉素等药剂可作为防治核桃细菌性黑斑病的理想药剂。     

核桃内生菌HT-6发酵滤液的抑菌作用研究

为了明确核桃内生菌HT-6菌株对植物病原菌的抑菌活性,采用菌落直径生长法和悬滴法测定了发酵滤液对植物病原菌菌丝和孢子萌发的抑制作用。结果表明,发酵滤液对供试的5种病原真菌均有较强的抑菌活性;其中,对辣椒炭疽病菌的抑菌效果最强,EC50为35.1μL/m L,对番茄灰霉病菌的抑菌效果相对较弱,EC50为115μL/m L;发酵滤液浓度为200μL/m L时对辣椒炭疽病菌、核桃枯梢病菌、苹果树腐烂病菌的抑菌率都在80%以上;浓度为200μL/m L时对梨黑斑病菌的孢子萌发抑制率就达到了100%,500μL/m L时对番茄灰霉病菌、辣椒炭疽病菌、梨黑斑病菌这3种病原菌的孢子萌发抑制率都达到或接近100%。因此,HT-6菌株在植物病害的生物防治方面具有很大潜力和价值,值得进一步开发研究。     

拮抗菌对致病疫霉生长及抗性酶活性的影响

为获得更为有效的致病疫霉拮抗菌并探讨拮抗菌的作用机理,本研究利用对峙培养法、滤纸片法测定了10个待测菌株的活体及发酵液的抑菌作用,用分光光度法测定了受显著抑制后再恢复生长的致病疫霉体内多酚氧化酶(PPO)、过氧化物酶(POD)和苯丙氨酸解氨酶(PAL)的活性。结果表明:活体状态下以核桃细菌的抑制作用最强(抑菌率为84.50%);发酵液中以梨黑斑病菌(Alternaria alternate)的抑制作用最强(抑菌率为76.68%),其次是白菜黑斑病菌(A.brassicae)。将梨黑斑病菌和白菜黑斑病菌的发酵液复配后其抑菌率达到了81.31%。受抑制的致病疫霉菌落中紧靠抑菌带边缘的菌丝不能恢复正常生长,较远的菌丝易恢复正常生长;受抑制的致病疫霉体内PPO、POD、PAL活性均明显降低,与对照相比,PPO活性下降了45%~68%,POD下降了27%~58%,PAL下降幅度最大,约80%~90%,这与植物受病菌抑制或侵染后PPO、POD、PAL活性增加相反。     

香蕉枯萎病菌热带4号小种基因组规模分泌蛋白的预测与分析

为了明确香蕉枯萎病菌热带4号小种(Fusarium oxysporum f.sp.cubense tropical race 4,Foc TR4)与香蕉互作的分子机理,本研究利用SignalP、WoLF PSORT、TargetP、TMHMM和big-PI Predictor等软件,对Foc TR4全基因组22 487条蛋白质氨基酸序列进行了经典分泌蛋白的预测分析。结果表明,Foc TR4全基因组编码蛋白质中有1 054个经典分泌蛋白,占编码蛋白质总数的4.7%。蛋白质特征分析结果表明,其氨基酸序列长度集中在100~500个氨基酸,信号肽长度集中在17~22个氨基酸,信号肽切割位点以SPaseⅠ型为主。功能预测分析结果表明,有463个经典分泌蛋白获得了注释,主要涉及糖代谢、水解酶活性等。碳水化合物酶类(CAZymes)的分析结果表明,有281个分泌蛋白为CAZymes,其中以GH家族最多。此外,利用Secretome P软件对Foc TR4非经典分泌蛋白进行了分析,发现有9 216个蛋白质氨基酸序列,占编码蛋白质总数的41.0%。     

柑橘黑斑病菌与柚黑斑病菌对苯并咪唑类杀菌剂的抗性及其分子机制

为了对柑橘黑斑病和柚黑斑病提出更科学的化学防治方法,该文研究了柑橘黑斑病菌和柚黑斑病菌对杀菌剂多菌灵的抗性频率、抗性水平及其抗性分子机制。结果表明:在江西114个柑橘黑斑病菌株中发现了2个多菌灵抗性菌株,抗性频率为1.75%,抗性系数分别为5 333.6和379.2;在四川32个柑橘黑斑病菌株中发现了1个多菌灵抗性菌株,抗性频率为3.13%,抗性系数为303.3;在浙江23个菌株和重庆3个菌株中没有出现抗性菌株。在广东收集的54个柚黑斑病菌株中发现了1个抗性菌株,抗性频率为1.85%,抗性系数为13 719.5;在广西和福建分别收集的34个柚黑斑病菌株中没有发现抗性菌株。柑橘黑斑病菌和柚黑斑病菌对甲基硫菌灵和多菌灵存在正交互抗性,对嘧菌酯和多菌灵无交互抗性。因此,建议多菌灵可继续在柑橘黑斑病和柚黑斑病防治中使用,鉴于高抗菌株已出现,使用时应与其他作用机制的杀菌剂轮换使用。本实验还发现,柑橘黑斑病菌存在2种抗苯并咪唑类的分子机制,即β-微管蛋白基因上第198位氨基酸位点由谷氨酸突变为赖氨酸(抗性系数为5 333.6的菌株)和第200位氨基酸位点由苯丙氨酸突变为酪氨酸(抗性系数为379.2的菌株);而柚黑斑病菌抗苯并咪唑类的分子机制则与β-微管蛋白基因第198位氨基酸由谷氨酸突变为丙氨酸有关。     

