蒙古家马和蒙古野马mtDNA D-loop区遗传多样性及母系起源分析

为了对马线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列的遗传变异进行分析,探讨蒙古家马、蒙古野马和驴之间的亲缘关系和遗传多样性,试验对各类马样本mtDNA D-loop区序列进行PCR扩增和测序,运用分子生物学软件进行数据处理。结果表明:共检测到5个单倍型,各类马单倍型多样性和核苷酸多样性分别介于0.400~1.000和0.009 25~0.028 90之间,说明蒙古家马有较高的遗传多样性,而蒙古野马单倍型多样性和核苷酸多样性最小,蒙古野马多态程度较低。根据D-loop区序列构建的NJ树发现,蒙古家马和蒙古野马有较近的亲缘关系,而且蒙古家马均匀地分散在各个分支中,说明蒙古家马有丰富的母系起源。     

中国四个地方驴品种mtDNA D-Loop部分序列分析与系统进化研究

对中国4个家驴品种95个个体的mtDNAD—loop部分序列进行测序。用clustalX软件进行同源序列比对。Dnasp4-10软件用于遗传多样性分析，计算单倍型多样度、核苷酸多样度、平均核苷酸差异。MEGA3．1软件采用邻接法构建系统进化树并进行系统发生分析。以欧洲驴线粒体基因组为对照（Genbank登录号为X97337），中国家驴4个品种95个个体385bp序列共检测到核苷酸多态位点33个，其中31个位点为转换，1个位点为颠换，1个位点有插入现象。95个序列由31个单倍型组成，单倍型比例为32．6％。德州驴单倍型比例最高为100％，凉州驴单倍型比例最低为42．42％。31个单倍型与引用Genbank已登录的13条序列构建系统发育树，发现31个单倍型聚为两支，说明中国家驴可能有两个母系起源。以欧洲野驴线粒体D—loop为对照（登录号为AF403063、AF403063、AF403065），揭示本研究涉及的中国家驴品种与非洲野驴的进化亲缘关系较亚洲野驴近，并且从分子水平证明中国家驴可能起源于非洲野驴中的索马里野驴分支。     

庆阳驴mtDNA D-loop区遗传多样性及起源分析

【目的】研究庆阳驴养殖群体的遗传多样性与母系起源,了解其遗传信息,为保护庆阳驴种质资源、选育和遗传改良工作提供理论依据。【方法】随机选取133头庆阳驴,对其线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区序列进行PCR扩增、测序及比对,并探讨庆阳驴的遗传多样性与母系起源。【结果】在获得的520 bp D-loop碱基序列中,AT含量(57.3%)高于GC含量(42.8%),表现出碱基的偏倚性;检测到38个变异位点,包含8个碱基对的转换;其核苷酸多样性(Pi)、单倍型多样性(Hd)、平均核苷酸差异(K)分别为0.01591、0.895和8.274,与欧洲家驴和中国家驴研究的平均值相比较低,说明该驴品种核苷酸变异较为贫乏。庆阳驴mtDNA D-loop区存在35个单倍型,单倍型之间的遗传距离为0.002～0.042。系统进化结果显示,庆阳驴存在2个线粒体支系,表明其具有2个母系起源,且遗传距离表明,庆阳驴与克罗地亚家驴之间的遗传距离较近。【结论】本研究从分子水平初步揭示庆阳驴核苷酸变异比较贫乏,杂交程度高,mtDNA遗传多态性正逐步丧失,应加强庆阳驴品种的遗传资...     

新疆引进羊驼遗传多样性与系统发育研究

为充分了解引进羊驼的遗传多样性和系统发育关系,本试验采集了新疆3个地区（阿勒泰市青河县、塔城市和天山野生动物园）39只羊驼血液样品,对其线粒体D-loop基因进行了扩增和测序,得到长度为733 bp的片段序列,群体单倍型多样度（Hd）为0.954,核苷酸多样性（Pi）为0.0091,基因流（Nm）为1.97。39条序列共定义了25种单倍型,其中单倍型H7是群体共享最多的单倍型。3个地区羊驼群体之间的遗传距离很小,为0.002~0.003;羊驼与美洲驼、原驼、骆马间的遗传距离为0.002、0.004、0.017,与双峰驼的遗传距离最大,为0.050~0.051,聚类分析发现,3个地区羊驼基本聚为一大支,而且与美洲驼、骆马、原驼亲缘关系较近,双峰驼单独聚为一支。综合分析,新疆引进的羊驼遗传多样性丰富,群体间遗传分化程度较小,基因交流水平较高,羊驼与美洲驼、原驼和骆马之间亲缘关系最近,与双峰驼亲缘关系较远。     

