分子生物学方法在毒莴苣及其近似种上的应用

运用PCR直接测序法,对莴苣属植物毒莴苣及其近似种的rDNA ITS区进行序列测定。结果表明,莴苣属植物的ITS序列长度为300~400 bp,设计的引物通用性适用,序列分析可以将属内种间差异分开。     

应用rbcL、matK 和ITS 序列探讨 壳斗科青冈的分类地位

为了明确青冈类植物在系统分类中的地位,运用PAUP和MEGA等软件对GenBank中壳斗科33种植物的matK、17种植物的rbcL和15种植物的ITS序列进行了系统发育树的构建,结果表明:(1)壳斗科3个序列的保守性顺序为rbcL＞matK＞ITS,rbcL序列只能将水青冈属分开,但不能解决大部分属间的系统分类问题,在主要分支上没有获得置信支持,因此不适合壳斗科属间植物的系统分类;(2)基于matK和ITS序列构建的系统发育树分支和Bootstrap支持率,从分子角度支持青冈类作为栎属属下亚属的分类地位.     

福木假尾孢菌Pseudocercospora elaeodendri的转录间隔区序列分析

PCR扩增福木假尾孢菌的转录间隔区序列(ITS)并测序,获得的基因序列长度为581bp,相似性分析发现其与假尾孢属不同种之间的ITS序列相似度极高。进一步对相似度高的不同种、属菌的ITS序列采用Neighbor-joining法构建系统进化树。遗传距离分析结果发现,试验菌株仅与同源性为100%的未知种名的假尾孢菌聚为一类。比较不同种的ITS碱基序列,结果表明,试验菌株与其它种之间的差异碱基分布于ITS1和ITS2区域,说明ITS能够体现假尾孢属的种间变异。     

5种DNA条形码在苍耳属中遗传距离比较

比较了5种DNA条形码的重点关注基因psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL、matK在苍耳属中的遗传距离,以期为植物DNA条形码标准基因的筛选研究提供参考。用通用引物对7种苍耳属植物的psbA-trnH、ITS、ITS2、rbcL、matK基因进行扩增、测序,利用MEGA 5.1软件计算遗传距离及标准误。结果表明:ITS2、ITS、matK、psbA-trnH、rbcL基因在苍耳属中的遗传距离依次减小;ITS2、psbA-trnH、ITS、matK、rbcL基因在苍耳属中的遗传距离标准误依次减小。因此从苍耳属的植物层面看,ITS基因作为植物DNA条形码要比ITS2基因具有更好的稳定性;作为植物DNA条形码,matK基因要优于psbA-trnH基因。     

中国兰中几种常见DNA条形码标准序列的PCR扩增方法

[目的]DNA条形码技术是分子鉴定的最新进展之一,为了研究中国兰的DNA条形码技术,实现中国兰的快速鉴定。[方法]该文通过电泳成像技术、BLASTN核苷酸相似序列检验等分析方法,对一种中国兰ITS、ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等常用DNA条形码标准序列PCR扩增的方法进行了可行性检验。[结果]该方法可以在中国兰中有效扩增ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等条形码序列,并通过双向测序获得序列信息,ITS标准序列由于引物存在非特异性扩增,需要重新设计合适的引物。[结论]利用该方法,可以有效获得中国兰中ITS2、psbA-trnH、rbcL、matK等几种常见DNA条形标准序列,并大大简化了PCR反应操作步骤,为进一步研究中国兰的DNA条形码技术提供了参考和借鉴。     

基于GenBank数据探讨兜兰属植物DNA条形码

为筛选出适合兜兰属植物的DNA条形码序列。本研究基于GenBank中下载的29种兜兰属植物的253条序列,利用遗传距离法及分子系统学方法分析兜兰属植物候选条形码。结果表明,在选取的3个候选序列片段中对兜兰属植物鉴定的成功率最高的是核糖体ITS(nrITS)序列,分辨率为62.96%,其次是叶绿体matK序列,分辨率为50%,最后是叶绿体rbcL序列,分辨率仅为21.43%,因此,本研究推荐nrITS序列作为兜兰属植物的DNA条形码候选序列,叶绿体matK序列作为补充序列。     