尖孢镰刀菌甜瓜专化型基因组规模分泌蛋白的预测与分析

利用Signal P、Wo LF PSORT、TMHMM、big-PI Predictor、Target P和Secretome P等软件,对尖孢镰刀菌甜瓜专化型(Fusarium oxysporum f.sp.melonis,FOM)全基因组26 811条蛋白质氨基酸序列进行了分泌蛋白的预测分析。结果表明,FOM全基因组编码蛋白中有1 145个经典分泌蛋白,占编码蛋白总数的4.3%;有8 471个非经典分泌蛋白,占编码蛋白总数的31.6%。对经典分泌蛋白特征进行分析,发现其氨基酸长度集中在100~600个氨基酸,信号肽长度集中在17~22个氨基酸。对经典分泌蛋白的功能预测分析表明,有605个分泌蛋白获得了注释,主要涉及糖代谢、转运过程、过氧化氢代谢和生物合成等。对碳水化合物酶类(CAZymes)进行分析,结果表明有277个分泌蛋白为CAZymes,占经典分泌蛋白总数的24.2%。     

牛ACOT11基因克隆及其编码蛋白生物信息学分析

本研究旨在克隆牛ACOT11基因,并对其基因结构和蛋白质结构进行生物学特性分析。以Gen Bank数据库中公布的人ACOT11基因序列作为探针,检索得到牛的EST序列,进一步设计引物,再利用RT?PCR方法得到c DNA片段序列填补牛EST序列间的空缺,获得牛ACOT11基因。序列分析表明,牛ACOT11基因跨越大约4.9 kb的DNA区域,牛与人ACOT11基因所转录的m RNA同源性为87%。克隆的牛ACOT11基因含有16个外显子和15个内含子,编码区长1 620 bp,编码539个氨基酸。蛋白质结构分析表明,该基因蛋白二级结构预测以α螺旋为主;其35个磷酸化位点分布于丝氨酸(Ser)、苏氨酸(Thr)和酪氨酸(Tyr)残基上;保守结构域预测显示,该基因包含一个START功能结构域;亚细胞定位推测表明,牛ACOT11蛋白分泌通路信号肽所占的比例很小,大部分分布于细胞核内,不属于分泌蛋白。     

HpaG_(Xoo)蛋白的结构与功能分析(英文)

[目的]分析HpaGXoo蛋白的结构与功能,为研究两者的关系提供理论依据。[方法]利用ISREC(http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html)中提供的工具SAPS进行分子量、分子式、等电点、氨基酸所占比例、带电荷情况等参数的在线分析,并利用瑞士生物信息学研究所提供的ProtParam(http://us.expasy.org/cgi-bin/protparam)程序进行氨基酸残基数目、组成、蛋白质相对分子质量、理论等电点及平均可塑性、疏水性等参数的分析;利用NPSA(http://npsa-pbil.ibcp.fr)中的MLRC程序在线分析α-螺旋、无规则卷曲以及延伸链等的预测;利用TMHMM2.0Server(http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)和TMpred(http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html)2个软件同时对HpaGXoo蛋白序列的跨膜区域进行分析,用SignalP(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)服务器预测HpaGXoo的信号肽;用PSORTWWWServer(http://psort.nibb.ac.jp/)中的PSORTPrediction工具进行细胞定位;利用网站Expasy(http://au.expasy.org/tools/)中SwissModel程序可同源建模,推测HpaGXoo蛋白的三维结构或用Phyre(前身3D-PSSM)(http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/～phyre/)软件预测蛋白质三级结构;通过确定一些保守区域的氨基酸,预测蛋白质的功能。[结果]HpaGXoo蛋白由139个氨基酸组成,分子量为13726.7Da,理论等电点为4.07。该蛋白分子式为C569H896N174O212S5,酸性氨基酸残基总数(Asp+Glu)为10,碱性氨基酸残基总数(Arg+Lys)为3;疏水性的总平均值(GRAVY)为-0.553。HpaGXoo二级结构中,α-螺旋与无规则卷曲的数量与所占百分比分别为34与105、24.46%与75.54%。可见,该蛋白富含无规则卷曲和α-螺旋结构。HpaGXoo跨膜区域为零,且在跨膜区域中的氨基酸序列期望值为0.03331,该结果在大于18时才有跨膜区域,故该蛋白没有跨膜区域。HpaGXoo蛋白没有信号肽存在。HpaGXoo蛋白存在于细胞质中的可能性为21.4%,而在细菌壁膜间隙、外膜、内膜都无法确定是否有该蛋白的存在。HpaGXoo蛋白的二级结构中主要为α-螺旋和无规则卷曲,并且占相当比例,而无β-折叠存在。HpaGXoo蛋白分子量小,只有139个氨基酸残基,属于结构简单的蛋白,故推测其全蛋白可能就是一个功能结构域,或是一部分功能结构域。[结论]该研究为深入研究HpaG的分子结构及其结构与功能的关系奠定了基础。     

