水貂、狐狸和貉源犬瘟热病毒F蛋白信号肽区基因克隆及遗传变异分析

为了解近年来犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)在中国毛皮动物主要养殖区的流行情况及遗传变异情况,本试验于2012-2014年从山东、河北、辽宁收集疑似犬瘟热的水貂、狐狸和貉病料,经犬瘟热抗原检测试纸条检测和RT-PCR检测为阳性后,克隆测序了15株CDV F蛋白信号区(Fsp)基因序列.序列分析结果显示,15株CDV野毒株Fsp基因核苷酸序列和氨基酸序列的相似性均为93.6%~100.0%,与疫苗株相似性为80.7%~81.7%.基因系统进化分析结果显示,15株野毒株均属于中国当前流行的Asia-1基因型.氨基酸序列比对分析结果显示,Fsp蛋白在氨基酸3-14、16-37、47-67位等处存在高变异.通过对当前流行CDV野毒株Fsp基因序列分析,结果表明该Fsp基因区具有较高的变异率,可作为CDV基因分型的依据,同时本试验结果为毛皮动物犬瘟热的防控提供了参考依据.     

貉源犬瘟热病毒血凝素基因的克隆及序列分析

为了对1例貉源犬瘟热(CD)进行病毒检测并分析其血凝素H基因变异情况,本研究从1只疑似犬瘟热病死的貉采病料进行研磨,利用RT-PCR方法扩增犬瘟热病毒H基因,对扩增出的H基因片段进行克隆测序,并对得到的H基因序列进行分析。结果表明,该貉感染犬瘟热病毒,得到的H基因核苷酸和氨基酸序列与CDV野毒株同源性较高,分别为89.1%~98.0%和85.4%~97.5%。遗传进化分析表明其属于Asia-1型野毒株,N连接糖基化位点分析结果表明,该毒株在542aa处比参考野毒株多了1个潜在的N糖基化位点,在525aa-550aa间多出了1个抗原表位。     

水貂犬瘟热病毒分离鉴定及其H基因序列分析

为了解山东地区水貂犬瘟热病毒(CDV)遗传变异特征,采集水貂养殖场的发病水貂病料,通过RT-PCR鉴定为CDV阳性,将阳性病料接种Vero/Dog SLAM细胞进行病毒分离,通过间接免疫荧光、电镜负染、测序等方法鉴定,得到4株犬瘟热病毒,分别命名为WD1株、WD2株、WX1株和WX2株。分离株H基因测序结果显示,WD1株、WD2株、WX1株均为Asia-Ⅰ型,其中WD1和WD2与近几年仅在水貂和狐狸养殖场流行的新犬瘟热毒株核苷酸和氨基酸序列同源性分别为97.5%~99.2%和97%~99%;WX-1型与国内犬源HL001株的同源性最高,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.6%和99.5%;WX2与疫苗株同属于一个分支,与疫苗毒Lederle株核苷酸和氨基酸序列同源性高达99.5%和98.8%。结果表明,水貂养殖场存在多株犬瘟热病毒混合感染的情况,提醒养殖场应注意防控,该结果也为犬瘟热病毒分子流行病学积累了资料。     

水貂犬瘟热病毒核衣壳基因TaqMan荧光定量PCR方法的建立

为了建立快速检测水貂犬瘟热病毒的TaqMan荧光定量PCR方法,试验根据犬瘟热病毒核衣壳蛋白基因的保守区域设计一对特异引物和探针,优化体系反应条件,并进行敏感性试验、特异性试验、重复性试验和水貂外周血淋巴细胞感染犬瘟热病毒后的检测。结果表明:建立的TaqMan荧光定量PCR检测方法最低检出量为3.96个拷贝;与水貂细小病毒、水貂阿留申病毒均无交叉反应;批内重复和批间重复循环阈值(Ct)变异系数均小于1%;应用该方法可成功检出水貂外周血淋巴细胞中的犬瘟热病毒。说明建立的检测方法敏感性、特异性、重复性好,可以用于水貂犬瘟热病毒的临床检测。     