凉粉草DNA条形码通用序列的筛选及其混伪品分子鉴定

提取凉粉草基因组总DNA,使用通用引物扩增核基因ITS1、ITS2序列和叶绿体psbA-trnH、rbcL、matK序列并进行测序,使用CodonCode Aligner软件对完整序列进行拼接并对其进行比对,使用MEGA 7.0邻接法(neighborjoining,NJ)法构建系统聚类树。结果表明,matK序列扩增成功率低;ITS1序列存在单一变异位点且测序成功率低;ITS2、rbcL和psbA-trnH等3个序列无变异位点,序列扩增成功率、测序成功率高,序列长度在233~671 bp,从系统聚类树上得出ITS2序列可以将凉粉草与其他3种混伪品区分开,而rbcL和psbA-trnH序列在区分时存在一定的混淆。ITS2序列可以考虑作为鉴别凉粉草的优选序列。     

基于柑橘及其近缘属植物DNA条形码的叶绿体编码序列筛选

 【目的】通过对柑橘及其近缘属植物叶绿体4种编码序列的测定分析,获得能进行DNA条形编码的特征序列,为进一步研究叶绿体非编码区序列奠定基础。【方法】对柑橘及其近缘属植物59份样品进行matK、rpoB、rpoC1、rbcL测序,序列比对与人工校正,计算属间、种间、种内的遗传距离,比较序列间的差异,建立系统发育树。【结果】4种序列中,matK序列在属间、种间差异最大,与其它序列相比具有显著性差异,rbcL序列次之,而rpoB、rpoC1序列两者间没有显著性差异。【结论】matK序列是柑橘及其近缘属植物DNA条形码的未来研究中一个重要的候选片段。     

天山沿线地区(中国)常见种子植物DNA条形码的遴选

于2015年7—8月份,对中国天山沿线地区(北纬39°25′12″～45°5′3″、东经75°2′28″～94°27′51″)的荒漠带、山地草原带、山地森林带、亚高山草原带、亚高山草甸带、高山草甸带的优势种和建群种进行了补充采集,每个物种尽可能选择2个或2个以上的个体,共采集113种250份植物样品;应用最大似然树(ML Tree)的方法,对天山沿线地区(中国)的306种植物进行DNA条形码分析,从物种与属水平统计了4个候选DNA条形码(ITS、matK、rbcL、trnH-psbA)在整体与多种属两方面的识别率差异,遴选天山沿线地区常见种子植物的DNA条形码。结果表明:整体上,ITS在单条形码中的识别率最高,为81.70%(种)、97.07%(属);多条形码组合分析中,ITS+matK+trnH-psbA的识别率最高,为86.66%(种)、96.59%(属),其次为ITS+matK(86.27%(种)、96.59%(属))、ITS+rbcL(86.66%(种)、95.12%(属))。对多种属的分析显示,ITS的识别率在单条形码中依然最高(69.28%(种)、98.08%(属));多条形码组合分析中,ITS+matK+trnH-psbA、ITS+matK的识别率最高,均为75.16%(种)、96.15%(属)。综合分析结果,依据通用性、识别性、经济性的原则,推荐ITS+matK为天山沿线地区常见种子植物的DNA条形码。     

