芦花鸡PRKAG3基因单核苷酸多态性及与肉质性状的相关性分析

为研究芦花鸡PRKAG3基因的多态性及与肉质性状相关性,采用PCR-SSCP方法检测PRKAG3基因外显子11的遗传多态性。结果检测到TT、TG和GG三种基因型,测序结果证实在2832位点存在T→G突变,为有意突变,统计分析表明,此多态位点与芦花鸡呈显著相关,pH值为GG基因型极显著低于TG基因型和TT基因型(P<0.01),而TG基因型显著低于TT基因型(P<0.05);其它肉质性状在不同基因型间差异不显著。此结果提示,PRKAG3基因对芦花鸡pH值具有较大的遗传效应,可以初步推断PRKAG3是控制这一性状的众多基因之一,可能是影响芦花鸡pH值的一个主效基因或与主效基因相连锁,可作为选育芦花鸡pH值的分子标记,用于标记辅助选择意义重大。     

鸡催乳素基因外显子5的多态性及Taq Ⅰ位点与边鸡繁殖性状的相关性分析

研究采用DNA池直接测序法寻找边鸡催乳素基因外显子5区域的多态位点。用PCR-RFLP技术检测发现的Taq I位点在边鸡以及3个对照鸡品种(京海黄鸡、尤溪麻鸡和AA鸡)中的单核苷酸多态性,并与边鸡的繁殖性状进行相关性分析。结果表明:在外显子5区域检测到3个突变位点(C5749T、T5821C、C5956T)。T5821C位点经Taq I酶切显示3种基因型(AA、AB和BB)。在4个鸡品种中都以A等位基因为优势等位基因。最小二乘分析表明,边鸡3种基因型个体的繁殖性状无显著差异(P>0.05)。     

鸡催乳素基因外显子5的多态性及Taq I位点与边鸡繁殖性状的相关性分析

研究采用DNA池直接测序法寻找边鸡催乳素基因外显子5区域的多态位点.用PCR-RFLP技术检测发现的Taq I位点在边鸡以及3个对照鸡品种(京海黄鸡、尤溪麻鸡和AA鸡)中的单核苷酸多态性,并与边鸡的繁殖性状进行相关性分析.结果表明:在外显子5区域检测到3个突变位点(C5749T、T5821C、C25956T).T5821C位点经Taq I酶切显示3种基因型(AA、AB和BB).在4个鸡品种中都以A等位基因为优势等位基因.最小二乘分析表明,边鸡3种基因型个体的繁殖性状无显著差异(P>0.05).     

蛋重对汶上芦花鸡孵化效果的影响

本试验探索了不同蛋重对汶上芦花鸡种蛋孵化效果的影响。将挑选的324枚健康种蛋按蛋重分为3组:Ⅰ组(39.65～44.82 g),Ⅱ组(45.07～49.44 g),Ⅲ组(50.18～56.78 g),测算种蛋3个胚龄的失重和失重率,并对孵化效果和雏鸡初生重进行分析。结果显示:Ⅲ组的受精率、受精蛋孵化率、入孵蛋孵化率最高;种蛋的失重随蛋重增加而显著增大(P<0.05),但失重率无显著差异(P>0.05);雏鸡初生重随着蛋重的增加而显著增大(P<0.05)。汶上芦花鸡蛋重区间为50.18～56.78 g时孵化效果最好。     

汶上芦花鸡与海兰褐蛋鸡蛋品质的比较分析

为了进一步揭示地方品种与国外高产蛋鸡品种蛋品质的差异，本文以山东省地方品种汶上芦花鸡和海兰褐蛋鸡为素材，比较分析同一日龄下两个品种蛋品质差异。结果表明：蛋重、蛋白高度、哈氏单位方面，海兰蛋鸡极显著高于汶上芦花鸡（P＜0.01），在蛋壳强度、蛋比重、蛋壳厚度、蛋黄颜色方面汶上芦花鸡极显著高于海兰蛋鸡（P＜0.01），汶上芦花鸡蛋蛋黄比例高于海兰褐蛋鸡的，但没有达到显著水平（P＜0.05）。     

