首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
相似文献
 共查询到20条相似文献,搜索用时 171 毫秒
1.
本试验运行真核生物分泌蛋白预测流程EuSecPred 2.0在中华绒螯蟹微孢子虫全基因组范围内预测分泌蛋白,同时分析分泌蛋白的序列特征,注释功能.结果表明,分泌蛋白序列长度大多为30~300 aa;信号肽长度为11~23 aa;信号肽切割位点处主要由疏水性氨基酸组成;对预测所得蛋白质功能的注释,发现了多种关键蛋白,如血...  相似文献   

2.
草鱼含信号肽分泌蛋白的预测分析   总被引:3,自引:0,他引:3  
采用组合的信号肽分析软件SignalP 3.0,TMHMM 2.0,big-PI,TargetP 1.1和Lipop 1.0对已公布的522个草鱼ORF编码蛋白的N端氨基酸序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。结果表明,522个草鱼氨基酸序列中分泌蛋白有61个,占其基因组编码蛋白的11.7%。编码这些蛋白的可读框(ORF)最小值为127 bp,最大值为5032 bp,平均910 bp,引导它们的信号肽长度介于15~32个氨基酸之间,平均为21个氨基酸。通过对草鱼分泌蛋白切割位点信号肽类型分析发现具Ⅰ型信号肽的分泌蛋白有17个,Ⅱ型的有4个。草鱼分泌蛋白中,42个具可预测功能,19个为未知功能蛋白。已知功能的分泌蛋白主要集中于细胞代谢,细胞调控及转运,细胞膜结构,细胞的免疫等领域。  相似文献   

3.
测序结果显示4株拟态弧菌OmpU基因片段长为849~876bp,编码283~292个氨基酸;拟态弧菌HX4分离株OmpU基因ORF长1 038 bp,编码346个氨基酸。生物信息学分析结果显示,OmpU基因在拟态弧菌安徽分离株之间及其与霍乱弧菌参考株间均具有较高保守性,彼此间核苷酸同源性和氨基酸同源性分别介于82.8%~99.6%和83.3%~100%;拟态弧菌OmpU蛋白N端前22个氨基酸组成信号肽,N末端有1个明显疏水区,并含有多个蛋白激酶磷酸化位点和糖基化位点;OmpU蛋白含有2个明显跨膜域,二级结构中富含β-折叠结构,在蛋白的53~66 aa、185~192 aa、215~219 aa和275~281 aa之间可能存在抗原表位。  相似文献   

4.
为研究锦鲤疱疹病毒3型(KHV-3)ORF126基因编码蛋白的功能,我们对该蛋白的结构特征进行研究分析。本实验采用PCR扩增技术获得KHV ORF126基因的完整序列,构建pMD19-T-ORF 126重组质粒,应用生物信息学方法分析ORF126基因编码蛋白的理化特征。结果显示:KHV ORF126基因翻译合成273个氨基酸;ExPasy预测该蛋白的理论分子量为29.9kDa,等电点为5.11;信号肽的切割部位最可能位于第19~20位氨基酸之间;跨膜区位于第145~168位氨基酸;抗原表位预测显示抗原性良好;编码蛋白不含N-糖基化位点,含有4个O-糖基化位点和17个磷酸化位点。  相似文献   

