5个乌骨鸡品种线粒体 ND6基因遗传多样性及系统进化分析

采用PCR扩增与核酸测序技术相结合的方法对5个乌骨鸡品种(丝羽乌骨鸡、东乡绿壳蛋鸡、金湖乌凤鸡、余干乌骨鸡和竹丝鸡)线粒体DNA的 ND6基因全序列进行检测。结果表明：5个乌骨鸡品种的 ND6基因序列全长为522 bp,共计检测到8个核苷酸多态位点,界定8个单倍型,单倍型多样性、核苷酸多样性和平均核苷酸差异分别为0.720±0.012、0.002 91±0.000 92和1.518。中介网络图分析显示,5个乌骨鸡品种单倍型呈星状发散分布。系统发育分析发现,丝羽乌骨鸡单独聚为一支,其他品种乌骨鸡聚为一支。遗传距离分析表明,竹丝鸡和丝羽乌骨鸡遗传距离较远,母系来源不同。该研究结果为中国乌骨鸡遗传资源的种质保护、品种选育和鉴定工作提供参考。     

基于线粒体Cytb基因和D-loop区的野生与养殖小黄鱼群体遗传多样性

为研究野生与养殖小黄鱼群体的遗传多样性,基于mtDNA Cytb基因和D-loop控制区对舟山嵊泗海域(SS)和象山三门口海域(SMK)2个小黄鱼野生群体和1个养殖群体(YZ)的遗传结构与遗传分化等进行比较分析。序列分析结果显示,Cytb基因序列为841 bp,其A+T含量(50.2%)与C+G含量(49.8%)相似;D-loop区序列为629～635 bp, A+T含量(58.9%)远高于C+G含量(41.1%)。SS、SMK和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为26、27和12,SS和SMK群体共享2个单倍型(Hap1和Hap13),SMK和YZ群体共享1个单倍型(Hap41);SS、SMK和YZ群体D-loop区的单倍型数分别为27、30和10,SS和SMK群体共享1个单倍型(Hap4)。多样性分析结果显示,3个群体均属于高单倍型多样性(H_d>0.5),其中,SS和SMK群体单倍型多样性和核苷酸多样性高于YZ群体,表明野生群体多样性略高于养殖群体。遗传分化指数显示,2个小黄鱼野生群体间的分化程度极小,而养殖群体与野生群体间存在中度分化。遗传分化指数和A...     

文昌鸡线粒体DNA控制区序列遗传多样性分析

运用PCR产物直接测序的方法对海南省文昌市90只文昌鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。用CLUSTAL X 1.81软件进行序列比较,其中38只个体共检测到27个核苷酸多态位点,全部为转换无颠换,序列突变率为5.29%。用DnaSP软件估计出序列存在16个单倍型,单倍型多样度(Hd)为0.935,核苷酸多样度(π)为0.01479,平均核苷酸差异数(k)为7.541。运用Mega4.0软件计算出不同个体间的遗传距离,并据此构建了NJ系统树。文昌鸡样品在NJ无根树上聚为4大分支。研究结果表明,文昌鸡群体内个体序列变异程度较大,遗传多样性丰富,揭示文昌鸡在遗传组成上具有4个母系来源。     

绵羊线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析

利用PCR-SSCP技术对8个绵羊群体的806个个体的线粒体DNA控制区(D-loop)5′端部分序列进行遗传多样性分析,以探讨山西省的3个绵羊品种(系):山西肉用绵羊母本品系、山西细毛羊和晋中绵羊与其它国内外品种的遗传多样性差异。共检测出6种单倍型,依次记为A、B、C、D、E和F。杜泊和大尾寒羊的主单倍型分别为B和E,其他群体均为F。单倍型多样度以考力代最低,为0.109;其它7个群体的单倍型多样度都较高,最高的为杜泊,达0.741;山西肉用绵羊、山西细毛羊和晋中绵羊的单倍型多样度分别为0.579、0.724和0.624。主成分分析显示山西肉用绵羊和小尾寒羊聚在一起,表明其间亲缘关系较近,与其它6个国内外品种遗传关系较远。     