犬瘟热病毒H基因的序列分析与表达

以临床疑似犬瘟热病犬外周血总RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增犬瘟热病毒(CDV)血凝素(H)基因。序列测定和分析表明该病料犬瘟热病毒H基因序列与国内其他地区分离到的毒株同源性较高(94.6%~99.2%),而与Onderstepoort株、Convac株等疫苗毒株的同源性较低(90.4%~91.2%)。分子遗传进化分析显示所有毒株可分为7个大的分支,且各分支间具有一定的地域性,其中待检病料中CDV与大多数中国分离株一样处于Ⅰ型。进一步以H全基因为模板,截短表达其3′端816 bp、459 bp两个片段,并克隆入原核表达载体pET30 a进行表达。结果显示它们分别能表达大小约为36.4 ku和22.2 ku的融合蛋白。免疫转印表明该纯化蛋白均可与犬瘟热病毒抗血清发生阳性反应,说明重组蛋白具备抗原性,可用于进一步的血清学研究。     

浙江省猪流行性腹泻病毒S1基因克隆与序列分析

本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒(PEDV)的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株(ZJ16NB6)与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。     

水貂犬瘟热CDV_3疫苗株基因组序列测定及H基因遗传稳定性分析

对水貂犬瘟热CDV3疫苗株基因组进行全序列测定与分析,以阐明该疫苗株的来源亲本毒株,基因特征及H基因遗传稳定性。将CDV3疫苗株基因组cDNA分9个重叠片段进行RT-PCR并克隆入pMD 18-T载体中,测定全长cDNA序列。并与CDV野毒参考株和疫苗株N、F和H基因氨基酸序列比对分析其基因变异情况。通过对CDV3疫苗株6个不同生产批次(Vero细胞培养代次)H基因序列测定以分析毒株的分子遗传稳定性。基因序列分析结果表明:CDV3疫苗株基因组全长15 690 bp,与CDV野毒株基因组同源性较低(93.0%~95.3%)。H基因核苷酸和氨基酸序列与Lederle疫苗株(EF418783)同源性最高,分别为99.6%和98.7%。而6个不同培养代次CDV3疫苗株H基因氨基酸序列无任何差异。由此证实CDV3疫苗株的亲本毒株与Lederle疫苗株有着最密切关系,不同培养代次的CDV3疫苗株H基因具有较高的遗传稳定性。     

犬瘟热病毒山东株的分离及N蛋白基因的克隆与序列分析

本试验采用Vero细胞从临床疑似患犬瘟热的犬组织病料中分离出一株病毒,通过观察细胞病变,提取细胞培养物RNA并扩增克隆分析N蛋白基因部分序列进行了鉴定。结果表明,该毒株接种于Vero细胞后,出现了典型的细胞病变;对接种病料后的Vero细胞培养物提取总RNA进行RT-PCR扩增,得到了287 bp的目的片段;序列分析表明该分离株与犬瘟热病毒弱毒(Onderstepoort和Snyder Hill)的同源性为95.5%~96.9%,与标准强毒株(A75/17和2544/Han95)及野毒株(XJ-4、ZJ7、98-2646等)的同源性较高,为97.2%~99.0%,证明该毒株为犬瘟热病毒野毒株,命名为QD10。     

犬瘟热病毒重组H蛋白间接ELISA检测方法的建立

为建立一种检测水貂犬瘟热病毒(CDV)血清抗体的间接ELISA方法,将CDV的血凝素蛋白(H)基因的主要抗原表位片段克隆至p ET-30a-c(+)载体中,转化至感受态细胞Rosetta(DE3)中进行诱导表达,并对表达产物进行SDS-PAGE分析和Western-blot鉴定。以纯化的重组H蛋白作为包被抗原,建立了检测CDV抗体的间接ELISA方法,并证实该方法具有良好的特异性、重复性和敏感性。采用建立的方法与国外商品化的犬瘟热抗体检测试剂盒对80份血清进行检测,两者符合率为92.5%。本研究建立的间接ELISA方法为水貂抗体水平检测和评价犬瘟热疫苗免疫效力提供了简便快速的方法。     

