驼背鲈线粒体细胞色素b基因的序列分析

采用PCR—DNA测序技术,对驼背鲈线粒体DNA细胞色素b（Cytb）基因全序列进行分析。获得长度为1141bp的Cytb基因片段,序列碱基组成平均是T为29．1％,C为32．3％,A为23．2％,G为14．0％,A＋T的碱基百分比总体上略大于C＋G,平均值分别是52．3％和46．3％。与其它鱼类相同基因片段碱基序列含量相似。在由核苷酸推导的氨基酸中,亮氨酸（Leu）所占的比例最高,为16．03％。     

二倍体泥鳅线粒体细胞色素b基因的序列分析

对二倍体泥鳅的线粒体细胞色素b基因进行PCR扩增和正反测序,在5个个体中均得到序列一致的细胞色素b基因片断,长度为1140bp,A、T、G、C含量分别为313（28％）、358（31％）、170（15％）、300（26％）,A＋T〉C＋G,与其他水生动物相同基因片段碱基序列含量相似,该基因中密码子第1位核苷酸中4种碱基组成较为均衡;第2位核苷酸中T的使用率较高,为33．4％,G的使用率较低,为17．1％;密码子第3位A的使用率高,为34．2％,而G的使用率较低,仅为7．9％;由泥鳅细胞色素b基因片断推导出对应的氨基酸序列,在氨基酸序列中Leu占11．％,远高于其他氨基酸。     

基于线粒体细胞色素b基因片段序列变异探讨3种鲳属鱼类系统进化

对鲳属3种鱼类共19个个体的细胞色素b（Cytb）基因进行PCR扩增,经比对校正得到1123bp的基因片段,共检测到141个变异位点,总变异为12.56%,5个简约信息位点,未出现插入和（或）缺失,序列中转换（Transition）明显多于颠换（Transversion）。鲳属3种鱼类19个序列共检测到11种单倍型,其T、C、A和G平均含量分别为29.1%、30.5%、27.4%和13.0%。（A＋T）%为56.5%,大于（G＋C）43.5%。结合来自GenBank中的鲳科的中间低鳍鲳Peprilus medius和星斑真鲳Stromateus stellatus的相应同源序列,并以长鲳科的刺鲳Psenopsis anomala作为外群,构建系统进化树。结果显示,翎鲳和中国鲳亲缘关系较近,二者与银鲳亲缘关系较远,同为鲳科的鱼类聚类后再与作为外群的刺鲳相聚。系统进化树显示,银鲳为3种鲳属鱼类中较早分化出的种,刺鲳位于进化树的基部,是较鲳属鱼类更为原始的类群,与形态分析结果一致。     

草鱼线粒体细胞色素b基因的克隆与序列分析

用DNAExtractionKit提取草鱼(Ctenopharyngodonidella)肝脏的总DNA,合成特异引物,进行PCR扩增。扩增产物经琼脂糖电泳检测、纯化后克隆到pGEM Teasyvectorsystem的T载体上,筛选转化子,提取质粒,酶切鉴定。重组质粒序列测定的结果显示克隆了草鱼线粒体细胞色素b(cytb)基因1140个碱基及两侧部分序列共1254bp。用DNA分析软件VectorNTI6.0比较草鱼与GenBank中18种鱼类cytb的序列,显示草鱼与它们的cytb基因具有较高的同源性;根据草鱼与这18种鱼的cytb基因序列同源性所建立的进化树,与传统的分类地位基本吻合。     

赛里木湖高白鲑和凹目白鲑肌肉、卵的营养分析评价

2003年作对赛里木湖高白鲑和凹日白鲑肌肉、卵的营养成分进行测定。结果表明：高白鲑和凹目白鲑肌肉蛋白质含量分别为18．83％和19．78％(鲜重)；肌肉脂肪含量分别为13．75％和10．40％；氨基酸总量分别为17．48％和17．71％，其中必需氨基酸含量分别为9．16％和9．24％，占氨基酸总量的52．40％和52．17％；高度不饱和脂肪酸占脂肪酸总量的16．08％和22．73％。高白鲑和凹目白鲑卵的蛋白质含量分别为24．16％和24．48％。     

