4个微卫星标记在波尔山羊中的遗传多态性研究

根据比较基因组学方法,利用绵羊6号染色体上与主效多胎基因(FecB)紧密连锁的4个微卫星标记OarAE101、OarHH55、BM1329和BMS2508,对波尔山羊进行了等位基因频率、多态信息含量、有效等位基因数和杂合度的遗传检测。结果表明,4个微卫星位点在波尔山羊上多态性丰富;OarAE101基因座的多态信息含量(PIC)、有效等位基因数(Ne)、平均杂合度(He)分别为0.847 4,6.553 1和0.862 8;OarHH55基因座分别为0.767 6,4.302 9和0.796 8;BM1329基因座分别为0.841 4,6.305 2和0.857 6;BMS2508基因座分别为0.783 1,4.6104和0.8096。4个微卫星位点均为高度多态位点,可用于波尔山羊遗传多态性评估和多胎性状研究。     

利用微卫星标记分析4个猪品种的遗传结构

利用5个微卫星标记对4个猪品种(山西马身猪、大白猪、长白猪和太原花猪)的遗传结构进行了分析,计算了遗传杂合度、有效等位基因数,得到了由Nei氏标准遗传距离为基础的NJ聚类图。结果表明:大白猪与马身猪以及大白猪与太原花猪的遗传关系较远,而山西马身猪与太原花猪的遗传关系较近;山西马身猪与太原花猪的进化历史相近,大白猪与山西马身猪组合及大白猪与太原花猪的组合,可能产生较大的杂种优势。     

波尔山羊10个微卫星标记多态性分析

为了解波尔山羊群体的遗传多样性,选择了位于不同染色体上、具有较高多态性的10个微卫星标记对波尔山羊群体进行研究。结果表明:在BM1329等10个微卫星标记上共检测到145个等位基因,每个标记都检测到至少10个等位基因(平均每个标记检测出14.5个),有效等位基因数为6.4～14.9个,基因频率最高的是OarAE101标记的95 bp片段(0.239 1);10个微卫星标记的多态信息含量都在0.95以上,均为高度多态标记,遗传多样性丰富,其中BMS1591标记的多态信息含量最高,为0.995 5;各标记的观测杂合度在0.616 7～0.984 4之间,期望杂合度在0.8441～0.932 8之间,平均期望杂合度为0.894 0,属于高度杂合标记和高度杂合品种,遗传变异较大。     

微卫星标记OarFCB304和MCM53在3个绵羊品种中的遗传多态性

利用两个微卫星标记OarFCB304和MCM53对陶赛特、德克赛尔和萨福克3个绵羊品种的等位基因频率、群体多态信息含量、有效等位基因数和杂合度进行了检测。结果表明,微卫星位点OarFCB304和MCM53在3个绵羊品种中均具有高度多态性,可以用于绵羊遗传多样性的评估;位点OarFCB304比MCM53变异大;从不同品种来看,陶赛特绵羊的遗传变异程度较大,而德克赛尔羊的遗传变异程度相对较小。     

黄鳝微卫星标记筛选及其在不同性别表型群体中的遗传多态性

采用FIASCO(Fast isolation by AFLP sequences containing repeats)法进行黄鳝微卫星标记筛选并将其应用于黄鳝性别差异群体的遗传变异分析.黄鳝基因组DNA经酶切、微卫星核心序列探针杂交、T载体连接并转化至DH5a中,构建黄鳝基因组微卫星富集文库.随机挑选75个阳性克隆测序,结果发现其中20个含有微卫星序列,利用软件成功设计了15对微卫星引物,经过黄鳝基因组DNA的PCR扩增及电泳检测,筛选8对多态性微卫星引物并对黄鳝3种不同性别表型群体的基因组DNA进行PCR扫描,结果显示:在8个微卫星座位中,共检测到51个等位基因,平均每个座位的等位基因数为6.375个,等位基因频率分布为0.001 2～0.603 3;黄鳝雌性表型群体、间性表型群体、雄性表型群体的平均遗传杂合度分别为0.637 1、0.696 9、0.734 5;平均多态信息含量分别为0.565 6、0.641 6、0.685 8,表明这些微卫星标记在黄鳝不同性别表型群体的遗传多态性发生了改变,它们可作为黄鳝遗传背景分析的分子标记.     

杜洛克、长白和大约克夏纯种猪微卫星多态性分析

利用8个微卫星标记对杜洛克、长白、大约克夏、长大、杜长大5个种群的等位基因的频率、基因杂合度、平均杂合度、多态信息含量,F-统计量、迁移率以及3个纯种之间的遗传距离进行分析.研究结果表明:各群体的平均基因杂合度存在一定差异,杜长大猪群的平均杂合度高于长大猪群,高于3个纯种群的平均杂合度;3个纯种猪群中,杜洛克平均基因杂合度最低,为0.648 8,大约克夏平均基因杂合度最高,为0.723 3;平均多态信息含量也出现了相同的结果.聚类结果显示:长白、大约克夏间的距离最大,长白、杜洛克间的距离最小,表明长白与大约克夏交配后与杜洛克杂交产生的杂种优势最大,这与实际的杂交组合一致, 遗传距离可以预测杂种优势.Fst衡量等位基因频率群体间方差,显示群体总变异的约有3.9%～11.4%来自种群间,而剩余的88.6%～96.1%则来自种群内, Fst可以作为选育程度的一个指标.     

