日本大耳白兔TLR3部分cDNA克隆及mRNA在组织中的分布

采用RT—PCR技术从日本大耳白兔的脾脏组织克隆出兔的Toll样受体基因3（命名为。TLR3），并对其mRNA在兔的17种组织中的分布情况进行了检测。结果显示，RTLR3核苷酸序列与GenBank中登载的穴兔（Oryctolagus cuniculus）TLR3序列（登录号：NM_001082219）相似性为100％；兔的胸腺、脾脏、睾丸等14种组织中检测出TLR3 mRNA的转录产物，而在骨骼、胃和皮肤中未能发现。推导的氨基酸序列同源性比对表明，兔TLR3与人、野猪、牛、猫、褐鼠等动物的同源性最高，为80％-85％；与原鸡同源性次之，为61％；与草鱼、绿河豚等同源性在45％～48％之间；系统进化树分析表明，兔TLR3与马的亲缘关系最接近，与猪、人／绵羊、牛、猩猩／猫的亲缘关系依次渐远，与鼠的亲缘关系最远。可见，TLR3在不同种属动物及不同组织中所起的作用具有生物多样性。     

牛FSHR基因5′端侧翼序列的分析和多态性研究

以中国西门塔尔牛基因组DNA为模板，参照绵羊的FSHR基因序列设计和合成引物、PCR扩增获得长度为931bp，包括5′端侧翼797bp和结构基因第一外显子区134bp的牛FSHR基因片段，将该片段克隆于PUC18载体中，作序列分析发现：牛的FSHR基因转录启动子的遗传结构与人和鼠的FSHR基因不同，它的基因转录启动区含有TATA盒和类CAAT盒序列。在检索出的转录调节元件、或特征性序列位点，牛与绵羊在5个序列位点有碱基变异，这可能与牛和绵羊的产仔率高低不同相关，对34头份中国西门塔尔牛的扩增产物，应用PCR－RFLP方法进行多态性分析，TaqⅠ酶切出现了多态性，酶切产物电泳呈现3种基因型，由2种等位基因构成，通过对基因频率和基因型频率在种用公牛，双胎母牛和随机牛类群中分布的比较研究结果，认为该基因与牛的繁殖性状存在连锁相关。     

羊肉产品中若干动物源性成分的七重PCR检测技术应用研究

试验建立了猪、牛、绵羊、山羊、鸡、马和牦牛种属鉴别的七重PCR体系,分析了牛、牦牛、山羊源性成分七重PCR检测的灵敏度,检测了10种市售羊肉产品中的动物源性成分。结果表明,采用常规的琼脂糖凝胶电泳可以区分157～517 bp的片段及相互差异在41 bp以上的多重PCR扩增产物,从而实现对这7个物种的快速及准确鉴别,其中对3个物种(牛、牦牛、山羊)DNA的检测灵敏度在2.5 ng左右;所检测的10种羊肉产品中有2种并不是包装上所宣称的羊肉,而是混杂有牛肉或完全用牛肉替代。     

动物产品及饲料中牛源和羊源性成分三重荧光PCR检测方法的建立

为鉴定和区分饲料及动物产品中牛、山羊、绵羊源性成分,根据线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)种间保守序列,设计合成了3对特异性引物与TaqMan探针,通过对荧光PCR反应体系和反应条件的优化筛选,建立了三重荧光PCR方法,在同一个荧光PCR反应中完成3种动物源性成分的检测。用该方法对16种不同源性的动物DNA进行检测,结果表明能特异地鉴别检测出牛、山羊和绵羊源性成分,且敏感性比现行国标PCR法高100倍。该方法适用于饲料、肉制品、奶制品等动物源性产品的检测。     

鲁西黄牛calpain基因PCR-RFLP的初步分析

对鲁西黄牛m-calpain的30kD大小的调节亚基的DNA序列通过PCR扩增得到1800bp大小的产物，这个产物序列包括从外显子4到外显子8的5’末端的全部序列（包括它们之间的内含子序列）。利用限制性内切酶Hhn I对PCR产物进行酶切，在31头鲁西黄牛群体中检测到2个等位基因A和B，2个等位基因的频率分别为0．39和0．61，检测N3种基因型AA、BB和AB，3个基因型的频率分别为0．1、0．4和0．5。     

