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通过COⅠ序列相似性分析、系统发育关系分析和形态分类方法对从阿根廷进口原木中截获的火蚁属昆虫进行种类鉴定。对截获的火蚁虫体DNA进行扩增和测序,获得火蚁的线粒体COⅠ基因序列,并与GenBank中相应的火蚁属序列进行比对分析。结果表明,截获火蚁线粒体COⅠ基因序列与GenBank中Solenopsis interrupta的序列相似性为92.96%~98.39%,而与红火蚁S.invicta(EU311556)、S.saevissima(AY950779)和热带火蚁S.geminata(AY254489)的序列相似性分别为93.84%、95.85%和87.18%。以NJ法构建的系统发育树显示截获火蚁与S.interrupta最为接近,两者位于同一亚组。根据以上分析及观察结果,将截获火蚁SHCIQFA1-2鉴定为Solenopsis interrupta。 相似文献
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臭矢菜丛枝病植原体的分子鉴定研究 总被引:1,自引:0,他引:1
本实验采用DAPI荧光显微镜、PCR、克隆和测序等技术,对海南臭矢菜丛枝病样进行了检测和鉴定。以染病臭矢菜总DNA为模板应用3对植原体特异性引物进行PCR扩增,获得PCR产物为16S rDNA(1 430 bp)、16S-23S rDNA(358bp)、rp DNA(1 294 bp)。应用DNA回收试剂盒获得了3个PCR扩增片断的纯化产物,并克隆到DH5α大肠杆菌中测序。应用DNAMAN和MEGA软件对获得的序列与NCBI数据库中植原体序列进行同源性分析和构建系统发育树。结果显示臭矢菜丛枝病植原体与花生丛枝病植原体序列同源性最高,16S rDNA的序列同源性为99.9%,16S-23S rDNA高达100%,rp为99.7%,因而将臭矢菜丛枝病植原体归为花生丛枝组(16SrⅡ),根据16S rDNA的RFLP分析,将其归为16SrⅡ-A亚组。 相似文献
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荒漠植物柠条根瘤菌的抗逆性及其系统发育分析 总被引:1,自引:0,他引:1
对分离自宁夏白芨滩国家级自然保护区的62株柠条根瘤菌的耐盐性、耐酸碱性、生长温度范围和抗生素抗性进行了测定,并采用16S rDNA PCR-RFLP和16S rDNA全序列分析方法对其进行了遗传多样性及系统发育分析.结果表明:柠条根瘤菌具有较强的耐受高温和耐盐、耐酸碱能力,抗逆性较强,但仍存在菌株间差异.70.8%的菌... 相似文献
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通过对截获于澳门入境旅客携带芒果中的实蝇(SH78)进行线粒体COⅠ、COⅡ和COⅢ基因序列的扩增测序,并与GenBank中相关的序列进行比对,结果表明截获实蝇样品线粒体COⅠ基因序列和柱果小条实蝇Ceratitis cosyra(AY788421)相似性为98.87%;COⅡ基因序列与柱果小条实蝇(C.cosyra) (AY805310)和C.cosyra(AY805311)相似性分别为99.27%和98.11%;COⅢ基因序列和C.cosyra (DQ462338)相似性为89.10%。基于COⅠ和COⅡ序列构建的系统发育树中,截获实蝇样品和杧果小条实蝇最为接近。根据序列分析和系统发育关系分析的结果,将截获的实蝇鉴定为杧果小条实蝇(Ceratitis cosyra)。鉴定结果与形态鉴定结果相同。 相似文献
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瘿蚊科是双翅目昆虫中的重要类群?本研究对瘿蚊科3种昆虫—麦红吸浆虫?菊花瘿蚊和食蚜瘿蚊的核糖体DNA进行PCR扩增?克隆?测序及序列分析, 并对ITS-1在麦红吸浆虫4个地理种群中的遗传变异情况进行分析?结果表明, 从3种昆虫中获得的核糖体DNA序列包括:部分的18S rDNA(44 bp)?28S rDNA(37 bp), 全部的ITS-1(487~535 bp), 5.8S rDNA(121 bp)及ITS-2(336~352 bp)序列?3种昆虫ITS序列的碱基差异百分比在17.21%~29.59%之间, 共含有206个变异位点?ITS-1序列在麦红吸浆虫4个地理种群中比较保守, 只有4个变异位点, 单倍型多样性为0.311 7~0.796 5, 核苷酸多样性为0.000 6~0.002 2?本研究为今后瘿蚊科昆虫的分类鉴定?系统发育和遗传进化等相关研究提供了基础? 相似文献
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利用16S rDNA结合gyrA和gyrB基因对生防芽孢杆菌R31的快速鉴定 总被引:4,自引:0,他引:4
克隆16S rDNA、DNA促旋酶A亚基编码基因gyrA和B亚基编码基因gyrB对分离自石斛兰(Dendrobiumsp.)叶片的广谱抗真菌生防芽孢杆菌R31进行鉴定。首先通过生理生化测定和克隆16S rDNA序列,分析显示其属于芽孢杆菌属(Bacillus),但不能准确鉴定到种;然后分别利用克隆的gyrA基因和gyrB基因以及其BLAST分析结果构建系统发育树,最终将该菌株确定为枯草芽孢杆菌(B.subtilis)。结果显示利用16S rDNA与gyrA基因组合可以快速鉴定枯草芽孢杆菌,利用16S rDNA与gyrB基因组合可以快速鉴定枯草芽孢杆菌及其近缘种。 相似文献