基于mtDNA d-Loop基因序列的三个地区蒙古群体遗传多样性研究

为研究黑龙江省三个蒙古鲌群体的种群遗传结构以实现资源保护和可持续利用,试验采用形态学和mtDNA d-loop基因序列分析法,探讨兴凯湖(XK)、镜泊湖(JB)和乌苏里江抚远段(FY)蒙古鲌群体的遗传结构与分化。结果表明:三个群体之间的形态差异不显著,虽然个体间的某些特征有一定的分化趋势,但重叠较大,不能分为独立群体。三个群体共检测到18种单倍型,其中hap4和hap5两种单倍型广泛分布于所有群体中。识别了mtDNA d-loop区序列的扩展终止序列区(ETAS)、保守序列区(CSB)和中央保守区(CD)结构。三个群体之间单倍型多样性(HD)较高(0.882~0.890),核苷酸多样性(π)较低(0.475%~0.771%);群体内遗传距离为0.005 08~0.010 16,群体间遗传距离为0.005 66~0.008 25;遗传分化系数(Fst)为-0.010 64~0.048 53,XK与FY群体Fst为负值,两个群体之间基因交流频繁,遗传多样性水平相近;FY与JB群体之间遗传分化系数(Fst)值最大(0.048 53),接近于达到遗传分化水平(P0.05);但三个群体间还没有达到遗传分化标准。单倍型NJ树和网络绘图显示单倍型的聚类与地理分群没有相关性;分子变异分析(AMOVA)显示群体内的变异百分比(97.46%)大于群体间(2.54%)(P0.01)。说明三个蒙古鲌地理群体仍属于同一种群,没有产生遗传分化,其遗传多样性主要来自于群体内部。     

基于mtDNA Cytb基因的马可·波罗盘羊遗传多样性与起源进化分析

为进一步明确马可·波罗盘羊(Ovis ammon polii)与家养绵羊的遗传进化关系,本试验提取20只马可·波罗盘羊的基因组DNA,并对其线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(Cytb)基因进行PCR扩增,下载GenBank中野生绵羊和家养绵羊的mtDNA Cytb基因序列,利用邻接法(Neighbor-Joining, NJ)构建系统发育树,以阐明野生绵羊和家养绵羊遗传多样水平与起源进化关系。结果显示,马可·波罗盘羊mtDNA Cytb基因全长1 140 bp,富含A、T碱基,含量为58.3%,存在10个单倍型,平均单倍型多样性(Hd)为0.884;存在122个SNPs位点,占核苷酸总数的2.35%,其中单一多态位点2个,简约信息位点120个,均为两碱基突变,转换发生的频率远远高于颠换;平均核苷酸多样性(pi)为0.02090;平均核苷酸差异性(K)为23.826,表明马可·波罗盘羊mtDNA Cytb区单倍型和核苷酸遗传多样性丰富。系统发育分析显示,野生绵羊分为明显的三支,其中马可·波罗盘羊单独形成一支,且与盘羊西藏亚种遗传距离最近,与天山盘羊、蒙古盘羊遗传距离最远,而家养绵羊与摩弗仑羊亲缘关系较近,与盘羊亲缘关系较远。以上结果表明盘羊对家养绵羊起源进化贡献较低,支持摩弗仑羊可能是家养绵羊野生祖先的观点。     