东北虎源犬瘟热病毒H基因生物信息学分析

从GenBank数据库下载犬瘟热病毒14种基因型H基因237株序列,与3株东北虎源犬瘟热病毒序列比对之后进行同源性和位点变异分析,最后构建系统发育树。研究发现:3株东北虎源犬瘟热病毒(KC579362、KC579363和KM386683)分别属于Arctic-like和Asia-1基因型,与其他基因型毒株的同源性为89.94%~100%之间,H基因序列1 632(G→A)、1 664(C→T)、1 729(G→A)和1 795(G→A)位点的突变可能是CDV跨宿主传播给东北虎的关键突变位点。Arctic-like和Asia-1型毒株对东北虎威胁最大,H基因变异位点可为研究东北虎源序列遗传变异特征提供分子生物学依据。     

水貂源犬瘟热病毒的分离及鉴定

为了研究当前犬瘟热的流行毒株,试验选取来自辽宁省大连市疑似犬瘟热发病死亡水貂的肺脏、脾脏、肾脏等组织,将研磨匀浆后的上清液接种于稳定表达犬瘟热SLAM受体的非洲猕猴肾细胞系-Vero/DogSLAM(VDS),通过病料的处理、VDS细胞的复苏与培养、病毒的分离与培养、病毒TCID_(50)的测定、反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)的方法检测感染细胞中的病毒核酸,用序列比对的方法与已发表的犬瘟热病毒H蛋白(CDV-H)和SLAM受体结合区(RBS)序列进行比对分析,用CDV-H蛋白间接免疫荧光(IFA)的方法检测荧光蛋白表达。结果表明:在Vero/DogSLAM(VDS)细胞上接种病毒培养24 h后,80%～90%的VDS细胞出现合胞体病变(CPE),分离到的病毒TCID_(50)达到1×10~(5. 23)/(100μL),同时检测的CDV-H和SLAM受体结合区(RBS)序列比对分析一致,同源性为98%以上,在细胞质中可观察到抗CDV-H蛋白的特异性绿色荧光,RT-PCR成功扩增出H基因部分片段。说明本试验成功分离并鉴定出1株犬瘟热毒株,将其命名为LNDL(17) M4株。     

浙江省猪流行性腹泻病毒S1基因克隆与序列分析

本研究旨在分析浙江省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况,利用实时荧光定量RT-PCR方法对2015-2016年浙江省内收集的58份猪腹泻样品进行检测,设计2对特异性引物对16份来自浙江不同地区PEDV阳性样品的S1基因进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定,并应用生物信息学软件对16株PEDV浙江毒株的S1基因进行分析。结果显示,48份样品为PEDV阳性。16个毒株之间S1基因片段核苷酸和氨基酸同源性分别为93.1%~99.8%和92.4%~99.7%,与疫苗株CV777的核苷酸同源性为92.3%~95.7%,氨基酸同源性为90.7%~95.7%。与疫苗株CV777相比,15个毒株在S1基因区域存在着15个核苷酸插入和6个核苷酸缺失。系统进化分析表明,大部分毒株与国内外流行的基因Ⅱ型PEDV毒株亲缘关系较近,15个毒株与2011-2016年中国流行的基因Ⅱ型PEDV毒株核苷酸和氨基酸同源性均在96.6%以上;与早期分离的CV777株、LZC株亲缘关系较远,核苷酸和氨基酸同源性均在93.4%以下;1个毒株（ZJ16NB6）与国内外流行的S-INDEL样毒株较近,核苷酸和氨基酸的同源性较高,均在98.4%~99.5%之间。本研究结果表明,2015-2016年浙江省仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的,浙江省流行的PEDV同时存在着基因Ⅱ型和S-INDEL样毒株,但以基因Ⅱ型毒株为主。     

一例犬瘟热的诊疗报告

对一例疑似犬瘟热(CD)的病例进行诊断及治疗,分别采用胶体金试纸条检测、采用逆转录-聚合酶链式反应(R T-PCR)检测病原抗原和犬瘟热病毒(CDV)N基因序列分析。结果显示,病犬鼻分泌物经胶体金检测为CDV抗原弱阳性,RT-PCR产物大小为287 bp,此毒株N基因核苷酸序列与野毒株的核苷酸序列同源性高达96.5%~98.6%,遗传进化分析显示,该毒株与疫苗株(Onderstepoort、CDV3等)和Lederle等弱毒株不在同一分支上,而与野毒株在同一分支,说明该毒株为CDV强毒株,将此分离株命名为CDV-Hu NHY171124。采用中西结合的抗病毒治疗方案对病犬进行为期7 d的治疗,疗效不显著,病情恶化而接受安乐死。     

