猪流行性腹泻病毒S2基因的克隆与遗传进化分析

为了解猪流行性腹泻病毒(PEDV)新流行毒株的遗传变异情况,本研究对2014—2018年间采集的205份PEDV疑似阳性样品进行RT-PCR检测、扩增PEDV S2基因并进行遗传转化分析。RT-PCR结果显示,205份疑似阳性样品中有191份扩增出单一条带,片段大小为1 887 bp,符合S2基因的扩增预期。试验样品阳性检出率为93. 17%。测序分析表明,试验共获得25株S2基因序列,与参考毒株之间核苷酸的同源性为94. 3%～99. 6%,氨基酸的同源性为86. 4%～96. 2%。遗传进化分析结果显示,试验得到的PEDV毒株分属于G1、G2亚群。本研究为PEDV防控以及疫苗毒株筛选奠定基础。     

猪传染性胃肠炎病毒纤突糖蛋白N端基因的克隆

以RT -PCR方法扩增出TGEV纤突糖蛋白 (S)N端基因片段 ,它包含D、C两个抗原位点 ,长 1 2kb ,平端连接方法将其与质粒PUC18的ECORⅠ多克隆位点相连 ,电转化DH5α ,经筛选鉴定获得阳性基因克隆     

猪CACNA1S基因内含子37的克隆及多态性研究

根据不同物种间保守性及相似性的特点,跨内含子设计引物,利用聚合酶链式反应(PCR)技术对猪CAC-NA1S内含子37进行克隆;采用PCR-SSCP技术,检测金华与皮特兰杂交F_2代猪(JP F_2)和苏钟猪CALCN1S基因内含子37的单核苷酸突变点(SNP),并结合JP F_2猪生产性状进行相关分析.结果表明:(1)克隆得到猪CACNA1S基因内含子37完整DNA序列(235 bp);(2)在猪CACNA1S基因内含子37中检测到6个SNP;(3)相关分析显示,位点1S-76对体长存在显著性影响(0.01相似文献   

PCR和ELISA法检测畜禽类乙型肝炎病毒的研究

从河南省部分地区收集鸡血清３１２份，猪血清２０４份，奶牛血清２００头份，分别用人乙型肝炎“两对邓ＨＢｓＡｇ，抗－ＨＢｓ，ＨＢｅＡｇ，抗－ＨＢｅ抗－ＨＢｃ试验盒检测。然后取经”两对半”系统检测有“＋”的鸡血清２６份，猪血清２５头份，奶牛血清２５头份，人血清４份，进行ＰＣＲ扩增，其扩增片断选择以ＨＢＶ－ＤＮＡ相对保守区域，扩增后的产物电泳３０ｍｉｎ，紫外灯下观察６００ｂｐ的片断为阳性，ＨＢＶ－ＤＮＡ阳     

3株猪流行性腹泻病毒S1基因的克隆及序列分析

猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)可感染各阶段的猪,使患病动物出现水样腹泻、呕吐,并伴随厌食和精神沉郁等临床症状,对哺乳仔猪危害尤为严重。为了解河南某猪场PEDV流行毒株S1基因的变异情况,以江苏农牧科技职业学院动物药学院实验室保存的感染PEDV临床病料为样本,对其进行S1基因扩增、克隆以及序列分析。对S1基因的进化分析结果显示,该猪场PEDV分离株S1基因推导的氨基酸序列之间的同源性高达99%,BLAST搜索结果显示与AHCZ-2株的相似性最高,将获得序列与经典毒株CV777相比在第57位插入了4个氨基酸NQGV,在第134位插入1个氨基酸D,而在第157、158位缺失2个氨基酸,在中和表位区域共有11处氨基酸突变,与国内其他毒株均位于G2-b进化分支,研究结果为进一步掌握该地PEDV的流行毒株和毒力变异情况提供了理论依据。     