利用微卫星标记分析6个鲤鱼群体的遗传差异

为了评估和合理利用鲤种质资源,选出13个微卫星位点对框镜鲤、黑龙江鲤、荷包红鲤、兴国红鲤、黄河鲤和建鲤进行遗传多样性分析。结果显示:13个微卫星位点在6个鲤鱼群体中共检测出142个等位基因,所检测到的等位基因片段长度在116～280bp。各鲤鱼群体的平均观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)分别在0.564～0.705和0.611～0.776;13个位点在6个鲤鱼群体中平均多态信息含量(PIC)在0.573～0.749。固定系数(FIS)分析表明,只有建鲤群体表现为杂合子过剩(平均FIS<0),其他5个鲤鱼群体表现为杂合子缺乏(平均FIS>0)。试验结果表明,这6个鲤鱼群体多态信息含量丰富,遗传多样性水平较高,具有较大的选育潜力。群体间的遗传距离和聚类分析显示,框镜鲤与兴国红鲤亲缘关系最远,黄河鲤与建鲤的亲缘关系最近。     

14个微卫星标记分析巢湖麻鸭群体的遗传多样性

利用14个微卫星标记分析安徽省地方品种巢湖麻鸭群体的遗传多样性.结果表明,14个微卫星标记在巢湖麻鸭群体中共检测出48个等位基因,每个基因座平均等位基因数为3.43个,各个基因的基因频率分布在0.0265-0.9735之间,14个微卫星座位的多态信息含量在0.1866-0.9471之间,有效等位基因数为2-6个,基因遗传杂合度变化范围为0.0516-0.8054.群体遗传结构显示巢湖麻鸭核心群存在一定的遗传多样性,可用于巢湖麻鸭的定向选育.     

麦洼牦牛群体4个新微卫星位点遗传多态性分析

【目的】利用4个新分离的牦牛基因组多态微卫星位点,分析麦洼牦牛的遗传多态性及群体的遗传分化特征。【方法】以130个麦洼牦牛个体基因组DNA为模板,PCR扩增Bogr203、Bogr204、Bogr205和Bogr215 4个微卫星位点序列,通过测序进行基因分型,根据基因型计算各个位点的多态性,并推断麦洼牦牛群体的遗传分化特征。【结果】麦洼牦牛群体在4个微卫星位点具有较高的遗传多态性,平均观察杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别达到0.626,0.800和0.751;通过Structure软件能够较明确地将麦洼牦牛群体区分为2个亚群,这与麦洼牦牛分布地域广泛有较大关系,但各个亚群的牦牛个体及其分布区域还需要进一步研究。【结论】麦洼牦牛品种具有较高的遗传多态性,并可能分化为至少2个亚群。     

微卫星标记MCM38在波尔山羊及其级进杂交后代中的遗传多态性的研究

利用经筛选的与产肉性能相关的微卫星引物MCM38,对波尔山羊及其与关中奶山羊级进杂交后代的MCM38基因座进行了多态性分析,分析检测了纯种和F1-F3代中该位点的等位基因频率、杂合度、多态信息含量和有效等位基因数。结果表明,微卫星标记MCM38在波尔山羊及其级进杂交后代中都存在丰富的多态性,其中以F1代多态性最丰富(PIC=0.8441)。本研究表明微卫星标记MCM38可作为肉用山羊生长发育性状候选基因的标记辅助选择,也可为波尔山羊的杂交改良、杂种优势利用、后代标记辅助选择(MAS)提供试验依据。     

五种微卫星DNA标记在肉牛群体中的研究

选择了分布在牛的4条染色体上的5个微卫星DNA标记IDVGA-2,IDVGA-27,IDVGA-46,IDVGA-55及TGLA-44,分析其在所供牛群体中的多态分布情况。结果表明,每个位点的等位基因个数及多态信息含量值分别为12/0.82,5/0.58,8/0.70,6/0.57和11/0.86。全部标记经半同胞家系检验,均符合孟德尔遗传规律。     

草原红牛微卫星标记的研究

选用草原红牛30头作为试验牛群体,经过牛血液基因组DNA的提取、8对微卫星引物的PCR扩增、扩增产物的聚丙烯酰胺电泳分型、计算机凝胶成像分析系统分析各位点等位基因及全部个体的标记基因型、PPAP3.0软件计算基因频率、多态信息含量(PIC)和杂合度等步骤从分子水平上分析了草原红牛在8个位点的遗传多态性。结果表明,IDVGA2、IDVGA46、TGLA44、BM1824、ETH225、BM2113、IDVGA44和IDVGA55等位基因数分别为6、6、6、4、4、2、6和4,多态信息含量分别为0.722 3、0.749 3、0.671 3、0.584 9、0.671 5、0.508 9、0.761 2和0.596 5,这8个位点均为高度多态位点。8个位点作为遗传标记应用于草原红牛遗传育种研究是可行的。     

