基于ISSR标记分析浙江省樱花种质资源的遗传多样性

为探究浙江省樱花种质资源的亲缘关系和遗传多样性,运用ISSR分子标记从100条引物中筛选出17条多态性好的引物对95份樱花种质资源进行分析。结果表明,17条引物共扩增出110条清晰条带,其中101条具有多态性,平均多态性条带比率为91.78%。95份资源间的遗传相似系数为0.38～0.90,平均0.61;遗传距离为0.10～1.38,平均0.50。根据UPGMA聚类分析,在遗传相似系数为0.577 5时,95份种质资源可分为四大类,分别包含了23份、42份、25份和5份材料。研究结果表明浙江省樱花种质资源具有较为丰富的遗传多样性。     

古田县柿子亲缘关系的ISSR分析

运用ISSR分子标记技术对古田县境内主要柿子种质进行遗传多样性分析,探究其亲缘关系。结果表明:14条UBC引物对15份材料共扩增出113个DNA位点,多态位点共93个,多态性带占比为82.30%。采用Ntsys-pc 2.10e软件分析计算,15份材料的相似系数为0.8230~0.5841。表明福建省古田县柿子种质资源的多样性较丰富。研究结果可为柿属种质资源的收集、鉴定和栽培利用提供参考。     

组培苗百合种质资源ISSR分析

本研究应用ISSR分子标记对日本百合、荷兰百合以及湖北野生百合共34份组培苗材料进行了遗传多样性分析。从40条引物中筛选出4条重复性好,条带清晰的引物进行PCR扩增,共扩增出多态性条带76条。供试百合材料的观察等位基因数(Na)为2,有效等位基因数(Ne)为1.2623,Nei's(1973)基因多样性指数(H)为0.196 3,Shannon信息指数(I)为0.338 8。湖北野生百合遗传多样性较高,日本百合和荷兰百合相对较低。根据标记分析结果,基于供试样品间遗传距离,采用UPGMA分析方法构建了聚类图,对不同来源百合样品的亲缘关系进行了初步分析。     

28种杜鹃亲缘关系ISSR分析

为探究杜鹃不同种之间的亲缘关系,从而为杜鹃属植物准确分类提供参考及杂交选育新品种奠定基础。利用ISSR分子标记技术对28个杜鹃品种进行遗传多样性分析。从50条ISSR引物中筛选出12条多样性较为丰富的引物对供试材料进行DNA扩增,共获得132条清晰条带,其中有127个位点具有多样性,多样性比例为96.21%,平均每条引物可以扩增11个片段和10.58个多态性片段。利用NTSYS 2.1软件进行遗传相似系数计算,其值介于0.285 7~0.925 8之间。基于其遗传距离数据进行UPGMA聚类分析,将28个品种分为3个类群,分类与品种形态学如花型、花期等性状相关联且可以反映出品种间的演变。ISSR扩增图谱差异显著,可用于杜鹃属植物的鉴定与区分。     

利用SRAP标记分析日本落叶松2代优树的遗传多样性

为研究日本落叶松2代优树间的遗传多样性,该文利用SRAP分子标记的方法对选择的80个样本进行了遗传多样性分析。结果表明:筛选出的8对引物共扩增出235条DNA条带,其中多态性条带223条,多态性百分率为94.89%,每对引物可扩增出20~37条多态性条带,平均每对引物扩增的多态性条带数为29.4条。利用UPGMA法进行聚类,当相似系数为0.824时将80个日本落叶松种质材料划分为4个类群。聚类基本与子一代的亲缘关系符合,类群间遗传基础较狭窄,亲缘关系较近,为日后建立日本落叶松2代种子园的工作提供了理论依据。     