鸡传染性支气管炎病毒S2蛋白基因的克隆与序列分析

参考genebank已发表的IBV纤突蛋白S2基因序列,设计了两对特异性引物,对鸡传染性支气管炎病毒黑龙江肾型分离株Mg/Mk和K进行RT-PCR扩增,将扩增后得到的PCR产物克隆入pMD18-T载体,并进行测序和分析。结果显示:S2基因的核苷酸全长为1884bp,编码一条由628个氨基酸组成的多肽,与网上报道的相一致。地方分离株Mg株、Mk株、K株分别和标准株T株比较,其同源性分别为92.3%、94.7%和94.2%。而Mg和Mk株的同源性为97.2%,Mg和K株的同源性为96.7%,Mk和K株的同源性为99.5%。说明地方分离株的亲缘关系较近,而和T株的亲缘关系较远。     

猪Ob-Rb基因的克隆与分析

[目的]采用RT-PCR法克隆与分析瘦素受体06-Rb cDNA序列。[方法]从160日龄初情期的苏姜猪的下丘脑中提取组织总RNA．根据GenBank中猪06．RbmRNA全序列设计引物,用反转录-聚合酶链式反应（RT—PCR）进行cDNA扩增,获得1条343bp的片段,将PCR产物克隆于pGEM—Teasy载体后进行测序分析。[结果]用紫外分光光度计检测所提取的RNA质量,0D260／OD280=1.9,证明所提RNA的质量较好,无降解和蛋白质污染;用1％的琼脂糖检测所提RNA,有3条清晰的条带,分别是28S、18S、5S,28S与18S浓度比约为2：1．说明所提的RNA的完整性较好。所获D6-RbcDNA序列用Blast程序与在GenBank中发表的猪06-Rb cDNA序列（AF092422）比较表明,其同源性为100％,说明所扩增的序列是正确的。[结论]该研究为进一步探索Ob-Rb基因组织表达和作用机理奠定了理论基础。     

猪PILRB基因的克隆及多态性分析

Ⅱ型配对免疫球蛋白样受体(Paired immunoglobulin-like type 2 receptors,PILRs)是近年发现的免疫球蛋白超家族成员之一,含有两个亚型,PILRα和PILRβ。在机体天然免疫反应中发挥重要作用,目前猪PILRB基因基因组序列尚未得到克隆、测序。研究利用PCR方法克隆猪PILRB基因部分基因组序列并分析该区域多态性。结果表明,获得猪PILRB基因序列长1 127 bp,包含完整外显子1、内含子1、外显子2、内含子2、外显子3和部分内含子3。猪PILRB基因内含子1和内含子2为研究首次克隆,全长分别为9和314 bp。在该区域共检测到15个SNPs,其中6个为中度多态位点,共形成5种单倍体型,ACACCG为优势单倍体型。研究结果为进一步揭示这些SNPs对PILRβ功能的影响及其在猪抗病育种中的作用提供基础。     

猪细小病毒VP2基因的克隆与序列测定

本研究以PCR方法成功扩增并克隆到BM－1株PPV结构蛋白的VP2基因的上、下游片段。通过VP2基因的序列测定，发现我国BM－1 PPV VP2基因序列与国外发表的序列（NADL－2、Kresse)的有一定差异。     

猪巨细胞病毒福建株gB基因的克隆和序列分析

为明确猪巨细胞病毒福建株(PCMV-FJ01)的gB基因特征,根据其序列特征,设计特异性引物对其进行分段扩增,并对目的片段进行克隆测序。结果发现,PCMV-FJ01株gB基因全长为2 580bp,编码859个氨基酸;其和GenBank数据库中的PCMV分离株的gB基因的核苷酸和氨基酸同源性分别均在98.3%和97.9%以上。此外,本研究还发现部分(约50%)PCMV代表株的gB基因存在ACA三核苷酸缺失(436位氨基酸存在谷氨酰胺Q的缺失)。除ZZ株外,PCMV不同分离株的gB基因是否存在基因缺失和其遗传进化正相关。     

RT-PCR技术检测猪繁殖与呼吸障碍综合征病毒(PRRSV)

