基于SSR分子标记的78份核桃种质资源遗传多样性分析

以78份核桃农家品种及栽培种为材料,利用SSR分子标记技术,从25对SSR引物中筛选出8对引物对78份核桃资源的遗传多样性进行分析,为核桃种质资源保存和利用、培育核桃优良新品种提供参考依据。结果显示:共检测到55个多态性位点,平均每个位点检测到的等位基因数为6.875个,等位基因的变化范围为1～16个,每个SSR位点的多肽信息含量(PIC)在0.075～0.228,平均为0.151。基于遗传相似系数,利用UPGMA方法进行聚类分析,结果显示供试材料之间遗传相似系数介于0.605～1.000,当遗传系数为0.704时,可将78份资源分为5部分,分析发现栽培种与农家品种以及不同地理来源的核桃品种界限不明显,存在相互渗透的现象。78份材料间遗传距离较小,平均为0.23,遗传相似度高。用Structure 2.2分析群体结构发现最佳亚群体数为2,分别包含25和53份核桃资源。     

基于SSR分子标记的78份核桃种质资源遗传多样性分析

以78份核桃农家品种及栽培种为材料,利用SSR分子标记技术,从25对SSR引物中筛选出8对引物对78份核桃资源的遗传多样性进行分析,为核桃种质资源保存和利用、培育核桃优良新品种提供参考依据。结果显示:共检测到55个多态性位点,平均每个位点检测到的等位基因数为6.875个,等位基因的变化范围为1～16个,每个SSR位点的多肽信息含量(PIC)在0.075～0.228,平均为0.151。基于遗传相似系数,利用UPGMA方法进行聚类分析,结果显示供试材料之间遗传相似系数介于0.605～1.000,当遗传系数为0.704时,可将78份资源分为5部分,分析发现栽培种与农家品种以及不同地理来源的核桃品种界限不明显,存在相互渗透的现象。78份材料间遗传距离较小,平均为0.23,遗传相似度高。用Structure 2.2分析群体结构发现最佳亚群体数为2,分别包含25和53份核桃资源。     

新疆长绒棉种质资源遗传多样性SSR分析

[目的]利用SSR分子标记对新疆长绒棉种质资源材料进行基因组检测及遗传多样性分析.[方法]从39对SSR核心引物中筛选多态性好而且稳定的34对,对19个长绒棉材料基因组进行检测,用NTSYS-pc 2.11e软件遗传多样性分析.[结果]34对引物共扩增出108个多态性条带,平均每个引物为3.17个.共检测出160个等位基因,变异的多态信息含量(PIC)在0.1～0.89.材料间的遗传相似系数在0.635 ～0.933,平均相似度为0.784.遗传相似系数阀值在0.69时,可把19个材料分为5个类群.大部分新疆自育品种和部分中亚及埃及资源材料聚类在第2类群中.[结论]材料聚类与资源来源相吻合,材料遗传相似度较高,遗传差异不大,遗传基础狭窄.     

籽粒苋种质资源遗传多样性的SSR分析

为了解籽粒苋种质资源遗传多样性,本试验利用30对SSR引物对18份籽粒苋种质进行初步分析.结果表明:筛选出的21对S S R引物可扩增出清晰条带.试验共扩增出90个等位基因位点,其中81个为多态性位点,多态位点百分率(PPB)为90.00％.有效等位基因数(Ne)的变化范围在1.1892～1.9942之间;期望杂合度(...     

新疆小麦地方品种遗传多样性的SSR分析

为了评价新疆小麦地方品种的遗传多样性,利用42对SSR引物对75份新疆小麦地方品种进行遗传多样性分析。结果表明：在75份地方品种中42个SSR位点共检测到317个等位变异,等位变异变化范围为2~15个,平均7.55个;多态性信息指数(PIC值)变化范围为0.169~0.905,平均0.696。基因组的平均等位变异是D＞B＞A,遗传多样性指数为B＞D＞A。聚类分析表明75份供试新疆小麦材料可划分为3大类8亚类,聚类结果与材料的生态型密切相关,冬小麦地方品种和春小麦地方品种分别归属不同的类或亚类,春小麦地方品种的遗传多样性高于冬小麦地方品种,同时也反映了一定的地域特性。总之,新疆小麦地方品种具有丰富的遗传多样性,可用以拓宽育成品种的遗传基础。     

