河北省2010年猪繁殖与呼吸综合征病毒的遗传变异分析

为了解2010年河北省猪繁殖与呼吸综合征病毒变异趋势,用RT—PCR方法对2010年河北省发病猪场的病料进行PRRSV Nsp2和0RF5基因扩增、克隆和测序,利用DNAStar软件对所测序列进行分析。结果显示,扩增的Nsp2基因氨基酸序列相似性为91．4％～98．8％,与GenBank中参考毒株的氨基酸序列相似性为6...     

湖南省4株猪繁殖与呼吸综合征病毒全基因组序列测定与分析

为了解湖南省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异情况,对湖南省2016—2019年分离的4株PRRSV(Hunan/2016/075、Hunan/2017/085、Hunan/2018/123、Hunan/2019/055)进行全基因组测序,对其ORF5、NSP2基因以及全基因组核苷酸序列进行分析。结果显示,分离的4株病毒株均为美洲型,全基因组同源性为83.1%～98.7%,其中3株属于高致病型,1株为属于类NADC30型。Hunan/2016/075、Hunan/2017/085毒株全长序列与谱系5中亚系5.1的代表性毒株BJ-4亲缘关系相近,聚为一簇;Hunan/2018/123毒株与谱系8.7中的tjnh1501毒株聚为一簇;Hunan/2019/055毒株独立成一簇,与谱系1亲缘关系相近。本研究掌握了湖南省PRRSV的遗传变异情况,从而为制定有效的防控策略提供了依据。     

甘肃省猪繁殖与呼吸综合征病毒流行毒株ORF5基因的遗传变异分析

为了解甘肃省地方猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV)的感染情况，对2015-2020年采集的20个猪场332份疑似PRRSV感染猪的样品，首先进行血清学检测，然后通过RT-PCR方法开展病原检测，扩增PRRSV的ORF5基因；测序后利用DNA Star软件分析获得的ORF5基因及其编码的GP5氨基酸与国内外不同PRRSV毒株的遗传进化关系。血清学检测结果阳性率为93.07%,扩增获得的PRRSV ORF5基因，经核苷酸序列比对属于PRRSV美洲型，有NADC30-like毒株和NADC34 like毒株。结果表明，当前PRRSV不同流行毒株存在一定的遗传差异，为甘肃省PRRS防控提供了科学依据。     

浙江省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的遗传变异分析

为了解2004-2009年猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) ORF5基因的变异情况,从浙江省各个地区采集了109份临床疑似病料,共检测到61份ORF5基因阳性,经序列测定得到可比序列11 7个.在核苷酸序列分析中,发现2004-2005年PRRSV ORF5序列之间同源性为83.6％～99.3％,2006年同源性最高达98.3～99.2％,2008-2009年同源性又有所降低.在氨基酸主要位点分析中,分离毒株的非中和表位27～～30位点与美洲株相比,2004-2006年大部分毒株的29 aa由A29-V29,而2007-2009年大部分毒株的29 aa又由V29-A29;在表位37～45 aa中,所有39位点处由L39”一I39;在表位80～197 aa中,从2004-2009年185 aa大部分都发生了变异,由V185-A185,第189位点由I189-L189.在蛋白生化特性分析中,发现与参考株VR2332 (AY150564)和CH la(AY032626)相比,浙江省PRRSV-GP5蛋白的第100～106位亲水性、表面可及性明显增加,抗原性指数也有所提高,而与参考毒株JX-06-2-EU480750相似.该试验结果说明随着时间的推移,PRRSV ORF5基因发生明显的变异.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF7基因的遗传变异分析

从GenBank中随机选取25株猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的全基因序列进行同源性分析并构建了基因进化树,同时对PRRSV ORF7基因序列进行遗传变异分析,发现PRRSV美洲株之间或欧洲株之间的ORF7基因相对保守,但美洲株和欧洲株的ORF7基因的核苷酸及氨基酸同源性较低.说明建立的针对N蛋白的多种检测方法在高致病性PRRSV肆虐的现今仍具有实用性.     