根据猪PRRSV的ORF7基因序列,设计并合成了1对引物,以PRRSV RNA为模板,筛选最佳反应条件,建立了检测PRRSV的RT-PCR方法。应用该方法对病毒细胞培养物进行基因扩增,均获得了分子量为443bp的特异性目的片段,而对PCV2、PRV、CSFV及Marc-145细胞进行同条件检测,结果均为阴性;PRRSV扩增产物测序结果与文献报道的PRRSV其他毒株序列同源性达92%~98%。敏感性试验表明,该体系可检测到2.39TCID50的PRRSV;对2004~2005年送检的81份临床样品进行检测,阳性率为23.4%。上述研究结果表明,建立的RT-PCR特异性好、敏感性高,可用于猪繁殖与呼吸综合征的诊断和流行病学调查。     

侵染观赏百合的黄瓜花叶病毒血清学检测方法研究

采用摩擦接种和PEG沉淀法对侵染观赏百合的黄瓜花叶病毒(CMV)进行了提纯,提纯病毒具有典型的核蛋白吸收峰曲线,D260 nm/D280 nm=1.236;利用提纯的CMV免疫大白兔制备抗血清,经微量沉淀法测定,其效价为1∶1024;用硫酸铵沉淀法提纯IgG,制备了辣根过氧化物酶标抗体,利用自制抗血清对DAS-ELISA、间接-ELISA和DIBA-ELISA检测侵染观赏百合的CMV灵敏度和检测范围进行了比较试验,结果表明DAS-ELISA检测的灵敏度较高,是间接-ELISA和DIBA-ELISA灵敏度的4倍;间接-ELISA和DIBA-ELISA的检测范围比DSA-ELISA宽.对21个观赏百合样品的CMV检测结果表明,DIBA-ELISA的检出率为66.67%,间接-ELISA的检出率为38.09%,二者的检出率分别比DAS-ELISA的检出率(23.81%)提高了42.86%和14.28%.     

猪BYSL基因克隆、序列特征及表达分析

BYSL基因是哺乳动物胚胎着床和胚胎发育的关键因子。为进一步研究猪BYSL基因的结构与功能,揭示其表达模式,本研究结合基因同源序列克隆技术和RT-PCR方法克隆了猪BySL基因;利用生物信息学软件对该基因进行序列特征和结构分析;利用Real-time PCR技术分析了BYSL基因的时空表达模式。结果表明,猪的BYSL编...     

金华市猪繁殖与呼吸障碍综合征的流行现状研究

通过对金华市部分养猪场进行的猪繁殖与呼吸综合症病毒（PRRSV）和猪圆环病毒2型（PCV2）流行现状的调查,结果发现,部分养猪场发病率高达43.5%,病死率高达89.29%,仔猪一旦感染病死率几乎达100%。作者对病死猪进行剖解,采集相应的病变组织,用PCR和RT\|PCR方法检测鉴定了PRRSV,同时对样本也作了PCV2的PCR检测鉴定,发现有混合感染的现象。     

