中国美利奴羊TLR2基因多态性及其与布鲁氏菌病的相关性分析

试验旨在研究Toll样受体2（Toll-like receptor,TLR2）基因的多态性及其与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性的相关性。利用生物信息学方法对NCBI上公布的绵羊TLR2基因序列进行比对,选出多态位点丰富的片段进行扩增,运用PCR-SSCP的方法对206个中国美利奴布鲁氏菌病阴性样本和80个中国美利奴羊布鲁氏菌病阳性样本进行TLR2基因的多态性检测,然后对不同等位基因的PCR产物进行测序,确定该基因的多态性位点,经卡方检验分析每个SNP位点的等位基因频率、基因型频率及其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性,利用生物信息学软件分析RNA二级结构及蛋白质的二级结构。结果表明,在279 bp的序列中共检测到3个SNPs,分别为：C1731T、G1737C和G1749T,均未引起对应氨基酸的改变,属于无义突变。这些位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及基因型频率均不存在显著差异（P>0.05）。各突变位点均能引起RNA二级结构和最小自由能的改变,而蛋白质的二级结构均未改变。由此得出,中国美利奴羊TLR2基因的3个SNPs位点（C1731T、G1737C和G1749T）与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性无相关性。     

中国美利奴羊MHC-DQB1基因多态性与包虫病的抗性分析

采用PCR-RFLP方法对103只包虫病(细粒棘球蚴病)阴性和101只阳性中国美利奴(新疆军垦型)羊MHC-DQB1 第2外显子遗传多态性进行了检测.结果表明,中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DQB1 基因外显子2在Mrox Ⅰ、Sca Ⅰ、Sacl Ⅰ、Taq Ⅰ、Hae Ⅲ和Mva Ⅰ酶切位点存在丰富的多态性,分别检测出2、2、4、3、3、6种等位基因,3、3、7、4、6、16种基因型.克隆测序分析表明,Hae Ⅲ m、Hae Ⅲ n、Mva Ⅰ y和Mva Ⅰz 是由碱基突变而产生的新等位基因.将包虫病阴性和阳性中国美利奴(新疆军垦型)羊的等位基因频率和基因型频率分别进行比较分析,发现Mva Ⅰ D(P＜0.05)、Sacl Ⅰ b、Taq Ⅰ A、Hae Ⅲ N(P＜0.01)为中国美利奴(新疆军垦型)羊包虫病的抗性基因,Taq Ⅰ B、Mva Ⅰ C、Hae Ⅲ M(P＜0.01)是易感性基因.Mva Ⅰ DZ(P＜0.05)、Taq ⅠAA和Hae Ⅲ NN (P＜0.01)是中国美利奴(新疆军垦型)羊包虫病的抗性基因型,而Mva Ⅰ CZ(P＜0.05)、Taq ⅠAB和Hae Ⅲ MN(P＜0.01)是易感性基因型.     

中国美利奴羊(新疆型)KRT27基因的多态性及其与毛细度性状关联分析

实验通过PCR-SSCP技术,对中国美利奴羊(新疆型)KRT27基因的多态性进行了检测,并对不同基因型与中国美利奴羊(新疆型)羊毛细度性状间的关联性进行了分析。结果表明:外显子5的一段长度为122 bp的扩增产物经SSCP分析后出现了两种基因型AA和AB,存在两种等位基因A和B;AA基因型和AB基因型在中国美利奴羊(新疆型)中的频率分布分别为0.86和0.14,等位基因A、B的基因频率分别为0.93和0.07,表明A等位基因为优势等位基因;所研究群体在该位点上处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05)。不同基因型的个体间羊毛细度性状没有显著差异(P0.05)。     

中国美利奴羊MHC-DRB1基因PCR-RFLP多态性分析

应用巢式PCR-RFLP方法,对211只中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DRB1外显子2的遗传多态性进行检测,并对基因型频率和等位基因频率进行了统计,结果表明,中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DRB1基因外显子2在SacⅠ、Hin1Ⅰ和HaeⅢ的酶切位点存在多态性,这些酶切位点分别受2、2和6个等位基因控制,由于MHC-DRB1为多碱基突变的基因位点,综合3种限制性内切酶的酶切结果,在中国美利奴(新疆军垦型)羊中共发现24种等位基因;χ2适合性检验结果表明,中国美利奴(新疆军垦型)羊的MHC-DRB1外显子2在SacⅠ和Hin1Ⅰ酶切位点均达到Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05),但在HaeⅢ酶切位点未达到Hardy-Weinberg平衡(P＜0.01).     

