黄鳝胃瘤线虫线粒体cox1基因的多态性研究

为了解渝西地区黄鳝胃瘤线虫分离株线粒体细胞色素C氧化酶第I亚基(cox1)的遗传变异情况及与其他科线虫的种群遗传关系,本研究对该地区黄鳝胃瘤线虫cox1部分序列进行了克隆测序和进化分析.结果表明渝西地区6株胃瘤线虫分离株的cox1序列长度一致,均为441bp;各分离株之间的相似性为97.5%~100%.种系发育树表明,6个胃瘤线虫分离株均位于同一分枝.由于胃瘤线虫cox1序列种内相对保守,种间差异较大,故可作为种间遗传变异研究的标记.本研究结果为胃瘤线虫的分类鉴定以及进一步的分子流行病学调查和群体遗传研究奠定了基础.     

安徽3株柔嫩艾美耳球虫cox1基因部分序列的比对分析

为研究柔嫩艾美耳球虫不同地理株的线粒体细胞色素c氧化酶第1亚基(cox1)基因与球虫种群之间的遗传关系,以安徽3个地区的3株柔嫩艾美耳球虫为研究对象,通过卵囊的分离与纯化获得纯种虫株,然后应用PCR技术对柔嫩艾美球虫3个地理株的cox1序列进行扩增,并与GenBank上登录的鸡柔嫩艾美耳球虫、巨型艾美耳球虫、布氏艾美耳球虫和堆形艾美耳球虫虫株的相应序列进行比对分析。结果显示,每个虫株都成功扩增出800 bp左右的cox1部分有效序列(pcox1),与柔嫩艾美耳球虫pcox1序列种内无差异,pcox1相应序列种间的差异程度为9.9%～14.9%。表明柔嫩艾美耳球虫的cox1序列可作为艾美耳球虫种间遗传变异研究的标记,为进一步研究艾美耳球虫的群体遗传学特性和耐药性奠定了基础。     

二化螟线粒体cox1基因的克隆、序列测定和分子系统学分析

[目的]克隆并分析二化螟线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因（cox1）。[方法]利用PCR方法扩增了二化螟线粒体cox1基因,并测定了其全序列。通过检索GenBank数据库获得了其他21种鳞翅目昆虫的cox1序列,并进行了同源性比较和分子系统学分析。[结果]cox1基因编码框包含1531个核苷酸,编码510个氨基酸的蛋白;起始密码子为CGA,终止密码子仅由一个T组成。利用ML方法构建了基于cox1基因编码氨基酸序列的鳞翅目昆虫的分子系统树,发现分子系统树与从形态学角度的系统分类在大方面上是基本一致的,但也略有差异。[结论]为进一步研究cox1基因的表达和应用奠定了基础。     

二化螟线粒体cox1基因的克隆、序列测定和分子系统学分析

[目的]克隆并分析二化螟线粒体细胞色素c氧化酶亚基I基因（cox1）。[方法]利用PCR方法扩增了二化螟线粒体cox1基因,并测定了其全序列。通过检索GenBank数据库获得了其他21种鳞翅目昆虫的cox1序列,并进行了同源性比较和分子系统学分析。[结果]cox1基因编码框包含1531个核苷酸,编码510个氨基酸的蛋白;起始密码子为CGA,终止密码子仅由一个T组成。利用ML方法构建了基于cox1基因编码氨基酸序列的鳞翅目昆虫的分子系统树,发现分子系统树与从形态学角度的系统分类在大方面上是基本一致的,但也略有差异。[结论]为进一步研究cox1基因的表达和应用奠定了基础     

基于 cox1基因全序列的癞蝗科部分类群系统发育关系分析

该研究测定了我国癞蝗科7属11种昆虫细胞色素氧化酶 I（cox1）基因全序列,并联系从 GenBank下载的贺兰短鼻蝗、红缘疙蝗的 cox1基因全序列进行序列分析,结果表明,除宽纹蠢蝗外 cox1基因全序列均为1534 bp,其中有326个变异位点,211个简约信息位点;A+T平均含量为67.1%,碱基组成具有AT偏斜;遗传距离分析发现,遗传距离0.08可以将癞蝗科很好的分为4个组。以飞蝗为外群,用 NJ、MP、ML和贝叶斯法重建了癞蝗科的系统发育树,结果显示,锯癞蝗亚科的短鼻蝗属、突鼻蝗属、疙蝗属和贝蝗属4属8种蝗虫聚为一支,但短鼻蝗属的单系性未得到支持,癞蝗亚科的2种笨蝗聚为一支,蠢蝗亚科的宽纹蠢蝗为一支,与形态分类学将我国癞蝗科分为3个亚科的结果一致。锯癞蝗亚科的2种波腿蝗组成一支,没有和锯癞蝗亚科的其他种类聚在一起,波腿蝗属的分类地位有待进一步研究。     