猪δ冠状病毒N蛋白的原核表达和间接ELISA检测方法的建立

【目的】制备猪δ冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)N蛋白及其多克隆抗体,建立检测PDCoV N蛋白抗体的间接ELISA方法。【方法】从PDCoV CH-01毒株中扩增N全基因,克隆至原核表达载体pET-28a中,构建重组表达质粒pET-28a-PDCoV-N,转入BL21(DE3),用IPTG诱导表达重组N蛋白,并对该蛋白的反应原性进行鉴定。诱导表达的N蛋白经镍柱纯化后免疫新西兰大白兔制备多克隆抗体。同时用镍柱纯化后的N蛋白作为包被抗原,建立PDCoV的间接ELISA检测方法,对该方法的特异性、重复性和稳定性进行检测,并利用该方法对河南部分地区猪场送检的165份临床猪血清样本进行PDCoV抗体检测。【结果】成功克隆了1 026 bp的N基因,构建了重组表达载体pET-28a-PDCoV-N,经诱导表达后获得了重组N蛋白,其相对分子质量约42.9 ku,Western blot分析表明所表达的蛋白可与抗PDCoV全病毒猪阳性血清发生反应。制备的PDCoV N蛋白多克隆抗体经Western blot检测表明,该抗体具有特异性;间接免疫荧光试验测定该多克隆抗体在ST细胞上的最佳使用稀释度为1∶200。以N蛋白作为包被抗原建立了间接ELISA方法,确定最佳的反应条件如下:抗原2μg/mL在4℃过夜包被,10 g/L BSA在37℃下封闭2 h,血清(1∶80稀释)37℃孵育1 h,酶标二抗(1∶6 000稀释)37℃孵育1 h,TMB在37℃下显色15 min;待检血清OD_(450)值≥0.272判定为阳性。特异性试验结果显示,该包被抗原与其他猪常见病毒的阳性血清均无交叉反应,批内和批间重复试验变异系数均小于5%。用间接ELISA法对来自河南不同地区的165份血清样本进行检测,结果表明各地样本PDCoV抗体阳性率平均为53.94%。【结论】成功表达了PDCoV N蛋白,制备了其多克隆抗体,建立了PDCoV间接ELISA检测方法,该方法具有良好的特异性、重复性和稳定性,可用于临床猪血清中PDCoV抗体的检测。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒河南分离株的遗传变异分析

用间接免疫荧光试验和RT-PCR方法,从河南省不同地区送检的疑似猪繁殖与呼吸综合征的病料中分离到16株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),扩增分离株的ORF5基因并进行序列测定、比较分析和绘制进化树.结果表明,16株分离株之间的氨基酸序列同源性为88.1%～99.8%;与欧洲型LV株和美洲型VR-2332株的氨基酸序列同源性分别为54.0%～54.5%和88.1%～99.2%,证明分离的16株病毒均为美洲型.用DNAstar等软件对16株分离株推导的氨基酸序列作进一步比较分析,发现16株分离株ORF5基因编码的gp5蛋白的抗原区、潜在疏水区、跨膜区和N-糖基化位点分布均有差异,与其它美洲型毒株也存在一定程度的差异,说明在河南流行的PRRSV存在明显的遗传差异性.     

猪代尔塔冠状病毒荧光定量PCR检测方法的建立及其S基因分子特征分析

猪代尔塔冠状病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)是一个新发现的致病性猪肠道冠状病毒,目前在中国部分省份养殖场的腹泻病猪中已检测到,并已证实在中国流行。本研究旨在探明PDCoV在浙江省的流行现状和分子演化特征。结果显示,建立的PDCoV一步法TaqMan探针荧光定量检测方法特异,检测灵敏度可达3.94×10²拷贝·μL^-1,扩增效率为108%,R²值为0.997,标准曲线方程为Y=-3.156X+1.826。2013年4月—2016年12月收集的258份仔猪临床腹泻样本中没有检测到,但在2017年1—4月检测阳性率达到50%(12/24)。获得的7个临床分离株的S基因与参考株相比,其核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.98%~100%和99.99%~100%;与最初在香港分离到的毒株和美国流行株相比,存在3个碱基缺失和一定数量的突变。以S蛋白进行分子演化分析,发现7株临床分离株均在代尔塔冠状病毒属进化分支上,且与中国分离到的其他PDCoV毒株在进化关系上较近,与美国、泰国等地分离到的PDCoV在进化关系上较远,提示PDCoV的流行株分布有一定的地域性。研究结果提供了浙江省地区PDCoV临床分离株的基因特性,为防控PDCoV引起的仔猪腹泻、加快流行株疫苗的开发提供了数据。     