关中奶山羊线粒体Cyt b基因遗传多样性研究

测定了关中奶山羊品种10个个体的细胞色素b基因全序列(1 140bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况,结果表明:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中10个变异位点上观察到17次T-C间的碱基转换,除了有1次T-C间碱基转换发生在密码子第1位点以外,其余的16次碱基转换都发生在密码子第3位点,均为同义突变;观察到5种单倍型,单倍型多样度为0.756。并以绵羊为外群构建系统发生树(NJ树),结果显示:关中奶山羊有2个母系起源,其中支系A占90%(9/10),支系B占10%(1/10)。     

贵州麻羊mtDNA Cytb基因遗传多样性分析

对贵州麻羊13个个体线粒体DNA细胞色素b基因全序列进行直接测序比对。结果表明,山羊线粒体细胞色素b基因全长为1140bp,T、C、A和G碱基的平均含量分别为26．8％、28．2％、31．9％和13．1％,碱基组成的百分比中显示出G的相对缺乏,A＋T含量（58．7％）比G＋C（41．3％）含量高;总共发现6个变异位点,分别为174、576、594、721、852、1068;观察到3种单倍型;构建了16个山羊个体的N-J树,显示贵州黔北麻羊存在2个母系起源。     

基于线粒体Cytb序列的广东地区大刺鳅群体遗传多样性分析

为了解广东地区大刺鳅遗传多样性特征,采集广东地区6个水系（西江、北江、东江、鉴江、漠阳江、韩江）193尾大刺鳅样本,测定其线粒体Cytb序列,并利用MEGA 6.0软件碱基组特点和遗传距离、DNAsp 5.0软件分析各群体的多样性水平和Network 5软件绘制单倍型网络关系图。结果表明：大刺鳅Cytb序列长度1 138 bp,在193尾大刺鳅的Cytb序列中,A、C、T、G占比分别为25.9%、32.7%、27.7%和13.6%,遗传距离为0.000 2～0.013 1,遗传分化指数为0.035～0.866。6个大刺鳅群体共存在38个核苷酸变异位点,定义了20个单倍型,单倍型多样性为0.782,核苷酸多样性约为0.007 2。基于线粒体Cytb序列构建的NJ树显示,广东地区的大刺鳅种群分为Ⅰ和Ⅱ两支。其中,支系Ⅰ包含了西江、北江、鉴江和漠阳江群体的部分样本以及东江和韩江群体的全部样本;支系Ⅱ包含了西江、北江、鉴江和漠阳江群体的部分样本。单倍型网络分析显示,西江水系的群体与东江、韩江以及漠阳江群体的亲缘关系较近,而北江群体与东江、西江群体间遗传分化较大。AMOVA分析表明,77.09%...     

贵州黑山羊mtDNA Cytb基因遗传多样性分析

[目的]研究分析了贵州黑山羊mtDNACytb基因的遗传多样性,为贵州黑山羊遗传资源的保护、开发及利用奠定分子遗传学方面的基础。[方法]测定贵州黑山羊品种16个个体的细胞色素b基因全序列,分析其碱基组成和序列间碱基的变异。[结果]在该品种(群体)中观察到6次T-C间发生碱基转换,其中有5个碱基替换发生在密码子第3位点,有1个碱基替换发生在密码子第1位点,且所有的变异均为同义突变;观察到4种单倍型。单倍型多样度(H)为0.442,核苷酸多样度(π值)为0.145%+0.159%。以绵羊为外群构建分子系统发生树,结果初步提示,贵州黑山羊有两个母系起源,其中支系A占81.25%(13/16),支系B占18.75%(3/16)。[结论]贵州黑山羊有两个母系起源(支系A和支系B),且该品种线粒体DNA多态度较为贫乏。     

基于线粒体DNA D-loop区的肉鸡品种遗传多样性和起源分析

[目的]探讨不同生长速度鸡品种(配套系)线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性和起源特性,为肉鸡品种选育和溯源提供理论依据.[方法]以不同生长速度的8个黄羽肉鸡配套系(中快速型5个、慢速型3个)、2个地方鸡种(固始鸡、藏鸡)、2个引进鸡种(隐性白羽鸡、安卡鸡)、1个白羽肉鸡(罗斯308)、817杂交肉鸡以及1个高...     