中国美利奴羊OLA-DQB1基因exon2遗传多态性与布鲁氏菌病易感性的关联分析

本试验采用PCR-SSCP方法对148只布鲁氏菌阴性和60只布鲁氏菌阳性中国美利奴羊白细胞表面抗原DQB1(OLA-DQB1)基因exon 2单核苷酸多态性(SNPs)进行了检测,之后挑选不同等位基因进行PCR产物测序,旨在确定该基因的多态性位点,并对每个SNP位点的等位基因频率、基因型频率进行统计分析,从而分析其多态性与布鲁氏菌病易感性的相关性.测序结果表明,在270 bp的序列内共检测到43个SNPs,其中G196A位点的等位基因频率在病例组和对照组中的分布存在极显著差异(P< 0.01),其基因型频率存在显著差异(P< 0.05);C211T位点的等位基因频率在病例组和对照组中存在显著差异(P< 0.05).由此表明,OLA-DQB1基因exon 2多态性与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性呈显著相关.     

BMP4基因作为中国美利奴羊(军垦型)多胎性能候选基因的研究

以绵羊BMP4基因作为候选基因,以中国美利奴羊(军垦型)为研究对象,利用PCR-SSCP和基因测序分析BMP4基因5'UTR、外显子和3'UTR的单核苷酸多态性(SNPs),研究该基因对中国美利奴羊(军垦型)高繁殖力的影响.结果表明,BMP4基因5'UTR和外显子不存在多态性,3'UTR存在6个碱基(ACACAC)插入/缺失,最小二乘分析表明6 bp插入/缺失对绵羊高产羔数的影响差异不显著(P＞0.05),提示检测的BMP4基因座对中国美利奴羊(军垦型)高繁殖力没有影响.     

中国美利奴羊(军垦型)血清转铁蛋白分析

中国美利奴羊是我国细毛羊育种的重要成果,曾获国家科技进步一等奖。石河子紫泥泉种羊场是承担此重任的四大育种场之一。成功地培育出中国美利奴羊（军垦型）。其中Ａ,Ｂ,Ｃ３个品系在成果验收时已得到确认。Ａ品系羊的特点是体大、毛密、产毛量高;Ｂ品系则以毛长突出...     

中国美利奴羊IGFBP-3基因内含子4区的PCR-RFLP多态性分析

本研究针对在绵羊IGFBP-3基因内含子4区新发现的1个SNP位点（C218T）,建立了PCR-RFLP的基因分型方法。利用该方法对353只中国美利奴羊（新疆军垦型）进行了多态性检测,结果显示,有CC（249bp）、CT（249/216/33bp）和TT（216/33bp）3种基因型,基因型频率分别为0.52、0.41和0.07;有C、T2种等位基因,等位基因频率分别为0.72、0.28。多重比较结果表明,不同基因型对中国美利奴部分羊毛生产性能有一定的影响,CC基因型个体的毛丛长度显著短于TT基因型个体（P〈0.05）,其毛囊密度显著高于CT和TT基因型个体（P〈0.05）。     

