辣椒全基因组SSR标记多态性的筛选及应用

辣椒种质资源遗传多样性丰富,育种的潜力较大,本研究利用基于辣椒全基因组编码区序列设计的152对SSR标记引物,4份不同的辣椒经垂直电泳对152对SSR引物进行筛选,从中筛选出条带清晰、稳定性好的14对SSR多态性引物。并利用其对不同的26份辣椒种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：14对SSR引物共扩增出39个多态性条带,平均每对引物扩增出2.79个位点,说明SSR引物在辣椒遗传分析中具有较高的实用性。利用Phylip软件将26份辣椒资源材料进行聚类分析,结果将不同的26份辣椒聚为7类,基本与辣椒种类相符。为后续辣辣椒种质资源的研究及合理利用奠定了理论基础。     

辣椒遗传多样性的SSR分析

采用109对SSR特异引物对89份辣椒材料进行分析,其中87对引物扩增出条带,52对引物具有多样性,扩增带分子量在150～2 000 bp之间,231条谱带中175条谱带具有多态性,多态率占75.76%,平均每个引物可扩增出2.66条带,说明辣椒材料的遗传多样性相对较小.89份材料经过NTSYS2.1.0软件分析后,计算出材料间遗传距离,并做出SSR分子标记聚类图.结果显示,89份材料在遗传相似系数0.60处分为两类,可以将栽培种和野生种区分开来,在遗传相似系数0.80处可以分为四类,总体上看,将果实类型相似的种质基本都聚在一起,说明用SSR标记进行辣椒遗传多样性的分析是可行的.     

SSR标记在甜瓜中的研究进展

SSR（simple sequence repeat）标记是建立在PCR基础上的一种新型DNA分子标记。由于SSR具有丰富的多态性,随机分布于甜瓜的整个基因组中,并表现为共显性,所以它是进行甜瓜遗传研究的理想工具。本文就SSR标记在甜瓜遗传多样性分析,构建遗传连锁图谱、标记和定位目的基因及标记辅助选择等方面的研究进展进行了综述。     

辣椒花药转录组SSR位点信息分析及标记开发

为开发高效实用的EST-SSR标记,对辣椒(Capsicum annuum L.)花药样品的转录组进行测序,去冗余后得到44 832条转录本序列。对所有转录本进行SSR分析,共检测出7 189个SSR位点,分布于5 721条转录本上。SSR位点出现频率为16.04%,平均每7.90 kb检出1个SSR位点。分析SSR位点特征发现,97.80%的SSR重复序列长度在10～30 bp之间,单核苷酸和三核苷酸为主要重复基元类型,各占SSR总数的45.31%和35.99%;全部SSR位点共有159种重复基元,除单核苷酸重复外,AG/CT、AAG/CTT为优势重复基元,分别占SSR总数的9.72%和8.43%。随机选择29对EST-SSR引物在8个供试辣椒自交系中进行扩增发现,引物有效性为93.10%,多态率为17.24%。本研究中开发的EST-SSR标记可为辣椒的种质资源遗传多样性分析、分子标记辅助育种等提供支持。     

SSR标记开发及其在植物中的应用

本文简要介绍了SSR标记开发方法及SSR标记在通用性、遗传多样性与种质鉴定、遗传连锁图谱构建、基因定位与克隆等研究中的应用,对SSR标记应用存在的问题提出了看法,并对其应用前景作了展望,为今后SSR标记在植物上的应用提供参考。     

ISSR分子标记及其在植物分子生物学中的应用

ISSR分子标记是在PCR基础上发展起来的一种DNA多态性检测技术。其基本原理就是在SSR的3’或5’端锚定1~4个核苷酸,然后对反向排列SSR间的一段DNA进行PCR扩增,而不是扩增SSR本身。ISSR分子标记通常为显性标记,呈孟德尔式遗传,具有简便、快速、稳定、DNA多态性高等优点。目前,在植物遗传多样性、系统发育、品种鉴定、基因定位、遗传作图等研究中已得到广泛的应用。     

