地黄花叶病毒河南分离物检测鉴定及其MP序列分析

2019年夏,在河南温县中草药园内发现种植的地黄呈现疑似病毒侵染所表现出的褪绿、花叶等症状,采集该样品,用Trizol法提取地黄样品总RNA,分离其siRNA,并进行文库构建和siRNA高通量测序。将测序结果经接头去除、拼接组装后(Velvet Software 0.7.31,k=17),与NCBI数据库中序列进行核酸比对分析,发现该样品中存在着地黄花叶病毒(Rehmannia mosaic virus, ReMV)和瓜类褪绿黄化病毒(cucurbit chlorotic yellows virus, CCYV)的部分片段。通过RT-PCR确认该样品存在ReMV的侵染,使用商业化的ELISA试剂盒进一步确认该样品被ReMV侵染过。进一步克隆ReMV河南分离物的MP序列,并结合NCBI数据库中发布的该病毒MP序列,构建了基于MP序列的ReMV河南分离物系统发育树。该研究丰富了ReMV群体的传播范围及其基因组遗传信息,为后续ReMV的深入研究奠定了基础。     

云南省烟草花叶病毒和黄瓜花叶病毒外壳蛋白基因克隆及序列分析

以从云南省主要烟区烟草上分离到的烟草花叶病毒（Tobacco mosaic virus, TMV）和黄瓜花叶病毒（Cucumber mosaic virus, CMV）的RNA为模板,采用RT-PCR技术,对TMV云南分离物（TMV-YN）的外壳蛋白（Coat protein,CP）基因及3’端非编码区和CMV云南分离物（CMV-YNa）的CP基因进行了cDNA克隆和序列测定。结果表明,TMV-YN的cDNA全长684个碱基（EMBL登录号为AJ239099）,通过GenBank进行同源性比较发现：其5'端的480个碱基为CP基因,编码159个氨基酸;3'端的204个氨基酸为非编码区;此CP基因与TMV-U1株系和TMV韩国普通株系核苷酸同源性均为100%。CMV-YNa的CP基因全长657个碱基（EMBL登录号为AJ239098）,编码218个氨基酸;此CP基因与CMV亚组 I 的CMV-RB株系、CMV-117F株系和CMV-Y株系的核苷酸同源性分别为96%、93%和92%。     

黄瓜花叶病毒强毒株外壳蛋白基因克隆和序列分析

在辣椒上分离到一株黄瓜花叶病毒分离物CP310，对其进行14种寄主植物生物学反应测定，发现CP310在心叶烟、克里夫兰烟等植物上表现致死症状，在番茄、烟草表现为植株明显矮化。根据已报道的黄瓜花叶病毒外壳蛋白基因序列合成引物，采用常规RT-PCR方法对其外壳蛋白基因进行扩增并克隆，序列分析结果显示：该分离物外壳蛋白基因全长657个核苷酸，编码218个氨基酸，其核苷酸和氨基酸序列与所比较的CMV亚组I的分离物有很高的同源性，分别为91．0％～94．7％和96．0％～98．2％．与CMV亚组Ⅱ的同源性分别仅为76．6％～78．0％和76．0％～78．9％。     

西瓜花叶病毒(WMV)外壳蛋白基因克隆及序列分析

[目的]研究新疆甜瓜主栽区西瓜花叶病毒(WMV)外壳蛋白的分类地位,以及与国内外分离株亲缘关系.[方法]田间采集具有西瓜花叶病毒症状的幼嫩叶片,利用改良的TRIZOL总RNA提取法获取RNA,进一步分离纯化、克隆及测序,将测序结果利用BLAST、DNAMAN 5.0、CLUSTAL X、MEGA 5.0 EXPASY、TM-HMM等软件进行碱基和氨基酸序列比对,以及疏水性平均值、脂肪系数、亲缘关系等分析.[结果]序列比对发现8个地区WMV病毒外壳蛋白核酸序列的5'端保守性较高,碱基和氨基酸序列相似性分别达到86.25;和93.01;,存在部分碱基和氨基酸突变,相似性较高.[结论]通过分子进化树可得出新疆8个分离物之间亲缘性关系较近,同源性较高,与国内外其它地区的亲缘性关系较远、同源性较低.     

