裸燕麦种质遗传完整性SSR分析中样本量的研究

利用SSR分子标记技术分析裸燕麦品种定燕9号和燕科1号的不同样本量群体对遗传参数的影响,确定适宜样本量。以10、20、30、40、50、60、70、80、90为样本量梯度,对不同样本量群体的等位基因数、有效等位基因数、香农指数等遗传参数的变化趋势进行研究,结果表明:用20对SSR引物对定燕9号、燕科1号的90个单株进行扩增,分别检测到43个、32个等位基因,平均每个位点检测到2.09个、1.60个等位基因。样本量大小与等位基因数、多态位点百分率相关。两个材料的样本量分别大于70和50时,等位基因数、多态位点百分率的"S"形拟合曲线变化趋于平缓,其他遗传参数的标准差减小。因此,定燕9号、燕科1号遗传完整性SSR分析的适宜样本量为70和50,确定裸燕麦种质在进行遗传完整性研究时所需的样本量为70。     

种子老化对扁蓿豆种质遗传完整性变化的影响

采用SSR分子标记对经老化处理的不同发芽率水平扁蓿豆种质进行遗传完整性分析,结果表明:(1)用10个有效引物对4个不同发芽率种质进行PCR扩增,共检测到25个等位基因,每个位点的等位基因数在1～4之间,平均为2.5个;(2)老化处理群体的多态性位点百分率、等位基因数、有效等位基因数、基因多样性指数、Shannon指数等遗传参数与对照相比都有所下降,表明老化处理后群体内的遗传多样性低于对照;发芽率为20%时,等位基因数呈显著性差异,说明扁蓿豆种质更新发芽率临界值在20%～40%之间;(3)SSR分子标记可以作为老化扁蓿豆种子遗传完整性变化的检测方法,对于异质种质资源材料,低的发芽率更新标准不利于种质资源遗传完整性的保持。     

利用ISSR分子标记检测老化扁蓿豆种质遗传完整性的变化

采用ISSR分子标记,对经老化处理的不同发芽率水平扁蓿豆种质进行遗传完整性分析。结果表明:用10个有效引物对4个不同发芽率居群进行PCR扩增,共检测到48个等位基因,每个位点的等位基因数为3～8个,平均为4.8个;老化处理群体的多态性位点百分率(PPB)、等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、基因多样性指数(H)、Shannon指数(I)等遗传参数,与对照群体的遗传参数相比都有所下降,表明老化处理后群体内的遗传多样性低于对照群体的遗传多样性;与对照群体相比,发芽率为20%时,各遗传参数呈极显著性差异,说明扁蓿豆种质更新发芽率临界值在20%～40%;ISSR分子标记可以作为老化扁蓿豆种子遗传完整性变化的检测方法,同时认为对于异质种质资源材料,低发芽率更新标准不利于种质资源遗传完整性的保持。     

AFLP分析人工老化对扁蓿豆遗传完整性的影响

采用AFLP分子标记对经过人工老化处理的不同发芽率水平的扁蓿豆(Trigonella ruthenica L.)种质(00-408)进行分析,以探索人工老化在分子水平上对扁蓿豆种质遗传完整性的影响。结果表明:老化处理群体的多态位点百分比、有效等位基因数、遗传多样性指数和Shannon指数均低于对照群体(P>0.05)。因此,人工老化处理使扁蓿豆种质的遗传多样性水平有所下降,但对其遗传完整性没有显著影响,由此表明扁蓿豆种质的耐贮性较强。     

蒙古冰草SSR遗传完整性分析中适宜样本量及标记数量筛选

以蒙古冰草2个自然群体为实验材料,通过对15对微卫星分子标记DNA扩增效果的比对分析,探讨遗传完整性分析研究中所需的最适宜样本量。实验设置9个样本量梯度,对不同样本量的等位基因数、杂合度等遗传参数的变化趋势分析。结果表明,样本量的大小与等位基因数(Na)、Nei's遗传多样性指数(H)呈显著相关。两份材料分别在样本量达到60和50时,各遗传参数变化较小,拟合曲线趋于平稳。综合分析表明,蒙古冰草自然群体的遗传完整性分析取样在60株以上。     