利用2个F_2群体整合中国豌豆高密度SSR遗传连锁图谱

豌豆(Pisum sativum L.)是一种重要的食用豆类作物,在全世界范围内广泛种植,既可作为人类食物,也可作为牲畜饲料。用SSR标记构建的遗传连锁图谱在豌豆和其他作物的标记辅助育种中发挥着重要的作用。尽管对豌豆遗传连锁作图的研究已有悠久历史,但公众可获得且可转移的SSR标记以及基于遗传独特的中国豌豆种质的高密度遗传连锁图谱仍然有限。为了获得更多可转移的SSR标记和中国豌豆的高密度遗传连锁图谱,本研究首先从自主开发和文献获取的12,491个全基因组SSR标记中筛选了617个多态性SSR标记,并用于G0003973×G0005527 F_2群体遗传连锁图谱的加密。加密后的图谱全长扩展到5330.6 cM,包含603个SSR标记,标记平均间距离8.8 cM,相比之前的图谱有明显改善。基于上述结果,我们又筛选了119个具有多态性的SSR标记,用于构建大样本W6-22600×W6-15174 F_2群体的遗传连锁图谱,新图谱累积长度为1127.1 cM,包含118个SSR标记,装配在7条连锁群上。最后,将来自以上2个遗传图谱的数据进行整合,得到了一张覆盖范围6592.6 cM的整合图谱,包含668个SSR标记,由509个基因组SSR、134个EST-SSR和25个锚定标记组成,分布在7条连锁群上。这些SSR标记和遗传连锁图谱将为豌豆的遗传研究和标记辅助育种提供有力工具。     

SSR标记技术在杂交水稻和杂交玉米种子质量鉴定中的应用研究

SSR标记具有快速、稳定、准确的技术优势,已经在品种鉴定等方面得到广泛的应用。为了鉴定生产用“两杂”种子样品的遗传多样性及纯度,利用36对SSR引物对39份杂交水稻样品进行了遗传多样性鉴定,其中2个样品为“同名异种”（遗传距离为0.11）,有2个样品疑似“异名同种”;利用33对SSR引物对36份杂交玉米样品进行了遗传多样性鉴定,同样存在“同名异种”和“异名同种”现象。在人为混杂的杂交水稻样本中,SSR标记检测值与实际混杂率u测验没有显著性差异;同时利用SSR标记和田间鉴定方法比较种子公司提供的10个杂交水稻样品纯度,尽管有3个样品SSR标记检测结果低于田间鉴定,但由于田间纯度鉴定以农艺性状为标准,遗传背景相似的单株难以区分,因此从加强种子质量监管角度考虑,SSR分子标记鉴定技术更为有利。     

SSR标记在中国花生研究中的应用

SSR标记是广泛分布于多种生物基因组中由2~6个核苷酸组成的多次重复的一段DNA序列。根据近几年来SSR标记在中国花生上的研究进行了综述,包括SSR标记在花生种质遗传多样性研究、分子标记辅助选择育种等领域的广泛应用情况。通过对花生SSR标记相关研究的分析得知,中国花生育成品种普遍存在遗传基础狭窄的问题,认为在未来研究过程中应设计和开发大量多态性好的SSR分子标记,将标记研究工作与实际育种相结合,从而有效指导育种,提高育种效率。     

黑龙江省主栽水稻品种的遗传多样性分析

选用分布于水稻12条染色体上的42对SSR引物,对80份黑龙江省主栽水稻品种进行SSR遗传多样性分析。结果表明,42对SSR标记共检测到139个等位基因,每个位点2~8个,平均3.31个。遗传相似系数(GS)的变化范围为0.564~0.984,平均0.753。根据供试品种的遗传相似系数,按UPGMA法进行聚类分析,在遗传相似系数0.5处可聚为6个类群,利用42对SSR标记能将80份供试品种完全区分开。通过SSR标记的遗传多样性分析的结果表明,黑龙江省水稻种质资源的亲缘关系较近、遗传基础狭窄,大部分供试品种具有相似的遗传背景。