松辽黑猪和长白猪催乳素受体基因第10外显子多态性与繁殖性状的关联分析

试验旨在探讨催乳素受体(prolactin receptor,PRLR)基因遗传多态性及其与松辽黑猪、长白猪繁殖性状的关联性。采用PCR-RFLP方法对松辽黑猪和长白猪PRLR基因第10外显子进行了多态性检测,并运用最小二乘法分析各基因型对母猪繁殖性能的遗传效应。结果表明,两个猪种中都存在A、B 2个等位基因和AA、AB、BB 3种基因型,松辽黑猪和长白猪等位基因A的频率分别0.551和0.578,A为优势基因。两个猪种的AA基因型个体的断奶仔猪数、乳头数都显著高于其他两个基因型(P＜0.05),初产松辽黑猪AA基因型个体的TNB、NBA显著高于其他基因型(P＜0.05),对其他繁殖性状影响不显著,但呈现出AA＞AB＞BB的趋势。     

松辽黑猪L-FABP基因外显子2多态性及与肉质性状的相关性分析

以松辽黑猪为研究对象,采用PCR-SSCP方法检测了肝脏脂肪酸结合蛋白(L-FABP)基因外显子2的多态性,并将不同基因型与肉质性状进行相关性分析.结果表明,在外显子2发现多态性位点,有AA、AT和TT三种基因型;测序发现在1760 bp处存在T→A的碱基突变.并导致了苯丙氨酸变为亮氨酸;该位点的多态性对松辽黑猪的大理石纹和IMF含量均有显著影响(P<0.05),大理石纹为AA型显著高于TT型(P<0.05),AT型与AA型,AT型与TT型之间差异均不显著(P>0.05);IMF含量为AA型和AT型显著高于TT型(P<0.05),AA型和AT型之间差异不显著(P>0.05);其他内质性状的不同基因型之间差异不显著(P>0.05).因此推断L-FABP基因可能是影响猪肉质性状的主效基因或是与影响肉质性状的QTL连锁的基因.     

家养水牛催乳素基因外显子2多态性及其群体遗传特征

催乳素基因(prolactin gene,PRL)被视为与水牛产奶性状相关的重要候选基因,目前还未见有水牛PRL基因外显子2遗传特征的报道。本研究采用PCR-SSCP及PCR产物直接测序技术,检测了12个沼泽型水牛群体和3个河流型水牛群体共581个样本PRL基因外显子2的遗传变异。结果:水牛PRL基因外显子2由182个核苷酸组成,编码61个氨基酸,在进化上高度保守,测序结果显示沼泽型水牛群体中PRL基因外显子2有c.G192A替换,为同义替换,与泌乳性状之间没有显著相关性。在12个沼泽型水牛群体中均检测到该多态位点,PG基因频率在0.719～0.897之间,群体平均值为0.785±0.015,该基因为优势等位基因。Hardy-Weinberg平衡检测显示,10个沼泽型水牛群体处于平衡状态,而德宏水牛群体和福安水牛群体处于不平衡状态。在3个河流型水牛群体中,第192位碱基均为G,未检测到G>A替换。     

绵羊催乳素受体基因PCR-SSCP分析

采用PCR-SSCP技术分析了催乳素受体基因(PRLR)在小尾寒羊、萨福克羊、多赛特羊、多赛特公羊×小尾寒羊母羊F1代杂种羊4个绵羊群体中的多态性。结果表明:PRLR基因在3对引物扩增片段中均存在PCR-SS-CP多态性。对于引物1,4个绵羊群体均检测到AA基因型,AB基因型只出现在小尾寒羊、多赛特羊和萨福克羊中,仅在多赛特羊中检测到BB基因型。对于引物2,4个绵羊群体均检测到AA和AB基因型,只有萨福克羊没有BB型。对于引物3,4个绵羊群体均检测到AA、AB和BB基因型。在4个绵羊群体中,A等位基因频率均明显高于B等位基因频率。     

