禽腺病毒4型PCR检测方法的建立与应用

根据禽腺病毒4型(FAdV-4)Hexon基因核苷酸序列,设计用于扩增FAdV-4的PCR引物,建立了FAdV-4 PCR检测方法。特异性和敏感性实验结果表明,该方法可扩增出954 bp的特异性核酸片段,而对禽流感病毒、新城疫病毒、传染性支气管炎病毒与禽腺病毒11型的检测结果均为阴性,对FAdV-4的最低核酸检出量为12.9 pg。该方法可用于禽腺病毒4型的临床检测与流行病学调查。     

禽腺病毒血清4型纳米PCR检测方法的建立与初步应用

为建立一种快速有效检测禽腺病毒血清4型(FAdV-4)的方法,本研究根据FAdV-4五邻体(Penton)基因序列,设计合成1对特异性引物,经过条件优化,建立了检测FAdV-4的纳米PCR方法(Nano PCR)。特异性试验结果显示,该方法对鸡新城疫病毒等12种家禽常见病原及国内报导的FAdV-1、FAdV-2、FAdV-8a、FAdV-8b、FAdV-11等5个主要血清型病毒的扩增结果均为阴性,仅FAdV-4检测结果为阳性,特异性较强。敏感性试验结果显示,该方法对FAdV-4的最低核酸检出量为54.0拷贝/μL,较常规PCR方法高10倍,敏感性较高。应用该方法和病毒分离培养法同时对87份临床样品进行检测,二者均检出14份阳性样品,总体符合率为100%。以上结果表明本研究建立的Nano PCR方法特异性好、敏感性高,可以用于FAdV-4的临床检测和分子流行病学调查。     

禽腺病毒4型荧光定量PCR检测方法的建立与初步评估

为了对禽腺病毒4型(FAdV-4)引发的鸡心包积水-肝炎综合征的病原学监测和疫情诊断提供技术支撑,本研究经对部分发表在NCBI的禽腺病毒4型序列进行比对,在其六邻体基因上找到一段相对保守序列,并设计出PCR引物和TaqMan探针。以FAdV-4 HB1510株作为标准品,通过反应条件优化,建立了FAdV-4荧光定量PCR检测方法,并对其敏感性、特异性和重复性进行了分析。结果显示,该方法的灵敏度为10 EID₅₀/mL,为常规PCR方法的10倍;组内和组间重复性良好;与鸡减蛋综合征病毒、大肠杆菌等禽类病原的核酸无交叉反应。通过对65份临床样品进行检测,FAdV-4荧光定量PCR和常规PCR的检测符合率为90.7%。因此,FAdV-4荧光定量PCR的快速、敏感、特异等优点使其在禽腺病毒4型的早期检测及预防、控制等方面有较好的应用前景。     

应用PCR检测禽腺病毒

根据禽腺病毒 CELO株的基因序列 ,设计合成了 1对引物 :上游引物为 5′-CCCTCCCACCGC-TAACCA-3′,下游引物为 5′-CACGTTGCCCTTATCTTGC-3′。用这对引物对 群禽腺病毒中 1 2个血清型病毒和 1 9个分离野毒株、 群 4个血清型病毒、 群禽腺病毒株的核酸模板进行了 PCR扩增 ,结果均特异性地扩增出了与设计片段大小相一致的 4 2 1 bp片段 ,而对其他 5种禽病病原体和哺乳动物腺病毒血清 2型核酸模板的扩增均为阴性。该 PCR能检出 1 fg禽腺病毒 DNA模板     

血清4型禽腺病毒研究进展

近年来,血清4型禽腺病毒（FAdV-4）在我国爆发,造成家禽行业严重的经济损失。病毒感染引起死亡率高,临床剖检可见明显的心包积液综合征的症状。病毒极具传染性,可垂直及水平传播,通过受感染肝脏组织匀浆可以分离和检测病毒。目前实验室诊断主要通过琼脂扩散试验、酶联免疫吸附试验、限制酶分析、聚合酶链式反应、实时荧光定量PCR、高分辨率的融化曲线分析等进行检测。疾病预防主要通过灭活疫苗的接种,而减毒活疫苗和亚单位疫苗也相继被开发。对FAdV-4的流行病学、发病特征、病毒诊断方法以及预防策略等方面进行了综述,以期为FAdV-4的深入研究奠定基础。     

