梅山猪CD14基因-61位点的多态性及其与繁殖性能的关联分析

为了探讨将白细胞分化抗原14(Cluster of differentiation antigen 14,CD14)作为繁殖性能遗传标记的可行性,试验采用PCR-RFLP方法对64头梅山猪种猪CD14基因-61位点的多态性进行检测,同时利用广义线性模型(GLM)分析其与繁殖性能间的关系。结果表明:梅山猪CD14基因-61位点经Bam HⅠ酶切后可检测到AA、AG、GG 3种基因型,其频率分别为0.406,0.500,0.094;遗传多态性分析表明,梅山猪CD14基因的多态信息含量(PIC)为0.349,介于0.25~0.5之间,表现为中度多态;关联分析结果表明,在初产母猪中,GG基因型个体的总产仔数显著低于AA基因型和AG基因型(P0.05),且GG基因型个体的产活仔数、断奶仔猪数、初生重和断奶重均低于AA基因型和AG基因型,但差异均不显著(P0.05);在经产母猪中,各性状之间差异不显著(P0.05)。CD14基因-61位点的多态性对梅山猪初产母猪的繁殖性能有显著的遗传效应,但其对经产母猪的繁殖性能没有显著影响。说明梅山猪CD14基因-61位点并不能作为繁殖性能的分子遗传标记,但如果基于梅山猪CD14基因-61位点对于梅山猪的一般抗病力进行分子选育,不会对梅山猪的繁殖性能产生显著的不利影响。     

不同绵羊群体间心脏型脂肪酸结合蛋白基因第2外显子单核苷酸多态性的研究

以东北细毛羊、小尾寒羊、杜泊和道赛特4个群体为研究对象,采用PCR-SSCP方法对心脏型脂肪酸结合蛋白(heart fatty acid binding protein,H-FABP)基因第2外显子单核苷酸多态性进行检测。结果发现,H-FABP基因第2外显子存在939(A/G)、980(G/A)、1013(A/C)和1018(T/C)4个SNP位点,表现出AA、AB、BB 3种基因型;在东北细毛羊、小尾寒羊和杜泊群体中,BB型为优势基因型,在道赛特群体中,AB型为优势基因型;经χ²检验后,4个绵羊品种群体的基因频率和基因型频率均处于Hardy-Weinberg平衡状态;群体遗传多态性分析结果表明,东北细毛羊、杜泊和道赛特3个群体中的多态信息含量(PIC)均处于0.25和0.50之间,为中度多态,小尾寒羊为低度多态(PIC＜0.25);进一步分析结果表明,各个群体存在不同程度的遗传变异。     

猪CD14基因多态性及其对部分免疫指标的遗传效应分析

本研究采用PCR-RFLP方法对苏太、梅山、大白、杜洛克和长白猪CD14基因-61位点多态性进行分析,同时应用ELISA方法检测苏太、梅山猪的IL-2、IL-6、IL-10和IL-12水平,分析苏太、梅山猪CD14基因多态性对部分免疫指标的遗传效应,探讨将该位点作为遗传标记运用于猪抗病育种的可行性。结果表明:苏太、梅山和大白猪CD14基因-61位点经BamH I酶切后,可检测到AA、AG、GG 3种基因型,而杜洛克和长白猪中只检测到AG和GG 2种基因型;苏太、梅山猪与3个引进品种的基因型分布均表现为差异极显著(P0.01),大白猪与长白猪的基因型分布均表现为差异不显著(P0.05);遗传多态性分析表明苏太猪、梅山猪的PIC值介于0.25~0.5,表现为中度多态,大白、杜洛克和长白猪的PIC值低于0.25,表现为低度多态;品种效应对所测免疫指标影响极显著(P0.01),且在苏太猪和梅山猪中,不同基因型间各免疫指标水平差异均不显著(P0.05)。因此,CD14基因-61位点的突变不会对苏太、梅山猪的一般抗病力产生显著影响,有必要继续筛选CD14基因的功能突变位点和一般抗病力的有效遗传标记,为下一步抗病育种工作提供指导和依据。     