绵羊HAS2基因遗传变异及其与产羔性状关联性分析

利用PCR-SSCP和DNA测序法,首次检测了湖羊、小尾寒羊、洼地绵羊、阿勒泰羊中的HAS2基因,并对该基因第2和第3外显子部分单核苷酸多态性进行分析。结果表明:湖羊、小尾寒羊、洼地绵羊、阿勒泰羊在第2外显子中存在3种基因型,各是pp、pq、qq基因型;在第3外显子中存在2种基因型,为rr、rs基因型;HAS2基因第2外显子中发生1处C→A突变,第3外显子中发生1处A→G突变。经χ2适合性检验,4种绵羊在HAS2基因第2外显子上的基因型分布均不符合Hardy-Wenberg平衡,在第3外显子上的基因型分布全符合Hardy-Wenberg平衡。各基因型频率在4种绵羊间的分布均没有显著差异(P0.05);湖羊2个位点上的所有基因型在产羔数上差异均不显著(P0.05)。初步认为HAS2基因不能作为湖羊高繁殖力的候选基因。     

石歧杂鸡催乳素基因外显子2的SNP检测与产蛋就巢性状的关联分析

利用PCR-SSCP技术对石歧杂鸡的催乳素(prolactin,PRL)基因外显子2进行SNP检测和测序分析,并对该基因与石歧杂鸡产蛋、就巢性状的相关性进行了研究。结果表明,PRL基因外显子2存在多态性位点,该位点由于在3838位点发生C→T的碱基突变,产生了AA、AB和BB3种基因型,并导致氨基酸的改变,由亮氨酸变为苯丙氨酸。基因型AA和等位基因A的频率最高;BB基因型个体首次就巢时间显著晚于AA和AB基因型(P0.01);BB基因型的就巢次数显著多于AA和AB基因型(P0.05);3种基因型与产蛋性状相关性不显著。     

VIPR-1基因SNP位点与如皋黄鸡产蛋性能和蛋品质的关联分析

本研究旨在分析VIPR-1基因的SNP位点与产蛋性能和蛋品质之间的关联性。实验以如皋黄鸡为素材,采用飞行时间质谱技术对VIPR-1基因内含子2第+1063位碱基(PA位点)的G-T突变和第+3522位碱基(PB位点)的T-C突变进行单位点和多位点组合效应分析。结果表明:PA位点的多态性与产蛋性状中的开产日龄(AFE)和40周龄总产蛋数(EN40)呈显著相关(P<0.05);与蛋品质性状中的蛋壳强度(ESS)、蛋黄比率(YR)和蛋黄蛋白比(YAR)呈显著相关(P<0.05);等位基因T有利于产蛋量和蛋品质的改善。PB位点与本次实验所测的5个产蛋性状相关均不显著(P>0.05),与蛋品质性状中的蛋重(EW)、蛋形指数(ESI)、蛋壳厚度(EST)和蛋比重(ESG)相关显著(P<0.05)。组合效应分析结果表明,对于产蛋性能,GTTT和TTTC组合基因型个体的组合效应显著。     