禽腺病毒血清4型RPA-LFD快速检测方法的建立

为了建立一种快速、灵敏、简便的禽腺病毒血清4型(FAdV-4)现场检测方法,本试验将重组酶聚合酶扩增(RPA)与胶体金侧向流试纸条(LFD)技术联合,设计针对FAdV-4hexon基因的特异性RPA引物,上、下游引物的5′端分别进行6-羧基荧光素(FAM)和生物素(Biotin)标记。通过对引物浓度、RPA反应时间和温度等条件的优化,建立了一种可用于FAdV-4现场检测的RPA-LFD方法。该检测方法在25～45℃恒温反应15 min即可实现对FAdV-4目的基因片段的有效扩增,RPA扩增产物用胶体金侧向流试纸条进行检测,检测结果肉眼可见。该方法的最低检测限为100拷贝,敏感性是常规PCR的100倍,且与其他常见禽病病原核酸检测无交叉反应。结果显示,本试验建立的RPA-LFD可用于FAdV-4的临床快速检测,为FAdV-4感染的流行病学检测提供了一种有效方法。     

禽腺病毒4型SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立

禽腺病毒4型(FAdV-4)是心包积水综合征的重要病原。本研究拟建立FAdV4荧光定量PCR检测方法,为FAdV4感染的流行病学调查、早期诊断、疫病净化提供技术手段。根据GenBank中的禽腺病毒4型六邻体(hexon)基因序列,设计一对引物,扩增hexon基因,将目的基因与载体pEASY-T3连接,构建重组阳性质粒pEAST-T3-H,利用所制备的质粒pEAST-T3-H为模板,对PCR反应体系、反应条件进行优化。建立了禽腺病毒4型SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法,检出的标准品的敏感性为1.7×10拷贝/μL,优于常规的PCR检测方法。该方法与其他禽病病毒均无交叉反应。表明该方法具有特异型强、灵敏度高、重复性好的特点,可用于临床样本的检测。     

禽腺病毒DAdV-3和FAdV-4双重荧光定量PCR检测方法的建立及应用

禽腺病毒属成员鸭腺病毒3型(duck adenovirus type 3,DAdV-3)和禽腺病毒4型(fowl adenovirus serotype-4,FAdV-4)是养殖场主要流行的病原,对养禽业造成巨大的经济损失。目前尚未见可同时快速检测这2种病原的双重荧光定量PCR检测方法,本研究基于DAdV-3 GDMM10毒株和FAdV-4 GDMZ毒株Fiber2基因序列比对及遗传进化分析,分别在Fiber2基因保守区设计特异性引物,建立了能同时鉴别临床上常见的DAdV-3和FAdV-4双重荧光定量PCR检测方法。结果表明,DAdV-3 GDMM10和FAdV-4 GDMZ Fiber2基因处于两个不同进化分支上,同源性为46.10%。建立的检测DAdV-3和FAdV-4双重荧光定量PCR方法特异性强、灵敏度高,最低可检出45拷贝/μL的DAdV-3样品和17拷贝/μL的FAdV-4样品;且检测结果可直接通过Tm值差异进行判定,简化操作时间。利用该双重荧光定量PCR方法对2022年度临床上采集的34份肝炎-心包积液疑似样品进行检测,DAdV-3和FAdV-4检出率分别为17.65%和...     

