摩拉水牛和尼里-拉菲水牛PRKAA2基因SNPs检测及遗传多样性分析

为研究水牛蛋白激酶AMP活化的催化亚基α2（protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 2,PRKAA2）基因多态性,本试验以摩拉水牛和尼里-拉菲水牛基因组DNA为模板,扩增PRKAA2基因外显子4及内含子3部分序列,通过常规测序法检测其SNP并进行遗传多样性分析。结果发现,PRKAA2基因外显子4内存在1个SNP位点（c.462 G>A）,PRKAA2基因内含子3部分序列存在3个SNPs位点（IVS3.557 T>C、IVS3.560 C>T和IVS3.565 G>A）。经遗传多样性分析表明,在c.462 G>A位点的野生纯合型和杂合型比突变纯合型更有优势,IVS3.557 T>C和IVS3.560 C>T位点的突变纯合型为非优势基因型,IVS3.565 G>A位点杂合型为优势基因型。IVS3.565 G>A位点在摩拉水牛群体中处于Hardy-Weinberg非平衡状态;c.462 G>A位点在尼里-拉菲水牛群体中处于Hardy-Weinberg非平衡状态。4个SNPs位点在摩拉水牛群体中均为中度多态;c.462 G>A、IVS3.557 T>C位点在尼里-拉菲水牛群体中为低度多态,IVS3.560 C>T、IVS3.565 G>A位点为中度多态。IVS3.557 T>C位点在两个水牛群体中杂合度较低。说明摩拉水牛IVS3.565 G>A位点和尼里-拉菲水牛c.462 G>A位点的基因型频率和基因频率遗传状态不平衡,尼里-拉菲水牛群体中IVS3.557 T>C位点遗传变异小,选择潜力不高。4个多态位点可以构建5种单倍型,其中T-C-G-G是摩拉水牛群体和尼里-拉菲水牛群体的优势单倍型。综上,本研究检测的摩拉水牛和尼里-拉菲水牛PRKAA2基因上4个SNPs位点可为水牛标记辅助选择育种提供参考。     

摩拉水牛二酰甘油酰基转移酶2基因的多态性检测

本研究旨在检测水牛二酰甘油酰基转移酶2（diacylglycerolacylt-ransferase,DGAT2）基因的单核苷酸多态性（SNP）,探究摩拉水牛多态性位点的群体遗传特征。以广西水牛研究所的57头摩拉水牛为材料,PCR扩增DGAT2基因的部分序列（外显子2及内含子2、3）,通过常规测序法检测其SNP,并运用遗传多样性分析软件（POPGENE）和SPSS软件对群体的多态性位点进行基因频率、基因型频率、多态信息含量（PIC）、有效等位基因数（Ne）及遗传杂合度（He）的检测。结果表明,在摩拉水牛DGAT2基因外显子2和内含子2、3上共发现了9个SNPs位点（IVS2.54 G > A、IVS2.158 A > G、EVS2.191 A > G、EVS2.228 A > G、IVS3.311 C > T、IVS3.444 A > G、IVS3.451 A > C、IVS3.466 C > T、IVS3.521 C > T）,其中EVS2.191 A > G位点的突变导致氨基酸由异亮氨酸突变为缬氨酸,突变位点间存在一定程度的连锁遗传但接近连锁平衡状态。从基因频率上看,IVS2.158 A > G、EVS2.191 A > G、IVS3.311 C > T、IVS3.451 A > C、IVS3.466 C > T和IVS3.521 C > T 6个SNPs位点的两个等位基因频率有较大差异,提示等位基因频率较大的基因个体可能更适合生存。9个SNPs位点在摩拉水牛品种上多处于高度多态,杂合度在0.1744~0.4975之间,说明摩拉水牛群体中DGAT2基因遗传多态性丰富,具有较大的育种价值和性状改良潜力。     