福建省某规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒多样性分析

为了解福建省某规模化猪场猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况和基因变异情况,从该猪场采集9份疑似感染PRRSV的猪病料进行病毒分离及分离毒株ORF5、ORF7基因扩增。结果显示,所测9个PRRSV中仅W9-2和W9-3等2株的ORF5、ORF7的核苷酸序列同源性均为100%,其他7个毒株(C1-3、C4-6、C7-9、C10-13、W7-2、W7-4和W10-1)的ORF5、ORF7核苷酸序列同源性分别为83.3%~99.2%和88.4%~100%,与参考毒株核苷酸同源性分别为78.3%~96.2%和87.9%~99.7%,表明规模化猪场至少存在8种毒株。基于ORF5和ORF7序列构建的遗传进化树显示,C1-3、C4-6、C7-9和C10-13等4个毒株为来源于NADC30-like PRRSV与HP-PRRSV的重组毒株,而W7-2、W7-4、W9-2、W9-3和W10-1等5个毒株属于NADC30-like PRRSV。说明该规模化猪场存在多种PRSSV毒株,给该猪场防控PRRS带来严峻挑战,研究结果可为PRRS的防控和新型疫苗的研究提供参考。     

浙江省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的遗传变异分析

为了解2014-2016年浙江地区猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV）ORF5基因变异情况,试验通过RT-PCR方法对从浙江省各地区采集的PRRSV阳性病料进行ORF5基因扩增,应用DNAStar和Mega 5.1软件对所测序列进行同源性和遗传变异分析。结果显示,54株2014-2016年浙江分离株ORF5序列之间核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.1%~100%和80.6%~100%,与经典株VR2332核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.8%~90.4%和81.6%~90.0%,与高致病PRRSV毒株JXA1核苷酸和氨基酸序列同源性分别为83.5%~99.5%和83.1%~99.0%。系统进化分析表明,54个毒株均为美洲型毒株,属于Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ 3个不同的基因亚型,其中基因亚型Ⅲ和Ⅳ毒株是浙江省近年来新出现的毒株。氨基酸序列分析结果显示,54个毒株在GP5蛋白的信号肽区域、非中和抗体表位的氨基酸序列变异较大,而在中和表位氨基酸序列变异较小。本研究结果表明,浙江地区PRRSV流行出现了新形势,多种基因亚型共同存在,其中以基因亚型Ⅰ毒株为主。     

2016-2017年广东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒的分子检测及NSP2、ORF5基因变异分析

为研究猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)在广东流行毒株的分子遗传变异情况和发展趋势,通过RT-PCR方法,对2016—2017年采自广东省各地906份疑似病料进行PRRSV检测,并对其中9株PRRSV的NSP2和ORF5基因进行测序及遗传变异分析。结果显示,有399份样品被检出为阳性,阳性率达到44%;通过NSP2和ORF5基因序列比对和遗传进化分析,发现广东流行毒株主要为美洲型PRRSV,且全部9株与高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(HP-PRRSV)高度同源;其中7株的NSP2蛋白存在与HP-PRRSV相同的1+29个氨基酸的不连续缺失特征;9株GP5蛋白的2个重要抗原相关区域的氨基酸位变化特征与HP-PRRSV一致,与美洲型代表株VR-2332相比变异明显。结果表明,PRRSV在广东流行的情况仍比较严重,当前HP-PRRSV依然是广东的优势病毒株,提示对PRRSV的流行和变异进行持续监测是有必要的,还应加强对其致病机理和新型疫苗研发等的深入研究。     

2015-2016年北方某省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因遗传变异分析

为了解北方某省猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行毒株的遗传变异情况,本研究对2015-2016年省内各地163家养殖场的874份PRRS疑似病料进行RT-PCR检测,并对PRRSV阳性样品的ORF5基因进行测序及变异分析.结果显示,PRRSV阳性样品共209份,阳性率为23.9%.扩增阳性样品的ORF5基因序列,并选取44条有代表性的基因序列,遗传进化分析表明,北方某省PRRSV流行毒株为美洲型毒株,其ORF5基因核苷酸同源性为82.6%~99.5%,与VR-2332、CH-1a、HuN4和JXA1、CHsx1401和NADC30株的核苷酸同源性分别为83.5%~99.3%、85.1%~95.2%、83.5%~99.3%和82.4%~96.8%.基于ORF5基因核苷酸序列绘制的遗传进化树显示,目前北方某省流行的美洲型PRRSV可分为4个亚群,其中24株属于以CHsx1401和NADC30为代表的Ⅱ亚群,19株属于以HuN4和JXA1为代表的Ⅳ亚群,1株属于以VR2332为代表的Ⅰ亚群.各毒株ORF5基因序列之间存在一定差异,但无明显地域性.本研究结果可为北方某省PRRSV遗传进化研究和疫病防控提供参考.     