利用SSR标记分析一年生黑麦草遗传多样性的取样策略

一年生黑麦草(Lolium multiflorum)为异花授粉植物,其DNA多态性研究的取样策略与遗传多样性分析的可靠性和效率直接相关。从一年生黑麦草国家审定品种“长江2号”和“特高”中,分别提取50个单株DNA,同时提取5、10、15、20、25和30个单株叶片混合样本的DNA,利用SSR标记进行遗传多态性分析。研究结果表明,取样梯度间多态性信息含量指数(PIC)差异不显著(P>0.05),但当混合单株样本为20株时,PIC达到最高值;SSR平均等位基因数和单个SSR座位上等位基因种类随样品内单株混合数目增加而增加,当取样量在20株及以上时,等位基因数和等位基因种类趋于稳定,电泳图谱表现基本一致;不考虑稀有等位基因（基因频率≤10%）的漏检,采用20株混合样本能够最大限度保持检出较高频率（＞10%）等位基因,且重演性较好。鉴于此,利用SSR标记分析一年生黑麦草遗传多样性时采用20个单株混合样提取的DNA样本能够有效反映群体间差异。     

新疆6个地方双峰驼遗传多样性分析

利用11对微卫星引物对新疆阿克苏、和田、伊犁、克孜勒苏柯尔克孜自治州(克州)、阿勒泰、木垒6个地方共167峰双峰驼的遗传多样性、遗传分化、基因流与遗传距离间的关系进行分析,并利用遗传距离构建系统树。结果:所使用的11个微卫星座位均呈现出高度多态性,每个座位上所检测到的等位基因数为3～6个,共检测到50个等位基因,平均等位基因数和平均有效等位基因数分别为4.545 5和3.567 1个,群体平均杂合度在0.671 5～0.707 8之间,平均多态信息含量在0.609 9～0.655 1之间,因此11个座位均可作为有效的遗传标记用于评估地方双峰驼群体的遗传多样性和系统发生关系;从不同地方资源来看,约有4.36%的变异来自群体间,95.64%的变异存在于群体内个体间的差异;基因流平均值为5.486 9,说明各群体间存在或过去某个时期发生基因交流;各群体间平均遗传距离较小,为0.123 8,平均遗传一致度较高(0.884 0),从而再次证明了群体间遗传分化程度较低;基于Nei氏标准遗传距离构建了聚类关系,其结果与双峰驼起源、育成历史及地理分布情况基本一致。     

北京鸭群体遗传多样性及遗传资源分析

为研究北京鸭群体的遗传结构及遗传多样性,实验分别采集北京鸭F_0(120只)、F_1(100只)和F_2世代(100只)的血液样本,采用荧光标记毛细管电泳方法对北京鸭11个微卫星座位进行分析。结果表明:11个微卫星座位在北京鸭F_0、F_1和F_2世代的平均等位基因/有效等位基因数量分别为4.6/2.5、3.5/1.9和4.5/2.2个;平均多态信息含量分别为0.441 3、0.303 8和0.415 0;平均期望杂合度分别为0.487 7、0.363 3和0.454 2;北京鸭3个世代间的遗传变异指标差异不显著。近交系数及基因流分析结果表明,北京鸭群体3个世代近交系数较低,群体内近交系数为0.086 9,微卫星位点的平均基因流为0.934 1。总体来看,北京鸭群体遗传分化程度低,保持了北京鸭群体遗传多样性。     

湖羊的遗传多样性及保种效果评价研究

本研究采用微卫星标记技术,评估了湖州市5个保种场的湖羊遗传多样性,并对保种效果进行了分析。结果显示,5个湖羊群体间的等位基因数差异不显著,目前的保种方法保留了湖羊等位基因;5个湖羊群体各微卫星位点观测杂合度（Ho）差异极其显著,其中3个群体遗传多样性较高;期望杂合度（He）差异不显著;多态信息含量（PIC）差异不显著,且均值都高于0.5,处于高度多态,表明群体具有丰富的遗传多样性和选择潜力。进一步计算了5个湖羊群体的遗传距离,进行了聚类分析,构建了各群体的进化树,结果表明,5个群体的湖羊家系数均达到保种要求,其中4个群体杂合个体较多,可能受外源基因影响。本研究对湖羊的遗传多样性及保种效果进行了有效评估,并提出了存在的问题,有利于湖羊的种质保护和开发利用。     