欣华鸡DRD2基因多态性及其与蛋用性状的关联分析

试验旨在研究多巴胺受体D2(dopamine receptor D2,DRD2)基因多态性及其与欣华鸡蛋用性状的相关性,寻找可用于欣华鸡蛋用性状选育的分子遗传标记。应用Primer Premier 5.0软件设计4对引物,利用PCR-RFLP技术对欣华E系鸡群的473个个体进行基因型鉴定,使用SPSS 19.0软件将欣华鸡的蛋用性状与DRD2基因多态性进行关联分析。群体多态性分析结果表明,存在4个SNPs位点:A-16105G(SNP1)、G-12510T(SNP2)、G+3360A(SNP3)和T+5042C(SNP4),其中SNP1和SNP2位点符合哈代-温伯格平衡(P>0.05),且杂合度较低,但SNP3和SNP4位点显著偏离哈代-温伯格平衡(P<0.05)。关联分析表明,DRD2基因4个SNPs位点与欣华E系鸡群体蛋用性状存在关联,其中与产蛋性状关联结果:SNP1与开产日龄显著关联(P<0.05),SNP2与33周龄产蛋数、300日龄产蛋总数极显著关联(P<0.01),SNP3与开产体重(P<0.05)、300日龄产蛋总数(P<0.01)、平均连产(P<0.01)和最长连产(P<0.05)关联,SNP4与开产日龄极显著关联(P<0.01);与蛋品质关联结果:SNP1与蛋形指数(P<0.01)、蛋黄颜色(P<0.01)和哈氏单位(P<0.05)关联,SNP2与蛋黄重显著关联(P<0.05),SNP3与蛋壳强度极显著关联(P<0.01),SNP4与蛋黄重、蛋清重和哈氏单位显著关联(P<0.05)。单倍型分析发现,DRD2基因4个SNPs位点的不同单倍型组合与欣华鸡的最长连产长度呈极显著相关(P<0.01),与哈氏单位呈显著相关(P<0.05)。组织表达谱分析发现,DRD2基因主要在欣华E系鸡垂体中表达,在58周龄鸡胸肌中有较高表达,在36周龄鸡脑中有少量表达。结果表明,DRD2基因可作为候选基因辅助用于欣华E系鸡群体蛋用性状的遗传改良。     

石歧杂鸡催乳素基因外显子4变异与产蛋就巢性状的关联分析

利用PCR-SSCP技术和测序技术对催乳素（prolactin,PRL）基因外显子4进行SNP检测,并分析了该基因与石歧杂鸡产蛋、就巢性状的相关性。结果表明,PRL基因外显子4存在1个多态性位点,该位点在6017位点发生G→A的碱基突变,产生了AA、AB和BB 3种基因型,AA基因型为优势基因型,等位基因A为优势等位基因,该突变未导致氨基酸的变异;该位点的变异与开产日龄、首次就巢日龄呈现一定的显著差异趋势,BB基因型开产日龄、首次就巢日龄都晚于AA和AB基因型。     

基于RNA-Seq筛选ALV-J感染汶上芦花鸡肝差异表达致病相关基因

为挖掘感染ALV-J汶上芦花鸡的肝差异表达致病相关基因。本研究以汶上芦花鸡为试验素材,分别在42和300日龄进行ALV血液病毒分离检测筛选ALV阴性和阳性个体,对ALV阳性个体有病理变化的肝组织和阴性个体肝组织进行PCR检测,分别选取3只ALV阳性（G1组）和阴性（G2组）个体的肝组织,并对G1组PCR产物测序、聚类分析确定ALV亚型,利用RNA-Seq测序技术筛选差异表达基因,并进行功能分析,利用荧光定量qRT-PCR对部分差异表达基因进行验证。结果表明,G1组样品经PCR检测、PCR扩增产物测序和聚类分析确定ALV为J亚型,转录组分析发现,共有42个差异基因在GO和KEGG中富集,其中,上调基因18个,下调基因24个。随机选取的5个差异表达基因qRT-PCR验证结果与RNA-Seq测序结果相一致。GO分析显示,差异表达基因主要涉及细胞过程、代谢过程、对刺激的反应、免疫系统等;KEGG分析显示,差异表达基因主要富集在细胞过程、信号传导、疾病、新陈代谢等信号通路。本研究通过转录组分析发现了影响ALV-J致病性的多个基因和关键信号通路,为深入了解ALV-J致病的分子机制提供了思路。     