朝那鸡MC1R基因G274A和A427G多态位点与羽色性状的关联分析

为了研究宁夏地方品种鸡朝那鸡的黑色素皮质激素1受体(melanocortin 1 receptor, MC1R)基因G274A和A427G多态位点与羽色性状的关联性,试验选择120日龄健康的朝那鸡150只(红羽、黑羽和白羽各50只)为试验对象,采用高分辨熔解曲线(high resolution melting, HRM)分析技术对朝那鸡MC1R基因G274A和A427G位点进行基因型分型检测,并且对基因型和羽色性状进行了关联分析。结果表明：试验朝那鸡群体MC1R基因G274A位点有GG、GA、AA三种基因型,其中AA基因型个体数量最多,等位基因A为优势等位基因,多态信息含量(PIC)为0.286 7,表现为中度多态(0.25≤PIC≤0.50),说明MC1R基因位点为G274A的朝那鸡群体选育潜力较高;A427G位点有AA、AG两种基因型,其中AA基因型个体数量最多,等位基因A为优势等位基因,PIC为0.062 3,表现为低度多态(PIC<0.25),说明MC1R基因位点为A427G的朝那鸡群体选育潜力较低;这两个位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05...     

GPR54基因多态性与小梅山猪产仔数的关联分析

本研究旨在检测猪GPR54基因多态性,分析其与产仔数之间的关系。采用PCR-SSCP、PCR-R FLP和直接测序方法,对小梅山猪、枫泾猪和大白猪3个群体218头繁殖母猪进行GPR54基因的多态分析,并采用最小二乘法分析其与616窝小梅山母猪繁殖记录的关系。结果表明:在3对引物(P1、P4、P8)中检测到3个多态位点,其中1个多态位点(P1)导致氨基酸的改变(Leu35Pro),P4与P8位点的基因遗传为连锁遗传;P1位点上,2胎以上小梅山母猪中,BB型个体的产活仔数(NBA)比AB型和AA型分别高0.69、1.65头(P0.01),所有胎次中,BB型个体的TNB和NBA均高于AA型(P0.01)和AB型(P0.01);P4/P8位点上,杂合型的总产仔数(TNB)和NBA均高于纯合型。结果提示,对于小梅山猪,P1位点的BB基因型可作为小梅山猪辅助选择的遗传标记。     

长白猪和大白猪生长激素基因多态性及其对部分经济性状的影响

本研究采用PCR-RFLP方法检测长白猪和大白猪GH基因+146~+652 bp序列Apa I酶切位点的多态性,并进一步分析该多态位点对达100 kg日龄、眼肌厚、背膘厚及第1~4胎次繁殖性能等部分经济性状的影响。结果表明:长白猪和大白猪GH基因+146~+652 bp序列Apa I酶切位点均检测到AA、AB和BB 3种基因型,2个群体在此位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态。在长白猪中,AA基因型个体的背膘厚显著高于AB和BB基因型个体(P0.05),第1~4胎次总产仔数和产活仔数总体上符合ABBBAA的趋势;在大白猪中,AA基因型个体的眼肌厚显著低于AB和BB基因型个体(P0.05),第1~4胎次总产仔数和产活仔数总体上符合BBABAA的趋势。本研究结果初步说明,AB、BB基因型个体具有较高的瘦肉率和繁殖性能,对所检测的部分经济性状而言,AA基因型为不利基因型。     

荆江麻鸭A-FABP基因内含子2多态性及其与屠体性状的关联研究

采用PCR-SSCP法检测了96只荆江麻鸭A-FABP基因内含子2的多态性,并对基因多态性与屠体性状进行关联分析。结果发现,本试验群体中检测到AA、AB和BB 3种基因型,其中AA、BB基因型频率相同,均为0.2083,A、B等位基因频率均为0.5000,群体该多态位点处于Hardy-Weinberg遗传平衡状态。最小二乘分析结果显示,荆江麻鸭A-FABP基因内含子2多态位点AA基因型个体活重、腿肌率和瘦肉率显著高于BB基因型(P0.05),皮脂率显著低于BB基因型(P0.05)。初步推断,A-FABP基因可作为影响荆江麻鸭皮脂性状的候选基因(标记),其中基因型AA为有利基因型。     