芜菁花叶病毒山东分离物外壳蛋白基因的克隆及序列分析

 从山东省3地市感病的白菜和萝卜上分离到芜菁花叶病毒6个分离物，将其分别命名为TuMV-SD1、TuMV-SD2、TuMV-SD3 、TuMV-SD4、 TuMV-SD5和TuMV-SD6。利用RT-PCR克隆了这6个分离物的外壳蛋白基因，测定了它们的核苷酸序列，并进行了序列分析。结果表明，6个分离物的CP基因均为867个碱基，核苷酸序列同源性较高, 达97.0%～99.4%；它们与World-B组分离物的同源性最高，达91.8%～100%；与Brassica- Raphanus (BR) 致病型分离物的同源性次之，在89.1%～91.0%之间；与basal-B组分离物的同源性最低，仅86.0%～90.3%。基于TuMV的CP基因核苷酸序列的分子进化树显示，TuMV分离物可分为4组，本研究所分离到的6个TuMV山东分离物属于第四组，即world-B组。用分离到的6个TuMV分离物对已获得的转TuMV CP基因的抗病毒大白菜进行攻毒试验。结果表明，尽管作为转基因的CP基因与这6个分离物的CP基因只有88.2%～88.9%的同源性，但转基因大白菜对这6个分离物均具有明显抗性。     

烟草花叶病毒蚕豆分离物移动蛋白基因克隆及序列分析

根据已报道的ＴＭＶ Ｕ１株系（ＴＭＶ－Ｕ１）的序列设计了特异性引物,利用ＲＴ－ＰＣＲ技术,从烟 草花叶病毒蚕豆分离物（ＴＭＶ－Ｂ）上扩增移动蛋白（ＭＰ）基因及其邻近序列。将此ｃＤＮＡ片段克隆于 ｐＢｌｕｓｃｒｉｐｔ ＳＫ质粒上,进行测序分析。结果表明：ＭＰ基因由８０７个核苷酸组成,编码２６８个氨基酸。与 ＴＭＶ－Ｕ１的ＭＰ基因序列比较,核苷酸序列及推导出的氨基酸序列的同源性分别为９９．０１％和 ９８．８９％。与ＴＭＶ－Ｙｕ的ＭＰ基因序列比较,同源性分别为９８．１４％和９８．８９％。说明ＴＭＶ的ＭＰ基因 在不同株系中是非常保守的。     

黄瓜花叶病毒山东分离物外壳蛋白基因的克隆及序列分析

对侵染烟草的黄瓜花叶病毒(CMV)山东分离物(SD1)的外壳蛋白(CP)基因进行克隆和序列分析。根据已报道的黄瓜花叶病毒外壳蛋白基因序列合成两条寡聚核苷酸引物,用免疫捕捉PCR的方法对黄瓜花叶病毒的外壳蛋白基因进行了扩增。将所得的PCR产物通过T4DNA连接酶连接到pET-22b(+)载体上,并转化大肠杆菌DH5α。序列分析表明:CMV-SD1的CP基因全长657bp,编码218个氨基酸;其核苷酸序列与黄瓜花叶病毒亚组Ⅰ的分离物有极高的同源性,达92.7%~94.9%;与亚组Ⅱ的同源性仅为59.3%~59.5%;由此将CMV-SD1分离物归属于CMV亚组Ⅰ。     

烟草花叶病毒蚕豆分离物移动蛋白基因克隆及序列分析

根据已报道的ＴＭＶＵ１株系（ＴＭＶ－Ｕ１）的序列设计了特异性引物,利用ＲＴ－ＰＣＲ技术,从烟草花叶病毒蚕豆分离物（ＴＭＶ－Ｂ）上扩增移动蛋白（ＭＰ＿基因及其邻近序列,将比ＣＤＮＡ片段克隆于ｐＢｌｕｓｃｒｉｐｔＳＫ质粒上,进行测序分析,结果表明ＭＰ基因由８０７个核苷酸组成,编码２６８个氨基酸,与ＴＭＶ－Ｕ１的ＭＰ基因序列比较,核苷酸序列及推导出的氨基酸序列的同源性的９９．０１和９８．８９％,与ＴＭＶ     