四个品种猪视黄醇结合蛋白4基因的群体遗传多样性分析

为了研究不同品种猪群体的遗传多样性,挖掘群体遗传资源,采用PCR-RFLP-MspⅠ方法对573头长白猪、大白猪、北京黑猪和藏猪繁殖母猪进行视黄醇结合蛋白4(RBP4)基因的多态性检测,分析群体遗传多样性。结果表明:4个猪种群体中都存在AA、AB和BB基因型;藏猪群体中B等位基因占优势,而其余3个品种中A等位基因占优势;4个群体在该位点均处于中度多态和Hardy-Weinberg遗传平衡状态。     

湖羊保种群和商品群遗传多样性的微卫星分析

为了了解实施湖羊保种措施后群体遗传多样性状况,试验根据绵羊6号染色体遗传图谱和多胎FecB基因有关资料,选择位于绵羊FecB基因附近的6个微卫星位点(BMS2508、LSCV043、300U、GC101、Bulge5、471U)作为标记,分析其在湖羊保种群和普通商品群以及带有湖羊血统的中国美利奴肉用多胎品系杂交群中的遗传多样性。结果表明:6个微卫星位点均为多态性位点,在3个绵羊群体中分别检出34个、33个和29个等位基因,其中21个等位基因为3个群体所共有;平均多态信息含量分别为0.5054,0.4559,0.5329;保种群的有效等位基因数、遗传多样性和杂合度等均高于普通群,表明湖羊保种群具有较高的基因多样性。结果说明湖羊保种效果显著,但同时应加强稀有频率基因的保护。     

雉鸡微卫星多态性分析

利用高通量测序等手段开发了8个具有多态性的微卫星标记(ZLL-12、ZLL-14、ZLL-30、ZLL-37、ZLL-55、ZLL-56、ZLL-61、ZLL-68),以期从分子水平上研究雉鸡的遗传多样性,为雉鸡种质资源遗传多样性研究、基因定位以及分子标记辅助育种提供分子水平上的有效工具。试验结果显示:RN群体中,观测等位基因数平均为5.38,每个位点从1(zll-12)到9(zll-30和zll-68)不等,有效等位基因数平均为3.64;MX群体中,观测等位基因数平均为5.75,每个位点从2(zll-12)到10(zll-68)不等,有效等位基因数平均为3.65;D群体中,观测等位基因数平均为5.13,每个位点从2(zll-12)到11(zll-30)不等。8个位点在RN、MX、D 3个群体中,除zll-12、zll-61的PIC小于0.5外,其余6个位点的PIC值均高于0.5。     

中国华东区地方鹅种群体遗传多样性及遗传分化研究

利用25对微卫星引物对我国华东14个地方鹅种进行群体遗传多样性及遗传分化分析。通过计算多态信息含量、平均杂合度、有效等位基因数、遗传距离、基因流和F-统计量等参数,评估各品种遗传多样性和品种间遗传分化。结果表明：各座位的等位基因数为4～16。所有群体均显示较高水平的杂合度,其中,雁鹅最低,为0．5662,百子鹅最高,为0．7748。鹅品种间存在较大的遗传分化,27．5％的遗传变异来自于品种间的差异。基于DA遗传距离的NJ聚类法将14个群体划分为4类。分析遗传分化与地理距离的相关关系发现,华东地方鹅种的遗传分化与地理距离不存在显著相关。     

基于微卫星标记的香炉山鸡遗传多样性研究

为了解香炉山鸡遗传多样性丰富程度,本研究利用PCR扩增结合聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,采用21个微卫星标记对121只香炉山鸡遗传多样性进行分析。结果显示:香炉山鸡共检测出85个等位基因,平均等位基因数为4.047 6,有效等位基因数为2.955 0,Shanon指数为1.170 8,多态信息含量为0.580 7,观察杂合度为0.575 7,期望杂合度为0.637 1。可见,香炉山鸡群体遗传多样性比较丰富,群体内杂合度比较高,还存在一定的选育空间。     

平湖浆蜂与苏王1号遗传多样性的微卫星DNA分析

利用6对微卫星DNA标记对平湖浆蜂与苏王1号两个蜜蜂品种进行遗传多样性分析，评估品种内的遗传变异和品种间的遗传分化。结果表明：共检测到40个等位基因，每个位点的等位基因数从4~10不等，所有位点平均的期望杂合度和多态信息含量值分别为0.5078和0.4708。平湖浆蜂和苏王1号6个微卫星位点平均有效等位基因数分别为5.67和5.17，平均基因杂合度为0.4981和0.5007，群体分化系数为3.7％，2个品种间的Reynolds’遗传距离和Nm分别为0.03770和6.507。2个蜜蜂品种均表现出较高的群体杂合度和丰富的遗传多样性。     