基于线粒体Cytb基因的贵州野猪(Sus scrofa)群体遗传多样性分析

【目的】评估贵州地区野猪(Sus scrofa)的遗传多样性和遗传结构,为进一步开展保护遗传学研究和种群生态管理提供理论依据,进而为研究野猪的保护生物学及其对环境的适应奠定基础。【方法】对野猪线粒体Cytb基因进行PCR扩增及测序,结合从GenBank中下载的国内其他9个地区的55条野猪线粒体Cytb基因序列,利用Mega 7.0软件进行碱基组成和遗传距离分析,并使用DnaSP 6.0软件进行遗传多样性分析。【结果】贵州野猪Cytb基因(1 140 bp)碱基组成与其他地区野猪种群相似,AT含量高于GC含量;贵州采集的11头野猪的Cytb基因共有6个变异位点,4种单倍型,单倍型多样性为0.600,核苷酸多样性为0.00118;单倍型多样性与核苷酸多样性仅高于江西和东北地区的野猪种群;种内遗传距离较小,亲缘关系较近;中性检验Tajima’s D值和Fu’s Fs值均为负值且差异不显著,错配分布分析呈单峰分布,表明贵州野猪种群在历史上较为稳定。使用Network构建单倍型网络图,结合Mega 7.0软件构建的单倍型系统发育树分析结果表明,贵州野猪单倍型与其他地区种群存在共享单倍型(Hap＿...     

吉林珍珠鸡、花尾榛鸡线粒体DNA序列遗传多样性分析

为了研究吉林珍珠鸡、花尾榛鸡线粒体DNA(mt DNA)序列遗传多样性,试验采用PCR产物测序技术分别对吉林珍珠鸡、花尾榛鸡20只个体mt DNA细胞色素b(Cytb)基因序列进行分析。结果表明:在吉林珍珠鸡mt DNA Cytb基因序列中检测到核苷酸多态位点4个,20只个体具有4种单倍型;花尾榛鸡核苷酸多态位点9个,20只个体具有3种单倍型。构建系统进化树显示,吉林珍珠鸡与红色原鸡亲缘关系较近,与花尾榛鸡、山鸡亲缘关系较远。     

渤海黑牛mtDNA cytb基因遗传多样性及亲缘关系分析

为了了解无棣华兴渤海黑牛原种场渤海黑牛种公牛的遗传多样性水平,确定个体之间的亲缘关系,对无棣华兴渤海黑牛原种场15头渤海黑牛种公牛的细胞色素b基因(Cytb)全序列的测序和分析,发现Cytb基因全长1140bp,共检测到了10种单倍型、34个核苷酸的多态位点,包括15个单变异位点和19个简约信息位点,无插入和缺失。单倍型多样度(Hd)为0.914,核苷酸多样度(Pi)为0.01014,表明渤海黑牛具有丰富的遗传多样性。NJ系统发育树构建的结果表明15头渤海黑牛聚为两大类。     

基于线粒体细胞色素b基因(mtDNA Cytb)序列分析吉林山鸡的遗传多样性

为了解吉林山鸡种群的遗传多样性,采用PCR技术及测序技术对20只吉林山鸡的mtDNA Cytb基因序列进行了分析。结果表明,吉林山鸡mtDNA Cytb基因序列中,共检测到核苷酸多态位点11个,20个个体具有3种单倍型;吉林山鸡与美国山鸡亲缘关系较近,与北京山鸡和甘肃山鸡亲缘关系较远。     

利用微卫星标记对宁强矮马和蒙古马遗传多样性的研究

通过8个微卫星位点的多态性检测对宁强矮马和蒙古马共83个个体进行了遗传多样性分析。计算各微卫星位点的等位基因频率、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)、杂合度(H)和F统计量。结果表明:8个微卫星座位中HMS2变异最大,HTG6变异最小;蒙古马的Ne、PIC、H的平均值均高于宁强马;总群体的平均遗传分化系数Fst为0.017(P<0.01),群体内近交系数Fis为0.171(P<0.01)。说明蒙古马和宁强矮马虽外形和性能上有很大差异,但在品种形成和进化上有着较近的遗传关系。     