2010—2013年浙江省猪流行性腹泻病毒临床检测及PEDV S基因型分析

2010年以来,全国大部分地区暴发新生仔猪严重流行性腹泻,给养猪业造成巨大经济损失。为分析猪流行性腹泻病毒(PEDV)在浙江省的流行和遗传变异情况,对2010—2013年收集的临床腹泻样品,以针对PEDV S基因N端序列的RT PCR检测病原,并测序其中的41份样品的扩增序列,分析PEDV S1基因型变异情况。临床检测结果表明：　PEDV临床检出率由2010年的4286%提高到2013年的70%以上,并且浙江省各地的检出率都在50%以上;一年中7至8月份检出率明显降低。 PEDV S1基因N端序列分析结果表明,临床检测株的S1基因与传统毒株PEDV CV777的S基因序列及中国最早检测到的基因序列亲缘关系较远,可能浙江省PEDV的流行株可能属于一个新的基因型。同时研究结果提示PEDV S基因的变异可能是现有CV777毒株疫苗免疫保护力不佳的原因。     

猪繁殖与呼吸综合征病毒GS株非编码区分子克隆及其一二级结构的分析

参照GenBank中PRRSV VR-2332株全序列对非编码区(non-coding region,NCR)设计特异性引物,经过基因的扩增、连接、转化、筛选阳性克隆以及核苷酸测序.结果表明PRRSV GS株5′NCR长190 bp,与VR-2332和LV株核苷酸序列的同源性分别为93.2%和61.1%,紧接ORF1起始密码子上游有一个保守基序:5-′UUU-AACC-3′,其作用是连接5′前导序列与各亚基因组mRNAs;3′NCR长151 nt,其后有一个长14个碱基的poly(A)尾,通过序列比较分析,发现该区核苷酸序列较为保守,与VR-2332及LV 3'NCR的核苷酸同源性分别为95.4%和78.2%,在poly(A)尾巴的上游具有一个高度保守的8核酸序列:5-′CCGAAATT-3',在病毒的复制过程中,该保守基序可能起着重要作用.非编码区的二级结构分析发现其有复杂的二级结构.     

A multiplex real-time PCR assay for simultaneous detection of classical swine fever virus,African swine fever virus,and atypical porcine pestivirus

With the implementation of the C-strain vaccine, classical swine fever (CSF) has been under control in China, which is currently in a chronic atypical epidemic situation.  African swine fever (ASF) emerged in China in 2018 and spread quickly across the country. It is presently occurring sporadically due to the lack of commercial vaccines and farmers’ increased awareness of biosafety.  Atypical porcine pestivirus (APPV) was first detected in Guangdong Province, China, in 2016, which mainly harms piglets and has a local epidemic situation in southern China.  These three diseases have similar clinical symptoms in pig herds, which cause considerable losses to the pig industry.  They are difficult to be distinguished only by clinical diagnosis.  Therefore, developing an early and accurate simultaneous detection and differential diagnosis of the diseases induced by these viruses is essential.  In this study, three pairs of specific primers and Taq-man probes were designed from highly conserved genomic regions of CSFV (5´ UTR), African swine fever virus (ASFV) (B646L), and APPV (5´ UTR), followed by the optimization of reaction conditions to establish a multiplex real-time PCR detection assay.  The results showed that the method did not cross-react with other swine pathogens (porcine circovirus type 2 (PCV2), porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV), foot-and-mouth disease virus (FMDV), pseudorabies virus (PRV), porcine parvovirus (PPV), and bovine viral diarrhea virus BVDV).  The sensitivity results showed that CSFV, ASFV, and APPV could be detected as low as 1 copy mL^–1; the repeatability results showed that the intra-assay and inter-assay coefficient of variation of ASFV, CSFV, and APPV was less than 1%.  Twenty-two virus samples were detected by the multiplex real-time PCR, compared with national standard diagnostic and patented method assay for CSF (GB/T 27540–2011), ASF (GB/T 18648–2020), and APPV (CN108611442A), respectively.  The sensitivity of this triple real-time PCR for CSFV, ASFV, and APPV was almost the same, and the  compliance results were the same (100%).  A total of 451 clinical samples were detected, and the results showed that the positive rates of CSFV, ASFV, and APPV were 0.22% (1/451), 1.3% (6/451), and 0% (0/451), respectively.  This assay provides a valuale tool for rapid detection and accurate diagnosis of CSFV, ASFV, and APPV.