不同物种Y染色体特异基因产物的研究

根据牛Y染色体3个特异基因设计3对引物，分别对牛、牦牛、绵羊、山羊、猪、小鼠基因组进行PCR扩增。3对引物在牛和牦牛基因组中都得到了扩增产物，在绵羊的扩增中只检测到了1个性别决定基因的扩增产物，在其他物种中均没有检测到扩增产物。将其扩增产物进行克隆测序，并采用DNAMAN软件对测定序列进行比对分析，结果表明：3对引物的扩增结果在牦牛和牛的同源性分别达到了99％以上，性别决定基因的扩增产物在绵羊和牛间的同源性达到了94％。     

蛋白A／G在PPRH蛋白ELISA中的应用研究

分别以山羊、绵羊和牛的阳性血清和阴性血清作为待检血清,分别以酶标蛋白A／G、酶标兔抗山羊抗体、酶标兔抗绵羊抗体和酶标兔抗牛抗体作为酶标二抗．进行以小反刍兽疫（PPR）裂解蛋白为抗原和基于抗血凝素（H）蛋白的单克隆抗体的PPRH蛋白酶联免疫吸附（ELISA）试验。结果四种酶标抗体均分别能使山羊、绵羊和牛阳性血清的百分抑制率达到100。在阳性血清百分抑制率为100时,检测山羊时酶标蛋白A／G、酶标兔抗山羊抗体的百分抑制率分别为17、12．检测绵羊时酶标蛋白A／G、酶标兔抗绵羊山羊抗体的百分抑制率分别为20、16,检测牛时酶标蛋白A／G、酶标兔抗牛抗体的百分抑制率分别为14、13。结果认为．酶标蛋白A／G而且与酶标抗抗体相比,具有本底低的优点．在PPRH蛋白ELISA试验中可以同时应用于检测山羊、绵羊和牛血清并具有较好效果。     

鸡组织细胞端粒相关序列的克隆及序列分析

根据真核细胞端粒DNA序列的共同特点，设计了一条引物（TELO02）（24nt)。按照TaKala克隆试剂盒的介绍方法，染色体基因组DNA经HaeⅢ和HinfⅠ两种限制性内切酶酶切后，先进行初级PCR（C1和TELO02）扩增，得到的产物为模板再经过次级PCR（C2和TELO2）扩增，得到的产物用试剂盒回收，并连接到PMD-18-T载体上，转化到JM109受体菌中，从阳性克隆中提取质粒DNA进行PCR和酶切鉴定，确认后进行序列测定，获得了一段243sbp的鸡端粒相关序列。此序列与人第7条染色体基因组末端序列的同源性为63.5%；与鼠端粒旁序列同源性为63.2%；而与MDV基因组序列的BamHⅠ酶切片段76.6%的同源。     

产气荚膜梭菌α—β融合基因的构建

用PCR从含产气荚膜松菌β毒素基因的质粒pXETB2中扩增出β毒素基因，NcoⅠ和BamHⅠ双酶切该β毒素基因，回收0.93kb的β毒素基因片段，再用NcoⅠ和BamHⅠ双酶切含产气荚膜梭菌α毒素基因质粒pXETA1,与上述回收的β毒素基因片段连接，转化至受体菌BL21（DE3）中，经NcoⅠ，NotⅠ酶切反应鉴定和苷酸序列分析证实，获得的重组质粒pXCPAB1含有α－β融合基因，重组菌株BL21（CD3）（pXCPAB1)表达产物经ELISA检测和SDS－PAGE分析，表明重组菌株可以表达α－β融合蛋白。     