基于SSR标记的思茅松种质资源遗传多样性分析

【目的】揭示思茅松主要分布区内11个群体共338份种质资源遗传多样性水平和遗传结构状况,为思茅松育种群体构建及高轮次遗传改良提供理论依据。【方法】用筛选出的18对引物进行SSR-PCR扩增,产物经毛细管电泳后用PowerMarker v3.25、GenALEx v6.4.1及Structure 2.3.4等软件分析思茅松种质资源的遗传多样性。【结果】18对SSR引物共检测到120个等位基因,平均每个位点的等位基因数为6.667个;种质资源的平均期望杂合度(H_e)为0.524;平均Shannon信息指数(I)为1.016;平均多态信息指数(PIC)为0.468。思茅松种质资源的遗传变异主要来源于群体内的个体。种质资源的群体分化系数(F_ST)平均为0.091,即群体间的遗传变异只占总变异的9.1%,分子方差分析(AMOVA)得到了同样的结果。各位点的基因流(N_m)平均为4.627(N_m> 1),较大的基因流减小了群体间的分化。STRUCTURE分析将338份思茅松种质资源划分为2个类群,基于Nei...     

核桃属材用核桃SSR标记的遗传多样性分析

以美国黑核桃、核桃楸、青林核桃实生子代及部分普通品种共86份种质资源为试验材料,利用8对SSR引物进行遗传多样性分析及聚类分析。结果表明,8对黑核桃引物共扩增出48条带,其中多态性带44条,占总扩增带的91.67%;遗传多样性指数为0.197 2～0.473 4,Shannon指数为0.304 3～0.666 3。说明黑核桃微卫星在核桃近缘种中能得到有效扩增,可以用于近缘种遗传多样性分析和核桃属种间关系研究。聚类结果表明,青林实生子代具有丰富的遗传多样性,与核桃楸及黑核桃具有明显差异,但与其他普通品种界限不明显。     

基于形态学与SSR标记的甘薯种质资源遗传多样性分析

通过对多个甘薯种质资源的17个表型性状进行调查和通过SSR分子标记,进行主成分分析和聚类分析,进而对甘薯种质资源遗传多样性进行了全面分析。主成分分析结果显示,有7个主成分的特征值大于1,累计贡献率达72.69%,主成分1和2直观反映了地上部性状,可以解释表型差异的32.84%;聚类分析显示,144份甘薯材料在遗传距离0.198 2处,划分为5个族群,遗传距离0.298 8处将第Ⅴ族群分为两个亚群（V-1、V-2）。其中,瓦尔图努2号和福建武平农家种两个材料表型独特,可以在今后的甘薯育种中作为亲本材料。聚类分析结果显示,144份甘薯材料均可以分为5个类群,两者结果一致,即来源地相近的品种遗传差异较小。     

新疆核桃种质资源遗传多样性的ISSR分析

[目的]通过ISSR标记技术,对新疆核桃种质资源的遗传多样性及遗传结构进行分析,为该资源的保护与利用提供理论依据和技术支持.[方法]采用ISSR标记对5个居群和1个栽培类型共163份样品进行遗传多样性分析.[结果]用13条引物对163份样品进行扩增,共检测扩增位点117个,其中多态性位点98个.在物种水平上,多态性位点百分率(PPL)为83.76%,Nei's基因多样性(H)为0.3010,Shannon信息指数(Ⅰ)为0.4182;在居群水平上,多态性位点百分率平均为68.36%,Nei's基因多样性(H)平均为0.1 265,Shannon信息指数(Ⅰ)平均为0.1651.基于Nei's遗传多样性分析得出的居群间遗传分化系数(Gst)为0.6425,表明有64.25%的遗传变异存在于居群间.居群间的遗传一致度平均为0.7499,估测的居群问基因流(Nm)为0.2782,表明核桃采集的6个居群或类型之间存在较小的基因流.AMOVA方差分析也表明居群间的核桃遗传变异大于居群内.Mantel检测与UPGMA聚类均表明居群间的遗传距离与居群的地理距离之间具有较高的相关性.[结论]新疆核桃遗传多样性水平较高,居群之间遗传分化大,种质资源保护和利用策略首选就地保护;在就地保护过程中,通过监测遗传多样性水平可评价其保护的有效性.     