基于cox1基因全序列的癞蝗科部分类群系统发育关系分析（英文）

该研究测定了我国癞蝗科7属11种昆虫细胞色素氧化酶I(cox1)基因全序列,并联系从Gen Bank下载的贺兰短鼻蝗、红缘疙蝗的cox1基因全序列进行序列分析,结果表明,除宽纹蠢蝗外cox1基因全序列均为1 534bp,其中有326个变异位点,211个简约信息位点;A+T平均含量为67.1%,碱基组成具有AT偏斜;遗传距离分析发现,遗传距离0.08可以将癞蝗科很好的分为4个组。以飞蝗为外群,用NJ、MP、ML和贝叶斯法重建了癞蝗科的系统发育树,结果显示,锯癞蝗亚科的短鼻蝗属、突鼻蝗属、疙蝗属和贝蝗属4属8种蝗虫聚为一支,但短鼻蝗属的单系性未得到支持,癞蝗亚科的2种笨蝗聚为一支,蠢蝗亚科的宽纹蠢蝗为一支,与形态分类学将我国癞蝗科分为3个亚科的结果一致。锯癞蝗亚科的2种波腿蝗组成一支,没有和锯癞蝗亚科的其他种类聚在一起,波腿蝗属的分类地位有待进一步研究。     

扩展莫尼茨绦虫蛋白激酶C相互作用蛋白(PICK1)基因的克隆及序列分析

[目的]分离和鉴定扩展莫尼茨绦虫(Monieziaexpansa)新基因,为进一步研究该基因的功能奠定基础.[方法]构建扩展莫尼茨绦虫成虫cDNA文库,随机挑取重组阳性克隆进行测序,对部分序列进行引物步移法测序,获取其全长cDNA序列;采用生物信息学等分析技术对该cDNA序列进行开放阅读框(ORF)的寻找、编码氨基酸的推导、核苷酸和氨基酸同源性比较及蛋白质二级结构的初步预测.[结果]获得了1个扩展莫尼茨绦虫新基因蛋白激酶C相互作用蛋白,全长1 527 bp,编码447个氨基酸,CDS预测存在明显的BAR,PDZ结构域.编码蛋白的理论分子质量为50.173 3 ku,等电点为5.22.[结论]获得了扩展莫尼茨绦虫蛋白激酶C相互作用蛋白的全长cDNA序列,为该基因功能的试验性鉴定工作奠定基础.     

绵羊夏柏特线虫线粒体cox1基因的克隆及进化分析

以从我国陕西省泾阳县山羊大肠中采集的5条绵羊夏柏特线虫为研究对象,用通用引物JB3及JB4.5扩增绵羊夏柏特线虫的线粒体细胞色素c氧化酶第一亚基（cox1）基因部分序列（pcox1）,并用pcox1序列构建其与其它线虫的进化关系。 将测序获得序列应用ClustalX 1.81程序进行比对,然后用PAUP程序MP法构建系统发育树。所获得的5个绵羊夏柏特线虫样品pcox1序列长度均为393bp。种系发育分析表明,5个分离株绵羊夏柏特线虫位于同一分枝。由于绵羊夏柏特线虫的pcox1序列种内相对保守（0.5%-2.0%）,种间变异显著（9.4%-18.8%）,因此cox1序列可作为种间变异研究的可靠遗传标记。本研究系首次报道绵羊夏柏特线虫的pcox1序列,从而为进一步研究夏柏特线虫的种群遗传变异奠定了基础。     

基于线粒体cox1、nad1和rrn L基因探讨马圆线科线虫间的亲缘关系

为探讨马圆线科线虫（圆线亚科和盅口亚科）间的亲缘关系,对长伞杯冠线虫（Cylicostephanus longibursatum）、冠状冠环线虫（Coronocyclus coronatus）、细口杯环线虫（Cylicocyclus leptostomus）、拉氏杯口线虫（Poteriostomum ratzii）、麦氏副杯口线虫（Parapoteriostomum mettami）和无齿圆形线虫（Strongylus edentatus）6种线虫的线粒体cox1、nad1和rrnL基因进行扩增,与同科相关线虫进行比较分析。然后以线粒体cox1、nad1和rrnL串联序列为标记基因,采用贝叶斯法（Bayesian inference,BI）构建进化树来探讨圆线科线虫间的亲缘关系。结果显示,研究中6种线虫的cox1序列长度均为1 578 bp,nad1的序列长度除无齿圆形线虫为879 bp外,其余均为873 bp,rrnL序列长度均不同,大小为959～980 bp。6种线虫的cox1、nad1和rrnL的AT含量分别为67.55%～69.71%、71.36%～73.83%和80.88%～...     