板栗品种线粒体SSR遗传多样性分析

本试验通过对来自水稻和马铃薯的16对具有多态性的线粒体SSR引物进行筛选,得到2对适用于板栗的具有多态性条带的线粒体SSR引物。利用这2对多态性引物对76个板栗品种进行遗传多样性分析。结果表明2个多态性SSR位点检测到4个等位基因,平均每个位点产生2.0个等位基因。应用NTSYS2.10软件中的UPG-MA方法,对数据进行聚类分析,获得板栗资源线粒体SSR聚类图。结果表明:在相似系数0.15处可以将板栗种质资源按亲缘关系分成3组。     

我国6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因遗传多样性分析

以我国地方鸡品种为研究对象，测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ（COⅠ）基因部分序列，分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明：6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点，占分析位点总数的3．52％；6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0．7274，核苷酸多样度平均为0．352％，品种间核苷酸分歧度为0．283％～0．791％。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。     

海南中华蜜蜂线粒体DNA的遗传多样性

采用线粒体DNA tRNAleu-COII片段的序列分析方法,对海南16个样点的715群中华蜜蜂(Apis cerana cerana)进行遗传多样性研究,明确了海南中华蜜蜂线粒体DNA tRNAleu-COII片段序列的遗传多样性及单倍型的分布特点.结果共发现48种单倍型,其中新发现43种单倍型.共检测到38个变异位点,包括12个单一多态位点、23个简约信息位点、1个插入位点和3个缺失位点.海南中华蜜蜂单倍型多样度为0.742±0.017,平均核苷酸差异数为1.248,核苷酸多样度为0.00354±0.00013,这表明海南中华蜜蜂线粒体DNA tRNAleu-COII片段具有丰富遗传多样性.海南中华蜜蜂普遍在117位点发生G→A的转换,发生比例为74.27%.     

基于线粒体控制区分析固始鸡遗传多样性和起源进化

为探究固始鸡遗传多样性和母系起源,以73只固始鸡为试验素材,通过PCR扩增和测序技术,获得固始鸡线粒体DNA控制区全序列,并与19条红色原鸡序列构建系统发育树。结果表明：固始鸡mtDNA控制区全长为1 231或1 232 bp, 1 231 bp个体在859 bp处存在C缺失。73只个体共发现15处单核苷酸多态位点,为6种单倍型。遗传多样性分析表明,固始鸡平均核苷酸差异数(K)为5.287,核苷酸多样度(Pi)为0.004 29±0.000 13,单倍型多样度(Hd)为0.600±0.034。系统发育分析显示,6种单倍型可分为A和C 2个分支,A分支与原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)聚为一类,C分支与原鸡印度亚种(Gallus gallus murghi)、原鸡滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)、原鸡指名亚种(Gallus gallus gallus)以及原鸡印尼亚种(Gallus gallus bankiva)聚为一类,推测固始鸡可能有多个母系起源。这一研究为从分子水平探究固始鸡遗传资源保护和开发利用提供参考。     

西畴乌骨鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析*

 为了从母系遗传角度深入阐明西畴乌骨鸡的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了36只西畴乌骨鸡的线粒体DNA D-loop区第I高变区520 bp序列。结果表明：在所分析的西畴乌骨鸡D-loop区序列中,T,C,A和G平均含量分别为30.3%,29.7%,27.4%和12.6%;共检测到核苷酸变异位点26个,核苷酸多样度为0.01452±0.00098;D-loop区序列存在12种单倍型,单倍型多样度为0.884±0.027,表明西畴乌骨鸡遗传多样性较丰富。聚类分析显示西畴乌骨鸡聚为A,B两大支,其中,A世系分为3小支,B世系分为2小支,说明西畴乌骨鸡在母系血统上存在较大遗传分化。     

南方鲇16SrRNA基因片段序列差异及遗传多样性分析

从5个种群南方鲇(Silurus merdionalis)线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)扩增出约600 bp的16SrRNA基因片段,经Clustal X同源排序后得540 bp序列.用PopGen 32软件计算遗传距离和遗传一致度,且对5个种群16SrRNA基因片段序列遗传关系进行聚类分析.结果表明:18个个体间的遗传距离变化为0～0.000 9,遗传一致度变化为0.999 1～1;在长江上游支流中,南方鲇不同种群间在该基因片段上基本没有差异,只有乌江种群与其他种群有2个碱基差异;长江中游支流的洞庭湖种群与长江上游支流的各种群间在该基因片段存在一定差异;5个种群16SrRNA基因片段序列遗传关系聚为3支,其中,雅砻江、岷江、宜宾3个种群聚为1支,乌江种群聚为1支,洞庭湖种群聚为1支.     