血清4型禽腺病毒广西分离株单克隆抗体的制备及鉴定

为制备血清4型禽腺病毒(FAdV-4)广西分离株(FAdV-4-GX2018-005)的特异性单克隆抗体,将FAdV-4-GX2018-005作为免疫原免疫BALB/c小鼠后,取小鼠脾细胞与SP2/0细胞融合,利用间接ELISA法筛选阳性杂交瘤细胞株。利用阳性杂交瘤细胞株制备腹水并纯化得到单克隆抗体,利用ELISA和IFA鉴定单克隆抗体的特异性。结果表明,成功获得3株单克隆细胞株3A3、13A11和4D5。3株杂交瘤细胞株分泌的抗体,能与FAdV-4产生特异性反应,与其他血清型禽腺病毒(FAdV-1、FAdV-2、FAdV-3、FAdV-5、FAdV-6、FAdV-7、FAdV-8a、FAdV-8b、FAdV-9、FAdV-10和FAdV-11)不发生反应。本研究成功制备FAdV-4广西分离株单克隆抗体,为FAdV-4检测方法的建立奠定了良好基础。     

禽腺病毒血清4型贵州株全基因序列分析

为了解禽腺病毒血清4型(FAdV-4)地方流行毒株的分子进化情况,基于实验室分离的2株FAdV-4贵州株GZ-BJ株和GZ-QL株,分别对2株FAdV-4毒株进行PCR分段扩增,扩增产物克隆至载体,提取质粒进行PCR和双酶切鉴定后筛选出重组质粒进行测序,将测序结果依次拼接得到病毒的全基因组,获得FAdV-4贵州株的全基因序列,并对其进行序列和遗传进化分析。结果显示,通过PCR分段扩增成功获得了2株FAdV-4贵州株(GZ-BJ株和GZ-QL株)的全基因序列,长度分别为43352、43723 bp,FAdV-4 GZ-BJ株全基因序列长度比FAdV-4 GZ-QL株短371 bp,少6个ORF(22K、putative 9.1 ku、u-exon、ORF17、ORF28、ORF42),二者的氨基酸同源性为57.1%。2株FAdV-4贵州株同国内外不同地区FAdV-4毒株核苷酸同源性在88.7%~100%,与FAdV-4经典毒株ON1比对,2株FAdV-4贵州株和国内FAdV-4分离株均缺失ORF19、ORF27、ORF30。系统进化树分析显示,2株FAdV-4贵州株GZ-BJ株和GZ-QL株仍属于Ⅰ群C种FAdV。研究结果表明,2株贵州株FAdV-4 GZ-BJ株和FAdV-4 GZ-QL株较国内外FAdV-4毒株均存在进化与突变,且FAdV-4 GZ-BJ株变化较大,但尚未改变其血清型,这为探索FAdV-4致病机理的分子机制研究提供依据。     

弓形虫PCR检测试剂盒的组装和初步应用

研制弓形虫PCR检测试剂盒,观察临床应用效果。根据GenBank公布的弓形虫MIC3基因序列,设计合成1对特异性引物,对PCR反应条件进行优化,分别对试剂盒的特异性、敏感性、重复性、稳定性和保存期进行研究,之后进行临床试验。该诊断试剂盒能扩增出弓形虫特异性基因MIC3片段,与猪球虫、贾第虫、猪旋毛虫和隐孢子虫无交叉反应;该检测方法最低能够检测到10个弓形虫速殖子的DNA,不同批次的试剂盒对同一样品检测和同一批次对不同样品检测,有较高的重复性和稳定性,且常温下可保存1年以上,临床应用效果显著。该检测试剂盒对弓形虫病早期诊断、流行病学调查和卫生检疫提供了检测手段。     