甘肃马鹿MyoG基因5′UTR单核苷酸多态性检测及其序列变异分析

为了初步探索肌细胞生成素(MyoG)基因在鹿科动物上的遗传多态性,试验采集56头甘肃马鹿的血液样品,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法对MyoG基因(GenBank登录号：FJ746497)5′UTR部分序列进行了单核苷酸多态性(SNPs)检测及序列变异分析。结果表明：①引物P1的PCR扩增片段存在多态性,经克隆测序分析,在5′UTR -237 bp处存在G→A的转换变异,该位点表现为AA、AB和BB 3种基因型,由A和B 2个等位基因控制;对基因型、等位基因频率及群体遗传多态性分析结果发现,AA基因型频率最高,A基因为优势等位基因,该位点多态信息含量(PIC=0.194)为低度多态(PIC＜0.25);经TFSEARCH 1.3分析软件预测发现,该变异可能减少了1个Sp1转录因子。②引物2的PCR扩增片段检测到1个SNP多态位点(—46 bp,G→A),表现为CC、CD和DD 3种基因型, 基因型频率分布为CC＞CD＞DD,该位点多态信息含量(PIC=0.266)为中度多态(0.25＜PIC＜0.5),但该变异并未引起潜在调控元件及蛋白质结合位点的改变。本研究结果为进一步分析MyoG基因SNPs位点与甘肃马鹿胴体、肉质性状的关联性奠定了基础。     

八眉猪SLA-DQA基因外显子2多态性分析

本研究以八眉猪为研究对象,采用PCR-SSCP和克隆测序的方法研究了SLA-DQA基因外显子2功能区的分子遗传特征。结果显示,八眉猪SLA-DQA基因外显子2共有7种等位基因(A、B、C、D、E、F、G)和7种基因型(分别是AA、AB、AC、AE、AF、BB、DG),其中A等位基因和AA基因型占优势,DG基因型为劣势基因型。对不同等位基因进行克隆测序,结果共发现15个氨基酸发生了改变,19个抗原结合位点上共有5个氨基酸发生改变。x2检验结果表明,该基因偏离了Hardy-Weinberg平衡(P0.01)。遗传多态性分析结果表明,八眉猪SLA-DQA基因外显子2,属于中度多态(0.25PIC0.5)。研究结果表明,八眉猪SLA-DQA基因第2外显子属于多态基因。     

鸡胰岛素样生长因子1受体基因G26336A、C111014A多态位点的检测及其与生产性状的相关性

根据GenBank发表的鸡胰岛素样生长因子1受体(insulin-like growth factor 1 receptor,IGF1R)基因序列针对外显子2和3设计2对引物,采用DNA池测序和PCR-SSCP技术,对鸡IGF1R基因的G26336A、C111014A位点进行多态性检测,并与鸡的生产性状进行相关性分析。结果表明,G26336A位点AA基因型个体56日龄体重显著低于BB基因型个体(P<0.05),AA和AB基因型个体在84日龄体重显著低于BB基因型个体(P<0.05)。C111014A位点CC、CD基因型个体初生重显著低于DD基因型(P<0.05),CC基因型个体在300日龄体重显著低于DD基因型(P<0.05)。研究结果初步表明,IGF1R基因可能是影响鸡生长性状的一个主效基因或是与之存在紧密遗传连锁的一个标记。     

猪UCP3基因的分离与多态分析

解偶联蛋白3是一种线粒体内膜上的转运蛋白,可以使氧化过程与ADP磷酸化过程解偶联。本研究分离了猪UCP3基因的外显子2~3和外显子6。经过序列分析,发现猪UCP3基因共有3处框移突变和18个SNP位点。在猪UCP3片段中分别包含一个SmaⅠ和SduⅠ酶切位点。UCP3片段SmaⅠ位点在大白×梅山F2家系中经PCR-RFLP分析,表现为AA、AB和BB 3种基因型,A基因频率为0.57,B基因频率为0.43。因此,可以将UCP3基因作为猪分子遗传育种的候选基因。     