大白猪PGAM2基因多态性与生长繁殖性状的关联分析

实验旨在挖掘大白猪磷酸甘油酸变位酶2(PGAM2)基因单核苷酸多态位点（SNPs）,分析遗传多样性、连锁不平衡程度及其不同基因型与生长、繁殖性状的相关性。选取大白母猪316头,提取DNA,采用混合DNA样本PCR扩增产物测序,确定PGAM2基因SNPs位点。采用多重PCR靶向基因捕获技术对每个个体进行目标SNPs位点分型,并分别与大白猪初产和经产的总产仔数、产活仔数、木乃伊数和死胎数进行关联分析,与大白猪生长性状的达100 kg日龄、达100 kg背膘厚、达100 kg眼肌厚和初生重进行关联分析。共鉴定出5个突变位点,均为已知SNP,其中rs331014516和rs346188790位点为稀有突变,不适合用作分子标记;所有位点均处于Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）;rs331014516与rs346188790完全连锁,rs80977507与rs80902904完全连锁且与rs343549757强连锁;rs80977507及其完全连锁位点与初产母猪总产仔数、产活仔数显著相关;rs343549757位点与大白猪经产死胎数显著相关。这5个位点的基因型与大白猪达100 ...     

摩拉水牛PRKAA2基因多态性与生长性状的关联分析

试验旨在探讨PRKAA2基因在摩拉水牛群体中的遗传多态性及其与生长性状的关联性,进而得到显著相关的遗传标记,为摩拉水牛的分子标记辅助选择提供理论依据。利用DNA测序法等技术进行候选基因PRKAA2外显子4及部分内含子3单核苷酸多态性(SNPs)检测,并采用生物信息学方法结合统计软件分析PRKAA2基因与摩拉水牛生长性状的关联性。结果显示,摩拉水牛PRKAA2基因中共检测到4个SNPs位点:c.462 GA、IVS3.557 TC、IVS3.560 CT和IVS3.565 GA,均包含3种基因型,且符合Hardy-Weinberg平衡。4个SNPs位点在水牛群体中均为中度多态,可以构建3种单倍型,T-C-G-G为优势单倍型,其中IVS3.560 CT与c.462 GA位点之间存在完全连锁不平衡,关联分析结果显示,单倍型H2与摩拉水牛体斜长和腰角宽呈显著相关(P0.05)。c.462 GA位点与摩拉水牛体高、十字部高、尻长、坐骨端宽和腰角宽呈显著相关,其中GG和AA基因型个体的体高和十字部高均显著高于GA基因型个体,GG基因型个体的尻长显著高于GA和AA基因型个体,AA基因型个体的坐骨端宽和腰角宽显著高于GA基因型个体(P0.05);IVS3.557 TC位点与摩拉水牛的生长性状指标未达到显著相关(P0.05);IVS3.560 CT位点与摩拉水牛体高、十字部高和尻长呈显著相关,其中CC和TT基因型个体的体高和十字部高均显著高于CT基因型个体,CC基因型个体的尻长显著高于CT基因型个体(P0.05);IVS3.565 GA位点与体斜长呈显著相关,其中GG和GA基因型个体的体斜长显著高于AA基因型个体(P0.05)。综上,PRKAA2基因的c.462 GA、IVS3.560 CT和IVS3.565 GA位点对摩拉水牛部分生长性状均有显著影响,可作为摩拉水牛品种早期选育的候选基因和分子辅助标记。     

关岭牛TBC1D7基因多态性及其与生长性状的关联分析

为探究TBC1蛋白家族第7成员（TBC1 domain family member 7,TBC1D7）基因单核苷酸多态性（SNP）对关岭牛生长性状的影响,试验选取116头贵州关岭牛,测定其8项生长性状指标,提取血液基因组DNA,并利用DNA混池扩增TBC1D7基因全部外显子,通过直接测序法筛查SNP。利用不同独立样本DNA扩增SNP位点对应外显子并测序,以验证位点并进行基因分型。利用SPSS 19.0软件单因素方差分析TBC1D7基因不同基因型和关岭牛生长性状之间的相关性。结果显示,在TBC1D7基因第5、6和8外显子上共发现5个SNPs位点：g.12972 T>C、g.12984 A>G、g.20538 C>T、g.20577 T>C和g.24807 G>A,均存在3种基因型;χ²检验结果显示,5个SNPs位点均显著偏离Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.05）;群体遗传参数分析发现,5个SNPs位点杂合度较高,多态信息含量均表现为中度多态（0.25<PIC<0.5）。关联性分析结果发现,关岭牛TBC1D7基因g.24807 G>A位点GA基因型个体体斜长、胸围和后臀围均显著高于AA基因型个体（P<0.05）。在本试验群体中,5个SNPs存在6种单倍型（H1~H6）和9种双倍型（H1H1、H2H2、H2H3、H2H6、H3H3、H3H4、H3H5、H3H6和H5H5）,其中H3和H2为优势单倍型,H3H3、H2H2和H2H3为优势双倍型;双倍型关联分析结果显示,H3H6和H5H5个体体斜长和后臀围相比其他双倍型个体占有明显优势,可能是有利基因型。结果表明,TBC1D7基因g.24807 G>A位点为影响关岭牛生长发育的重要多态位点,本研究为筛选有助于关岭牛生长发育的分子标记提供了理论参考。     