荨麻科植物DNA条形码的筛选

[目的]评价不同DNA条形码候选序列对荨麻科植物的鉴别能力,为荨麻科植物鉴定提供参考.[方法]使用ITS、matK、rbcL和psbA-trnH绪列的通用引物对荨麻科植物进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增效率、测序成功率,分析获得序列的碱基组成及变异,比较种间和种内变异的差异,并对条形码间距进行评估.[结果]psbA-trnh序列在荨麻科植物13个种30个样品中的扩增成功率最高(100.0%).psbA-trnH的有效序列获得率最高,为95.4%,ITS为92.3%,rbcL为90.1%,matK为零.ITS序列种间遗传距离范围为0~0.508,psbA-trnH序列为0~0.522,rbcL序列为0~0.532.ITS序列在种间、种内的差异变异及条形码间距较rbcL与psbA-trnH具有更明显的优势.ITS序列构建的系统发育树中不同物种形成单系分支的百分比最高,其次为psbA-trnH、rbcL序列.聚类结果表明,MP法的聚类效果最好,其次为UPGMA法、ML法,NJ法最不理想.[结论]荨麻科植物种间变异明显大于种内变异,DNA条形码适用于荨麻科植物种水平上的鉴定;3个候选序列中无任何一个序列可完全鉴别出不同种类的荨麻科植物,ITS、rbcL与psbA-trnH可作为鉴别荨麻科植物的DNA条形码序列组合.     

意大利生菜组织培养体系的建立

[目的]建立意大利生菜组织培养体系。[方法]以意大利生菜(Lactuca sativa L.var.ramosa Hort.)种子为试验材料,用不同有效氯含量(0、0.5%、1.0%、2.0%、4.0%)的漂白水灭菌,于MS培养基上培养无菌苗。取4~5 d苗龄的无菌幼苗子叶,在添加不同浓度激素的MS培养基上诱导愈伤组织,并进一步诱导生芽、生根,筛选最佳诱导激素配比及激素浓度。[结果]意大利生菜种子经有效氯含量1.0%的漂白水处理,于MS培养基上培养可获得意大利生菜无菌苗。无菌幼苗子叶在MS+0.5 mg/L 6-BA+0.20 mg/L NAA+30 g/L蔗糖+7 g/L琼脂的培养基上,可以得到理想的意大利生菜愈伤组织;在MS+0.25 mg/L 6-BA+0.20 mg/L NAA+30 g/L蔗糖+7 g/L琼脂的培养基上,最有利于意大利生菜愈伤组织不定芽的发生且对后期生根有良好的诱导作用。[结论]配合使用一定浓度的6-BA和NAA可有效建立意大利生菜组织培养再生体系,为进一步建立意大利生菜遗传转化体系奠定基础。     

乳苣叶绿体基因组特征及其系统发育分析

乳苣（Mulgedium tataricum）为菊科（Compositae）乳苣属（Mulgedium）植物,该物种含有天然黄酮类化合物,具有清热解毒、抗肿瘤、抗氧化等作用。叶绿体基因组中含有大量功能基因,在物种鉴定及系统发育中具有重要作用。采用高通量测序技术获得乳苣全长叶绿体基因组序列,并与NCBI已公布的32个菊科物种及拟南芥（Arabidopsis thaliana）的叶绿体基因组进行了系统发育分析。结果显示,乳苣叶绿体基因组大小为152 401 bp,呈现出典型的环状四分体结构,其包含有一对反向重复序列区（IRa和IRb）、大单拷贝区（LSC）和小单拷贝区（SSC）,它们的长度分别为25 010、83 833和18 548 bp。共注释得到132个基因,其中包含8个rRNA基因、37个tRNA基因和87个mRNA基因;SSR位点分析发现,基因组序列中含有21个散在重复序列和197个串联重复序列。边界分析表明,乳苣与其他5个菊苣族物种在边界基因上存在一定差异,且6个菊苣族物种在IR/SC区出现明显扩张和收缩。系统进化分析将菊科14个属的33个物种被聚为两个分支：第一分支包括乳苣属（Mulgedium）、莴苣属(Lactuca)、蒲公英属(Taraxacum)、苦苣菜属(Sonchus)、香青属(Anaphalis)、火绒草属(Leontopodium)、茼蒿属(Chrysanthemum)、蒿属(Artemisia)、紫菀属(Aster)和向日葵属(Helianthus),其中乳苣属和莴苣属的亲缘关系最近;第二分支包括蓟属（Cirsium）、红花属（Carthamus）、风毛菊属（Saussurea）和苍术属（Atractylodes）。研究结果为乳苣属植物的物种鉴定、系统进化及资源开发利用等奠定新的证据和材料基础。     