鉴别猪伪狂犬病病毒强弱毒的高效纳米PCR 检测试剂盒及初步应用

试验建立了鉴别猪伪狂犬病病毒（PRV）强弱毒高效纳米PCR检测方法,并对相关条件进行优化,组装了试剂盒。根据PRV保守序列设计3对引物分别扩增PRV基因组的gB（431 bp）、gE（316 bp）和gG（202 bp）3个基因,用于区分PRV强毒与基因缺失毒株,优化反应条件后建立了纳米PCR检测PRV强弱毒的方法并组装试剂盒,对试剂盒进行了特异性、敏感性、批内批间可重复性及保存期评估试验,并对临床样品进行检测。特异性试验表明,此试剂盒对于PRV能够扩增出431（gB）、316（gE）和202 bp（gG）的目的片段,对于PRV-Bartha-K61能够扩增出431和202 bp的目的片段,对于猪捷申病毒、非洲猪瘟病毒、猪圆环病毒2型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪细小病毒及大肠杆菌等DNA或cDNA均未扩增出条带。敏感性试验表明,此试剂盒的方法比常规PCR方法敏感100-1000倍,最低核酸拷贝数检出量可以达到101 copy/μL数量级。试剂盒的批内、批间检测结果无明显差异,稳定性良好。-20℃至少可保存12个月。在对中国黑龙江、吉林等7个省市的临床送检的117份样品进行检测,结果显示,PRV强毒阳性率为51%,阴性率为49%,未发现有弱毒感染。鉴别PRV强弱毒纳米PCR试剂盒的研制,对PRV感染的早期检测、野毒株和疫苗株的鉴别、疾病控制等都有重要意义,而且也可以用于其他动物PRV感染的检测和早期诊断。     

禽腺病毒血清4型贵州株全基因序列分析

为了解禽腺病毒血清4型（FAdV-4）地方流行毒株的分子进化情况,基于实验室分离的2株FAdV-4贵州株GZ-BJ株和GZ-QL株,分别对2株FAdV-4毒株进行PCR分段扩增,扩增产物克隆至载体,提取质粒进行PCR和双酶切鉴定后筛选出重组质粒进行测序,将测序结果依次拼接得到病毒的全基因组,获得FAdV-4贵州株的全基因序列,并对其进行序列和遗传进化分析。结果显示,通过PCR分段扩增成功获得了2株FAdV-4贵州株（GZ-BJ株和GZ-QL株）的全基因序列,长度分别为43 352、43 723 bp,FAdV-4 GZ-BJ株全基因序列长度比FAdV-4 GZ-QL株短371 bp,少6个ORF（22K、putative 9.1 ku、u-exon、ORF17、ORF28、ORF42）,二者的氨基酸同源性为57.1%。2株FAdV-4贵州株同国内外不同地区FAdV-4毒株核苷酸同源性在88.7%~100%,与FAdV-4经典毒株ON1比对,2株FAdV-4贵州株和国内FAdV-4分离株均缺失ORF19、ORF27、ORF30。系统进化树分析显示,2株FAdV-4贵州株GZ-BJ株和GZ-QL株仍属于Ⅰ群C种FAdV。研究结果表明,2株贵州株FAdV-4 GZ-BJ株和FAdV-4 GZ-QL株较国内外FAdV-4毒株均存在进化与突变,且FAdV-4 GZ-BJ株变化较大,但尚未改变其血清型,这为探索FAdV-4致病机理的分子机制研究提供依据。     

猪传染性胸膜肺炎放线杆菌PCR检测试剂盒的研制

根据GenBank中猪传染性胸膜肺炎放线杆菌apxⅣA基因序列,设计了1对引物,通过对PCR反应条件进行优化,研制了检测猪传染性胸膜肺炎放线杆菌的PCR试剂盒。该试剂盒扩增的阳性条带为600 bp,特异性与敏感性结果显示,该PCR检测试剂盒的最低核酸检测量为50 CFU/mL,而对金黄色葡萄球菌、链球菌、多杀性巴氏杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、副猪嗜血杆菌、大肠杆菌的扩增结果均为阴性。-20℃至少可保存12个月,且重复性良好。应用该PCR试剂盒对41份临床样本进行了检测,其PCR检测结果与细菌学检测结果相一致。结果表明,猪传染性胸膜肺炎放线杆菌PCR检测试剂盒能够对APP临床样品进行快捷、灵敏、准确的检测。     

溶血性曼氏杆菌PCR检测试剂盒的研制及初步应用

在溶血性曼氏杆菌PCR检测方法研究的基础上,进行溶血性曼氏杆菌PCR检测试剂盒的研究及初步应用.结果表明,试剂盒特异性好,批内和批间的试剂盒无差异;试剂盒在-20℃可保存30个月,4℃可保存12个月;应用试剂盒从1000多份临床样品中筛选分离到6株溶血性曼氏杆菌.     