德宏奶水牛DGAT1基因多态性及其与产奶性状的相关性分析

探讨德宏奶水牛（摩拉水牛×德宏水牛）DGAT1基因多态性与产奶性状的关系,以期为德宏奶水牛产奶性状标记辅助选择侯选基因的选择提供理论依据。以81头泌乳的德宏奶水牛为研究对象,利用PCR—SSCP方法结合候选基因直接测序法检测DGAT1基因第8外显子及第8内含子区的多态性,并采用最小二乘法分析DGAT1基因多态位点对产奶量、乳脂率及乳蛋白率的影响。结果在德宏奶水牛群体中共检测到CTGG,CCGG和CCGT三种基因型,测序结果显示,在检测的群体中未发现K232A位点的突变,而在DGAT1基因第8内含子的第14位检测到C→T突变,第35位检测到G→T突变。多重比较表明,CCGT基因型对德宏奶水牛的乳脂率有显著影响（P〈0．05）。     

牛IGF2基因多态性与大别山牛生长性状的相关性分析

[目的]分析IGF2基因多态性位点与大别山牛体尺性状的相关性。[方法]利用PCR和测序技术检测大别山牛群体中IGF2基因的多态性,利用SPSS 23.0软件分析其与体尺性状的相关性。[结果]在大别山牛群体中,IGF2基因第一内含子共检测到3个SNPs位点(g.22218GA、g.22421CT和g.22448GT),3个SNPs位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P0.05),且均属于中度多态(0.25PIC0.50);相关性分析结果显示g.22218 GA位点与大别山牛群体体斜长、胸围显著相关(P0.05),与腹围极显著相关(P0.01);g.22421CT位点与大别山牛群体的体高和腰角宽显著相关(P0.05),与腹围极显著相关(P0.01);g.22448GT位点与大别山牛群体的胸围显著相关(P0.05),与腹围和腰角宽极显著相关(P0.01)。[结论]IGF2基因第一内含子的g.22218 GA、g.22421CT和g.22448GT位点多态性与大别山牛群体部分生长性状具有显著或极显著的相关性。     

槟榔江水牛ACTA1基因多态性与生长性状的相关性研究

[目的]揭示α-肌动蛋白1（actin alpha 1,ACTA1）基因多态性与槟榔江水牛生长性状的相关性.[方法]采用PCR扩增及基因测序技术研究了槟榔江水牛ACTA1基因多态性,并分析了该基因变异与水牛生长性状的关联关系.[结果]检测到槟榔江水牛ACTA1基因存在2个SNP位点,分别位于第5内含子与第6外显子,水牛ACTA1基因变异与体重、管围等性状存在显著相关.[结论]本研究首次检测了槟榔江水牛ACTA1基因多态性与生长发育性状的关联关系,为槟榔江水牛遗传资源保护利用及标记辅助选择提供了理论依据.     