新疆核桃种质资源遗传多样性AFLP分析

用AFLP技术对取自新疆温宿、巩留、和田、若羌、叶城、库车、阿拉尔的122份核桃种质材料进行了遗传多样性和亲缘关系的分析,筛选出7对多态性引物对122份核桃种质材料进行选择性扩增,共获得21989条扩增带,其中8810条具有多态性,平均多态检出率为40．1％。根据AFLP标记的结果,用DPS统计软件分析了核桃种质间的遗传相似系数、遗传距离,并对分析结果进行UPGMA聚类,聚类结果将122份核桃种质材料分为两大类群。第一类群被分为5个亚类,“温81”单独成一个亚类;第二类群被分成2个亚类,叶城的“千年核桃王”和阿拉尔的“阿7”独立成亚类;122份材料的遗传距离变幅在0．12000—0．93103之间。聚类结果很好地将栽培种质和古老种质分开,表明新疆不同地区的核桃种质间存在明显的遗传多样性。还揭示了“温8１”、“温179”等优良栽培种质及南疆一些古老核桃种质的遗传基础。     

基于SSR标记的玉米群体豫综5号遗传多样性分析

以玉米群体豫综5号轮回选择改良群体的6个世代为材料,通过SSR标记技术对豫综5号群体的6个世代的多态性位点比例、位点的平均杂合度、遗传距离以及基因频率和基因型种类等进行了比较分析,结果表明豫综5号经过改良后,群体仍具有丰富的遗传多样性。     

Analysis of Genetic Diversity in Natural Populations of Psathyrostachys huashanica Keng Using Microsatellite (SSR) Markers

Psathyrostachys huashanica Keng is endemic to China and only distributed in Huashan Mountain in Shaanxi Province, China. In this study, 15 P. huashanica populations consisting of 450 individuals sampled across their main distribution were investigated by using the simple sequence repeats (SSRs) markers. A total of 184 alleles were detected on 24 SSR loci, and the number of alleles on each locus ranged from 2 tol5, with an average of 7.667. The total gene diversity (HT= 0.683) and the coefficient of population differentiation (GST=0.125) showed that P. huashanica had a relatively high level of genetic variation, and the genetic variation was mainly distributed within the populations. The gene flow among the populations of P. huashanica (Nm= 1.750) was much less than that of the common anemophytes (Nm = 5.24). Correlation analysis demonstrated that the number of alleles as well as genetic diversity of the five populations of Huangpu valley decreased along with the increase of altitudes, but the correlation was not significant. Implications of these results for future P. huashanica collection, evaluation and conservation were discussed.     

麻核桃遗传多样性的SSR分析

本试验利用SSR标记技术对20个麻核桃品种的遗传多样性进行研究。从12对引物中筛选出6对用于正式PCR扩增,共检测到52个遗传位点,其中多态性遗传位点50个,多态位点百分率为96%。遗传相似性分析结果显示麻核桃种质间具有丰富的遗传多样性,遗传相似系数变幅为0.17~0.90,说明SSR标记能将20份种质完全区分开。UPGMA聚类结果显示,供试材料在相似系数为0.61处聚为4类。     

湖北省糯稻地方品种SSR遗传多样性研究

为评价湖北糯稻地方品种的遗传多样性,利用36对SSR标记对50份湖北地方糯稻品种进行PCR扩增和遗传多样性分析。结果表明,湖北糯稻地方品种的平均遗传多样性指数为0.710 7,多态信息含量平均为0.686 1,多样性较高。SSR标记聚类分析表明,湖北糯稻地方品种中遗传资源丰富,特别是籼粳糯稻成分互渗的品种,可广泛用于糯稻育种。     

SSR标记分析谷子遗传多样性

简单重复序列(SSR)是进行遗传多样性研究的一种有效分子标记。选用来自山西、西藏、黑龙江等省区的品种共96份,利用SSR分子标记技术,引用小麦的SSR引物进行扩增,采用聚类分析方法对供试材料进行了遗传多样性分析。从100多对引物中筛选到5对有多态性、扩增稳定、重复性好的引物,34个多态位点的平均PIC值为0.7324,96份材料被聚成5大类。     