蒙古斑点马年龄、性别与体尺指标的相关性研究

本实验旨在探索蒙古斑点马体尺指标与其年龄和性别的关系,对锡林郭勒盟地区60匹不同年龄阶段蒙古斑点马进行体尺测定及资料分析。结果表明:蒙古斑点马的年龄和性别对体尺指标有显著影响。成年马和老年马的体长、体高、胸围都高于青年马(PA<0.05),管围没有显著差异;公马的体高、胸围、管围高于母马(PS<0.05),性别对蒙古斑点马的体长没有影响(PS=0.1298);蒙古斑点马的年龄和性别对体尺指标的影响没有互作效应(PA*S>0.05)。综上,马匹体高、体长、胸围、管围、体重等体尺指标是可以直接反映马匹生长发育以及生产能力的可定量指标,也是决定一个马种生产性能和利用方向的指标之一,因此对蒙古斑点马年龄、性别与体尺指标的关系进行分析对蒙古斑点马品种的培育及选育工作有重大意义。     

Differences in serum protein 2D gel electrophoresis patterns of Przewalski's (Mongolian wild horse) and thoroughbred horses

The objective of this study was to assess differences in serum protein expression profiles of Przewalski's (Mongolian wild horse) and thoroughbred horses using proteome analysis. The serum proteins were separated by two‐dimensional electrophoresis (2‐DE) and five different gene products were identified. Proteins represented by the five spots were identified by matrix‐assisted laser desorption ionization–time‐of‐flight (MALDI–TOF) mass spectrometry (MS)/MS technology. The identities of all proteins were deduced based on their similarity to proteins in the human plasma protein database. Three proteins (a haptoglobin‐2 alpha glycoprotein and two haptoglobin‐2beta glycoproteins with different accession numbers) were downregulated in Przewalski's horse sera compared to thoroughbred horse sera. Moreover, two proteins (tetraspanin‐18 and pM5) were upregulated in Przewalski's horses compared to thoroughbred horses. Haptoglobin‐2 alpha and haptoglobin‐2beta may serve as candidate molecules in future studies of inflammation, coagulation, immune modulation and pro‐oxidant and antioxidant activity with consequential effects on the entire metabolism of the horse.     

蒙古牛线粒体DNA全基因组遗传多样性与起源研究

［目的］通过对蒙古牛线粒体DNA(mtDNA)的基因组进行测序,探究蒙古牛的mtDNA基因组遗传多样性与母系起源。［方法］采用DNA提取、三代测序及生物信息学方法。［结果］在36头蒙古牛mtDNA全基因组序列中,共检测到22种不同的单倍型,平均单倍型多样度(Hd)为0.970,平均核苷酸多样度(Pi)为0.00845,表明蒙古牛有丰富的母系遗传多样性。构建的IQ系统发育树发现,蒙古牛具有瘤牛和普通牛两个母系支系。［结论］蒙古牛有丰富的母系遗传多样性,拥有普通牛和瘤牛两个母系起源,以普通牛起源为主。     

胎儿期与成年期蒙古马骨骼肌肌纤维类型转化研究

为探索影响蒙古马胎儿期和成年期肌纤维类型差异机理.本研究选取3匹4月龄胎儿(两母一公)与3匹5岁健康成年母马身体4块分布全身、具有代表性的肌肉组织(长臂三头肌、夹肌、背最长肌、臀中肌)作为一个整体.胎儿期蒙古马肌纤维和成年期蒙古马肌纤维因存在差异各做为一组,试验进行3个生物学重复.首先对蒙古马骨骼肌肌肉样品进行免疫组化...     

蒙古马肠道细菌总DNA提取方法的比较

本试验采集蒙古马新鲜粪便样品,采用酚－氯仿抽提法和2种细菌基因组DNA提取试剂盒法进行样品中细菌基因组DNA的提取。通过DNA浓度和纯度的测定,并将其作为模板扩增细菌16S rDNA V3区特异性片段对提取效果进行比较,从而找出更适合蒙古马粪便中细菌基因组DNA的提取方法。结果显示,3种提取方法得到的基因组DNA均能用于PCR扩增的模板,其中B试剂盒法提取的DNA数量较多,且纯度高,更适合用于提取蒙古马肠道微生物细菌基因组DNA及后续的蒙古马肠道微生物多样性等分子生物学试验。     