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本研究对河北省大面积发生的金莲花绿变病的病原进行检测和鉴定。以金莲花叶片的总DNA为模板,使用植原体16S rDNA和核糖体蛋白(ribosomal protein)基因rp的特异性引物进行PCR扩增,在感病金莲花样品中扩增到植原体的16S rDNA(1 432 bp)片段和rp基因(1 240 bp)片段。序列分析发现,获得的16S rDNA和rp基因片段与洋葱黄化植原体Onion yellows phytoplasma(GenBank登录号:AP006628)的相似度最高,分别为99.9%和99.3%,确定金莲花绿变病的病原为植原体,暂命名为金莲花绿变植原体Trollius chinensis virescence phytoplasma。对金莲花绿变植原体的16S rDNA进行虚拟RFLP分析,发现其酶切图谱与16SrⅠ-B亚组的洋葱黄化植原体的参照图谱完全一致,相似系数1.00。16S rDNA和rp基因的系统发育进化树显示,金莲花绿变植原体与16SrⅠ-B亚组的植原体聚为一支,属于植原体16S rⅠ-B亚组。 相似文献
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文中从古尔班通古特沙漠采集的沙样中,运用96孔板有限稀释法分离出两种形态各异的微藻物种GTD8A1和GTD9C2,形态学初步鉴定分别为绿藻门小球藻目和环藻目。利用GenBank中绿藻门不同科属种类序列的18S核糖体RNA基因保守区和28S核糖体RNA基因保守区分别设计18S rDNA特异性引物和5.8S rDNA-ITS区特异性引物。以自行设计的18S rDNA特异性引物与5.8S rDNA-ITS区特异性引物分别对以上两个物种进行PCR和测序后,经blastn比对,系统发育树及遗传距离分析,结果表明GTD8A1可能与Chlo-rella sp.MBIC10595为同一个物种,GTD9C2可能为Desmodesmus multivariabilis种内的一个变种。 相似文献
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海南省木豆丛枝病植原体的分子检测及鉴定 总被引:1,自引:0,他引:1
利用植原体通用引物R16mF2/R16mR1和rp (Ⅱ) F1/rp (Ⅱ) R1对海南木豆丛枝病植原体16S rDNA和部分核糖体蛋白(ribosomal protein,rp)基因序列进行PCR扩增、克隆和测序。获得海南木豆丛枝病植原体16S rDNA基因片段为1430bp,rp基因片段为1170bp。核苷酸同源性比较和系统进化树构建表明,引起海南木豆丛枝病的植原体应属于16SrⅡ组中的亚组ⅲ。本研究首次从分子水平确定了引起我国海南木豆丛枝病的病原物为植原体,明确了其分类地位,为该病害流行学研究和防治提供了理论依据。 相似文献
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昆虫病原线虫共生菌在农业及医药领域已成为一种重要的生物活性资源。本研究通过致死的昆虫血腔和侵染期线虫直接分离线虫Heterorhabditis beicherriana的共生细菌,根据形态学特征、生理生化特性及16S rDNA序列初步鉴定为Photorhabdus luminescens,系统发育分析显示为发光杆菌属新亚种菌株。采用共生菌细菌体稀释液注射接种进行致病性测定,结果显示,每头大蜡螟幼虫接种菌量为600 cfu/mL,72 h时死亡率达到100%;24 h时LC50为213.13 cfu/mL,48 h时LC50为46.87 cfu/mL。这为研究该线虫H.beicherriana的致病机制奠定基础,以期发掘新的具有重要价值的活性资源。 相似文献
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黑龙江大豆轮作和连作土壤细菌群落多样性比较 总被引:2,自引:1,他引:1
为研究大豆轮作和连作对土壤细菌群落多样性的影响,提取黑龙江大豆轮作和连作土壤微生物总DNA,采用细菌通用引物27F和1492R扩增了土壤细菌16S rDNA片段,构建了细菌16S rDNA克隆文库,并对文库中的细菌群落多样性进行了分析。通过16S rDNA序列同源性分析,发现76.5%克隆序列与环境中未培养细菌的16S rDNA序列有较高的相似性,仅有23.5%的克隆序列与GenBank数据库中可培养细菌有较高的相似性,表明黑龙江大豆田土壤中的多数细菌尚未培养。系统发育分析表明黑龙江土壤细菌分属于6大类群,其中变形菌Proteobacteria和酸杆菌Acidobacteria所占比例较大,另有少量厚壁菌Firmicutes、放线菌Actinobacteria、芽单胞菌Gemmatimonadetes和未分类的细菌。大豆轮作土壤细菌多样性更为丰富,并以变形菌为优势细菌类群;而大豆连作土壤细菌多样性有所减少,以酸杆菌为优势细菌类群。表明黑龙江大豆田土壤中细菌多样性十分丰富,其种植方式对土壤细菌群落结构影响较大。 相似文献