5.
李秋璇  费荣梅 《水产学报》2015,39(3):439-446
为探究本实验室分离的传染性皮下及造血组织坏死病毒NJ株(IHHNV-NJ)ORF3基因编码蛋白的结构特征,本实验根据ORF3基因序列设计引物,利用PCR方法克隆ORF3基因序列,并构建至原核表达载体p ET-32a(+)中。对成功构建的p ET32a-ORF3重组表达载体进行原核表达,获得49 ku的融合蛋白,符合预期大小。通过生物信息学软件对ORF3基因编码蛋白序列进行分析,结果显示,ORF3基因序列长度为990 bp,编码329个氨基酸;ORF3基因编码蛋白理论分子质量为37 385.2 u,等电点为7.22,为亲水性蛋白;该编码蛋白序列不存在跨膜区、信号肽切割位点;二级结构含有55.9%的α-螺旋、52.0%的β-折叠以及13.4%的β-转角;抗原表位分布较广泛,抗原性强;该编码蛋白序列不存在潜在的N-糖基化位点,存在13个潜在的O-糖基化位点和17个潜在的磷酸化位点。进化树结果表明,NJ株的ORF3基因编码蛋白序列与6株IHHNV序列同源性均高于96%,与厄瓜多尔株同源性最高,为99.7%。研究表明,ORF3基因编码IHHNV衣壳蛋白;O-糖基化位点可参与衣壳蛋白的组装过程及细胞侵染过程,磷酸化位点可参与病毒在对虾细胞内的增殖过程;ORF3编码蛋白序列保守性强,不影响病毒毒力和个体间感染能力。  相似文献   

6.
Ghrelin是联系生殖和能量代谢的重要桥梁信号分子,通过克隆黄鳝(Monopterus albus)的ghrelin基因并对其基因结构和功能进行了初步分析;运用c DNA末端快速扩增技术获得了黄鳝ghrelin基因的c DNA序列和DNA序列全长。结果表明,黄鳝ghrelin基因c DNA全长552 bp(Gen Bank accession no.JX122807),包括115 bp的5'端非编码区、324 bp的完整开放阅读框以及113 bp的3'端非编码区;DNA序列全长1323 bp,由3个内含子和4个外显子构成,内含子剪切位点具有典型识别核苷酸GT/AG,3个内含子分别为594 bp、84 bp和93 bp,4个外显子长度分别为229 bp、78 bp、112 bp和133 bp。氨基酸序列分析显示,ghrelin基因推导的Ghrelin蛋白前体原(propreghrelin)序列由26 aa的信号肽、19 aa的成熟肽以及C端氨基酸残基等构成;其中,成熟肽第3位为丝氨酸(Ser3),是Ghrelin的酰基化位点;C端氨基酸残基序列极可能包括与Ghrelin成熟肽功能相互拮抗的肥胖抑制素(Obestatin)。氨基酸的同源性及进化关系分析表明,黄鳝与某些鲈形目鱼类的蛋白前体原存在高度相似性,且在进化上黄鳝与较高级的鲈形目、鲽形目鱼类聚为一支。ghrelin基因结构及其蛋白质某些氨基酸残基序列的高度保守,预示着Ghrelin在脊椎动物中有着重要的生理功能与类似的作用机制。  相似文献   

7.
利用电子克隆方法,获得编码美洲螯龙虾(Homarus americanus)肽聚糖识别蛋白(peptidoglycan recognition protein , PGRP)的cDNA序列及相应的氨基酸序列;采用生物信息学方法对其进行基本理化性质、亲疏水性、信号肽、二级结构、细胞定位、三级结构等的分析。结果获得一段长920 bp的编码美洲螯龙虾PGRP的cDNA序列,包含一个长834 bp的开放阅读框,编码277个氨基酸;编码蛋白是含有信号肽的分泌蛋白,含有1个C端PGRP结构域,表明是一种PGRP;分析结果显示该蛋白与黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)短型PGRP-SC2和PGRP-SD比较相似。  相似文献   

8.
肌肉生长抑制素(MSTN)是转化生长因子β超家族(TGF-β)中参与动物肌肉生长的重要调控因子。为了解MSTN基因在九孔鲍中的功能,本研究采用c DNA末端快速扩增(RACE)技术从九孔鲍右侧壳肌中获得了MSTN基因c DNA全长,并运用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术检测了MSTN在各组织和发育时期的表达水平。结果显示,九孔鲍c DNA全长3 755 bp,其中5′非编码区(5′UTR)324 bp,3′非编码区(3′UTR)1 985 bp,开放阅读框(ORF)1 446 bp,编码481个氨基酸,分子质量为54.96 ku,理论等电点p I为9.41;具有N端信号肽(1~17 aa)、TGF-β前肽区域(157~367 aa)和成熟肽区域(379~481 aa),以及蛋白酶水解位点RRPR(364~368 aa)和C端生物活性区9个保守的半胱氨酸残基,符合TGF-β超家族蛋白典型结构特征,且预测到2个新的蛋白酶水解位点RQRR(120~124 aa)、RYRR(235~239 aa)。系统进化树结果显示,九孔鲍MSTN基因和红鲍MSTN基因聚为一支。q RT-PCR结果表明,九孔鲍MSTN基因在检测的6个组织中均表达,且在足、右侧壳肌、外套膜中高表达,在鳃、性腺、肝脏中低表达;在检测的7个发育时期均表达且在受精卵、原肠胚、稚鲍时期高表达,在卵、4细胞期、8细胞期、幼鲍时期表达量较低。研究表明MSTN基因可能在九孔鲍肌肉生长中具有重要作用。  相似文献   