中国美利奴羊IGFBP-3基因内含子4区的PCR-RFLP多态性分析

本研究针对在绵羊IGFBP-3基因内含子4区新发现的1个SNP位点(C218T),建立了PCR-RFLP的基因分型方法。利用该方法对353只中国美利奴羊(新疆军垦型)进行了多态性检测,结果显示,有CC（249 bp）、CT（249/216/33 bp）和TT（216/33 bp）3种基因型,基因型频率分别为0.52、0.41和0.07;有C、T 2种等位基因,等位基因频率分别为0.72、0.28。多重比较结果表明,不同基因型对中国美利奴部分羊毛生产性能有一定的影响,CC基因型个体的毛丛长度显著短于TT基因型个体(P＜0.05),其毛囊密度显著高于CT和TT基因型个体(P＜0.05)。     

The Polymorphisms of Chinese Merino Sheep eNOS Gene exon8 and its Association with Brucellosis Susceptibility

The association of Chinese Merino sheep eNOS gene exon8 polymorphisms with brucellosis susceptibility was studied in this research.The sequences of human and Chinese Merino sheep eNOS gene exon8 were aligned by the bioinformatics methods,and the polymorphisms of human eNOS gene in the NCBI SNP database were statistically analyzed.The polymorphisms of 101 Chinese Merino sheep negative samples and 61 Chinese Merino sheep positive samples were detected by PCR-SSCP method,and then the PCR products of different alleles were sequenced,aiming to determine exon8's polymorphism loci,and the allele frequency and genotype frequency of SNP loci were statistically analyzed.A novel SNP locus (ss974768653:A142G) was detected at the 142 bp of eNOS gene exon8,and the locus had no difference in allele frequency and each genotype between negative and positive groups (P >0.05).There might be no correlation between the A142G polymorphism locus of Chinese Merino sheep eNOS gene exon8 and brucellosis susceptibility.     

中国美利奴羊eNOS基因exon8多态性及其与布鲁氏菌病易感性相关性分析

本试验旨在研究内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因exon8多态性与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性的相关性。利用生物信息学方法对人和中国美利奴羊eNOS基因exon8序列进行比对,并对NCBI SNP数据库上人eNOS基因exon8多态性进行了统计分析。通过PCR-SSCP对101只中国美利奴羊阴性样本和61只中国美利奴羊阳性样本eNOS基因exon8的多态性进行检测,然后对不同等位基因进行PCR产物测序,旨在确定该基因exon8多态性位点,并对SNP位点的等位基因频率、基因型频率进行统计分析。在eNOS基因exon8序列142 bp处检测到一个新的SNP位点(ss974768653:A142G),该位点在病例组和对照组之间的等位基因频率及各基因型间不存在显著差异性(P >0.05)。eNOS基因exon8 A142G多态性位点与中国美利奴羊布鲁氏菌病易感性可能无相关性。     

The Correlation Analysis between Chinese Merino Sheep OLA-DQB1 Gene Exon 2 Genetic Polymorphism and Brucellosis Susceptibility

The single nucleotide polymorphisms (SNPs) of ovine lymphocyte antigen DQB1 (OLA-DQB1) gene exon 2 was amplified by PCR-SSCP method from 148 healthy and 60 infected with Brucella Chinese Merino sheep and then PCR products of different alleles were sequenced to determine the polymorphism loci of the gene.The differences in gene frequency and genotype frequency of each SNP loci were analyzed statistically to analyze its correlation with brucellosis susceptibility.The sequencing result showed that 43 SNPs were detected in 270 bp DNA sequence,the gene frequencies of G196A allele had extremely significant difference in case and control samples (P< 0.01),and its genotype frequencies presented significant difference (P< 0.05).Similarly,C211T allele was significantly different in case and control samples (P< 0.05).The results showed that the polymorphism of OLA-DQB1 gene exon 2 might be a significant association gene with brucellosis susceptibility.     