2012-2014年河南省猪伪狂犬病病毒gE基因和TK基因的遗传变异分析

为了解河南地区猪伪狂犬病病毒(PRV)流行株的遗传变异情况,本研究对2012-2014年14株河南PRV分离株的2个主要毒力基因gE和TK进行扩增、克隆测序和遗传进化分析。结果显示:14株河南分离株的gE基因氨基酸同源性为95.7%~99.8%,与2012年之前国内分离的毒株同源性较低(96.6%~98.9%),并在多个部位存在碱基的插入与替换,与2012年之后中国流行的毒株的同源性较高(除XX1外同源性为98.7%~99.5%);14株TK基因的氨基酸同源性为98.1%~100.0%,与疫苗株Bartha株同源性为98.1%~99.4%,与2012年之后流行株的氨基酸同源性为98.4%~99.7%。进化树分析显示:PRV流行毒株gE基因和TK基因均可分为3个群,与国内分离的大多数毒株同处于基因1群。分析结果表明:14个分离株与ZJ-01株、TJ株亲缘关系较近,与Ea株、Min-A株、LA株次之,与Becker株、Kaplan株和P-Prv株亲缘关系较远。TK基因较为保守,gE基因存在很多点突变,提示可能是当前流行毒株毒力增强从而导致当前疫苗免疫保护力下降的主要原因。     

鉴别犬瘟热病毒强弱毒株SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法的建立

为建立犬瘟热强弱毒株SYBR Green Ⅰ荧光定量RT-PCR检测方法,根据Gen Bank公布的犬瘟热毒株的全基因序列并参考相关文献,选择M基因保守区域合成了1对通用引物M1/M4及鉴别犬瘟热强弱毒株的特异引物M2和M3。试验证明,该方法重复性良好;检测强弱毒株的最低检出限度在10拷贝;对新城疫病毒、水貂肠炎病毒、阿留申病毒、犬腺病毒、犬细小病毒5种病毒的特异性检测均为阴性;对175份犬瘟热疑似病料进行荧光定量RT-PCR,检出127份阳性样品,其中强毒株98份,弱毒疫苗株29份,常规RT-PCR检出112份阳性样品。结果表明,该方法的敏感性高于常规RT-PCR检测,并能有效的鉴别强弱毒株。     

小熊猫源犬瘟热病毒全基因序列的克隆及序列分析

本研究对军事兽医研究所病毒二室分离驯化后的小熊猫源犬瘟热病毒(canine distemper virus,CDV)基因组进行全序列测定,并对其基因组特征及H基因遗传稳定性进行比较分析。根据GenBank公布的犬瘟热病毒全长基因组序列设计合成17对特异性引物,以小熊猫源犬瘟热病毒总RNA为模板,RT-PCR进行分段扩增,并克隆到pEASY-Blunt Simple载体中,经测序、拼接获得全长cDNA序列。结果显示,小熊猫源犬瘟热病毒全基因序列与GenBank登录号分别为AF014953、AY445077、AY542312、AY466011、AY386316、AF164967、EU716337、EU726268、AY443350、AB474397、GU138403和AY649446的12个不同毒株全基因序列的同源性分别为86.6%、92.4%、92.5%、92.5%、94.3%、96.3%、95.9%、87.1%、94.5%、92.3%、87.4%和94.6%,与标准强毒株A75/17株(AF164967)的亲缘关系最近,全基因同源性达96.3%,但与疫苗株Onderstepoort(AF014953)亲缘关系相对较远,同源性为86.6%。小熊猫源犬瘟热病毒H基因与其他不同地区具有代表性的30株CDV进化树分析显示,小熊猫源犬瘟热病毒属于Asia Ⅰ型,H蛋白中309－311位氨基酸残基所形成的潜在糖基化位点,为疫苗株没有而野毒株所共有的,并且可能与病毒的免疫原性有关。因此,致弱的小熊猫源CDV在预防免疫的针对性上可能强于已有的疫苗株。     