污泥对白菜·生菜和番茄种子发芽率的影响

[目的]研究城市生活污水厂污泥对生菜(Lactuca sativa var. ramose)、白菜(Brassica pekinensis)和番茄(Lycopersicon esculentum)种子发芽率的影响。[方法]通过盆栽试验,测量污泥施用量对生菜、白菜和番茄的种子发芽率的影响。[结果]随着污泥施用量的增加,生菜、白菜和番茄种子发芽率降低。[结论]污泥对生菜、白菜和番茄的发芽率有明显的抑制作用。     

三峡库区莴苣属和翅果菊属植物的分类研究

对产于三峡库区分谷称莴麻菜等的一类植物及其野生近缘进行了分类研究。这类植物分属莴苣属和翅果菊属。莴苣属植物在三峡库区普遍栽培1种及3变种;翅果菊属植物栽培和野生有5种及1变种。同时报道了1新种大头翅果菊,1新变种羽裂莴麻菜,1新组合椭圆叶翅果菊。     

应用MaxEnt模型预测检疫性杂草毒莴苣在我国的潜分布范围

毒莴苣(Lactuca serriola L.)原产欧洲,是近年来传入我国的新外来入侵植物.本文基于51种环境因子和毒莴苣在全球6 637个地理分布记录,应用MaxEnt模型和ArcGis 9.3软件,定量地预测了毒莴苣在我国的潜在分布区域和风险等级,结果得到了ROC曲线分析法的验证.发现10月到第2年3月的温度是影响...     

杜氏赖草(Leymus duthiei)及杜氏赖草长芒变种(Leymus duthiei var. longearistatus)的nrDNA ITS序列分析

本研究对杜氏赖草(Leymus duthiei)及杜氏赖草长芒变种(Leymus duthiei var.longearistatus)的nrDNA ITS进行多克隆测序,探讨ITS序列在其个体内的多样性和个体间的遗传分化。序列多态性、基因谱系和rRNA基因二级结构分析表明:①由于致同进化作用,ITS序列在L. duthiei和L.duthiei var. longearistatus中可能朝Ns基因组一方发生偏向;③致同进化的驱动力可能促使不同的ITS拷贝序列在L.duthiei var. longearistatus中比在L. duthiei中更趋于一致;③ITS序列在L.duthiei和L. duthiei var. longearistatus中的遗传分化可能与它们的地理隔离有关。     

缠绕植物手性的系统发育分析(英文)

利用matK、rbcL与trnL基因,分析了中国薯蓣属植物缠绕手性的系统发生关系;利用matK基因,从大分类单元角度进一步分析了缠绕植物的系统特征。结果显示左、右旋缠绕植物物种存在显著的系统发育特征:matK数据中的右旋薯蓣聚成独立的进化枝与rbcL基因的分析共同支持右旋物种的单系性;rbcL和trnL的数据均较好地显示了右旋薯蓣的单系特征[除多毛叶薯蓣(D.decipiens)和甘薯(D.esculenta)外];在大分类单元上,缠绕植物手性性状则呈现出明显的多系特征。结果表明在中国区薯蓣属的分类中,手性特征是较可靠的性状特征,《中国植物志》薯蓣属章节直接将右旋物种归入周生翅组(sect.Enantiophyllum)较合理。但在世界范围上看,在小分类单元的薯蓣属内和薯蓣科及其他大分类单元内,手性特征都具有单独多次起源的性质,因此在执行分类时应当慎用这个性状。对于手性特征的起源问题,最新的观点倾向于否定南北半球物理差异相关的假说,但其结论的正确性有待商榷。结合地质事件研究薯蓣属等具有两种手性方向的小分类单元,以及构建突变体的方法,有助于最终解决植物手性的起源问题。     