非遗传因素对中国美利奴羊(新疆型)主要经济性状的影响

为探索非遗传因素对中国美利奴羊（新疆型）主要经济性状的影响,试验对拜城种羊场1992-2010年共19年周岁母羊鉴定记录进行统计分析,利用最小二乘方差分析法研究出生年份、群别及出生月份3个非遗传因素对周岁母羊鉴定记录的6个主观鉴定性状（头毛评分、毛密度评分、毛弯曲评分、毛细度评分、体型外貌评分、品种等级评分）和4个客观测定性状（毛长度、鉴定时体重、剪毛后体重、剪毛量）共10个经济性状的影响。结果表明,出生年份和群别对10个性状均有极显著影响（P<0.01）;出生月份对除毛密度评分、毛细度评分、品种等级评分外的其他7个性状均有极显著影响（P<0.01）。从毛细度、毛长度和剪毛量3个最主要的性状来看,2008年毛细度评分最高,显著高于2006、2007和2010年（P<0.05）;1996年毛长度最长,显著高于1994、2002、2004、2006、2007、2008和2010年（P<0.05）,与1995、2003和2009年差异不显著（P>0.05）;1995年剪毛量最多,显著高于1994和2009年（P<0.05）,与1992年差异不显著（P>0.05）;除此之外,其他年份的毛细度评分、毛长度和剪毛量均极显著低于最高值（P<0.01）。除2号群外,不同群别各有优势。1、2月份出生的羊较3、4月份好。由此可见,出生年份、群别和出生月份非遗传因素对中国美利奴羊（新疆型）的主要经济性状存在显著影响,因此,在遗传参数估计和遗传评定时应该综合考虑这些因素,从而为获得更为全面、准确的育种值及制定育种方案提供参考依据。     

乌珠穆沁羊FSHR基因第10外显子的PCR-SSCP检测及序列分析

利用PCR-SSCP技术检测乌珠穆沁羊123个样本的FSHR基因第10外显子的单核苷酸多态性（SNP）。结果未发现多态。测序后获得该羊FSHR基因第10外显子的核苷酸序列,通过DNA序列分析结果表明：绵羊FSHR基因第10外显子序列与小尾寒羊、牦牛、水牛和小鼠的同源性分别为100%、98%、98%和86%。提示：为FSHR基因第10外显子能否作为绵羊高繁殖力相关的侯选基因提供依据。     

中国美利奴羊胚胎骨骼肌发育的加权基因共表达网络分析

旨在对绵羊胚胎骨骼肌lncRNAs（long non-coding RNA）进行鉴定分析,以阐明其在肌纤维类型转换与肌纤维增粗过程中的调控机制。本研究选取体重相近的成年中国美利奴母羊进行同期发情和人工授精,通过全转录组测序技术对其妊娠第85（D85N）、105（D105N）和135天（D135N）的胎儿背最长肌组织进行测序,设置D85N vs D105N、D105N vs D135N和D85N vs D135N 3个比较组,通过比较筛选出显著差异表达的lncRNA与mRNA。利用加权基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）方法构建共表达模块,使用DAVID在线工具和R-package进行GO和KEGG富集分析以找到与肌肉发育相关的模块。最后从目标模块中筛选出高连通度的lncRNAs和mRNAs,通过它们与miRNAs间的靶向预测关系建立lncRNA-miRNA-mRNA共表达网络。根据WGCNA分析结果,共得到25个模块。功能富集显示,模块中的核心基因主要富集于细胞粘附、Wnt、紧密连接、mTOR、AMPK及ECM-受体相互作用等肌肉发育相关的信号通路,选出模块中连通度高的lncRNAs和mRNAs构建子网络,得到TNNI2、PIP5K1A、PDK4等关键相关基因,预测出MSTRG.3903、MSTRG.10154、MSTRG.1629、MSTRG.10496、MSTRG.9559、MSTRG.10178、MSTRG.10521、MSTRG.3911、MSTRG.4586、MSTRG.7232等10个与肌肉发育、肌肉疾病、细胞增殖相关的lncRNAs。本研究成功构建了肌纤维发育相关的lncRNA-miRNA-mRNA共表达网络,找到多个与妊娠后期胚胎骨骼肌发育相关的潜在候选基因,为深入研究lncRNA在中国美利奴羊胚胎发育过程中骨骼肌的发育调控机制奠定了基础,也为其他家畜骨骼肌发育机制的研究提供了参考和方向。