水貂阿留申病毒5个分离株的全基因测序及遗传变异分析

流行病学调查表明,水貂阿留申病是严重危害水貂养殖业的3大疫病之首。迄今为止,尚未开发出能有效防控水貂阿留申病的疫苗。本试验根据GenBank上公布的不同水貂阿留申病毒(ADV)毒株的基因序列,设计并合成了12对引物,对吉林农业大学经济动物疾病实验室已分离和鉴定且具有致病性的5株水貂阿留申病毒野毒株进行全基因测序,并将测序结果与ADV参考毒株及细小病毒亚科各属代表种的全基因序列进行核苷酸序列分析及同源性比较。结果表明,所分离5株病毒基因组大小分别为4 537、4 539、4 562、4 572、4 569bp。同源性分析结果显示,分离的5株ADV毒株与欧美毒株ADV-G、ADVUtahl、ADV-SL3的核苷酸同源性最低为92.8%,最高为97.6%。通过DNA Star软件对5株ADV的VP2核苷酸推导的氨基酸序列分析可知,所分离的5个毒株中,有61个氨基酸发生突变。ADV-DL124和ADV-DL125与ADV-G株相同,在26-35位处缺失9个氨基酸,同时在36位缺失1个氨基酸(甘氨酸)。对这些改变位点的研究可为水貂阿留申病的致病机理及水貂阿留申病基因疫苗的构建积累资料。     

犬瘟热病毒F基因克隆及序列分析

从犬瘟热病毒检测阳性的3份(KM1、KM2、KM3)病料中进行F基因的克隆测序,并与其他5株代表性参考毒株的同一基因序列进行比较(国内外流行毒株以及疫苗毒株).结果表明,KM1与KM2有95.7%的核苷酸同源性,其氨基酸序列完全相同;KM3株与KM1有1个氨基酸的差异,与参考的5株犬瘟热病毒的F基因核苷酸和氨基酸分析同源性分别为91.1%～96.5%和96.8%～100%.     

禽呼肠病毒P10、P17非结构蛋白基因的克隆及序列分析

根据GenBank上的禽呼肠病毒(ARV)S1基因序列,设计并合成了一对跨越P10和P17非结构蛋白基因的特异性引物,对13个ARV毒株进行RT-PCR扩增、克隆及序列测定。结果显示,13个ARV毒株的P10蛋白基因ORF全长均为297bp,编码98个氨基酸;P17蛋白基因ORF全长为441bp,编码146个氨基酸。这13个ARV毒株P10、P17蛋白基因核苷酸同源性分别在96.6%~100%和95.2%~99.3%之间,推导的氨基酸同源性分别在98.2%~100%和91.9%~99.0%之间。将这13个ARV毒株与GenBank上其他正呼肠病毒毒株,包括番鸭株(DRV)和飞狐上分离到的内尔森海湾病毒(NelsonBayvirus,NBV)及两个澳洲分离株(ARM-1和SOM-4)进行同源性比较和遗传进化树分析,结果表明,呼肠病毒有地域和种类的差别。     

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒山西分离株的鉴定及部分Nsp2基因序列分析

本研究采集山西省不同地区的发病猪脏器组织与血液样品,采用特异性 RT-PCR方法检测高致病性猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)样品16份,应用设计的特异性引物扩增出Nsp2基因序列,利用DNAStar生物信息学分析软件,对获得的序列与国外代表毒株VR-2332、国内代表毒株CH-1a、BJ-4、HB-1及PRRSV变异毒株HuN4和JXA1的序列进行了比较,绘制系统发生树。氨基酸序列比较分析发现山西省流行毒株同源性分别在69.8%~71.7%、85.3%~87.9%、68.7%~70.6%、91.7%~94.3%、94.3%~98.5%、95.1%~98.9%。所获得的16株病毒之间的同源性在90.9%~100%之间。研究结果发现所获得的序列同源性与国内近几年流行的PRRSV的变异毒株HuN4和JXA1毒株的序列同源性最高,分别在94.3%~98.5%与95.1%~98.9%之间,Nsp2 基因缺失位置一致,其Nsp2均有2个部位出现了缺失,即Nsp2基因分别为编码1个氨基酸的3个核苷酸的缺失和编码29个氨基酸的连续87个核苷酸的缺失,结果表明,山西省目前流行PRRSV的变异毒株与国内流行株属于同一分支。