9.
陈晓武  施志仪  江山  李倩 《水产学报》2012,36(4):497-502
采用RACE和荧光定量PCR技术克隆牙鲆生长抑素(SS)基因cDNA序列并且分析了其在仔鱼期的表达规律,同时通过免疫细胞化学染色,对牙鲆胃肠道和脑垂体等器官的生长抑素分泌细胞进行定位。最终获取包含完整编码区的牙鲆SS基因cDNA序列,其编码区长为381 bp,推测编码的蛋白质为126个氨基酸,其前23个氨基酸为信号肽,分子量为14.3 ku,理论等电点为8.33。牙鲆仔鱼不同发育时期的SS基因表达量比较结果表明,出膜后仔鱼体内SS基因表达不断增加,到变态发育期变化不大,变态后期又开始显著增加。免疫组织化学染色结果表明,SS细胞存在于胃、胰腺和脑垂体中。在胃中,生长抑素分泌细胞主要分布于胃上皮层;在胰腺中,生长抑素分泌细胞零散地分布,血管周围较多;在脑垂体中细胞密度高,集中在腺垂体的周边区域。  相似文献   

10.
徐黎明  刘洪柏  卢彤岩 《水产学报》2013,37(9):1409-1415
基质蛋白(matrix protein,M)是传染性造血器官坏死病毒(infectious haematopoietic necrosis virus,IHNV)主要结构蛋白之一,是病毒感染后造成细胞凋亡的主要作用蛋白。为分析IHNV M蛋白的序列及结构特征,研究利用敏感细胞(EPC)培养传染性造血器官坏死病毒-Sn分离株(IHNV-Sn),根据M蛋白基因开放阅读框(open reading frame,ORF)的序列设计引物,利用RT-PCR的方法克隆得到M蛋白全长ORF,并且构建至表达载体pET27b(+)中,构建出pET27-M重组质粒。生物信息学分析结果显示,M蛋白基因的序列长度为588 bp,编码195个氨基酸残基,推导分子量约为21.88 ku,等电点为9.35;氨基酸序列分析表明,M蛋白富含丝氨酸、苏氨酸以及碱性氨基酸,存在丰富的α-螺旋、β折叠和无规则卷曲;M蛋白不含有信号肽;疏水性大于亲水性;没有跨膜区存在;抗原表位预测显示抗原性良好;结构预测显示,不存在N-糖基化位点,存在7个潜在的O-糖基化位点和15个潜在的磷酸化位点。系统进化树分析显示,IHNV-Sn株与美国分离株同为一簇。  相似文献   

