基于转录组测序开发糜子SSR标记

[目的]以6份不同地理来源的糜子资源为试验材料,基于前期转录组测序获得的1000对SSR引物,选出200对进行多态性检测,以期构建一批可以准确评估糜子种质遗传差异的分子标记.[方法]用Primer Premier 5.0软件设计引物,改良CTAB法提取DNA,PCR扩增DNA和聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选引物多态性;用Pow...     

糜子育成新品种的鉴定与评价

糜子(Panicum miliaceum L.)起源于中国,种质资源丰富,类型繁多,近年来培育出了适应不同生态条件和需求的新品种。对收集到的44个糜子新品种进行了主要农艺性状的鉴定与分析,并根据其形态指标分别对糯性和粳性品种进行了聚类分析。结果表明:各品种间农艺性状表现差异较大,糯性糜子品种中晋黍8号产量(5 766.9 kg/hm2)最高且抗倒伏,粳性品种中陇糜7号产量(5 733.6 kg/hm2)最高、内糜1号表现为极早熟(生育期最短);农艺性状变异丰富,其中糯性和粳性糜子品种农艺性状的变异系数均以分蘖数最高,生育期最低;糯性和粳性糜子品种农艺性状的多样性指数均1.3;基于农艺性状的聚类分析和主成分分析,结果显示,在卡方距离2.75处将20份糯性糜子材料分为3大组群,在卡方距离1.5处将24份粳性糜子材料分为3大组群,而粳性糜子宁糜11号、内糜1号和内糜6号没有被分到任何组群。     

糜子特异性SSR标记的开发

根据山西农业大学农学院植物学实验室前期糜子测序所得的转录组序列,设计70对三碱基重复的SSR引物来扩增6份地域差异较远的糜子品种,筛选出多态性的引物。结果表明,70对引物中,67对可以扩增出条带,3对无扩增结果;67对有扩增结果的引物中,17对具多态性,50对没有多态性。利用17对引物扩增6份试材,共检测到47个等位变异;每个位点的等位变异数为2~4个,平均为2.8个;发现多态性信息含量介于0.239 2~0.671 3,基因多样性指数为0.277 8~0.722 3。该结果可为分子标记辅助育种及进化研究提供理论基础。     

桑树SSR引物的开发及其多态性分析

利用FIASCO磁珠富集法开发出桑树(Morus alba L.)基因组DNA的SSR位点引物46对,选出38对引物用于8份材料的多态性验证。结果表明,38对SSR引物共扩增出清晰谱带210条,不同引物的扩增条带数1~12条,平均每对引物的扩增带数为5.526 3条;每对引物组合可检测到SSR多样性位点数3~9个,共检测到106个多样性位点;所有位点的平均PIC值为0.645 8;8份供试材料在SSR水平上表现出明显的多态性差异,其中野生品种葫芦桑和岩桑聚为Ⅰ组,遗传距离为0.746 0,栽培品种垂桑、荷叶白、剑持、新一之濑、伦教40、鸡桑聚为Ⅱ组,剑持与荷叶白遗传距离最近(0.169 5),亲缘关系最近,葫芦桑和岩桑与荷叶白的亲缘关系最远。     

基于棉花转录组测序的SSR分子标记的开发

通过对棉花转录组进行测序获得的57 695条Unigenes,利用MISA软件进行搜索,得出简单重复序列(simple sequence repeat,简称SSR)的分布情况,共挖掘检索得到1 886个SSR位点,SSR的出现频率为3.27%。所有SSR位点分布于1 759条Unigenes上,发生频率为3.05%,平均每20.8 kb会出现1个SSR位点。有117条Unigenes含有1个以上SSR位点,含有复合型SSR的Unigenes数目为56条,其中三核苷酸基元类型分布最多,SSR数量为1 582个,占挖掘出总SSR数量的83.88%,而单、二、四、五、六核苷酸重复类型所占的比例较小。最后通过Primer 3程序进行SSR引物设计,得到部分引物序列,可用于棉花遗传多样性分析、分子标记辅助育种以及种质资源的保存等。     

基于谷子测序开发的SSR标记多态性检测

利用谷子和狗尾草属其它种的24个材料,对474对基于谷子基因组测序结果设计的SSR引物进行了多态性鉴定。结果显示,有96对引物在各材料之间表现出了丰富的多态性,多态性率20.25%。本研究结果所筛选的谷子SSR标记丰富了狗尾草属遗传进行分析、种质资源研究、遗传图谱构建、目的基因定位及分子标记辅助选择可利用SSR标记的数量,同时也为谷子SSR标记核心数据库的建立奠定了基础。     