属(Hemibarbus)三种鱼类细胞色素b基因片段序列分析

用酚/氯仿提取法提取了唇、花和长吻鱼鳍组织的总DNA,利用特异引物进行PCR扩增,得到1140bpCytb基因片段,纯化后进行测序。所得同源序列用Mega3.1软件分析,并结合鮈亚科其它种类Cytb基因序列用NJ法和UPGMA法构建系统树。结果表明:(1)三种鱼Cytb基因片段序列碱基平均差异百分比为13.7%,变异位点201个,转换颠换比为4.6;(2)属三种鱼类成一单系群,唇与花亲缘关系较近。     

4种鲷科鱼类的线粒体细胞色素b基因序列及分子系统学分析

从鲷科鱼类中黄猪鲷(Sparus latus)、黑鲷(S.macrocephalusM)、真鲷(Pagrosomus major)和平鲷(Rhabdosargus sarba)的线粒体DNA扩增出约430bp的细胞色素b(Cytb)基因，经Clastal X同源排序后得408bp序列，对该序列进行分析并结合GeneBank中黄鲷(Taius turnifrons)、灰鳍鲷(S.berda)、犁齿鲷(Evynnis japonica)和高背四长棘鲷(Argyrops spinifer)的该区段DNA序列比较，共发现126个核苷酸位点存在变异(30．7％)，序列中的转换大于颠换，碱基替换多发生在密码子的第3位点。黑鲷和灰鳍鲷亲缘关系最近，序列差异为3.8％；而黄鲷和平鲷的亲缘关系最远，序列差异为21．7％。用MEGA2．1软件中的NJ法构建的分子系统树，将上述8种类分为4组，其中黄鲷属、平鲷属和鲷属分类的结果与形态分类学的观点一致；而传统分类上把犁齿鲷、真鲷和高背四长棘鲷归为3个不同属，在本研究分子系统树中，这3个属却聚成一支。本研究目的在于从分子水平上阐明鲷科鱼类的分类与系统进化关系。     

(鱼骨)属(Hemibarbus)三种鱼类细胞色素b基因片段序列分析

用酚/氯仿提取法提取了唇[鱼骨]、花[鱼骨]和长吻[鱼骨]鱼鳍组织的总DNA，利用特异引物进行PCR扩增，得到1140bpCyt b基因片段，纯化后进行测序。所得同源序列用Mega3．1软件分析，并结合鮈亚科其它种类Cytb基因序列用NJ法和UPGMA法构建系统树。结果表明：（I）三种鱼Cytb基因片段序列碱基平均差异百分比为13．7％，变异位点201个，转换颠换比为4．6；（2）[鱼骨]属三种鱼类成一单系群，唇[鱼骨]与花[鱼骨]亲缘关系较近。     

家鹅细胞色素b基因序列及系统发育研究进展

线粒体DNA细胞色素b(cytochromeb)基因由于自身比较独特的结构、功能及进化特性,序列测定容易进行等特点而被应用于家鹅的分子系统发育研究,本文介绍了利用细胞色素b基因作为分子标记来研究家鹅的起源、分类及其系统进化关系的进展情况。     

2种虾虎鱼细胞色素b基因全序列克隆与分析

测定了矛尾刺虾虎鱼（Acanthogobius hasta）和红狼牙虾虎鱼（Odontamblyopus rubicundus）的线粒体细胞色素b（Cytb）基因全序列。2种虾虎鱼Cytb基因序列全长均为1141bp,通过序列比对,检测到266个变异位点,序列中碱基转换频率高于颠换,碱基替换主要发生在密码子第3位。结合GenBank中的虾虎鱼科其他物种的细胞色素b基因全序列,利用Kimura-双参数模型分析遗传距离表明,10种虾虎鱼科鱼类的遗传差异在0.118~0.330之间,大头新虾虎鱼（Neogobius kessleri）与同属的裸喉新虾虎鱼（N.gymnotrachelus）遗传距离最小,为0.118;大头新虾虎鱼和矛尾刺虾虎鱼遗传距离最大,为0.330。以Cytb基因全序列构建的NJ进化树分析表明,10种虾虎鱼分为3个主要类群,红狼牙虾虎鱼和矛尾刺虾虎鱼聚为1支,且与其余8种虾虎鱼类遗传距离较远。     