松辽黑猪胰岛素样生长因子Ⅱ基因PCR-SSCP多态性分析

采用PCR-SSCP技术检测胰岛素样生长因子Ⅱ(IGF-Ⅱ)基因外显子3和外显子4在松辽黑猪中的单核苷酸多态性,同时研究该基因对松辽黑猪部分重要生长、胴体性状的影响。结果表明:3对引物中,只有p3的扩增片段存在多态性。p3的扩增片段在松辽黑猪中检测到AA、AB和BB 3种基因型;测序分析发现BB型与AA型相比在IGF-Ⅱ基因(AY044828)第21585 bp处有G→C突变,松辽黑猪AA、AB和BB基因型频率分别为0.6956、0.2609和0.0435。AA基因型对瘦肉率(P<0.05)、日增重(P<0.05),BB基因型对平均背膘厚(P<0.01)有正遗传效应,对其他性状差异不明显。     

松辽黑猪IGF-Ⅰ基因外显子4多态性及与部分生产性能的关系

以IGF-Ⅰ基因作为松辽黑猪生长和胴体性状的候选基因，采用PCR-SSCP方法检测30头松辽黑猪IGF-Ⅰ基因外显子4(179 bp)的多态性，对该基因的不同基因型与生长和胴体性状的关系进行分析。结果表明，IGF-Ⅰ基因的2个等位基因和3种基因型在松辽黑猪中均有不同频率的分布，遗传多态性较高; IGF-Ⅰ不同基因型对断奶后日增重有显著影响，AA型显著高于AB型和BB型(P<0.01)。AA型猪的瘦肉率显著低于AB型和BB型(P<0.01)，而AA型猪的平均背膘厚显著高于AB型和BB型(P<0.01)，对其它性状的影响差异不显著。因此，IGF-Ⅰ基因的遗传分析结果说明该基因对松辽黑猪的平均日增重、瘦肉率和平均背膘厚等3个性状有显著的遗传影响，可以初步推断IGF-Ⅰ基因可能是影响猪生长和胴体性状的一个主效基因或是一个与影响猪生长和胴体性状的QTL连锁的基因。     

不同猪种ESR基因多态性的PCR-RFLP分析

运用PCR-RFLP方法,检测了杜洛克、约克夏、长白猪、皮特兰、梅山猪、二花脸猪、枫泾猪、荣昌猪、苏太猪等9个国内外猪种的ESR基因PvuⅡ位点多态性。结果表明,在约克夏猪、二花脸猪、枫泾猪和苏太猪中检测到了AA、AB、BB 3种基因型,在杜洛克猪、皮特兰猪中检测到AB、BB 2种基因型,在长白猪、梅山猪、荣昌猪中只检测到了AB基因型。在本研究中不同品种的A、B基因频率差异显著,总体上在国外猪群体中A等位基因为优势等位基因,而地方猪种中B等位基因为优势等位基因。     

猪IGFBP2基因遗传多态性及其与肉质性状的关联分析

试验旨在探究胰岛素样生长因子结合蛋白2（insulin-like growth factor binding protein 2,IGFBP2）基因遗传变异对猪肉质性状的影响,为猪品种选育提供遗传学依据。参考GenBank中猪IGFBP2基因序列（登录号：BV727778）设计1对引物,采用PCR-RFLP技术检测IGFBP2基因在苏姜猪、姜曲海猪、长白猪中的遗传多态性,并分析基因座多态性与猪肉质性状的相关性。结果发现,3个猪种IGFBP2基因内含子3均具有Msp Ⅰ酶切多态性,分别检测到3种基因型：AA、AB和BB;χ²适合性检验显示,3个猪种IGFBP2基因基因型分布均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P > 0.05）;多态信息含量（PIC）分析显示,3个猪种均为中度多态。IGFBP2基因不同基因型与肉质性状关联分析显示,3个猪种不同基因型肉色、肌内脂肪含量、大理石纹差异显著,AA基因型肉色（姜曲海猪除外）、肌内脂肪含量均显著高于AB、BB基因型（P < 0.05）;AA、AB基因型大理石纹显著高于BB基因型（P < 0.05）,其余指标间差异不显著（P > 0.05）。综上,苏姜猪、姜曲海猪、长白猪IGFBP2基因内含子3多态性对肉质性状影响显著,可作为潜在影响猪肉质性状的候选基因。     