11.
为探究虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei, EHP)感染对脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)肠道菌群的影响,本研究基于16S rRNA基因的测序结果,对感染EHP的脊尾白虾肠道菌群进行了分析。结果显示,感染虾与健康虾肠道菌群差异较大,且其肠道菌群结构多样性显著低于健康虾。研究发现,病虾中归属于变形菌门(Proteobacteria)的脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)、弧菌科(Vibrionaceae)、未分类蓝细菌科(unidentified Cyanobacteria)、支原体科(Mycoplasmataceae)和未分类α变形菌科(unidentified Alphaproteobacteria)为优势菌,而归属于厚壁菌门(Firmicutes)的乳杆菌科(Lactobacillaceae)、双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)、芽孢杆菌科(Bacillaceae)及噬几丁质杆菌科(Chitinophagaceae)细菌在健康虾中占据优势地位。EHP侵蚀导致感染虾肠道内潜在致病菌显著增加(P<0.05),增加了其他疾病的易感性。此外,通过Tax4Fun功能预测,发现感染虾肠道菌群主要用于新陈代谢,从而抵抗EHP侵染,维持机体正常功能;健康虾肠道菌群则多用于个体生长与环境信息处理,进而保证生长与存活。本研究从虾肠道菌群结构方面入手,进一步探究了EHP感染对脊尾白虾肠道菌群的影响,以期为EHP的防治提供帮助。  相似文献   

12.
对采自天津、浙江和山东等养殖场5个凡纳滨对虾Litopenaeus vannamei)群体的442尾个体进行虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)的TaqMan探针荧光定量PCR检测,并测量各群体每尾对虾的生物学体长和体重.引入医学上的劳累尔(Rohrer)体重指数(Ponderal index,PI,W/L3)关系建立对虾体重(W)和体长(L)关系函数.结果显示,4个凡纳滨对虾的EHP阳性群体[平均体长为(5.37±1.19) cm]的体重指数PI平均值为(5.19±0.26)×10-3 g/cm3,EHP阴性群体的凡纳滨对虾群体[平均体长为(2.49±0.21)cm]为(7.96±0.51)×10-3 g/cm3,根据PI=a·L(b-3)的函数矫正EHP阴性和阳性群体的体长差异引起的PI差值后,同等体长EHP阳性群体的PI值为阴性群体的(70.5±8.7)%,表明同样大小的个体,EHP阳性群体的平均体重比阴性群体平均体重低30%;EHP阳性群体中凡纳滨对虾体长和体重的变异系数是EHP阴性群体的(2.39±0.93)和(2.05±0.86)倍,表现为对虾EHP阳性群体个体大小不均匀;EHP阳性群体体重偏差率是EHP阴性群体的2.34-3.45倍,体长相同时,EHP阳性的体重波动变大.  相似文献   

13.
Enterocytozoon hepatopenaei (EHP) is a microsporidian parasite that causes hepatopancreatic microsporidiosis (HPM) in penaeid shrimp. HPM was observed in several countries, including Thailand and India; it has become a prominent pathogen in shrimp culture. Based on observations on EHP infection in the wild, the route of transmission has been hypothesized. Identification of artificial EHP infection procedures can facilitate our understanding of EHP transmission. Experimental transmission of EHP was attempted using the immersion and oral infections of infection. In the immersion mode, post‐larvae (PL) were exposed to an EHP tissue homogenate (0.2%) by immersion for 48 hr. Experimental samples were collected at various time points, and infection was confirmed using polymerase chain reaction, haematoxylin and eosin staining, transmission electron microscopy and modified trichrome staining. All test results revealed successful EHP transmission. Similar results were obtained through oral infection (oral infection). Innate immune gene expression patterns during infection were analysed; prophenoloxidase, crustin and superoxide dismutase were upregulated at 6, 6 and 48 hr post‐challenge, respectively. Experimental infection procedures facilitate the development of diagnostic and prevention strategies. This is the first study demonstrating the experimental transmission of EHP in shrimp PL.  相似文献   

14.
Stunted growth in pond‐reared Litopenaeus vannamei was observed in different farms located in Tamil Nadu and Andhra Pradesh, India. No mortality was associated with stunted growth. PCR assay on these samples revealed the presence of Enterocytozoon hepatopenaei (EHP) in stunted shrimp. Tissue distribution of EHP in naturally and experimentally infected shrimp was studied by PCR and histology. Histological examination revealed the presence of EHP in hepatopancreas and gut, but not in other organs. The PCR assay revealed the presence of EHP in all the organs tested in both naturally and experimentally infected shrimp. Healthy shrimp were challenged with E. hepatopenaei by intramuscular injection and oral route, and no mortality was observed in both routes after 30 days post‐challenge. Different developmental stages of the microsporidian parasite were observed in the hepatopancreatic epithelial cells. Biochemical parameters such as total protein, albumin, aspartate transaminase (AST), alanine transaminase (ALT) and alkaline phosphatase were measured in the haemolymph of naturally and experimentally EHP‐infected shrimp. All biochemical parameters mentioned were found to be significantly higher in EHP‐infected shrimp when compared to normal shrimp. This is the first report relating AST and ALT levels to EHP infection in naturally and experimentally infected shrimp.  相似文献   