江苏省野生及家养中华蜜蜂微卫星DNA遗传多样性分析

利用8对微卫星标记对江苏省野生及家养中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析，评估群体内的遗传变异和群体间的遗传分化，结果表明，共检测到31个等位基因，每个位点的等位基因数从1～7不等，平均等位基因数为3.875；所有位点平均的期望杂合度和PIC值分别为0.4424和0.4054。野生及家养中华蜜蜂群体8个微卫星位点平均有效等位基因数分别为3.83和4.17，平均基因杂合度为0.0778和0.0993，两个群体均表现出较低的群体杂合度和遗传多样性。群体分化系数为4.9%（P<0.001），两个群体的Reynolds’遗传距离和Nm值分别为0.05024和4.852。江苏省野生及家养中华蜜蜂群体均表现出较低的群体杂合度和遗传多样性水平，且有相互交流的迹象。     

甘肃现代肉羊新品种群遗传结构及遗传变异的生化遗传学研究

采用聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)研究了甘肃现代肉羊新品种群及其两个父本(波德代、陶赛特)与母本(蒙古羊)血红蛋白(Hb)、血液转铁蛋白(Tf)、后转铁蛋白(PTf)、白蛋白(Alb)、脂酶(Es)5个基因座的遗传多态性,运用群体遗传学方法统计分析了9个群体内的遗传变异,并计算了这9个羊群体间的遗传距离.结果表明这9个群体在所检测的5个蛋白(酶)位点上均存在丰富的多态;各群体的平均基因杂合度、群体的多态基因座百分数、有效等位基因数、以及Shannon信息量比较高,群体基因均质度、平均纯合度比较低.9个群体内都有较大变异,群体多样性高.B与BMF1的遗传距离最远,与BMF3遗传距离最近,遗传距离分别为0.129 7、0.044 2.D与DMF1的遗传距离最远,与DMF3遗传距离最近,遗传距离分别为0.083 0、0.043 7,B、D与蒙古羊之间的遗传距离分别为0.123 3、0.137 1,遗传距离较远.     

徐海鸡保种群体遗传多样性及保种效果分析

利用表型性状和微卫星分子标记分析方法对徐海鸡保种群体三个世代的保种效果进行评估,结果表明:三个世代保种群的外貌特征、300日龄体重、体尺及产蛋性能等差异不显著(P0.05),未见明显变异现象。20对微卫星引物分析三个世代的平均等位基因数分别为5.25、5.2和5.9,第三世代保种群的等位基因数有所上升,但与前两个世代间平均等位基因数差异不显著(P0.05)。平均多态信息含量分别为0.489、0.496和0.518,呈逐步上升的趋势,但差异不显著(P0.05)。平均期望杂合度(Ho)在0.32~0.39之间,期望杂合度(He)在0.58~0.62之间,说明徐海鸡群体在三个世代的保种过程中遗传多样性没有发生明显变化,群体处于稳定的状态,现阶段采用的保种方法很好地保持了徐海鸡的遗传多样性。     

新疆塔里木马鹿遗传多样性的微卫星分析

利用5个微卫星标记对新疆塔里木马鹿遗传多样性进行了检测。统计了塔里木马鹿3个群体的等位基因组成、平均有效等位基因数(E)和平均基因纯合率(Rh),利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)。结果表明5个微卫星位点在库尔勒、阿拉尔和沙雅县塔里木马鹿3个群体的平均多态信息含量分别为0.5884、0.5754、0.5344,除微卫星位点BM5004外均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于塔里木马鹿遗传多样性分析;塔里木马鹿三个群体总平均PIC、h、Rh和E分别为:0.5661、0.5995、0.4474和2.7。分析认为塔里木马鹿遗传变异度较高,遗传多样性相对丰富,具有较大的遗传潜力。     

利用微卫星标记分析长白山中华蜜蜂遗传多样性

利用21对微卫星标记对吉林长白山中华蜜蜂群体遗传多样性进行分析,共检测到39个等位基因,等位基因数目从1~5不等。平均等位基因数为1.8571;所有位点的平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)值分别为0.2068和0.1679。表明长白山中华蜜蜂群体遗传多样性较低。