广东省主要红树林植物DNA条形码评价

为评估DNA条形码对鉴定红树林植物的通用性和有效性,在广东红树林分布区域共计采集红树林植物16科22属23种,共144个样品,并进行DNA条形码测序。结果表明:选择的rbcL、matK和trnH-psbA 3个DNA片段的PCR扩增成功率分别为100%、80.29%±8.49%、99.38%±1.25%。测序成果率最高为rbcL 100%,trnH-psbA次之94.57%±5.06%,matK最低75.04%±6.26%。表明rbcL和trnH-psbA片段在红树林群落中都具有较好的通用性。应用BLAST和NJ Tree两种方法计算红树植物的物种识别率。BLAST结果表明,单片段中trnH-psbA的物种识别率最高,为84.48%±12.09%,rbcL次之,matK最低。NJ Tree分析显示单片段中rbcL的物种识别率最高,为66.65%±17.35%;trnH-psbA片段次之,matK片段最低。两张分析方法都显示多个片段组合使用时,rbcL或trnH-psbA是提高物种平均识别率的主要片段。利用单片段rbcL即可获得平均节点支持率最高的红树植物系统发育树,且能准确区分不同树种。trnH-psbA片段可以识别rbcL片段不能识别的物种,可以作为补充片段。综合比较,推荐rbcL、trnH-psbA作为红树林植物DNA条形码片段。     

传统中药材麦冬的DNA条形码鉴定

该文分析了DNA条形码序列(ITS、psb A-trnH、matK、rbcL和trn L-F)对采自10个不同产区的麦冬进行PCR扩增及测序。结果表明,ITS序列变异位点为11 bp且较稳定。叶绿体序列的变异位点较低。本研究构建了ITS及联合叶绿体片段与ITS的系统发育树,4个叶绿体片段各自构建的系统发育树结果不理想,以ITS构建的系统发育树为主。广西桂林、贵州贵定与浙江余杭聚为一支;四川什都、四川珙县与广东肇庆聚为一支;云南麻栗坡与云南石林聚为一支;江西庐山与湖南桑植聚为另一分支,位于发育树基部;以上分支均得到G+C含量和遗传距离的支持,种内具有较近的亲缘关系。ITS序列具有稳定的变异位点和鉴定位点,能够准确的鉴定不同产地的麦冬,基于ITS构建的系统发育树能够较好的区分其亲缘关系。     

高Vc含量野生蔬菜资源筛选与不同采收期Vc变化

以福建省28份野生蔬菜为材料,采用钼蓝比色法测定Vc含量,筛选出一些适合江苏省种植的高Vc含量的野菜资源,推荐作为规模化生产使用。选择南京地区长期食用的4种野生蔬菜,研究不同采收期Vc含量的动态变化。结果表明:(1)28种野生蔬菜Vc含量的变幅为6.78～173.25 mg.hg-1。优选出9份高Vc含量的野生蔬菜,为菊花脑、美国碎叶苦苣、人参菜、黄秋葵、枸杞、蕨菜、苦菜1号、蒲公英、洋芥蓝,可以作为南京地区品质较好的野菜食用。(2)不同生长期4种野菜Vc含量均表现为双峰曲线,但最大峰值出现的时间在材料间有差异。宽韭采收期间Vc含量的变化为53.52～196.87 mg.hg-1;荠菜、马兰2号和菜用莴苣Vc含量变化范围相差不大,分别为19.33～118.21 mg.hg-1、39.89～120.90 mg.hg-1和29.93～117.94 mg.hg-1。宽韭和马兰2号最佳采收期为4月中下旬至5月中下旬,荠菜和菜用莴苣为4月中下旬至5月中旬。