15.
类胰岛素肽(ILP)是胰岛素超家族的成员,具有进化保守性,是影响动物生命活动的重要因子之一。本研究克隆了凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei) ILP1 (LvILP1)全长基因,mRNA长度为812 bp,其中开放阅读框长543 bp,编码180个氨基酸。序列分析显示,LvILP1蛋白预计分子量为20.81 kDa,理论等电点为9.45,不稳定系数为96.20,具有一个信号肽,没有跨膜结构,推导其为碱性、不稳定的分泌蛋白。结构预测显示,该蛋白具有胰岛素超家族保守的IlGF结构域,由N端信号肽、B链、C肽和A链组成,同时具有6个保守的半胱氨酸位点和2个断裂位点。系统进化分析显示,LvILP1与斑节对虾(Penaeus monodon) ILP7亲缘关系最近,与甲壳动物ILP1聚为一支,然后分别与无脊椎动物ILP7、脊椎动物松弛素(Relaxin)、胰岛素(Insulin)、胰岛素样生长因子(IGF)聚在一起。无脊椎动物ILP7类与外群海葵(Actinia tenebrosa) ILP的进化关系最近,表明这类ILP可能与胰岛素超家族的祖先较为相似。转录因子预测显示,LvILP1可能的转录因子为叉头框蛋白O3 (FoxO3)、糖皮质激素受体(GR)、CAAT区/增强子结合蛋白(C/EBP)、信号传导及转录激活蛋白(STAT)等;蛋白互作分析显示,LvILP1与细胞膜上的胰岛素受体(IR)、神经信号分子(VGLUT1、SYT 1_3)、糖蛋白激素(GPHB5)、鞣化激素(Bursicon)等相互作用;对这些转录因子和互作蛋白的生物功能进行分析,进而推测LvILP1可能具有调节生长发育、激素刺激反应、神经系统稳态、碳水化合物稳态、蜕皮后组织重建以及生殖发育等作用。分析发现,LvILP1在凡纳滨对虾早期发育阶段有较高表达,在成体各个组织中均有表达,但在眼柄中表达量最高。本研究结果为深入了解凡纳滨对虾ILP的基因结构、进化、功能及表达提供了重要信息,同时为凡纳滨对虾的分子育种和健康养殖提供线索。  相似文献   

16.
2013年以来,我国沿海各省市养殖对虾中先后出现虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei, EHP)感染且感染率居高不下,使我国虾类养殖产业遭受了严重经济损失。为查明2021—2022年沿海省市养殖虾类中EHP的流行情况,本研究在沿海地区开展了养殖虾类EHP流行情况调查,共采集样品936份,并采用TaqMan实时荧光定量PCR (TaqMan qPCR)和组织病理检测对样品进行分析。TaqMan qPCR检测结果表明,2021和2022年所采集的虾类样品中,EHP的阳性检出率分别为10.67% (54/506)和13.72% (59/430);2021和2022年主要在凡纳对虾(Penaeus vannamei)中检出EHP阳性,阳性检出率分别为14.10% (54/383)和16.71% (58/347),且检出EHP阳性的凡纳对虾主要来自山东、辽宁、广东、河北和天津等省市;1份脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)样品中检出EHP阳性,罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)、克氏原螯虾(Protocrayfish cruzi)、斑节对虾(P. monodon)、日本对虾(P. japonicus)和中国对虾(P. chinensis)等虾类样品中未检出EHP阳性。对TaqMan qPCR检测呈阳性的凡纳对虾进行组织病理检测,在其肝胰腺上皮细胞中观测到分散或成簇的EHP孢子以及处于生长阶段的EHP原质团。本研究表明,2021—2022年EHP仍在我国沿海地区养殖的凡纳对虾中流行,尽管其流行率较前几年呈下降趋势,但其对凡纳对虾养殖产业的危害仍不容忽视。  相似文献   