猪PGC1基因PCR-RFLP多态性研究

通过PCR-RFLP方法,检测外来品种大约克猪和江苏省地方品种梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪以及培育品种苏钟猪共144头,结果表明,PGC1基因序列经AluⅠ酶切后存在AA、AT和TT 3种基因型,其中大约克猪中AA基因型占优势,A等位基因频率为0.7;江苏省地方品种猪中,TT基因型占绝对优势,T等位基因频率平均为0.99,梅山猪和二花脸猪均为TT型。PGC1基因的PCR-RFLP基因型分布χ2检验结果表明,大约克猪与苏钟猪、梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪差异极显著;苏钟猪与梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪差异极显著;梅山猪、二花脸猪、姜曲海猪三者之间无显著性差异。     

黄鳝性腺差异表达基因的筛选和克隆

运用ACP—DDRT—PCR技术筛选和克隆了黄鳝不同发育时期性腺组织的差异表达基因。结果显示：利用2个随机ACP引物筛选到2个表达差异显著的基因,并对这2条差异表达片段进行克隆、测序分析,获得这2个基因的部分cDNA序列,长度分别为408bp和421hp。同源性分析结果显示其中一个基因与黄鲈卵巢cDNA文库中的一个基因（Gene BankNo．G0657149．1）高度同源;而另一个基因无同源性序列,视为新报道的基因。进一步半定量RT—PCR检测,结果显示：这两个基因在黄鳝卵巢和间期性腺中的表达差异显著,因此推测其在黄鳝性腺发育以及性逆转过程中起着重要作用。     

黄鳝性腺差异表达基因的筛选和克隆

运用ACP—DDRT—PCR技术筛选和克隆了黄鳝不同发育时期性腺组织的差异表达基因。结果显示：利用2个随机ACP引物筛选到2个表达差异显著的基因,并对这2条差异表达片段进行克隆、测序分析,获得这2个基因的部分cDNA序列,长度分别为408bp和421bp。同源性分析结果显示其中一个基因与黄鲈卵巢cDNA文库中的一个基因（GeneBankNo．G0657149．1）高度同源;而另一个基因无同源性序列,视为新报道的基因。进一步半定量RT—PCR检测,结果显示：这两个基因在黄鳝卵巢和间期性腺中的表达差异显著,因此推测其在黄鳝性腺发育以及性逆转过程中起着重要作用。     

名特水产养殖对象黄鳝免疫基因的研究现状

通过检索黄鳝核苷酸序列,分析黄鳝已经克隆出的免疫相关的基因.主要免疫基因有MHC、细胞间粘附分子、硒蛋白、肝抗菌肽、补体成分等;与疾病相关的酶类有弹性蛋白酶、醛缩酶、肽基脯氨酰异构酶等;Y-box结合蛋白、抗增殖蛋白、泛素蛋白等蛋白也参与免疫反应.     

3个外种猪Nramp1基因多态性研究

采用PCR-RFLP方法,对3个外种猪群Nramp1基因第6内含子序列多态性进行了检测。结果表明,在3个外种猪群中均仅检测到AB和BB2种基因型,其中AB基因型为优势基因型,BB基因型为数极少,未检测到AA基因型。卡方检验结果表明,3个外种猪群该位点均处于遗传不平衡状态（P〈0.01）。群体中该位点杂合度较高、纯合度较低,具有中度遗传多态性,可在后续的育种方案中实施分化选择和培育,为抗病育种提供遗传素材。     

黄鳝抗菌肽hepcidin基因cDNA的克隆及表达分析

根据已知鱼类抗菌肽hepcidin的同源性设计简并引物,利用同源克隆结合RACE法从黄鳝(Monopterus albus)肝脏中扩增得到了黄鳝hepcidin基因全长cDNA序列(GenBank accession number FJ436808).结果表明,黄鳝hepcidin基因cDNA全长712 bp,5′端非翻译区有133 bp,3′端非翻译区有306 bp,包含1个273 bp的开放阅读框,编码1个长90氨基酸的前体肽.同源性分析表明,黄鳝hepcidin推测的氨基酸序列与其他鱼类报道的hepcidin具有较高的同源性,并具有8个半胱氨酸这一典型特征,是hepcidin家族的1个新成员.采用半定量PCR法对该基因在健康成体不同组织的转录本和脂多糖(LPS)对该基因表达的影响进行了分析.结果发现,该基因在肝脏中表达量最高,其次是肾脏,在心脏、皮肤、脑、血液、小肠、脾脏和胃中的表达量较低,而在肌肉中没有检测到该基因的转录本;LPS注射24 h后,各组织的hepcidin基因表达量都有明显升高.     