重庆市山羊博尔纳病病毒P24基因的检测

为了解重庆市山羊博尔纳病隐性带毒情况，分析博尔纳病病毒（BDV）的种系来源。采用巢式逆转录酶PCR结合荧光定量PCR（FQ—nRT—PCR）技术对重庆市60只山羊外周血单核细胞（PBMCs）及脑组织中的BDVP24基因片段进行了检测，将阳性产物测序，并与国外BDV毒株进行了比较。结果，山羊外周血检测阳性率为8．3％（5／60），脑组织检测阳性率为10％（6／60）。该BDVP24片段核苷酸序列与马源BDVH1766株同源性最高，达96．519／6，与标准株Strain V和He／80同源性为95．35％，并且编码的氨基酸序列也相同。表明，重庆市山羊中存在动物源性博尔纳病隐性带毒，该BDVP24核苷酸序列与Strain V和He／80株具有高度同源性。     

用分子生物学方法鉴别检测动物源性饲料中的牛羊源性成分

为了防止海绵状脑病疫区和痒病疫区反刍动物源性饲料进入我国 ,非常有必要对贸易往来中的肉骨粉品种来源进行鉴定检测。我们采用分子生物学方法从动物源性饲料中鉴别检测牛、羊特异性线粒体DNA的片段 ,并用限制性内切酶SspⅠ对PCR产物进行酶切鉴定及DNA序列测定。该方法的灵敏度可达 0 .12 5 % ,具有灵敏度高、快速和特异性强的优点。     

绵羊、山羊内源肺腺瘤病毒启动子甲基化修饰检测

为分析绵羊和山羊内源性肺腺瘤病毒启动子甲基化修饰状况,参照绵羊、山羊内源性肺腺病毒gag基因上游非编码区序列CpG岛设计特异性甲基化引物,采用甲基化特异性PCR（MSP）方法检测了5只绵羊和5只山羊胎儿的肺脏、皮肤、血液基因组内源性病毒基因启动子区甲基化情况.结果表明：山羊和绵羊肺脏、皮肤、血液基因组中均存在甲基化和非甲基化的内源性肺腺瘤病毒启动子.     

山羊BLG基因侧翼区的克隆及序列分析

克隆奶山羊β-乳球蛋白基因5′、3′调控区并对其进行序列分析。从徐淮奶山羊组织中提取基因组DNA,采用高保真长模板PCR法克隆得到山羊β-乳球蛋白基因4.2 kb的5′调控区和1.8 kb的3′调控区。将纯化后的PCR产物克隆到pGEM-TEasy载体中,经酶切鉴定和序列测定验证克隆的正确性。部分序列分析表明,5′区与GenBank中登录的山羊和绵羊BLG基因5′区同源性分别为100%和95%;3′区同源性则分别为99%和93%。克隆得到的奶山羊BLG调控区与山羊BLG伪基因显著不同,5′区和3′区同源性分别为83%和88%。结果表明,克隆得到的奶山羊BLG调控区可用于构建乳腺特异性表达载体,为指导外源基因在转基因动物乳腺中的高效表达奠定了基础。     

牦牛生长激素基因的测序和多态性研究

采用PCR产物直接测序法获得牦牛生产激素基因（GH基因）891bp序列。通过GenBank中的Blastn软件进行序列比较分析表明，牦牛GH基因与普通牛GH基因的同源性为98%，与水牛，山羊，绵羊同源性分别为96%，94%，93%：NJ法构建的分子系统树显示，牦牛与普通牛亲缘关系最近，其次为水牛，而与山羊，绵羊的亲缘关系较远，此外，采用PCR-RFLP方法研究了30头牦牛GH基因891bpDNA片段，未发现MspⅠ/HpaⅡ酶切位点多态性，表明牦牛GH基因的多态性比较贫乏。     

应用Cas9 RNPs进行绵羊FecB基因型检测的可行性研究

为了研究Cas9 RNPs用于绵羊FecB基因分型的可行性，试验以FecB基因BB、B+、++型的绵羊个体为试验动物提取基因组DNA。基于Cas9 RNPs的体外DNA定点内切酶活性，用FecB基因靶位点的特异性引物扩增产物作为底物，利用大肠杆菌共表达纯化获得Cas9 RNPs,对不同FecB基因型目标样本进行酶切检测。结果表明：SDS-PAGE电泳结果显示，在130～180 kD之间有一条与预期大小相符的特异蛋白条带；3种基因型的靶DNA均被切割为185 bp和368 bp两个片段；绵羊FecB++型成纤维细胞Cas9 RNPs电转染的突变检测结果显示，纯化的两个Cas9 RNPs都具有基因组编辑活性。说明本研究获得的Cas9 RNPs在体外和细胞内都具有良好的酶活性，但未能区分绵羊FecB基因型。     