Polymorphism of IGFBP2 Gene and Its Association with Meat Quality Traits in Pigs

This study was aimed to analyze the genetic variation of insulin-like growth factor binding protein 2 (IGFBP2) gene effect on meat quality traits in pigs. A pair of primer was designed,which based on DNA sequence of IGFBP2 gene (GenBank accession No.:BV727778). The genetic polymorphism of IGFBP2 gene was detected by PCR-RFLP in Sujiang pig, Jiangquhai pig and Landrace pig, and the association between IGFBP2 gene polymorphism and meat quality traits in three pig breeds was analyzed. The results showed that three genotypes (AA, AB and BB) were detected. The Chi-square test results showed that the genotype distribution of three pig breeds was in Hardy-Weinberg equilibrium (P > 0.05). The polymorphism information content (PIC) were moderately polymorphic in three pig breeds. According to the association analysis of different genotypes, significant difference was found in color value, intramuscular fat content and marbling, the color value (except for Jianquhai pig) and intramuscular fat content of AA genotype were significantly higher than AB and BB genotypes (P < 0.05), the marbling of AA and AB genotypes was significantly higher than BB genotype (P < 0.05). In conclusion,the polymorphism of IGFBP2 gene intron 3 had significant effects on meat quality traits, and was candidate gene for the potential impact on meat quality traits of pigs.     

猪IGF2基因G3072A位点多态性及其与大白猪初生重和早期生长的关系

本研究采用PCR-SSCP技术对猪胰岛素样生长因子2（IGF2）基因G3072A位点在大白、长白和杜洛克猪群体的单核苷酸多态性（SNP）进行了检测，对其与大白猪初生重和早期生长的关系进行了分析。结果表明，在所分析的大白、长白和杜洛克猪群体的511个体中，IGF2基因在该位点均呈现多态性，大白、长白和杜洛克猪群体AA、AB和BB基因型均有分布，且大白和长白猪群体均显著偏离Hardy-Weinberg平衡（P〈0．01），而杜洛克猪群未偏离Hardy-Weinberg平衡（P〉0．05）。测序结果显示，等位基因A和B分别对应于核苷酸A和G，在A等位基因中，有（AG）二核苷酸的插入。关联分析表明，在大白猪群中，AA、AB和BB基因型个体的初生重差异显著（P〈0．05），AA和AB基因型个体的21、28和70日龄体重以及从出生～21日龄、21～28日龄、28～70日龄的日增重差异不显著（P〉0．1）。     

Polymorphism of Mx1 Gene Exon 14 and its Relationship with Reproductive Performance in Meishan Pigs

To analyze the effect of different genotypes in Mx1 gene exon 14 on the reproductive performance in Meishan pigs,PCR-RFLP method was used to amplify DNA and detect the polymorphisms of Mx1 gene exon 14, and the relationship between different genotypes and the reproductive performance was further analyzed by generalized linear model (GLM) in this study.The results of PCR-RFLP showed that there was a G36T mutation on Hin6 Ⅰ restriction site in Mx1 gene exon 14 and three genotypes were detected named as AA,AB and BB,in which BB was a dominant genotype.The results of correlation analysis showed that the reproductive performance of three genotypes in Mx1 gene presented the increasing tendency of BB >AB >AA in total number born (TNB),number born alive (NBA),little size at weaning (LBW),birth weight (BW) and weaning weight (WW) in gilts sows on the whole.Moreover,there was significant difference in TNB,NBA,LBW and WW in gilts sows (P< 0.05).However,there was no significant difference among all reproductive performance in multiparous sows (P >0.05).The results of this study indicated that the polymorphisms of Mx1 gene exon 14 had significantly genetic effects on production performance in Meishan gilts sows instead of multiparous sows.     