黔北麻羊UCP2基因组织表达及其多态性与生长性状的关联分析

本研究旨在探讨黔北麻羊解耦联蛋白2（uncoupling protein 2,UCP2）基因的遗传多态性及其与生长性状的关联性,以期为黔北麻羊的育种改良提供理论依据。以200头6月龄黔北麻羊为研究对象,采用直接测序法检测黔北麻羊UCP2基因的SNP位点,并将其与黔北麻羊生长性状进行关联分析;实时荧光定量PCR检测UCP2基因在黔北麻羊不同组织中的表达水平。结果显示,UCP2基因存在4个SNPs位点,分别为：g.29614172 A>G、g.29619320 G>T、g.29619721 C>T和g.29620037 A>G,均产生3种基因型,其中g.29619320 G>T和g.29620037 A>G为错义突变,g.29619320 G>T突变导致甘氨酸（Gly）变为半胱氨酸（Cys）,g.29620037 A>G突变导致苏氨酸（Thr）突变为丙氨酸（Ala）。多态信息含量显示,4个SNPs位点均表现为中度多态（0.25 < PIC < 0.5）。χ²检验结果表明,g.29614172 A>G、g.29619721 C>T和g.29620037 A>G突变位点在黔北麻羊群体中均处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）,g.29619320 G>T突变位点极显著偏离了Hardy-Weinberg平衡状态（P<0.01）。连锁不平衡分析显示,g.29619320 G>T和g.29619721 C>T位点具有强连锁效应。实时荧光定量PCR结果表明,UCP2基因在黔北麻羊各组织中均有不同程度的表达,其在肺脏中的表达量最高,其次是脾脏、肝脏和心脏,其余组织表达量较低。关联性分析结果表明,g.29614172 A>G位点AG和GG基因型个体体重、体斜长、胸宽、胸深、胸围及管围均显著高于AA基因型,g.29619320 G>T位点TT基因型个体胸深、胸围及管围均显著高于GT和GG基因型,g.29619721 C>T位点CT基因型个体体高显著高于CC和TT基因型,g.29620037 A>G位点GG基因型个体体重、胸深及管围均显著高于AG和AA基因型个体（P<0.05）。本试验结果初步揭示UCP2基因对黔北麻羊部分生长性状有显著影响,发现的4个SNPs位点可作为黔北麻羊经济性状选择的遗传标记。     

宁夏西门塔尔杂种牛UCP2基因多态性及其与生长性状的关联性分析

本研究利用PCR-SSCP技术结合DNA测序确定UCP2基因SNP位点,检测其在宁夏西门塔尔杂种牛群体中的多态性,并分析其与生长性状的关联性。结果表明,UCP2基因第1外显子存在3个SNPs位点,分别为T632C、A655G和A689C,结合PCR-SSCP结果分析后,分为AA、BB、AB 3种基因型。不同月龄体高、体重、胸围、体斜长,总体呈AA>AB>BB。AA基因型个体在不同月龄体高、胸围显著或极显著高于BB基因型（P < 0.05;P < 0.01）,与AB基因型之间存在差异,但差异不显著（P > 0.05）。可以确定,T632C位点发生的碱基突变对宁夏西门塔尔杂种牛的体重性状选育存在显著意义,AA基因型个体可作为后期选育方向。     

大通牦牛MyoD1基因3'UTR SNPs多态性及其与生长性状相关性的研究

利用PCR-SSCP对296头成年大通牦牛MyoD1基因(GenBank登录号:NC_007313)外显子3全序列及3'UTR部分序列进行SNPs筛选,并将筛选到的突变位点与牦牛五项体尺指标进行相关性分析。结果发现,在3'UTR 1976 bp处检测到1个新突变,突变由C→T的转换造成,由此产生3种基因型:CC、CT、TT。利用最小二乘分析研究了该位点不同基因型对大通牦牛体尺性状的影响。结果表明,CC基因型个体的胸围、体重显著高于CT、TT基因型个体(P＜0.05),CC、CT基因型个体的体斜长显著高于TT基因型个体(P＜0.05),3种基因型对体高及管围的影响差异不显著(P＞0.05)。     

Apo-AI基因多态性与鸡生长和体组成性状的相关研究

以明星肉鸡和丝毛乌骨鸡杂交产生的F2资源群体为试验材料，根据鸡载脂蛋白AI（Apo-AI）基因的5’端序列设计引物，采用测序和PCR—SSCP方法进行SNP检测和基因型分析，探讨Apo-AI基因多态性与鸡生长和体组成性状之间的关系。研究发现在Apo-AI基因序列起始密码子ATG上游163bp处存在一个A／T突变。该突变产生的不同基因型与鸡生长和体组成性状进行的统计分析结果表明，BB基因型个体的1、2周龄体质量显著高于AA和AB基因型个体的相应体质量（P〈0．05）；BB基因型个体腹脂质量显著高于AA基因型个体的腹脂质量（P〈0．05）；BB和AB基因型个体的腹脂率显著高：于AA基因型个体的腹脂率（P〈0．05）。可以尝试将Apo-AI基因应用于鸡生长和腹脂性状的分子标记辅助选择育种方案中。     