基于非洲菊转录组测序的SSR位点信息分析

为深入开发非洲菊SSR分子标记,进而推动非洲菊遗传多样性研究,以云南红非洲菊的转录组序列为基础,对SSR位点进行挖掘。结果表明:通过MISA软件从60 563条unigenes检测出14 928个SSR位点,分布于11 932条unigenes中,出现频率为24.65%,平均分布距离为3.43kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的63.44%、21.54%和14.06%。14 928个SSR位点由73种重复基序构成,(A/T)、(AG/CT、AC/GT)、(AAT/ATT、AAG/CTT)分别是单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸优势重复基元,分别占总SSR重复类型的62.31%、18.13%和6.93%。利用Primer 3.0对SSR序列设计引物9 535对,成功率为63.87%。非洲菊转录组SSR位点丰富,分布密度大,具有较高的多态性潜能,可作为开发SSR标记的有效来源,为非洲菊遗传多样性研究,分子标记辅助育种、遗传图谱构建以及功能基因挖掘等提供科学依据。     

基于SSR的中国糜子遗传多样性分析

以40份来自中国的糜子种质资源为材料,利用5对糜子特异性SSR引物研究上述试材的遗传多样性,以期为糜子育种提供一定的理论数据。结果表明,40份试材中共检测出14个等位基因位点,每对引物的等位位点数在2~5之间,平均为3.5。PIC值在0.42~0.69之间,平均为0.52。相似性系数分析表明,遗传相似系数在0.61~0.99之间,平均为0.8;聚类分析结果发现,在相似系数0.68处将40个品种分为5大类群,第一类群共12个品种,属于北方春糜子区;第二类群共7个品种,属于西北春夏糜子区;第三类群共16个品种,大多属于华北夏糜子区;第四类群的4个品种来自不同的生态区,包括东北春糜子区、北方春糜子区、黄北高原春夏糜子区和华北夏糜子区;第五类群只有来自山东的1个品种,来源于华北夏糜子生态区。该结果可为中国糜子的分类以及育种提供参考依据。     

基于家蚕转录组测序的SSR序列分析

本研究对家蚕中肠、脂肪体进行转录组测序,分析SSR位点的分布规律和特征.结果表明,从17915个Unigene中共检测到1339个SSR位点,分布在960个Unigene中.SSR位点的基序长度以1 bp为主,随着基序长度的增加,SSR位点数量逐渐减少,SSR位点间的距离和平均长度逐渐增加.家蚕SSR单核苷酸基序类型以...     

光周期变化对糜子形态建成及幼穗发育进程的影响

【目的】糜子是典型的短日照作物,对光周期反应极其敏感,造成了糜子育成品种生长适应区域狭窄、不能跨区域应用的问题。研究探讨不同光照长度对糜子植株形态建成及幼穗发育的影响,为明确糜子对光周期的反应机理,培育广适应性糜子新品种提供研究依据。【方法】以河北省糜子地方品种二紫杆为材料,采用盆栽试验,出苗后每天补充光照至18 h;设光照0(对照)、10、15、20和25 d共5个处理,每个处理重复3次,18 h光照结束后转移到每天12 h光照人工气候室;田间调查抽穗期,成熟后室内调查株高、茎粗、穗长、穗干重和穗粒干重等农艺性状;利用体视显微镜室内观察糜子幼穗的发育进程并照相记录,统计分析不同光照条件的变化对糜子农艺性状和经济产量的影响及对糜子幼穗分化进程的影响。【结果】每天18 h长日照条件下生长25 d的处理植株平均株高115.6 cm,单穗粒重0.647 g,分别比对照提高了109.0%和472.6%;茎、叶和穗的干物质积累分别比对照提高了416.7%、142.9%和412.0%,差异均达到极显著水平。延长光照20 d处理与25 d处理相比较,各器官干物质重差异不显著。在18 h长日照条件下,...     

中国黍稷核心种质的构建

【目的】构建黍稷种质资源的核心种质。【方法】以中国黍稷种质资源数据库中记录的8 016份黍稷资源为材料,按地理来源划分成23个组。各组内在11个表型性状聚类的基础上,按比例法取样,并依各组的遗传多样性指数进行适当调整,构建黍稷核心种质。通过对核心种质各性状特征值、符合率、遗传多样性指数的t检验来检测核心种质。【结果】780份资源组成的初选核心种质占原始材料的9.73%。对构建的核心种质多项参数进行了评价。【结论】本研究建立的核心种质是有效的,初选种质较好地代表了供试种质。     