梅山猪Mx1基因第14外显子多态性及其与繁殖性能的关联分析

为了探讨梅山猪Mx1基因第14外显子的多态性及其对梅山猪繁殖性能的影响,本研究采用PCR-RFLP方法对所采个体Mx1基因第14外显子进行DNA扩增并检测其多态性,同时利用广义线性模型(GLM)分析不同基因型与繁殖性能间的关系。PCR-RFLP结果表明,梅山猪Mx1基因第14外显子Hin6Ⅰ酶切位点存在G36T突变,共检测到2种等位基因,分别定义为:A、B,其中B基因为优势等位基因;共检测到3种基因型,分别定义为:AA、AB、BB,其中BB基因型为优势基因型;关联分析结果表明,在初产母猪中,总产仔数(TNB)、产活仔数(NBA)、断奶仔猪数(LBW)、初生重(BW)及断奶重(WW)这5个繁殖性状在Mx1基因的3种基因型中的差异均存在BB >AB >AA的趋势,BB基因型为有利基因型;且在总产仔数、产活仔数、断奶仔猪数和断奶重中表现出显著差异性(P<0.05);但在经产母猪中均没有显著差异(P>0.05)。本研究结果提示,Mx1基因第14外显子多态性对梅山猪初产母猪的繁殖性能有显著的遗传效应,而对经产母猪的繁殖性能没有显著的影响。     

荷斯坦母牛TLR6基因多态性及其与体细胞评分关系的研究

本研究旨在阐明Toll样受体6(TLR6)基因的多态性与荷斯坦母牛乳房炎抗性之间的关系.采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术检测208头荷斯坦母牛TLR6基因多态性,用最小二乘法分析该基因多态性与荷斯坦母牛钵细胞评分(somatic cell score,SCS)的关系.结果发现,TLR6基因mRNA序列中存在T853A、G855A、G1793A、C1859A、G1934A和A1980G 6个多态位点,其中T853A突变使编码氨基酸由缬氨酸变为谷氨酸,G855A突变使天冬氨酸变为天冬酰胺,A1980G突变使异亮氨酸变为缬氨酸.T853A和G855A突变位点经SSCP检测发现3种基因型AA、AB和BB,其频率分别为0.308、0.490和0.202;X~2检验表明荷斯坦母牛在该位点处于Hardy-Weinberg平衡;BB基因型SCS最小二乘均值极显著低于AB和AA基因型所对应的值(P<0.01);AB基因型SCS最小二乘均值极显著低于AA基因型所对应的值(P<0.01).G1793A突变位点经BsiY Ⅰ酶切产生2种基因型CC和CD,其频率分别为0.332和0.668;荷斯坦母牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡,CC和CD基因型SCS最小二乘均值差异不显著(P>0.05).C1859A突变位点经BstX Ⅰ酶切产生2种基因型EE和EF,其频率分别为0.178和0.822;荷斯坦母牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡;EE和EF基因型SCS最小二乘均值差异不显著(P>0.05).G1934A突变位点经BsiY Ⅰ酶切产生2种基因型GG和GH,其频率分别为0.356和0.644;荷斯坦母牛在该位点偏离了Hardy-Weinberg平衡;GG和GH基因型SCS最小二乘均值差异不显著(P>0.05).A1980G突变位点经Bcl Ⅰ酶切产生3种基因型II、IJ和JJ,其频率分别为0.260、0.567和0.173,荷斯坦母牛在该位点处于Hardy-Weinberg平衡;JJ基因型SCS最小二乘均值极显著低于IJ和II基因型所对应的值(P<0.01);IJ基因型SCS最小二乘均值极显著低于II基因型所对应的值(P<0.01).对于奶牛乳房炎抗性,BB和JJ是有利基因型,AA和II是不利基因型.本研究结果初步表明TLR6基因T853A和G855A突变位点的B等位基因以及A1980G突变位点的J等位基因是提高奶牛乳房炎抗性的2个潜在的DNA标记.