黄鳝载脂蛋白apoAI基因的克隆及序列分析

以黄鳝(Monopterus albus)肝脏为研究材料,提取总RNA,利用同源克隆技术获得了黄鳝的载脂蛋白apoAI基因的部分编码区(GenBank登录号:HQ603782)和3′UTR,其cDNA序列长度为1 145 bp,其中编码区长度为772 bp,编码256个氨基酸.序列同源性分析表明,黄鳝的apoAI基因的...     

普通枇杷和栎叶枇杷APETALA1同源基因的克隆和序列分析

分析植物花分生组织特征基因APETALA1(AP1)同源基因的保守区序列,设计特异引物;用PCR方法从枇杷栽培品种香钟11号和野生种栎叶枇杷基因组DNA中各扩增出1个350 bp左右的片段;将该片段分别克隆到pUCm-T载体.测序和序列分析结果表明获得了枇杷AP1同源基因的片段.该基因片段的序列在2个不同种的枇杷间差异较小,均含有2个内含子,特别是外显子部分只有1个碱基的差别;编码区共编码36个氨基酸,氨基酸序列也只有1个氨基酸的差异.其序列已经在GenBank中登记(登录号分别为AY549306和AY571786).同源性比较发现该基因片段与其他作物中已经报道的AP1同源基因的同源性大都在80%以上,特别是与同属于蔷薇科的苹果的同源性最高,达到91%(栽培种)和94%(野生种),推测它们具有相似的功能.     

猪圆环病毒Ⅱ型ZZ株ORF1基因的扩增测序与序列分析

合成一对猪Ⅱ型圆环病毒(PCV-2)ORF1基因特异性引物,对分离到的郑州分离株(ZZ株)猪圆环病毒PCV-2型的ORF1基因进行了扩增,经测序后,将所测序列与已公布的35株PCV-2ORF1序列进行同源性比较,并绘制系统发育进化树。结果显示,所测毒株间的ORF1基因核苷酸同源性为97.3%～100%;进化树分析表明各分离毒株ORF1基因在进化上比较保守。同时对PCV-2OFR1部分功能进行分析,发现该基因蛋白具有良好的抗原性。     

H1N2亚型猪流感病毒NS1基因的克隆与序列分析

从鸡胚尿囊液中提取H1N2亚型猪流感病毒的RNA,设计一对特异性引物,采用反转录-聚合酶链反应成功地扩增了NS1基因。将NS1基因的cDNA克隆后进行了序列测定,所扩增的片段包含了完整的NS1基因的开放阅读框,并将该毒株与参考毒株进行了核苷酸及氨基酸序列同源性比较分析。     

扩展莫尼茨绦虫β微管蛋白基因的克隆及序列分析

[目的]从扩展莫尼茨绦虫中克隆β微管蛋白基因,进行序列测定和生物信息学分析,为进一步研究该基因的功能奠定基础.[方法]构建扩展莫尼茨绦虫成虫cDNA文库,随机挑取重组阳性克隆进行测序,对部分序列进行引物步移法测序,获得其全长cDNA序列;采用生物信息学等技术对该cDNA序列进行开放阅读框(ORF)的寻找、编码氨基酸的推导、核苷酸和氨基酸同源性比较以及蛋白二级结构的初步预测.[结果]获得了1个扩展莫尼茨绦虫新基因——β微管蛋白基因,全长1571 bp,编码444个氨基酸,与日本血吸虫的β微管蛋白氨基酸序列具有78.6;的同源性.编码蛋白的理论分子量为49.6 ku,等电点为4.96;1 -4位氨基酸MREI为β微管蛋白转录后调控信号,140～146位GGGTGAG存在一个微管蛋白标志信号片段,在99～106位和391～410位存在两个典型的β微管蛋白保守区;亚细胞定位分析其为细胞的骨架蛋白.[结论]获得了扩展莫尼茨绦虫β微管蛋白基因的全长cDNA序列,为该基因功能的实验性鉴定工作奠定基础.