不同引种黑莓品种的遗传多样性分析

【目的】开发适于黑莓Rubus spp.的EST-SSR引物,用于品种和种质的遗传多样性评价分析。【方法】基于前期获得的黑莓转录组数据,分析得到黑莓EST-SSR分子标记,筛查符合要求的SSR序列,设计合成127对较理想的EST-SSR引物进行扩增和多态性引物筛选,利用多态性好的引物用于18个引种黑莓栽培品种的遗传多样性分析。【结果】在127对引物中有125对可扩增出条带,有特异条带且大小符合预期的引物共有50对,50对引物中有45对具多态性的引物,占引物总数的36%,多数引物扩增的位点数为2~5。使用45对引物检测18个黑莓供试品种基因组DNA的多态性,共检测到191个等位基因变异,平均每个位点有4.24个等位基因,位点多态性信息含量为0.427~0.893,平均值为0.692。多态性最好的引物为Rh121,检测到8个等位基因,其次是Rh114和Rh118,均检测到7个等位基因。18份材料的遗传相似系数为0.49~0.88,表明品种间具有较丰富的遗传差异。利用UPGMA聚类,将18份种质分为3个类群,其中四倍体和多倍体黑莓品种明显归为不同类型,四倍体黑莓分为2类,相似育种产地的品种多聚在一起,推测与其品种遗传种质成分具一定相似性有关。【结论】EST-SSR标记可应用于黑莓品种种质遗传多样性分析,目前引种黑莓种质的遗传基础相对较窄。     

基于ISSR的日本落叶松2代优树遗传多样性研究

为分析80株日本落叶松2代优树间的遗传多样性,本次试验利用ISSR分子标记的方法对采自辽宁省抚顺市清原县大孤家国营林场的80个样本进行了DNA的提取与检测、ISSR反应体系的优化建立及引物筛选、ISSR扩增及电泳检测。结果发现:筛选出的8个ISSR引物共扩增出281条DNA条带,全部为多态性条带,多态性百分率为100%,平均每条引物扩增的多态性条带数为35.1。ISSR扩增结果的遗传相似性在0.8479~0.9142之间,其中编号为C46和C94的遗传相似系数最低,表明二者亲缘关系最远;编号为C96和C97的遗传相似系数最高,表明二者亲缘关系最近。基于日本落叶松ISSR遗传相似性系数进行聚类,当相似系数为0.856时可将80个日本落叶松样本划分为5个类群。     

41份木槿种质资源的AFLP遗传多样性分析

为研究木槿种质资源的遗传多样性及遗传关系,采用AFLP分子标记技术,对41份木槿种质资源进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明:9对AFLP引物对41份供试种质进行选择性扩增后,共产生谱带733条,其中多态性条带699条,多态性位比率平均为95%;Nei基因多样性指数为1.1801～1.2515,平均值1.2076;Shannon信息指数为0.1863～0.2445,平均值0.2035。通过聚类分析,41份木槿种质的Dice相似性系数为0.702～0.932,并在0.87处将供试材料分为5大类。研究认为,来源相同的木槿种质并未严格聚在一起,表明供试木槿种质表现出较大的遗传差异和丰富的遗传多样性,亲缘关系与材料来源没有绝对的相关性。     

油茶岑软系列优良无性系的ISSR分子鉴别及遗传分析

为了解决油茶良种生产上种苗品种混乱的问题,本研究采用ISSR分子标记技术,对广西岑溪软枝油茶10个优良无性系进行分子鉴别及遗传分析,结果表明:筛选出10条多态性高、条带清晰、稳定性好的引物,共扩增得到108条条带,81条为多态性条带,多态性比率占75%;根据引物扩增的ISSR图谱条带,建立了10个‘岑软系列’无性系的ISSR鉴定识别卡,其中3条引物可独立对区分所有供试品种;聚类分析表明,岑软系列无性系间遗传距离为0.083~0.448之间,在遗传距离为0.411处可较明显将10份供试材料可分为2类。     

樟树几种化学类型及近缘种的ISSR分析

利用ISSR分子标记分析了樟树3种化学类型及3个近缘种的亲缘关系和遗传多样性,从40条ISSR引物中筛选到具有多态性的引物15条用于PCR扩增,共扩增出133条DNA带,多态性条带比率为58.65%。供试样品的遗传相似系数变化范围在0.108~0.986之间。对35个样品进行聚类分析结果表明,所选材料在GD(遗传距离)约为0.21处可划分为樟树、油樟、云南樟、猴樟4大类群,在GD约为0.18处可将樟树的几种化学类型明显划分为芳樟、桉樟、脑樟3类,表明樟树种内具有丰富的遗传变异。     