绵羊DECR1基因exon 5部分序列多态性分

试验根据GenBank登录的牛2,4-双烯-CoA还原酶1（2,4-dienoyl-CoA reductase1,DECR1）基因序列（NP_001068891）设计引物,应用PCR技术对德国美利奴绵羊、杜泊绵羊、特克塞尔绵羊DECR1基因的exon 5部分序列进行克隆测序;利用PCR-SSCP技术检测了3个绵羊群体exon 5单链构象多态性（SNP）,所获序列与GenBank中其他物种exon 5序列进行了同源性比较,并构建了亲缘关系聚类分析图。结果表明,绵羊DECR1基因exon 5长为137 bp,3个绵羊群体中exon 5均不存在SNPs,各种动物之间DECR1基因exon 5的同源性较高,在81.02%（鸡）～97.08%（牛）之间,其中绵羊和牛同源性最高,达到97.08%;与鸡的同源性最低,为81.02%;聚类分析结果显示,绵羊首先与牛聚为一类,再分别与兔子、狗聚为一类,最后分别与人、猪聚为一类,绵羊与牛的亲缘关系最近,与鸡的亲缘关系最远,与传统分类相一致,说明DECR1基因exon 5在动物进化过程中高度保守。     

一株猪源大肠埃希氏菌卡那霉素耐药基因的研究

提取一株猪源大肠埃希氏菌卡那霉素耐药菌株E.coliBJ96147的质粒DNA进行转化，转化子能稳定表达其全部抗生素抗性，表明E.coliBJ96147对卡那霉素（K）、庆大霉（GM）、链霉素（S）、氯霉素（C）、四环素（Tc)、复方新诺明等六种抗生素的抗性由耐药性R质粒介导；根据已发表的编码卡那霉素抗性的磷酸转移酶[APH（3′）-Ⅱ]钝化酶基因的核苷酸序列，设计合成了一对引物P1和P2，用PVR技术检测其钝化酶基因，结果该引物扩增出了预期的578bp大小的PCR产物，淫限制性内切酶HindⅢ进行酶切分析，发现产物被切成二条带，与预出现的389bp及189bp二条带相符，说明PCR可用于检测猪源大肠埃希氏菌卡霉那素磷酸转移酶[APH（3′）-Ⅱ]钝化酶基因。     

应用PCR技术检测禽类源性成分

据禽类(鸽子、鸡、鸭、鹅、鹌鹑、鸵鸟、鹧鸪)线粒体DNA 12sRNA基因中的保守序列,用Primer5.0设计针对禽类动物的特异性扩增引物。通过聚合酶链式反应从禽类样品中得到大约200bp的特异条带,而参考物种牛、羊、马、驴、鱼和空白对照则无此条带,说明该引物只对禽类有特异性,能将禽类与牛、羊、马、驴、鱼区分开来。通过测序对扩增产物进行验证,结果表明:禽类组织的PCR产物序列与基因库中检索到的相应序列相吻合。建立了一种检测禽类动物源性成分的PCR方法,该方法检测的灵敏度为0.1%。     

南江黄羊LHβ基因多态性与繁殖性能的相关性分析

以南江黄羊246个个体作为研究材料,利用GenBank中公布的牛、绵羊、猪等动物LHβ亚基基因序列设计引物,扩增并采用Sph I酶切分析山羊LHβ基因,比较不同基因型的繁殖性能。结果:检测到2个等位基因A和B构成3种基因型:AA型(4.065%),AB型(44.309%),BB型(51.626%)。序列分析显示不同基因型由第401位三碱基突变(G→A或C)引起。在各基因型间,山羊15胎的初生窝重和产羔数差异不显著(P>0.05),但从第2胎开始AA型母羊的产羔数和窝重相对较大(P>0.05)。上述结果为首次测定并分析山羊的LHβ基因序列的多态性。