NPY和PRL基因SNP位点对如皋黄鸡产蛋性能的组合效应研究

本研究旨在分析鸡神经肽Y(NPY)和催乳素(PRL)基因的SNP位点对产蛋性能的组合效应。实验采用飞行质谱技术对如皋黄鸡NPY基因内含子2的A+1259G(P7位点)突变和PRL基因内含子1的C+79T(P8位点)突变进行单基因和多基因组合效应分析。结果表明:P7位点GG基因型是多态位点上开产日龄和40周龄总产蛋数的优势基因型,5个测定的产蛋性状在P8位点3种基因型间差异均不显著;在9个组合中,GGTT和GGCT组合基因型为优势组合基因型,其中GGCT型个体的开产日龄和开产体重比组合前P7位点GG基因型和P8位点CT基因型个体的均值分别减少了3.7 d、52.6 g,组合效应显著(P0.05),40周龄总产蛋数比组合前增加了9.9枚(P0.05);2个位点间不存在显著的互作效应(P0.05)。     

MSTN基因外显子3的多态性及其与边鸡生长性状的关联分析

采用PCR-SSCP技术检测边鸡及2个对照鸡群体(京海黄鸡和尤溪麻鸡)肌肉生长抑制素(myostatin, MSTN)基因外显子3的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长性状进行相关性分析。结果表明,在MSTN基因外显子3的8527—8528 bp处检测到一个TC的插入。在边鸡和京海黄鸡中只检测到2种基因型(AA和AB基因型),在尤溪麻鸡中检测到3种基因型(AA、AB和BB基因型)。在3个鸡品种中都以A等位基因为优势等位基因。最小二乘分析结果表明,边鸡2种基因型个体的6～16周龄体重均无显著差异(P>0.05)。     

Genome-wide association study of body size traits in Wenshang Barred chickens based on the specific-locus amplified fragment sequencing technology

Chicken body size (BS) is an economically important trait, which has been assessed in many studies for genetic selection. However, previous reports detected functional chromosome mutations or regions using gene chips. The present study used the specific-locus amplified fragment sequencing (SLAF-seq) technology to perform a genome-wide association study (GWAS) of purebred Wenshang Barred chickens. A total of 250 one-day-old male chickens were assessed in this study. Body size in individual birds was measured at 56 days. SLAF-seq was used to genotype and GWAS analysis was carried out using the general linear model (GLM) of the TASSEL program. A total of 1,286,715 single-nucleotide polymorphisms (SNPs) were detected, of which 175,211 were tested as candidate SNPs for genome-wide association analysis using the TASSEL general linear model. Three SNPs markers reached genome-wide significance. Of these, chrZ:81729634, chrZ:81841715, and chrZ:81954149 at 81,729,634, 81,841,715, and 81,954,149 bp of GGA Z were significantly associated with body diagonal length at 56 days (BDL56); and tibia length at 56 days (TL56). These SNPs were close to three genes, including ZCCHC7, PAX5, and MELK. These results open new horizons for studies on BS and should promote the use of Chinese chickens, especially Wenshang Barred chickens.     

MSTN基因外显子3的多态性及其与边鸡生长性状的关联分析

采用PCR-SSCP技术检测边鸡及2个对照鸡群体(京海黄鸡和尤溪麻鸡)肌肉生长抑制素(myostatin,MSTN)基因外显子3的单核苷酸多态性,并与边鸡的生长性状进行相关性分析。结果表明,在MSTN基因外显子3的8527—8528 bp处检测到一个TC的插入。在边鸡和京海黄鸡中只检测到2种基因型(AA和AB基因型),在尤溪麻鸡中检测到3种基因型(AA、AB和BB基因型)。在3个鸡品种中都以A等位基因为优势等位基因。最小二乘分析结果表明,边鸡2种基因型个体的6~16周龄体重均无显著差异(P>0.05)。     

三个地方鸡种产蛋性状配合力测定

以文昌鸡、如皋黄鸡、仙居鸡为素材,采用完全双列杂交测定配合力,统计各周龄体重、开产蛋重、产蛋高峰期蛋重、开产至40周龄料蛋比、开产至40周龄平均产蛋率,计算一般配合力和特殊配合力效应值.结果表明:父本对开产至40周龄平均产蛋率及入舍母鸡产蛋数贡献较大,母本对蛋重影响较大;文昌鸡♂×仙居鸡♀组合开产至40周龄料蛋比最低、40周龄产蛋数最高,为最佳配套组合,可在生产中配套使用.