17.
ABSTRACT:   Antimicrobial peptides serve as an important component of the innate immune system of all species by functioning to provide a rapid first line defense against infection. Arthropod antimicrobial peptides have been well described in insects, whereas only a few molecules have been identified in crustaceans. Five variants (types 1–5) of Marsupenaeus japonicus crustin-like peptide cDNA that were obtained from a hemocyte cDNA library and polymerase chain reaction (PCR) amplification are reported here. Marsupenaeus japonicus crustin-like peptide type 1, the predominant type, has a cDNA consisting of 679 nucleotides and an open reading frame consisting of 573 base pairs coding for 191 amino acid residues. Other types contain varying glycine-rich repeats at the N-terminal amino acid sequences. The deduced amino acid sequences of these variants are highly similar to those of Litopenaeus setiferus (80% identity), Litopenaeus vannamei (80% identity) and Carcinus maenas crustins (44% identity). Expression of Marsupenaeus japonicus crustin-like peptide mRNA was detected in hemocytes, but not in the heart, hepatopancreas, gill, fore-gut, mid-gut, muscle, subcuticular epithelium or ovary. The expression level of crustin-like peptide mRNA increased significantly 1, 3 and 7 days post-peptidoglycan feeding as determined by quantitative real-time PCR. These results suggest that crustin-like peptide could have an important role in shrimp defense mechanisms.  相似文献   

18.
19.
舟山地区大棚凡纳滨对虾生长缓慢病因的调查分析   总被引:1,自引:0,他引:1  
2013年以来,浙江省舟山地区大棚养殖的凡纳滨对虾(Penaeus vannamei)普遍出现生长缓慢、养殖成功率低的现象。为了查明该原因,本研究采用分子生物学和组织病理学等方法对引起对虾生长缓慢的病因开展了调查分析。结果显示,采集的270份病虾样本中,对虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei,EHP)PCR阳性检出率高达85.19%,传染性皮下及造血器官坏死病毒(infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus,IHHNV)检出率为0;所有采集的病虾样本中也未分离到常见的致病菌;54份正常的对虾样本中EHP和IHHNV均未检出。将病虾PCR扩增产物进行序列测定和比对分析,结果获得的序列片段与Gen Bank中已有EHP相关序列相似性高达99.55%;病虾的肝胰腺组织病理切片观察显示,在虾肝胰腺组织中可观察到处于各个生长发育阶段的EHP。通过上述研究,初步认为EHP是引起舟山地区大棚养殖对虾生长缓慢的一个重要病原。  相似文献   

20.
Crustaceans produce complex yolk proteins to meet the substrate and energy requirements of embryonic development. Early electron microscopic investigations point to a biphasic yolk synthesis, first within the ovary, followed by heterosynthesis at extra-ovarian sites. Recent advances in molecular techniques have enhanced our understanding of the genetic control of yolk synthesis in crustaceans. Amino acid sequencing of crustacean vitellogenin (Vg) has enabled the elucidation of the cDNA sequence associated with it, the identification of genes, and the examination of their expression patterns in different tissues. Yolk processing in crustaeans involves cleavage of the pro-Vg at consensus sites by subtilisin-like endoproteases within the hepatopancreas, hemolymph and oocytes. The structural elucidation of crustacean yolk proteins, as well as the comparison of amino acid sequences of vitellogenins from various crustacean species, has revealed molecular phylogenetic relationships not only among them but also with other large lipid transfer lipoproteins of disparate function. The combinatorial effects of eyestalk neuropeptides and a variety of trophic hormones achieve the hormonal coordination of molting and reproduction. Biogenic amines secreted by the central nervous system may also play an integrative role by stimulating neuropeptide secretion.  相似文献   

设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号