家兔IGF1基因多态性与生长性状的关联分析

本研究旨在探讨胰岛素样生长因子1（insulin-like growth factor 1,IGF1）基因SNP与家兔生长性状的关联性。采用DNA池、PCR-SSCP方法对家兔IGF1基因的外显子进行多态性检测,结果发现,在家兔IGF1基因的外显子3中检测到1个SNP位点T365C,表现为3种基因型：TT、TC和CC。IGF1基因不同基因型与家兔生长性状的关联分析结果发现,新西兰兔TT基因型个体的初生重、28日龄体重均显著高于TC和CC基因型个体（P<0.05）;比利时兔TT基因型个体的初生重、90日龄体重和初生至90日龄的平均日增重均显著高于TC和CC基因型个体（P<0.05）;其余品种的各生长性状指标在该位点均没有达到显著水平（P>0.05）。结果提示,IGF1基因可能是影响家兔生长性状的主效基因或与主效基因连锁,T365C位点有望作为提高家兔个体生长性状的分子遗传标记。     

水牛MFSD2A基因多态性及其与产奶性状的关联分析

【目的】研究水牛主要促进因子超家族成员2a(major facilitator superfamily domain containing 2a, MFSD2A)基因多态性,并筛选与水牛产奶性状相关联的SNP。【方法】采集383头健康水牛血液DNA,利用PCR扩增和Sequenom MassARRAY飞行时间质谱技术对SNP位点进行筛选及基因型检测,并进行遗传多样性、连锁不平衡(LD)和单倍型分析,以及对不同基因型和单倍型与水牛产奶性状进行关联分析。【结果】在水牛MFSD2A基因中检出7个SNPs位点,多态信息含量(PIC)均在0.25～0.40之间,属于中度多态,除g.8290 T>C位点外,其余位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05);关联分析结果表明,这7个SNPs位点与305 d产奶量均显著关联(P<0.05),且突变杂合子基因型的305 d产奶量是3种基因型中最低的,g.568 C>G和g.701 A>G位点与乳脂率显著关联(P<0.05),乳脂率从大到小依次为突变纯合子>野生纯合子>突变杂合子,g.568...     

绵羊FUT8基因多态性及其与生长性状的关联分析

【目的】研究岩藻糖基转移酶8(fucosyltransferase 8,FUT8)基因g.74522417 C>T位点多态性及其对绵羊生长性状的影响,为绵羊分子育种筛选新的遗传标记。【方法】采用Sequenom MassARRAY~? SNP分型技术、Illumina OvineSNP 600K BeadChip及Illumina OvineSNP 50K BeadChip芯片检测技术对湖羊(n=992)和乌珠穆沁羊群体(n=333)FUT8基因g.74522417 C>T位点进行分型,并将其多态性与湖羊和乌珠穆沁羊的生长性状进行关联分析。【结果】FUT8基因g.74522417 C>T位点在乌珠穆沁羊和湖羊群体中均检测出3种基因型：CC、TC和TT。群体遗传分析表明,g.74522417 C>T位点在乌珠穆沁羊和湖羊群体中均处于中度多态(0.25T位点在乌珠穆沁羊和湖羊群体中均处于哈代-温伯格平衡状态(P>0.05)。关联分析结果表明,FUT8基因g.7452241...     

Association Analysis Between Polymorphism of IGF1 Gene and Growth Traits in Rabbit

This study was aimed to analyze the association of insulin-like growth factor 1 (IGF1) gene polymorphisms with growth traits in rabbit. The technology of DNA pooling, PCR-SSCP and direct sequencing were used to detect the SNP of IGF1 gene. The results showed that T365C was detected in IGF1 gene exon 3 of rabbit. The SNP (C/T) was devised into three genotypes:TT, TC and CC. The relationships between genotypes and growth traits revealed that the birth weight and the weight at 28 days of age in New Zealand rabbit of TT genotype of T365C locus were significantly higher than TC and CC genotypes (P<0.05), the birth weight, the weight at 90 days of age and average daily gain form birth to 90 days of age in Belgian rabbit of TT genotype of T365C locus were significantly higher than TC and CC genotypes (P<0.05), there were no significant difference of the growth traits in other rabbit breeds (P>0.05).The consequence indicated that IGF1 gene was primarily deduced to be a potential major gene or linked to major gene effecting the growth traits of rabbit, and this SNP (T365C) might be a candidate molecular genetic markers to improve the growth traits of rabbit.