野核桃枝枯病菌拮抗细菌的筛选及鉴定

为得到对野核桃(Juglans regia L.)枝枯病有效的生防菌株,本研究采用平板对峙培养法筛选出对野核桃枝枯病菌(Juglanconis juglandina)具有拮抗作用的细菌菌株,对其进行形态学观察和16S rDNA序列同源性分析;观察拮抗细菌对菌丝生长的影响,分析该拮抗菌株的抑菌机制。结果表明,菌株QB002对野核桃枝枯病菌(J.juglandina)的生长抑制率为88.6%,同时对苹果腐烂病菌(Cytospora mali,C.salicicola)、枣果黑斑病菌(Alternaria alternata)、李褐腐病菌(Monilinia fructicola)都有一定抑制作用。该菌为革兰氏阳性细菌,在NA培养基上单菌落呈淡黄色,形状不规则,中间有褶皱,不透明,表面不光滑。结合形态特征及16S rDNA序列,明确菌株QB002为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis),该菌能使供试病原菌菌丝畸形,从而抑制其生长。     

北京地区不同寄主蔬菜菌核病菌抗药性比较

为明确北京地区不同科蔬菜菌核病菌对4种常用杀菌剂(多菌灵、乙霉威、腐霉利和异菌脲)抗药性现状,2011—2012年在北京郊区县蔬菜种植地区分别采集184个不同蔬菜菌核病菌(Sclerotinia sclerotiorum)菌株,采用最小浓度抑制法测定184个不同蔬菜菌核病菌对4种杀菌剂的抗药性。检测结果表明:供试的184个菌株中,对多菌灵、乙霉威、腐霉利和异菌脲抗药性菌株比例分别达到90.22%、100.00%、37.50%和50.00%;不同科蔬菜的菌核病菌对不同药剂的敏感程度不同。根据菌株对4种杀菌剂的抗药性与敏感性表现分为8种抗性表现型;其中对多菌灵、乙霉威和异菌脲抗药三重抗药性菌株所占比例为33.86%,对多菌灵与乙霉威抗药二重抗药性所占比率为27.51%;4重抗药性菌株所占比例为15.87%;对多菌灵、乙霉威和腐霉利抗药三重抗药性菌株所占的比例为12.17%,其他表现型菌株所占比例均在10.0%以下。结果表明,北京地区蔬菜菌核病菌对供试的4种杀菌剂均已产生抗药性,迫切需要选择新型的杀菌剂或生防制剂防治。     

安徽省油菜菌核病菌对多菌灵的抗药性监测

从安徽省望江、合肥、太湖、巢湖、蒙城、凤阳、灵壁、肥西、宣城、旌德等10个市县的油菜病茎上分离得到60个油菜菌核病菌菌株,并对其进行了抗药性监测。结果表明,有18株对多菌灵表现出不同程度的抗药性,上述各地均有抗药性菌株分布,但所占的比例不一,以蒙城系列(MCS)监测到的抗药性个体比例所占比例最大(66.7%),太湖(THS)最小(9.1%),但监测到THS-1对多菌灵的抗药性最强,高达743.8347mg/L。结果提示安徽省各地油菜菌核病菌已经对多菌灵产生了抗药性,且个别菌株已达到极高水平。     

保定苜蓿锌离子跨膜转运蛋白的生物信息学分析(英文)

[目的]对保定苜蓿锌离子跨膜转运蛋白(Zinc transporter,ZnT)进行生物信息学分析。[方法]利用保定苜蓿锌离子跨膜转运蛋白氨基酸序列,应用生物信息学软件预测了该蛋白质的理化性质、分子表面亲/疏水性及二级结构,并利用不同的在线工具对其跨膜区域结构进行了对比预测。[结果]ZnT蛋白是一个整体疏水性蛋白,含有408个氨基酸,理论等电点为5.94;3种不同的跨膜预测工具预测得到相同的结果,即其存在7个可能的跨膜疏水区域,二级结构中α-helix(Hh)占48.04%、Extended strand(Ee)占9.56%、Random coi(lCc)占42.40%。这与其跨膜蛋白的性质相一致。[结论]mZnT属于锌离子跨膜转运蛋白的CDF家族,负责将细胞膜内的Zn2+转运出细胞,从而降低Zn2+的浓度与毒害。