甘蔗花叶病毒南城分离物外壳蛋白基因序列测定及分析

从江西南城甘蔗病株中获得1个甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)分离物,命名为SCMV-NCH。根据SCMV外壳蛋白(CP)基因N-端和C-端保守序列设计引物,对SCMV-NCH的CP基因进行RT-PCR扩增、克隆和测序,获得924个核苷酸(nt),推断编码308个氨基酸(aa)的近全长CP基因序列。与SCMV亚组SCMV、高粱花叶病毒(SrMV)、玉米矮花叶病毒(MDMV)、约翰逊草花叶病毒(JGMV)、玉米花叶病毒(ZeMV)、白草花叶病毒(PenMV)等6种病毒代表性株系外壳蛋白氨基酸序列同源性比较结果显示,SCMV-NCH与SCMV的同源性最高(86.2%),与其他5种病毒同源性相对较低(56.4%~72.2%)。与SCMV13个分离物外壳蛋白氨基酸序列进行同源性比较并构建关系树,结果显示SCMV-NCH与我国浙江2个分离物(Yuhang和Xiaosh)具有最近的亲缘发生关系。     

菜豆黄花叶病毒外壳蛋白(CP)序列分析

以菜豆黄花叶病毒分离物、蚕豆、豌豆为试验材料,进行了菜豆黄花叶病毒外壳蛋白(CP)序列分析。结果显示,目标片段中包含819 bp的外壳蛋白序列,编码273个氨基酸。分离物的外壳蛋白基因核苷酸和推导编码蛋白质的氨基酸序列的同源性分别为98.7%~99.9%和98.9%~100.0%。与65个菜豆黄花叶病毒外壳蛋白进行序列同源性和系统进化树分析的结果表明,菜豆黄花叶病毒青海蚕豌豆分离物与云南蚕豆分离物同源性最高。外壳蛋白的序列特征揭示,NAG为菜豆黄花叶病毒中病毒的蚜传相关基序。     

水稻条纹病毒云南分离物CP基因克隆及序列比较分析

 对采自云南保山、楚雄、石林和宜良等4地的水稻条纹叶枯病感病稻株,提取病叶总RNA,经RT-PCR扩增,获得4个RSV云南分离物的CP基因片段。序列测定表明,该片段长999 bp,其中CP基因由969个核苷酸组成,编码322个氨基酸。与其它已报道的RSV分离物CP基因进行同源性比较,发现我国RSV分离物可以划分为2个不同的组,大部分RSV云南分离物为一组,其它的RSV 分离物为另一组。以RSV-CXi分离物的CP与纤细病毒属的其它5种病毒的CP进行氨基酸同源性比较,结果表明RSV与MStV亲缘关系最近,而与RGSV亲缘关系最远。     

云南烟草花叶病毒外壳蛋白基因的分离克隆及序列分析

从云南弥勒县采集典型病株接种蔓陀萝植斑分离,经免疫电镜（ＩＥＭ）鉴定为ＴＭＶ;在烤烟品种红花大金元上以ＴＭＶ普通株作对照进行致病率测定,确定为强毒株系,以烟草花叶病毒（ＴＭＶ）云南强毒株系ＲＮＡ为模板,根据国外研究结果,自行设计,合成寡核苷酸为引物,通过ＰＴ－ＰＣＲ体外扩增,得到约５００ｂｐ的ＤＮＡ片段,将其克隆到Ｅ．ｃｏｌｉＤＨ５０上,并进行了序列分析。分析表明,该基因含４７７个核苷酸,编码１５     

地黄花叶病毒的分子检测

设计了能同时检测Re MV、TMV和ToMV的简并引物,利用RT-PCR的方法对我国不同地区的地黄病毒样品进行了检测。共克隆了25个病毒样品的外壳蛋白(CP)基因,序列测定结果表明,24个病毒样品均是Re MV,其相近病毒TMV未检测到,ToMV仅在一个野生地黄样品上检出,说明Re MV在我国栽培地黄和野生地黄上普遍存在。     