利用SSR标记评价甘蔗品种遗传多样性

[目的]探讨甘蔗品种的遗传多样性。[方法]利用15对多态性SSR引物对20个广西主栽甘蔗品种的基因组DNA进行分析,研究现代甘蔗品种的遗传亲缘关系及各品种间的遗传距离。[结果]利用15对多态性SSR引物对20个甘蔗品种的基因组DNA进行扩增,共获得185条谱带。平均每个引物扩增出12.33条谱带,其中多态性条带占87.6%。供试甘蔗品种之间的遗传相似系数为0.554～0.826,平均值为0.679。根据UPGMA聚类分析结果,20个供试甘蔗品种可分为2个类群。[结论]20个供试甘蔗品种具有丰富的遗传多态性。SSR标记能较好地揭示供试甘蔗品种之间的遗传差异和亲缘关系。     

基于SSR标记的49个大白菜自交系遗传多样性分析

利用扩增条带清晰且覆盖白菜10个连锁群的33个SSR标记分析了49个大白菜自交系的遗传多样性。结果表明,22对引物在供试材料间表现多态,11对引物表现单态扩增,多态引物频率达到66.7%,其中A1、A3、A8和A9连锁群上多态引物比例相对较高。多态引物共扩增出68个等位变异,每个位点2~8个,平均3.09个;不同引物的多态性信息含量0.05~0.88,平均0.48;品种间的遗传距离变异为0~0.93,所有成对遗传距离的平均值为0.51,UPGMA聚类结果与品种间亲缘关系及其农艺特征有较好的一致性。     

节节麦与普通小麦杂交后代的遗传多样性分析

运用SSR标记的方法,对节节麦SQ-214与普通小麦杂交后代的BC1F2群体的64份材料和高代系群体的147份材料在D基因组上的68个SSR位点的遗传多样性进行了分析.结果表明:68对SSR引物在杂交后代的两个群体等位变异位点较多,BC1F2群体共检测到67个位点有变异,等位变异数为212个,主要集中在3D染色体上.高代系中58个位点有变异,等位变异数为184个,等位变异位点多集中在2D上.BC1F2和高代系群体在D基因组的7条染色体上遗传多样性的表现不一致,BC1F2在7条染色体上的遗传多样性显著高于高代系,等位变异分布较高代系均衡.BC1F2材料间的遗传多样性高于高代系.由此可知,节节麦与普通小麦杂交衍生后代具有较高的遗传多样性,可用于进一步改良小麦;同一衍生亲本的衍生后代具有较大的遗传分化,尤其是在随机群体;经过选择后的群体遗传多样性会明显的降低.     

大麦SSR标记遗传多样性及其与农艺性状关联分析

【目的】分析大麦亲本材料的遗传多样性,寻找与部分农艺性状相关联的分子标记,为大麦杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据。【方法】利用86个SSR标记对113份大麦亲本材料进行多态性扫描,并进行遗传多样性分析。挑选57个标记进行群体遗传结构分析,在此基础上采用Tassel 2.1 GLM（general linear model）和MLM（mixed linear model）方法进行标记与农艺性状的关联分析。【结果】86个标记共检测出200个等位变异,变异范围为1—5个;基因频率的变异范围为0.0088—1.0000,Shannon指数变异范围为0.0000—1.2236;遗传相似系数（GS）变异范围在0.5504—0.9897,平均值为0.7477。通过群体遗传结构分析将供试材料分为4个亚群。以GLM分析,发现9个与株高、穗长、芒长、穗粒数和小穗着生密度相关联的标记,各标记对表型变异的解释率在0.0507—0.2766;以MLM分析,发现6个与株高、芒长和小穗着生密度相关的标记,各标记对表型变异的解释率在0.0238—0.1999。【结论】利用SSR标记分析了113份大麦亲本材料的遗传多样性及群体遗传结构,并通过2种关联分析模型,分别寻找到了9个与株高、穗长、芒长、穗粒数相关联,6个与株高、芒长和小穗着生密度相关联的标记,这些标记位于1H、2H、3H、4H和7H染色体。