蒙古马与纯血马血液生化指标、免疫指标和抗氧化指标的比较分析

为了研究正常生理情况下,蒙古马与纯血马的血液生化指标、免疫指标和抗氧化指标是否存在差异,对上述指标在血清中的含量进行测定。结果表明,测定的10项血液生化指标中,纯血马总蛋白、球蛋白和谷丙转氨酶的含量低于蒙古马,差异显著（P〈0.05）,而白蛋白、白蛋白与球蛋白比、胆固醇、酸性磷酸酶的含量显著高于蒙古马,差异显著（P〈0.05）。免疫指标测定结果显示,纯血马IgA、IgG的含量低于蒙古马,差异显著（P〈0.05）,而IgM的含量纯血马高于蒙古马,差异显著（P〈0.05）。抗氧化指标（超氧化物歧化酶、丙二醛、羟自由基）测定中,纯血马与蒙古马之间无显著差异（P〉0.05）。该实验对马血液生化指标、免疫指标和抗氧化指标进行测定,以期对马匹疾病防治、抗病育种等研究提供参考。     

建昌马mtDNA D-loop区遗传多样性及系统进化分析

试验旨在以线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)为切入点,研究建昌马的母系遗传多样性与系统进化。从建昌马(n=39)血液中提取基因组DNA,用PCR方法扩增mtDNA D-loop区并直接测序,分析其高变区247 bp序列信息,统计mtDNA D-loop区的单倍型及变异位点,计算单倍型多样性(haplotype diversity,Hd)、核苷酸多样性(nucleotide diversity,Pi)和平均核苷酸变异数(average number of nucleotide differences,K)。构建包括建昌马在内的19个品种马的NJ系统进化树,计算各品种间的遗传距离。结果显示,试验获得了清晰的PCR扩增产物,并通过直接测序方法获得了约1200 bp的序列。39匹建昌马mtDNA D-loop区247 bp序列(其中1个样品缺失1 bp)的AT碱基含量为61.45%,属AT碱基对富集区,检测到33个多态性位点,共显示26种单倍型,其中4种为共享单倍型,且Hap7和Hap1为优势单倍型,单倍型多样性为0.947,核苷酸多样性为0.02399,平均核苷酸变异数为5.901,显示丰富的母系遗传多样性;NJ系统进化树显示,建昌马分布在A、C、D、E、F、G共6个支系中,约50%的样品分布在A支系,显示出复杂的母系起源;建昌马与关中马的遗传距离最小(0.021),其次是三河马、文山马、韩国车巨马(0.024),与韩国济州岛马遗传距离最大(0.032)。本研究结果表明,建昌马的mtDNA D-loop高变区遗传多样性丰富,具有多个母系起源,且A支系占有明显优势,与关中马、文山马可能有共同的母系起源。     

蒙古马突触融合蛋白17(STX17)基因多态性及在不同毛色皮肤组织中的表达分析

为研究突触融合蛋白17(STX17)基因与蒙古马毛色之间的相关性及其作用机制.本研究利用半巢式PCR技术及实时荧光定量PCR技术对蒙古马STX17基因第6内含子的多态性以及不同毛色蒙古马皮肤组织中STX17基因的相对表达量进行了检测.巢式PCR结果显示:STX17基因在青毛蒙古马第6内含子处存在4.6 kb的重复片段,在其它毛色中不存在该重复片段;荧光定量PCR结果显示:STX17基因在蒙古马青毛皮肤组织中表达量最高,在骝毛皮肤组织中的表达量最低.结果证明蒙古马STX17基因与其青毛表型具有典型的相关性.     

蒙古马高负荷运动训练前后MSTN基因、CKM基因表达量分析

为探讨蒙古马高负荷调教训练前后MSTN、CKM基因的表达情况,实验首先采用SYBR GreenⅠ荧光定量RT-PCR方法对4个常用内参基因(TTN、18s r RNA、GAPDH、β-actin)在臀中肌内的稳定性进行评估;确定内参基因后,对MSTN、CKM基因转录水平进行测定。结果表明:在蒙古马臀中肌中稳定度依次为GAPDH(1.087)β-actin(1.211)TTN(1.285)18s r RNA(1.460),选取稳定度最高的GAPDH基因作为内参基因;高负荷运动训练后MSTN基因m RNA表达量较训练前上调,而CKM基因则下调。本研究为蒙古马运动性能相关基因的研究奠定了基础。