2016年-2017年广东省部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的遗传变异分析

为研究广东地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)流行株ORF5基因的遗传演化情况,采用RT-PCR方法对2016年-2017年采自广东省地区猪场疑似PRRS猪肺脏组织样品中的PRRSV ORF5基因进行了扩增,并对这些毒株的核苷酸和氨基酸序列进行了生物信息学分析.结果表明,成功扩增出12株PRRSV流行毒株的ORF5基因片段.遗传演化分析表明,扩增出的毒株有10株与国内高致病性毒株亲缘关系较近,属于同一分支;2株与广东地区新报道的毒株QYYZ和GM2亲缘关系较近,属于同一分支.氨基酸序列比对结果表明,新分离的毒株在GP5抗原表位上存在广泛的变异.结果表明,该地区PRRSV毒株已经发生广泛变异.研究结果不仅揭示了广东地区流行的PRRSV ORF5基因的遗传演化特性,也为该地区PRRS的防控提供了科学依据.     

猪繁殖与呼吸综合征病毒GD-ZQ变异株的分离及遗传变异分析

用RT-PCR方法从某猪场病猪体内分离到1株猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV),命名为PRRSV GD-ZQ株,可致Marc-145细胞病变。细胞分离培育病毒至增殖性能稳定后,分别扩增分离病毒的Nsp2、ORF3、ORF5基因并测序,绘制进化树比较分析遗传进化。结果显示分离毒株的Nsp2、ORF3、ORF5基因序列与美洲型VR-2332、CH-1a等毒株核苷酸序列相似性在89.0%~95.8%之间,与欧洲毒株LV的相似性在48.2%~49.3%之间,遗传进化分析显示该毒株与CH-1a株处于同一分支,分离毒株的Nsp2序列与以HEB1为代表的PRRSV变异株相似性在98.3%~99.4%之间。该病毒在细胞盲传5代能产生稳定规律细胞病变(CPE),且第5代病毒TCID₅₀达10^-5.6／0.1 mL。进化分析结果显示GD-ZQ分离株是PRRSV变异株,具有"高热病"PRRSV毒株的变异特点,为了解PRRSV在时间上和分子水平上的遗传变异规律、变异幅度和变异范围奠定基础。     

一株猪高致病性蓝耳病病毒的分离鉴定与遗传变异分析

为研究猪蓝耳病病毒(PRRSV)的遗传进化规律,于2018年从新疆某猪场采集的病猪血液中分离了一株PRRSV,命名为XJ-b。对临床样品采用RT-PCR扩增鉴定,将阳性样品过滤处理之后接种在Marc-145细胞系进行培养,将盲传3代之后出现病变(CPE)的Marc-145样品进行间接免疫荧光鉴定。通过噬斑纯化后,利用RT-PCR对分离株的全基因组进行扩增,使用SeqMan软件对测序结果进行拼接,并根据NCBI上已公布的PRRSV全基因组及Nsp2基因核苷酸序列进行遗传进化与同源性比对分析。结果表明,临床病料RT-PCR检测呈PRRSV核酸阳性,处理后的病料接种至Marc-145细胞72 h之后产生CPE,间接免疫荧光鉴定为PRRSV抗原阳性;序列拼接显示分离株全基因组开放阅读框大小为15119 bp;全基因组和Nsp2基因核苷酸序列分析和同源性比对显示该分离毒株属于中国的高致病性PRRSV亚群。研究结果可为近年来新疆地区PRRSV的毒株差异分析提供参考。     

一株类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离及遗传变异分析

为了解广西地区的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的遗传变异及流行情况,本实验室从广西某发病猪场采集到的猪肺脏组织中检测到1株PRRSV,命名为GXNN1839,并对该毒株进行病毒的分离鉴定、GP5和Nsp2的测序分析.结果 显示:该毒株可在PAM细胞上分离增殖,有明显的细胞病变,通过IFA试验可以检测到细胞内PRR...     

两株猪繁殖与呼吸征病毒的分离鉴定及遗传变异分析

从广东省发病猪场采集的组织和血清中分离到两株PRRSV,病料经RT-PCR检测为阳性,通过Marc-145细胞进行传代,可产生明显细胞病变,通过间接免疫荧光可检测到荧光信号,两株病毒分别命名为ZH-GD株和ZS-GD株。对两株病毒的ORF5和Nsp2高变区进行序列测定和分析,结果表明,PRRSV ZH-GD株和ZS-GD株的核苷酸序列与欧洲型代表株LV株间的相似性相对较远,与美洲株经典毒株VR-2332间的相似性分别为88.6%和88.1%,与中国经典美洲毒株CH-1a间的相似性分别为94.4%和93.0%。在Nsp2上有30个氨基酸的缺失,与JXA1、XH-GD等高致病性变异株的Nsp2缺失位置一致。分离的两株PRRSV均属于美洲型的变异株PRRSV。     