紫胶虫主要生产种的RAPD分子标记分析

用RAPD技术研究了紫胶虫7种主要生产种12个群体之间的亲缘关系,研究中每个群体使用了24个标本,共有288个个体用于研究.在试用的45种随机引物中,筛选出9种引物用于随机引物扩增,共得到121个清晰稳定的位点,其中118个为多态性位点,多态百分率为97.52%,每条引物检测到的位点数为11～16个,长度为150～3 000 bp.根据扩增结果,用UPGMA法对Nei's遗传距离进行聚类分析,构建分子系统树.7种紫胶虫聚类结果显示:紫胶虫各群体间的遗传距离为0.044 3～0.791 7,其中,种间的遗传平均距离为0.443 0,种内的遗传平均距离为0.170 7.根据聚类分析,讨论了紫胶虫主要生产种的亲缘关系.     

香花油茶分子分类与鉴定

为给香花油茶归类地位的确认提供一定的分子依据,明确香花油茶的分类地位,通过ISSR标记技术,探究香花油茶与山茶属中形态特征相似的其它5个种之间的亲缘关系。结果表明:香花油茶与供试山茶属5个种(小果油茶、南荣油茶、窄叶短柱茶、普通油茶、攸县油茶)遗传距离较远,各自聚类显著,因此香花油茶不属于参试的5个山茶物种;其中与窄叶短柱茶的亲缘关系为近,遗传距离偏小,但遗传距离也远大于种内差异,且形态特征与窄叶短柱茶最为接近,推测香花油茶可能是山茶属短柱茶组1个新物种。     

撑篙竹遗传变异的RAPD分析

采用随机扩增多态DNA(RAPD)方法对6个群体30丛撑篙竹个体进行了遗传变异的研究。28个随机引物共检测到173个位点,其中85个是多态位点,平均每个引物提供6．18个RAPD信息量,扩增出的DNA片段大小一般在200～2000bp范围之间;用POPGENE1．31版软件进行遗传多样性分析：平均Nei’s基因多样性为0．2114,Shannon’s信息指数为0．3277,基因分化系数0．1853,表明群体间有一定的分化;各群体平均遗传距离0．0350,表明群体亲缘关系较近;试用UPGMA方法对不同产地的撑篙竹群体作聚类分析,初步可将6个群体聚为3类。     

毛竹居群遗传多样性的RAPD分析

利用RAPD技术,对来自不同地区的18个毛竹居群遗传多样性及居群间的关系进行了研究.从184条10碱基随机引物中筛选到14条能稳定产生多态标记的引物,共扩增出129个位点,主要集中在400～1 400bp之间,其中多态性位点有101个,比率高达78.3%,Shannon多态性指数较高平均为0.377.根据POPGENE32软件分析和聚类分析,计算各居群间的遗传相似性I和遗传距离D,遗传距离的变异范围为0.081～0.503,遗传相似性变异范围为0.605～0.923,表明各居群间的遗传距离和遗传相似性存在着较大的差异.地理上较近的居群多聚在一起,表现出比较明显的地域性,说明各居群的亲缘关系与地理分布有着密切的关系.     

不同种源印楝遗传多样性的ISSR分析

利用ISSR分子标记技术对印楝进行遗传多样性分析,用9条引物进行扩增,共检测出81条清晰的位点,其中79条具有多态性,多态位点百分率为97．53％,Nei＇s基因多样性指数为0．3803,Shannon信息指数为0．5537,表明印楝遗传多样性很丰富。种源间遗传分化系数为0．4702,Shannon’s居群分化系数为0．4677,表明印楝种源内的遗传分化大于种源间的分化。聚类分析将13个种源分为2大类,来自缅甸的11个种源聚成一类,来自澳大利亚和印度的种源聚成另外一类。结果表明,ISSR分子标记技术适合于印楝的遗传多样性分析。     

Selection of a seed orchard of Eucalyptus dunnii based on genetic diversity criteria calculated using molecular markers