基于外壳蛋白核酸序列的中国黄瓜绿斑驳花叶病毒分离物起源分析

以直接从中国进口源性葫芦种子中提取的总RNA为模板,经RT-PCR扩增获得种子上携带的黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)的外壳蛋白(CP)基因(LHP,Liaoning cucurbits seed protein ),将其克隆到pMD18-T载体上进行序列测定.结果表明该CP基因(GenBank登陆号:DQ997778)由483个核苷酸组成,编码161个氨基酸.对包括该分离物在内的19个CP基因核苷酸序列进行同源性比较和系统进化树构建,并结合寄主来源及地域来源进行LHP的起源分析,结果表明黄瓜绿斑驳花叶病毒不同分离物的序列分群和进化关系与上述两个因素无明显关系.     

烟草黄瓜花叶病毒宿州分离物CP基因的序列分析及亚组鉴定

黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)是严重为害中国烟草生产的主要病毒之一,它是雀麦花叶病毒科黄瓜花叶病毒属(Cucumovirus)的典型成员,是世界上分布最广、造成经济损失最大的植物病毒之一[1],已成为病毒研究领域内的一种模式生物.CMV主要由蚜虫以非持久方式进行传播[2],侵染烟草后,常表现为花叶黄化、植株矮化及坏死等.     

芜菁花叶病毒外壳蛋白基因克隆及其在大肠杆菌中的表达

本文报道采用反转录酶一聚合酶链式反应，体外扩增芜菁花叶病毒外壳蛋白基因及其克隆，并在大肠杆菌中获得表达的结果。从杭州市郊区感病的油菜上分离到一致病力极强的芜菁花叶病毒分离物，提纯后，经５０ｎｇ／ｍｌ蛋白酶Ｋ和０．５％ＳＤＳ处理，苯酚／氯仿和氯仿抽提两次，酒精沉淀，获得了纯化的病毒ＲＮＡ，该ＲＮＡ与ｏｌｉｇｏ（ｄＴ）１３退火后，在ＡＭＶ反转录酶的作用下合成了单链ｃＤＮＡ，然后加入用以扩增ＴｕＭＶ－Ｃ     

大麦黄矮病毒合肥分离物的鉴定及CP基因进化分析

[目的]为了明确合肥地区大麦黄矮病毒株系种类及分子变异情况。[方法]利用生物学手段和RT-PCR方法鉴定了2009年采自合肥地区的19个分离物,并测定了分离物的外壳蛋白基因（CP基因）的序列。[结果]合肥地区的12个分离物被鉴定为BYDV-PAV,CP基因序列比对发现核苷酸一致性为95.8%～99.7%。系统进化树分析得知,12个合肥分离物序列聚类到一个分支上,它们与中国分离物PAV-CN（AY855920）的CP基因亲缘关系最近。[结论]掌握合肥地区大麦黄矮病毒的株系分布及分子变异情况,对指导该地区小麦黄矮病的抗性育种和防治工作有着非常重要的意义。     

烟草扭脉病毒外壳蛋白基因克隆及序列分析

烟草丛顶病是近年来在云南省西部的保山、大理等各大烟区频繁爆发流行的一类新的烟草病害。Ｍｏ等认为云南发生的这类病害与津巴布韦发生的由幽影病毒属 (Ｕｍｂｒａｖｉｒｕｓ)的烟草丛顶病毒 (Ｔｏｂａｃ ｃｏｂｕｓｈｙｔｏｐｖｉｒｕｓ,ＴＢＴＶ)引起的烟草丛顶病是同一种病。ＳＭＩＴＨ等认为烟草丛顶病由两种病毒———ＴＢＴＶ及黄症病毒科 (Ｌｕｔｅｏｖｉｒｉｄａｅ)的烟草扭脉病毒(ｔｏｂａｃｃｏｖｅｉｎ ｄｉｓｔｏｒｔｉｎｇｖｉｒｕｓ,ＴＶＤＶ)复合侵染引起。自然界幽影病毒属病毒主要依赖黄症病毒科病毒作为辅助病毒进行蚜…