3种野鲮亚科鱼类16SrRNA基因序列分析

野鲮亚科(Labeoninae)隶属鲤形目(Cypriniformes)中的鲤科(Cyprinidae,约有26个属近300个种。为研究其在鲤科鱼类中的系统发育关系,以16S rRNA基因作为遗传标记进行鲤科鱼类的系统发育分析。通过PCR方法, 扩增了长度为361-362 bp的3种野鲮亚科鱼类的16S rRNA基因部分序列,序列比对得到364个排列位点,其中94个为信息位点,占全部位点的26.8%。用Mega 2.1软件的NJ法构建分子系统树,结果表明:野鲮亚科鱼类没有形成单系类群,野鲮亚科的鲮、角鱼与鲤亚科的鲤、鲫形成姐妹群,然后再与野鲮亚科的麦鲮和露斯塔野鲮聚在一起,说明鲮与鲤亚科鱼类具有较近的亲缘关系。     

瓶鼻海豚、中华白海豚和糙齿海豚线粒体16SrRNA基因的序列分析

采用聚合酶链式反应(PCR)技术扩增瓶鼻海豚、中华白海豚和糙齿海豚的线粒体DNA16S rRNA基因,获得了大约600bp的片段。扩增产物直接测序,去除引物序列后分别获得515、519和529bp的核苷酸片段。碱基组成平均为T25·8%,C20·7%,A32·1%,G21·4%,GC含量为42·1%。与35种鲸豚类的55条同源序列比对,去除部分端部序列后得到497个比对位点,包括14个插入/缺失位点和127个变异位点(104个简约信息位点,23个单突变子)。序列比较表明,我国水域的瓶鼻海豚和中华白海豚与国外种存在一定的差异。NJ聚类分析结果与目前的主流观点基本相同,即须鲸亚目形成单系群而齿鲸亚目则为多系群,后者包括海豚总科、抹香鲸总科、喙鲸总科和淡水豚总科。其中抹香鲸总科与须鲸亚目聚合在一起,然后与海豚总科聚合再与喙鲸总科相聚。淡水豚总科为一并系群并处于整个鲸豚类的基部,其中恒河豚科是最早分化的一支。但在海豚总科中,鼠海豚科的江豚则与一角鲸科的白鲸聚合一起,与形态分类不同。     

中国沿岸几种鲍线粒体16S rRNA基因片段序列比较及鲍属系统发育

用PCR技术克隆耳鲍（Haliolis asinina）、羊鲍（H．ovina）和多变鲍（H．varia）的线粒体16S rRNA基因的片段，并将PCR产物直接进行测序，得到长度530bp左右的片段。将这些序列与杂色鲍（H．diversicolor diversicolor）、九孔鲍（H．diversicolor supertexte）、大鲍（H．gigantea）、盘鲍（H．discus discus）、皱纹盘鲍（Haliotis discus hannai）等5种鲍的相应片段进行序列比较。结果表明，不同种鲍间16S rRNA基因的序列同源性较高，同源性范围为87．36％～90．77％，这说明鲍的这段基因片段在遗传过程中比较保守。序列的A＋T含量约为56．68％，G＋C含量约为43．32％。8种鲍序列的主要核苷酸变异位点集中在1-25bp、240-290bp和320～370bp3个区域。在序列的变异碱基巾，碱基的转换大大多于碱基的颠换，转换与颠换之比达到2．33：1，遗传距离的范围为0．002-0．128。用UPGMA法和NJ法绘制出8种鲍的系统发育树。结论认为，大鲍、皱纹盘鲍和盘鲍之间的遗传差异水平为亚种间的差异水平，台湾产的九孔鲍与大陆沿岸产的杂色鲍之间的差异仅仅是种群间的差异。     