微卫星DNA在核桃属近缘种同源性分析上的应用

为了选择适合核桃遗传多样性研究的分子标记,运用woeste[1]等开发的30对黑核桃微卫星引物扩增核桃属(JuglansL.)26个样品,72.78%黑核桃微卫星引物能够在核桃属近缘种产生有效扩增。选取其中扩增条带清晰、有效性高、多态性高的17对引物分析核桃属12种。黑核桃微卫星在近缘种扩增位点等位基因数、期望杂合度和多态性信息含量比在黑核桃中有显著的下降趋势,但仍具有较高的多态水平,能够用于近缘种遗传多样性研究、品种指纹分析和核桃属种间关系研究。     

糜子干旱后复水过程中基因表达谱的初步分析

为探索在干旱后复水条件下糜子抗旱种质的基因表达特点,寻找与其复水后快速恢复生长相关的基因,利用抑制消减杂交(Suppressive subtraction hybridization,SSH)技术,以糜子干旱后复水处理叶片的cDNA为tester,干旱胁迫处理叶片的cDNA为driver,构建了一个抑制消减杂交文库。在文库中随机选取100个克隆(插入片段≥250 bp)测序,所获序列去除载体、引物及接头序列后,利用NCBI的BLAST序列比对分析软件分别对GenBank的dbEST数据库和非冗余蛋白数据库进行序列比对分析。序列同源性分析显示,文库中序列的同源基因主要以与新陈代谢、能量代谢、转录、蛋白加工、细胞信号转导及细胞组分生物合成相关的基因为主,其中以新陈代谢及细胞组分生物合成相关的基因数最多,分别占到与已知蛋白同源的EST的22.4%和10.3%。表明植物在干旱后复水条件下产生一系列的信号传导,同时启动相应的转录机制,激活响应基因的表达,以适应逆境的改变。     

糜子（Panicum miliaceum L.）品种间农艺性状的形态解剖差异

以5个糜子品种为试材,研究糜子品种间8个农艺性状（穗长、千粒重、株高、倒二叶叶夹角、倒二叶叶面积、倒二叶叶脉密度、倒二叶上表皮气孔密度、倒二叶下表皮气孔密度）9项指标的形态解剖差异。结果表明,5个糜子品种间倒二叶叶绿素含量差异显著;株高等其他8项指标差异极显著;糜子的叶脉密度为4.65-5.66条·mm-1;糜子上表皮气孔密度大于下表皮气孔密度。本研究结果可为深入研究糜子品种资源提供理论依据。     

穗数型小麦新品种川农16与大穗型寡分蘖品系H461遗传差异研究初报

采用微卫星分子标记(SSR)对穗数型小麦新品种川农16与大穗型寡分蘖品系H461在DNA分子水平上的遗传差异进行了检测。结果发现在小麦21条染色体上的23个SSR标记位点共检测到35个等位变异,每一个位点检测到的等位变异数目为1至2个,平均1 5个,其中12个SSR位点(52 2%)能够揭示川农16与H461间不同基因型的差异,可根据这些差异对川农16和H461杂种后代进行分子标记选择。并对有效穗数、穗粒数、小穗数、千粒重和穗粒重等5个性状进行了考察分析,除了有效穗数H461极显著低于川农16,其余4个考察性状均极显著高于川农16。分期播种试验表明,迟播对川农16有效穗数的影响很大,而对H461影响不明显。本文讨论了在小麦育种中穗数型和大穗型品种的协调利用以及适期播种对于提高小麦产量潜力的重要性。     

不同水稻品种的SSR多态性分析

选用分布于水稻12条染色体上的249对SSR引物，对9个不同类型水稻品种进行DNA扩增，筛选到具有3条以上特异扩增条带的SSR引物39对，其中能揭示籼粳多态性的引物有6对。用筛选到的引物在9个不同水稻品种间的扩增结果，初步分析了SSR标记的多态性及用于水稻指纹分析、籼粳分化分析和聚类分析的潜力。     

利用SSR标记分析45份爆裂玉米自交系遗传多样性

利用SSR分子标记分析了45份爆裂玉米自交系的遗传多样性。结果表明:所选取SSR引物的扩增带型均清晰稳定。利用80对SSR引物在45份爆裂玉米自交系间共检测出334个等位基因变异,多态性信息量(PIC)变化为0.10~0.83,平均为0.53。其PIC为0.4~0.8,以0.6~0.7的标记数为最多,占标记总数的20.96%。本试验结果说明爆裂玉米种质具有较高遗传多样性。根据SSR数据,计算分子标记遗传距离,供试自交系遗传距离(GD)为0.095~0.931,平均为0.512。通过聚类分析,以遗传距离0.55为标准,供试自交系可划分为5个类群。群间遗传距离均大于群内遗传距离,分类合理。