2株猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离、鉴定及遗传进化分析

Two strains of porcine reproductive and respiratory syndrome viruses (PRRSV) were isolated from serum of some pig farms in Guangdong province and showed PRRSV positive in RT-PCR testing. The two viruses could passage stably and cause typical cenotaphic effect, they were named as LZ-GD and LB-GD. The analysis of variable region sequences of ORF5 and Nsp2 of the two viruses showed that LZ-GD and LB-GD strains were far to Europe strain Lelystad, the homology of nuclear nucleotide sequence were 63.5% and 63.8%, respectively, with classic American strain VR-2332 were 88.7% and 89.1%, respectively, and that with highly pathogenic JXA-1 strain were 99.2% and 99.3%, respectively. There were 30 amino acids deletion in Nsp2. It shared the deletion with JXA-1, HUN4 and other pathogenic variant. Thus, the two strains of PRRSV belonged to highly pathogenic American type.     

一株猪繁殖与呼吸综合征病毒野毒株的基因序列分析

为了解福建省福州市的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的分子流行病学情况,对从一例猪繁殖与呼吸综合征临床疑似病例中分离的PRRSV,特异性扩增了其ORF3、ORF5、NSP2片段,然后进行基因测序和分析。结果表明:该毒株NSP2编码区、ORF3基因、ORF_5基因与国内流行的PRRSV变异株核苷酸同源性分别在94.9%~97.7%、95.2%~97.7%和96.1%~96.7%。由此推断,该株由国内流行的变异毒株演化而来。     

贵州省猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的变异分析

为了调查猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因的变异情况,笔者收集了贵州省16家规模化养殖场153份疑似PRRS的样品,通过RT-PCR检测和ORF5基因序列的测定,结果表明:所有样品之间ORF5基因的同源性为98.7%～100%,氨基酸的同源性为98.5%～100%;与美洲型代表毒株VR-2332、国内标准毒株CH-1a和欧洲型代表毒株LV基因序列的同源性分别为89.2%～90%、94.8%～95.6%、59.7%～60.2%,氨基酸序列同源性分别为88.8%～89.3%、92.7%～94.2%、54.9%～55.3%,遗传衍化关系分析表明流行毒株属于美洲型.ORF5基因发生离散性变异,可以分为3个簇,与中国其他地区分离的高致病性PRRS病毒关系密切,而与早期分离的PRRS毒株关系疏远,说明猪繁殖与呼吸综合征病毒ORF5基因存在变异现象.     

陕西省部分地区PRRSV流行毒株ORF3和ORF5基因的遗传变异分析

为了解陕西省猪繁殖与呼吸综合征病毒(Porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)流行毒株的遗传和变异情况,对9份疑似感染PRRSV的病料用RT-PCR方法分别扩增ORF3和ORF5基因,并进行测序和序列分析。测序结果表明,ORF3基因在254-490和646-737位置之间发生不连续碱基突变;与GenBank已发表的国外毒株ORF3基因组比较,同源性为89.2%~94.8%,与国内发表的ORF3基因比较,同源性为88.8%~99.0%,其中与2009年陕西分离株(HQ843181.1)同源性为94.9%~98.7%,与2010年陕西株(KJ855518.1)同源性为94.9%~98.6%。ORF5基因突变主要在508-600碱基位置之间,与GenBank上已发表的国外毒株ORF5基因组比较,同源性为90.1%~92.1%,与国内发表的ORF5基因比较,同源性为89.6%~99.2%,其中与2009年陕西分离株(HQ843181.1)同源性为95.2%~98.4%,与2010年陕西株(KJ855518.1)同源性为95.2%~98.7%。ORF3和ORF5基因进化树中Wn-2、Ak-3和Tc-4毒株在同一个进化支上,之间亲缘关系近,Xy-1和Hz-5毒株分别在不同的进化分支上,与其他毒株遗传距离较远。陕西省PRRSV流行毒株的ORF5和ORF3基因组与国内PRRSV分离株相比较均有一定变异,且亲缘进化不完全相同。     

PRRSV河北地方分离株ORF5基因序列分析

为了分析河北秦皇岛和唐山部分地区流行的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因变异情况,对采集自秦唐部分地区在2009年的临床发病猪肺组织,提取其RNA,通过RT-PCR扩增样本中PRRSV的ORF5全序列,并对其进行生物信息学分析.应用DNA Star软件分析序列,系统进化分析表明,它们与国内2006年-20...