血清4型禽腺病毒广西分离株GX2019-010全基因组测序与分析

为了解广西地区血清4型禽腺病毒（FAdV-4）的基因特征,本研究对实验室前期分离的一株FAdV-4（命名为GX2019-010）进行了全基因组测序,对所获核苷酸序列进行同源性比对和遗传进化分析,并进一步分析了主要结构蛋白Hexon、Penton和Fiber的氨基酸序列。结果显示,GX2019-010全长43 719 bp,GC含量为54.9%,主要包括43个潜在蛋白质编码区域。核苷酸序列同源性比对发现,GX2019-010与致病株MX-SHP95的同源性为95.8%,与非致病株ON1和KR5同源性分别为95.0%和95.2%。遗传进化分析显示,GX2019-010与中国FAdV-4近几年的流行毒株在同一分支,而与国外FAdV-4毒株不在同一分支,说明FAdV-4存在遗传差异,主要的差异存在于基因组的右端,国内分离株均出现1 966 bp的缺失,其中包括ORF19、ORF48和ORF27基因的缺失,说明中国流行的FAdV-4具有地域性。对主要结构蛋白Hexon、Penton和Fiber的氨基酸序列分析发现,3个主要结构蛋白均有氨基酸位点的突变,其中Fiber-2的突变位点最多。本研究丰富了广西地区FAdV-4的基因库,为今后心包积液-肝炎综合征（HHS）的防控及流行病学调查研究提供了参考依据。     

猪水肿病PCR快速检测测试剂盒的研制

实验在大肠杆菌产生的志贺样毒素2型变异体(Shiga-like toxin Ⅱ e,Stx2e)研究的基础上,设计了一对特异性引物,通过优化,建立了以PCR为基础,高效快速检测猪水肿病的PCR试剂盒.该试剂盒扩增的阳性条带为172 bp的特异性DNA片段,最低检出菌体量为120 CFU,在-20℃至少可保存12个月,重复性良好.应用猪水肿病PCR快速检测试剂盒对22份新鲜样本进行了检测,结果显示,其中的5个样本含Stx2e阳性大肠杆菌,PCR检测结果与剖检、细菌学和生化检验结果相一致.     

Whole-genome Sequencing and Analysis of Fowl Adenovirus Serotype 4 Strain GX2019-010 Isolated from Guangxi

To understand the genetic characteristics of fowl adenovirus serotype 4 (FAdV-4) in Guangxi region,the whole-genome sequencing were performed on a FAdV-4 strain GX2019-010 isolated from Guangxi in this study.Genome-wide nucleotide sequences were analyzed for homology alignment and genetic evolution,and the amino acid sequences of the major structural proteins Hexon,Penton and Fiber were further analyzed.The results showed that GX2019-010 had a full length of 43 719 bp and GC content of 54.9%,mainly including 43 potential protein coding regions.Genome-wide nucleotide homology comparisons revealed that GX2019-010 was 95.8% homologous to the pathogenic strain MX-SHP95,and 95.0% and 95.2% homologous to non-pathogenic strains ON1 and KR5,respectively.Genetic evolutionary analysis showed that GX2019-010 was in the same branch as the popular strains of FAdV-4 in China in recent years,but not in the same branch as the foreign strains of FAdV-4.This results indicated that there were genetic differences in FAdV-4.The main differences was at the right end of the genome and all domestic strains isolated in China were 1 966 bp missing including ORF19,ORF48 and ORF27 genes.It showed that FAdV-4 popular in China was territorial.Analysis of the amino acid sequences of the major structural proteins of Hexon,Penton and Fiber revealed that all of the three major structural proteins had mutations in amino acid sites,of which Fiber-2 had the most mutations.This study enriched the gene pool of FAdV-4 in Guangxi region and laid the foundation for future research on the prevention and control of HHS and epidemiological investigation.