中国对虾线粒体16S rRNA基因序列分析

中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)是我国海洋渔业重要的经济虾种之一。本研究以相应引物对野生群体和人工培育第1代、第4代、第5代、第6代群体(CP1、CP4、CP5、CP6)的各2个个体的线粒体16SrRNA基因片段进行了PCR扩增和序列测定分析。分析结果表明，测得的16SrRNA基因片段长为520bp，10个中国对虾个体间无碱基差异，其A、T、G、C含量分别为171bp(32．88％)、176bp(33．85％)、104bp(20．00％)、69bp(13．27％)，AT含量明显高于GC含量。利用其中长度为413bp的同源序列，以环斑鼓虾(Alpheus armillatus)为外群探讨了对虾科(Penaeidae)中的对虾属、美对虾属、明对虾属、囊对虾属和滨对虾属5个属(Penaeus，Farfantepenaeus,Fenneropenaeus,Marsupenaeus,Litopenaeus)12种对虾间的系统关系。以NJ法构建的分子系统树显示可将以上12种虾类分为两个大群：中国对虾和斑节对虾先聚到一起后与日本对虾聚成一大群；美对虾属、滨对虾属个体各聚成1支后聚成一大群，最后与中国对虾等聚到一起。同时可见，小褐美对虾(F．subtilis)与保罗美对虾(F.paulensis)、南方滨对虾(L.schmitti)与白滨对虾(L.setiferus)种间的亲缘关系较近。     

基于16S rRNA基因部分序列的长江口虾虎鱼科鱼类系统分类

为了确定线粒体16S rRNA基因在长江口虾虎鱼科鱼类系统分类及物种鉴定中的作用,采用16S rRNA基因特异扩增测序及Gen Bank已有序列联合配对分析的方法,对长江口虾虎鱼科9属11种鱼类34个16S rRNA基因片段的序列进行比较和系统分类研究。统计分析显示,虾虎鱼科鱼类该片段的A含量明显高于其它3个碱基含量,A+T的平均含量高于G+C的平均含量,第3密码子位点G+C含量最高,其平均值为51.1%,变化范围为49.8%~53.2%。全部转换位点多于颠换位点,转换/颠换比值为1.45。依据Maximum Composite Likelihood模型,得出11种虾虎鱼科鱼类种间遗传距离平均值为0.151,种内为0.002,种间遗传距离是种内遗传距离的76倍。通过邻接法(Neighbor-joining,NJ)构建系统发育树,显示长江口虾虎鱼科鱼类为明显的单系群,并进一步佐证把传统形态分类中弹涂鱼科的青弹涂鱼(Scartelaos histiophorus)和大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)及鳗虾虎鱼科的拉氏狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus lacepedii)和红狼牙虾虎鱼(Odontamblyopus rubicundus)归属于虾虎鱼科的合理性。聚类结果显示红狼牙虾虎鱼和拉氏狼牙虾虎鱼聚在一起,其节点支持率达100%,两者可能为同种异名。本研究表明,线粒体16S rRNA基因序列作为分子标记对虾虎鱼科鱼类进行物种鉴定和系统分类是可行的,可为虾虎鱼类的亲缘关系分析提供基础资料。     

3种青蟹线粒体12S rRNA基因序列分析

对采自泰国、马达加斯加和日本各地的青蟹属的3种青蟹Scylla serrata(Forskal)、S．oceanica(Dana)和S．tranquebarica(Fabricius)的线粒体12S rRNA基因片段序列进行了测定,分析研究了其种间遗传差异及系统发育关系。研究结果显示：S．serrata、S．oceanica及S．tranquebarica在12SrRNA基因片段上存在长度差异,3种青蟹的序列长度分别为422bp、426bp、425bp;种内个体间无序列差异或差异极小,种间序列差异远大于种内差异。以日本鲟和底栖短桨蟹为外群,采用距离法和最大简约法重新构建了3种青蟹的分子系统树,得到的三个明显的分枝分别对应于上述3种青蟹,S．oceanica与S．tranquebarica两种间的亲缘关系较近。研究结果支持3种青蟹为不同物种的观点,建议对其进行分别的渔业管理。     