下司犬线粒体DNA的遗传多样性研究

为调查下司犬种群的遗传资源,采用PCR扩增和测序方法获得10只下司犬线粒体D-loop序列,发现其D-loop 5' 端高变区Ⅰ 582bp碱基序列的A+T含量明显高于G+C含量,表现出强烈的反G偏倚.并于下司犬高变区Ⅰ序列检测到11个多态位点,构成7种单倍型,单倍型多样性为0.867,说明下司犬线粒体D-loop的单倍型类型丰富,但其高变区Ⅰ的核苷酸多样性(Pi=0.00519)和平均核苷酸差异(k=3.002)却提示,下司犬的遗传多样性较低.聚类分析结果显示,中国家犬有3个母系来源,下司犬起源于Clade Ⅰ并与藏獒的亲缘关系最近,因此藏獒可用于对下司犬的选育和复壮.     

利用多重PCR分析丝羽乌骨鸡遗传多样性

以丝羽乌骨鸡为材料,在家鸡1号染色体和Z染色体上分别选取15对和5对微卫星标记,应用多重PCR技术对140只试验个体的基因组DNA进行了扩增,结果表明,所选用的20对微卫星引物中,除MCW0101和MCW0181因扩增效果不理想而剔除外,其余18对标记均表现出丰富的多态性,所有结果都能重复.18对微卫星引物平均检测到6.83个等位基因(5～8个),平均杂合度和多态信息含量分别为0.833和0.805.其结果可作为进一步QTL定位和标记辅助选择研究的参考.     

我国6个地方鸡品种线粒体CO I基因遗传多样性分析

以我国地方鸡品种为研究对象,测定6个地方鸡品种线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因部分序列,分析COⅠ基因序列的多态性。结果表明:6个地方鸡品种线粒体COⅠ基因序列有22个突变位点,占分析位点总数的3.52%;6个地方鸡品种单倍型多样度平均为0.7274,核苷酸多样度平均为0.352%,品种间核苷酸分歧度为0.283%~0.791%。6个地方鸡品种的COⅠ基因序列具有较高的遗传多样性。     

基于线粒体DNA COⅠ~COⅡ分析云南省东方蜜蜂遗传多样性

为探讨云南省东方蜜蜂的遗传多样性,本研究以线粒体DNA COⅠ~COⅡ区间基因片段为指标,利用生物信息学软件分析了云南省6个采样点共179群东方蜜蜂的遗传多样性。结果显示:(1)所得线粒体DNA片段的碱基长度为760 bp,碱基组成为:A为40.4%,T为42.4%,C为10.7%,G为6.5%,表现出A+T偏倚性;(2)共发现28个变异位点,其中,简约信息位点18个,单一多态位点10个;(3)定义了29种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.884和0.002 69;(4)聚类分析结果显示云南省东方蜜蜂无明显遗传分化现象,与国内重庆、甘肃、北京等地亲缘关系较近,与台湾地区亲缘关系较远;与国外的韩国、日本亲缘关系较近,而与马来西亚等地的亲缘关系较远。     

基于Cytb基因的秆野螟属（Ostrinia）昆虫遗传多样性及其系统发育研究

为阐明秆野螟属(Ostrinia)昆虫遗传多样性、系统发育及其种间亲缘关系,为秆野螟属昆虫的物种分化与鉴定研究奠定理论基础,利用DNAMAN 8.0、PAUP 4.0和MEGA 7.0等生物信息学软件对我国秆野螟属8个物种线粒体Cytb基因的碱基组成、碱基变异和偏向性等进行了分析,分别利用最大似然法(ML)、贝叶斯法(BI)和最大简约法(MP)重建其系统发育关系。结果表明:线粒体Cytb基因序列长度为1146bp,碱基组成和密码子碱基分布都表现出较强的AT偏向性;种间保守性位点1051个,可变性位点95个,变异率为8.29%;亚洲玉米螟6个不同地理种群间Cytb基因碱基差异位点0～4个,遗传距离在0～0.0052之间;种间遗传距离在0.0009～0.0698之间;所有样本Cytb基因的碱基替换随着遗传距离的增大呈现出明显的线性关系;利用ML、BI和MP法构建的系统发育关系基本一致,即8种秆野螟属昆虫分为亮大支系,虎杖螟单独形成一支系,亚洲玉米螟等7种螟虫聚在一起形成另一支系。秆野螟属昆虫线粒体Cytb基因序列多样性低,种间界限不明显;进化关系与传统分类结果基本一致。