白唇鹿的微卫星遗传多态性分析

为科学评价、保护和利用白唇鹿资源,采用微卫星DNA标记技术,从牛微卫星引物中筛选出13对引物对38头白唇鹿进行遗传多样性分析。结果显示,共检测到39个等位基因,其中位点RT1、RT13、CSSM19呈单态性;其余10个位点中,多态信息含量(PIC)和杂合度(He)分别为0.049 9～0.652 6,0.051 9～0.702 8,白唇鹿群体的平均PIC为0.320 2,平均期望He为0.396 5。Shannon信息指数(I)为0.121 7～1.369 3,平均为0.694 2。位点NVHRT48的3项指标都最大,说明其变异水平最高,具有明显的遗传优势。3项指标都表明白唇鹿群体属于中度多态性,应加以重点保护和合理利用。研究结果进一步验证了PIC与He的相关性。     

利用新开发的SSR标记分析花生栽培种的多态性

采用12份花生栽培种材料,对通过建库、筛库、杂交富集的策略开发设计出来123对SSR引物进行评估,并基于品种间简单匹配系数进行聚类分析。研究表明有44对SSR引物能产生多态性片段,总共获得176条带,其中107条(60.8%)为多态性带。平均每对引物产生4条带,2.43条为多态性带,多态性条带的比率为11.1%～100%,PIC值为0.245～0.886,平均为0.677;根据聚类结果显示,在简单匹配系数值为0.85处,根据SSR带型12个花生品种可分成3个品种群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)。研究结果表明,新开发的44对SSR引物在分析花生栽培种DNA多态性方面非常有用。     

利用微卫星标记分析鸵鸟遗传多样性

随机采取无直接亲缘关系的68只鸵鸟血样,采用微卫星标记技术对鸵鸟20个微卫星座位进行遗传多样性检测。结果表明,有3个座位(CAU13、CAU36、CAU46)没有多态性,其他17个座位(LEI0094、CAU5、CAU7、CAU8、CAU11、CAU14、CAU15、CAU16、CAU17、CAU22、CAU23、CAU24、CAU32、CAU34、CAU42、CAU43、和CAU57)共检测到142个等位基因,平均每个座位上等位基因数为8.3529±1.2803,平均期望杂合度及多态信息含量分别为0.8468±0.1368和0.8213±0.0321。鸵鸟群体内存在丰富的遗传变异,遗传多样性较高。     

盐津乌骨鸡微卫星DNA多态性研究*

 筛选了33对微卫星引物对盐津乌骨鸡的53个个体进行了遗传多样性检测分析，共检测到136条DNA片段，每个座位观察等位基因数从2个到8个不等，群体等位基因数平均为4.12个，平均有效等位基因数为3.18，平均杂合度和平均多态信息含量分别为0.623 2和0.571 2。以上数据表明：盐津乌骨鸡群体遗传多态性较高。     

枣瘿蚊微卫星标记筛选及微卫星多态性分析

【目的】研究枣瘿蚊基因遗传变异程度,分析基因多态性。【方法】从枣瘿蚊部分基因组序列中搜索SSR并设计相应引物,挑选引物48对进行有效筛选。枣瘿蚊样本来自新疆阿拉尔市、昆玉市、且末县等地区,以枣瘿蚊DNA为模板进行PCR扩增,筛选特异性微卫星引物;通过琼脂糖凝胶电泳进行定性检测,再以毛细管电泳检测其多态性。【结果】有42对引物能扩增出条带,选择其中20对特异性较好的引物进行多态性分析。观测杂合度(Observed heterozygosity,Ho)、期望杂合度(Expected heterozygosity,He)和多态信息含量(PIC)平均值分别是0.358、0.649和0.635,其中18对引物PIC值＞0.5,具有较高的多态性。【结论】开发的微卫星标记多态性较高,可用于枣瘿蚊种群遗传多样性及遗传结构研究。     

利用微卫星标记对3个绵羊品种肉用性状多态性的研究

[目的]研究3个绵羊品种肉用性状的多态性。[方法]利用微卫星标记技术研究新疆地区无角陶塞特、萨福克与中国美利奴绵羊群体的遗传多态性,并对所列举微卫星位点的多态性进行统计分析。[结果]所测3个绵羊群体的基因频率分布不均匀,其有效等位基因数在12～15,不同等位基因间片段大小的差异不等。3个品种绵羊群体的变异程度很高,各绵羊品种的杂合度为0．8214-0．9252。所选4个微卫星座位均表现出了高度多态性,多态信息含量（PIC）为0．7923～0．9167,是普遍适合于绵羊肉用生产性状的多态标记。[结论]该研究为进一步寻找与生产性能相关的遗传标记提供了理论依据。