A Eucalyptus dunnii Maiden breeding population of 46 accessions originated in Australia and selected for fitness to subtropical and cold environments was screened by Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) and microsatellite markers to obtain quantitative estimates of genetic diversity. A randomly chosen group of AFLP primers generated 205 AFLP bands that were used to fingerprint the genotypes and to evaluate genetic relationships among accessions. Sixty-eight percent (140) of the bands were polymorphic markers. The mean diversity index (DI) was 0.33 and about 52% of the loci had values greater than 0.4. Cluster analysis derived from similarity indices (SI) revealed no particular grouping among accessions suggesting the absence of closely related genotypes, except for five pairs of genotypes. Bootstrap analysis results confirmed the suitability of AFLP to describe genetic relationships in this breeding population. In addition, four highly informative microsatellites were used to construct an identification matrix that discriminated nearly all of the genotypes. Mean values for the number of alleles per locus, DI and SI among accessions were 13, 0.78 and 0.19, respectively, indicating that the breeding population has high genetic diversity. However, several genotypes showed the presence of single microsatellite bands suggesting a putatively important degree of homozygosity. Molecular data were used to design a clonal seed orchard. To achieve this aim, the nine most divergent pairs of genotypes were chosen, thereby retaining 95.2% of the total number of alleles from the 140 polymorphic AFLP loci and the four microsatellite loci analyzed. Mean DI and SI for AFLP and microsatellites showed no significant differences between the original breeding population and the selected seed orchard, confirming that a seed orchard can be designed with a limited number of individuals, which allows similar accessions to be discarded and avoids inbreeding.     

锥栗农家品种的遗传多样性及亲缘关系分析

采用ISSR技术对37个锥栗农家品种进行遗传多样性及亲缘关系分析。从65条通用引物中筛选出13条扩增效果较好的引物进行扩增,每条引物的扩增谱带从9(引物828) 16条(引物821)不等,平均每个引物产生12个ISSR片段,共扩增出156条谱带,其中多态性条带129条,占82.69%,平均每个引物扩增的DNA多态性条带为9.9条。结果表明:锥栗农家品种具有丰富的遗传多样性水平;供试农家品种的观测等位基因数1.826 9,有效等位基因数1.509 7,Nei's基因多样度(H_e)为0.292 3,Shannon信息指数为 0.434 4;13条引物可区分37份农家品种及其优株。根据遗传一致度构建反映品种间亲缘关系的UPGMA聚类图,37个锥栗品种可划分为2大类群7个亚类。     

香果树RAPD扩增条件的优化及遗传多样性初步分析

对浙江省天台山自然香果树种群的DNA进行了提取和RAPD扩增条件的优化,分别测试了镁离子、dNTP、模板DNA含量、引物浓度、DNA聚合酶量和牛血清白蛋白浓度对反应结果的影响,通过各因子的组合研究,可知香果树RAPD分析较适宜的扩增条件为:15μLPCR反应体积,1×Taq酶配套缓冲液,1 8mmol·L-1MgCl2,2UTaq酶;10ng模板DNA;20pmol引物;dATP、dCTP、dGTP、dTTP各0 1mmol·L-1。以此适宜条件对12个引物进行扩增,共扩增出51个DNA片段,多态位点百分率为45 1%,种群内遗传多样性较低,进一步研究不同种群香果树的遗传多样性具有一定的意义。     

20个茶花品种遗传关系的ISSR分析

采用ISSR分子标记技术对茶花品种群中有代表性的20个国内外茶花品种进行了品种间遗传关系的分析.从60对随机扩增引物中筛选出了21对扩增带型清晰及重复性好的引物序列,共扩增出153条带,其中146条呈现多态性,多态性条带比例为95.4%;Nei's基因多样性指数介于0.40～0.48,Shannon信息指数在0.57～0.67,基因分化系数介于0.5～0.7,基因流值介于0.2～0.5,遗传相似系数介于0.50～0.74,平均为0.63.参试的20个茶花栽培品种间遗传差异相对比较窄;结合花型形态学特征与UPGMA聚类分析结果,可将20个茶花品种分为2个大类群.此外,结果显示:ISSR分子标记适用于分析山茶品种间遗传多样性和亲缘关系.