4种海参16SrRNA和COI基因片段序列比较及系统学研究

采用PCR技术对来自山东荣成、长岛、俄罗斯和日本的刺参(Apostichopus japonicus),来自澳大利亚的黄乳海参(Holothuria fuscogilva),来自冰岛的北大西洋瓜参(Cucumaria frondosa)和来自福建的二色桌片参(Mensamaria interce-dens)的16SrRNA和COI基因片段进行了扩增和测序,分别得到了长度约为500bp和540bp的片段。通过统计变异位点、平均核苷酸差异数和核苷酸多样性指数进行基因序列变异分析。结果表明,根据16SrRNA、COI基因片段进行刺参种内差异比较时,长岛和荣成刺参序列差异最小,和日本刺参序列差异最大;刺参和其他科3种海参种间的序列差异远远高于刺参种内差异。从GenBank中选取7条海参序列与本研究所测序列一同构建了NJ和ME系统树。根据2种基因片段的系统学分析均表明,刺参属和拟刺参属亲缘关系很近,可能有共同的起源。而海参科未与同属于楯手目(Aspidochirolida)的刺参科聚类,而与枝手目瓜参科和沙子鸡科聚为一支,与形态学的分类不一致。     

浅色黄姑鱼线粒体16S rRNA基因片段序列特征分析

PCR扩增100个浅色黄姑鱼个体的线粒体16SrRNA基因片段序列,得到大约620bp的扩增产物。将其中5个个体的扩增产物进行测序和同源比对,得到468bp可供比对分析的片段。比对结果表明,5条序列包括两个单倍型,两个单倍型之间有1个碱基突变。PCR-RFLP分析结果显示,两个种群的100个样品中98%的个体为其中一种单倍型,只有2%的个体呈另一种单倍型,表明这两个种群的遗传多样性较低。两个单倍型平均碱基组成为:T22.0%,C26.3%,A29.8%,G21.9%,GC含量平均为48.2%。与GenBank中石首鱼科7属9种的11条同源序列比对,得到429个比对位点,其中包括69个简约信息位点、55个单突变子和16个插入/缺失位点。聚类分析显示,浅色黄姑鱼与黄姑鱼亲缘关系较近,与形态分类相符。     

基于线粒体COI与16S rRNA基因序列探讨贻贝属的系统发育

比较分析了贻贝属5个种的线粒体DNA COI及16S rRNA基因片段序列,确定了贻贝属的系统进化关系。以翡翠贻贝（Perna viridis）和条纹隔贻贝（Septifer virgatus）为外群,基于距离法（NJ）、最大简约法（MP）、最大似然法（ML）、贝叶斯演绎法（BI）及贝叶斯联合模型分析法构建分子系统树。系统发育分析结果表明,5种贻贝[Mytilus edulis,紫贻贝（M.galloprovincialis）,盖勒贻贝（M.trossulus）,厚壳贻贝（M.coruscus）,加州贻贝（M.californianus）]在系统树上聚为2支。加州贻贝最为原始,厚壳贻贝次之。其中,紫贻贝和M.edulis具有很近的亲缘关系,而厚壳贻贝和加州贻贝的亲缘关系近。研究结果为贻贝属物种进化、迁移及其育种研究提供了理论基础。     

4种河蓝蛤线粒体COI和16S rRNA基因序列的种间遗传分析

对光滑河蓝蛤Potamocorbula laevis、黑龙江河蓝蛤P.amurensis、焦河蓝蛤P.ustulata、红肉河蓝蛤P.rubromuscula4个野生种共40个个体的线粒体COI和16SrRNA基因片段进行了扩增和测序,经过筛选和剪切,得到长度为650bp和450bp的片段。序列分析显示,序列的碱基组成中G+C含量较低,16SrRNA基因种间和种内的变异较低,COI基因片段种内和种间的变异较高。以沙海螂Mya arenaria为外群,用MEGA 4.0软件中的NJ法构建了系统进化树,通过遗传距离和系统进化树可以看出,4种河蓝蛤未能达到不同种之间显著的遗传分化。